#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2024; 14:29 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Green A.F., Ramsey T.S., & Ramsey J. 2010. Phylogeny and Biogeography of Ivies (Hedera spp., Araliaceae), a Polyploid Complex of Woody Vines. Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11014] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=32; TAXLABELS Brassaia_actinophylla Fatsia_japonica Hedera_algeriensis Hedera_algeriensis_CAinvasive Hedera_azorica_Pico Hedera_azorica_SaoMiguel Hedera_canariensis Hedera_colchica Hedera_cypria Hedera_helix_Baltica Hedera_helix_CAinvasive Hedera_helix_EmeraldGem Hedera_helix_MDinvasive Hedera_helix_NCinvasive Hedera_helix_caucasigena Hedera_helix_rhizomatifera Hedera_hibernica_WAinvasive1 Hedera_hibernica_WAinvasive2 Hedera_hibernica_hibernica Hedera_iberica Hedera_maderensis Hedera_maroccana Hedera_maroccana_SpanishCanary Hedera_nepalensis Hedera_nepalensis_Sinensis Hedera_pastuchovii_1 Hedera_pastuchovii_2 Hedera_rhombea Hedera_rhombea_Pierot Polyscias_fruticosa Schefflera_sp Trevesia_sundaica ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Brassaia_actinophylla_C11FR Brassaia_actinophylla_F12FR Fatsia_japonica_C6FR Fatsia_japonica_F6FR Hedera_algeriensis_H_a0 Hedera_algeriensis_H_a10 Hedera_algeriensis_H_a2 Hedera_algeriensis_H_a9 Hedera_azorica_Pico_b0 Hedera_azorica_Sao_Miguel_a0 Hedera_colchica_H_a0 Hedera_colchica_H_a3 Hedera_colchica_H_a4 Hedera_colchica_H_a8 Hedera_cypria_H_a0 Hedera_helix_Baltica_a0 Hedera_helix_Baltica_b0 Hedera_helix_Emerald_Gem_a6 Hedera_helix_Emerald_Gem_b0 Hedera_helix_subsp._caucausigena_H_a1 Hedera_hibernica_H_b0 Hedera_hibernica_H_b2 Hedera_hibernica_H_b4 Hedera_hibernica_hibernica_b0 Hedera_hibernica_hibernica_b3 Hedera_maderensis_H_a11 Hedera_maderensis_H_a12 Hedera_maroccana_H_a0 Hedera_maroccana_S2_H_b1 Hedera_maroccana_sample2_H_a0 Hedera_nepalensis_var_sinensis_H_a0 Hedera_pastuchovii_H_a0 Hedera_pastuchovii_sample2_H_a0 Hedera_pastuchovii_sample2_H_a7 Hedera_rhombea_H_a5 Hedera_rhombea_Pierot_a5 Polyscias_fruticosa_C8FR Polyscias_fruticosa_G8FR Trevesia_sundaica_F10FR ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Fatsia_japonica 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Hedera_algeriensis 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Hedera_algeriensis_CAinvasive 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Hedera_azorica_Pico 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Hedera_azorica_SaoMiguel 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Hedera_canariensis 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Hedera_colchica 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Hedera_cypria 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Hedera_hibernica_WAinvasive1 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Hedera_hibernica_WAinvasive2 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Hedera_hibernica_hibernica 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Hedera_iberica 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Hedera_maderensis 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Hedera_maroccana 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Hedera_maroccana_SpanishCanary 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Hedera_nepalensis 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Hedera_nepalensis_Sinensis 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Hedera_rhombea_Pierot 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Trevesia_sundaica 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; END; BEGIN TREES; TITLE GBSSI_low_copy_nDNA; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Hedera_algeriensis_H_a0, 2 Hedera_azorica_Sao_Miguel_a0, 3 Hedera_colchica_H_a0, 4 Hedera_cypria_H_a0, 5 Hedera_helix_Baltica_a0, 6 Hedera_maroccana_H_a0, 7 Hedera_maroccana_sample2_H_a0, 8 Hedera_nepalensis_var_sinensis_H_a0, 9 Hedera_pastuchovii_H_a0, 10 Hedera_pastuchovii_sample2_H_a0, 11 Hedera_azorica_Pico_b0, 12 Hedera_helix_Emerald_Gem_b0, 13 Hedera_helix_Baltica_b0, 14 Hedera_hibernica_H_b0, 15 Hedera_hibernica_hibernica_b0, 16 Hedera_hibernica_hibernica_b3, 17 Hedera_helix_subsp._caucausigena_H_a1, 18 Hedera_algeriensis_H_a2, 19 Hedera_colchica_H_a3, 20 Hedera_colchica_H_a4, 21 Hedera_rhombea_H_a5, 22 Hedera_rhombea_Pierot_a5, 23 Hedera_helix_Emerald_Gem_a6, 24 Hedera_pastuchovii_sample2_H_a7, 25 Hedera_colchica_H_a8, 26 Hedera_algeriensis_H_a9, 27 Hedera_algeriensis_H_a10, 28 Hedera_maderensis_H_a11, 29 Hedera_maderensis_H_a12, 30 Hedera_maroccana_S2_H_b1, 31 Hedera_hibernica_H_b2, 32 Hedera_hibernica_H_b4, 33 Brassaia_actinophylla_C11FR, 34 Brassaia_actinophylla_F12FR, 35 Fatsia_japonica_C6FR, 36 Fatsia_japonica_F6FR, 37 Polyscias_fruticosa_C8FR, 38 Polyscias_fruticosa_G8FR, 39 Trevesia_sundaica_F10FR; TREE PAUP_1 = [&R] (((((((1:0.0,(2:0.0,(3:0.0,(4:0.0,(5:0.0,(6:0.0,(7:0.0,(8:0.0,(9:0.0,(10:0.0,(17:1.0,((((((18:1.0,20:1.0):0.0,(28:0.0,29:1.0):1.0):0.0,(25:2.0,(26:0.0,27:1.0):2.0):0.0):0.0,23:1.0):0.0,24:1.0):0.0,(21:0.0,22:0.0):1.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0,((((((11:0.0,30:1.0):0.0,12:0.0):0.0,13:0.0):0.0,14:0.0):0.0,15:0.0):0.0,(16:1.0,(31:0.0,32:2.0):1.0):0.0):1.0):0.0,19:1.0):12.0,36:7.0):2.0,(33:0.0,34:0.0):15.0):1.0,(35:2.0,39:1.0):0.0):0.0,(37:0.0,38:1.0):20.0); END; BEGIN TREES; TITLE '12 non-coding cpDNA regions'; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Hedera_algeriensis, 2 Hedera_azorica_Pico, 3 Hedera_azorica_SaoMiguel, 4 Hedera_helix_MDinvasive, 5 Hedera_helix_CAinvasive, 6 Hedera_algeriensis_CAinvasive, 7 Hedera_canariensis, 8 Hedera_colchica, 9 Hedera_cypria, 10 Hedera_helix_EmeraldGem, 11 Hedera_helix_Baltica, 12 Hedera_helix_rhizomatifera, 13 Hedera_helix_caucasigena, 14 Hedera_helix_NCinvasive, 15 Hedera_hibernica_WAinvasive1, 16 Hedera_hibernica_hibernica, 17 Hedera_hibernica_WAinvasive2, 18 Hedera_iberica, 19 Hedera_maderensis, 20 Hedera_maroccana_SpanishCanary, 21 Hedera_maroccana, 22 Hedera_nepalensis_Sinensis, 23 Hedera_nepalensis, 24 Hedera_pastuchovii_1, 25 Hedera_pastuchovii_2, 26 Hedera_rhombea, 27 Hedera_rhombea_Pierot, 28 Fatsia_japonica, 29 Brassaia_actinophylla, 30 Polyscias_fruticosa, 31 Schefflera_sp, 32 Trevesia_sundaica; TREE PAUP_1 = [&R] (((((((((1:0.0,6:0.0):1.0,((2:1.0,3:0.0):0.0,19:0.0):4.0):0.0,(((4:0.0,14:0.0):2.0,13:1.0):3.0,9:4.0):1.0):0.0,((((((5:0.0,10:0.0):1.0,11:0.0):0.0,15:0.0):0.0,16:0.0):0.0,17:0.0):2.0,(8:2.0,(22:0.0,((((23:2.0,24:2.0):0.0,27:0.0):0.0,26:0.0):0.0,25:0.0):0.0):0.0):2.0):2.0):3.0,((7:5.0,(12:0.0,18:0.0):3.0):2.0,(20:0.0,21:1.0):3.0):4.0):25.0,28:25.0):1.0,32:30.0):6.0,(29:16.0,31:30.0):33.0):0.0,30:77.0); END;