#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 24, 2024; 20:57 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Schnitzler J., Barraclough T., Boatwright J., Goldblatt P., Manning J.C., Powell M., Rebelo T., & Savolainen V. 2011. Causes of Plant Diversification in the Cape Biodiversity Hotspot of South Africa. Systematic Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11132] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=99; TAXLABELS Faurea_galpinii Faurea_macnaughtonii Faurea_rochetiana Faurea_rubriflora Faurea_saligna Leucadendron_gandogeri Protea_acaulos Protea_acuminata Protea_amplexicaulis Protea_angolensis Protea_angustata Protea_aristata Protea_aspera Protea_aurea Protea_burchellii Protea_caespitosa Protea_caffra Protea_canaliculata Protea_compacta Protea_comptonii Protea_convexa Protea_cordata Protea_coronata Protea_cryophila Protea_curvata Protea_cynaroides Protea_decurrens Protea_denticulata Protea_dracomontana Protea_effusa Protea_enervis Protea_ericifolia Protea_eximia Protea_foliosa Protea_gaguedi Protea_glabra Protea_grandiceps Protea_heckmanniana Protea_holosericea Protea_humiflora Protea_inopina Protea_intonsa Protea_lacticolor Protea_laetans Protea_laevis Protea_lanceolata Protea_laurifolia Protea_lepidocarpodendron Protea_longifolia Protea_lorea Protea_lorifolia Protea_magnifica Protea_montana Protea_mucronifolia Protea_mundii Protea_mundiieast Protea_namaquana Protea_nana Protea_neriifolia Protea_nitida Protea_nubigena Protea_obtusifolia Protea_odorata Protea_parvula Protea_pendula Protea_piscina Protea_pityphylla Protea_pruinosa Protea_pudens Protea_punctata Protea_recondita Protea_repens Protea_restionifolia Protea_revoluta Protea_roupelliae Protea_rubropilosa Protea_rupicola Protea_scabra Protea_scabriuscula Protea_scolopendriifolia Protea_scolymocephala Protea_scorzonerifolia Protea_simplex Protea_speciosa Protea_stokoei Protea_subulifolia Protea_subvestita Protea_sulphurea Protea_susannae Protea_tenax Protea_venusta Protea_vogtsiae Protea_welwitschii Protea_wentzeliana Protea_witzenbergiana Protea_woeskaensis Serruria_barbigera Serruria_scoparia Serruria_villosa ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=169; TAXLABELS Belamcanda Bobartia Dietes Ferraria_crispa Ferraria_uncinata Iris Moraea_albicuspa Moraea_albiflora Moraea_algoensis Moraea_alpina Moraea_alticola Moraea_angulata Moraea_angusta Moraea_anomala Moraea_ardesiaca Moraea_aristata Moraea_aspera Moraea_atropunctata Moraea_australis Moraea_autumnalis Moraea_barkerae Moraea_barnardiella Moraea_barnardii Moraea_bella Moraea_bellendenii Moraea_bifida Moraea_bipartita Moraea_bituminosa Moraea_bolusii Moraea_brachygyne Moraea_brevistyla Moraea_brevituba Moraea_brittenniae Moraea_bubalina Moraea_bulbillifera Moraea_caeca Moraea_calcicola Moraea_callista Moraea_cantharophila Moraea_carsonii Moraea_cedarmontana Moraea_cedarmonticola Moraea_ciliata Moraea_citrina Moraea_collina Moraea_comptonii Moraea_contorta Moraea_cookii Moraea_cooperi Moraea_crispa Moraea_deltoidea Moraea_demissa Moraea_deserticola Moraea_dracomontana Moraea_elegans Moraea_elliotii Moraea_elsiae Moraea_exiliflora Moraea_falcifolia Moraea_fenestralis Moraea_fenestrata Moraea_fergusoniae Moraea_flaccida Moraea_flavescens Moraea_flexicaulis Moraea_fragrans Moraea_fugacissima Moraea_fugax Moraea_fuscomontana Moraea_galaxia Moraea_galpinii Moraea_garipensis Moraea_gawleri Moraea_gigandra Moraea_gracilenta Moraea_graminicola Moraea_graniticola Moraea_herrei Moraea_hesperantha Moraea_huttonii Moraea_inclinata Moraea_inconspicua Moraea_incurva Moraea_insolens Moraea_kamiesensis Moraea_kamiesmontana Moraea_karroica Moraea_knersvlaktensis Moraea_lewisiae Moraea_lilacina Moraea_longiaristata Moraea_longiflora Moraea_longistyla Moraea_loubseri Moraea_louisabolusiae Moraea_lugubris Moraea_lurida Moraea_luteoalba Moraea_macgregorii Moraea_macrocarpa Moraea_macronyx Moraea_margaretae Moraea_marlothii Moraea_maximiliani Moraea_melanops Moraea_miniata Moraea_minor Moraea_modesta Moraea_moggii Moraea_muddii Moraea_namaquamontana Moraea_namaquana Moraea_nana Moraea_natalensis Moraea_neglecta Moraea_ochroleuca Moraea_paersonii Moraea_pallida Moraea_papilionacea Moraea_patens Moraea_pendula Moraea_pilifolia Moraea_polyanthos Moraea_polystachya Moraea_pritzeliana Moraea_pseudospicata Moraea_pubiflora Moraea_pyrophila Moraea_radians Moraea_ramosissima Moraea_reflexa Moraea_regalis Moraea_reticulata Moraea_rigidifolia Moraea_rivulicola Moraea_robusta Moraea_saxicola Moraea_schimperi Moraea_schlechteri Moraea_serpentina Moraea_setifolia Moraea_simplex Moraea_sisyrinchium Moraea_spathulata Moraea_speciosa Moraea_stagnalis Moraea_tanzanica Moraea_thomasiae Moraea_tortilis Moraea_tricolor Moraea_trifida Moraea_tripetala Moraea_tulbaghensis Moraea_umbellata Moraea_unguiculata Moraea_vallisbelli Moraea_variabilis Moraea_vegeta Moraea_ventricosa Moraea_verdickii Moraea_verecunda Moraea_versicolor Moraea_vespertina Moraea_vigilans Moraea_villosa Moraea_virgata Moraea_vlokii Moraea_worcesterensis Pardanthopsis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=94; TAXLABELS Babiana_ambigua Babiana_angustifolia Babiana_arenicola Babiana_attenuata Babiana_auriculata Babiana_avicularis Babiana_bainesii Babiana_blanda Babiana_carminea Babiana_cedarbergensis Babiana_cinnamomea Babiana_confusa Babiana_crispa Babiana_cuneata Babiana_curviscapa Babiana_dregei Babiana_ecklonii Babiana_engysiphon Babiana_fimbriata Babiana_flabellifolia Babiana_fourcadei Babiana_fragrans Babiana_framesii Babiana_geniculata Babiana_grandiflora Babiana_hirsuta Babiana_horizontalis Babiana_hypogaea Babiana_inclinata Babiana_karooica Babiana_lanata Babiana_latifolia Babiana_leipoldtii Babiana_lewisiana Babiana_lineolata Babiana_lobata Babiana_longicollis Babiana_melanops_Mamre Babiana_melanops_Tulbagh Babiana_minuta Babiana_montana Babiana_mucronata_minor Babiana_mucronata_mucronata Babiana_namaquensis Babiana_nana_maculata Babiana_nana_nana Babiana_noctiflora Babiana_odorata Babiana_papyracea Babiana_patersoniae Babiana_patula Babiana_pauciflora Babiana_petiolata Babiana_pilosa Babiana_planifolia Babiana_praemorsa Babiana_pubescens Babiana_purpurea Babiana_pygmaea Babiana_radiata Babiana_regia Babiana_rigidifolia Babiana_ringens Babiana_rubella Babiana_rubrocyanea Babiana_salteri Babiana_sambucina Babiana_scabrifolia Babiana_scariosa Babiana_secunda Babiana_sinuata Babiana_spathacea Babiana_spiralis Babiana_striata Babiana_stricta Babiana_symmetrantha Babiana_tanquana Babiana_teretifolia Babiana_torta Babiana_toximontana Babiana_tritonioides Babiana_tubaeformis Babiana_tubiflora Babiana_tubulosa Babiana_unguiculata Babiana_vanzijliae Babiana_villosa Babiana_villosula Babiana_virescens Babiana_virginea Chasmanthe_aethiopica Cyanixia_socotrana Sparaxis_variegata Tritonia_disticha ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=169; TAXLABELS Belamcanda Bobartia Dietes Ferraria_crispa Ferraria_uncinata Iris Moraea_albicuspa Moraea_albiflora Moraea_algoensis Moraea_alpina Moraea_alticola Moraea_angulata Moraea_angusta Moraea_anomala Moraea_ardesiaca Moraea_aristata Moraea_aspera Moraea_atropunctata Moraea_australis Moraea_autumnalis Moraea_barkerae Moraea_barnardiella Moraea_barnardii Moraea_bella Moraea_bellendenii Moraea_bifida Moraea_bipartita Moraea_bituminosa Moraea_bolusii Moraea_brachygyne Moraea_brevistyla Moraea_brevituba Moraea_brittenniae Moraea_bubalina Moraea_bulbillifera Moraea_caeca Moraea_calcicola Moraea_callista Moraea_cantharophila Moraea_carsonii Moraea_cedarmontana Moraea_cedarmonticola Moraea_ciliata Moraea_citrina Moraea_collina Moraea_comptonii Moraea_contorta Moraea_cookii Moraea_cooperi Moraea_crispa Moraea_deltoidea Moraea_demissa Moraea_deserticola Moraea_dracomontana Moraea_elegans Moraea_elliotii Moraea_elsiae Moraea_exiliflora Moraea_falcifolia Moraea_fenestralis Moraea_fenestrata Moraea_fergusoniae Moraea_flaccida Moraea_flavescens Moraea_flexicaulis Moraea_fragrans Moraea_fugacissima Moraea_fugax Moraea_fuscomontana Moraea_galaxia Moraea_galpinii Moraea_garipensis Moraea_gawleri Moraea_gigandra Moraea_gracilenta Moraea_graminicola Moraea_graniticola Moraea_herrei Moraea_hesperantha Moraea_huttonii Moraea_inclinata Moraea_inconspicua Moraea_incurva Moraea_insolens Moraea_kamiesensis Moraea_kamiesmontana Moraea_karroica Moraea_knersvlaktensis Moraea_lewisiae Moraea_lilacina Moraea_longiaristata Moraea_longiflora Moraea_longistyla Moraea_loubseri Moraea_louisabolusiae Moraea_lugubris Moraea_lurida Moraea_luteoalba Moraea_macgregorii Moraea_macrocarpa Moraea_macronyx Moraea_margaretae Moraea_marlothii Moraea_maximiliani Moraea_melanops Moraea_miniata Moraea_minor Moraea_modesta Moraea_moggii Moraea_muddii Moraea_namaquamontana Moraea_namaquana Moraea_nana Moraea_natalensis Moraea_neglecta Moraea_ochroleuca Moraea_paersonii Moraea_pallida Moraea_papilionacea Moraea_patens Moraea_pendula Moraea_pilifolia Moraea_polyanthos Moraea_polystachya Moraea_pritzeliana Moraea_pseudospicata Moraea_pubiflora Moraea_pyrophila Moraea_radians Moraea_ramosissima Moraea_reflexa Moraea_regalis Moraea_reticulata Moraea_rigidifolia Moraea_rivulicola Moraea_robusta Moraea_saxicola Moraea_schimperi Moraea_schlechteri Moraea_serpentina Moraea_setifolia Moraea_simplex Moraea_sisyrinchium Moraea_spathulata Moraea_speciosa Moraea_stagnalis Moraea_tanzanica Moraea_thomasiae Moraea_tortilis Moraea_tricolor Moraea_trifida Moraea_tripetala Moraea_tulbaghensis Moraea_umbellata Moraea_unguiculata Moraea_vallisbelli Moraea_variabilis Moraea_vegeta Moraea_ventricosa Moraea_verdickii Moraea_verecunda Moraea_versicolor Moraea_vespertina Moraea_vigilans Moraea_villosa Moraea_virgata Moraea_vlokii Moraea_worcesterensis Pardanthopsis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa5; DIMENSIONS NTAX=114; TAXLABELS Amphithalea_alba Amphithalea_axillaris Amphithalea_biovulata Amphithalea_ciliaris Amphithalea_cuneifolia Amphithalea_dahlgrenii Amphithalea_ericifolia Amphithalea_flava Amphithalea_fourcadei Amphithalea_imbricata Amphithalea_intermedia Amphithalea_micrantha Amphithalea_monticola Amphithalea_muirii Amphithalea_muraltioides Amphithalea_obtusiloba Amphithalea_oppositifolia Amphithalea_pageae Amphithalea_parvifolia Amphithalea_phylicoides Amphithalea_rostrata Amphithalea_speciosa Amphithalea_spinosa Amphithalea_stokoei Amphithalea_tomentosa Amphithalea_tortilis Amphithalea_villosa Amphithalea_violacea Amphithalea_virgata Amphithalea_vlokii Amphithalea_williamsonii Cadia_commersoniana Cadia_pedicellata Cadia_pubescens Cadia_purpurea Calpurnia_aurea Calpurnia_glabrata Calpurnia_intrusa Calpurnia_sericea Calpurnia_sericea_x_Calpurnia_woodii Calpurnia_woodii Cyclopia_alopecuroides Cyclopia_alpina Cyclopia_aurescens Cyclopia_bolusii Cyclopia_burtonii Cyclopia_falcata Cyclopia_galioides Cyclopia_genistoides Cyclopia_glabra Cyclopia_intermedia Cyclopia_longifolia Cyclopia_maculata Cyclopia_meyeriana Cyclopia_plicata Cyclopia_pubescens Cyclopia_sessiliflora Cyclopia_subternata Liparia_angustifolia Liparia_bonaespei Liparia_boucheri Liparia_calycina Liparia_capitata Liparia_confusa Liparia_congesta Liparia_genistoides Liparia_hirsuta Liparia_latifolia Liparia_myrtifolia Liparia_parva Liparia_racemosa Liparia_rafnioides Liparia_splendens_comantha Liparia_splendens_splendens Liparia_striata Liparia_umbellifera Liparia_vestita Podalyria_argentea Podalyria_biflora Podalyria_burchellii Podalyria_buxifolia Podalyria_calyptrata Podalyria_canescens Podalyria_cordata Podalyria_cuneifolia Podalyria_hirsuta Podalyria_intermedia Podalyria_lanceolata Podalyria_leipoldtii Podalyria_microphylla Podalyria_myrtillifolia Podalyria_oleaefolia Podalyria_orbicularis Podalyria_pearsonii Podalyria_rotundifolia Podalyria_sericea Podalyria_speciosa Podalyria_variabilis Podalyria_velutina Stirtonanthus_chrysanthus Stirtonanthus_insignis Stirtonanthus_taylorianus Virgilia_divaricata Virgilia_oroboides_ferruginea Virgilia_oroboides_oroboides Xiphotheca_canescens Xiphotheca_cordifolia Xiphotheca_elliptica Xiphotheca_fruticosa Xiphotheca_guthriei Xiphotheca_lanceolata Xiphotheca_phylicoides Xiphotheca_reflexa Xiphotheca_tecta ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa6; DIMENSIONS NTAX=94; TAXLABELS Babiana_ambigua Babiana_angustifolia Babiana_arenicola Babiana_attenuata Babiana_auriculata Babiana_avicularis Babiana_bainesii Babiana_blanda Babiana_carminea Babiana_cedarbergensis Babiana_cinnamomea Babiana_confusa Babiana_crispa Babiana_cuneata Babiana_curviscapa Babiana_dregei Babiana_ecklonii Babiana_engysiphon Babiana_fimbriata Babiana_flabellifolia Babiana_fourcadei Babiana_fragrans Babiana_framesii Babiana_geniculata Babiana_grandiflora Babiana_hirsuta Babiana_horizontalis Babiana_hypogaea Babiana_inclinata Babiana_karooica Babiana_lanata Babiana_latifolia Babiana_leipoldtii Babiana_lewisiana Babiana_lineolata Babiana_lobata Babiana_longicollis Babiana_melanops_Mamre Babiana_melanops_Tulbagh Babiana_minuta Babiana_montana Babiana_mucronata_minor Babiana_mucronata_mucronata Babiana_namaquensis Babiana_nana_maculata Babiana_nana_nana Babiana_noctiflora Babiana_odorata Babiana_papyracea Babiana_patersoniae Babiana_patula Babiana_pauciflora Babiana_petiolata Babiana_pilosa Babiana_planifolia Babiana_praemorsa Babiana_pubescens Babiana_purpurea Babiana_pygmaea Babiana_radiata Babiana_regia Babiana_rigidifolia Babiana_ringens Babiana_rubella Babiana_rubrocyanea Babiana_salteri Babiana_sambucina Babiana_scabrifolia Babiana_scariosa Babiana_secunda Babiana_sinuata Babiana_spathacea Babiana_spiralis Babiana_striata Babiana_stricta Babiana_symmetrantha Babiana_tanquana Babiana_teretifolia Babiana_torta Babiana_toximontana Babiana_tritonioides Babiana_tubaeformis Babiana_tubiflora Babiana_tubulosa Babiana_unguiculata Babiana_vanzijliae Babiana_villosa Babiana_villosula Babiana_virescens Babiana_virginea Chasmanthe_aethiopica Cyanixia_socotrana Sparaxis_variegata Tritonia_disticha ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M7525] TITLE Moraea_combined; LINK TAXA = Taxa4; DIMENSIONS NCHAR=3211; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 2190 2200 2210 2220 2230 2240 2250 2260 2270 2280 2290 2300 2310 2320 2330 2340 2350 2360 2370 2380 2390 2400 2410 2420 2430 2440 2450 2460 2470 2480 2490 2500 2510 2520 2530 2540 2550 2560 2570 2580 2590 2600 2610 2620 2630 2640 2650 2660 2670 2680 2690 2700 2710 2720 2730 2740 2750 2760 2770 2780 2790 2800 2810 2820 2830 2840 2850 2860 2870 2880 2890 2900 2910 2920 2930 2940 2950 2960 2970 2980 2990 3000 3010 3020 3030 3040 3050 3060 3070 3080 3090 3100 3110 3120 3130 3140 3150 3160 3170 3180 3190 3200 3210 3220 3230 3240 3250 3260 3270 3280 3290 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Belamcanda 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Bobartia 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Moraea_angulata 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Moraea_barnardiella AGTATGGAAACCTGCTAAGTGGTAACTTCCAAATTCAGAGAAACCCAGGAAAAAAAGGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTTATTTGGAGAAAACGAACAA------GGGTTTTAAAAACTAGAATAAAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATTCTAACGAATGGAGTTGACTACGTTACGTTGGTAGATAGAATCCTT-CTATCGAAATT-AAA-------------GAAAGGATGATCCTATATATCTAATACGTAGTACGTAT-------ACACACTAACATATCAAA----CGATTAATTACGACCTGAA---------TCC-----------------ATTATATATCCAAAA-TTCAGAGCTATTGTGGATCTATTTCAATCGAAGTTGAAGGAAGAATCGATTGGTGATCAAATCATT---------CATTCCAGAGTTTGATAGATCTTTTGAAAA-CGAATTAATCGGAAGAGAATAAAGAGAGAGTCCCGTTCTACATGTCAATACCGACAACAATGAAATTTATAGTAAAAGGAAAATCCGTCG---------------------CAAGTCCCTC-TATCCCCAATAAAAAGTCCATTTT--ACTTCCTAACTCTTTAGATTTTTTTTCTTTTTTCATCTTCATCCAAAAATGGTTCAAACAAAATTCAATATCTTTCTCATTAATTCTACTCGTTCAC------AAAAGGATACGAACAGAAATCTTGGGATCTTATCTCAATCTGGTTTGGGTAGATATGAGACCTGTACAAATGAACATGTATGGGCAAGTAATTCCCATTATTGAATCATTCACA-TCCATATCTTTATCCTTATGTTTACAAAGACA-----GTCTTCTTTTTGAATGAAGATCTAAAACTAAGAAATT------ACAGAGACTATGTCAAATTTGTTAATATTTTG------------------GTAGTCTCTTT--------AATTTACATAGATACA--------AGTACTCAACTAGGATGGTGCGCGGT------AAAAGGTCGGGATAGCTCATACTCCTGATTACGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCTCCTGAAGAAGCGGGGGCTGCGGTAGCTGCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACAGTGTGGACTGACGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGACCGTTCCTGGGGAAGAAAGTCAATTTATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCCGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGTTTCAAAGCCCTACGAGCTCTACGTTTGGAAGATCTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCTAAAACTTTCCAAGGCCCGCCTCATGGCATCCAGGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCCGCAAAAAACTACGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCTACGTGGTGGGCTTGATTTTACCAAGGATGATGAAAACGTGAACTCACAACCTTTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGCGCTGAAGCACTTTATAAAGCGCAAGCCGAAAC{AT}GGTGAAATCAAAGGACATTACTTGAACGCAACTGCGGGTACATGTGAAGACATGATGAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACCGGGGGATTCACTGCAAATACTACTTTGGCTCATTATTGCCGCGACAACGGCCTACTTCTTCACATCCATCGCGCAATGCATGCAGTTATTGACAGACAGAAAAATCATGGTATGCATTTCCGTGTCCTAGCTAAAGCATTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACTCTGGTACAGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAACGTGAGATTACTTTGGGTTTTGTTGATTTATTGCGTGATGATTATATTGAAAAAGACCGAAGTCGGGGTATTTTTTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCAGGTGTTCTACCCGTGGCTTCAGGAGGCATTCATGTTTGGCATATGCCTGCCCTAACCGAAATCTTTGGGGATGATTCCGTACTACAGTTCGGCGGAGGGACTTTAGGGCACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGTAGCCAATCGAGTCGCTTTAGAAGCATGTGTACA-GCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTAGTGAAGGTAATGCAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Moraea_barnardii 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Moraea_bellendenii 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Moraea_cedarmontana 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Moraea_elliotii 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Moraea_inconspicua 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Moraea_insolens 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Moraea_loubseri 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Moraea_macrocarpa 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Moraea_pritzeliana 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Moraea_ramosissima 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Moraea_rivulicola 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Moraea_tortilis 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Moraea_unguiculata 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Moraea_verdickii 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Moraea_verecunda 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Moraea_versicolor 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Moraea_vespertina 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Moraea_vigilans 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Moraea_villosa 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Amphithalea_ericifolia 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Amphithalea_muirii 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Amphithalea_muraltioides 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Amphithalea_obtusiloba 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Amphithalea_oppositifolia 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Amphithalea_pageae 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Amphithalea_parvifolia 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Amphithalea_phylicoides 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Amphithalea_rostrata 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Amphithalea_speciosa 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Amphithalea_stokoei 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Amphithalea_tomentosa 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Amphithalea_violacea 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Amphithalea_virgata 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Cadia_pubescens TGAACCTGCGG-AAGGATCATTGTCG-AAGCC-T-CAC--GAGCA-GAG-CGACCC-GCG-AATAA-GTTTG-ACT-ACTCGGGGGCGGCTA-GAGGCGTGTTCCACACCTC-GG--TCCCC----CTT-GTGTCGGGAGGCGCCGCTGCA------CGGCCGTGTCGTCCT-GACC-GAA-TAACAAAACCCCGGCGCCGAA--CGCGCC---AAGGAAATC--GAAATCGTTT-AGTGCGCCACCCGTCGGCTC-GGGGACGGTGCTCGTGCGGGTGGTG-TCGCGACACTAGT----ATCCAAAA-GACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTG-CATCGATGAAGAA-CGCAGCAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Calpurnia_aurea TGAACATGCGG-AAGGATCATTGTCG-AAGCC-T-CACAAGATCA-GAG-CGACCC-GCG-AATTT-GTTTG-ACT-ACTCAGGGGCGGCTA-TAGGTGT-TCTG-CACCTC-GG--TCCCC----CTT-GTGTCCGGAGGCGTCGCTCCT------CGGCGGTCTCCTCCT-GACC-GAA-TAACAAAACCCCGGCGCGGAA--CGCGCC---AAGGAAATC--GAAATCGTTT-AGTGCGCCACCCGTCGGCTC-GGAGACGGTGCTCGTACGGGTGGTG-TTGCGACATGCGT----ATCCAAAA-GACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTG-CATCGATGAAGAA-CGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAA-CGCAAGTTGCGCCCGAA-GCCATTAGGCCAAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCCC-AATGCCTTTAGG-CTTGT-GCT---AGGCACTGAGC--GGGGTGAATGCTGGCTTCCCGCGA-GCAAA-GCCTCGCGGTTGGTTGAAAGTTGAGTC-CGTGGTGG--AGGG--CGCC-GCGAT-GGATGGTGGTTGAG-TAAAA-----TCTCGAGACCGATCGTGCGTGTCACCC--CACCGGCTTTGGGACTCTGTGACCCATG--AGCGCCCGTTGG---TCGCCC-ATGAGCGGG-ACCTCATGT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Calpurnia_glabrata 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Calpurnia_intrusa 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Calpurnia_sericea 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Cyclopia_intermedia 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Cyclopia_sessiliflora 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Liparia_angustifolia 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Liparia_bonaespei 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Liparia_boucheri 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Liparia_hirsuta 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Liparia_latifolia 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Podalyria_biflora 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Podalyria_burchellii 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Podalyria_calyptrata 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Podalyria_microphylla 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Podalyria_myrtillifolia 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Podalyria_oleaefolia 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Podalyria_orbicularis 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Podalyria_pearsonii 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Podalyria_rotundifolia 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Podalyria_sericea 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Podalyria_speciosa 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Podalyria_variabilis 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Podalyria_velutina 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Stirtonanthus_insignis 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Stirtonanthus_taylorianus 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Xiphotheca_lanceolata 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Faurea_macnaughtonii 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Faurea_rochetiana 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Faurea_rubriflora 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Faurea_saligna 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Protea_acaulos 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Protea_caespitosa 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Protea_denticulata 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Protea_foliosa 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Protea_glabra 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Protea_laevis 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Protea_lanceolata 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Protea_laurifolia 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Protea_lepidocarpodendron 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Protea_longifolia 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Protea_obtusifolia 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Protea_odorata 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Protea_parvula 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Protea_repens 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Protea_restionifolia 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Protea_scolymocephala 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Protea_scorzonerifolia 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Protea_sulphurea 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Protea_woeskaensis 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Babiana_angustifolia 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Babiana_arenicola 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Babiana_avicularis 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Babiana_cedarbergensis 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Babiana_cinnamomea 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Babiana_crispa 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Babiana_cuneata 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Babiana_curviscapa 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Babiana_ecklonii 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Babiana_fimbriata 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Babiana_geniculata 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Babiana_grandiflora 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Babiana_hirsuta 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Babiana_horizontalis 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Babiana_hypogaea 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Babiana_inclinata 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Babiana_karooica 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Babiana_leipoldtii 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Babiana_lobata 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Babiana_montana 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Babiana_noctiflora 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Babiana_odorata 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Babiana_papyracea 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Babiana_patula 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Babiana_petiolata 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Babiana_pilosa 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Babiana_planifolia 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Babiana_pubescens 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Babiana_pygmaea 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Babiana_regia 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Babiana_rigidifolia 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Babiana_ringens 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Babiana_rubrocyanea 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Babiana_salteri 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Babiana_sambucina 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Babiana_scariosa 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Babiana_striata 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Babiana_stricta 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Babiana_tanquana 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Babiana_teretifolia 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Babiana_torta 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Babiana_tritonioides 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Babiana_tubulosa 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Babiana_vanzijliae 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Babiana_villosa 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Babiana_virescens 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Chasmanthe_aethiopica 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Sparaxis_variegata 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Tritonia_disticha 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; END; BEGIN TREES; TITLE Babiana_BEAST_consensus; LINK TAXA = Taxa6; TRANSLATE 1 Sparaxis_variegata, 2 Tritonia_disticha, 3 Chasmanthe_aethiopica, 4 Babiana_lobata, 5 Babiana_cinnamomea, 6 Babiana_carminea, 7 Babiana_confusa, 8 Babiana_virescens, 9 Babiana_fimbriata, 10 Babiana_lewisiana, 11 Babiana_rubella, 12 Babiana_pilosa, 13 Babiana_striata, 14 Babiana_lanata, 15 Babiana_planifolia, 16 Babiana_namaquensis, 17 Babiana_teretifolia, 18 Babiana_hirsuta, 19 Babiana_avicularis, 20 Babiana_ringens, 21 Babiana_tritonioides, 22 Babiana_tubiflora, 23 Babiana_tubulosa, 24 Babiana_torta, 25 Babiana_bainesii, 26 Babiana_hypogaea, 27 Babiana_horizontalis, 28 Babiana_longicollis, 29 Babiana_symmetrantha, 30 Babiana_dregei, 31 Babiana_pubescens, 32 Babiana_spiralis, 33 Babiana_attenuata, 34 Babiana_curviscapa, 35 Babiana_geniculata, 36 Babiana_sinuata, 37 Babiana_petiolata, 38 Babiana_cedarbergensis, 39 Babiana_mucronata_minor, 40 Babiana_vanzijliae, 41 Babiana_papyracea, 42 Babiana_scariosa, 43 Babiana_villosula, 44 Babiana_arenicola, 45 Babiana_stricta, 46 Babiana_pygmaea, 47 Babiana_tubaeformis, 48 Babiana_noctiflora, 49 Babiana_angustifolia, 50 Babiana_rubrocyanea, 51 Babiana_inclinata, 52 Babiana_melanops_Mamre, 53 Babiana_melanops_Tulbagh, 54 Babiana_villosa, 55 Babiana_fragrans, 56 Babiana_regia, 57 Babiana_odorata, 58 Babiana_unguiculata, 59 Babiana_auriculata, 60 Babiana_ecklonii, 61 Babiana_crispa, 62 Babiana_blanda, 63 Babiana_engysiphon, 64 Babiana_toximontana, 65 Babiana_scabrifolia, 66 Babiana_salteri, 67 Babiana_secunda, 68 Babiana_latifolia, 69 Babiana_lineolata, 70 Babiana_leipoldtii, 71 Babiana_pauciflora, 72 Babiana_mucronata_mucronata, 73 Babiana_framesii, 74 Babiana_rigidifolia, 75 Babiana_sambucina, 76 Babiana_flabellifolia, 77 Babiana_fourcadei, 78 Babiana_patersoniae, 79 Babiana_patula, 80 Babiana_nana_maculata, 81 Babiana_nana_nana, 82 Babiana_montana, 83 Babiana_purpurea, 84 Babiana_minuta, 85 Babiana_tanquana, 86 Babiana_karooica, 87 Babiana_radiata, 88 Babiana_ambigua, 89 Babiana_grandiflora, 90 Babiana_praemorsa, 91 Babiana_cuneata, 92 Babiana_virginea, 93 Babiana_spathacea, 94 Cyanixia_socotrana; TREE TREE1 = [&R] (((1:12.260695838951056,2:12.260695838951056):4.597181703061841,(3:15.45301289988992,(4:8.662750536809114,(((((5:1.969384840508312,6:1.969384840508312):1.4396389804506773,((7:1.554817193750159,8:1.554817193750159):1.6971122901221514,(9:3.0619429622184087,(10:1.946965686641064,((11:0.8601211786169541,12:0.8601211786169544):0.7884143413289756,13:1.648535519945931):0.2984301666951321):1.1149772755773533):0.18998652165389496):0.15709433708667975):0.33279199713226815,((14:2.307488497835795,(15:1.7944689025353313,16:1.7944689025353289):0.5130195953004637):0.7696076883842569,(((((17:0.6937731011544659,18:0.6937731011544659):0.8130819124571136,19:1.5068550136115797):0.38553618989696714,20:1.8923912035085442):0.587015020667309,21:2.479406224175855):0.25057266321018323,((22:1.3730681702145067,23:1.3730681702145064):0.8214351633999089,24:2.194503333614405):0.5354755537716289):0.34711729883400677):0.6647196318712085):0.9377971803406928,(((25:0.8786124241270855,26:0.8786124241270855):1.9442977128905956,(27:0.796998273835725,28:0.7969982738357253):2.0259118631819586):1.1837768512713196,(29:2.8080425669660856,(30:2.0793415722005415,(31:1.7203447112873862,((32:0.8098522230701002,33:0.8098522230701005):0.584282672877185,34:1.3941348959472861):0.3262098153400972):0.35899686091315797):0.7287009947655401):1.1986444213229182):0.6729260101429482):2.2486109602267232,(((((((((((35:1.0339429071612134,36:1.0339429071612136):0.43786904793485615,(37:1.0726386209758447,38:1.0726386209758458):0.39917333412022304):0.3456810562628341,(39:1.378314187860021,((40:0.2704219193647565,41:0.27042191936475585):0.5723101968665314,42:0.8427321162312857):0.5355820716287306):0.43917882349888093):0.36206562697473044,((43:1.423668515918047,((44:1.2567654509044617,((45:0.7371592823091074,46:0.7371592823091069):0.4141964224079139,((47:0.6533316884802767,48:0.6533316884802777):0.2989074973062956,((49:0.7121447146267005,50:0.7121447146267017):0.15426833430788556,(51:0.4033323433576492,52:0.4033323433576505):0.46308070557693737):0.0858261368519877):0.19911651893044668):0.10540974618744148):0.14776414787471848,((53:0.36848179199537984,54:0.36848179199537895):0.2857608119055381,55:0.6542426039009166):0.7502869948782649):0.019138917138863842):0.1464525838805517,(56:0.8540180079617754,57:0.8540180079617767):0.7161030918368229):0.6094375385350337):0.1979870143832687,((58:0.7595821108588033,59:0.7595821108588033):0.8722430410725515,(60:1.3393952069831114,61:1.3393952069831057):0.29242994494824415):0.7457205007855447):0.45045728660747697,((62:1.5373725818875776,63:1.5373725818875792):1.0342629612612884,((64:1.96300659786754,(65:1.6558384543274856,66:1.6558384543274836):0.3071681435400542):0.5262295079037411,(67:1.9828832730504664,(((68:0.9712920983496701,69:0.9712920983496702):0.2202584697066885,70:1.1915505680563625):0.3119515393527692,(71:0.880435147016492,72:0.880435147016491):0.6230669603926362):0.4793811656413398):0.5063528327208158):0.08239943737758582):0.2563673961755084):0.09104303837963501,((73:0.7952938151916114,74:0.7952938151916114):0.7463971041086908,(75:0.8622025668830527,76:0.8622025668830527):0.6794883524172534):1.377355058403709):0.4412002593013744,((((77:1.3483609818526296,78:1.348360981852627):0.1979091400748385,79:1.5462701219274666):0.8702724431368327,((80:0.7686557334860985,81:0.7686557334860985):0.8078918751132949,82:1.576547608599391):0.8399949564649059):0.5673813503321421,(83:2.61634762783604,(84:2.2823564425288017,85:2.282356442528803):0.3339911853072386):0.3675762875604005):0.3763223216089431):0.2053210082706971,(86:1.2107819714710166,87:1.2107819714710166):2.35478527380506):0.7253385792923273,(88:2.774401709143442,89:2.774401709143442):1.5165041154249699):1.086315058571362,(((90:0.4958156048577524,91:0.4958156048577528):0.6537221109447313,92:1.149537715802478):2.0850414905219052,93:3.2345792063243857):2.142641676815384):1.5510030755189055):1.7345265781504429):6.790262363080808):1.404864642122984):2.4434753786896053,94:19.301352920702534); END; BEGIN TREES; TITLE Podalyrieae_BEAST_consensus; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Amphithalea_alba, 2 Amphithalea_axillaris, 3 Amphithalea_biovulata, 4 Amphithalea_ciliaris, 5 Amphithalea_cuneifolia, 6 Amphithalea_dahlgrenii, 7 Amphithalea_ericifolia, 8 Amphithalea_flava, 9 Amphithalea_fourcadei, 10 Amphithalea_imbricata, 11 Amphithalea_intermedia, 12 Amphithalea_micrantha, 13 Amphithalea_monticola, 14 Amphithalea_muirii, 15 Amphithalea_muraltioides, 16 Amphithalea_obtusiloba, 17 Amphithalea_oppositifolia, 18 Amphithalea_pageae, 19 Amphithalea_parvifolia, 20 Amphithalea_phylicoides, 21 Amphithalea_rostrata, 22 Amphithalea_speciosa, 23 Amphithalea_spinosa, 24 Amphithalea_stokoei, 25 Amphithalea_tomentosa, 26 Amphithalea_tortilis, 27 Amphithalea_villosa, 28 Amphithalea_violacea, 29 Amphithalea_virgata, 30 Amphithalea_vlokii, 31 Amphithalea_williamsonii, 32 Calpurnia_aurea, 33 Cadia_commersoniana, 34 Cadia_pedicellata, 35 Cadia_pubescens, 36 Cadia_purpurea, 37 Calpurnia_glabrata, 38 Calpurnia_intrusa, 39 Cyclopia_alopecuroides, 40 Cyclopia_alpina, 41 Calpurnia_sericea, 42 Calpurnia_sericea_x_Calpurnia_woodii, 43 Cyclopia_aurescens, 44 Calpurnia_woodii, 45 Cyclopia_bolusii, 46 Cyclopia_burtonii, 47 Cyclopia_falcata, 48 Cyclopia_galioides, 49 Cyclopia_genistoides, 50 Cyclopia_glabra, 51 Cyclopia_intermedia, 52 Cyclopia_longifolia, 53 Cyclopia_maculata, 54 Cyclopia_meyeriana, 55 Cyclopia_plicata, 56 Cyclopia_pubescens, 57 Cyclopia_sessiliflora, 58 Cyclopia_subternata, 59 Liparia_angustifolia, 60 Liparia_bonaespei, 61 Liparia_boucheri, 62 Liparia_calycina, 63 Liparia_capitata, 64 Liparia_confusa, 65 Liparia_congesta, 66 Liparia_genistoides, 67 Liparia_hirsuta, 68 Liparia_latifolia, 69 Liparia_myrtifolia, 70 Liparia_parva, 71 Liparia_racemosa, 72 Liparia_rafnioides, 73 Liparia_splendens_comantha, 74 Liparia_splendens_splendens, 75 Liparia_striata, 76 Liparia_umbellifera, 77 Liparia_vestita, 78 Podalyria_argentea, 79 Podalyria_biflora, 80 Podalyria_burchellii, 81 Podalyria_buxifolia, 82 Podalyria_calyptrata, 83 Podalyria_canescens, 84 Podalyria_cordata, 85 Podalyria_cuneifolia, 86 Podalyria_hirsuta, 87 Podalyria_intermedia, 88 Podalyria_lanceolata, 89 Podalyria_leipoldtii, 90 Podalyria_microphylla, 91 Podalyria_myrtillifolia, 92 Podalyria_oleaefolia, 93 Podalyria_orbicularis, 94 Podalyria_pearsonii, 95 Podalyria_rotundifolia, 96 Podalyria_sericea, 97 Podalyria_speciosa, 98 Podalyria_variabilis, 99 Podalyria_velutina, 100 Stirtonanthus_chrysanthus, 101 Stirtonanthus_insignis, 102 Stirtonanthus_taylorianus, 103 Virgilia_divaricata, 104 Virgilia_oroboides_ferruginea, 105 Virgilia_oroboides_oroboides, 106 Xiphotheca_canescens, 107 Xiphotheca_cordifolia, 108 Xiphotheca_elliptica, 109 Xiphotheca_fruticosa, 110 Xiphotheca_guthriei, 111 Xiphotheca_lanceolata, 112 Xiphotheca_phylicoides, 113 Xiphotheca_reflexa, 114 Xiphotheca_tecta; TREE BEAST = [&R] (((35:3.571357842,(33:1.839438279,36:1.839438279):1.731919564):6.483080128,34:10.05443797):23.52642412,(((38:17.53465929,(41:7.221535079,(32:4.253714081,((42:0.6739549923,44:0.6739549923):2.378325924,37:3.052280916):1.201433165):2.967820997):10.31312421):8.1356361,((50:7.620941308,54:7.620941308):9.229647323,(48:14.67808624,((39:6.250253245,45:6.250253245):6.973348294,((((47:3.732220992,(49:2.788640632,52:2.788640632):0.9435803598):3.642750647,((53:4.364659541,((56:1.895345199,46:1.895345199):1.184343941,58:3.07968914):1.284970401):1.874974592,(51:1.515830028,55:1.515830028):4.723804105):1.135337506):0.7749851603,43:8.149956799):2.084554336,(40:4.183555936,57:4.183555936):6.050955199):2.989090404):1.4544847):2.172502392):8.819706755):2.957421732,(((((112:4.833018543,106:4.833018543):5.253709144,(107:7.091785434,(113:3.657675136,110:3.657675136):3.434110299):2.994942253):7.163920486,(((8:5.90756907,4:5.90756907):4.75617938,((109:4.681671386,114:4.681671386):2.890017799,(111:4.276608869,108:4.276608869):3.295080317):3.092059265):5.176379766,(((((30:4.828189984,(((16:1.672661959,6:1.672661959):1.619303567,27:3.291965527):0.5301700333,19:3.82213556):1.006054424):1.727455569,(14:2.753524035,18:2.753524035):3.802121519):1.756806286,(13:3.327243793,((15:0.7270071843,26:0.7270071843):1.21370832,23:1.940715504):1.386528288):4.985208047):4.540394075,(((((((1:1.854015113,25:1.854015113):1.371372829,(28:2.082778386,11:2.082778386):1.142609556):0.8193456238,24:4.044733566):1.007248908,22:5.051982475):1.389961486,(20:3.012813062,21:3.012813062):3.429130899):1.536492682,(5:4.379626141,9:4.379626141):3.598810502):1.989304507,(((29:3.391561361,(7:2.232079736,17:2.232079736):1.159481626):1.603252003,(2:2.831508533,3:2.831508533):2.163304831):0.8426396817,10:5.837453046):4.130288104):2.885104766):0.8130326252,(31:4.186913685,12:4.186913685):9.478964855):2.174249676):1.410519956):5.784563793,((62:17.8199407,(76:16.01189679,((60:10.79460787,((((65:1.942867528,63:1.942867528):4.767673798,((70:2.854246692,74:2.854246692):1.122756469,73:3.977003161):2.733538165):1.208636311,(69:2.716203384,72:2.716203384):5.202974254):1.48684788,((75:4.945424584,(((71:0.8459797514,66:0.8459797514):1.393758655,64:2.239738406):1.377072837,(59:1.772022997,67:1.772022997):1.844788247):1.328613341):1.226629766,((77:1.888740776,68:1.888740776):1.293893224,61:3.182634):2.989420351):3.233971167):1.388582354):4.615160308,((((((82:2.318255182,83:2.318255182):2.128928993,(81:3.332181486,80:3.332181486):1.115002689):1.54533546,(93:2.504051934,(97:0.502051774,92:0.502051774):2.00200016):3.488467702):2.201637865,(88:4.676912018,95:4.676912018):3.517245483):3.94001523,(((86:3.001607072,87:3.001607072):2.245399247,99:5.247006319):3.55727516,84:8.804281479):3.329891251):1.258546155,(96:9.94336504,((98:3.06545723,89:3.06545723):2.736957007,((79:1.768403049,(78:0.7631464147,90:0.7631464147):1.005256635):2.398255124,(85:3.658783139,(91:1.693005134,94:1.693005134):1.965778005):0.5078750349):1.635756063):4.140950803):3.449353846):2.017049294):0.6021286126):1.808043912):2.853240698,((100:4.181292991,102:4.181292991):7.006851319,101:11.18814431):9.485037091):2.362030564):2.1282574,(105:6.370137531,(104:0.8955846028,103:0.8955846028):5.474552928):18.79333183):3.464247753):4.95314497); END; BEGIN TREES; TITLE Protea_BEAST_consensus; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Faurea_galpinii, 2 Faurea_macnaughtonii, 3 Faurea_rochetiana, 4 Faurea_rubriflora, 5 Faurea_saligna, 6 Leucadendron_gandogeri, 7 Protea_acaulos, 8 Protea_acuminata, 9 Protea_amplexicaulis, 10 Protea_angolensis, 11 Protea_angustata, 12 Protea_aristata, 13 Protea_aspera, 14 Protea_aurea, 15 Protea_burchellii, 16 Protea_caespitosa, 17 Protea_caffra, 18 Protea_canaliculata, 19 Protea_compacta, 20 Protea_comptonii, 21 Protea_convexa, 22 Protea_cordata, 23 Protea_coronata, 24 Protea_cryophila, 25 Protea_curvata, 26 Protea_cynaroides, 27 Protea_decurrens, 28 Protea_denticulata, 29 Protea_dracomontana, 30 Protea_effusa, 31 Protea_enervis, 32 Protea_ericifolia, 33 Protea_eximia, 34 Protea_foliosa, 35 Protea_gaguedi, 36 Protea_glabra, 37 Protea_grandiceps, 38 Protea_heckmanniana, 39 Protea_holosericea, 40 Protea_humiflora, 41 Protea_inopina, 42 Protea_intonsa, 43 Protea_lacticolor, 44 Protea_laetans, 45 Protea_laevis, 46 Protea_lanceolata, 47 Protea_laurifolia, 48 Protea_lepidocarpodendron, 49 Protea_longifolia, 50 Protea_lorea, 51 Protea_lorifolia, 52 Protea_magnifica, 53 Protea_montana, 54 Protea_mucronifolia, 55 Protea_mundii, 56 Protea_mundiieast, 57 Protea_namaquana, 58 Protea_nana, 59 Protea_neriifolia, 60 Protea_nitida, 61 Protea_nubigena, 62 Protea_obtusifolia, 63 Protea_odorata, 64 Protea_parvula, 65 Protea_pendula, 66 Protea_piscina, 67 Protea_pityphylla, 68 Protea_pruinosa, 69 Protea_pudens, 70 Protea_punctata, 71 Protea_recondita, 72 Protea_repens, 73 Protea_restionifolia, 74 Protea_revoluta, 75 Protea_roupelliae, 76 Protea_rubropilosa, 77 Protea_rupicola, 78 Protea_scabra, 79 Protea_scabriuscula, 80 Protea_scolopendriifolia, 81 Protea_scolymocephala, 82 Protea_scorzonerifolia, 83 Protea_simplex, 84 Protea_speciosa, 85 Protea_stokoei, 86 Protea_subulifolia, 87 Protea_subvestita, 88 Protea_sulphurea, 89 Protea_susannae, 90 Protea_tenax, 91 Protea_venusta, 92 Protea_vogtsiae, 93 Protea_welwitschii, 94 Protea_wentzeliana, 95 Protea_witzenbergiana, 96 Protea_woeskaensis, 97 Serruria_barbigera, 98 Serruria_scoparia, 99 Serruria_villosa; TREE TREE1 = [&R] (((((3:2.31487078037558,5:2.31487078037558):2.159953308833204,4:4.4748240892087825):0.8551383926923606,1:5.329962481901144):4.427118393434822,2:9.757080875335962):17.996545317543564,(((((37:10.103235193202455,(((((92:5.387231379524063,(90:2.8927677827331353,96:2.8927677827331397):2.494463596790923):0.779972974257463,53:6.167204353781524):0.2980951017935247,42:6.465299455575054):1.5925750794632378,(((((70:1.3477689335087295,43:1.3477689335087297):1.2643326356389124,55:2.6121015691476432):1.5572402017432307,(56:2.9667990266608397,87:2.9667990266608384):1.2025427442300365):0.5779584559134623,91:4.747300226804335):1.1443050418622374,(14:4.028137379391047,75:4.028137379391046):1.863467889275526):2.166269266371714):0.5186778872939115,34:8.576552422332204):1.5266827708702504):2.8496127383736756,(((((13:2.421185410034588,28:2.4211854100345827):6.210727996025802,(((((9:3.901615011178147,40:3.901615011178147):1.5033374860717386,(22:3.8921864052423456,(32:2.8064899350611414,(86:1.61977332061498,27:1.61977332061498):1.1867166144461603):1.085696470181205):1.5127660920075336):1.0608627607753833,23:6.4658152580252635):0.2003186643669954,16:6.666133922392259):1.0549152279297846,((((84:2.0838705216807187,85:2.0838705216807187):4.0859216363365025,((19:4.407008819152776,(59:3.6435615265849117,(69:2.048164447470619,49:2.0481644474706195):1.5953970791142935):0.763447292567863):0.9191119087350126,(89:2.3594982725097338,62:2.359498272509733):2.966622455378053):0.8436714301294312):0.32463536679228344,((73:3.497161008232623,66:3.497161008232623):0.00849604064911702,82:3.5056570488817393):2.9887704759277605):0.5543935961038242,78:7.048821120913327):0.6722280294087168):0.910864255738346):0.0954308058946495,77:8.727282600165747):0.8960354891616742,((((48:0.9822838930966623,47:0.9822838930966623):0.8167880241002813,15:1.7990719171969416):1.6130217331897843,((39:1.1829321204978853,52:1.182932120497887):1.1284133583619675,51:2.3113454788598564):1.1007481715268717):3.721574768603747,33:7.133668418990472):2.489649670336946):1.5816802843384963,12:11.204998373665916):1.7478495579102127):1.0275620502385312,72:13.98040998181467):2.0599525425908407,((((31:5.379119855274431,(94:3.9146287434691724,((17:0.7798006970320042,61:0.7798006970320043):1.5826465504946845,29:2.362447247526688):1.552181495942487):1.4644911118052595):1.5874856314202725,(((25:2.6558964899931867,(64:1.8937399463764388,(44:1.195808238641672,83:1.195808238641672):0.6979317077347658):0.7621565436167486):1.3947124503750672,(38:2.6771374261552463,(76:2.252206288015611,20:2.25220628801561):0.424931138139637):1.3734715142130085):1.384269070603514,(35:3.119961016292791,(93:1.8860141885079849,10:1.886014188507985):1.2339468277848074):2.3149169946789776):1.5317274757229349):1.5063725895443083,88:8.472978076239013):4.213344179518181,(((((41:5.914595179727016,((60:3.3028207451023053,36:3.3028207451023084):1.5426994535025385,46:4.845520198604848):1.069074981122168):2.587708822816186,(11:7.310825636582126,((58:6.082412247424955,81:6.082412247424956):0.1383031275373428,((21:2.657620316099989,7:2.657620316099987):1.801393056426408,(45:3.121997932868428,74:3.121997932868427):1.3370154396579679):1.7616957473612107):1.0901165166945113):1.1914783659610837):0.7608303726385337,57:9.263134375181732):0.9364150436089655,(54:3.7792000546512994,63:3.7792000546512994):6.420349364139404):0.7736693181008807,(8:5.190292554555687,(((95:2.2997381846970675,67:2.29973818469707):0.9401755842676707,(30:1.7324328626473806,71:1.7324328626473806):1.5074809063173562):1.274981409469894,(18:2.919089601746301,65:2.919089601746301):1.5958055766883357):0.6753973761210537):5.78292618233589):1.7131035188656103):3.3540402686483013):2.304932960927893,(26:12.133431878725254,(50:10.609299147241703,((80:3.1447884782061193,79:3.1447884782061197):1.8903871332406612,(24:2.7729092780216242,68:2.7729092780216242):2.262266333425157):5.5741235357949135):1.5241327314835633):6.211863606608132):9.408330707546106); END; BEGIN TREES; TITLE Moraea_BEAST_consensus; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Belamcanda, 2 Pardanthopsis, 3 Dietes, 4 Ferraria_uncinata, 5 Ferraria_crispa, 6 Moraea_lugubris, 7 Moraea_vespertina, 8 Moraea_bubalina, 9 Moraea_bituminosa, 10 Moraea_elsiae, 11 Moraea_simplex, 12 Moraea_inconspicua, 13 Moraea_vlokii, 14 Moraea_gawleri, 15 Moraea_vegeta, 16 Moraea_garipensis, 17 Moraea_ramosissima, 18 Moraea_falcifolia, 19 Moraea_tricolor, 20 Moraea_ciliata, 21 Moraea_inclinata, 22 Moraea_insolens, 23 Moraea_macronyx, 24 Moraea_cooperi, 25 Moraea_serpentina, 26 Moraea_tortilis, 27 Moraea_rivulicola, 28 Moraea_setifolia, 29 Moraea_exiliflora, 30 Moraea_australis, 31 Moraea_sisyrinchium, 32 Moraea_cedarmontana, 33 Moraea_pritzeliana, 34 Moraea_contorta, 35 Moraea_hesperantha, 36 Moraea_tanzanica, 37 Moraea_bella, 38 Moraea_ventricosa, 39 Moraea_galpinii, 40 Moraea_spathulata, 41 Moraea_huttonii, 42 Moraea_robusta, 43 Moraea_graminicola, 44 Moraea_reticulata, 45 Moraea_ardesiaca, 46 Moraea_alticola, 47 Moraea_muddii, 48 Moraea_schimperi, 49 Moraea_moggii, 50 Moraea_verdickii, 51 Moraea_cookii, 52 Moraea_reflexa, 53 Moraea_pallida, 54 Moraea_collina, 55 Moraea_flaccida, 56 Moraea_ochroleuca, 57 Moraea_brittenniae, 58 Moraea_radians, 59 Moraea_pyrophila, 60 Moraea_fragrans, 61 Moraea_elegans, 62 Moraea_fuscomontana, 63 Moraea_bulbillifera, 64 Moraea_brachygyne, 65 Moraea_minor, 66 Moraea_demissa, 67 Moraea_longistyla, 68 Moraea_schlechteri, 69 Moraea_knersvlaktensis, 70 Moraea_flavescens, 71 Moraea_pendula, 72 Moraea_flexicaulis, 73 Moraea_comptonii, 74 Moraea_miniata, 75 Moraea_marlothii, 76 Moraea_bifida, 77 Moraea_aspera, 78 Moraea_autumnalis, 79 Moraea_cedarmonticola, 80 Moraea_patens, 81 Moraea_fenestrata, 82 Moraea_louisabolusiae, 83 Moraea_vallisbelli, 84 Moraea_karroica, 85 Moraea_maximiliani, 86 Moraea_tulbaghensis, 87 Moraea_gigandra, 88 Moraea_bellendenii, 89 Moraea_caeca, 90 Moraea_villosa, 91 Moraea_barkerae, 92 Moraea_calcicola, 93 Moraea_loubseri, 94 Moraea_fergusoniae, 95 Moraea_lilacina, 96 Moraea_deltoidea, 97 Moraea_incurva, 98 Moraea_lurida, 99 Moraea_algoensis, 100 Moraea_atropunctata, 101 Moraea_longiaristata, 102 Moraea_aristata, 103 Moraea_cantharophila, 104 Moraea_barnardii, 105 Moraea_worcesterensis, 106 Moraea_tripetala, 107 Moraea_unguiculata, 108 Moraea_regalis, 109 Moraea_thomasiae, 110 Moraea_albicuspa, 111 Moraea_dracomontana, 112 Moraea_trifida, 113 Moraea_brevistyla, 114 Moraea_vigilans, 115 Moraea_modesta, 116 Moraea_pubiflora, 117 Moraea_crispa, 118 Moraea_paersonii, 119 Moraea_pseudospicata, 120 Moraea_verecunda, 121 Moraea_callista, 122 Moraea_natalensis, 123 Moraea_elliotii, 124 Moraea_alpina, 125 Moraea_speciosa, 126 Moraea_deserticola, 127 Moraea_polystachya, 128 Moraea_bipartita, 129 Moraea_polyanthos, 130 Moraea_saxicola, 131 Moraea_carsonii, 132 Moraea_gracilenta, 133 Moraea_macrocarpa, 134 Moraea_fugax, 135 Moraea_bolusii, 136 Moraea_macgregorii, 137 Moraea_herrei, 138 Moraea_graniticola, 139 Moraea_rigidifolia, 140 Moraea_papilionacea, 141 Moraea_brevituba, 142 Moraea_namaquana, 143 Moraea_virgata, 144 Moraea_lewisiae, 145 Moraea_namaquamontana, 146 Moraea_angusta, 147 Moraea_neglecta, 148 Moraea_anomala, 149 Moraea_fenestralis, 150 Moraea_kamiesensis, 151 Moraea_luteoalba, 152 Moraea_pilifolia, 153 Moraea_fugacissima, 154 Moraea_albiflora, 155 Moraea_angulata, 156 Moraea_galaxia, 157 Moraea_stagnalis, 158 Moraea_citrina, 159 Moraea_versicolor, 160 Moraea_barnardiella, 161 Moraea_variabilis, 162 Moraea_melanops, 163 Moraea_kamiesmontana, 164 Moraea_margaretae, 165 Moraea_umbellata, 166 Moraea_nana, 167 Moraea_longiflora, 168 Bobartia, 169 Iris; TREE TREE1 = [&R] 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