#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 22:50 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Spinks P., Shaffer H., Mccord W., & Iverson J. 2004. Phylogenetic hypotheses for the turtle family Geoemydidae. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1097] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=80; TAXLABELS Batagur_baska_baska Callagur_borneoensis Chrysemys_picta Clemmys_guttata Cuora_amboinensis_amboinensis Cuora_amboinensis_couro Cuora_amboinensis_kamaroma Cuora_amboinensis_lineata Cuora_aurocapitata Cuora_flavomarginata_evelynae Cuora_flavomarginata_sinensis Cuora_mccordi Cuora_mouhotii Cuora_pani Cuora_picturata Cuora_serrata Cuora_trifasciata Cuora_zhoui Cyclemys_atripons Cyclemys_dentata Cyclemys_tcheponensis Emys_blandingii Emys_marmorata Emys_orbicularis Geoclemys_hamiltonii Geoemyda_japonica Geoemyda_spengleri Glyptemys_insculpta Glyptemys_muhlenbergii Gopherus_agassizii Hardella_thurjii_thurjii Heosemys_depressa Heosemys_grandis Heosemys_spinosa Hieremys_annandalii Indotestudo_elongata Indotestudo_forstenii Indotestudo_travancorica Kachuga_dhongoka Leucocephalon_yuwonoi Malayemys_subtrijuga Manouria_emys Mauremys_annamensis Mauremys_caspica Mauremys_iversoni_1 Mauremys_iversoni_2 Mauremys_japonica Mauremys_leprosa Mauremys_megalocephala Mauremys_mutica Mauremys_mutica_kami Mauremys_pritchardi Mauremys_reevesii Mauremys_rivulata Mauremys_sinensis Melanochelys_trijuga_edeniana Melanochelys_trijuga_trijuga Morenia_ocellata Notochelys_platynota Ocadia_glyphistoma Ocadia_philippeni Orlitia_borneensis Pangshura_smithii_smithii Pangshura_tecta Pangshura_tentoria_circumdata Pangshura_tentoria_flaviventer Rhinoclemmys_aerolata Rhinoclemmys_annulata Rhinoclemmys_diademata Rhinoclemmys_funerea Rhinoclemmys_melanosterna Rhinoclemmys_pulcherrima_incisa Rhinoclemmys_punctularia_punctularia Rhinoclemmys_rubida Sacalia_bealei Sacalia_pseudocellata Sacalia_quadriocellata Siebenrockiella_crassicollis Terrapene_ornata Trachemys_scripta ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M764] TITLE 'cytb, R35 and 12S'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2243; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Callagur_borneoensis 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Chrysemys_picta 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Clemmys_guttata 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Cuora_amboinensis_lineata ATGACCATAAATCTACGAAAAACCCACCCCATAGTAAAAATCATCAACAACTCATTTATTGATCTCCCAAGCCCTTCTAATATCTCTGCTCTATGAAACTTCGGATCATTACTAGGTATCTGCCTAATCCTTCAAATCACCACAGGAATCTTCCTGGCAATACACTACTCACCAGACATCTCACTAGCATTTTCATCAGTAGCCCATATCACCCGAGACGTACAGTACGGATGACTAATCCGCAATACACATGCCAATGGGGCCTCCATCTTCTTCATATGCATCTACCTTCATATTGGTCGAGGACTCTACTACGGCTCATACCTATACAAAGAAACCTGAAACACAGGAATCATCTTACTATTCCTAACTATAGCTACTGCGTTCGTAGGCTACGTCCTACCATGAGGCCAAATATCATTCTGAGGCGCTACCGTCATCACAAACCTACTCTCAGCCACCCCTTACATTGGCAATACTCTCGTACAATGAATCTGAGGGGGGTTCTCAGTAGACAACGCCACCCTAACTCGATTCTTCACCTTTCACTTTCTACTCCCATTCGCTATCGCTGGTCTAGCAGCCGTACATCTACTCTTCCTCCACGAAACTGGATCAAATAACCCAACAGGATTAAACTCAAACGCTGACAAGATCCCCTTCCACCCCTACTTCTCATACAAAGACCTACTAGGCCTCATCCTAATACTCACCCTCCTGTTAACCCTAGCATTATTCTCCCCAAATCTCCTAGGCGACCCAGACAACTTCACACCAGCTAACCCGCTATCCACTCCCCCTCATATCAAACCAGAATGATACTTCCTCTTCGCCTACGCAATCCTTCGATCCATCCCAAACAAACTGGGAGGCGTACTTGCCCTCCTATCCTCCATCCTTGTACTATTTATAGTACCAACCCTACATACCTCAAAACAACGCACAGCCTCATTCCGACCATTAACCCAAATCCTCCTCTGATGCTTAGCAGCTGATCTATTAGTACTCACATGAATCGGAGGACAACCAGTCGAAGACCCATTCATCACTATTGGCCAAACAGCCTCTATCCTGTACTTCATAATCTTCCTAACACTTATACCCCTTACAGGACTCATTGAAAACAAAATACTAAACTAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cuora_aurocapitata 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Cuora_flavomarginata_evelynae 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Cuora_flavomarginata_sinensis 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Cuora_mccordi ATGACCACAAACCTACGAAAAACCCACCCTATTATAAAAATTATCAACAACTCATTTATTGACCTCCCAAGCCCTTCTAACATCTCTTCTTTGTGAAACTTTGGATCACTACTAGGCACCTGCCTAATTCTACAGATCATCACCGGAATCTTCCTAGCAATACACTATTCACCAGACATCTCACTAGCATTCTCATCAGTAGCCCATATCACCCGAGACGTACAGTACGGATGATTGATCCGCAATATACATGCCAACGGGGCCTCCATCTTCTTCATATGCATCTACCTTCATATTGGCCGAGGACTTTATTACGGCTCATACCTCTACAAAGAAACCTGAAATACAGGAATCATCCTATTATTCCTAACTATAGCCACTGCATTCGTTGGCTACGTCCTACCATGAGGCCAAATATCATTCTGAGGCGCCACTGTTATCACGAACTTACTCTCAGCCACCCCCTATATCGGCAATACTCTCGTACAATGAATCTGAGGGGGATTCTCAGTAGACAATGCCACTTTAACTCGATTCTTTACCTTCCATTTTCTACTCCCCTTCACCATCACCGGTTTAGCAGCTGTACATTTACTTTTCCTCCACGAAACTGGATCAAATAATCCAACAGGGTTAAACTCAAACGCCGACAAAATCCCCTTCCACCCTTACTTCTCATACAAAGACCTACTAGGCCTAATCTTAATGCTCACCCTCCTACTAACCCTAGCATTATTCTCCCCAAACCTTCTAGGCGACCCAGACAACTTCACACCAGCTAACCCACTATCCACTCCCCCCCACATCAAACCAGAATGATACTTCCTCTTCGCCTATGCTATCCTTCGATCCATCCCAAACAAATTAGGGGGTGTACTTGCCCTTTTATCCTCCATCCTTGTACTATTTATAATGCCAACCCTACATACCTCAAAACAACGTACAGCTTCATTCCGACCATTAACCCAAACCCTGTTCTGATGTTTAACAGCTGATCTACTAGTACTTACATGAATCGGAGGACAACCAGTCGAAGACCCGTTCATCACTATTGGCCAAGTAGCCTCCATCCTCTACTTCACAATTCTTTTAACACTTATACCCCTAACAGGACTAATTGAAAACAAAATACTAAACCAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cuora_mouhotii 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Cuora_pani 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Cuora_picturata 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Cuora_serrata 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Cuora_trifasciata 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Cuora_zhoui 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Glyptemys_muhlenbergii ATGAGCACAAACCTACGAAAAACCCACCCACTAGTAAAAATCATCAACAACTCATTCATCGACCTACCAAGCCCCTCAAACATCTCTGCTTGATGAAACTTTGGATCCTTATTAGGAGCTTGCTTAATTCTACAAACCATTACCGGAATCTTCCTAGCCATACACTACTCTCCAGACATCTCATTAGCATTCTCATCGGTGGCCCATATCACTCGAGACGTACAGTATGGATGACTCATTCGCAACATACATGCTAACGGCGCCTCCTTATTCTTCATATGCATCTACCTCCACATCGGACGGGGACTTTATTACGGCTCATACCTGTACAAAGAAACCTGAAACACAGGAATTACCCTACTACTCCTAACAATAGCCACTGCATTCGTAGGCTACGTCCTGCCATGAGGCCAAATATCCTTCTGAGGTGCCACCGTTATTACCAACCTCCTCTCAGCCGTTCCATATATTGGCAACACACTAGTTCAATGAATCTGAGGGGGATTCTCAGTAGACAACGCAACTCTAACCCGATTCTTCACCTTCCACTTCTTACTACCATTCACCATTATAGGAATAACAATAGTACACCTACTCTTCCTACACGAAACTGGATCAAACAATCCAACAGGACTAAACTCAAACACCGATAAAATCCCCTTTCACCCCTACTTCTCATACAAAGACCTACTAGGACTCATCTTAATATTAGCCTTCCTATTAACCCTAACACTATTCTACCCAAACCTTCTAGGAGACCCAGACAACTTTACACCAGCCAACCCCCTATCCACCCCCCCACATATTAAGCCAGAATGATACTTTCTTTTCGCCTACGCAATCCTACGATCAATCCCAAACAAATTAGGCGGCGTACTCGCCCTCCTACTCTCCATCCTCGTACTATTTCTAATGCCCACCCTACATACATCAAAACAACGAACAATCCAATTCCGACCACTAACACAAACCCTATTCTGATCTTTTATCGCTAACCTCATAGTACTAACATGAATCGGAGGACAACCAGTCGAAAACCCATTCATCACCATCGGACAAGTGGCATCTATTCTCCACTTCTTAATTCTACTAATCCTAATACCTATCGCAGGAGTAATCGAAAACAAAATACTAACTTAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Gopherus_agassizii 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Hardella_thurjii_thurjii 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Heosemys_depressa 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Heosemys_grandis 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Heosemys_spinosa 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Orlitia_borneensis ATGGCCACAAACCTACGAAAAACTCACCCCATAATAAAAATTATCAATAACTCATTCATTGACCTTCCAAGTCCCTCCAACATCTCTGCTTGATGGAACCTAGGATCACTATTAGGTACCTGCCTAGTTCTACAAATCGCTACAGGAGTCTTCCTAGCAATACATTATTCACCAGACATCTCACTAGCATTTTCATCAGTTGCCCATATCACCCGAGACGTACAATACGGATGACTTATCCGCAACATACATGCCAACGGAGCCTCCATCTTCTTCATGTGCATTTACCTTCACATCGGCCGAGGACTCTACTACGGCTCATACTTATATAAAGAAACCTGAAACACAGGGGTCATCCTACTACTACTAACCATAGCTACCGCATTTATAGGCTATGTACTACCATGAGGCCAAATATCATTTTGAGGCGCTACCGTCATCACCAACCTACTCTCAGCCACCCCTTACATTGGCGACACTTTAGTACAATGGATTTGAGGCGGATTCTCAGTAGACAACGCTACCCTTACACGATTCTTCACCTTCCACTTCCTACTTCCATTCGCCATCTCCGGCCTAGCGACCGTACATCTACTGTTCCTTCATGAAACCGGATCAAACAATCCAACAGGACTAAATTCAAACACCGACAAAATCCCATTCCACCCATATTTCTCGTACAAAGACCTACTAGGTGTAACCCTAACACTAACCCTCCTACTAAGTCTAACATTATTTTCTCCAAACCTCCTAGGAGACCCAGACAACTTTACACCAGCTAACCCTATATCCACCCCCTCACATATCAAACCAGAGTGATACTTTCTATTTGCTTATGCAATCCTCCGATCAGTCCCAAACAAACTAGGGGGCGTACTAGCCATACTATTCTCCATTCTAATACTACTTGCAATACCAACCCTACACACATCAAAACAACGCACAGCCCTATTTCGACCACTAACCCAAATTCTTTTCTGATGCCTAACAGCCAACCTATTAATCCTCACATGAATTGGAGGCCAACCGGCCGAAAATCCATTCACTACTATCGGCCAAACAGCCTCCATTCTACACTTCACAATCCTCTTGTTACTTATACCCCTCACAGGATTAATTGAAAATAAAATACTAAACCAAGTGCT-GGACAGCCATC-TGTATCTGAAAA-GCA-GAACATTACGAAATTAAATCACTTCAGTCACATACTGAATTTCCAGGAATAACAAAAGCATCACATTGTTAAT-GTGACAAAAATAGAGGTCACAGATTTTCATTGATTTCCCGCTAGGCTCTGTGACTTTGACAGATGCTGGAAAACAAATGTCCTTATACAGTCCCTCTCCCTCTCTCTCTATTTCTCAGAATGCCTTATGCTGCAAGTGAAATGATAAATATTGATGCCTGAAGTCTGCCAAAGAAGCAGCTCAGATTCCAAGCAATTCTTAGGGATTACTGAACCAATCCGGTGAGGTGCTGAGCATCCTCCACTCCCAAAGTCAATGGGGTTTGAGGGCACTCAGTGCCAGGCAGGATTGGGCTTCACACGCGT--TATAATTCTCATTCTTTATGGAAAGAAGCTGA--------CTCCATACACATTCAAAGGACAAGGATGACACTGAACAATTCCCAACATGTTCACATGCCCAGCAAAGGACTCACTTGTAAGTATCCTTTGTTATATTTATCCTTCCCATACATTGCATCAAAATGTAGTAATGCTTCAACAATTACAAAGATACAAACATTCTTCATCACTTCTCAGACAAGCTTCAGTTT-CTTACCCAGAGATGACTGGCAAA-GGGCGTGACTCAGAACTGTG-AGGATGGAGGAAAAAAAA?GCTTAGCCCTAAACTTAGATATTT-AACATACAAAAATATCCGCCAGAGAACTACGAGCA-AA-ACGCTTAAAACTCTAAGGACTTGGCGGTACCTCAAATCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAA-TCGATAATCCACGATACACCTCACCATCCCTTGCTAA-TCCCGCCTATATACCACCGTCACCAGCTTACCCCATGAGGGACATATAAAGCAAGCAAAATAGCTAAA---AA--GCTAATAAGTCAGGTCAAGGTGTAGCTAACTGAGATGGAA-GAAATGGGCTACATTTTCTACCTTAGAAATTAATTTTACGGAAGGAAACTATGAAACTAGTCCTACAAGTAGGATTTAGCAGTAAACCTGGATCA-GAATGCCTAGTTT Pangshura_smithii_smithii ATGGCTAAAAATTTACGAAAAACCCACCCAATAATAAAAATCATCAACAATTCATTTATCGATCTCCCAAGTCCCTCCAACATCTCTGCCTGATGAAACTTTGGATCTCTATTAGGCGCCTCCCTAATCCTACAAGTCACCACAGGAATCTTCCTGGCAATACACTACTCACCAGATATCTCACTAGCATTCTCATCAGTATCCCACATCACCCGAGATGTCCAATACGGATGGCTTATCCGTAATATACATGCTAATGGGGCCTCCATCTTCTTCATATGCATCTACCTCCACATCGGCCGAGGTCTTTACTATAGCTCATACTTATACAAAGAAACCTGAAACACAGGAATCACTCTCTTATTCCTAACCATAGCCACCGCATTCGTAGGCTACGTCTTACCATGGGGCCAAATATCATTTTGAGGCGCTACTGTTATTACTAATCTACTCTCAGCCATCCCTTACATCGGCAACACCCTGGTACAATGAATCTGGGGCGGGTTCTCAGTAGATAACGCTACCCTGACCCGATTCTTCACCTTCCACTTCCTACTCCCCTTCACCATCGCCGGCCTAGCAACCGTCCACCTACTTTTCCTCCACGAAACCGGATCAAACAACCCTACAGGATTGAACTCAAACGCTGATAAAATCCCATTTCACCCCTACTTCTCATACAAAGACCTATTGGGCCTCATTCTTATACTAACCCTATTACTAAGTCTAGCACTATTCTTACCAAACCTCCTAACTGACCCGGACAACTTTACCCCCGCTAATCCTCTATCCACTCCCCCCCACATCAAACCAGAGTGATACTTCCTATTTGCCTACGCAATCCTCCGATCCATTCCCAACAAATTAGGGGGAGTACTAGCTCTACTACTCTCCGTCCTTGTATTATTCGCAATACCAACCCTACACACATCAAAACAACGCTCTACCCTATTCCGACCGCTGACCCAAACCCTCTTTTGATGCCTAATTGCTGACCTACTGATCCTCACATGAATCGGAGGTCAACCAGTCGAAACCCCATTTATTACCATTGGCCAAATTGCCTCCGTCCTTTATTTCACAATCCTCTTAACACTTATACCCCTCGCAGGACTAATTGAAAACAAAATACTAAACCAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Pangshura_tentoria_flaviventer ATGGCTAAAAATGTACGAAAAACCCACCCAATAATAAAAATCATCACCAATTCATTTATCGATCTCCCAAGTCCCTCCAATATCTCTGCCTGATGAAACTTTGGATCTCTATTAGGCGCCTCCCTAGTCCTACAAGTCACCACAGGAATCTTCCTGGCAATACACTATTCACCAGATATCTCACTAGCATTCTCATCAGTATCCCACATCACCCGAGATGTCCAATACGGATGACTTATCCGTAATATACATGCTAATGGAGCCTCCATCTTCTTCATATGCATCTACCTCCACATCGGCCGAGGTCTTTACTACAACTCATACCTATATAAAGAAACCTGAAACACAGGAATCACTCTCTTATTCCTAACTATAGCCACCGCATTCATAGGCTACGTCTTACCATGGGGCCAAATATCATTTTGAGGCGCTACTGTTATTACTAACCTACTCTCAGCCATCCCTTACATTGGCAACACCTTGGTACAATGAATCTGAGGTGGATTCTCAGTAGATAACGCCACCTTGACCCGATTCTTCACCTTCCACTTCCTACTCCCATTCACCATCGCCGGCTTAGCAACCGTCCACCTACTTTTCCTCCATGAAACCGGATCAAACAATCCCACAGGATTAAACTCAAACGCCGATAAAATCCCATTCCACCCCTACTTCTCATACAAAGACCTGTTGGGCCTCATTCTTATACTAACCCTATTACTAAGTCTAGCATTATTCTCACCAAACCTCCTAACTGACCCAGACAACTTTACCCCCGCTAATCCTTTATCCACTCCCCCGCACATCAAGCCAGAATGATATTTCCTATTTGCCTACGCAATCCTCCGATCCATCCCCAACAAATTAGGGGGCGTACTAGCCCTACTACTCTCTATCCTCGTACTATTCACAATACCAACCCTACACACATCAAAACAACGTTCAACCTTATTCCGACCACTAACCCAAACCCTCTTCTGATGCCTAACCGCTGACCTGCTAATCCTCACATGAATCGGAGGCCAACCAGTCGAAACCCCATTTATTACCATCGGCCAAGTTGCCTCCGTCCTTTACTTCACAATCCTCTTAACACTTATACCCCTCGCAGGGCTAATTGAAAACAAAATACTAAACCAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTTAGCCCTAAACTCAGATATTT-ATCGTACAAAAATATCCGCCAGAGAACTACGAGCAA-A-ACGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTACCTCAAACCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAA-TCGATAACCCACGATACACCTCACCATCTCTTGCCAA-TCCCGCCTATATACCACCGTCACCAGCCTACCCCTTGAGGGATCTA-ATAGCAAGCAAGATAAC-AAA---AATAGTTAAAAAGTCAGGTCAAGGTGTAGCTAATTGAGATGGAA-GAAATGGGCTACATTTTCTACATTAGAAATAAACTT-ACGGAAGG-GATTATGAAATTAATTCTATAAGCAGGATTTAGCAGTAAACCCGGATCA-GAGTGCCTAGTTT Rhinoclemmys_aerolata ATGACCACAAACCTACGAAAAACTCATCCAATAATAAAAATCATCAATAATTCCTTCATCGACTTACCAAGCCCTTCCAACATTTCTGCTTGATGAAATTTCGGATCTCTACTCGGCACCTGCCTAATCCTACAAATCACCACCGGTATCTTCCTAGCAATACACTACTCATCAGACATCTCATTAGCATTCTCATCAGTAGCCCATATTACCCGAGACGTACAGTACGGATGACTCATCCGCAACATACATGCCAACGGAGCTTCCATCTTCTTTATATGCATCTACCTTCACATCGGACGTGGCCTCTACTACGGCTCATACCTCTACAAAGAAACCTGAAACACAGGAATCATCCTATTATTTATAACCATGGCCACTGCATTCGTAGGCTATGTCCTACCATGAGGACAAATATCATTCTGAGGGGCTACCGTCATTACCAACTTACTCTCAGCTATCCCGTACACAGGTAACGCCCTAGTACAATGAATCTGAGGGGGATTCTCAGTAGACAACGCCACCTTAACCCGATTCTTCACCTTTCACTTCCTACTCCCCTTCCTAATCGCCGGCCTAGCAATCGTGCACCTCCTCTTCCTTCACGAAACCGGATCAAACAACCCAACAGGGTTAAACTCAAACACAGACAAAATCCCCTTTCATCCATACTTTTCCTACAAAGACCTTCTAGGGCTCATCTTAATACTAACCCTCCTACTAACCCTAACACTATTCTCCCCAAACCTCCTAAGCGACCCAGACAACTTCACACCAGCCAATCCCCTATCCACCCCTCCCCACATTAAACCAGAATGATACTTCTTATTCGCCTATGCCATTCTCCGATCCATTCCAAACAAACTAGGAGGTGTACTCGCCCTATTACTCTCCATTCTAGTGCTCTTCATTATACCAGTACTACACACATCTAAACAACGCACAACCCTATTCCGACCCATAACCCAAACCCTATTCTGATGCTTAACAGCTGACCTACTAGTACTCACATGAATTGGCGGCCAACCAGTCGAAGATCCATTCATCATTATCGGTCAAATAGCCTCTATCTTATACTTTACAATCCTCTTAGTGCTCATACCAACTGGCGGACTAATTGAAAACAAAATATTAACCCTA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Terrapene_ornata ATGAGCACAAACCTACGAAAAACCCACCCCCTAGCAAAAATCATCAACAACTCATTCATTGACCTACCAAGCCCATCCAACATCTCTGCTTGATGAAACTTTGGATCCCTACTAGGCACTTGCTTAATTCTACAAACCATTACAGGAATTTTCCTAGCTATACACTACTCCCCAGACATCTCATTAGCATTCTCATCAGTAGCCCATATCACCCGAGACGTACAATACGGATGACTTATCCGTAACATACATGCTAATGGCGCCTCCCTATTCTTCATATGCATCTACCTACATATCGGACGAGGAATCTACTACGGCTCCTACTTATACAAAGAAACCTGAAACACAGGAACTACACTACTACTCCTAACAATAGCCACTGCATTTGTAGGTTACGTCCTGCCATGAGGCCAAATATCTTTCTGAGGCGCCACTGTTATTACCAACCTCCTCTCAGCTATTCCATATATTGGCAACACACTAGTCCAATGAATTTGAGGGGGGTTCTCAGTAGATAATGCAACCCTAACCCGATTCTTCACCTTCCACTTCCTACTGCCATTCACCATTATAGGCCTATCAATAATACACCTGCTCTTCCTACACGAAACCGGATCAAACAATCCAACAGGATTAAATTCAAACACCGATAAAATCCCATTCCACCCCTACTTCTCATATAAAGACCTACTTGGGCTCATCTTAATACTAGCCCTCCTGCTAACTCTAACACTATTCTCCCCTAACCTCTTAGGAGACCCAGACAACTTTACACCAGCCAACCCCCTATCCACCCCACCACATATTAAGCCAGAATGATACTTCCTGTTCGCCTATGCAATCCTACGATCAATCCCAAACAAATTAGGCGGAGTACTCGCTCTCCTGCTCTCCATCCTAGTACTATTCCTAATACCTGCCCTACATACATCAAAACAACGAACAACCCAATTTCGCCCACTAACACAAATCCTATTTTGATCCTTAATTGCCAACCTCCTAGTATTAACATGAATCGGAGGACAACCAGTCGAAAACCCATTCATCATTATCGGACAGATAGCCTCTATTCTCTACTTCTCAATTCTATTAATTCTCATACCCATCGCAGGTGTAATCGAAAACAAAATACTATCCTAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Trachemys_scripta ?????????GCACGAGGAAAAACCCACCCACTAGCAAAAATCATCAACAACTCATTCATTGATCTACCAAGCCCCTCCAACATCTCTGCTTGATGGAACTTTGGATCCTTATTAGGTACTTGCCTAATCCTACAAATCCTTACCGGAATTTTCTTGGCTATACACTACTCCCCAGACATTTCACTAGCATTCTCATCAGTAGCCCACATCACCCGAGACGTACAATACGGATGACTTATTCGTAATATACATGCTAACGGCGCCTCCCTCTTCTTCATATGCATCTACCTTCATATTGGACGAGGACTTTATTACGGCTCATATTTATACAAAGAAACCTGAAACACAGGAATTATCCTACTACTCCTAACAATAGCCACTGCATTCGTAGGCTATGTCCTACCATGAGGCCAAATATCCTTCTGAGGTGCAACCGTTATTACTAATTTACTCTCGGCCATTCCATACATTGGCAACACATTAGTACAATGAATCTGAGGCGGATTCTCAGTAGACAACGCAACCCTGACCCGATTCTTTACCTTCCACTTTATCCTACCATTTGCCATTATAGGTCTAACATTAGTACACCTACTTTTCCTACATGAAACTGGATCAAACAACCCAACAGGATTAAACTCAAACATTGATAAAATCCCATTTCACCCTTACTTCTCATACAAAGACCTCCTAGGCATCATTTTAATACTAACCCTCCTACTAACTCTAACATTATTCTCTCCAAATCTCTTAGGAGACCCAGATAACTTCACACCAGCCAACCCATTATCCACCCCTCCGCATATTAAACCAGAATGATACTTTCTTTTCGCCTACGCAATTCTACGATCTATTCCAAACAAGCTAGGTGGAGTACTTGCCCTACTACTCTCTATCCTTGTACTGTTTCTAATACCCACTCTACACACATCAAAACAACGAACAACCCAATTCCGACCACTTACACAAACCCTATTCTGATGTTTAATCGCTAACCTTTTAGTACTAACATGAATTGGAGGACAACCCGTTGAAAACCCATTCATTACAATCGGCCAAGTAGCCTCTATTCTCTATTTCTCAACTATATTAATCCTCATCCCTGCCGCAGGCATAATTGAAAACAAAATACTAACTTAA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTTAGCCCTAAACCTAGATATTT--ATATACAAAAATATCCGCCAGAGAATTACGAGCA-AA-ACGCTTAAAACTCTAAGGACTTGGCGGTGCCTCAAACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAA-TCGATAACCCACGATCTACCTCACCATCTCTTGCCAA--CCAGCCTATATACCACCGTCGCCAGCTTACCCCGTGA-GGATACA-AAAGTAAGCAAGATAATATAA----ACCATTAACAAGTCAGGTCAAGGTGTAGCTAACTGAGATGG-AAGAAATGGGCTACATTTTCTATACTAGAAATAACACTCACGGAAAGGAACCATGAAACTAGTCCAGCAAGTAGGATTTAGCAGTAAACTGGGAACA-GAGAGCCCAATTT ; END; BEGIN SETS; CHARSET 2nd_pos (CHARACTERS = 'cytb, R35 and 12S') = 68 71 74 77 80 83 86 89 92 95 98 101 104 107 110 113 116 119 122 125 128 131 134 137 140 143 146 149 152 155 158 161 2 5 8 11 14 17 20 23 26 29 32 35 38 41 44 47 50 53 56 59 62 65 530 533 536 539 542 545 548 551 554 557 560 563 566 569 572 575 578 581 584 587 590 593 596 599 602 605 608 611 614 617 620 623 164 167 170 173 176 179 182 185 188 191 194 197 200 203 206 209 212 215 218 221 224 227 230 233 236 239 242 245 248 251 254 257 260 263 266 269 272 275 278 281 284 287 290 293 296 299 302 305 308 311 314 317 320 323 326 329 332 335 338 341 344 347 350 353 356 359 362 365 368 371 374 377 380 383 386 389 392 395 398 401 404 407 410 413 416 419 422 425 428 431 434 437 440 443 446 449 452 455 458 461 464 467 470 473 476 479 482 485 488 491 494 497 500 503 506 509 512 515 518 521 524 527 992 995 998 1001 1004 1007 1010 1013 1016 1019 1022 1025 1028 1031 1034 1037 1040 1043 1046 1049 1052 1055 1058 1061 1064 1067 1070 1073 1076 1079 1082 1085 626 629 632 635 638 641 644 647 650 653 656 659 662 665 668 671 674 677 680 683 686 689 692 695 698 701 704 707 710 713 716 719 722 725 728 731 734 737 740 743 746 749 752 755 758 761 764 767 770 773 776 779 782 785 788 791 794 797 800 803 806 809 812 815 818 821 824 827 830 833 836 839 842 845 848 851 854 857 860 863 866 869 872 875 878 881 884 887 890 893 896 899 902 905 908 911 914 917 920 923 926 929 932 935 938 941 944 947 950 953 956 959 962 965 968 971 974 977 980 983 986 989 1088 1091 1094 1097 1100 1103 1106 1109 1112 1115 1118 1121 1124 1127 1130 1133 1136 1139; CHARSET 3rd_pos (CHARACTERS = 'cytb, R35 and 12S') = 42 45 48 51 54 57 60 63 66 69 72 75 78 81 84 87 90 93 96 99 102 105 108 111 114 117 120 123 126 129 132 135 138 141 144 147 150 153 156 159 162 165 168 171 174 177 180 183 186 189 192 195 198 201 204 207 210 213 216 219 222 225 228 231 234 237 240 243 246 249 252 255 258 261 264 267 270 273 276 279 282 285 288 291 294 297 300 303 306 309 312 315 318 321 324 327 330 333 336 339 342 345 348 351 354 357 360 363 366 369 372 375 378 381 750 753 756 759 762 765 768 771 774 777 780 783 786 789 792 795 798 801 804 807 810 813 816 819 822 825 828 831 834 837 840 843 384 387 390 393 396 399 402 405 408 411 414 417 420 423 426 429 432 435 438 441 444 447 450 453 456 459 462 465 468 471 474 477 480 483 486 489 492 495 498 501 504 507 510 513 516 519 522 525 528 531 534 537 540 543 546 549 552 555 558 561 564 567 570 573 576 579 582 585 588 591 594 597 600 603 606 609 612 615 618 621 624 627 630 633 636 639 642 645 648 651 654 657 660 663 666 669 672 675 678 681 684 687 690 693 696 699 702 705 708 711 714 717 720 723 726 729 732 735 738 741 744 747 846 849 852 855 858 861 864 867 870 873 876 879 882 885 888 891 894 897 900 903 906 909 912 915 918 921 924 927 930 933 936 939 942 945 948 951 954 957 960 963 966 969 972 975 978 981 984 987 990 993 996 999 1002 1005 1008 1011 1014 1017 1020 1023 1026 1029 1032 1035 1038 1041 1044 1047 1050 1053 1056 1059 1062 1065 1068 1071 1074 1077 1080 1083 1086 1089 1092 1095 1098 1101 1104 1107 1110 1113 1116 1119 1122 1125 1128 1131 1134 1137 1140 3 6 9 12 15 18 21 24 27 30 33 36 39; CHARSET cytb (CHARACTERS = 'cytb, R35 and 12S') = 1-1140; CHARSET 12S (CHARACTERS = 'cytb, R35 and 12S') = 1853-2243; CHARSET R35 (CHARACTERS = 'cytb, R35 and 12S') = 1141-1852; CHARSET 1st_pos (CHARACTERS = 'cytb, R35 and 12S') = 313 316 319 322 325 328 331 334 337 340 343 346 349 352 355 358 361 364 367 370 373 376 379 382 385 388 391 394 397 400 403 406 1 4 7 10 13 16 19 22 25 28 31 34 37 40 43 46 49 52 55 58 61 64 67 70 73 76 79 82 85 88 91 94 97 100 103 106 109 112 115 118 301 121 304 307 124 310 127 130 133 136 139 142 145 148 151 154 157 160 163 775 778 166 781 169 784 787 172 790 175 793 796 178 799 802 181 805 184 808 811 187 814 817 190 820 193 823 826 196 829 832 199 835 202 838 841 205 844 847 208 850 211 853 856 214 859 862 217 865 220 868 409 412 415 418 421 424 427 430 433 436 439 442 445 223 448 451 454 226 457 460 229 463 232 466 469 235 472 475 238 478 241 481 484 244 247 487 250 490 493 253 496 499 256 502 259 505 508 262 511 265 514 517 268 520 523 271 526 274 529 532 277 535 538 280 541 283 544 547 286 550 553 289 556 292 559 562 295 565 568 298 571 574 871 577 580 583 586 589 592 595 874 598 877 601 604 880 607 610 883 613 886 616 619 889 622 625 892 628 895 631 634 898 637 640 901 643 904 646 649 907 652 655 910 658 913 661 664 916 667 919 670 673 922 676 679 925 682 928 685 688 931 691 694 934 697 937 700 703 940 706 709 712 715 718 721 724 727 730 733 736 943 739 742 946 745 949 748 751 952 754 757 955 760 958 763 766 961 769 964 772 967 970 973 976 979 982 985 988 991 994 997 1000 1003 1006 1009 1012 1015 1018 1021 1024 1027 1030 1033 1036 1039 1042 1045 1048 1051 1054 1057 1060 1063 1066 1069 1072 1075 1078 1081 1084 1087 1090 1093 1096 1099 1102 1105 1108 1111 1114 1117 1120 1123 1126 1129 1132 1135 1138; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'cytb, R35 and 12S') = N: 1-2243; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'cytb, R35 and 12S') = N: 1-2243; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6740; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Trachemys_scripta, 2 Terrapene_ornata, 3 Siebenrockiella_crassicollis, 4 Sacalia_quadriocellata, 5 Sacalia_pseudocellata, 6 Sacalia_bealei, 7 Rhinoclemmys_rubida, 8 Rhinoclemmys_punctularia_punctularia, 9 Rhinoclemmys_pulcherrima_incisa, 10 Rhinoclemmys_melanosterna, 11 Rhinoclemmys_funerea, 12 Rhinoclemmys_diademata, 13 Rhinoclemmys_annulata, 14 Rhinoclemmys_aerolata, 15 Pangshura_tentoria_flaviventer, 16 Pangshura_tentoria_circumdata, 17 Pangshura_tecta, 18 Pangshura_smithii_smithii, 19 Orlitia_borneensis, 20 Ocadia_philippeni, 21 Ocadia_glyphistoma, 22 Notochelys_platynota, 23 Morenia_ocellata, 24 Melanochelys_trijuga_trijuga, 25 Melanochelys_trijuga_edeniana, 26 Mauremys_sinensis, 27 Mauremys_rivulata, 28 Mauremys_reevesii, 29 Mauremys_pritchardi, 30 Mauremys_mutica_kami, 31 Mauremys_mutica, 32 Mauremys_megalocephala, 33 Mauremys_leprosa, 34 Mauremys_japonica, 35 Mauremys_iversoni_2, 36 Mauremys_iversoni_1, 37 Mauremys_caspica, 38 Mauremys_annamensis, 39 Manouria_emys, 40 Malayemys_subtrijuga, 41 Leucocephalon_yuwonoi, 42 Kachuga_dhongoka, 43 Indotestudo_travancorica, 44 Indotestudo_forstenii, 45 Indotestudo_elongata, 46 Hieremys_annandalii, 47 Heosemys_spinosa, 48 Heosemys_grandis, 49 Heosemys_depressa, 50 Hardella_thurjii_thurjii, 51 Gopherus_agassizii, 52 Glyptemys_muhlenbergii, 53 Glyptemys_insculpta, 54 Geoemyda_spengleri, 55 Geoemyda_japonica, 56 Geoclemys_hamiltonii, 57 Emys_orbicularis, 58 Emys_marmorata, 59 Emys_blandingii, 60 Cyclemys_tcheponensis, 61 Cyclemys_dentata, 62 Cyclemys_atripons, 63 Cuora_zhoui, 64 Cuora_trifasciata, 65 Cuora_serrata, 66 Cuora_picturata, 67 Cuora_pani, 68 Cuora_mouhotii, 69 Cuora_mccordi, 70 Cuora_flavomarginata_sinensis, 71 Cuora_flavomarginata_evelynae, 72 Cuora_aurocapitata, 73 Cuora_amboinensis_lineata, 74 Cuora_amboinensis_kamaroma, 75 Cuora_amboinensis_couro, 76 Cuora_amboinensis_amboinensis, 77 Clemmys_guttata, 78 Chrysemys_picta, 79 Callagur_borneoensis, 80 Batagur_baska_baska; TREE Fig._3 = [&R] (78,(((((77,2),((58,57),59)),(53,52)),((((((44,43),45),51),39),(((((10,11),(8,12)),14),7),(9,13))),((((((((38,21),((29,31),30)),(37,27)),((28,32),(34,26)),33),(((((36,(20,35)),((67,(72,64)),63)),(68,65)),((69,(70,71)),66)),(((74,75),73),76))),((((((48,49),46),47),(((60,61),62),22)),41),(6,(5,4)))),(24,25)),(((((((42,79),80),((17,(18,(16,15))),50)),23),56),(40,19)),(3,(54,55)))))),1)); END;