#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 24, 2024; 13:55 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Percy D., Cronk Q., & Page R. 2004. Plant-insect interactions: double-dating associated insect and plant lineages reveals asynchronous radiations. Systematic Biology, 53(1): 120-127. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1073] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Adenocarpus_anagyrifolius Adenocarpus_bacquei Adenocarpus_boudyi Adenocarpus_complicatus Adenocarpus_decorticans Adenocarpus_mannii Adenocarpus_nainii Adenocarpus_telonensis Argyrocytisus_battandieri Calicotome_villosa Chamaecytisus_proliferus Chamaespartium_tridentatum Crotalaria_podocarpa Cytisus_albidus Cytisus_arboreus Cytisus_scoparius Genista_benehoavensis Genista_cinerea Genista_florida Genista_segonnei Genista_tenera Genista_tinctoria Genista_umbellata Laburnum_anagyroides Retama_monosperma Retama_retamae Retama_sphaerocarpa Spartocytisus_supranubius Teline_canariensis Teline_gomerae Teline_linifolia Teline_maderensis_maderensis Teline_maderensis_paivae Teline_microphylla Teline_monspessulana Teline_nervosa Teline_pallida_pallida Teline_rosmarinifolia Teline_splendens Teline_stenopetala_microphylla_G Teline_stenopetala_microphylla_H Teline_stenopetala_pauciovulata Teline_stenopetala_sericea Teline_stenopetala_stenopetala ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=53; TAXLABELS Arytaina_adenocarpi Arytaina_devia_G Arytaina_devia_insularis_C Arytaina_devia_insularis_P Arytaina_genistae Arytaina_nubivaga Arytaina_vittata Arytainilla_atlantica Arytainilla_cytisi Arytainilla_delarbrei Arytainilla_montivaga Arytainilla_serpentina Arytainilla_spartiophila Arytainilla_sulci Arytainilla_telonensis Arytinnis_berber Arytinnis_canariensis Arytinnis_cognata Arytinnis_diluta Arytinnis_dividens Arytinnis_equitans Arytinnis_fortunata Arytinnis_gomerae Arytinnis_hakani Arytinnis_hupalupa Arytinnis_incuba Arytinnis_menceyata Arytinnis_modica_Cham._H Arytinnis_modica_Cham._P Arytinnis_modica_Teline_H Arytinnis_modica_Teline_P Arytinnis_nigralineata Arytinnis_occidentalis_H Arytinnis_occidentalis_P Arytinnis_ochrita Arytinnis_pileolata Arytinnis_proboscidea Arytinnis_prognata Arytinnis_romeria Arytinnis_umbonata Cacopsylla_alaterni Cyamophila_prohaskai Livilla_adusta Livilla_baetica Livilla_blandula Livilla_caprifuga Livilla_complexa Livilla_ima Livilla_maura Livilla_monospermae_G Livilla_monospermae_P Livilla_retamae Livilla_variegata ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M711] TITLE legume_ITS; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=646; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Adenocarpus_anagyrifolius 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Livilla_retamae GAGTAGTAAAAGGTAATA-TCTAGAAACTCAAAAGATTTGGCGGTATTTCATCTTATTAGAGGAACCTGCTTATTAATTGATATTCCACAACTTAAATTTACTTTTATGAAATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTACTAAAAAGT--AATTTTCGGGAGTTTTT-A-TAGAATTCATGTTAGATCAAGGTGCAGTA-TTTAAAAGAA-AAAAGTGGGTTACATTATTTATTATGGATGAAATTTATGTTTA-GAG--AATTAAAGGAAATGGGATTTAAAAGTA---AAATAGA-ATAATTAAAGATTTTGTATGAATTA-AGATTCTGAAATATG???????????TCTTAGGTCTGATAGGCATGCCTCGACGCTACTCCAACTATCCCGATCTTTTAATTTCTTGAAACATTATTTCTTCTATTGGATCTATAATTTCTCTCTTTTCAGTTATTTTATTTATTATTATTGTATGAGAATCTTTTGTTTCTAAACGACTCCTAATTTTCAATAGAACATTCTCAATAATCGAATGAATTCAAAATTCTCCCCCCATTGAACATAGTTACTCTGAGATCCCTGCAGTTTTAATTAAGTA---ACTAATGTGTCAGAGA-T-AATGTATTAAATTTAAGATTTAACCATGAA----ATTA-TA---TTCCTTTAGTAATAGATTGAATAAAAATTTCACTCTCTGACAATGCTTCCCCAATTATAGAACAATTAATTCTGTTTCATGATTATAGTATACTAATTATTTCAAGAATTCTTTCTATCGTCTCTTTTTTCATAATTAAAATAATCTTAAACACCTTTATTAGAACAAAAATTCTTGAAAATCAAATAATTGAACTTGTATGAACACTAATTCCTACAGTTATTCTTAGATTTATTGCTCTGCCTAGACTCCA{AT}CTCCTGTACTTAATAGATGAACTTAGTAACCCTCTACTAACCATTAAAATTATCG Livilla_variegata GAGTAGTAAGAGGTAAGA-TCTTTAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTGTTAGAGGAACCTGCTTATTAATTGATGTTCCACGACTTTAATTTACTTTTATTAAGTT--ATTTGTATACCGTTGTCATAAATCTACTAAAAAGT--AATTTTTGAGGATTTTT-A-TAGAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTAAAAGAT-TAAAGTGGGTTACATTTTTTATAATGAATGAAAATTATTATTA-AAGT--AATAATGGAAATAGGATTTGAGAGTA---AGAGGAG--CTATTAAAGATTTTATATGAATAA-AGATTCTAAAGTATG???????????TCCTAGGCCTCATAGGAATACCTCGACGATATTCTAACTATCCAGATCTTTTAATTTCATGAAATATTATTTCTTCTATTGGATCAATAATTTCTTTATTTTCAGTAGTTCTATTTGTCGTAATTATTTGAGAATCATTAGTTTCTAAACGATCTATTATTTTCAGTACAAATTTTTCTATAGTTGAATGAGTCCAAAATTTTCCTCCTATTGAACACAGTTACTCTGAGATTCCTGCAATCTTAATTAAGTA---ACTAATGTGTCAGAGT-T-AATGTATTAAATTTAAGATTTAAGTATGAA--AAAGTT-TT--ATTCCTTTAGTAATAGACTGAATAAAAATTTCACTTTCTGATAACGCTTCTCCTATTATAGAACAATTAATTTTATTTCATGATTACACTATATTAATTATTTGCACAATTTTATCCGTAGTTTTCTTCATTATAATAAAAATAATTTATAATAATCTTATTAGAACTAAAATTCTTGAAAATCAAATAGTAGAACTTGTATGGACTCTAATTCCTACAATTATTCTCACATTTATTGCTCTTCCCTCCCTTCACCTTTTATACATTATAGATGAATTAAGTATTCCTCTATTAACAATTAAAATTATTG ; END; BEGIN SETS; CHARSET 12S (CHARACTERS = 'psyllid 12S+CO') = 1-342; CHARSET poor_align (CHARACTERS = 'psyllid 12S+CO') = 152-154 254-264 300-305; CHARSET CO (CHARACTERS = 'psyllid 12S+CO') = 343-981; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'psyllid 12S+CO') = N: 1-981; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'psyllid 12S+CO') = N: 1-981; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6665; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Crotalaria_podocarpa, 2 Chamaecytisus_proliferus, 3 Cytisus_arboreus, 4 Cytisus_scoparius, 5 Retama_sphaerocarpa, 6 Retama_retamae, 7 Retama_monosperma, 8 Calicotome_villosa, 9 Laburnum_anagyroides, 10 Spartocytisus_supranubius, 11 Chamaespartium_tridentatum, 12 Cytisus_albidus, 13 Teline_canariensis, 14 Teline_stenopetala_sericea, 15 Teline_stenopetala_stenopetala, 16 Teline_stenopetala_microphylla_H, 17 Teline_stenopetala_microphylla_G, 18 Teline_stenopetala_pauciovulata, 19 Teline_maderensis_maderensis, 20 Teline_maderensis_paivae, 21 Teline_microphylla, 22 Teline_monspessulana, 23 Teline_pallida_pallida, 24 Teline_nervosa, 25 Teline_rosmarinifolia, 26 Teline_gomerae, 27 Teline_splendens, 28 Teline_linifolia, 29 Genista_segonnei, 30 Genista_cinerea, 31 Genista_umbellata, 32 Genista_tenera, 33 Genista_benehoavensis, 34 Genista_tinctoria, 35 Genista_florida, 36 Adenocarpus_complicatus, 37 Adenocarpus_mannii, 38 Adenocarpus_telonensis, 39 Adenocarpus_boudyi, 40 Adenocarpus_nainii, 41 Adenocarpus_bacquei, 42 Adenocarpus_anagyrifolius, 43 Adenocarpus_decorticans, 44 Argyrocytisus_battandieri; TREE legume_ITS = [&R] (((((44,((43,(42,41)),((40,(39,38)),(37,36)))Adenocarpus,((35,(34,(33,32))),((31,(30,((22,21,20,(19,(16,(15,14))),13),18,17))),(29,(28,(27,26,(25,24,23))))))Genista_group),((12,10,((8,(4,3)),2)),9)Cytisus_group),11),((7,6),5)Retama),1); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6666; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Arytaina_adenocarpi, 2 Arytaina_devia_G, 3 Arytaina_devia_insularis_C, 4 Arytaina_devia_insularis_P, 5 Arytaina_genistae, 6 Arytaina_nubivaga, 7 Arytaina_vittata, 8 Arytinnis_cognata, 9 Arytainilla_cytisi, 10 Arytainilla_delarbrei, 11 Arytinnis_diluta, 12 Arytinnis_dividens, 13 Arytinnis_equitans, 14 Arytinnis_hakani, 15 Livilla_ima, 16 Arytinnis_incuba, 17 Arytinnis_modica_Teline_P, 18 Arytinnis_modica_Cham._P, 19 Arytinnis_modica_Teline_H, 20 Arytinnis_modica_Cham._H, 21 Arytinnis_nigralineata, 22 Arytinnis_pileolata, 23 Arytinnis_proboscidea, 24 Arytinnis_prognata, 25 Arytainilla_spartiophila, 26 Arytainilla_sulci, 27 Arytinnis_umbonata, 28 Arytainilla_serpentina, 29 Arytainilla_atlantica, 30 Arytainilla_telonensis, 31 Arytainilla_montivaga, 32 Arytinnis_romeria, 33 Arytinnis_fortunata, 34 Arytinnis_canariensis, 35 Arytinnis_menceyata, 36 Arytinnis_ochrita, 37 Arytinnis_occidentalis_P, 38 Arytinnis_occidentalis_H, 39 Arytinnis_gomerae, 40 Arytinnis_hupalupa, 41 Arytinnis_berber, 42 Cacopsylla_alaterni, 43 Cyamophila_prohaskai, 44 Livilla_adusta, 45 Livilla_blandula, 46 Livilla_maura, 47 Livilla_monospermae_G, 48 Livilla_monospermae_P, 49 Livilla_retamae, 50 Livilla_variegata, 51 Livilla_caprifuga, 52 Livilla_baetica, 53 Livilla_complexa; TREE 'psyllid 12S+CO' = [&R] (((((((1,((2,4),3)),(6,7)),5),26),((((((((((8,41),((14,16),27)),(((((12,(((17,18),(19,20)),40)),36),35),(21,23)),33)),((((13,39),(37,38)),34),22)),32),24),11),(((44,50),(45,46)),((47,48),49))),((15,(51,52)),(31,53))),(((9,30),((10,28),25)),29))),43),42); END;