#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 8:08 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Bone T.S., Downie S., Affolter J.M., & Spalik K. 2011. A phylogenetic and biogeographic study of the genus Lilaeopsis (Apiaceae tribe Oenantheae). Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11209] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=57; TAXLABELS Atrema_americana_1467 Cynosciadium_digitatum_1804 Lilaeopsis_attenuata_2666 Lilaeopsis_brasiliensis_2660 Lilaeopsis_brasiliensis_2719 Lilaeopsis_brasiliensis_2915 Lilaeopsis_brasiliensis_2989 Lilaeopsis_brasiliensis_3179 Lilaeopsis_brisbanica_2886 Lilaeopsis_carolinensis_2399 Lilaeopsis_carolinensis_2663 Lilaeopsis_carolinensis_2720 Lilaeopsis_carolinensis_2920 Lilaeopsis_carolinensis_3097 Lilaeopsis_carolinensis_3098 Lilaeopsis_carolinensis_3099 Lilaeopsis_carolinensis_3103 Lilaeopsis_carolinensis_3180 Lilaeopsis_chinensis_2401 Lilaeopsis_chinensis_3100 Lilaeopsis_chinensis_3101 Lilaeopsis_macloviana_2518 Lilaeopsis_macloviana_2921 Lilaeopsis_macloviana_2923 Lilaeopsis_macloviana_2925 Lilaeopsis_masonii_HQ634700 Lilaeopsis_masonii_LibertyIsland Lilaeopsis_mauritiana_2151 Lilaeopsis_mauritiana_2654 Lilaeopsis_mauritiana_3181 'Lilaeopsis novae-zelandiae 2674' 'Lilaeopsis novae-zelandiae 2677' 'Lilaeopsis novae-zelandiae 2722' 'Lilaeopsis novae-zelandiae 3177' 'Lilaeopsis novae-zelandiae 3178' Lilaeopsis_occidentalis_1999 Lilaeopsis_occidentalis_2164 Lilaeopsis_occidentalis_2973 Lilaeopsis_occidentalis_2974 Lilaeopsis_occidentalis_2978 Lilaeopsis_occidentalis_BodegaBay Lilaeopsis_occidentalis_MasonLake Lilaeopsis_polyantha_2734 Lilaeopsis_ruthiana_2675 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2943 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2947 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2951 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2982 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2983 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2986 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2987 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2988 Lilaeopsis_schaffneriana_schaffneriana_2949 Lilaeopsis_schaffneriana_schaffneriana_2977 Neogoezia_minor_2138 Ptilimnium_nuttallii_2405 Trepocarpus_aethusae_1817 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=40; TAXLABELS Atrema_americana_1467 Cynosciadium_digitatum_1804 Lilaeopsis_attenuata_2666b Lilaeopsis_brasiliensis_2660 Lilaeopsis_brasiliensis_2719 Lilaeopsis_brasiliensis_2915 Lilaeopsis_brasiliensis_2989 Lilaeopsis_brasiliensis_3179 Lilaeopsis_carolinensis_2399 Lilaeopsis_carolinensis_2720 Lilaeopsis_carolinensis_3099 Lilaeopsis_carolinensis_3180 Lilaeopsis_chinensis_2401 Lilaeopsis_chinensis_3100 Lilaeopsis_macloviana_2925 Lilaeopsis_mauritiana_2151 Lilaeopsis_mauritiana_2654 Lilaeopsis_mauritiana_3181 'Lilaeopsis novae-zelandiae 2674' 'Lilaeopsis novae-zelandiae 2677' 'Lilaeopsis novae-zelandiae 2722' 'Lilaeopsis novae-zelandiae 3177' 'Lilaeopsis novae-zelandiae 3178' Lilaeopsis_occidentalis_1999 Lilaeopsis_occidentalis_2164 Lilaeopsis_occidentalis_2973 Lilaeopsis_polyantha_2734 Lilaeopsis_polyantha_2886 Lilaeopsis_ruthiana_2675 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2944 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2947 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2952 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2982 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2983 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2986 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2987 Lilaeopsis_schaffneriana_schaffneriana_2949 Neogoezia_minor_2138 Ptilimnium_nuttallii_2165 Trepocarpus_aethusae_1817 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Lilaeopsis_mauritiana_3181 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'Lilaeopsis novae-zelandiae 2674' 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'Lilaeopsis novae-zelandiae 2677' 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TCGAATCCTACGATAGGGAAATGACCTGTTAACATGTAAAACCATC---GGGTGA--GCGTTGGGGGATTAGGTTC--TCCTGATCTTTT-ACTC-GAGGCAGGTGGCCC-TTTGGGTGCCCACTGGCCCATGAAATTGGGCGCGGAAGGCGCCAAGGAAAA--TGA--AATGGAATT-ATATGCGCGCTTCTTAAA--------GCGT--TGCTATTCT-AAAAATAAAATGACTCTCGGCAACGGATATCCCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGA??????????????????CCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCTGAGGCC--TCGGCTAAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCATGTATCTTCTTGCCCCTT--GATTAT---TCTCTCTCCATGAGGAGGTAGATTACTT-TGGGGGG-CGTAAAATGG-CCTCCCGTTTC-TT-ATGGTGCGGTTGGTGCTAAATTGAGACTCTTAGCGACGTATGTCACGACATCGGTGGTTGTGAAAAGACCGTCTTATCTTGTCGTC-CCAAATATTAGTCACCTAAGAGAGATCAAGGACCCTAAGTTGTCATGCAATGTGTG-TGCGCTTCGA Lilaeopsis_schaffneriana_schaffneriana_2949 TCGAATCCTACGATAGGGAAATGACCTGTTAACATGTAAAACCATC---GGGTGA--GCGTTGGGGGATTAGGTTC--TCCTGATCTTTT-ACTC-GAGGCAGGTGGCCC-TTTGGGTGCCCACTGGCCCATGAAATTGGGCGCGGAAGGCGCCAAGGAAAA--TGA--AATGGAATT-ATATGCGCGCTTCTTAAA--------GCGT--TGCTATTCT-AAAAATAAAATGACTCTCGGCAACGGATATCCCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAA??????GAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCTGAGGCC--TCGGCTAAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCATGTATCTTCTTGCCCCTT--GATTAT---TCTCTCTCCATGAGGAGGTAGATTACTT-TGGGGGG-CGTAAAATGG-CCTCCCGTTTC-TT-ATGGTGCGGTTGGTGCTAAATTGAGACTCTTAGCGACGTATGTCACGACATCGGTGGTTGTGAAAAGACCGTCTTATCTTGTCGTC-CCAAATATTAGTCACCTAAGAGAGATCAAGGACCCTAAGTTGTCATGCAATGTGTG-TGCGCTTCGA Lilaeopsis_schaffneriana_schaffneriana_2977 TCGAATCCTACGATAGGGAAATGACCTGTTAACATGTAAAACCATC---GGGTGA--GCGTTGGGGGATTAGGTTC--TCCTGATCTTTT-ACTC-GAGGCAGGTGGCCC-TTTGGGTGCCCACTGGCCCATGAAATTGGGCGCGGAAGGCGCCAAGGAAAA--TGA--AATGGAATT-ATATGCGCGCTTCTTAAA--------GCGT--TGCTATTCT-AAAAATAAAATGACTCTCGGCAACGGATATCCCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGA??????????????????CCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCTGAGGCC--TCGGCTAAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCATGTATCTTCTTGCCCCTT--GATTAT---TCTCTCTCCATGAGGAGGTAGATTACTT-TGGGGGG-CGTAAAATGG-CCTCCCGTTTC-TT-ATGGTGCGGTTGGTGCTAAATTGAGACTCTTAGCGACGTATGTCACGACATCGGTGGTTGTGAAAAGACCGTCTTATCTTGTCGTC-CCAAATATTAGTCACCTAAGAGAGATCAAGGACCCTAAGTTGTCATGCAATGTGTG-TGCGCTTCGA Neogoezia_minor_2138 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TCGAATCCTGCGATAGCAAAACGACCCGTTAACGTGTAAACACATA---GGGTGATCGTGTGGGGGGGCTTGGCTC--TCTCATCTCTATCACCC-AAGGTCGGTGGCCCCTTTGGGTGTCCACCGGCCTATGAA-TTGGGCGCGGAAGGCGCCAAGGAAAG--CAA--AATTGAAAT-GGATGTGCGCTTCTAGTACGCTCGAAGCGC--CTTCATTCC-GAATCACAAACGACTCTCGGCAACGGATATCCCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACG????GAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGCC--TCGGCTAAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGTACACTGTTGCCCCC---GACCAA---ACGTTCCTTC-TCGGAGCCACTTCGGTC-TGGGG---CGGAAAATGG-CCTCCCGTACC--TAGCGGTGCGGTTGGTGCTAAATCGAGACTTTTGATGACGGGTGTTGTGACATCGGTGGTTGTAAAA-GACCGTCCTGAATTGTCGCA--TCGGTGCCCGTCATGTGGAAGAGCTCAAGGACCCCAAAGTGCCATATGCATAATTTTGCACTTCGT Trepocarpus_aethusae_1817 TCGAATCCCGTGACACCAAAACGACCCGTTAACCTGTAAACACATC---GGGTGA--GCATCGGGGGGCTTTTGTC--TCTCGTTTGCGT-ACCCTAAGGCCGATGGGCC-TTCGGGTTCCCATCGGCCTATGAAATCGGGCGCGGAATGCGCCAAGGAAAG--TAA--AATTGAATC-GCACGTGCGCTTCC-GTACGCCGGAAGCGT--CGTCGTTCT-GAAACACAAACGACTCTCGACAACGGATATCCCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGCCATTCGGTTAAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGTATCTTGTTGCCCC----GACCAC---CCACTCCCTGAGGGGAGCCGGGCCGGTTATG-GGG--CGGAGAGTGG-CCTCCCGTGCC--TTGCGGTGCGGTTGGTGCTAATATGAGGTCTTTGATAACGGACGTCGCGACATCGTTGGTTGTAAAAAGACCGTTTCGTCTTGTTGTG--CCAATGTCCATCATCATATTGAGCTCAAGGACCCTTAGGCGACATGTATTGTG---TGCGCTTCGA ; END; BEGIN TREES; TITLE Lilaeopsis_ITS; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Atrema_americana_1467, 2 Trepocarpus_aethusae_1817, 3 Neogoezia_minor_2138, 4 Ptilimnium_nuttallii_2405, 5 Cynosciadium_digitatum_1804, 6 Lilaeopsis_carolinensis_3097, 7 Lilaeopsis_carolinensis_3099, 8 Lilaeopsis_carolinensis_3098, 9 Lilaeopsis_carolinensis_2720, 10 Lilaeopsis_carolinensis_3180, 11 Lilaeopsis_carolinensis_2399, 12 Lilaeopsis_carolinensis_2920, 13 Lilaeopsis_carolinensis_2663, 14 Lilaeopsis_carolinensis_3103, 15 Lilaeopsis_attenuata_2666, 16 Lilaeopsis_schaffneriana_schaffneriana_2977, 17 Lilaeopsis_schaffneriana_schaffneriana_2949, 18 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2988, 19 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2943, 20 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2951, 21 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2982, 22 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2983, 23 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2986, 24 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2987, 25 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2947, 26 Lilaeopsis_chinensis_3101, 27 Lilaeopsis_chinensis_3100, 28 Lilaeopsis_chinensis_2401, 29 Lilaeopsis_brasiliensis_3179, 30 Lilaeopsis_brasiliensis_2989, 31 Lilaeopsis_brasiliensis_2660, 32 Lilaeopsis_brasiliensis_2719, 33 Lilaeopsis_mauritiana_2654, 34 Lilaeopsis_mauritiana_3181, 35 Lilaeopsis_brasiliensis_2915, 36 Lilaeopsis_mauritiana_2151, 37 'Lilaeopsis novae-zelandiae 2674', 38 'Lilaeopsis novae-zelandiae 2677', 39 Lilaeopsis_polyantha_2734, 40 Lilaeopsis_brisbanica_2886, 41 'Lilaeopsis novae-zelandiae 2722', 42 'Lilaeopsis novae-zelandiae 3177', 43 'Lilaeopsis novae-zelandiae 3178', 44 Lilaeopsis_ruthiana_2675, 45 Lilaeopsis_occidentalis_2974, 46 Lilaeopsis_occidentalis_2978, 47 Lilaeopsis_occidentalis_2973, 48 Lilaeopsis_macloviana_2921, 49 Lilaeopsis_macloviana_2923, 50 Lilaeopsis_occidentalis_1999, 51 Lilaeopsis_occidentalis_2164, 52 Lilaeopsis_macloviana_2925, 53 Lilaeopsis_macloviana_2518, 54 Lilaeopsis_masonii_HQ634700, 55 Lilaeopsis_occidentalis_BodegaBay, 56 Lilaeopsis_masonii_LibertyIsland, 57 Lilaeopsis_occidentalis_MasonLake; TREE Strict = [&R] (((1,2),3),(4,(5,(((((6,7,(8,9),10,11,12,13,14),15),(16,17,18,19,20,(21,22,23,24),25),((26,27),28)),((((29,30),(31,32)),33,34,35),36),(((37,38),(39,40)),((41,42,43),44))),(((45,55),46,47,(48,49),50,51,54,56,57),52,53))))); END; BEGIN TREES; TITLE Lilaeopsis_cpDNA; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2982, 2 Lilaeopsis_schaffneriana_schaffneriana_2949, 3 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2983, 4 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2986, 5 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2987, 6 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2947, 7 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2944, 8 Lilaeopsis_schaffneriana_recurva_2952, 9 Lilaeopsis_attenuata_2666b, 10 Lilaeopsis_chinensis_2401, 11 Lilaeopsis_mauritiana_2151, 12 Lilaeopsis_brasiliensis_2915, 13 Lilaeopsis_mauritiana_3181, 14 Lilaeopsis_brasiliensis_2989, 15 Lilaeopsis_brasiliensis_3179, 16 Lilaeopsis_chinensis_3100, 17 Lilaeopsis_mauritiana_2654, 18 Lilaeopsis_brasiliensis_2719, 19 Lilaeopsis_carolinensis_2720, 20 Lilaeopsis_carolinensis_2399, 21 Lilaeopsis_carolinensis_3099, 22 Lilaeopsis_brasiliensis_2660, 23 Lilaeopsis_carolinensis_3180, 24 'Lilaeopsis novae-zelandiae 2722', 25 'Lilaeopsis novae-zelandiae 3178', 26 Lilaeopsis_ruthiana_2675, 27 'Lilaeopsis novae-zelandiae 3177', 28 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