#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 8:08 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Lawrey J., Diederich P., Nelsen M., Sikaroodi M., Gillevet P., Brand M., & Van den boom P. 2011. The obligately lichenicolous genus Lichenoconium represents a novel lineage in the Dothideomycetes. Fungal Biology, 115: 176-187. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10803] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=52; TAXLABELS Amanita_muscaria Botryosphaeria_dothidea Botryotinia_fuckeliana Camarops_ustulinoides Capnodium_coffeae Capronia_pilosella Chlorociboria_aeruginosa Cladonia_caroliniana Combea_mollusca Cudoniella_cf_clavus Debaryomyces_hansenii Dendrographa_leucophaea_minor Dermatocarpon_miniatum Diaporthe_eres Dothidea_insculpta Eleutherascus_lectardii Ganoderma_australe Geoglossum_nigritum Glomerella_cingulata Lachnum_virgineum Lecanactis_abietina Lempholemma_polyanthes Lichenoconium_aeruginosum Lichenoconium_erodens Lichenoconium_lecanorae Lichenoconium_usneae Lobaria_scrobiculata Monilinia_laxa Morchella_cf_esculenta Mycosphaerella_fijiensis Nectria_cinnabarina Peltula_umbilicata Penicillium_freii Phaeotrichum_benjaminii Phoma_herbarum Pleospora_herbarum_var_herbarum Pyrenula_pseudobufonia Pyxine_subcinerea Rhizopus_oryzae Roccellographa_cretacea Saccharomyces_cerevisiae Schismatomma_decolorans Scutellinia_scutellata Sparassis_crispa Sphinctrina_turbinata Spiromastix_warcupii Suillus_cavipes Taphrina_deformans Taphrina_wiesneri Verpa_conica Verticillium_dahliae Xylaria_hypoxylon ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=92; TAXLABELS Acrospermum_adeanum_ Acrospermum_compressum_ Aliquandostipite_khaoyaiensis Anisomeridium_ubianum Arthopyrenia_salicis_1 Arthopyrenia_salicis_2 Asterina_fuchsiae_ Asterina_phenacis_ Astrothelium_cinnamomeum Aureobasidium_pullulans 'Bimuria novae-zelandiae' Botryosphaeria_dothidea Capnodium_coffeae Catinella_olivacea Cenococcum_geophilum_1 Cercospora_beticola Cladosporium_cladosporioides Cochliobolus_heterostrophus Cochliobolus_sativus Combea_mollusca Coniothyrium_palmarum Cystocoleus_ebeneus_1 Delitschia_winteri Dendrographa_leucophaea_minor_2 Dendryphiella_arenaria Dendryphiopsis_atra Devriesia_strelitziae Dothidea_insculpta Dothidea_sambuci Dothiora_cannabinae Elasticomyces_elasticus Elsinoe_centrolobi Elsinoe_phaseoli Elsinoe_veneta Encephalographa_elisae Farlowiella_carmichaeliana_2 Flavobathelium_epiphyllum Friedmanniomyces_endolithicus Guignardia_gaultheriae Herpotrichia_diffusa Hortaea_werneckii Hysteropatella_clavispora Hysteropatella_elliptica Jahnula_sangamonensis Kirschsteiniothelia_aethiops Laurera_megasperma Lecanactis_abietina Lichenoconium_aeruginosum Lichenoconium_erodens Lichenoconium_lecanorae Lichenoconium_usneae Lophiostoma_heterosporum Lophium_mytilinum Macrophomina_phaseolina Megalotremis_verrucosa Microthyrium_microscopicum Mycomicrothelia_hemisphaerica Mycosphaerella_punctiformis Myriangium_duriaei Neofusicoccum_ribis Oedohysterium_insidens Phaeotrichum_benjaminii Phoma_herbarum Phyllobathelium_anomalum Pleospora_herbarum_var_herbarum Preussia_terricola Pyrenophora_phaeocomes 'Pyrenophora tritici-repentis' Racodium_rupestre_1 Racodium_rupestre_2 Roccellographa_cretacea Schismatomma_decolorans Scorias_spongiosa Sporormiella_minima Stylodothis_puccinioides Sydowia_polyspora Trematosphaeria_pertusa_2 Trichodelitschia_munkii Trimmatostroma_abietis Trypethelium_marcidum Trypethelium_nitidiusculum Trypethelium_tropicum Tubeufia_cerea Tubeufia_paludosa Tyrannosorus_pinicola Ulospora_bilgramii Venturia_chlorospora Venturia_inaequalis Westerdykella_cylindrica Zopfia_rhizophila rock_isolate_TRN111 rock_isolate_TRN235 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M7581] TITLE Dothideomycetes_Alignment; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=5552; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Acrospermum_compressum_ 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Aliquandostipite_khaoyaiensis 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Anisomeridium_ubianum 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Arthopyrenia_salicis_1 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Arthopyrenia_salicis_2 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Asterina_fuchsiae_ 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Astrothelium_cinnamomeum 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'Bimuria novae-zelandiae' 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Capnodium_coffeae 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Catinella_olivacea 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Cenococcum_geophilum_1 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Cercospora_beticola 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Cladosporium_cladosporioides 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Cochliobolus_heterostrophus 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Cochliobolus_sativus 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Combea_mollusca 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Coniothyrium_palmarum 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Cystocoleus_ebeneus_1 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Delitschia_winteri 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Guignardia_gaultheriae 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Herpotrichia_diffusa 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Hortaea_werneckii 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Hysteropatella_clavispora 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Myriangium_duriaei 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Preussia_terricola 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Scorias_spongiosa 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Sporormiella_minima 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Stylodothis_puccinioides 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Sydowia_polyspora 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Trematosphaeria_pertusa_2 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Ulospora_bilgramii 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Venturia_inaequalis 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Westerdykella_cylindrica 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Botryosphaeria_dothidea 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Botryotinia_fuckeliana 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Camarops_ustulinoides 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Capronia_pilosella 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Chlorociboria_aeruginosa 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Cladonia_caroliniana 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Geoglossum_nigritum 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Glomerella_cingulata 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Lachnum_virgineum 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Lempholemma_polyanthes 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Lichenoconium_aeruginosum 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Nectria_cinnabarina 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Penicillium_freii 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Phaeotrichum_benjaminii 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Sphinctrina_turbinata 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Taphrina_wiesneri 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Verpa_conica 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Verticillium_dahliae 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Xylaria_hypoxylon 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; END; BEGIN SETS; CHARSET excluded (CHARACTERS = Lichenoconium_Ascomycota_Alignment) = 1-55 64 145-158 181-203 251-281 464-530 563-566 577-597 605-628 642-807 815 892-893 902 931-946 975-976 1121-1123 1139-1558 1595-1596 1602-1614 1663 1705 1723-1727 1909-2147 2156-2268 2291 2343-2350 2378-5268 5354 5359-5500 5518 5530-5557 5571-5640 5649-5736 5752 5761 5790 5798 5805 5820-6019 6031-6036 6041 6123-6689 6734-6903 6945-6946 6963-6964 6971 6975 6983-7130 7136-7739; END; BEGIN TREES; TITLE Dothideomycetes_TB; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Combea_mollusca, 2 Dendrographa_leucophaea_minor_2, 3 Lecanactis_abietina, 4 Roccellographa_cretacea, 5 Schismatomma_decolorans, 6 Aliquandostipite_khaoyaiensis, 7 Anisomeridium_ubianum, 8 Arthopyrenia_salicis_1, 9 Arthopyrenia_salicis_2, 10 Astrothelium_cinnamomeum, 11 Aureobasidium_pullulans, 12 'Bimuria novae-zelandiae', 13 Botryosphaeria_dothidea, 14 Capnodium_coffeae, 15 Catinella_olivacea, 16 Cenococcum_geophilum_1, 17 Cercospora_beticola, 18 Cladosporium_cladosporioides, 19 Cochliobolus_heterostrophus, 20 Cochliobolus_sativus, 21 Coniothyrium_palmarum, 22 Cystocoleus_ebeneus_1, 23 Delitschia_winteri, 24 Dendryphiella_arenaria, 25 Dendryphiopsis_atra, 26 Devriesia_strelitziae, 27 Dothidea_insculpta, 28 Dothidea_sambuci, 29 Dothiora_cannabinae, 30 Elasticomyces_elasticus, 31 Elsinoe_centrolobi, 32 Elsinoe_phaseoli, 33 Elsinoe_veneta, 34 Encephalographa_elisae, 35 Farlowiella_carmichaeliana_2, 36 Flavobathelium_epiphyllum, 37 Friedmanniomyces_endolithicus, 38 Guignardia_gaultheriae, 39 Herpotrichia_diffusa, 40 Hortaea_werneckii, 41 Hysteropatella_clavispora, 42 Hysteropatella_elliptica, 43 Jahnula_sangamonensis, 44 Kirschsteiniothelia_aethiops, 45 Laurera_megasperma, 46 Lichenoconium_aeruginosum, 47 Lichenoconium_erodens, 48 Lichenoconium_lecanorae, 49 Lichenoconium_usneae, 50 Lophiostoma_heterosporum, 51 Lophium_mytilinum, 52 Macrophomina_phaseolina, 53 Megalotremis_verrucosa, 54 Microthyrium_microscopicum, 55 Mycomicrothelia_hemisphaerica, 56 Mycosphaerella_punctiformis, 57 Myriangium_duriaei, 58 Neofusicoccum_ribis, 59 Oedohysterium_insidens, 60 Phaeotrichum_benjaminii, 61 Phoma_herbarum, 62 Phyllobathelium_anomalum, 63 Pleospora_herbarum_var_herbarum, 64 Preussia_terricola, 65 Pyrenophora_phaeocomes, 66 'Pyrenophora tritici-repentis', 67 Racodium_rupestre_1, 68 Racodium_rupestre_2, 69 rock_isolate_TRN111, 70 rock_isolate_TRN235, 71 Scorias_spongiosa, 72 Sporormiella_minima, 73 Stylodothis_puccinioides, 74 Sydowia_polyspora, 75 Trematosphaeria_pertusa_2, 76 Trichodelitschia_munkii, 77 Trimmatostroma_abietis, 78 Trypethelium_marcidum, 79 Trypethelium_nitidiusculum, 80 Trypethelium_tropicum, 81 Tubeufia_cerea, 82 Tubeufia_paludosa, 83 Tyrannosorus_pinicola, 84 Ulospora_bilgramii, 85 Venturia_chlorospora, 86 Venturia_inaequalis, 87 Westerdykella_cylindrica, 88 Zopfia_rhizophila, 89 Acrospermum_adeanum_, 90 Acrospermum_compressum_, 91 Asterina_phenacis_, 92 Asterina_fuchsiae_; TREE Imported_tree_0 = [&R] (((41:0.004034171719898604,42:0.005858364939591718):0.03345940703023683,((((((7:0.03452103984097844,53:0.08437524500319127):0.11546745054301531,(25:0.0021175259439324807,44:1.47512981135334E-6):0.14193087408035876):0.012729322283510308,((83:0.004313037967013646,(86:0.008110506626881939,85:3.130022215881622E-4):0.011749562995026872):0.028407020810217277,(54:0.17839688320984684,(76:0.013797350353232892,60:0.0023990535153688825):0.012415580707954819):0.025591018939916794):0.01802984308071476):0.014914038305823881,(35:0.10959078831583322,(((((36:0.047959596677360786,62:0.027945312617188207):0.04383257969182587,34:0.047741160067788835):0.014972494565198254,((91:0.01393823797363639,92:0.05272449393638977):0.05784426436366384,(89:0.06444005817538397,90:0.0544793989184746):0.05035963584545076):0.028914610304518286):0.0213703433813287,((48:1.47512981135334E-6,(46:0.010397198102288615,(47:1.47512981135334E-6,49:0.0012821859802670445):1.47512981135334E-6):0.002116390535369429):0.032760399613874364,(6:0.025519719445854298,43:0.055721578825313325):0.06273316420442786):1.47512981135334E-6):0.009549848700230639,(((84:0.015097181819878859,(((8:1.47512981135334E-6,9:1.47512981135334E-6):0.030639415247566155,((12:0.034568404148761465,(61:0.007470829690058645,(21:0.015280397406381834,(((19:1.47512981135334E-6,20:1.47512981135334E-6):0.001567464896282149,(24:5.56777191821767E-4,63:1.47512981135334E-6):2.04035862285514E-6):0.010464570651541497,(65:0.0011383182163955054,66:0.006933443736953555):0.006434068358326693):0.01990624194772906):0.0043159097008291505):0.007085428039201436):0.011668821586132602,(75:0.004544405919568737,39:0.01557921854638392):0.017460233703195095):0.005604298624268571):0.0028479968263392824,(50:0.0262716688047032,(87:0.03808835155860696,(64:0.01425711496609806,72:0.013716028643761737):0.0017315498042919848):0.00300196612236469):0.005748754200257168):0.016500567075897414):0.01116185153971394,(88:0.019226068381032576,23:0.04057318844638014):0.005902687933188778):0.027243895250551844,(16:0.036206895298510365,(59:0.08024803256049379,51:0.04699107703682802):1.47512981135334E-6):0.007119345758795958):0.014309459771894526):0.017399580517042906):5.908280129692994E-4):0.006481713816670594,((15:0.059265909511301625,(55:0.041588650829152,(80:0.035978096749145046,(45:0.02502126048702926,((78:0.040995871146967046,10:0.015614118466044812):0.008533622897870803,79:0.005150254933755377):0.008049201782388365):0.04725983216888712):0.04670887819285426):0.1307415901248375):0.003973237582673484,(38:0.041815291560386866,((58:0.006790726977948487,13:0.003379930256128694):0.003240695709924578,52:0.0018188855863636659):0.008572880933425906):0.016978195940015317):0.003931788154451906):0.0054707235272744015,(((70:0.018338581781521836,(33:0.0038616129066752296,(31:0.0028593263699632316,(32:0.0022382533476607742,57:0.054133489350501794):0.0017563823053636219):0.00709753967269329):0.0399693612434825):0.015674379691127123,((11:0.015322762895099476,((27:0.0010586430515633666,(28:0.0031729451202999748,73:0.005318879989663238):1.47512981135334E-6):0.004739337999509094,(74:0.0033720982966186286,29:0.00304713985024731):0.0018624137205533065):0.007493987182934764):0.017030300170096064,((18:0.09020604755839316,((14:0.032578682571520766,71:0.023573726277409824):0.00678644892214445,(((77:0.018955975090816028,(30:0.00459410943549088,37:0.02976030782364044):0.02027710757168743):0.0045855122147263816,40:0.02600315681629372):0.009044560983792905,((69:0.07356926578605336,(26:0.049130223472038145,22:0.0896927740996135):0.0030516079953858406):0.0229071584568179,(17:0.023518008133461814,56:0.01779624576437709):0.01098114483318212):0.006258577150027921):0.005585775681337698):0.00399408303376686):0.004501331135043723,(68:0.010451487354206685,67:1.47512981135334E-6):0.03424885775248503):0.010113237262101083):0.01141575824567077):0.008166416369523857,(81:0.05302678788770113,82:0.011069571010741026):0.04202753165902438):0.003300042831411628):0.0017429426217046096):0.03690896130417424,(((5:0.006773906232428213,2:0.01664881680377336):0.011130991484592711,3:0.0076552424651077635):0.03894533528954169,(4:0.04283813846303642,1:0.06075058277090104):0.012279898496537303):0.03690896130417424); END; BEGIN TREES; TITLE Ascomycota_TB; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Rhizopus_oryzae, 2 Amanita_muscaria, 3 Botryosphaeria_dothidea, 4 Botryotinia_fuckeliana, 5 Camarops_ustulinoides, 6 Capnodium_coffeae, 7 Capronia_pilosella, 8 Chlorociboria_aeruginosa, 9 Cladonia_caroliniana, 10 Combea_mollusca, 11 Cudoniella_cf_clavus, 12 Debaryomyces_hansenii, 13 Dendrographa_leucophaea_minor, 14 Dermatocarpon_miniatum, 15 Diaporthe_eres, 16 Dothidea_insculpta, 17 Eleutherascus_lectardii, 18 Ganoderma_australe, 19 Geoglossum_nigritum, 20 Glomerella_cingulata, 21 Lachnum_virgineum, 22 Lecanactis_abietina, 23 Lempholemma_polyanthes, 24 Lichenoconium_aeruginosum, 25 Lichenoconium_erodens, 26 Lichenoconium_lecanorae, 27 Lichenoconium_usneae, 28 Lobaria_scrobiculata, 29 Monilinia_laxa, 30 Morchella_cf_esculenta, 31 Mycosphaerella_fijiensis, 32 Nectria_cinnabarina, 33 Peltula_umbilicata, 34 Penicillium_freii, 35 Phaeotrichum_benjaminii, 36 Phoma_herbarum, 37 Pleospora_herbarum_var_herbarum, 38 Pyrenula_pseudobufonia, 39 Pyxine_subcinerea, 40 Roccellographa_cretacea, 41 Saccharomyces_cerevisiae, 42 Schismatomma_decolorans, 43 Scutellinia_scutellata, 44 Sparassis_crispa, 45 Sphinctrina_turbinata, 46 Spiromastix_warcupii, 47 Suillus_cavipes, 48 Taphrina_deformans, 49 Taphrina_wiesneri, 50 Verpa_conica, 51 Verticillium_dahliae, 52 Xylaria_hypoxylon; TREE ML_tree_from_RAxML = [&R] ((((47:0.10122584940141577,2:0.05391139286660998):0.033970807772220356,(18:0.02564596281416312,44:0.038280099026879025):0.011582329057676505):0.11499319286330914,(((((43:0.03559347571510236,17:0.03388155874450615):0.018100502000925195,(30:0.018172115642454856,50:0.004069563245393546):0.05230772705221358):0.01185375155494518,(19:0.022475896528758,(((((10:0.04306929368242555,40:0.029861321652781186):0.016342680739489766,(22:0.004644270688736306,(13:0.01012147123746786,42:0.0038842687013643856):0.004259749383552913):0.027142148256019055):0.05606581386654598,((((37:0.016462084121969426,36:9.750794620783554E-4):0.05773694200175348,(26:1.48409897670478E-6,(24:0.005125981591553503,(25:1.48409897670478E-6,27:0.001019662192865518):1.48409897670478E-6):0.0016340177184248552):0.01789290305888115):0.016124365103927906,3:0.022573756116343515):0.00412819971600555,(35:0.05416668561618165,((31:0.030492328726864096,6:0.022321315127572017):0.011441833776364636,16:0.028434401464888577):0.005619427482363127):0.0052224018290500645):0.012396335089918331):0.005556940269376777,(((52:0.04604543167011763,(5:0.029892978860326914,(15:0.06511373460826732,((51:0.07269098402894701,20:0.03251968350021042):0.029106895924335876,32:0.0434665545925148):0.02411493074817158):0.011325921406541777):0.013554050211283194):0.11364710668953654,((11:0.011947990325383944,21:0.011082454778573704):0.007966195239345372,((4:0.008961880722021209,29:9.99967240921003E-4):0.030528589530705405,8:0.04868025349464258):0.004607982306840502):0.021832365655131348):0.011982515886402293,((39:0.08474154133401883,(9:0.019019269456964357,28:0.061884012479925685):0.007951605978438477):0.01622940755735169,(45:0.04596222395950776,((38:0.059994737113983856,(14:0.05558042439081208,7:0.039250394426071915):0.021517274480380842):0.01658539273245997,(46:0.05067302917173937,34:0.05310310788780178):0.031245795155643317):0.011114209014678937):0.013243377127227033):0.0020544270310583904):0.004642731437102369):0.005514544288238495,(23:0.0760097149726535,33:0.03701117659308811):0.04075359520787878):0.004318042354752116):0.013908568641317239):0.06256415498382241,(12:0.06267278893345611,41:0.11552139162208476):0.08557492097979215):0.04870072205373301,(48:0.001707828307113996,49:1.48409897670478E-6):0.06658809156597381):0.05449108563049794):0.10647447727414142,1:0.10647447727414142); END;