#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 18, 2024; 21:25 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Drew B.T., & Sytsma K. 2011. Testing the monophylly of Lepechinia. Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10999] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS Chaunostoma_mecistandrum Dorystaechas_hastata Hedeoma_piperitum Horminum_pyrenaicum Lepechinia_calycina Lepechinia_caulescens Lepechinia_chamaedryoides Lepechinia_glomerata Lepechinia_hastata Lepechinia_lamiifolia Lepechinia_mexicana_Hidalgo Lepechinia_mexicana_Pueblo Lepechinia_radula Lepechinia_salviaefolia Melissa_officinalis Meriandra_bengalensis Neoeplingia_leucophylloides Perovskia_atriplicifolia Rosmarinus_officinalis Salvia_aristata Salvia_axillaris Salvia_greatae Salvia_henryi Salvia_mellifera Salvia_officinalis Salvia_patens Salvia_polystachya Salvia_przewalskii Salvia_roemeriana Salvia_sclarea Zhumeria_majdae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=74; TAXLABELS Acanthomintha_lanceolata Agastache_pallida Blephilia_hirsuta Calamintha_arkansana Caryopteris_incana Cedronella_canariensis Chaunostoma_mecistandrum Cleonia_lusitanica Clinopodium_ashei Clinopodium_vulgare Collinsonia_canadensis Conradina_grandiflora Cunila_incana Cunila_microcephala Dorystaechas_hastata Dracocephalum_bullatum Drepanocaryum_sewerzowii Elsholtzia_ciliata Glechoma_hederacea Glechon_marifolia Hedeoma_piperitum Heterolamium_debile Horminum_pyrenaicum Hyptis_laniflora Hyssopus_officinalis Lallemantia_canescens Lamium_maculatum Lavandula_angustifolia Lepechinia_calycina Lepechinia_caulescens Lepechinia_chamaedryoides Lepechinia_glomerata Lepechinia_hastata Lepechinia_lamiifolia Lepechinia_mexicana_Hidalgo Lepechinia_mexicana_Peublo Lepechinia_radula Lepechinia_salviaefolia Lophanthus_lipskyanus Lycopus_uniflorus Meehania_urticifolia Melissa_officinalis Mentha_arvensis Meriandra_bengalensis Monarda_citriodora Monardella_villosa Neoeplingia_leucophylloides Nepeta_cataria Ocimum_basilicum Origanum_vulgare Perovskia_atriplicifolia Plectranthus_cremnus Plectranthus_dawoensis Pogogyne_douglasii Poliomintha_incana Prunella_vulgaris Rhabdocaulon_strictus Rhododon_ciliatus Rosmarinus_officinalis Salvia_aristata Salvia_axillaris Salvia_glutinosa Salvia_greatae Salvia_henryi Salvia_mellifera Salvia_officinalis Salvia_patens Salvia_polystachya Salvia_przewalskii_B Salvia_roemeriana Schizonepeta_multifida Thymbra_capitata Zhumeria_majdae Ziziphora_clinopodioides ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M7148] TITLE nrDNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1156; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Dorystaechas_hastata 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Hedeoma_piperitum 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Horminum_pyrenaicum 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Lepechinia_calycina 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Lepechinia_caulescens 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Lepechinia_chamaedryoides 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Lepechinia_hastata 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Lepechinia_mexicana_Pueblo 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Lepechinia_radula 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Lepechinia_salviaefolia 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Melissa_officinalis 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Meriandra_bengalensis 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Neoeplingia_leucophylloides 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Perovskia_atriplicifolia 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Rosmarinus_officinalis 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Salvia_aristata 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Salvia_axillaris 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Salvia_greatae 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Salvia_henryi 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Salvia_mellifera 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Salvia_officinalis AAACCTGCAA-AGCAGACCGCGAACACGTGACTAACACCGACCGAC-GGTG-CA--TGGCGTGGGGG--CGA--CCCCC-GTC-CTGTTCC-CGTCAC-----CCCCGCCCGCGTGCTCCCATC---GGGT-C-ACGTCGTGCGGGCTAACGAACCCCGGCGCGGAATGCGCCAAGGAAAACCAAACGAA-GCATC{CG}TCCC-CC---CGCGCCCCGTTCGCGGAGT----GTGC-GGGGG-CG{AT}CGGATGTCTATC-----AAATGTCAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCGTGCGCA---CAGCGCCCGCTG-TGGGGGGGCGGATATTGGCCTCCCGTGCTCCTC-GGCGTGCGGCTGGCCCAAATGCGATCCCTCGGCGACTCATGTCACGACAAGTGGTGGTTGAACAACTCAATCTCGCGCGCCGTCGTGCCACTGCGTCGTCC-GCTTGGGCATCCATCAAC----GACCCAA-GGTG-CCG------GTGCCTCGCAGCACC-CA-------CCTTCGACCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATC--------------------------------------CATATCCTCCACGCCTCTTCAAT-CGTGTTGGCATGAG--C-{CT}GTGCTCGGCCGATGTTTGGTTTTCCTGTGCTGAATACCTATCGTGAAGGCAT--TCCGTTGGCTACAAATGTCCCTTTCCCGCCTTGTGCTGC-TGCC-CCCCGTGGGCA-GGCGGTGCGGGGTGGGCCAAATT-GCGCACGTCGTGTATCGCAC-{CT}GCGTTCGACCT-CTCG--GGGCGTTCGGGTTGCCGACCCATGACGTGATGCTCGGTCCCTCGGATACGGAAAATCATGTGGG---TACGAGG--CCA{CT}-CG-GCCTCCGTGCTCCACAAAAAA--GCGTTCTACGCTTCGTGCGAGCGACTGTCGTCCC-GATATTTGGCCTTGCTCTCGTGGCTCGGTTCA-AGTCGGGCCGAC-GT-CGA Salvia_patens 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Salvia_polystachya 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Salvia_przewalskii 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Cedronella_canariensis 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Chaunostoma_mecistandrum ACCCGTTTCTGAAGAGTCTTATCTA------------ATGAATATCAACGAGAATCAGGAAAATTCAAGATTCAAAATAAATGATTCAAAAACGGA---------TCTGACAAA------CCTCTTATAACTCTTCTTTTCGATTCGAAGCGATGGAATCGACCATTTCGCTACATAAAAAATAATCACTTTGACAGGGTTGTGAGAAATGAAATGTCGCAATATTTTTGTGACATATGTCACAGTGATGGAAAAGAAAGAATATCTTTTACATATCCTCCTGGTTTATCCATTTTTTTTGAAATGATAAAAAGAAGGATATCTCCACCTCTTTTCGAAAAATCTTCATGTAATGAACTTTACAATCCTTGGGTTTATACCAACAAACAAAAAGGGAAAAGTTTCAACAACGAATTTCAAAATCGAATTAAAGCTCTAGACAAAGAAGCTTTTTCTTTGAGTGTACTGGAAACAAGAACTCGATTGTGTAATGATGAT------TCTACAAAAGAATACTTATCAAAAGTATATGATCCTTTCCTGAACGGATCATATCGGAAAACAATCTACAAAAACCTTTCCCTTTCAACCTTAAAAAACACTTTGATAGAAAATATCATAGATAAATTTGAGATAAATCGGATTCATGGTATACTTCTTCCAGACGCCGATTAT------CGAGAATTTGAACCGAAAAAAAATAGATTTGAAAAAAAACCATTATCAACGGAA---------------ATTGTTAATTTTTTAACTTTCATCAGTAAATTTGTTAGAGAATCAGGATTTCCCAATCTAAACCCGAAAGGTCCTTCTTTATTT------TCAGAAGGAAGAATAGATTCCGAAAAAGGAACAAAAAATTTTAAATATTTA---------------TTAACTAAAATTGTAACTGATCCT---------GATGGTCGAAAAATTAGCAGAAAATCGATTAGAATAAAAGAAATCAGTAAAGAAATACCTCGATGGTCATACAGATTAATTACCGATTTAGAAC?AC{AC}ATC{AC}GG{AG}GAAT{AT}TC{AC}AG{AG}AAAC{CG}{GT}{AT}CC{AC}G{GT}AGATC{AC}TC{AC}AATTC{CG}TTCAAGAAAGGGCAAACGTGTAGTGATTTTTACTGCTAACAGG---GAGAATAGTGATTCTAATATT---------ACG---------------------------GATACTAATATGCCCGATCAAATA---GACGAAGTGGCTTTGATACGTTATTCACAACAATCAGACTTTCGGCGGGGTATAATCAAAGGTTCTATGCGAGCTCAAAGGCGTAAAATAGTTATTTCAGAATTGTTTCAAGCAAATGTGCATTCCCCTCTTTTTTTTGAAAGACTACAAAAATTCCCTCTTTTTTCTTTTGATATCTCCGGATTGATTAAACTAATTTTTCGAAATTGGGTGGGT------------AAGGGAGAAGCATTCAAAATAGTAGAGTATACAAAAGAACAAACAAAAAGAGAAGAAAAAAAAGAAAAGAACAAAAGAAAGGAAAAAGTGCAATAGATAGCAGAGGCTGGGATAGCATTCCACTTGCGCAAGTAATAAGAGGTTGTATGTTACTAACTCAATCTATTTTTAGAAAAAGTATTCTATTACCTTTATTAATAATTACAAAAAATATTGGTCGTATACTCCTATTCCAACTTCCTGAATGGGCTGAGGATTTACAGGAATGGAATAGAGAGATACATCTTAAATGTACCTATAACGGTGTTCCATTATCCGAAACAGAATTTCCAAAAAATTGGTTGACAGATGGTATTCAGATAAAAATATTGTTTCCTTTCTGTCTGAAACCTTGGCGCAAATCCAAACTACGATCCTCTCATAAAGATCTAATGAAAAAGAAAAAAGAA---AAAGATGATTTTTGTTTTTTAACAATTTGGGGAATGGAAACGGAACTTCCTTTTGGTCCGCCCCGAAAACGTCCTTCTTTTTTTAAACCCGTTTTTAAGGAATTCAAAAAACAAATTGCAAAGTTTAAAAAGAAGTCTTTTCGAGTTCTAACAGTTTTCAAAGAAAAAACAAAA------TTACTTCGAAAGGTTTCAAAA---GAAATA------AAAAAATGGGTTATCGGAGGTATTTTTTTTATAAAAAAAATAATAAAAGAACTTTCAAAAGTAAATACAATTCTATTGTTTAGA------TTAAGA---GAAGTAGAAGTATATAAATCGAGCGAA------CTTAAAGAAGAAAAAGATTCCATGATAAGCAATCAGAAAATTCACGAATCATTTAGTCAAATT------GCATCTCCGAGTTGGACAAATTCTCCATTGACAGAAAAAAAAACGAAGGATCTCACGCTAGAACAAGTACAATCCGAAATCAAATAGAAAGAGCCTCAAAAGAGAAAAAAAAAGTAACTCGAAGAATAAAAAATCTTAGTCCTAACAAAACAAGTTATAATGCTAAA------AGATTT---------GAAAAATGGCAA---------ATATTAAAAAGAAGAAATGCTCGATTAATCTGTAAATTACCCTCCTTTTTAAAAATTTTCATTGAAAAAATCTACACAGATATATTTTTATCTATCATTAATATTCCCAGAATAAATACAGAACTTTTTCTTAAATTAACAAATCAATTTATCAATAAA------------------TTGATTTACAATAATGAAAGAAAACAAGCAAAAATTAATACAAAAAAGAAAACTCCAATTTCGTTTATTTCGGCTATAAAAAAGCCACTTGATAAGATTAGTAAT------ATTAAAGAAAATACACGTATTTCTTATGACTTATCCTACATGTCACAAGCATATGTATTTTACAAATTATCACAAATCCAAATTAGTAATTCG------------------GTAAGATCTGTTGTT---CAATAT------CAA------AGAATACCCCCTTTTCTTAAGTCT---------------AAAATAAAGGATTCTTTTGAAAGACAAGGAATGGTTCATTCGAAATTAGCAAATAAGAAACTTCCGGGCTATGAAACGAATCAATGGAAAAACTGGTTAAAAGGTCATTTTCAATACCATTTATCTCAGATCAGATGGTCTAAATTAATACCAGAAAAATGGCGAAATAGAGTTCGCCAG------CGTTGTATAGCTAAAAAGGAAAATTTGAGCAAGCAGCATTCATATGAAAAAGACCTATTAGTTGGTTCCAAAAAACAATCTGAAGTAGATTTATTATCTAATGAAAAAGATCATTTTCTAAAATACGATAGA---------TATAATCTTTTATCATATAAATTTATAAATTATGAAAATAAAACGGAATGCTTTTTTTATAGACCTCCCTTTCAAGGAAATAAGAAGCAAGAAATTTCTTATACTTAT------AACAGGTCT------AAAAAAGACCTTTTTGATATACGGAGGAACATCCCTATTCCAAATGATCTAGGGCAGGTTGATATTCCATATATGGAAAAACCTGCTGATAGAAAATATTTTGATTGGAAAATTTTCAATTTTTATCTTAGACAAAAAGTCGATATT------GAGGCCTGGATCATAATTGATACCAATAGGTATCAA---AATGCTCACATTCGTACTAACAACTCTCAAATAATTTCTAAA------AAAGATCTTTTTTATCTT---------ATGATTCCAGAAACCAATTCACCAAATTCCCACAAAGGGTTTTTTGATTAATGAAAAAATGCTAAAGCGCCCTACATCGAATCTGGAATTTTGGCTCTTCCCAGAATTTGTGTTACTTTATAAGGCATATAAAATGAAACCTTGGTTTATACCAAGCAAATTACTTCTTTTAAATTTAAGTAGT------AAAAATATTAATGAAAAGAAAAAGATAAATTTGTTGATAGCA------TCGAATAAA------AAGCATCGAAATGAAGAA---GAAAAAGAACCCATAAGCCAAGGAGATCACCGATCCGTTCTCTCACAACAAAAAGATATTGAA---------------GAAAATTATGCAAGCTCGGACATGAAAAAGGGGAAAAAGAAAAAACAATACAAAAGCAATACAGAA---------GCAGAACTAGATTTCTTCCTGAAACATTATTTGCTTTTTCAATTGAGATGGGACGCAACTTTGAATCAAAGAATGATCAATAATATCAAGGTCTATTGTCTCCTGCTTAGACTGATAGATCCAAGAAAAATTACTATATCCTCCATTCAAAAGAGAGAAATGAGTTTGGATATAATGTTGATTCAAAAGAATTTAACTCTCTCAGAATTGATGAAGAAAGGAGTATTGATTGTAGAACCACTTCGTCTGTCTGGCAAAAAAGATGGACAATTTATTATGTACCAAACCATAGGTATTTCGTTGCTTCATAAGAGTAAGCATCAAATTAATCAAAAATATCAAGAGGAAAGATATGTTTCTAAGAAAAGTTTGGATGAAACTATT---------------------TTACCGCATCAAAGAATAACCGAAAATAGAGACAAAAAGCATTTTTATTTACTTGTTCCGGAAAATATTTTATCGTTTAAACGTCGTAGAAAAGTGAGAATTCAAATTTGTTTCAATTCA---------AAGAATAGAAATTATATAGAT------AGAAATCTAGTATTTTGGAATGAAAAGAACGTAACAAACAGCAGCCAAGTTTCACATGACAATAACCATCTTGATAGAGAAAAAAAAAAATTAATGAAATTAAAGCTCTTTCTTTGGCCTAATTATCGATTAGAAGATTTAGCTTGTATGAATCGTTATTGGTTTGATACCAATAATGGCAGTCGTTTCAGTATGTTAAGAATACATCTGTATCCGCGATTGAAATTCTGTGAATAA----TAAAC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Cleonia_lusitanica 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Clinopodium_ashei 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Collinsonia_canadensis 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Cunila_incana 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Cunila_microcephala 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Drepanocaryum_sewerzowii 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Elsholtzia_ciliata 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Glechon_marifolia 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Heterolamium_debile 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Hyssopus_officinalis 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Lavandula_angustifolia 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Lepechinia_chamaedryoides 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Lepechinia_lamiifolia 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Lophanthus_lipskyanus 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Melissa_officinalis 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Mentha_arvensis 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Meriandra_bengalensis 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Monarda_citriodora 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Nepeta_cataria 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Plectranthus_cremnus 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Plectranthus_dawoensis 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Pogogyne_douglasii 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Rosmarinus_officinalis 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Salvia_aristata 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Salvia_axillaris 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Salvia_glutinosa 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Salvia_greatae 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Salvia_henryi 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Salvia_mellifera 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Salvia_patens 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Salvia_polystachya 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Schizonepeta_multifida 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Ziziphora_clinopodioides ACCCGTTTCTGAAGAGTCTTATCTA------------ATGAATATCAATGAGAATCAGGACAATTCAAGATTCAAAATAAATGATTCAAAAAATCA---------TTTGATAAA------CCTCTTCTAACTCTTCTTTTCGATTCGAAGCGCTGGAATCGACCACTTCGCTACATAAAAAATAATCAATTTGACGGGGTTGTCAGAAATGAAATGTCACAATATTTTTGTGACATATGTCAAAGTGATGGAAAAGAAAGAATATCTTTTACATATCCTCCTGGTTTATCCATTTTTGTGGAAATGCTAAAAAGAAGGATATCTCCACCTCTTTTCGAAAAATTTTCATGTAATGAACTTTACAATCCTTGGGTTTATACCAACAAACAAAAAGGGAAAAGTTTCAACAACGAATTTCAAAATCGAATTAAAGCTCTGGACAAAGAAGCTATTTCTTTGAGTGTACTGGAAACAAGAACTCAATTGTGTAATGACGAT------TCCACAAAAGAATACTTATCAAAAGTATATGATCCTTTCCTGAACGGATCATATCGGAAAACAATCTACAAAAATTTTTTACCTTCAAGCTTAAAAAAAGCTTTGATAGAAAATATCATCGATAAATTTGAGATAAATCGGATTCATGGTATACTTCTTTCAGATGCCCATTAT------CAAGAATTTGAACAGAAAAAAAATATATTTGACAAAAAACCACTATCAACGGAA---------------ATTGTTAATTTTTTAACTTTCATCAGTAAATTTGTTAGAGAATCAGGATCTCCCAATCTAAAGCTGAAAGGGCCCGCTTTATTT------TCAGAAGGACGAATAGATTCCGAAAAAGGAACACAAATTTTTAAATATTTA---------------TTACCTAAAATTGTAACTGATCCT---------GATGGTCGAAAAATTAGCAGAAAATCGATTAGAATAAAAGAAATTAGTAAAGAAATACCTCGATGGTCATACAGATTAATTACCGATTTAGAACAACAATCAGGAGAATATCAAGAAAACATACCAGTAGATCATCAAATTCGTTCAAGAAAAGGCAAACGTGTAGTGCTTTTTACTGCTAACACG---GAGAATAGTGATTCTAATATC---------ATG---------------------------GATACTAATATGCCCGATCAAATA---GACGAAGTGGCTTTGATACGTTATTCACAACAATCAGACTTTCGACGGGGTATAATAAAAGGTTCTATGCGAGCTCAAAGGCGTAAAATAGTTATTTCGGAATTATTTCAAGCAAATGTGCATTCCCCTCTTTTTTTTCAAAGACTACAAAAACCCCCTCTTTTTTCTTTTGATATCTCCGGGTTGATTAAACTCTTTTTTCGAAATTGGGTGTGT------------AAAGGAGAAGCATTCAAAATAGTAGAGTATACAAAAGAACAAACAAAAAGAGAAGAAAAAAAAGAAAAGAACAAAAGAAAGGAAAAAGTACAATAGATAGCAGAGGCTGGGATAGCATTCCACTTGCGCAAGTAATAAGAGGTTGTATGTTAATAACTCAATCTATTTTTAGAAAAAGTATTCTATTACCTTTATTAATAATTACAAAAAATATTGGCCGTATACTCCTATTCCAACCTCCTGAATGGGCTGAGGATTTACAGGAATGGAATAGAGAGATACATCTTAAATGTACCTATAATGGTGTTCCATTATCCGAAACAGAATTTCCAAAAAATTGGTTGACAGACGGCATTCAGATAAAAATATTGTTTCCTTTCTGTCTGAAACCTTGGCGCAAATCAAAACTACGATCCTCTCAGAAAGATCTAATG------AAAAAA------AAAGATGATTTTTGTTTTTTAACAGTTTGGGGAATGGAAGCAGAACTTCCTTTTGGTGCGCCCCGAAAACGTCCTTCTTTTTTTAAACCCATTTTAAAGGAAGTAAAAAAACTAATTGAAAAATGTAAAAAAAAGGATTTTCAAGTTCTAACAGTTTTCAAAGAAAAAACAACA------TTACTTCGAAATGTTTCAAAA---GAAATC------AAAAAATGGATTATCGGGGGTGGTTTTTTAAAAAAAAATATAACAAAAGACCTTTCAAAAGTAAATCCAATTCTATTGTTTAGA------TTAAGA---------GAAGTCTATAAATCGAGCGAA------CTTAAGGACAAAAAAGATTCCAAGATAAGCAATCAGATAATTCACGAATCATTTAGTCAAGTT------GGATCTTCGAGTTGGACAAATTCTCCATTGACAGAAAAAAAAATGAAGGATCTTACGATAGAACAAGTACAATCCGAAATCAAATAGAAAGAATCTCAAAAGAGAAAAAAAAACTAACTCCAAGAATAAATAATCTTAGTCCTAAGAAAACAACTTATAATGCTAAA------AGATTT---------AAAAAATGGCAA---------ATATTAAAAAAAAGAAATGCTCGATTAATCTGTAAATTACCCTCCTTTTTAAAAATTTTCATTGAAAAAATCTACACAGATATATTTTTATCTATTATTAATATTCCCCAAAAAAATACAGAACTTTTTCTTAAATTAACGAAAAAAATTATTGATAAA------------------TCGATTTCCAATAATGAAAAAAAACAAGCAAAAATTAATACAAAAAAGAAAACTCCAATTTCT------------TTAAAAAAGCCACTTGATAAGATTAGTAAT------ATTAAAGAAAATTCACGTATTTTTTATGATTTATCCTACATGTCCCAAGCCTATGTATTTTACAAATTATCACAACTAAAAATTAGTAACTCG------------------GTAAGATCTGTTGTT---CAATAT------CAA------AAAAGACCCCCCTTTCTTAAGCCT---------------AAACTAAAGGATTCTTTTGAAAGACAAGGAATGGTTAATTCGAAATTAGCAAATAAGAAACTTCCGGGCTATGAAACGAATCAATGGAAAAACTGGTTAAAAGGGCATTTTCAATACCATTTATCTCAGATCAGATGGTCTATATTAATACCAGAAAAGCGGCGAAGTAGA{CG}TTCGCCAG------CGTTGTATAGCTCAAAAGGAAAATTTAAACAAGTGGCATTCATATGAAAAAGACCTATTAATTGGTTCCAAAAAAAAATCTGAAGTAGATTTATTATCTAATCAAAAAGATAATTTTCGAAAATCCTATAGA---------TATAATCTTTTATCATATAAATTTATTAATTATGAAAATAAAACGGAATGCTTTTTTTATAGACCTCCCTCTGAAGGAAATAAGAACCAAGAAATTTCTTATACTTAT------AACAAGGGT------AAAAAAGCCCTTTTTGATATATGTAGAAACATCCCTACTCCAAACGATCTAGGACAGGTTGATATTCCATATATGGAAAAACCGGCCGATAGAAAATATTTTGATTGGAAAATTTTCAATTTTTATCTTAGACAAAAAGTCGATATT------GAGACCTGGATCATAATTGATACCAATAGGAATCAA---AATGCTCAAATTCGTACTAACAACTCTCAACTAATTTCTAAA------AAAGATCTTTTCTATCTT---------ATGATTCCAGA??????????????????????????????????????????AAAAAATGCTAAAGCGCCCTATATCGAATCTGGAATTTTGGCTCTTCCCAGAATTTGTGTTACTTTATAAGGCATATAAAATGAAACCGTGGTTTATACCAAGCAAATTACTTTTTTTAAATTTAAGTAGTAAAAATAAAAAAATTAATGAAAAGAAAAAGATAAATTTGTTGATAGCA------TCGAATAAA------AAGCATCGAACTGAAGAA---GAAAAAGAA------AGCCAAGGAGATCGCGAATCCGTTCTCTCACAACAAAAAGATATTGAC---------------GAAAATTATGCAAGCTCGGACATGATAAAGGGGAAAAATAAAAAACAATACAAAAGCAATACAGAA---------GCAGAACTAGATTTCTTCCTGAAACGTTATTTGCTTTTTCAATTGAGATGGGACGCAACTTTGAGTGAAAGAATGATCAATAATATCAAGGTCTATTGTCTCCTGCTTAGACTGATAGATCCAAGAAAAATTACTATATCCTCCATTCAAAAGAGAGAAATGAGTTTGGATATAATGTTAATTCAAAAGAATTTAACTATCTCAGAATTGATGAAGAAAGGCGTATTGATTGTAGAACCACTCCGGTTGTCTGGCAAAAAAGACGGACAATTTATTATGTACCAAACCATAGGTATTTCGTTGTTTCATAAGAGTAAGCATCAAATTAATCAAAAATATCAAGAACAAAGATATGTTTCTAAGAAAAATATTGATGAAACTATT---------------------TTACCACATCAAAGAATAACCGAAAATAGAGACAAAAAGCATTTTGATTTACTTGTTCCGGAAAATATTTTATCGTTTAAACGTCGTAGAAAAGTGAGAATTCTAATTTGTTTCAGTTCA---------AAGAATAAAAATTATATAGAT------AGAAATCCAATATTTTGGAATGAAAAGAATGTAACAAACATCAGCCAAGTTTCACACGACAATAACCATCGTGATAGAGAAAAAAATAAATTAATGAAATTAAAGCTCTTTCTTTGGCCTAATTATCGGTTAGAAGATTTAGCTTGTATGGATCGTTATTGGTTTGATACCAATAATGGCAGTCGTTTCAGTATGTTAAGAATATATCTGTATCCGCGATTGAAATTTTGTGAATAA----TACACTTTTTTCTATA--TATCTTAT-ATCATATTTCTATATAC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; END; BEGIN SETS; CHARSET 'ycf-rps15 spacer' (CHARACTERS = 'Chloroplast data ycf 1; ycf-rps15 spacer; trnL-F.') = 4950-5667; CHARSET 'trnL-F' (CHARACTERS = 'Chloroplast data ycf 1; ycf-rps15 spacer; trnL-F.') = 5668-6627; CHARSET ycf (CHARACTERS = 'Chloroplast data ycf 1; ycf-rps15 spacer; trnL-F.') = 1-4949; END; BEGIN TREES; TITLE 4_MPTs_cpDNA; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Chaunostoma_mecistandrum, 2 Neoeplingia_leucophylloides, 3 Lepechinia_mexicana_Hidalgo, 4 Lepechinia_mexicana_Peublo, 5 Lepechinia_lamiifolia, 6 Lepechinia_radula, 7 Lepechinia_salviaefolia, 8 Lepechinia_chamaedryoides, 9 Lepechinia_hastata, 10 Lepechinia_caulescens, 11 Lepechinia_glomerata, 12 Lepechinia_calycina, 13 Melissa_officinalis, 14 Salvia_glutinosa, 15 Salvia_przewalskii_B, 16 Salvia_aristata, 17 Zhumeria_majdae, 18 Salvia_axillaris, 19 Salvia_polystachya, 20 Salvia_patens, 21 Salvia_greatae, 22 Salvia_mellifera, 23 Dorystaechas_hastata, 24 Meriandra_bengalensis, 25 Salvia_officinalis, 26 Salvia_henryi, 27 Salvia_roemeriana, 28 Rosmarinus_officinalis, 29 Perovskia_atriplicifolia, 30 Pogogyne_douglasii, 31 Acanthomintha_lanceolata, 32 Monardella_villosa, 33 Glechon_marifolia, 34 Cunila_microcephala, 35 Cunila_incana, 36 Rhabdocaulon_strictus, 37 Calamintha_arkansana, 38 Rhododon_ciliatus, 39 Poliomintha_incana, 40 Clinopodium_ashei, 41 Conradina_grandiflora, 42 Monarda_citriodora, 43 Blephilia_hirsuta, 44 Hedeoma_piperitum, 45 Clinopodium_vulgare, 46 Ziziphora_clinopodioides, 47 Mentha_arvensis, 48 Thymbra_capitata, 49 Origanum_vulgare, 50 Heterolamium_debile, 51 Meehania_urticifolia, 52 Glechoma_hederacea, 53 Agastache_pallida, 54 Schizonepeta_multifida, 55 Lallemantia_canescens, 56 Dracocephalum_bullatum, 57 Hyssopus_officinalis, 58 Nepeta_cataria, 59 Lophanthus_lipskyanus, 60 Drepanocaryum_sewerzowii, 61 Cedronella_canariensis, 62 Lycopus_uniflorus, 63 Cleonia_lusitanica, 64 Prunella_vulgaris, 65 Horminum_pyrenaicum, 66 Hyptis_laniflora, 67 Plectranthus_dawoensis, 68 Plectranthus_cremnus, 69 Ocimum_basilicum, 70 Lavandula_angustifolia, 71 Collinsonia_canadensis, 72 Elsholtzia_ciliata, 73 Caryopteris_incana, 74 Lamium_maculatum; TREE PAUP_1 = [&R] ((((((((1:19.0,(2:16.0,(3:10.0,4:15.0):12.0):13.0):14.0,(((5:13.0,(6:5.0,7:6.0):2.0):17.0,8:7.0):21.0,((9:8.0,10:17.0):42.0,(11:39.0,12:27.0):3.0):3.0):6.0):12.0,13:93.0):10.0,((((14:34.0,15:50.0):49.0,(((18:109.0,(19:94.0,20:91.0):15.0):26.0,(21:27.0,22:54.0):14.0):8.0,(23:46.0,24:26.0):3.0):27.0):7.0,(16:141.0,17:92.0):40.0):47.0,((25:51.0,(26:15.0,27:9.0):74.0):51.0,(28:76.0,29:28.0):5.0):44.0):15.0):42.0,((((((((((30:81.0,(31:28.0,32:28.0):5.0):5.0,(((33:13.0,34:10.0):5.0,(35:7.0,36:11.0):3.0):2.0,(((37:35.0,38:35.0):2.0,39:30.0):2.0,(((40:6.0,41:8.0):9.0,42:29.0):0.0,43:20.0):6.0):4.0):2.0):1.0,44:18.0):17.0,45:25.0):23.0,46:95.0):18.0,47:87.0):8.0,(48:51.0,49:73.0):26.0):85.0,(((((50:1.0,51:14.0):2.0,52:21.0):58.0,(53:43.0,(54:74.0,(55:149.0,(56:62.0,57:110.0):14.0):48.0):68.0):9.0):43.0,((58:84.0,59:50.0):18.0,60:120.0):94.0):13.0,61:63.0):27.0):12.0,((63:150.0,64:133.0):68.0,65:78.0):28.0):8.0,62:114.0):23.0):107.0,(((66:137.0,67:135.0):14.0,(68:101.0,69:159.0):12.0):79.0,70:222.0):43.0):28.0,(71:139.0,72:279.0):89.0):174.0,(73:337.0,74:454.0):0.0); 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TREE PAUP_4 = [&R] ((((((((1:19.0,(2:16.0,(3:10.0,4:15.0):12.0):13.0):14.0,(((5:13.0,(6:5.0,7:6.0):2.0):17.0,8:7.0):21.0,((9:8.0,10:17.0):42.0,(11:39.0,12:27.0):3.0):3.0):6.0):12.0,13:93.0):10.0,((((14:34.0,15:50.0):49.0,(((18:109.0,(19:94.0,20:91.0):15.0):26.0,(21:27.0,22:54.0):14.0):8.0,(23:46.0,24:26.0):3.0):27.0):7.0,(16:141.0,17:92.0):40.0):47.0,((25:51.0,(26:15.0,27:9.0):74.0):51.0,(28:76.0,29:28.0):5.0):44.0):15.0):42.0,((((((((((30:81.0,(31:28.0,32:28.0):5.0):5.0,(((33:13.0,34:10.0):5.0,(35:7.0,36:11.0):3.0):2.0,(((37:35.0,38:35.0):2.0,39:30.0):2.0,((40:6.0,41:8.0):9.0,42:29.0,43:20.0):6.0):4.0):2.0):1.0,44:18.0):17.0,45:25.0):23.0,46:95.0):18.0,47:87.0):8.0,(48:51.0,49:73.0):26.0):85.0,(((((50:1.0,51:14.0):2.0,52:21.0):58.0,(53:43.0,(54:74.0,(55:149.0,(56:62.0,57:110.0):14.0):48.0):68.0):9.0):43.0,((58:84.0,59:50.0):18.0,60:120.0):94.0):13.0,61:63.0):27.0):12.0,((63:150.0,64:133.0):68.0,65:78.0):28.0):8.0,62:114.0):23.0):107.0,(((66:137.0,67:135.0):14.0,(68:101.0,69:159.0):12.0):79.0,70:222.0):43.0):28.0,(71:139.0,72:279.0):89.0):174.0,(73:337.0,74:454.0):0.0); END; BEGIN TREES; TITLE ML_nrDNA; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Lepechinia_salviaefolia, 2 Lepechinia_radula, 3 Lepechinia_lamiifolia, 4 Lepechinia_mexicana_Pueblo, 5 Lepechinia_mexicana_Hidalgo, 6 Lepechinia_calycina, 7 Chaunostoma_mecistandrum, 8 Neoeplingia_leucophylloides, 9 Lepechinia_hastata, 10 Lepechinia_glomerata, 11 Lepechinia_caulescens, 12 Lepechinia_chamaedryoides, 13 Melissa_officinalis, 14 Dorystaechas_hastata, 15 Rosmarinus_officinalis, 16 Perovskia_atriplicifolia, 17 Salvia_officinalis, 18 Salvia_roemeriana, 19 Salvia_henryi, 20 Salvia_greatae, 21 Salvia_polystachya, 22 Salvia_mellifera, 23 Salvia_axillaris, 24 Salvia_patens, 25 Meriandra_bengalensis, 26 Zhumeria_majdae, 27 Salvia_aristata, 28 Salvia_przewalskii, 29 Salvia_sclarea, 30 Horminum_pyrenaicum, 31 Hedeoma_piperitum; TREE PAUP_1 = [&R] (((((((7:0.026835,(8:0.022076,(4:0.012316,5:0.001123):0.00688):0.002901):0.009185,6:0.066347):0.006893,((1:0.01361,2:0.014304):0.003894,3:0.017981):0.009778):0.004908,(12:0.024929,(10:0.011819,(11:0.01704,9:0.01282):0.002994):0.030017):0.009202):0.018968,13:0.041795):0.016366,((28:0.071724,((26:0.026386,27:0.07143):0.033494,(((((23:0.09952,21:0.069319):0.017933,24:0.056181):0.01789,20:0.041856):0.003219,22:0.091297):0.013412,(14:0.028508,25:0.021464):0.003818):0.013074):0.011421):0.0125,((29:0.070163,(17:0.043004,(19:0.010102,18:0.012901):0.041139):0.01013):0.0149,(16:0.028269,15:0.084097):0.004183):0.005156):0.012023):0.024479,(30:0.096216,31:0.108674):0.0); END; BEGIN TREES; TITLE ML_cpDNA; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Chaunostoma_mecistandrum, 2 Neoeplingia_leucophylloides, 3 Lepechinia_mexicana_Hidalgo, 4 Lepechinia_mexicana_Peublo, 5 Lepechinia_lamiifolia, 6 Lepechinia_radula, 7 Lepechinia_salviaefolia, 8 Lepechinia_chamaedryoides, 9 Lepechinia_hastata, 10 Lepechinia_caulescens, 11 Lepechinia_glomerata, 12 Lepechinia_calycina, 13 Melissa_officinalis, 14 Salvia_glutinosa, 15 Salvia_przewalskii_B, 16 Salvia_aristata, 17 Zhumeria_majdae, 18 Salvia_axillaris, 19 Salvia_polystachya, 20 Salvia_patens, 21 Salvia_greatae, 22 Salvia_mellifera, 23 Dorystaechas_hastata, 24 Meriandra_bengalensis, 25 Salvia_officinalis, 26 Salvia_henryi, 27 Salvia_roemeriana, 28 Rosmarinus_officinalis, 29 Perovskia_atriplicifolia, 30 Pogogyne_douglasii, 31 Acanthomintha_lanceolata, 32 Monardella_villosa, 33 Glechon_marifolia, 34 Cunila_microcephala, 35 Cunila_incana, 36 Rhabdocaulon_strictus, 37 Calamintha_arkansana, 38 Rhododon_ciliatus, 39 Poliomintha_incana, 40 Clinopodium_ashei, 41 Conradina_grandiflora, 42 Monarda_citriodora, 43 Blephilia_hirsuta, 44 Hedeoma_piperitum, 45 Clinopodium_vulgare, 46 Ziziphora_clinopodioides, 47 Mentha_arvensis, 48 Thymbra_capitata, 49 Origanum_vulgare, 50 Heterolamium_debile, 51 Meehania_urticifolia, 52 Glechoma_hederacea, 53 Agastache_pallida, 54 Schizonepeta_multifida, 55 Lallemantia_canescens, 56 Dracocephalum_bullatum, 57 Hyssopus_officinalis, 58 Nepeta_cataria, 59 Lophanthus_lipskyanus, 60 Drepanocaryum_sewerzowii, 61 Cedronella_canariensis, 62 Lycopus_uniflorus, 63 Cleonia_lusitanica, 64 Prunella_vulgaris, 65 Horminum_pyrenaicum, 66 Hyptis_laniflora, 67 Plectranthus_dawoensis, 68 Plectranthus_cremnus, 69 Ocimum_basilicum, 70 Lavandula_angustifolia, 71 Collinsonia_canadensis, 72 Elsholtzia_ciliata, 73 Caryopteris_incana, 74 Lamium_maculatum; TREE ML_cpDNA = [&R] (((((((1,(2,(3,4))),(((5,(6,7)),8),((9,10),(11,12)))),13),((((14,15),(16,17)),(((18,(19,20)),(21,22)),(23,24))),((25,(26,27)),(28,29)))),((((((((((30,(31,32)),(((33,34),(35,36)),(((37,38),39),((40,41),42,43)))),44),45),46),47),(48,49)),(((((50,51),52),(53,(54,(55,(56,57))))),((58,59),60)),61)),62),((63,64),65))),((((66,67),(68,69)),70),(71,72))),(73,74)); END;