#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 20:08 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Marazzi B., & Sanderson M.J. 2010. Large-Scale Patterns of Diversification in the Widespread Legume Genus Senna and the Evolutionary Role of Extrafloral Nectaries. Evolution, 64(12): 3570-3592. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10568] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=77; TAXLABELS Acacia_caven Acrocarpus_fraxinifolius Arapatiella_psilophylla Archidendron_hirsutum Arcoa_gonavensis Balsamocarpon_brevifolium Batesia_floribunda Bobgunnia_fistuloides Burkea_africana Bussea_perrieri Caesalpinia_cacalaco Caesalpinia_calycina Caesalpinia_gracilis Caesalpinia_paraguariensis Caesalpinia_pulcherrima Calliandra_trinervia Calpocalyx_dinklagei Campsiandra_comosa Cassia_grandis Cassia_javanica Cedrelinga_cateniformis Ceratonia_siliqua Chamaecrista_nictitans Cordeauxia_edulis Dimorphandra_conjugata Dinizia_excelsa Dinizia_sp._Folli_4884 Dinizia_sp._Folli_4889 Diptychandra_aurantiaca Erythrophleum_ivorense Erythrophleum_suaveolens Gleditsia_sinensis Guilandina_crista Gymnocladus_chinensis Gymnocladus_dioica Haematoxylum_brasiletto Hoffmannseggia_glauca Lecointea_peruviana Melanoxylon_brauna Mezoneuron_angolense Mezoneuron_kauaiense Mimosa_quitensis Moldenhawera_brasiliensis Mora_gonggrijpii Pachyelasma_tessmannii Parkia_multijuga Parkinsonia_aculeata Peltophorum_dubium Pentaclethra_macroloba Poincianella_mexicana Pomaria_jamesii Pterogyne_nitens Schizolobium_parahyba Sclerolobium Senna_aciphylla Senna_alata Senna_atomaria Senna_holwayana Senna_italica Senna_mucronifera Senna_nicaraguensis Senna_occidentalis Senna_paradictyon Senna_pleurocarpa Senna_polyantha Senna_siamea Senna_silvestris_var_guaranitica Senna_spectabilis Senna_timorensis Senna_unijuga Senna_velutina Senna_villosa Senna_wislizeni Stahlia_monosperma Umtiza_listeriana Vouacapoua_macropetala Zapoteca_tetragona ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=88; TAXLABELS Caesalpinia_decapetala Cassia_fistula Chamaecrista_desvauxii Delonix_regia Gleditsia_triacanthos Senna_acclinis Senna_aciphylla Senna_acuruensis_var_acuruensis Senna_acuruensis_var_catingae Senna_aff_velutina Senna_andrieuxii Senna_aphylla Senna_apiculata Senna_argentea Senna_armata Senna_arnottiana Senna_artemisioides_syn_phyllodinea Senna_atomaria Senna_barclayana Senna_bauhinioides Senna_bicapsularis Senna_birostris_var_hookeriana Senna_cana_var_calva Senna_cernua Senna_chacoensis Senna_chloroclada Senna_coronilloides Senna_corymbosa Senna_covesii Senna_crassiramea Senna_crotalarioides Senna_dariensis_var_hypoglauca Senna_didymobotrya Senna_galeottiana Senna_gardneri Senna_glutinosa Senna_hayesiana Senna_herzogii Senna_hilariana Senna_hirsuta_var_hirta Senna_hirsuta_var_leptocarpa Senna_holwayana Senna_indet_sect_Chamaefistula Senna_indet_ser_Bacillares Senna_indet_ser_Subverrucosae Senna_italica Senna_kurtzii Senna_macranthera Senna_magnifolia Senna_martiana Senna_mexicana Senna_mucronifera Senna_multijuga_var_lindleyana Senna_multijuga_var_multijuga Senna_nicaraguensis Senna_notabilis Senna_obtusifolia Senna_occidentalis Senna_pallida Senna_paradictyon Senna_pendula Senna_phlebadenia Senna_pilifera Senna_pinheiroi Senna_pleurocarpa Senna_polyantha Senna_purpusii Senna_quinquangulata Senna_reticulata Senna_rigida Senna_rizzinii Senna_robiniifolia Senna_rugosa Senna_scabriuscula Senna_septemtrionalis Senna_siamea Senna_silvestris_var_guaranitica Senna_skinneri Senna_spectabilis Senna_splendida_var_gloriosa Senna_subulata Senna_tonduzii Senna_uniflora Senna_unijuga Senna_velutina Senna_villosa Senna_williamsii Senna_wislizeni ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10029] TITLE matK_ONLY_legs_matrix; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=653; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Acacia_caven 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Senna_acclinis 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Senna_artemisioides_syn_phyllodinea 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Senna_glutinosa 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Senna_hayesiana 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Senna_herzogii 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Senna_hilariana 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Senna_holwayana 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Senna_rigida 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Senna_rizzinii 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Senna_robiniifolia 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Senna_unijuga 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Senna_velutina 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Senna_williamsii 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; END; BEGIN TREES; TITLE ML_matK_ONLY_Brusenna; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Acacia_caven, 2 Acrocarpus_fraxinifolius, 3 Arapatiella_psilophylla, 4 Archidendron_hirsutum, 5 Arcoa_gonavensis, 6 Balsamocarpon_brevifolium, 7 Batesia_floribunda, 8 Bobgunnia_fistuloides, 9 Burkea_africana, 10 Bussea_perrieri, 11 Caesalpinia_cacalaco, 12 Caesalpinia_calycina, 13 Caesalpinia_gracilis, 14 Caesalpinia_paraguariensis, 15 Caesalpinia_pulcherrima, 16 Calliandra_trinervia, 17 Calpocalyx_dinklagei, 18 Campsiandra_comosa, 19 Cassia_grandis, 20 Cassia_javanica, 21 Cedrelinga_cateniformis, 22 Ceratonia_siliqua, 23 Chamaecrista_nictitans, 24 Cordeauxia_edulis, 25 Dimorphandra_conjugata, 26 Dinizia_excelsa, 27 Dinizia_sp._Folli_4884, 28 Dinizia_sp._Folli_4889, 29 Diptychandra_aurantiaca, 30 Erythrophleum_ivorense, 31 Erythrophleum_suaveolens, 32 Gleditsia_sinensis, 33 Guilandina_crista, 34 Gymnocladus_chinensis, 35 Gymnocladus_dioica, 36 Haematoxylum_brasiletto, 37 Hoffmannseggia_glauca, 38 Lecointea_peruviana, 39 Melanoxylon_brauna, 40 Mezoneuron_angolense, 41 Mezoneuron_kauaiense, 42 Mimosa_quitensis, 43 Moldenhawera_brasiliensis, 44 Mora_gonggrijpii, 45 Pachyelasma_tessmannii, 46 Parkia_multijuga, 47 Parkinsonia_aculeata, 48 Peltophorum_dubium, 49 Pentaclethra_macroloba, 50 Poincianella_mexicana, 51 Pomaria_jamesii, 52 Pterogyne_nitens, 53 Schizolobium_parahyba, 54 Sclerolobium, 55 Senna_aciphylla, 56 Senna_alata, 57 Senna_atomaria, 58 Senna_holwayana, 59 Senna_italica, 60 Senna_mucronifera, 61 Senna_nicaraguensis, 62 Senna_occidentalis, 63 Senna_paradictyon, 64 Senna_pleurocarpa, 65 Senna_polyantha, 66 Senna_siamea, 67 Senna_silvestris_var_guaranitica, 68 Senna_spectabilis, 69 Senna_timorensis, 70 Senna_unijuga, 71 Senna_velutina, 72 Senna_villosa, 73 Senna_wislizeni, 74 Stahlia_monosperma, 75 Umtiza_listeriana, 76 Vouacapoua_macropetala, 77 Zapoteca_tetragona; TREE Fig._1a = [&R] ((8:0.018922,38:0.012187):0.0192045,(((2:0.010226,22:0.018684):0.001578,(5:0.020398,(75:0.003592,(35:0.01856,(32:0.00326,34:0.013761):0.002002):0.006694):0.00304):0.001585):8.26E-4,(((((25:0.006692,(9:0.01012,44:0.003336):0.001661):0.004934,(26:0.005017,(27:0.001645,28:0.0):0.001611):0.005002):0.0,((18:0.011855,(3:0.003341,54:0.010075):0.00163):0.001653,((10:0.015106,48:0.005111):0.006588,(47:0.008483,53:0.016973):0.003186):0.001891):0.001628):0.001644,(29:0.015181,43:0.011645,(45:0.006583,((30:0.003395,31:0.001579):0.008384,(49:0.02248,(17:0.014948,(46:0.004933,(1:0.006553,(42:0.018979,((4:0.001748,21:0.008234):0.00129,(16:0.003302,77:0.001587):0.033732):0.003911):0.001466):0.0):0.003257):0.0):0.009999):0.0):0.0):0.001631):0.004769,((52:0.031293,((24:0.017508,((6:0.006527,37:0.01143):0.001996,(14:0.008312,74:0.004936):0.001617):0.006056):0.0,((51:0.00838,(12:0.018402,50:0.010442):0.003672):0.007869,(15:0.037292,36:0.009991,(11:0.01334,13:0.009976):0.00164,(33:0.005004,(40:0.006707,41:0.001652):0.001601):0.006645):0.003688):0.00237):0.01074):0.001456,(76:0.001674,((7:0.005019,23:0.016855):0.00154,(39:0.015109,((19:0.003261,20:0.003281):0.00164,((67:0.009937,(65:0.001627,66:0.008231,69:0.003255):0.001635):0.003281,(57:0.003265,68:0.008272,(58:0.009944,71:0.008321):0.00329,(62:0.019884,72:0.014646):0.00794,(70:0.001633,73:0.001646):0.00494,((55:0.010089,60:0.010098):0.003297,(61:0.013558,(56:0.003264,59:0.008235,63:0.013329,64:0.011562):0.003294):0.003276):0.001624):0.001637):0.003279):0.003317):0.001616):0.001587):0.001648):0.001739):0.004185):0.0192045); END; BEGIN TREES; TITLE Senna_combined_ML_TB; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Gleditsia_triacanthos, 2 Delonix_regia, 3 Caesalpinia_decapetala, 4 Chamaecrista_desvauxii, 5 Cassia_fistula, 6 Senna_didymobotrya, 7 Senna_purpusii, 8 Senna_robiniifolia, 9 Senna_mexicana, 10 Senna_cernua, 11 Senna_pilifera, 12 Senna_mucronifera, 13 Senna_obtusifolia, 14 Senna_hilariana, 15 Senna_paradictyon, 16 Senna_spectabilis, 17 Senna_occidentalis, 18 Senna_hirsuta_var_leptocarpa, 19 Senna_silvestris_var_guaranitica, 20 Senna_macranthera, 21 Senna_chacoensis, 22 Senna_aphylla, 23 Senna_birostris_var_hookeriana, 24 Senna_corymbosa, 25 Senna_rigida, 26 Senna_hirsuta_var_hirta, 27 Senna_pendula, 28 Senna_crassiramea, 29 Senna_chloroclada, 30 Senna_barclayana, 31 Senna_septemtrionalis, 32 Senna_hayesiana, 33 Senna_multijuga_var_multijuga, 34 Senna_dariensis_var_hypoglauca, 35 Senna_reticulata, 36 Senna_siamea, 37 Senna_williamsii, 38 Senna_bicapsularis, 39 Senna_indet_ser_Bacillares, 40 Senna_holwayana, 41 Senna_andrieuxii, 42 Senna_crotalarioides, 43 Senna_galeottiana, 44 Senna_unijuga, 45 Senna_wislizeni, 46 Senna_apiculata, 47 Senna_polyantha, 48 Senna_atomaria, 49 Senna_villosa, 50 Senna_argentea, 51 Senna_skinneri, 52 Senna_pallida, 53 Senna_nicaraguensis, 54 Senna_uniflora, 55 Senna_tonduzii, 56 Senna_armata, 57 Senna_aff_velutina, 58 Senna_herzogii, 59 Senna_subulata, 60 Senna_bauhinioides, 61 Senna_acclinis, 62 Senna_aciphylla, 63 Senna_coronilloides, 64 Senna_glutinosa, 65 Senna_magnifolia, 66 Senna_indet_ser_Subverrucosae, 67 Senna_notabilis, 68 Senna_pleurocarpa, 69 Senna_acuruensis_var_acuruensis, 70 Senna_acuruensis_var_catingae, 71 Senna_cana_var_calva, 72 Senna_gardneri, 73 Senna_martiana, 74 Senna_multijuga_var_lindleyana, 75 Senna_phlebadenia, 76 Senna_pinheiroi, 77 Senna_quinquangulata, 78 Senna_rizzinii, 79 Senna_rugosa, 80 Senna_splendida_var_gloriosa, 81 Senna_italica, 82 Senna_scabriuscula, 83 Senna_kurtzii, 84 Senna_arnottiana, 85 Senna_velutina, 86 Senna_indet_sect_Chamaefistula, 87 Senna_artemisioides_syn_phyllodinea, 88 Senna_covesii; TREE Fig._2 = [&R] ((((1:0.031511,3:0.026892):1.07E-8,2:0.022506):0.002187,4:0.033505):0.0,(5:0.016136,((((((6:0.002664,81:0.011557):0.006144,(35:0.008193,73:0.004826):0.001065,67:0.006817):4.64E-4,15:0.012939,(65:0.003631,68:0.01054):4.13E-4):0.004875,53:0.011441):0.005558,((((((7:0.007739,(((9:0.00269,27:8.98E-4):0.001794,(14:0.003134,((31:0.00135,86:4.82E-4):0.003888,38:0.001346):0.001449):9.69E-4):0.002905,((23:0.001413,24:0.00772):4.44E-4,59:0.003204):0.001274):4.8E-4,(10:0.008688,((((17:0.0,82:0.0):0.001513,30:0.003469):0.002346,18:0.00145):0.001175,26:0.002616):5.26E-4):0.004782):5.27E-4,84:0.004939):0.001079,((((42:0.0,46:0.0):0.001349,50:0.0):0.002706,((56:0.003983,88:0.005475):4.22E-4,60:8.97E-4):8.95E-4):4.21E-4,49:0.01466):0.005856):0.008904,(((((((8:4.47E-4,52:0.0):0.003731,40:0.004253):0.004973,55:0.008734):0.001846,((((21:4.39E-4,22:0.0):8.81E-4,25:8.88E-4):4.4E-4,28:0.0):0.004263,83:0.002932):8.83E-4):0.002031,(((33:8.68E-4,74:0.001891):0.002678,69:0.001884):0.003285,70:0.006758):0.002639):5.18E-4,37:0.009482):0.003278,(54:0.003971,((57:4.41E-4,85:4.38E-4):4.38E-4,71:0.001324,75:8.77E-4):0.003095):0.002551):0.004065):0.002641,((((11:0.017849,(12:0.001388,13:0.003483):0.002839):9.0E-4,((20:8.65E-4,34:0.0,72:0.0,76:4.31E-4,77:8.7E-4,78:4.31E-4,79:0.001733,80:8.7E-4):0.001534,((32:0.006106,58:0.003107):4.37E-4,39:0.004297):0.001621):0.006416,29:0.012582):0.001034,((61:0.002626,62:0.004873):4.26E-4,((63:0.0058,87:0.004511):0.001306,66:0.004875):4.73E-4,64:0.001311):0.001336):0.004713,51:0.008558):0.003652):0.003398,(((16:0.005956,48:0.008643):0.001765,(44:0.001801,45:9.0E-4):0.003628):4.36E-4,41:0.006644):0.001388):0.002072):8.72E-4,(36:0.008039,(19:0.009719,(43:0.0,47:0.0):0.003929):4.83E-4):0.00241):0.004339):0.003284); END;