#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 22:03 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Lutz M., Bauer R., Begerow D., & Oberwinkler F. 2004. Tuberculina - Thanatophytum/Rhizoctonia crocorum - Helicobasidium: A unique mycoparasitic-phytoparasitic life strategy. Molecular Ecology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1114] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=43; TAXLABELS Eocronartium_muscicola Gymnosporangium_sabinae Helicobasidium_longisporum_AY254187_AY292401 Helicobasidium_longisporum_AY254188_AY292402 Helicobasidium_longisporum_AY292426_AY222046 Helicobasidium_longisporum_AY292427_AY254177 Helicobasidium_mompa_AY292428_AY254178 Helicobasidium_mompa_AY292429_AY254179 Helicobasidium_purpureum_AY254189_AY254180 Helicobasidium_purpureum_AY292430_AY292403 Helicobasidium_purpureum_AY292431_AY292404 Herpobasidium_filicinum Melampsora_lini Pachnocybe_ferruginea Septobasidium_carestianum Thanatophytum_crocorum_AY292432_AY292405 Thanatophytum_crocorum_AY292433_AY254181 Thanatophytum_crocorum_AY292434_AY292406 Tranzschelia_pruni_spinosae Tuberculina_maxima_AY292435_AY292407 Tuberculina_maxima_AY292436_AY222044 Tuberculina_maxima_AY292437_AY292408 Tuberculina_persicina_AY292438_AY292409 Tuberculina_persicina_AY292439_AY292410 Tuberculina_persicina_AY292440_AY292411 Tuberculina_persicina_AY292441_AY254184 Tuberculina_persicina_AY292442_AY292412 Tuberculina_persicina_AY292443_AY292413 Tuberculina_persicina_AY292444_AY292414 Tuberculina_persicina_AY292445_AY254185 Tuberculina_persicina_AY292446_AY222043 Tuberculina_persicina_AY292447_AY292415 Tuberculina_persicina_AY292448_AY292416 Tuberculina_persicina_AY292449_AY292417 Tuberculina_persicina_AY292450_AY292418 Tuberculina_persicina_AY292451_AY292419 Tuberculina_persicina_AY292452_AY292420 Tuberculina_persicina_AY292453_AY292421 Tuberculina_persicina_AY292454_AY292422 Tuberculina_persicina_AY292455_AY292423 Tuberculina_sbrozzii_AY292456_AY292424 Tuberculina_sbrozzii_AY292457_AY222045 Tuberculina_sbrozzii_AY292458_AY292425 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M795] TITLE 'ITS1, 5.8S, ITS2, 5'' end LSU nuc-rDNA'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1147; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Pachnocybe_ferruginea ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????--CCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAATAGCCCAAATTT-GTAA-CTGGCCC---TT-C----AGGTCCGAGTTGTAA-CTCGAGAACTGTTTTCCGTGCTGGACCATGTACAAGTCTGTTGGAATATAGCTTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTACATGACATGGACTACCAGTGCT-TTGTGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAATTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAACGATTGAAGTCAGTCTTGTTCTTGGTTGTTCAGC-TTAC--GG-----GTATTCAACCTCG-AGCAGGCCAGCATCAGTTTT-AAATGCCGGATAAGGGTAAAG-GAAATGTGGCAGTCTC--GGCTGTGTTATAGTCCTTT--ACTT-GATACGGTGTTT--GAGACTGAGGAACGC--AGTGAGCCTTTT-GGCGG-TC---TT----CGGA Septobasidium_carestianum ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????--??GTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGC-CAAATTT-GTAATCTGGC-C---TT-C----AG-TCCGAGTTGTAA-CTCGAGAACTGTTTTCCGTGCTGGACCGCGTACAAGTCTGTTGGAATATAGCTTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTACATGACGCGGACTACCAGTAC-AATGTGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAACGCTTGAAGTCAGTCTTGTACTTTGTTGTTCAGCCCT-C--GG---GTGTATTCAACTTTG-AACAGGCCAGCATCAGTTTC-AGATGTCGGATAAGGGTAGAG-GAAACGTAGCAGTCTC--GGCTGTGTTATAGTCCTTT--ACTT-GATACGACGTTC????????????????????????????????????????????????????? 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'ITS1, 5.8S, ITS2, 5'' end LSU nuc-rDNA') = N: 1-1147; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'ITS1, 5.8S, ITS2, 5'' end LSU nuc-rDNA') = N: 1-1147; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6776; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Tuberculina_sbrozzii_AY292458_AY292425, 2 Tuberculina_sbrozzii_AY292457_AY222045, 3 Tuberculina_sbrozzii_AY292456_AY292424, 4 Tuberculina_persicina_AY292455_AY292423, 5 Tuberculina_persicina_AY292454_AY292422, 6 Tuberculina_persicina_AY292453_AY292421, 7 Tuberculina_persicina_AY292452_AY292420, 8 Tuberculina_persicina_AY292451_AY292419, 9 Tuberculina_persicina_AY292450_AY292418, 10 Tuberculina_persicina_AY292449_AY292417, 11 Tuberculina_persicina_AY292448_AY292416, 12 Tuberculina_persicina_AY292447_AY292415, 13 Tuberculina_persicina_AY292446_AY222043, 14 Tuberculina_persicina_AY292445_AY254185, 15 Tuberculina_persicina_AY292444_AY292414, 16 Tuberculina_persicina_AY292443_AY292413, 17 Tuberculina_persicina_AY292442_AY292412, 18 Tuberculina_persicina_AY292441_AY254184, 19 Tuberculina_persicina_AY292440_AY292411, 20 Tuberculina_persicina_AY292439_AY292410, 21 Tuberculina_persicina_AY292438_AY292409, 22 Tuberculina_maxima_AY292437_AY292408, 23 Tuberculina_maxima_AY292436_AY222044, 24 Tuberculina_maxima_AY292435_AY292407, 25 Tranzschelia_pruni_spinosae, 26 Thanatophytum_crocorum_AY292434_AY292406, 27 Thanatophytum_crocorum_AY292433_AY254181, 28 Thanatophytum_crocorum_AY292432_AY292405, 29 Septobasidium_carestianum, 30 Pachnocybe_ferruginea, 31 Melampsora_lini, 32 Herpobasidium_filicinum, 33 Helicobasidium_purpureum_AY292431_AY292404, 34 Helicobasidium_purpureum_AY292430_AY292403, 35 Helicobasidium_purpureum_AY254189_AY254180, 36 Helicobasidium_mompa_AY292429_AY254179, 37 Helicobasidium_mompa_AY292428_AY254178, 38 Helicobasidium_longisporum_AY292427_AY254177, 39 Helicobasidium_longisporum_AY292426_AY222046, 40 Helicobasidium_longisporum_AY254188_AY292402, 41 Helicobasidium_longisporum_AY254187_AY292401, 42 Gymnosporangium_sabinae, 43 Eocronartium_muscicola; TREE Fig._1 = [&R] ((((((((5,(8,13,19,35,34,4,17,10,9,(3,2,1)Tuberculina_sbrozzii))Helicobasidium_purpureum_I,(11,(20,27,18),33,21)Helicobasidium_purpureum_II),(22,23,24)Tuberculina_maxima),((38,16,40,15,41,28,26)Helicobasidium_longisporum_I,(37,36)Helicobasidium_mompa,((39,14,7,12),6)Helicobasidium_longisporum_II))'Helicobasidium-Tuberculina',30,29),(31,(25,42))Uredinales),32),43); END;