#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 11:01 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Weeks A., Baird K.E., & Mcmullen C.K. 2010. Origin and evolution of endemic Galápagos Cordia species (Boraginaceae s.l.). Molecular Phylogenetics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10582] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=42; TAXLABELS Bourreria_costaricensis_AF091152 Bourreria_succulenta_DQ197285 Coldenia_procumbens_AY321591 Cordia_anderssonii_869 Cordia_angustifolia_AY321619 Cordia_bifurcata_AF402575 Cordia_bonplandii_AY321620 Cordia_bullata_AY176084 Cordia_curassavica_AY321621 Cordia_decandra_AY321599 Cordia_lauta_AY321622 Cordia_lenis_AF402577 Cordia_leucocephala_AY321623 Cordia_leucophlyctis_840 Cordia_lima_AY321624 Cordia_longipedunculata_AY326125 Cordia_macrocephala_Gilmartin_566 Cordia_nodosa_AY701598 Cordia_polycephala_845 Cordia_revoluta_848 Cordia_spinescens_AY701587 Ehretia_anacua_DQ197286 Ehretia_ovalifolia_AF091156 Ehretia_tinifolia_AF385793 Eriodictyon_californicum_AF091159 Euploca_campestris_EF688856 Heliotropium_arborescens_EF688859 Myriopus_salzmannii_EF688853 Nama_demissum_AF091174 Tiquilia_conspicua_DQ197586 Tiquilia_cuspidata_DQ197540 Tiquilia_darwinii_DQ197541 Tiquilia_fusca_DQ197544 Tiquilia_galapagoa_DQ197546 Tiquilia_nesiotica_DQ197556 Tiquilia_nuttallii_DQ197575 Tiquilia_palmeri_DQ197581 Tiquilia_paronychioides_DQ197564 Tiquilia_plicata_DQ197568 Tournefortia_microcalyx_AF396905 Tournefortia_rubicunda_EF68885 Wigandia_urens__AF091212 ; 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M5737] TITLE ITS_Boraginaceae; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=638; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Bourreria_costaricensis_AF091152 TTGT{CG}GAATCCTGCAA-AGCAGAAAGATC-GCGAACTCGTTT--CTACACTACGGGGTCGGCGCGGGGGAGGCGG{CT}-TCGTCCCTTCCCCC-----GTTCGGCCCTGGGTCGAGGCGCAAG--CCTCGC---AAATAACGAAC-CCCGGCGCGGAAC-GCGCCAAGGAAAACGTAAA---CGAGGTCCTGCCTCT--CCTTGCCCCGTTTGCGGTGCGCTTG-GTTAGGTCTAGGCCCGTC--TGGAAATG--AAACGACTCTCGGCAACGGATATCTAGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTCAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCGT-CCTGTTTTCCCTCGAGGGGGATCTCGGGTTCTC-GTTTGGGGG-CGGAGTCTGGCCTCCCGTTTCCCTTC---GACACGGTTGGCCGAAATG-CGAGTCCGACTCGACGGACGTCACGACGAGTGGTGGTT---GGTCAATTCAACTCGC-GCGT-CGTCGTGTTTTCTCTTGTCGA-GCGTAGAGGACT-GACGGAAGACCCT Bourreria_succulenta_DQ197285 TTGTCGAATCCTGCAG-AGCAGAACGACC-GCGAAC?CGTTT--CTACATCGCGGGGTCGGTGCGGGGGAGGCGGC-TCGTCCCTTCCCCC-----GTTCGGCCCTGAGTCGAGGCGC{CG}AG--CCTCGC---AAACAACGAAC-CCCGGCGCGGAAC-GCGCCAAGGAAAACCTGAA---CGAGGTCCTGCCTCT--CCTTGCCCCGTTTGCGGTGCGCTTG-GTTAGGTCTAGGCCCCTC--TGGAAATA--AAACGACTCTCGGCAACGGATATCTAGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTCAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCGC-CCCGTTTTCCCTCGAGGGGGATCTCGGGTTTTT-GTCTGGGGG-CGGAGTCTGGCCTCCCGTGTCCCTTC---GATGCGGTTGGCCGAAATG-CGAGTCCGACTCGACGGACGTCACGACGAGTGGTGGTT---GGTCAATTCAACTCGC-GCGT-CGTCGTGCGTTCTC{CT}CGTCGA-GCGTAGAGGACT-GACGGAAGACCCC Coldenia_procumbens_AY321591 TTGTCGAATCCTGCAAACAGAGA-CGACCCGCGAACCCGTCAAACCG-AT----GGCCGGGCCGGGGGGA--CGGCTAGTA-GCCCCTCTC-CCCGTC--GCTCCGGAGTCGGGGCGCGAG--CCCCGC---AACGAACAAACACCCGGCGCGGAAA-GCGCCAAGGAATACTCAAC---GGAGGGCCGG-CCCT--CCCCGTCCCGTCCGCGGGGCGCGGG-GTGCGGCGACGGCCCCTT--TCGTAACGAAAAACAACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cordia_anderssonii_869 TTGTCGAATCCTGTAAACACAAA-CGCCCGGTGAACCTGTTTAACCACAC----GGGGACAA-GACGAGT--GGGC-AGCA-ATGCCTTTCACACCTT--GCCCCACAGTCGGGGCACAAG--CCCCGC-----AAAACGAAC-CCCGGCACGTAAA-GTGCCAAGGAAAACGCATAA--CGAGGGCCTTCCTCA--TCCTTTCCCGTTCGCGGGTTGTGGG-GTGAGGCAACGGCTTATT-CTCAAAACGTAAAACAACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGGACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAATCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTTTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCTTGCTCCTGCCTTCCCTAACCAAGGGCTTCGGTAAAGGTGCGATGGGG-CGGAATCTGGCCTCCCGTGCAGCTATTTTGGCGTGGTTGGCAAAAATC-TATGTCTGCGCCGAAGGACGTCACGACAAGTGGTGGTT---GGTACACTCAACTCTC-TTGT-TGTCGTGCCCTGTCCTCTCGACGC-----GAATTTGATC--AGACCTC Cordia_angustifolia_AY321619 TTGTCGAATCCCGTAAACACAAA-CGACCGTTGAACTTGTTTAACCACAC----GGGGACAA-GATGAGT--GGGC-AGTA-ATGCCTTTCACGCCTT--GCCCCACAGTCGGGGCACAAG--CCCCGC-----AAAACGAAC-CCCGGCACGTAAA-GTGCCAAGGAAAACGCATAA--CGAGGGCCTTCCTCA--TCCTTTCCCGTTCGCGGGTTGCGGG-GTGAGGGAACGGCTGATT-CTCGAAACATAAAACAACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Cordia_bullata_AY176084 TTGTCGAATCCTGTAAACACAAA-CGACCGGTGAACTTGTTTAACCACAC----AGGGTCTA-GGCGAAT--TGGC-AGTA-ATGCCTTTCACGACTT--GCCCCACAGTCGGGGCACAAG--CCTCGC-----AAAATGAAC-CCCGGCACATAAA-GTGCCAAGGAAAACGCATAA--CGAGGGCCTTCCTCA--TCCTTTCCCGTTCGCGGGTTGCGGG-GTGAGGCAACGGCTTATT-CTCGAAACGTAAAATAACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cordia_curassavica_AY321621 TTGTCGAATCCTGTAAACACAAA-CGACCGTTGAACTTGTTTAACCACAC----GGGGACAA-GATGAGT--GGGC-AGCA-ATGCCTTTCACGCCTT--GCCCCACAGTCGGGGCACAAG--CCCCGC-----AAAACGAAC-CCCGGCACGTAAA-GTGCCAAGGAAAACGCATAA--CGAGGGCCTTCCTCA--TCCTTTCCCGTTCGCGGGTTGCGGG-GTGAGGCAACGGCTGATT-CTCGAAACATAAAACAACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Ehretia_anacua_DQ197286 TTGTCGAATCCTGCGAAGGCAGAACGACCCGCGAACTTGTTTAAACAATGC--GGGGCCGATGCGGGGGAGGCGGC-TCGTCCCCAGACCGCG--CGTCGG{CT}-CTCGAGTCGGGGCCAACG--CCCCGC---GAACAACGAAC-CCCGGCGCGGAAT-GCGCCAAGGAAAACGAAATA--TCAGGGCCTGCCTAT--CCCTGCCCCGTCCGCGGTGCGCCGG-GTTAGGCATCGGTCCCTT--ACGAAACG-AAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTCAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCCA-CCCCGAGCCCC-AACACTGGGTCGCCGGGTTCGTGCGTGGGGG-CGGATTGTGGCCTCCCGCGTCT-{AC}GA---GGCGCGGCTGGCCGAAATG-CGAGTCCGGCGCGA{AC}GGACGTCACGACAAGTGGTGGTT---GGTCCGTTCAACTCGC-GAGC-TGTCGTGCTTCGTCCC{GT}TCG-CGCGTACG{CT}GACT-GAAGA{CT}AGACCCC Ehretia_ovalifolia_AF091156 TTGTCGAACCCTGCGAAGGCAGAACGACCTGCGAACCCGTTCAAACACCGC--GGGGCCGACGCGGGGGAGGCGGC-TCGTCCCCAGCCCGCG--CGTCGGT-CCCGAGTCGGGGCGCACG--CCCCGC---AAACAACGAAC-CCCGGCGCGGAAC-GCGCCAAGGCAAACGAAATA--CGAGGGACCGCCTAT--CCCTGCCCCGTCCGCGGTGTGCCGG-GTTAGGCCTCGGTCCCTT--ACGAAACG-AAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTCAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCCAGCCCCGCGCCCC-AACACTGGGACGCTGGGTTCGTGCGCGGGGG-CGGATTGTGGCCTCCCGTGTCT-CGA---GGCGCGGTTGGCCGAAATG-CGAGTCCGGCGCGACGGACGTCACGACAAGTGGTGGTT----GTCCATTCAACTCGC-GAGT-TGTCGTGCGCCGTTCCGTCG-CGCGTGCGGGACT-GAAGACAGACCC? 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Tournefortia_rubicunda_EF68885 TTGTCGAATCCTGC------AGAACGACCCGCGAACACGTTCTATCGCC-----GGGTCCGGTGGCGGGTGGCGGC-TCTTAGCCGTTTCTCGTCCTCCGGTCCCCATGCCGAGGCCGAAAGGCCCCGC----CAAAACGAAC-CCCGGCGCGTCCA-GCGCCAAGGAAAACTAAAAAA-TGAGGGAACGGTCTCTTCCCCGCCCCGTTCGCGGGAAGCGGG-GTCGGTCCGCATCTCTTT--TCTAAACT-AAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCAAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGTCGCCAGGCTGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCT--------CCACCCC-------------TATGGGGCTGTGCGGGG--CGGATTGTGGCCTCCCGTGCCCTTTTG--GGTGCGGTTGGCCGAAATG-CGAGTCCGGCACGACGGGAGTCGCGGCAAGTGGTGGTT---GGTGAACTCAACTCGC-GTGC-TGCCGTGGCATCTCCC-CCG-TGCTTTTGCGACA-AACA--AGACCCC Wigandia_urens__AF091212 TTGTCGAATCCTGCAC-GGCAGAACGACCCGCGAACAAGTTCTACCAC--------GCGGGGTCGGGGCGGGGGAC-GCCAGCCGTTCTCGGT---CCCGTCCCCGGAGTCGGGGCGCGAG--CCTCGC---GAAAAACGAAT-CCCGGCGCGGAAATGCGCCAAGGAAAACTCAAA---CGAGGGCCCGCCTCT--CCCCGCACCGTCCGCGGAGCGCGGG-GCGAGGCGACGGCTTCTT--TCGAAATCA-CAACGACTCTCGGCAACGGATATCTAGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCC-------CGCTCTC----------------------GCGCGGGGGGCGGATTGTGGCCTCCCGTGCCCCCG----GGCGCGGCTGGCCGAAATG-CGAGTCCGGCGCGACGGACGTCACGACAAGTGGTGGTT---GT-TTCCTCAACTCGC-GTGT-TGTCGTGCGAGACCCCGTCG-CGCGATCGTGACC-GACG--AGACCCC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = ITS_Boraginaceae) = N: 1-638; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = ITS_Boraginaceae) = N: 1-638; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Luculia_gratissima_AJ011987 GTAGGACTTCTTCTTTTTCCAACGGCAACAAAAAATCTTCGTCGTATGTGGTCTTTTCAGAGTGTTTTATTGTTAAGTATAGTCATGATTTTTTCAATCAATCTGTCTATTCAGCAAATAAATAGCAATTCTATTTATCAATATGTATGGTCTTGGATCATTAATAATGATTTCTCTTTAGAATTCGGCTATTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATTACTACAGTTGGAATTATGGTTCTTATTTATAGTGATAATTATATGGCTCATGATCAAGCCTATTTGAGATTCTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAGTACTTCCATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCTAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAATTGGTTGGGATGTGTTCCTACCTATTAATAGGTTTTTGGTTTACACGACCTCTTGCGGCAAATGCTTGCCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTATAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGTTTTTATTGGATAACAGGCAGTTTCGAATTTCGGGATTTATTCGAAATATTCAATAACTTGATTTATAATAATGAAGTCAATTTTGTATTTGTTACTTTGTGTGCCGTTCTATTATTTGCCGGTGCCGTTGCTAAATCTGCACAATTTCCCCTTCATGTATGGTTACCAGATGCCATGGAGGGGCCCACTCCTATTTCCGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCAGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCTCTTTTCATAGTTATACCTTACATAATGAATTTTATTTCGTTGATAGGAATAATAACAGTATTATTAGGAGCTACTTTAGCTCTTGCTCAAAAAGACATTAAGAGAGGTTTAGCCTATTCCACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGCTAGCTCTAGGTATGGGGTCTTATCGAAGTGCTTTATTTCATTTGATTACTCATGCCTATTCCAAAGCATTATTATTTTTAGGATCCGGATCCGTTATTCATTCAATGGAAACAATTGTTGGATATTCTCCCTATAAAAGTCAGAA{CT}ATGGTTCTTATGGGAGGTTTAACAAAACATGTACCAATTACCAAAAGCACTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCGCCTTTGGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCAACGATTTTTGCAATAATAGCTTGGGCTACCGCGGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGCATCTATTTACTTACTTTTGAA?GGCATTTCCATTTTTATTTTCAAAATTACATTGGTAAACAAAAAACCCCCTTCTATTCAATATCTCTATGGGGTAAAGGGGCTTCG---------AAAAGAATTAACAAAAATTTGCCTTTATTAACAATGAATAATAATGAAAGTTCTTCTTTTTTTTCAAAAAGGACATATCCAATTGATGATAATGTTAGAAATGTGATACGACCCTTTATTACTATTCCTCAT------TTTGAGGATAAAAA---GTTTTATTCCTATCCTTATGAATCGGATAATACTATGTTATTCCCTTTACTTGTTTTGGGTCTATTTACTTTGTTCGTTGGATTTATAGGAATTCCTTTCAATCAAGAAGGGGTG------GATTTAGATATATTATCTAAATGGTTAACCCCGTCTATAAATCTTTTGCATCAAAAGTTGAATAATTCGATGAATTGGTACGAATTTTTGAAAGATGCAGTTTTTTCAGTCAGTATAGCTTATTTAGGAATATTTATAGCGTCCTTTTTATATAAACCCGCCTATTCCTCTTTA---TTCAATTTTGATTTAATTAATTCAGTTCTAAAAAGAGGTCCTAAGAGAATTCTTTGGGACAAAATTATAAATGGCATATATAATTGGTCATATAATCGTGCTTACATAGATTCTTTTTATACAACATCCTTAACTGGAGGAATAAGAAGATTAGCTGAATTAACTCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Nicotiana_tabacum_Z00044 GCGGGACTTTTTCTTTTTCCAACGGCAACAAAAAGTTTTCGCCGTATGTGGGCTTTTCAGAGTGTTTTATTGTTAAGCATAGTCATGGTTTTTTCAATCTACCTGTCTATTCAGCAAATAAATAGCAGTTCTTTTTATCAATATGTATGGTCTTGGATCATCAATAATGATTTTTCTTTAGACTTCGGATACTTGATCGACCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATCACTACGGTTGGAATTATGGTTCTTATTTATAGTGATAATTATATGGCTCATGATCAAGGCTATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAGTACTTCCATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCGAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAATTGGTTGGGCTGTGTTCCTATCTATTAATAGGATTTTGGTTTACACGACCTGTTGCGGCAAATGCTTGTCAAAAAGCGTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGTTTTTATTGGATAACAGGGAGTTTCGAATTTAGGGATTTATTCGAAATATTCAATAACTTGATTTATAATAATGAAGTCGATTTTTTATTTGTTACTTTATGTGCTGTTCTCTTATTTGCCGGTGCAGTTGCTAAATCCGCCCAATTCCCCCTTCATGTATGGTTACCTGATGCCATGGAGGGGCCTACTCCCATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCGGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCTCTTTTCAGAGTTATACCTTACATAATGTATTTGATCTCGGTTATAGGAATAATAACAGTATTATTAGGAGCTACTTTAGCTCTTGCTCAAAAAGACATTAAGAGAGGTTTAGCCTATTCCACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTCTTGGTATGGGGTCTTATCGAAGCGCTTTATTTCATTTGATTACTCATGCTTATTCCAAAGCATTATTATTTTTAGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAAACTATTGTTGGATATTCTCCAGCTAAAAGTCAGAATATGGGTCTTATGGGAGGTTTAAGAAAACATGTACCAATTAGCAAAATCACATTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCGCCAATTTTCGCAATAATAGCTTGGGCCACGGCGGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATCTATTTACTTACTTTTGAAGGGCATTTAAACGCTCATTTTCCAAATTATGGTGGGAAACAAAAAACCCCCTTCTATTCAATATCTCTATGGGGTAAA------------------AACGGAGTTAAGAAAAACTCTTGTTTATTAACTATGAATAATAATGAAAGTACTTATTTTTTTGCAAAAACTAAATATCCAATTGATAAAAATGGAAGAAAGATGACACGACCTTTTATGACTATTGCTCAT------TTTGAGCATAAAGC---GGTTTATTCCTATCCTTATGAATCGGACAATACTATGCTATTCCCAATATTTGTATTAGGACTCTTTACTTTGTTTGTTGGATCTATAGGAATTCCTTTCAACCAAGAGGGAGGG------AATTTGGATATATTATCGAAATGGTTAGCTCCATCTATAAATCTTTTGCATCAAAAGTCGAATAATTCGATGGATTGGAATGAATTTTTAAAGGATGCAGTTCTTTCAGTCAGTATAGCTTATTTCGGAATATTTATAGCATCCTTTTTATATAAACCCATTTATTCTTCTTTA---AAAAATTTTGAGTTAATTAATTCTTTTGTTAAAAAGGGTCCTAAGAGAATTCTGTGGGACAAAATTATAAATGGCATATATGATTGGTCATATAATCGTGCTTACATAGATGCTTTTTATACAAGATTCTTAGTTGGTGGGATAAGAGGATTAGCTGAATTTACTCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phacelia_congesta_AF047780 GTGGGACTTCTTATTTTTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGGCGTATGTGGGCTTTTCAGAGTATTTTATTGTTAAGTATAGTCATGATTTTTTCAATCAATTTGTCTCTTCAGCAAATAAATAGCAGTTCTATCTATCAATATGTATGGTCTTGGATCATTAATAATAATTTTTATTTAGAATTCGGCTACTTGATCGACCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATCACTACTGTTGGAATTTTTGTTCTTATTTATAGTGATAATTATATGTCTCATGATCAAGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAGTACTTCCATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCTAATTTGATCCAAATTTATATTTTTTGGGAATTAGTTGGAATGTGTTCCTATCTATTAATAGGGTTTTGGTTCACACGACCTATTGCGGCAAATGCTTGTCAAAAAGCGTTTGTAACTAATCGTGTGGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGTTTTTATTGGATAACGGGCAGTTTCGAATTTCGGGATTTATTCGAAGTATTCAATAATTTGATTTCTACTAATGAGGTCAATTTTTTCTTTGCTACTTTATGTGCCGTTCTATTATTTGCCGGTGCAGTTGCTAAATCTGCACAATTTCCACTTCATGTATGGTTACCTGATGCTATGGAGGGACCTACTCCAATTTCAGCTCTTATCCATGCTGCTACTATGGTAGCAGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGCCTTCTTCCTCTTTTCATAGTGATACCTTATATAATGAATTTTATCGCATTGATAGGAATACTCACAGTATTTTTAGGAGCTACTTTAGCTCTTGCTCAAAAAGACATTAAAAGGGGTTTAGCCTATTCCACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTTTAGGTATGGGGTCTTATCGAAATGCTTTATTTCATTTGATTACTCATGCTTATTCCAAAGGATTATTATTTTTAGGATCCGGATCCGTTATTCATTCAATGGAAACTGTTGTTGGCTATTCTCCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGAGGTTTAACAAAACATGTACCAATTACCAAAACTGCTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCGATTTTCGCAATAATAGCTTGGGCCACAGCGGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATCTATTTACTTACTTTTGAGGGGCATTTCAATGTTCCTTTTCGAAATTACAGTGGCAAACAAAATATCCCCTTCTATTCACTATCTCTATGGGGTAAAAGGCGTTCG---------AAAAGAATTAACAAAAATTTTCGTTTATTAACGATCAATAATAATGAAAATGCTGCCCTTTTTTCACAAAAGATATATCGAATTGATGAGAATTTAAGAAAGATTACACGATCTTTTATTAGTATTGTTCGT------TTTAAGAATAAAAA---GCCTTATTCCTATCCTTATGAATCGGATAATACTATGTTATTCCCCCTACTGATATTGGGATTATTTACA?GGGTTGTTGGATCTCTAGGAATTCCTTTCAATCAAGAGGGAGTG------------GATATATTAGCCAAATGGTTAGCTCCGTCGATAAACCTTTTGCATCAAAAATCGAATAATTCAATGGATTGGTATGAATTTTTGAAAGATGCGGTTTTTTCAGTCAGTATAGCTTATTTCGGAATATTTCTAGCGTCCTTTTTATATAAACCCAATTATTCTTTTGTA---AAAAATTTTGACTTAATTAATTCATTTGTTAAAGGAGGTCCTAAGAGAATTTTTTGGGACAAAATTTTAAATGGCATATACGATTGGTCATATAATCGTGCTTACATAGATTCTTTTTATAGAACATCCTTAACAGGAGGGGTAAGAGGATTTTCTGAATTAACTCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Cordia_umbellifera_AY701597 TTGTCGAATCCTACAAA-CAAACACGACCGGCGAACTTGTTT-AACT-ACG--CGGGGCA-GAGGCGCGGGCG--GCAGCAATGCCTTCCTCGTC---TC--GCTCCTGAAGTCGGGGTGCGAGCCCTGC--AAAAACGAA-----CCCCGGCGCGGAAAGCGCCAAGGAATACTGAAA--ACGGGGGCCTTCTTCTCCCCGTCCCGTTCGCGGAGCGCGGGG-C-GAGGCA--AAGGCTTCTTTT-TGAAA-GAAAAA-CGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cordia_varronifolia_AY321617 TTGTCGAATCCTACAAA-CACAAACGACCGGCGAACTTGTTA-AACC-ACA--CGGGGTC-GGGGCGCGGTCG--GCAGCGATGCCC-CCCCGTC---CC--GCCCC-AAAGTCGGGGCGCGAGCCTCGC--GAAAACAAA-----CCCCGGCGCGGAATGCGCCAAGGAATACTTAAA--ACGAGGGCCTTCCCCTCCACGCCCCGTCCGCGGAGCGCGGGG-A-GGGGCA--ACGGCTTCTTCT-CGAAT-GAAAAA-CGACTCTCGGCAACGGATATCTAGGCTCTC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Patagonula_americana_AY176080 TTGTCGAATCCTGCAAA-CAAAAACGACCGGCGAACTTGTTA-AACA-ACG--CGGGATC-GGGGCGCGGGGG--ACGGCGACGCCCTTCTCGTC---TC--GGTCC-AAAGTCGGGGTGCAAGCCCCGC-AACAAACGAA-----CCCCGGCGCGGAAAGCGCCAAGGAATACTGAAA--ACGAGGGCCTTCCTTTCCCCGCCCCGTTCGCGGAGCGTGGGG-C-GAGGCA--ATGGCTTTCTCT-AGAAC-GAAAAA-CGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Patagonula_bahiensis_AY321618 TTGTCGAATCCTGCAAA-CAAAAACGACCGGCGAACTTGTTA-AACT-ACG--CGGGATC-GGGGCGTGGGGG--GCAGCGATGCCCTTCTCGTC---TC--GCTCC-AAAGTCGGGGCGCAAGCCCCGC--AAAAACGAA-----CCCCGGCGCGGAAAGCGCCAAGGAATACTGAAA--ACGAGGACCTTCCCTTCCCTGCCCCGTTCGCGGAGCGTGGGG-A-GGGGCA--ACGGCTTCCTTT-CGAAT-GAAAAA-CGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Saccellium_lanceolatum_AF402592 TTGTCGAATCCTATCAA-CAAAAACAACCGGCGAACATGTTCAAACG-ACG--CGGGGCC-GAGGCGTTGGGG--GCAGCGATGCCGCTCTCGTC---TC--GCTCC-AAAGTCGGGGCGAAAGCCCCGC--AAAAACGAA-----CCCCGGCGCGGAAAGCGCCAAGGAATACTAAAA--ACGAGGGCCTTCCTTTCCCCGCCCCGCTC-CGGCGCGCGGGG-T--AGGCA--ACGGCCTCTCTT-TGAAT-GAAAA--CGACTCTCGGCAACGGATATCTCG-CTCTCGCATCG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = ITS_Cordioideae) = N: 1-666; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = ITS_Cordioideae) = N: 1-666; END; BEGIN TREES; TITLE Weeks_ITS_Boraginaceae_TB; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Eriodictyon_californicum_AF091159, 2 Wigandia_urens__AF091212, 3 Nama_demissum_AF091174, 4 Bourreria_costaricensis_AF091152, 5 Bourreria_succulenta_DQ197285, 6 Coldenia_procumbens_AY321591, 7 Cordia_anderssonii_869, 8 Cordia_angustifolia_AY321619, 9 Cordia_bifurcata_AF402575, 10 Cordia_bonplandii_AY321620, 11 Cordia_bullata_AY176084, 12 Cordia_curassavica_AY321621, 13 Cordia_decandra_AY321599, 14 Cordia_lauta_AY321622, 15 Cordia_lenis_AF402577, 16 Cordia_leucocephala_AY321623, 17 Cordia_leucophlyctis_840, 18 Cordia_lima_AY321624, 19 Cordia_longipedunculata_AY326125, 20 Cordia_nodosa_AY701598, 21 Cordia_macrocephala_Gilmartin_566, 22 Cordia_polycephala_845, 23 Cordia_revoluta_848, 24 Cordia_spinescens_AY701587, 25 Ehretia_anacua_DQ197286, 26 Ehretia_ovalifolia_AF091156, 27 Ehretia_tinifolia_AF385793, 28 Euploca_campestris_EF688856, 29 Heliotropium_arborescens_EF688859, 30 Myriopus_salzmannii_EF688853, 31 Tiquilia_conspicua_DQ197586, 32 Tiquilia_cuspidata_DQ197540, 33 Tiquilia_darwinii_DQ197541, 34 Tiquilia_fusca_DQ197544, 35 Tiquilia_galapagoa_DQ197546, 36 Tiquilia_nesiotica_DQ197556, 37 Tiquilia_nuttallii_DQ197575, 38 Tiquilia_palmeri_DQ197581, 39 Tiquilia_paronychioides_DQ197564, 40 Tiquilia_plicata_DQ197568, 41 Tournefortia_microcalyx_AF396905, 42 Tournefortia_rubicunda_EF68885; TREE ITS_B_MB = [&R] (((((((((21,7),17),((15,8),12),((19,18),24,23,(9,22)),14,11,10),16),(20,13)),(((30,42),28),(29,41))),6),(((((((34,33),35),(39,36)),32),40),((37,31),38)),(((26,27),25),(4,5)))),(2,(3,1))); END; BEGIN TREES; TITLE Weeks_ndhF_Boraginaceae_TB; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Borago_officinalis_L36393, 2 Bourreria_costaricensis_AF047797, 3 Bourreria_succulenta_DQ197257, 4 Codon_schenkii_AF047776, 5 Coldenia_procumbens_DQ197255, 6 Cordia_anderssonii_867, 7 Cordia_decandra_EF688954, 8 Cordia_leucophlyctis_840, 9 Cordia_nodosa_AF047808, 10 Cordia_macrocephala_Gilmartin_566, 11 Cordia_polycephala_845, 12 Cordia_revoluta_848, 13 Cryptantha_flavoculata_AF047803, 14 Ehretia_anacua_DQ197255, 15 Ehretia_ovalifolia_AF047800, 16 Eriodictyon_californicum_AF047820, 17 Euploca_campestris_53873, 18 Gentiana_procera_L36400, 19 Heliotropium_arborescens_EF688911, 20 Hydrophyllum_virginianum_AF019646, 21 Logania_vaginalis_AJ235837, 22 Luculia_gratissima_AJ011987, 23 Myriopus_salzmannii_EF688905, 24 Nama_demissum_AF047767, 25 Nicotiana_tabacum_Z00044, 26 Phacelia_congesta_AF047780, 27 Romanzoffia_californica_AF047804, 28 Tiquilia_conspicua_DQ197278, 29 Tiquilia_darwinii_DQ197276, 30 Tiquilia_palmeri_DQ197280, 31 Tiquilia_plicata_DQ197274, 32 Tiquilia_canescens_DQ197258, 33 Tiquilia_hispidissima_DQ197268, 34 Tiquilia_nuttallii_DQ197282, 35 Tiquilia_paronychioides_EF688912, 36 Tournefortia_rubicunda_EF688904, 37 Tricardia_watsonii_AF047775, 38 Vahlia_capensis_AJ429112, 39 Wigandia_urens_AF047763; TREE ndhF_MB = [&R] ((((((((((((12,6,8),11),10),9),7),5),(((((((29,35),31),(34,(28,30))),(32,33)),(2,3)),(14,15)),(((23,36),17),19))),(24,(16,39))),(37,20,(26,27))),(4,(1,13))),(25,(22,(18,21)))),38); END; BEGIN TREES; TITLE Weeks_ITS_Cordioideae_TB; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Coldenia_procumbens_AY321591, 2 Auxemma_glazioviana_AY321593, 3 Auxemma_oncocalyx_AY321592, 4 Cordia_africana_AY176067, 5 Cordia_alliodora_AY321594, 6 Cordia_anderssonii_824, 7 Cordia_anderssonii_825, 8 Cordia_anderssonii_826, 9 Cordia_anderssonii_827, 10 Cordia_anderssonii_828, 11 Cordia_anderssonii_829, 12 Cordia_anderssonii_830, 13 Cordia_anderssonii_832, 14 Cordia_anderssonii_833, 15 Cordia_anderssonii_834, 16 Cordia_anderssonii_835, 17 Cordia_anderssonii_836, 18 Cordia_anderssonii_841, 19 Cordia_anderssonii_842, 20 Cordia_anderssonii_843, 21 Cordia_anderssonii_864, 22 Cordia_anderssonii_865, 23 Cordia_anderssonii_866, 24 Cordia_anderssonii_867, 25 Cordia_anderssonii_868, 26 Cordia_anderssonii_869, 27 Cordia_anderssonii_870, 28 Cordia_anderssonii_872, 29 Cordia_angustifolia_AY321619, 30 Cordia_aspera_AY321595, 31 Cordia_bifurcata_AF402575, 32 Cordia_bonplandii_AY321620, 33 Cordia_bordasii_AY321596, 34 Cordia_borinquensis_AY321597, 35 Cordia_bullata_AY176084, 36 Cordia_cochinchinensis_AY321598, 37 Cordia_collococca_AY176068, 38 Cordia_curassavica_AY321621, 39 Cordia_decandra_AY321599, 40 Cordia_dentata_AY176069, 41 Cordia_ecalyculata_AY321600, 42 Cordia_elaeagnoides_AY321601, 43 Cordia_elliptica_AY321602, 44 Cordia_faulknerae_AY321603, 45 Cordia_galeottiana_AY321604, 46 Cordia_gerascanthus_AY701577, 47 Cordia_gharaf_AY176073, 48 Cordia_glabrata_AY701578, 49 Cordia_globulifera_AY701579, 50 Cordia_goeldiana_AY701580, 51 Cordia_guerckeana_AY701581, 52 Cordia_guineensis_AY321605, 53 Cordia_iguaguana_AY321606, 54 Cordia_igualensis_AY701583, 55 Cordia_insignis_AY701584, 56 Cordia_lauta_AY321622, 57 Cordia_lenis_AF402577, 58 Cordia_leucocephala_AY321623, 59 Cordia_leucophlyctis_840, 60 Cordia_leucophlyctis_844, 61 Cordia_leucophlyctis_854, 62 Cordia_leucophlyctis_856, 63 Cordia_leucophlyctis_857, 64 Cordia_leucophlyctis_858, 65 Cordia_leucophlyctis_859, 66 Cordia_lima_AY321624, 67 Cordia_longipedunculata_AY321625, 68 Cordia_lutea_AY176070, 69 Cordia_macrantha_AY701591, 70 Cordia_mairei_AY321607, 71 Cordia_megalantha_AY701586, 72 Cordia_monoica_AY176071, 73 Cordia_morelosana_AY321608, 74 Cordia_myxa_AF402578, 75 Cordia_nodosa_AY701598, 76 Cordia_panamensis_AY321609, 77 Cordia_parvifolia_AY321610, 78 Cordia_macrocephala_Haught_3371, 79 Cordia_macrocephala_Asplund_15230, 80 Cordia_macrocephala_Gilmartin_566, 81 Cordia_polycephala_845, 82 Cordia_polycephala_846, 83 Cordia_polycephala_847, 84 Cordia_revoluta_837, 85 Cordia_revoluta_838, 86 Cordia_revoluta_839, 87 Cordia_revoluta_848, 88 Cordia_revoluta_849, 89 Cordia_revoluta_850, 90 Cordia_revoluta_851, 91 Cordia_revoluta_852, 92 Cordia_revoluta_853, 93 Cordia_revoluta_860, 94 Cordia_revoluta_861, 95 Cordia_revoluta_862, 96 Cordia_revoluta_863, 97 Cordia_rufescens_AY321611, 98 Cordia_sebestena_AF385773, 99 Cordia_seleriana_AY321612, 100 Cordia_sinensis_AY321613, 101 Cordia_sonorae_AY701593, 102 Cordia_spinescens_AY701587, 103 Cordia_subcordata_AF385774, 104 Cordia_superba_AY321615, 105 Cordia_taguahyensis_AY321616, 106 Cordia_tetrandra_AY701588, 107 Cordia_thaisiana_AY701594, 108 Cordia_tinifolia_AY701595, 109 Cordia_trichotoma_AF402580, 110 Cordia_umbellifera_AY701597, 111 Cordia_varronifolia_AY321617, 112 Patagonula_americana_AY176080, 113 Patagonula_bahiensis_AY321618, 114 Saccellium_lanceolatum_AF402592; TREE ITS_MP_C = [&R] (1,((((2,3),((45,(98,103)),112),99,113),(((5,109),(42,110),(((46,51,71),((49,73,101),54,108)),((48,55),107),50,69)),(39,77)),33,(53,114)),(((4,((40,68),70)),(((36,74),(47,100)),(44,52),72)),((30,(((((34,37),41),(76,106)),75),43)),(97,104,105,111)))),((((((6,8,9,10,11,12,(13,14),15,16,17,18,19,20,(21,22,24,25,26,27),23,28,59,60,61,62,63,64,65),7),(78,79,80)),((29,57),38)),((31,(81,(82,83))),(66,67),(84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96),102),32,35,56),58)); END;