#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 1:39 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Casewell N.R., Wagstaff S.C., Harrison R.A., & Wuster W. 2010. Gene tree parsimony of multi-locus snake venom protein families reveals species tree conflict as a result of multiple parallel gene loss. Molecular Biology and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10791] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=42; TAXLABELS Echis_carinatus_sochureki_01G06_ECS00034 Echis_carinatus_sochureki_01H04_ECS00014 Echis_carinatus_sochureki_02C03_ECS00002 Echis_carinatus_sochureki_03F06_ECS00014 Echis_carinatus_sochureki_05A08_ECS00014 Echis_carinatus_sochureki_07B02_ECS00002 Echis_carinatus_sochureki_13C04_ECS00002 Echis_coloratus_01C02_ECO00035 Echis_coloratus_02B02_ECO00035 Echis_coloratus_04H07_ECO00035 Echis_coloratus_05H07_ECO00186 Echis_coloratus_07F07_ECO00086 Echis_coloratus_08A06_ECO00086 Echis_coloratus_09D06_ECO00086 Echis_ocellatus_01F07_EOC00015 Echis_ocellatus_03E06_EOC00140 Echis_ocellatus_04C11_EOC00015 Echis_ocellatus_04E10_EOC00079 Echis_ocellatus_05G03_EOC00015 Echis_ocellatus_09B11_EOC00079 Echis_ocellatus_09G11_EOC00079 Echis_ocellatus_10E05_EOC00015 Echis_pyramidum_leakeyi_01F05_EPL00012 Echis_pyramidum_leakeyi_06B10_EPL00204 Echis_pyramidum_leakeyi_07H08_EPL00071 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M6416] TITLE 'Slowinski et al''s (1997) Elapid phospholipase A2 amino acid dataset alignment'; LINK TAXA = Taxa9; DIMENSIONS NCHAR=126; FORMAT DATATYPE=Protein SYMBOLS= "A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Echis_carinatus_sochureki_01H01_ECS00036 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Echis_pyramidum_leakeyi_13A12_EPL00502 ????????????????????????????AECDINEHRSLILVYNASG--YYCSGTLINQEWVLTAVHCYVENMRIHLGVHNLRLRNKEEQRREASETYFCLPSRNYTRWDKDIMLIKLDRPVNNSTHIAPLSLPSNPPSVGSHCRIMGWGAITSPNVTFPKVPHCANIEIIDYSVCRAAHGGLPAQSRTLCAGILQGGIGSCLGDSGGPLICDGQFQGIVAWGGDTCALPREPVMYTKVFDYTEWIQSIIAGNTAATCPP Echis_pyramidum_leakeyi_13B07_EPL00435 MVLIRVLANLLVLQLSYAQKSSELVIGGAECDINEHRSLALVFNSSG--FICGGTLINHEWVLSAAHCDVENMQIYLGLHNFSPANKEHKKRVAKKKFFCLSSKSYTLWDKDIMLIKLNKPVRNSAHIEPLSLPSNPPRLHSVCRIMGWGSITSPNEKMSYVPHCANINILRYSVCQAIYGGLPDKSRTLCAGILGRRIGSCKGDSGGPLICDGQIQGIVSWVSKPCAHHGAPGM????????????????????????? Homo_sapiens_13897994 MFLLLTALQVLAIAMTQSQEDENKIIGGHTCTRSSQPWQAALLAGPRRRFLCGGALLSGQWVITAAHCGRPILQVALGKHNLR-RWEATQQVLRVVRQVTHPNYNSRTHDNDLMLLQLQQPARIGRAVRPIEVTQACASPGTSCRVSGWGTISSPIARYPASLQCVNINISPDEVCQKAYPRTITPG-MVCAGVPQGGKDSCQGDSGGPLVCRGQLQGLVSWGMERCALPGYPGVYTNLCKYRSWIEETMRDK??????? ; END; BEGIN TREES; TITLE Echis_serine_protease_amino_acid_TB; LINK TAXA = Taxa7; TRANSLATE 1 Echis_pyramidum_leakeyi_13B07_EPL00435, 2 Echis_coloratus_13F10_ECO00419, 3 Echis_carinatus_sochureki_11A11_ECS00134, 4 Echis_coloratus_08A11_ECO00182, 5 Echis_coloratus_05H12_ECO00182, 6 Echis_ocellatus_06E11_EOC00049, 7 Echis_ocellatus_05B06_EOC00049, 8 Echis_ocellatus_03E02_EOC00049, 9 Echis_ocellatus_10B04_EOC00315, 10 Echis_pyramidum_leakeyi_03A08_EPL00141, 11 Echis_pyramidum_leakeyi_13A12_EPL00502, 12 Echis_coloratus_11A06_ECO00285, 13 Echis_coloratus_13E06_ECO00285, 14 Echis_ocellatus_02F07_EOC00181, 15 Echis_ocellatus_02E07_EOC00185, 16 Echis_carinatus_sochureki_11F09_ECS00186, 17 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(33:0.97879,(((1:0.013815,2:0.034002)1.00:0.16553,((((3:0.01513,((5:0.015526,6:0.007594)0.20:0.007547,7:0.015048)0.20:0.007752)0.98:0.015079,8:0.007598)0.23:0.007858,(4:0.017612,9:0.020098)0.28:0.011087)0.97:0.026708,10:0.035624)1.00:0.059327)1.00:0.179034,(11:0.035984,12:0.009504)1.00:0.234616)1.00:0.226081,(((((13:0.015806,14:0.007906)0.90:0.015251,(15:0.007873,16:0.047879)0.34:0.009323)1.00:0.113498,((18:0.009967,((((19:0.015661,24:0.007829)0.11:0.0079,(((20:0.016027,21:0.007846)0.34:0.008477,22:0.031992)0.94:0.015583,23:0.023627)0.11:0.008127)0.06:0.007967,25:0.031746)0.27:0.014038,26:0.039822)0.37:0.014465)0.53:0.027221,(27:0.015447,(28:0.007754,29:0.015606)0.33:0.007937)0.98:0.046086)1.00:0.147875)0.49:0.035702,17:0.0375)1.00:0.150756,((30:0.011022,31:0.020143)1.00:0.134726,32:0.12621)0.99:0.095689)1.00:0.220481); END; BEGIN TREES; TITLE 'Slowinski et al''s (1997) Elapid nerotoxin amino acid dataset TB'; LINK TAXA = Taxa11; TRANSLATE 1 Acanthophis_antarcticus_P01434, 2 Aipysurus_laevis_P19958, 3 Aipysurus_laevis_P19959, 4 Aipysurus_laevis_P19960, 5 Aipysurus_laevis_P32879, 6 Astrotia_stokesii_P01438, 7 Naja_annulata_P34075, 8 Boulengerina_christyi_P34076, 9 Bungarus_fasciatus_P10808, 10 Enhydrina_schistosa_P25492, 11 Enhydrina_schistosa_P25493, 12 Hemachatus_haemachatus_P01425, 13 Hemachatus_haemachatus_P01433, 14 Hydrophis_cyanocinctus_P25494, 15 Hydrophis_lapemoides_P01437, 16 Laticauda_colubrina_P10455, 17 Laticauda_colubrina_P10456, 18 Laticauda_colubrina_P10457, 19 Laticauda_crockeri_P10458, 20 Laticauda_crockeri_P25495, 21 Laticauda_crockeri_P25496, 22 Laticauda_laticaudata_P10459, 23 Laticauda_laticaudata_P10460, 24 Laticauda_semifasciata_P01435, 25 Naja_atra_P01430, 26 Naja_haje_P01420, 27 Naja_haje_P01421, 28 Naja_haje_P01422, 29 Naja_haje_P01429, 30 Naja_haje_P25675, 31 Naja_kaouthia_P14613, 32 Naja_melanoleuca_P01424, 33 Naja_mossambica_P01431, 34 Naja_mossambica_P01432, 35 Naja_nigricollis_P01423, 36 Naja_oxiana_P01427, 37 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END; BEGIN TREES; TITLE 'Slowinski et al''s (1997) Elapid phospholipase A2 amino acid dataset TB'; LINK TAXA = Taxa9; TRANSLATE 1 Aipysurus_laevis_P08872, 2 Aspidelaps_scutatus_P07037, 3 Bungarus_fasciatus_P00627, 4 Bungarus_fasciatus_P00628, 5 Bungarus_fasciatus_P00629, 6 Bungarus_fasciatus_P14411, 7 Bungarus_fasciatus_P14615, 8 Bungarus_fasciatus_P29601, 9 Bungarus_multicinctus_P00606, 10 Bungarus_multicinctus_P00617, 11 Bungarus_multicinctus_P00618, 12 Bungarus_multicinctus_P00619, 13 Bungarus_multicinctus_P17934, 14 Enhydrina_schistosa_P00610, 15 Hemachatus_haemachatus_P00595, 16 Laticauda_colubrina_P10116, 17 Laticauda_colubrina_129479, 18 Laticauda_laticaudata_129512, 19 Laticauda_semifasciata_P00611, 20 Laticauda_semifasciata_P00612, 21 Laticauda_semifasciata_P00613, 22 Maticora_bivirgata_P24644, 23 Naja_atra_P00598, 24 Naja_kaouthia_P00596, 25 Naja_kaouthia_P00597, 26 Naja_melanoleuca_P00599, 27 Naja_melanoleuca_P00600, 28 Naja_melanoleuca_P00601, 29 Naja_mossambica_P00602, 30 Naja_mossambica_P00603, 31 Naja_mossambica_P00604, 32 Naja_naja_P15445, 33 Naja_nigricollis_P00605, 34 Naja_oxiana_P25498, 35 Naja_pallida_P14556, 36 Notechis_scutatus_P00607, 37 Notechis_scutatus_P00608, 38 Notechis_scutatus_P00609, 39 Notechis_scutatus_P08873, 40 Notechis_scutatus_P20146, 41 Oxyuranus_scutellatus_P00614, 42 Oxyuranus_scutellatus_P00615, 43 Pseudechis_australis_P04056, 44 Pseudechis_australis_P04057, 45 Pseudechis_australis_P20250, 46 Pseudechis_australis_P20251, 47 Pseudechis_australis_P20252, 48 Pseudechis_australis_P20253, 49 Pseudechis_australis_P20254, 50 Pseudechis_australis_P20255, 51 Pseudechis_australis_P20256, 52 Pseudechis_australis_P20257, 53 Pseudechis_porphyriacus_P20258, 54 Pseudechis_porphyriacus_P20259, 55 Pseudonaja_textilis_P23026, 56 Pseudonaja_textilis_P23027, 57 Pseudonaja_textilis_P30811, 58 Oxyuranus_scutellatus_P00616_outgroup; TREE Elapid_PLA2 = [&R] 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Echis_pyramidum_leakeyi_06A03_EPL00112, 99 Echis_pyramidum_leakeyi_14F02_EPL00112, 100 Echis_coloratus_05G06_ECO00038, 101 Echis_coloratus_07G07_ECO00038, 102 Echis_carinatus_sochureki_07F10_ECS00098, 103 Echis_carinatus_sochureki_12F05_ECS00098, 104 Echis_carinatus_sochureki_14H07_ECS00098, 105 Echis_carinatus_sochureki_04D10_ECS00098, 106 Echis_carinatus_sochureki_10F02_ECS00140, 107 Echis_ocellatus_08D01_EOC00334, 108 Echis_ocellatus_07H03_EOC00334, 109 Echis_ocellatus_10C11_EOC00305, 110 Echis_ocellatus_06D12_EOC00092, 111 Echis_ocellatus_04H12_EOC00056, 112 Echis_coloratus_12F04_ECO00158, 113 Echis_ocellatus_09A05_EOC00372, 114 Echis_coloratus_06E11_ECO00230, 115 Echis_carinatus_sochureki_04C06_ECS00045, 116 Rattus_norvegicus_51854250; TREE 'C-type lectin AA' = [&R] (116:1.580572,(86:0.01196,((87:0.022698,88:0.031503)0.89:0.015823,89:0.136223)0.47:0.013469)1.00:0.478437,(((((((((((1:0.007468,2:0.01397)0.97:0.014542,3:0.021041)1.00:0.095182,4:0.114143)1.00:0.076896,5:0.064388)1.00:0.095229,(6:0.023195,7:0.007812)1.00:0.19367)0.98:0.095146,(((((8:0.014456,9:0.00712)1.00:0.024819,(10:0.007456,11:0.0148)1.00:0.026592)1.00:0.107576,(((12:0.007242,14:0.014445)0.15:0.007463,(13:0.014658,15:0.01461)0.15:0.00721)0.20:0.010513,16:0.016345)1.00:0.060372)0.90:0.032534,17:0.064809)0.96:0.064081,((18:0.007859,19:0.015474)0.91:0.018693,(20:0.015696,21:0.008038)1.00:0.046282)1.00:0.097818)0.81:0.075123)1.00:0.125199,(((((22:0.007045,23:0.014134)0.35:0.007831,24:0.013861)1.00:0.277919,(((((25:0.007228,26:0.014408)0.16:0.007337,(27:0.014668,29:0.05242)0.15:0.007372)0.26:0.011944,28:0.027607)1.00:0.06686,30:0.112939)1.00:0.110096,(31:0.00826,32:0.051048)1.00:0.072603)1.00:0.147709)0.99:0.168111,((59:0.017588,60:0.010245)0.99:0.076232,61:0.064169)1.00:0.64589)0.86:0.143835,((33:0.129581,34:0.056473)0.99:0.102757,(35:0.010812,36:0.010871)1.00:0.318473)1.00:0.287452)0.94:0.140954)0.72:0.09359,((((37:0.012916,38:0.023045)1.00:0.074594,((42:0.014105,43:0.007053)0.34:0.007302,44:0.01431)1.00:0.079948)0.59:0.038395,((39:0.021686,40:0.035752)0.98:0.01523,41:0.007197)1.00:0.074712)1.00:0.417611,((((45:0.014285,46:0.007863)1.00:0.023152,47:0.014067)1.00:0.086649,((48:0.007654,49:0.029173)0.99:0.041118,((50:0.007755,51:0.014624)1.00:0.051979,52:0.052563)1.00:0.057664)0.98:0.049406)1.00:0.227367,((53:0.029334,54:0.01457)0.39:0.010093,(((55:0.006988,57:0.108507)1.00:0.036643,56:0.052598)0.60:0.013263,58:0.210495)0.97:0.031679)1.00:0.335885)0.99:0.127775)0.94:0.143062)1.00:0.405526,(((((((((((90:0.008327,91:0.025709)0.98:0.017057,92:0.008651)0.91:0.023681,(97:0.008354,(98:0.016522,99:0.008186)0.99:0.033069)0.95:0.019316)0.57:0.016648,(93:0.022173,94:0.010893)0.71:0.017012)0.29:0.008726,95:0.008433)0.94:0.023914,96:0.010403)0.93:0.051638,(100:0.00889,101:0.01627)1.00:0.043908)1.00:0.094328,(((102:0.008197,103:0.015417)0.98:0.01684,(104:0.00798,105:0.02409)0.91:0.015861)0.99:0.04166,106:0.016767)0.99:0.097813)0.83:0.060568,((107:0.007714,(108:0.015606,109:0.015502)0.20:0.007913)0.21:0.00832,(110:0.008106,111:0.031627)0.97:0.015912)1.00:0.127539)0.98:0.11274,(112:0.092353,113:0.180038)0.98:0.071258)0.98:0.24017,(114:0.022358,115:0.089115)1.00:0.436827)0.96:0.217831)0.56:0.119984,(((((62:0.031124,63:0.009291)1.00:0.102066,((64:0.010856,65:0.022333)1.00:0.037147,(66:0.008028,67:0.050845)1.00:0.053407)1.00:0.069198)0.58:0.037585,((69:0.016246,70:0.008005)0.74:0.019551,71:0.025504)1.00:0.403967)0.99:0.096665,68:0.144379)0.99:0.10362,((72:0.03112,73:0.016132)0.99:0.06999,74:0.137625)1.00:0.244504)1.00:0.160896)0.67:0.20244,(((75:0.016462,76:0.008263)1.00:0.127271,77:0.105051)0.98:0.069124,((((((78:0.008013,79:0.015474)0.18:0.007789,(82:0.023147,85:0.083265)0.21:0.009545)0.70:0.015331,80:0.00855)0.72:0.01576,81:0.018326)0.96:0.026634,83:0.061708)0.51:0.020135,84:0.068167)0.97:0.04552)1.00:0.28659)0.51:0.180189); 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(32:2.230847,((((((((14:0.005396,16:0.001341)0.35:0.001469,(15:0.001352,17:0.002698)0.96:0.002637)1.00:0.026683,(18:0.002566,19:0.080257)0.98:0.031488)0.95:0.019935,20:0.025994)0.92:0.057383,(29:0.016341,30:0.014348)1.00:0.141909)0.69:0.022223,21:0.097391)0.36:0.010639,(23:0.00266,24:0.006171)1.00:0.13145)0.39:0.01566,22:0.09257)0.54:0.027364,((((((1:0.0034,(2:0.003031,3:0.001475)0.38:0.001649)0.99:0.012773,4:0.010601)0.98:0.020866,5:0.028888)0.96:0.080261,((((6:0.004324,7:0.00148)1.00:0.046651,((8:0.006318,10:0.001365)0.99:0.004011,9:0.001543)1.00:0.070176)0.99:0.02505,(11:0.033448,(12:0.007849,13:0.002378)1.00:0.024158)1.00:0.080439)0.55:0.015627,31:0.085394)0.60:0.015447)0.79:0.018652,28:0.131562)0.58:0.02191,((25:0.001498,27:0.008489)0.90:0.004535,26:0.016086)0.96:0.085471)0.47:0.027604); END; BEGIN TREES; TITLE 'Echis C-type lectin DNA TB'; LINK TAXA = Taxa10; TRANSLATE 1 Echis_pyramidum_leakeyi_04A06_EPL00388, 2 Echis_carinatus_sochureki_07G07_ECS00346, 3 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