#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 6:59 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Bendiksby M., Schumacher T., Gussarova G., Nais J., Mat-salleh K., Sofiyanti N., Madulid D., Smith S.A., & Barkman T. 2010. Elucidating the evolutionary history of the Southeast Asian, holoparasitic, giant-flowered Rafflesiaceae: Pliocene vicariance, morphological convergence and character displacement. Molecular Phylogenetics and Evolution, . 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Rafflesia_tuan_mudae_KMS5385 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Rhizanthes_infanticida_Nickrent2844 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Sapria_poilanei_AB142 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACTCATCTCCATCTTTAAGGAAGAGATCGACGATCCCAAGTTCTTTTACTCCATTCATAAAGTCTTTTCCGCCGGACGACTCGTAGGAGGTGAGAAGGGTCCTTACTCCGTCCCACACAGTGTACTACTATCGGC------------CCTACCAGGCA------------------ACATCTACCTACACAAGCTCGATCAGGAGATAGGGAGGATCCGACATAAGTACGAAATTACGATTGTTCAGAGAATAAGATCGGTTCTATTAATGACAGGTCGTATTGATGA------CCAAGAAAAGGATGGAGAAGAAGCAAGCTTCAACGCTCCCCAAGGCAAAAGAGCCATTTTTTTTGGGAGGGTAA------TCCAACGCAAAGCGGCCTTTCATTCCCTTGTTTCGTCGTGGCACACCCCCCGG------------------CCCAGGGGGGACCAGAAAACGCCTT------------------CGGCACTTGCCGCCTTTATGAACAAGCCCTCGAGCCTCCTTTGCGCCGCCTTACTCAT------TGAATCCGCCGGTTTGACCCTTCAGGCCGAATTCTATGGTCGAGAACGCTGTAATAAGAATTGGGCCATGAGAGACATTCTTCAGTCTTGCAAAAGAAAGGGCCTGCTGATAGAGCTGGGCGGGGAGG------CGAGACTAGTTATCAGGTCAGAGAGACGCCTGGCCCG------TAAGCTGGCTCCCTTAAAAACCCATTACTTAATCCATCTTTCTTACGCGCGATATGCCAACGACTTACTACTGGGAATCGTAGGTGCCGTAGAGCTTCTCATAGAAATACAAAAACGTATCGCCCAATTCCTACAATCCGGCCTGA---------CAGGCTCGGCAGGATCAACAACAATAGCTGCACGGAGTACGGTAGAATTCCTCGGTACGGTCATTCGGGAAGTTCCTACGAGGACGACGACTCCTATACAATTCTTTCGAGAGCTGGAGAAGCGTATACGGGTAAAGCACCGTATCCATCTAACTGCTTGCCACCTACGCTCCGCCATCCATTCCAAGTTTAGGAACCTA------GGTAATAGTATCCCG---ATCAAACAGCTTACGAAGGAGATGAGCGAAAAAGGGAGTCTACTGGACGGGGT------AGCGGAGACTCTTGGAACAACTGGAGTAAGAAGTCCCCAAGCGAGCGTCTTATGGGGGACCTTCAAGCACATCCGGCAAGGATCAAGGGGGATCTCGTTGTTGCATAGCTCAGGTCGGAGCAACGTGCCATCGGACGTTCAACAGGCAGTCTCACGATCGGGCATGAGTGTCCGG---------TTGTATACTCCCGCGGGTTTGAAGGCGGCGGGGGAAGGAGGGGGACACTGGGCGGGATCTATCAGCAGAGAATTCCCCATCAAGATCGAGGCGCCTATCAAAAAGATACTCCGAAGGCTTCAGGATCGAGGTCTCATTAGCCGAAGAAGACCCTGGCCAATCCACGTGGCCTGCTTGACGAGCGTCAGCGACGGAGACATCGTAAATTGGTCCGCGGGCATCGCGATCAGTCCTCT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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Sapria_ram_AB129 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACTCATCTCCATCTTTAAGGAAGAGATCGACGATCCCAAGTTCTTTTACTCCATTCATAAAGTCTTTTCCGCCGGACGACTCGTAGGAGGTGAGAAGGGTCCTTACTCCGTCCCACACAGTGTACTACTATCGGC------------CCTACCAGGCA------------------ACATCTACCTACACAAGCTCGATCAGGAGATAGGGAGGATCCGACATAAGTACGAAATTACGATTGTTCAGAGAATCAGATCGGTTCTATTAATGACAGGTCGTATTGATGA------CCAAGAAAAGGATGGAGAAGAAGCAAGCTTCAACGCTCCCCAAGGCAAAAGAGCCCTTTTTTTTGGGAGGGTAA------TCCAACGCAAAGCGGCCTTTCATTCCCTTGTTTCGTCGTGGCACACCCCCCGG------------------CCCAGGGGGGACCAGAAAACGCCTT------------------CGGCACTTGCCGCCTTTATGAACAAGCCCTCGAGCCTCCTTTGCGCCGCCTTACTCAT------TGAATCCGCCGGTTTGACCCTTCAGGCCGAATTCTATGGTCGAGAACGCTGTAATAAGAATTGGGCCATGAGAGACATTCTTCAGTCTTGCAAAAGAAAGGGCCTGCTGATAGAGCTGGGCGGGGAGG------CGAGACTAGTTATCAGGTCAGAGAGACGCCTGGCCCG------TAAGCTGGCTCCCTTAAAAACCCATTACTTAATCCATCTTTCTTACGCGCGATATGCCAACGACTTACTACTGGGAATCGTAGGTGCCGTAGAGCTTCTCATAGAAATACAAAAACGTATCGCCCAATTCCTACAATCCGGCCTGA---------CAGGCTCGGCAGGATCAACAACAATAGCTGCACGGAGTACGGTAGAATTCCTCGGTACGGTCATTCGGGAAGTTCCTACGAGGACGACGACTCCTATACAATTCTTTCGAGAGCTGGAGAAGCGTATACGGGTAAAGCACCGTATCCATCTAACTGCTTGCCACCTACGCTCCGCCATCCATTCCAAGTTTAGGAACCTA------GGTAATAGTATCCCG---ATCAAACAGCTTACGAAGGAGATGAGCGAAAAAGGGAGTCTACTGGACGGGGT------AGCGGAGACTCTTGGAACAACTGGAGTAAGAAGTCCCCAAGCGAGCGTCTTATGGGGGACCTTCAAGCACATCCGGCAAGGATCAAGGGGGATCTCGTTGTTGCATAGCTCAGGTCGGAGCAACGTGCCATCGGACGTTCAACAGGCAGTCTCACGATCGGGCATGAGTGTCCGG---------TTGTATACTCCCGCGGGTTTGAAGGCGGCGGGGGAAGGAGGGGGACACTGGGCGGGATCTATCAGCAGAGAATTCCCCATCAAGATCGAGGCGCCTATCAAAAAGATACTCCGAAGGCTTCAGGATCGAGGTCTCATTAGCCGAAGAAGACCCTGGCCAATCCACGTGGCCTGCTTGACGAGCGTCAGCGACGGAGACATCGTAAATTGGTCCGCGGGCATCGCGATCAGTCCTCT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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; END; BEGIN TREES; TITLE Raff_5G_29t_BEAST_TB; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Ixonanthes_chinensis_Chen9812087, 2 Neoscortechinia_kingii_Chase1265, 3 Rafflesia_arnoldii_MB612_2, 4 Rafflesia_azlanii_KMSx1, 5 Rafflesia_cantleyi_CJR1_f5, 6 Rafflesia_gadutensis_MB620_1, 7 Rafflesia_hasseltii_MB637_2, 8 Rafflesia_keithii_TJB402, 9 Rafflesia_kerrii_KMSx2, 10 Rafflesia_lobata_G001, 11 Rafflesia_manillana_ESFx1, 12 Rafflesia_micropylora_MB904_1, 13 Rafflesia_patma_MB404, 14 Rafflesia_pricei_CWD99_01, 15 Rafflesia_rochussenii_MB700_3, 16 Rafflesia_sp_JAV101, 17 Rafflesia_speciosa_FG29001, 18 'Rafflesia tengku-adlinii KNP a15095', 19 Rafflesia_tuan_mudae_KMS5385, 20 Rafflesia_zollingeriana_MB603_3, 21 Rhizanthes_deceptor_MB619_2, 22 Rhizanthes_infanticida_MB608_2, 23 Rhizanthes_infanticida_Nickrent2844, 24 Rhizanthes_lowii_SNP14705, 25 Sapria_himalayana_L7966, 26 Sapria_himalayana_Nickrent4156, 27 Sapria_himalayana_Qui99_028, 28 Sapria_poilanei_AB142, 29 Sapria_ram_AB129; TREE TREE1 = [&R] ((((((21:3.3448602444196593,(23:0.7973305141794121,22:0.7973305141794121):2.5475297302402478):5.669558138287192,24:9.014418382706852):63.87590158714649,((((16:2.32132262908643,10:2.3213226290864295):4.088400227098434,11:6.409722856184864):0.72082691510633,17:7.130549771291194):4.586577617714458,((4:0.3649507496574622,(5:0.13045313477148499,9:0.13045313477148499):0.23449761488597703):3.88587569211964,(((13:1.0286331321282394,15:1.0286331321282391):0.731395834554537,((6:1.0181860275695782,((12:0.4241016959826773,3:0.42410169598267755):0.2444673961058096,7:0.6685690920884865):0.3496169354810911):0.3360536176392317,20:1.3542396452088101):0.4057893214739665):1.1367277507069264,(19:2.6576148069823873,(18:2.1351100027470924,(8:1.326480528528458,14:1.326480528528458):0.8086294742186346):0.5225048042352949):0.23914191040731536):1.354069724387399):7.46630094722855):61.17319258084768):8.326740966843857,(29:8.624934411772081,(28:7.0055818074616685,(27:1.4324095697097439,(25:0.3054698057871588,26:0.3054698057871588):1.126939763922585):5.573172237751924):1.6193526043104125):72.59212652492512):13.447167056450269,2:94.66422799314746):1.0870910814360286,1:95.75131907458349); END;