#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 10:00 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Les D., Sheldon S.P., & Tippery N. 2010. Hybridization in Hydrophiles: Natural Interspecific Hybrids in Najas L. (Hydrocharitaceae). Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10549] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Hydrilla_verticillata Najas_arguta_Brazil Najas_browniana_Australia Najas_flexilis_CT.DogPd Najas_flexilis_CT.ETwinLk Najas_flexilis_CT.GreatPd Najas_flexilis_VT.BurrPd Najas_gracillima_CT.BerlinPd Najas_gracillima_CT.BigelowHollow Najas_gracillima_CT.GayCitySP Najas_gracillima_CT.KnowltonPd Najas_gracillima_CT.PachaugPd Najas_guadalupensis_floridana_FL.BonitaSpgs Najas_guadalupensis_floridana_FL.FIU Najas_guadalupensis_guadalupensis_CT.Wononscopomuc Najas_guadalupensis_guadalupensis_GA.LkSeminole Najas_guadalupensis_guadalupensis_LA.LSU Najas_guadalupensis_guadalupensis_OK.LkMurray Najas_guadalupensis_muenscheri_NY.HudsonR Najas_guadalupensis_olivacea_CT.BantamLk Najas_guadalupensis_olivacea_CT.TylerLk Najas_guadalupensis_olivacea_MI.Lk16 Najas_guadalupensis_olivacea_MN.NisswaLk Najas_hybrid_CT.ETwinLk_maternal Najas_hybrid_CT.ETwinLk_paternal Najas_hybrid_CT.LeonardLk_maternal Najas_hybrid_CT.LeonardLk_paternal Najas_hybrid_CT.MaltbyLk_maternal Najas_hybrid_CT.MaltbyLk_paternal Najas_marina_FL.CapeCoral Najas_marina_MI.Lk16 Najas_marina_MN.BeckerLk Najas_marina_MN.FloridaLk Najas_marina_MN.PelicanLk Najas_minor_CT.LkWinnemaug Najas_minor_CT.MansfieldHollow Najas_minor_CT.PachaugPd Najas_minor_MI.HeritagePk Najas_tenuifolia_Australia ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M6897] TITLE Indels; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=93; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2 3 4 5 6 7 8" MISSING=? 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Najas_browniana_Australia 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Najas_guadalupensis_floridana_FL.BonitaSpgs 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Najas_guadalupensis_guadalupensis_CT.Wononscopomuc 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Najas_guadalupensis_guadalupensis_GA.LkSeminole 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Najas_guadalupensis_guadalupensis_LA.LSU 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Najas_marina_FL.CapeCoral TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGCCGAGACAT{CT}GAGTGAATGAAGTGAAGCTGTTATCAACTCACA---GTGGGAGTGTGG---CA--TTGTT-GACCT-TGTCGGTAGTCTCCACCCCTACATGGACCGTGTCTTTCTTGTCTCACCTCTCCACGT-AGAGGGT---GAGGTCGG-TTTGCACGAGATT-CAACTAAACCCCGACGCGGGTTGCGTCAAATGAATATTGAAAA--ACA-ATAACAGGTCGTGGACCAAGCTTGGCCTTGTCTCGGTAG--GATGTGTC--ATTCTTC--TCCACGTCCCTGGTCGGAAC----GAATTACTATGACTCTCGACAACGGATATCTAGGCTCTCGCATCGATGAAGGACGTAGCGAAATGCGATACATGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAATGCAAGTTGCGCCCAGAGCTGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGCGTCTCTAGTACCATTGTTCTTTTTTGTGCATTCTCCTT--GGATGCACATTTTGGGGAGTTGGAATTTGGCCATCCGTGAATCGGAATCACATGGTTGGCTTGA-TGATTGATGTTGCAATCCTCTTGC---ATCACGACGGGTGGTGA-ATCGCTCCTACGATAATCCTTGGTTCGTCGTGATT-GCCA---TGTTGTTTACGAGT-TGATCGACCAA-TTGAGTAC-GGCATATTCTTGTGCCC---CTCC--AATCATGCAGACCCCAGGTCAGGTGAGGCCACCCGCTGAGTTTAA??????????????????????????????TTCGTCTAGACTTTTGGTAGAGTCTATAAGACCACGACTGATTCTGAAAGGTAATGAATGGAAAAAAGAGCATGTCGTATTTATTTTTAATGGAAAATTTGGA-GAATAG-------------ATCTGATTGGCACAAAAATCTTG-CTTTGATTTTTGGGAAATCCATTTGAGTTTTCCATTTCTTT----GGTCGA----GTAAATAAATGGATAGAGTATTAGGCTCCAATTCCAGGGAAACAAAAAGGAAGGGGCTTGTGTTCTTCATTGGAATGATTACCCGATCTAATTAGATGTTAAAAATAGATTAGTGCCTAATGCGGGAAAGGGTTCTTCTGCGAGAAGATTGTCCATTTTTGGAATCCTAACTATTTTTCTTTCATT------ATAGAGTTAAGACAGATGTGTATAAGAAACAGCATATTGATAAAAGAAA---------TCCAAAGTCAAAAGAGCGATTAGGCTGCAAAAATAAAGGATTCTTTCCTTTCTCTTTTT-----GAATG------------------------------TTTGCGCCATGGATG-ATTGGGTGTAAAAAGAGAAAAAGATTCCTTAACTGAATTATTCGTTTCCAAGGTATCTATTTTTT-----TATTACTATGTACTTCGTACTTCATTTC-----TTATTTTCTA--------------------------------------TTTTAGATATACCTTGTTTTGACCATTTCGCACTATGTATCATTTAATCACTCAAGAAAGACTTTTTGCTCTGGCTC-----AAGTATGTATGATTGGAAAT---GGAAGAATTCAAAATAAATTTCGAAAAAGATAGATATGTGCAACAACACTTCCTATATCCGCTTTTCTTTCAGGAATATATTTACGTACTTGCTCATGATCATGGTTTAAACGGATCCTTTTTTGACGAATCCACAGATATTTTCGGCTATGATAATAAATCCA------GTTTGGTACTTGTGAAACGCTTCATTATTCGAATGTATCAACCGAGTTATTGGATTCATTCGTTGAATGGTTCTAATCAAAATAGAATCACAGGACACAGCAATCCTTTT------GTTTTTAAAATGCTATTAGGAGCTTTCGCAGTAATTCTAGAAATTCCTTTTTCTCGGTCATATTTTTTTTCTTCA------------AAAAACGAAATACCAAAATATCAAAATCTACAATCTATTCATTCGATATTTCCTTTTTTAGAGGACAAATTTTCCCATTTAAATGATGTCTCAGACATAGTAATACCCTATCCTATTCATCCTGAAATCTTGATTCAAATTCTACAATCCTGGATAAGAGATGTTCCCTCTTTGCATTTATTGCGATTTTTTTTATATGAATATCCTAATGGGAATAGTTTCATTGCTCTAAATAAATCGATTTCTCTTTTTTCAAAAAAAAATCCAAGATTCTTTTTGTTCTTATATAATGCTTATGTATTGGAATATGAATCCGTATTTTGTTTTATCCGTAGAAATTCCTCTTATTTACTATCTACATTTTTTGGAGATTTTCTGGAACGAACCCATTTCTATGGCAAAATAGAGCATCTTGTAGTAGTTTTCCGTAATGATTTTCCAAAAAGCTTACAGTTGTTTACGGATCCTTGTATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAATCTATTCTTGCTTCAAAAGGATCCTCTTTTTTACTTAAAAAATGGAAATCTTACTTTGTCTATTTTTGGCAATGTAATTTTTACTTTTGGGCTCAACCATATAGGATTCGTATAAACCCGTTATCTAACCATTCTTTCTGTTTTTTGGGCTATCTTTCAAGTGGATTAAGAAATTCTTTAGGAATAAAAAGTAAAATGCTGGAGTACTCTTTTCTAATAGACACTGTTATTAAGAAATTCGATACTATAGTTCCAGTTCTTCCTGTTGTGGGGTCCTTGTCTAAAGCTAAATTTTGTAATAAATTAGGGCACCCTATTAGTAAGTCAGTTTGGACTGACTTATCTGATTCGGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATTATAGTGGATCCTCAAAAAAGCAGAGTTTGTATCGAATGAAGTATATACTTCGGCTTTCATGTGCTAAAACCTTGGCTCGTAAGCATAAAACTACAGTACGCAGTTTTTTGCAAAAATTAGGTTCCGGGTTGTTAGAAGAATTCTTTACG------GAAGAAGAAAAAGTTCTTTCTTTGGTCTTAGCAAAAACTTCTGTTTCCTCGCATGAGTTAAATAAAGAGCGTATTTGGTATTTGGATATTATCCGTATCAATTGATTTGATAAATTCTTCATGATTAAC?TTATTAAATAAGAAGCTATAAAAATAGAATCGAAA-----GAATCTAAAGATGTTCGAGAGATCTAAGGGAA------TATTTTTATTCTGAAATGCTCATGCAATAGTGGTAGAATACCTTGAGTAGACCACTTTTTTATTGTTTTTCCAAACA-------GAGGCTTTGGATGTATACATAGGGAAAGTCGTGTGCAATGAAAAATGCAAGCACGGTTTGGGGAGGGG??AAATTGACTTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTTCGAGTCACTCCTCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGAGCTGCAGTAGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACTAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTATCATATCGAGCCCGTTACTGGAGAGGAAGATCAATATATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAGGGTTCTGTTACCAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCTCTACGAGCTCTACGCTTGGAGGATTTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCACCTCATGGAATCCAAGTCGAAAGAGATAAATTAAACAAATATGGTCGTCCTCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCTGCGAAAAACTATGGTAGAGCCGTTTATGAATGTCTACGCGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAAAACGTGAACTCACAGCCATTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTCCTTTTTTGTGCTGAAGCCATTTATAAAGCACAAGCCGAAACGGGTGAAATTAAAGGACACTACTTGAATGCTACTGCGGGTACATGCGAAGAAATGATCAAAAGGGCCGTGTTTGCCAGAGAATTGGGAGTCCCTATTGTAATGCATGACTATATAACAGGGGGTTTCACTGCAAATACTAGTTTAGCTTTTTATTGCCGAGACAACGGCTTACTTCTTCATATTCACCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATACATTTTCGTGTACTAGCTAAAGCATTACGTATGTCTGGTGGGGATCATATTCACTCTGGTACAGTAGTAGGTAAATTAGAAGGTGAACGCGAGATGACTTTAGGCTTTGTTGATTTACTACGTGACGATTATATCGAAAAAGACCGAAGTCGTGGTATTTTCTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCGGGTGTTCTGCCTGTAGCTTCAGGGGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCT??? Najas_marina_MI.Lk16 TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGCCGAGACAT{CT}GAGTGAATGAAG{GT}GAAGCTGTTATCAACTCACA---GTGGGAGTGTGG---CA--TTGTT-GACCT-TGTCGGTAGTCTCCACCCCTACATGGACCGTGTCTTTCTTGTCTCACCTCTCCACGT-AGAGGGT---GAGGTCGG-TTTGCACGAGATT-CAACTAAACCCCGACGCGGGTTGCGTCAAATGAATATTGAAAA--ACA-ATAACAGGTCGTGGACCAAGCTTGGCCTTGTCTCGGTAG--GATGTGTC--ATTCTTC--TCCACGTCCCTGGTCGGAAC----GAATTACTATGACTCTCGACAACGGATATCTAGGCTCTCGCATCGATGAAGGACGTAGCGAAATGCGATACATGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAATGCAAGTTGCGCCCAGAGCTGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGCGTCTCTAGTACCATTGTTCTTTTTTGTGCATTCTCCTT--GGATGCACATTTTGGGGAGTTGGAATTTGGCCATCCGTGAATCGGAATCACATGGTTGGCTTGA-TGATTGATGTTGCAATCCTCTTGC---ATCACGACGGGTGGTGA-ATCGCTCCTACGATAATCCTTGGTTCGTCGTGATT-GCCA---TGTTGTTTACGAGT-TGATCGACCAA-TTGAGTAC-GGCATATTCTTGTGCCC---CTCC--AATCATGCAGACCCCAGGTCAGGTGAGGCCACCCGCTGAGTTTAAATCTTTTACACATTTTGATGAAGTAAAAAATTCGTCTAGACTTTTGGTAGAGTCTATAAGACCACGACTGATTCTGAAAGGTAATGAATGGAAAAAAGAGCATGTCGTATTTATTTTTAATGGAAAATTTGGA-GAATAG-------------ATCTGATTGGCACAAAAATCTTG-CTTTGATTTTTGGGAAATCCATTTGAGTTTTCCATTTCTTT----GGTCGA----GTAAATAAATGGATAGAGTATTAGGCTCCAATTCCAGGGAAACAAAAAGGAAGGGGCTTGTGTTCTTCATTGGAATGATTACCCGATCTAATTAGATGTTAAAAATAGATTAGTGCCTAATGCGGGAAAGGGTTCTTCTGCGAGAAGATTGTCCATTTTTGGAATCCTAACTATTTTTCTTTCATT------ATAGAGTTAAGACAGATGTGTATAAGAAACAGCATATTGATAAAAGAAA---------TCCAAAGTCAAAAGAGCGATTAGGCTGCAAAAATAAAGGATTCTTTCCTTTCTCTTTTT-----GAATG------------------------------TTTGCGCCATGGATG-ATTGGGTGTAAAAAGAGAAAAAGATTCCTTAACTGAATTATTCGTTTCCAAGGTATCTATTTTTT-----TATTACTATGTACTTCGTACTTCATTTC-----TTATTTTCTA--------------------------------------TTTTAGATATACCTTGTTTTGACCATTTCGCACTATGTATCATTTAATCACTCAAGAAAGACTTTTTGCTCTGGCTC-----AAGTATGTATGATTGGAAAT---GGAAGAATTCAAAATAAATTTCGAAAAAGATAGATATGTGCAACAACACTTCCTATATCCGCTTTTCTTTCAGGAATATATTTACGTACTTGCTCATGATCATGGTTTAAACGGATCCTTTTTTGACGAATCCACAGATATTTTCGGCTATGATAATAAATCCA------GTTTGGTACTTGTGAAACGCTTCATTATTCGAATGTATCAACCGAGTTATTGGATTCATTCGTTGAATGGTTCTAATCAAAATAGAATCACAGGACACAGCAATCCTTTT------GTTTTTAAAATGCTATTAGGAGCTTTCGCAGTAATTCTAGAAATTCCTTTTTCTCGGTCATATTTTTTTTCTTCA------------AAAAACGAAATACCAAAATATCAAAATCTACAATCTATTCATTCGATATTTCCTTTTTTAGAGGACAAATTTTCCCATTTAAATGATGTCTCAGACATAGTAATACCCTATCCTATTCATCTTGAAATCTTGATTCAAATTCTACAATCCTGGATAAGAGATGTTCCCTCTTTGCATTTATTGCGATTTTTTTTATATGAATATCCTAATGGGAATAGTTTCATTGCTCTAAATAAATCGATTTCTCTTTTTTCAAAAAAAAATCCAAGATTCTTTTTGTTCTTATATAATGCTTATGTATTGGAATATGAATCCGTATTTTGTTTTATCCGTAGAAATTCCTCTTATTTACTATCTACATTTTTTGGAGATTTTCTGGAACGAACCCATTTCTATGGCAAAATAGAGCATCTTGTAGTAGTTTTCCGTAATGATTTTCCAAAAAGCTTACAGTTGTTTACGGATCCTTGTATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAATCTATTCTTGCTTCAAAAGGATCCTCTTTTTTACTTAAAAAATGGAAATCTTACTTTGTCTATTTTTGGCAATGTAATTTTTACTTTTGGGCTCAACCATATAGGATTCGTATAAACCCGTTATCTAACCATTCTTTCTGTTTTTTGGGCTATCTTTCAAGTGGATTAAGAAATTCTTTAGGAATAAAAAGTAAAATGCTGGAGTACTCTTTTCTAATAGACACTGTTATTAAGAAATTCGATACTATAGTTCCAGTTCTTCCTGTTGTGGGGTCCTTGTCTAAAGCTAAATTTTGTAATAAATTAGGGCACCCTATTAGTAAGTCAGTTTGGACTGACTTATCTGATTCGGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATTATAGTGGATCCTCAAAAAAGCAGAGTTTGTATCGAATGAAGTATATACTTCGGCTTTCATGTGCTAAAACCTTGGCTCGTAAGCATAAAACTACAGTACGCAGTTTTTTGCAAAAATTAGGTTCCGGGTTGTTAGAAGAATTCTTTACG------GAAGAAGAAAAAGTTCTTTCTTTGGTCTTAGCAAAAACTTCTGTTTCCTCGCATGAGTTAAATAAAGAGCGTATTTGGTATTTGGATATTATCCGTATCAATTGATTTGATAAATTCTTCATGATTAACATTATTAAATAAGAAGCTATAAAAATAGAATCGAAA-----GAATCTAAAGATGTTCGAGAGATCTAAGGGAA------TATTTTTATTCTGAAATGCTCATGCAATAGTGGTAGAATACCTTGAGTAGACCACTTTTTTATTGTTTTTCCAAACA-------GAGGCTTTGGATGTATACATAGGGAAAGTCGTGTGCAATGAAAAATGCAAGCACGGTTTGGGGAGGGGACAAATTGACTTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTTCGAGTCACTCCTCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGAGCTGCAGTAGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACTAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTATCATATCGAGCCCGTTACTGGAGAGGAAGATCAATATATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAGGGTTCTGTTACCAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCTCTACGAGCTCTACGCTTGGAGGATTTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCACCTCATGGAATCCAAGTCGAAAGAGATAAATTAAACAAATATGGTCGTCCTCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCTGCGAAAAACTATGGTAGAGCCGTTTATGAATGTCTACGCGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAAAACGTGAACTCACAGCCATTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTCCTTTTTTGTGCTGAAGCCATTTATAAAGCACAAGCCGAAACGGGTGAAATTAAAGGACACTACTTGAATGCTACTGCGGGTACATGCGAAGAAATGATCAAAAGGGCCGTGTTTGCCAGAGAATTGGGAGTCCCTATTGTAATGCATGACTATATAACAGGGGGTTTCACTGCAAATACTAGTTTAGCTTTTTATTGCCGAGACAACGGCTTACTTCTTCATATTCACCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATACATTTTCGTGTACTAGCTAAAGCATTACGTATGTCTGGTGGGGATCATATTCACTCTGGTACAGTAGTAGGTAAATTAGAAGGTGAACGCGAGATGACTTTAGGCTTTGTTGATTTACTACGTGACGATTATATCGAAAAAGACCGAAGTCGTGGTATTTTCTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCGGGTGTTCTGCCTGTAGCTTCAGGGGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCTCTG Najas_marina_MN.BeckerLk 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Najas_marina_MN.FloridaLk 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Najas_marina_MN.PelicanLk 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; END; BEGIN SETS; CHARSET ITS_DNA (CHARACTERS = DNA) = 1-795; CHARSET matK_DNA (CHARACTERS = DNA) = 796-3434; CHARSET rbcL_DNA (CHARACTERS = DNA) = 3435-4546; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = DNA) = N: 1-4546; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = DNA) = N: 1-4546; END; BEGIN TREES; TITLE combined_TB; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Hydrilla_verticillata, 2 Najas_marina_MI.Lk16, 3 Najas_marina_MN.PelicanLk, 4 Najas_marina_MN.BeckerLk, 5 Najas_marina_FL.CapeCoral, 6 Najas_marina_MN.FloridaLk, 7 Najas_minor_MI.HeritagePk, 8 Najas_minor_CT.PachaugPd, 9 Najas_minor_CT.LkWinnemaug, 10 Najas_minor_CT.MansfieldHollow, 11 Najas_gracillima_CT.KnowltonPd, 12 Najas_gracillima_CT.BerlinPd, 13 Najas_gracillima_CT.PachaugPd, 14 Najas_gracillima_CT.BigelowHollow, 15 Najas_gracillima_CT.GayCitySP, 16 Najas_tenuifolia_Australia, 17 Najas_browniana_Australia, 18 Najas_arguta_Brazil, 19 Najas_guadalupensis_floridana_FL.FIU, 20 Najas_guadalupensis_floridana_FL.BonitaSpgs, 21 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