#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 6:29 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Goodson B.E., Rehman S.K., & Jansen R.K. 2011. Molecular systematics and biogeography of Descurainia (Brassicaceae) based on nuclear ITS and non-coding chloroplast DNA. Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11210] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Aethionema_grandiflorum Arabidopsis_thaliana Arabis_alpina Brassica_rapa Cardamine_amara Descurainia_appendiculata_B126 Descurainia_artemisioides_B36 Descurainia_cumingiana_tenuissima_D43 Descurainia_incisa_D57 Descurainia_incisa_D6 Descurainia_incisa_paysonii_D73 Descurainia_kochii_D2 Descurainia_millefolia_B24 Descurainia_paradisa_C7 Descurainia_pinnata_C14_type_1 Descurainia_pinnata_C3_type_2 Descurainia_pinnata_D10 Descurainia_sophia_MB3 Descurainia_tanacetifolia_C6 Descurainia_virletii_C39 Hornungia_alpina Hornungia_petraea Hornungia_procumbens Ianhedgea_minutiflora_MB2 Robeschia_schimperi_MB1 Rorippa_indica Tropidocarpum_gracile ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=36; TAXLABELS Arabidopsis_thaliana Arabis_alpina Boechera_holboellii Brassica_rapa Cardamine_amara Descurainia_argentina Descurainia_gilva Descurainia_incisa Descurainia_kochii Descurainia_pinnata Descurainia_sophia Descurainia_tanacetifolia Halimolobos_elata Hornungia_alpina Hornungia_petraea Hornungia_procumbens Ianhedgea_minutiflora Lepidium_campestre Lepidium_virginicum Mancoa_bracteata Nasturtium_officinale Nerisyrenia_linearifolia Physaria_fendleri Polyctenium_fremontii Robeschia_schimperi Sisymbrium_altissimum Smelowskia_americana Smelowskia_bartholomewii Smelowskia_calycina Smelowskia_holmgrenii Smelowskia_jacutica Smelowskia_parryoides Smelowskia_sisymbrioides Smelowskia_tibetica Sophiopsis_sisymbrioides Tropidocarpum_gracile ; 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M7821] TITLE 'Descurainia Chloroplast Alignment (Nucleotide Data)'; LINK TAXA = Taxa5; DIMENSIONS NCHAR=5351; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Arabidopsis_thaliana TAGGAAAAGACTCTTTATACTTTCTTTTCATTATTCTAAGCCCCTGGCTCGCGAGG-TTCTATTCTCTACCCTAAAGTTTTGCCTATCAGATTCAAGGAAAACTTAAAGTAGTGG-AGGGAAATCTGTAAATCTTTACTTGCCACTACTAATTTAGTTCCACTTACTGAGTCTTCAATTAGA-------TTGGATAGCCGGAGAGAGATTTAAATTAATAGTTTTGAAAAGGACCTAAGATACTTTGGATATATACTCATGAAAGTCTCGGAATGCTCAGACATTCAA------TCAATATTAGATTAGATTAAGAATTGCCTTTCATTTTACTTCCAAAAATAAAAAACG-ATAAAA-GAAAT--------AAAAAGTATTCTTCTTTCTACATGTGAGTCAGATTCCTTGGATACTTC-AAAAATGTCGGTTTGCTTGTGTTTACATCTTGTCGATTCTACTAGAAATTCTATAAAAAAAAAGAATCACTCATTATAAGAT-AAGTGGA-TTTTTGGAGTAGTTCATCAATGGTGACCAAAAACCTCTCCCTTTTTTTTGACTCTGCACCAGTGATTTCACTATTATTAGTGAACAATAATGGAATAGTTTTCGTAGTGTGGGGAAGAAG-GGACTCTAGAAATACTTCTAATTGCGGTAATAATCAAACTCTATCAACCTGTATCAATTGTTTTCGTTTTCTAGACCGTTCGGCAATTTTTTTT-AAGATTTTTTTTT----TAGAAATTGGATTTATGTTTT-----ATTGACTCATTTTCTATTTTTCTATCAGGGTTTACACGGTT----AACCATTCATGGGGTAA-CCCCTTTCGAAATCTGAAGAAGCTTCCATCGAATTGGGATTA------------------TCTGTATTAAATGGATCAAACAAACAAA----TGAAATTGACAAAGTATGTACATACTTTTCATATTCTATTTCATTTATATTGAC-----GTTTATAAAGAAAAAGAGAGATATAGGTGGATTCCTATATATTAAGATATTTCACTTGTATCTTTATACATTACAATAACCATAATGGCTAGTATGGTAGAAAGAGATCTCTTTCTACCATACTAGCGGACCCCTTAGGATACTACTACTGAGTCTAATGCGTTCCTTTCATTTAAGACGAGAAATTGAAATCTTTTTTTTTT----TTTGATAGTAAAATTTTATTCAAATTAATCATTTTGACTAACGGTTTTTACGTAAATTATAAGCAAAATTTAATCATTTCAATTTTAAATTCAAATTTTTGTTTTG-----TAACAAAGAAAGTCACAAGTGATATATTGATATCTATATGGATATCACTTTA-GTGAGAGCAAGA-CGGATTACTGGGTAATC-----CTTACATTATTATCAAATCAATTGATAATCTA-TTTTTT----------------ACAAAAAAATAGATTATTTTATCGACTCTGTTCATTAAAGTTTCTCTTTAAAGGATCCATATCGGAATCCTTAGCAAGATCAAGATCGGAATTTTTTATGGAAA-AAAAAAGTAACTAAACA-TAAGAAATAAAGAAAAAAGTAAAGTCGAACTATACCCTATACCCTGAAATTTG-ACCTTTTTCTTTT---ACCCC-TTCTCTGTCATTTATGCAAAAAAAAAAAAATGGTTATGTAGACAGCTAATTATTGGGCCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATATTGCCAACGAATTTACAGTCCGTCCCCATTAACCGCTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATCTATTCTAACTTTATGGATAATCCATGATCAACTTCCTTTCGCCGCCATCATACTATGATCATAGTATGATCAGTTTTTTTAAATTGTCAATATAATGAAATGAAATGGTATGACTAGCTTATAAGGTTTTTT-CTTTTTTCTATAGAATTCTATATCATTTTTTT---TTTACATTTGTATTCATATTCTAATCATAATTCTATAACAAA--TAAATATACTTTCTTTTTATATTTGAAGTGGAAATATTAAAATTAAAAAATAAATAAAAAAAAATCTAAAAATCGTCTAGTA-CGGAATCTTTTCAAGAAGTGATTGGTCTAACATAAAAAAA-AAAAAGAAAAAAAGAGGGTTAAGTTTCGTTTTTTTT--ACTTTCCTTGATAGATTGCCT---CATCTCATTGTT---------------AAGAAATAGTAGTATCCCTGTCTAACACTAATCCAAGAAAGTCAGCCAGAATCCATCTTCT-AATTAGGGAA-AAAGGTGGATTTATAAGTTAAGTTATCAAAAATTTGCTTTTTTTTTTAGAAAATTATTGT-----TCAGAGG-ATAATCCGTATCTCTTCATCACATGTCAAGATAAAATATCTTGGGTGTATGTCAACTTGCTGAGTACAT-GTATAAATCAAATTAATTTCGTTC------GATGCGCTAGGCTATT----AAAAAAAAATTCATTGCATGGATATTTATCAAATCCAAT-ATTAAAA------AAG-CAAAAAATACCCCGTT-AAGTAAATTTGAAGTCAATTCAAATTCTCATTTCTAGTTCCCAAATGAG-CTACTAACCACTATGCGTCTATTGTATATATATTTA----ATATATGCAGATCCAAAAATGAGATGACCCCC----TCCCATTCCTTGAATTACACATTCAAATTCAATATAAGTCCATAAAATGCAAATAAAGAAAAAA--TTAGAGGGGGGG-TCGAACTTATG--GAACTTGAATGAAATATGAATAAAAGATTAATAAATAGTTACTAAATATGAAATAGTTCCTAAATAT------GAAATAGTAATAAAAAAAAATAAATAAAAAAAACGAATAAAAAATTGAGATCTGATATCAAGTCAATATAGAATATAATATTTTATGGAA-ATATAA------GAATAATATATTCTTGAATCT-GGAATTCAATATTAAATTAAATTAATATTCAAGAATTAATATTAATATATTAATATA-TAGAATAAA-TATAATATATATTATT-AATATATA--TATTTATAATATATATATATATATTAATAGAATTGTTA-----ATTGAATT-----TATTTGGTGGTAGAATTTTATGAAATGACCCCAAACCAAAGAGTGTATCTCGTCTAGCTTTGAACAAATATTATCCATAAATTTCTTATAAAGAAGGGCAAAAAATGCGGATATAGTCGAATGGTAAAATTTCTCCTTGCCAAGGAGAAGACGCGGGTTCGATTCCCGCTATCCGCCCAAATATAAATGGATTCAAAA-------AGAGAAAATATTCGGTATAGTTGACCGGGAAATATTGTAATTTTTTCCTCGCGTCCCAAAAGACACGTATTAATTTATGACTTGT-----TAGTAG-------AATCAAACTTTCCATAAAATAAAAAATCCTTTTTATTTTATTCTTAATTTTATTTTTTCTTATTCACTGGTTTGTATATATATA-----------TTTTTTTTTCAAAGGGGACAATAAAAAAGCACGCGATTTCAAACCTAAATA----GAAA-TGTTTTCGAATTAATATAATCCTTCATAAATCTTTGAAAAGCAATATATATTCAAATAAAAAAATTAGAAATGATTAAAAAATATTACTAA-GTTACTGTCAAAAGATTTTATTTGTCTTTTTTT--------ATTACTACTAAA-TAAAATTTTATTGTGATTTTATGCAAATACAGAAAAAGTGAATTATAATTCCATATTACAATAATT--------------------------------TATATACATATATTAAGAATAGAACAAAGATTTCCACGACAAAAAAA-----AACTTAATATTAATTAT----ATAA---------------------------AAAAGCTTGACCTAAAACAAA-------GTTATTTGAGTTTGATTATTTAGGATTGTTAAGGAATGGATTTTCATCGTGGAATTTAGTGATTGTCTTTCAGTACACTAAGTGAGCTTTTTTTATTTATATTTTTTAAGAAA-GATTACTATAATGATATGTTTTTTT-T-ACATATGATGTGAAGAAATATTATAATTTTTTTA-TAATATAAGCTAT-CAGTATAGATTATTTAAATGAGTACTCTCATACGGATTTCAAACGTTAA--------------------------------------------------AAAAAAAAGTTGGGTTTGAAACTTTTGAATGTCTTTTTTGTTTTGAAAATAATATATAATAAAATTTGAAAGAAAAAA-----ACTCG-TACGGAGTACGAAAGAATAAAATAATAAATG------------------TCTTTGACATCCAATTATACCACTGAAA----TTTTTTTT-CATTTTTGAATGG-CAGTTCCAAAAAAACGTACTTCTATCTCGAAAAAGCGTACACTTTTATTTTTATATTAGGAATATAGGTGCTCTTGGCTC-GACATTTT-GTATTC-TATTTTACAAGAGTCCTACA-----CTTTTTTGTAATATAAAAAA-GAGTACAGGATGG-AGCTCGAGG-AGAATAGAAAGTTTTTAGTCCTTTCGCAGGAGTAAGGATTTAGGGTTAGTGCGAATTAATAAGTTGGAACAACTTCGTAAGTCTTTTT---AT------ATTGAAAAAA-----------GTCCTTTCAAGC-AATTTTACAATGG-AAAAGGA----AATTTTCTTAAAATTGTAAAATTCTTTGAATCAAAAGTCTATCATGCGTGAATCAAGC-GTTTGTATGATTCTTTGTATAG-AAAGAACAGAAATCATAAACAAAA-TAAGGGGCTTGTTGCTGCCCTTTTTTAATAAAACGATTCAATATCACCGAAGTCATGTCTAAACCTAAAGATTCAAAGTAAGGATAAAGAATCTTGAAAAAAGGAAATCCTGTTTTCAATTG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Descurainia_antarctica_D37 TAGGAAAAGACTCTTAATACTTTCTTTTCGTGATTCTAAGCCCCTGGCTCTCGGGG-TTCCATTCTCTAATCTAAAGTTTTGCCTATCAGA-----------CTAAAAGTAGTGG-AGGGAAATCCGTAAATCTTTACTTGCCACTACTAATTTAGTTACCCTTACTGAGTCTTCAATTAGA-------TTGGATAGCCAGAGAGGGAATTAAATTAATAGTTTTGGAAAGGACCCACGATACTTTGGATACAGACTCATGAAAGTATCGGAATGCTCAGACATTCAA------TCAATATTAGATTAGAT-----ATTGCCTTTAATTTTACTTCCAAAAATAAAAAACG-ATAAAA-GAAAG--------AAAAAGTCTGATTTTTTCTACATATGAGTCAGATTCCTTGGATACTTCGAGGAGTGTCCGTTTGCGTGTGTTTACATCTTGTCGATTCTACTAGAAATTCTATAAT----AAGAATAACTCATTATAAGAT-AAGTGGATTGTTTGGAGTAGTTCATCAATGGTGACCAAATACCTCTCCC-TTTTTTTGACTCTGCACCAGTGATTTCACTATTATTAGTGAACAATAATGGAATAGTTTTCGTAGTGTGGGGAAGAAGTGGACTCTAGAAGTACTCTTAATTGCGGTAATAATCAAACTCTATCAACCTGTATCAATTGTTTTAGTTTTCTAGACCGTTCGGCAATTTTTTTT------------------TAGAAAGTGGGTTTATGTTTT-----ATTGACTCATTTGCTATTTTTATATCAGGGTTTACACGGTT----AAACTTTCATGGGGTAACCCCCTTTCGAAATCTGAATAAGTTTCCATCGAATTGCGATTA------------------TCTGTATTAAATGGATCAAACAAACAAA----TGAAATTGAGAA-GTATGTACATACATTTCATATTCTATTTTTTTTATATTGAC-----GTTTATAAAGAAAAAGGGAGATATAGGTGGATTCCTTTATATTAAGATATTTCACTTGTATCTTTATACATTACAATAACCATAATGGCTAGTATGGTAGAAAGAGATCTCTTTCTACCATACTAGCGGGCCCCTTAGGATACTACTACTGAGTCTAATGCATTCCTTTCATTTAAGCCGAGAAATTGAAATTCTTTTTTTTT---CATTGATAGTAAAATTGTATTCAAATTAATCATTTTGACTAACCGTTTTTACGTAAATTATAAGCAAAATTGAATCATTTCAATTTTAGATTCAAATTATTGTTTTG-----TAACAAAGAAAGTCACAAGTGATATATTGATATCTATATGGATATCACTTTAAGTGAGAGCAAGA-CGGATTACTAG-TAATC-----CTTGCATTATTATCAAATCAATTGATAATCTA-TTTTTT--------------TCTATAAAAAATAGATTATTTTCTCCACTCTGTTCATTAAAGTTTATATTTAAAGGATCCATACCGGGATCCTTAGCAAGATCAAGATCAGAATTTTGTATGGAAACAAAAAAGTAACTAGACA-CAAGAAATAAAGAAAAAAGTAAAGTGGAAATATACCCC-------GAAATTTT-ACTTTTTTTTT-----ACCC--TTCTCTGTCATTTATGCAAACTAAAAAG---GGTTATGTAGACAGCGAATTATTGGGCCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATATTGCCAACGAATTTACAGTCCGTCCCCATTAACCGCTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATCTATTCTAACTTTATGGATAATCCAAGATCAACTTCCTTTCGCCGCCATCATACTATGATCATAGTATGATCAGTTTTTTAAAATTGTCAATATAATCAAATG-----GTATGACTAGCTTATAAGGTTTTTT-CATTTTTCTATCGAATTCTATATCATTTTTTT-ATTTTACATTTGTATTCATATTCTAATCAAAATTCTATAAAAAAA-TCGATATATTTTCTTGTTATATTTGAAGTGGAAATATTAAAT--------------AAAAAAAATGTACAAATCGTCTAGTA-CATAATCTTTTCAAGAAGTGATTGGTCTGACATAAAAAAA-GAA-------------GGTTAAGTTTCGTTTTTTTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTAGAAAATTATTGT-----TCAGAGG-ATAATCCGTATCTCTTCATCACATGTCAAGAGAAAATATCTTGGGTCTAGGTCAAATTGCTGAGTACAT-GTATAAATCAAAAGAATTTCGTTCTATTTCGGTGTGGTAGGCAATTTCAAGTAAAATAATTCATTGCATGGATATTTATCAAATCCAAT-ATTAAAA------AAG-CAAAAAATACCCCGTT-AAGTCAATTTGAAGTAAATTCAAATTCTCGTTTCGAGTTCGGAAATGGG-CTACTAACCACTATGCGTATATTGTATATATATTTA----ATATATGCAGATCCAAAAATGAGATGACCCCC----TCCCATTCCATGAATTACACATTCAAATTCAATATAAGTCCATAAAATGCAAATAAAGAAAAAAATTTAGAGGGGGGG-TCGAACTTCTG--GAACTTGAATGAAATATTAATAAAATATTAATAAATA-----TCAATTTA---------CTAAATAT------GAAATAGTAA--GAAATAACTAAAAAAAAAA--CTAATCAAAAATTGATATCTGATATC-----AATATAGAATATAATATTTTATGGAATATAGAA------GAATCATATATTCTTGAATAT-GGAATTCAATATT-------------------------------------CAATATA-TAGAATAAA-TAT-------ATTATT-AATATATA--------------ATATATATAGATTAATAGAATTGTTATGTGAATTGAATT-----GATTTGGTGGTAGAATTTTATGAAATGATCCCAAACCAAAGAGTGTATCTCGTCTAGCTTTGAACAAATATTACCCATAAATTTCTTATCAAGAAGACAAAAAAATGCGGATATAGTCGAATGGTAAAATTTCTCCTTGCCAAGGAGAAGACGCGGGTTCGATTCCCGCTATCCGCCCAAATATAAATGGATTCAAAA-------AGATAAAAGATTCGTTATAGTTGACCGGGAAATATAGTAATTTTTTCCTCGCGTCCCAAAAGACAAATATTAATTAATAACTAGT-----TAATAG-------AATCAAACTTTCCATAAAATAAAAAATCCTTTTTATTTTATTCTTAAATTTATTATTTCTTATTCACTGGTTTGTATATATATA--------TTTTTTTTTTTTCAAAGGGGACAATAAAAA-GCACGCGATTTCAAACCTAAATA----GAGC-TTGTTTCGCATTAGTATAATCCTTCATAAATCTTTGAAAATCAATTTATATTCAAATCAAAAAATTATAAGTGATTAAATAATATTACTA--GTTACTATCAAAAAAATTGATTTGTCTTTTTTTT-------ATTACTACTAAA-TATAATT-----GTGATTTTATGCAGATACAGAAAAAGTGAATTATAATTCCGTATTACAATAATTCCGTATTACAATAATT----------------TATATACATATATTAAGAATAGAACAAAGATTTACACGCCAAAAAAA-----TACTTAATATTAATTATTAA-ATAA---------------------------AAAAACTTTACCTAAAACAAAAAACAAAGTTATTTGAGTTTGATTATTTCAAATTATTAAGGAATGAGTTTGAATTATGGAATTGAGTGATTGTCTTCCAGTACACTAAGCGAGCTTTTTTTGATT------TTCAAGAAA-GATTATTATAATCAATATTTTTTTTTT-ACATATGATGGGAATAAATCTTGTCATTTTTTTAATAATATAATCTAT-CAGTATAGATTAATTAAATGAGCACTCTCGTACGTATTTCAAACGTTAA-----ATAAAAAAATTTTTTAATAACTAAA-------TAAAAAAA--AGTAAAAAACATTTGGGTTTTTAATTTTTGAATGTCTTTTTTGTTTTGAAAATAATATATAATAAAATTTGAAAAAAAAAAA--TAACTCGATATGGAGTACGAAAGAATAGCATAATAAATG------------------TCTTTGACATCCAATTATACCACTGAAAAACTTTTTTTTT-CATTTTTGAATGG-CAGTTCCAAAAAAACGTACTTCTATCTCGAAAAAGCGTA??????????????????????????????????TTGGCTC-G?CATTTT-GTGTTC-TATTTTACTAGAGTCCTACAAAAGACTTTTTTTGAATATAAAAAA-GAGTACAGGATGG-AGCTCGAGG-AGAATAGAAAGTTTTTATTCCTTTCGCAGGAGTAAGGATCCAGGGTTAGTGCGAATCAATAAGTTGGAACAACTTCGTAAGTCTTTTT---ATTTTTATATTGAAAAAAAAAAAAAAAGAGCCCTTTCAAGC-AATTTTACAATGG-AAAAGGGGGGGAATTTTCTTAAAATTGTAAAATTCTTTGAATCAAAAGTCTCTCATGCGTGAATAAAGC-GTTTGTATGATTTTTTG-ATAG-AAAGAAAAGAAATCATAAAAAAA--TAAGGGGCTTGTTGCTGCCCTTTTTTAATAAAACGATTCAAGATCACCGAAGTAATGTCTAAACCCAAAGATTCAAAGTAAGGATAAAGAATCCTGAAACAAGGAAATCCAGTTTTCAATTG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Descurainia_antarctica_D52 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Descurainia_appendiculata_C25 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Descurainia_artemisioides_B36 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Descurainia_californica_C9 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Descurainia_incana_C2 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Descurainia_incisa_incisa_D6 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Descurainia_incisa_viscosa_D24 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Descurainia_kochii_D3 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Descurainia_pinnata_C4 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Descurainia_pinnata_glabra_D27 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Descurainia_pinnata_halictorum_D69 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Descurainia_pinnata_menziesii_B35 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Descurainia_pinnata_pinnata_F5 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Descurainia_sophioides_F13 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Descurainia_stricta_C38 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Descurainia_virletii_C39 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Robeschia_schimperi_MB1 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Arabidopsis_thaliana TCGATACCTGTCCAAAACAGAACGACCCG-CGAACCAAAGATCACCACTCTCGGTGGGCCGGTTTCTTAGCCGATTCCTTGCCCGCCGGATCCGTGGTTTCGCGTATCGGCATGATCGGGAGCTTTTATCTCGGTCTTGT--CGTGCGCGTTGCTTCCGGATATCACAAAACCCCGGCACGAAAAGTGTCAAGGAACATGCAAACGAACGGCTGGCATTC-GCCTCCCCGGAGACGGAGTGTGGGCGGATGCTGTGCTGCGAACTGAAGTCTAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCTTCTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACAAATCGTCGTCCCT-CACCATCCTTTGC-TGAT-GCGGGACGGAAGCTGGTCTCCCGTGTGTTACCGCACGCGGTTGGCCTAAATCCGAGCCAAGGACGCCTGGAGCGTACCGACATGCGGTGGTGAACTTGATCCATTACATT---TTATCGGTCGCTCT-TGTCCGGAAGCTG--TAGATGACCCAAAGTAGGAAAAGACTCTTTATACTTTCTTTTCATTATTCTAAGCCCCTGGCTCGCGAGG-TTCTATTCTCTACCCTAAAGTTTTGCCTATCAGATTCAAGGAAAACTTAAAGTAGTGG-AGGGAAATCTGTAAATCTTTACTTGCCACTACTAATTTAGTTCCACTTACTGAGTCTTCAATTAGA-------TTGGATAGCCGGAGAGAGATTTAAATTAATAGTTTTGAAAAGGACCTAAGATACTTTGGATATATACTCATGAAAGTCTCGGAATGCTCAGACATTCAATCAATATTAGATTAGATTAAGAATTGCCTTTCATTTTACTTCCAAAAATAAAAAACGATAAAAGAAAT-----AAAAAGTATTCTTCTTTCTACATGTGAGTCAGATTCCTTGGATACTTC-AAAAATGTCGGTTTGCTTGTGTTTACATCTTGTCGATTCTACTAGAAATTCTATAAAAAAAAAGAATCACTCATTATAAGAT-AAGTGGA-TTTTTGGAGTAGTTCATCAATGGTGACCAAAAACCTCTCCCTTTTTTTTGACTCTGCACCAGTGATTTCACTATTATTAGTGAACAATAATGGAATAGTTTTCGTAGTGTGGGGAAGAAG-GGACTCTAGAAATACTTCTAATTGCGGTAATAATCAAACTCTATCAACCTGTATCAATTGTTTTCGTTTTCTAGACCGTTCGGCAATTTTTTTTAAGATTTTTTTTT----TAGAAATTGGATTTATGTTTT-----ATTGACTCATTTTCTATTTTTCTATCAGGGTTTACACGGTTAACCATTCATGGGGTAA-CCCCTTTCGAAATCTGAAGAAGCTTCCATCGAATTGGGATTA------------------TCTGTATTAAATGGATCAAACAAACAAATGAAATTGACAAAGTATGTACATACTTTTCATATTCTATTTCATTTATATTGAC-----GTTTATAAAGAAAAAGAGAGATATAGGTGGATTCCTATATATTAAGATATTTCACTTGTATCTTTATACATTACAATAACCATAATGGCTAGTATGGTAGAAAGAGATCTCTTTCTACCATACTAGCGGACCCCTTAGGATACTACTACTGAGTCTAATGCGTTCCTTTCATTTAAGACGAGAAATTGAAATCTTTTTTTTTT--TTTGATAGTAAAATTTTATTCAAATTAATCATTTTGACTAACGGTTTTTACGTAAATTATAAGCAAAATTTAATCATTTCAATTTTAAATTCAAATTTTTGTTTTG-----TAACAAAGAAAGTCACAAGTGATATATTGATATCTATATGGATATCACTTTA-GTGAGAGCAAGA-CGGATTACTGGGTAATCCTTACATTATTATCAAATCAATTGATAATCTATTTTTT----------------ACAAAAAAATAGATTATTTTATCGACTCTGTTCATTAAAGTTTCTCTTTAAAGGATCCATATCGGAATCCTTAGCAAGATCAAGATCGGAATTTTTTATGGAAA-AAAAAAGTAACTAAACA-TAAGAAATAAAGAAAAAAGTAAAGTCGAACTATACCCTATACCCTGAAATTTG-ACCTTTTTCTTTT---ACCCC-TTCTCTGTCATTTATGCAAAAAAAAAAAAATGGTTATGTAGACAGCTAATTATTGGGCCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATATTGCCAACGAATTTACAGTCCGTCCCCATTAACCGCTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATCTATTCTAACTTTATGGATAATCCATGATCAACTTCCTTTCGCCGCCATCATACTATGATCATAGTATGATCAGTTTTTTTAAATTGTCAATATAATGAAATGAAATGGTATGACTAGCTTATAAGGTTTTTT-CTTTTTTCTATAGAATTCTATATCATTTTTTT---TTTACATTTGTATTCATATTCTAATCATAATTCTATAACAAA--TAAATATACTTTCTTTTTATATTTGAAGTGGAAATATTAAAATTAAAAAATAAATAAAAAAAAATCTAAAAATCGTCTAGTA-CGGAATCTTTTCAAGAAGTGATTGGTCTAACATAAAAAAA-AAAAAGAAAAAAAGAGGGTTAAGTTTCGTTTTTTTT-ACTTTCCTTGATAGATTGCCT---CATCTCATTGTT---------------AAGAAATAGTAGTATCCCTGTCTAACACTAATCCAAGAAAGTCAGCCAGAATCCATCTTCT-AATTAGGGAA-AAAGGTGGATTTATAAGTTAAGTTATCAAAAATTTGCTTTTTTTTTTAGAAAATTATTGTTCAGAGG-ATAATCCGTATCTCTTCATCACATGTCAAGATAAAATATCTTGGGTGTATGTCAACTTGCTGAGTACAT-GTATAAATCAAATTAATTTCGTTC------GATGCGCTAGGCTATT----AAAAAAAAATTCATTGCATGGATATTTATCAAATCCAAT-ATTAAAA------AAG-CAAAAAATACCCCGTT-AAGTAAATTTGAAGTCAATTCAAATTCTCATTTCTAGTTCCCAAATGAG-CTACTAACCACTATGCGTCTATTGTATATATATTTA----ATATATGCAGATCCAAAAATGAGATGACCCCC----TCCCATTCCTTGAATTACACATTCAAATTCAATATAAGTCCATAAAATGCAAATAAAGAAAAAA--TTAGAGGGGGGG-TCGAACTTATGGAACTTGAATGAAATATGAATAAAAGATTAATAAATAGTTACTAAATATGAAATAGTTCCTAAATAT------GAAATAGTAATAAAAAAAAATAAATAAAAAAAACGAATAAAAAATTGAGATCTGATATCAAGTCAATATAGAATATAATATTTTATGGAA-ATATAA------GAATAATATATTCTTGAATCT-GGAATTCAATATTAAATTAAATTAATATTCAAGAATTAATATTAATATATTAATATA-TAGAATAAA-TATAATATATATTATT-AATATATA--TATTTATAATATATATATATATATTAATAGAATTGTTA-----ATTGAATTTATTTGGTGGTAGAATTTTATGAAATGACCCCAAACCAAAGAGTGTATCTCGTCTAGCTTTGAACAAATATTATCCATAAATTTCTTATAAAGAAGGGCAAAAAATGCGGATATAGTCGAATGGTAAAATTTCTCCTTGCCAAGGAGAAGACGCGGGTTCGATTCCCGCTATCCGCCCAAATATAAATGGATTCAAAA-------AGAGAAAATATTCGGTATAGTTGACCGGGAAATATTGTAATTTTTTCCTCGCGTCCCAAAAGACACGTATTAATTTATGACTTGT-----TAGTAGAATCAAACTTTCCATAAAATAAAAAATCCTTTTTATTTTATTCTTAATTTTATTTTTTCTTATTCACTGGTTTGTATATATATA-----------TTTTTTTTTCAAAGGGGACAATAAAAAAGCACGCGATTTCAAACCTAAATA-GAAA-TGTTTTCGAATTAATATAATCCTTCATAAATCTTTGAAAAGCAATATATATTCAAATAAAAAAATTAGAAATGATTAAAAAATATTACTAA-GTTACTGTCAAAAGATTTTATTTGTCTTTTTTT--------ATTACTACTAAA-TAAAATTTTATTGTGATTTTATGCAAATACAGAAAAAGTGAATTATAATTCCATATTACAATAATT--------------------------------TATATACATATATTAAGAATAGAACAAAGATTTCCACGACAAAAAAA-AACTTAATATTAATTAT---ATAA-----AAAAGCTTGACCTAAAACAAA-------GTTATTTGAGTTTGATTATTTAGGATTGTTAAGGAATGGATTTTCATCGTGGAATTTAGTGATTGTCTTTCAGTACACTAAGTGAGCTTTTTTTATTTATATTTTTTAAGAAA-GATTACTATAATGATATGTTTTTTT-TACATATGATGTGAAGAAATATTATAATTTTTTTA-TAATATAAGCTAT-CAGTATAGATTATTTAAATGAGTACTCTCATACGGATTTCAAACGTTAA--------------------------------------------------AAAAAAAAGTTGGGTTTGAAACTTTTGAATGTCTTTTTTGTTTTGAAAATAATATATAATAAAATTTGAAAGAAAAAA-----ACTCG-TACGGAGTACGAAAGAATAAAATAATAAATG------------------TCTTTGACATCCAATTATACCACTGAAA----TTTTTTTT-CATTTTTGAATGGCAGTTCCAA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Descurainia_antarctica_D37 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Descurainia_argentina_B37 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Descurainia_depressa_C26 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Descurainia_glaucescens_D20 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Descurainia_incana_B109 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Descurainia_incisa_filipes_C21 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Descurainia_incisa_incisa_C24 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Descurainia_incisa_viscosa_D24 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Descurainia_lemsii_B23 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Descurainia_leptoclada_C33 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Descurainia_millefolia_B38 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Descurainia_paradisa_nevadensis_C8 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Descurainia_pimpinellifolia_E3 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Descurainia_pinnata_glabra_D27 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Descurainia_pinnata_halictorum_D10 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Descurainia_pinnata_menziesii_C3 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Descurainia_preauxiana_B117 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Descurainia_virletii_C39 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Robeschia_schimperi_MB1 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Sisymbrium_altissimum_B21 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T------AGACTCTTAATACTTTCTTTTCGTGATTCTAAGCCCCTGGCTCTCGAG--TTCGATTCTCTAAACTAAAAAACTAAAGTTTTACCTATC-----AGATTCACGGAAAACTGAAAGTCGTGG-AGGGAAATCAGTCAATCTTGCCTTTCCACTACTAAATACTAATTTAGTTCCACTCA-CTGAGTTTTTAATTAGATTGGATAGCCCGAGA--------------------GTAAATCAAATTGATAGTTTTGGAAA----------------GGACCTAAAATACTTT----------------------------------------GTCTACAGACTCATGAAAGTCTCGGAATGCTCAGGACATTCAA------TCAATATTAGATTAGATGGAGAATTTCCTTCTATTTGACTTC----AAAAAACCCAATATGATAAA--------------AAAAAGTCTTATTCTTTCTACATGTGAGTAAGATTCC--------TTCTAAAAGTGTCCGTTTGCTTGTGTTTACATCTGGGCGATTCTACTAGAAATTCTATAAT----AAGAATAACTCATTATAAGAT-ACGTGGATTTTTTGGAGTAGGTGATCAAGGGTGACAAAATACCTCTCCCTTTTTTTTTGACTCTGCACCAGTGATTTCACTATTATTACGGAACAATAATGGAATAGTTTTCGTAGTGTGGGGAAGAAGTGGACTCTAGAAGTACTCCTAATTGCGTTAAGAATAAAACTCTATCAATTTGTATTAATTGTTTTAGTTTTCTAGATCGTTCGGTAATTTTTTTTAAGATTTTTTTT-TAGAAATTGGATTCATGTTTTGTTTTATTGGCTCATTTTCTATTTTT-ATATCAGTGGTTACAAGGTTAACCATTCATGGGGTAACCCCTTTTTGAAATCTAAAGAATTTCCCATCGAATTAGGATTATCTGTATTAAATGAAT-----------ATGA-------AAAGTATGGACATATATTTCATATTCTAT-TTAATTAATATTGAC-----ATTTATAAAGAAAAA-AGAGATATAGGTGGATTCCTTTATATTAAAAAATTTCACTTGTATCTTTATACATTACAATAACC----CTAATGGCTAGTATGGTAGAAAGAGATCTCTTTCTACCATACTAGCGGGCCCCTTAGGATACTACTACTACTGAGTCTAATCGATTCCTTTCATTTAAG-----AAATTGAAATCCTTTTTGT---CATTAATAGT-AAAATTGTATTTAAATTAATCATTTTGACTAACAGTTTTTACGTAAATTATAAGTAAAATTTAATCATTTCACAATTTTAGATTCAAATTAGTGTTTTG-----TAACAAAGAAAGTCACAAGTGATATATTGATATCTGTATGGATATCACTTTA-GTGATATCAACACGGATTACTGG-TAATC-----CTTTCATTATTACCAAATGGATTGATAATGTATTTTTTA-------------TTGTCAAAAA-TACATTATTTTCTCGACTCTGTTCATTAAAGTTTATATTTAAAGGATCCATATTGACCGGGATCCTTATCAAGATC-AGA------TTTTTTTATGGAAACAAAAAAGTAACTAGACACACGAAATAACGAAAAAAGA-AAAGTC-------GAAATATACCCC--------AAATTGGACTTTTTTTCTT-----CCCC-TTCTCTGGCATTTATGCAATGCAAAAAAAAGGGTTATATCATGTGATTGTAGACAGCGAATTATTGGGCCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATCTTGCCAACGAATTTACAGTCCGTCCCCATTAACCGCTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATCTATTCTCACTTTATGGATAATCCATGATCAACTTCCTTTCGTCTCCATCAGATTATCATCATAATATGATCAGTTTTTGAAAATTGTCAATATAATCAAATG-----GTATGGCTAGCTTCGAAGGTTTTTT-CTAGTTTCTATAGGATTCTATATCAGTTTTTT-ATTTTACATTTGTATTCCTA-TTCTAATCACAATTCTATAAAAAAA-TCAATATA-----TTTTTCTAGTTGAATTTGAAATATTAAATAG----------AAAAAGAAAATATAAAAAAAGTCTAGTACAGCATTTTTTCCAAAAGTGATTGGTCTGACATAAAAAAAGAT------AAAAGAGGGTGAAATTTCGTTTTTC----ACTTTCCTTCATAGATTGCCT---CATCTCATTGTT---------------AAGAAAGAGTCGTATCCCTATCTAACACTAATCCACGAAATTGAGACAGAATCCATCTTT---A---AAGCAGGGAAGAAGGATGGATGGATAACTTAAGTTATCCAAA---TTTGCGTTTTTTT----GATTT--GTTGTTAAGAGG-ATAGTCCGTATCTG-----CACGTGTCAAGATAAAATATCTTGGATCTACGTCCAATTGGTGAGTACAT-GTATGTATAAATCAAATGAAGTTCGTTCTATTTCCATGTGGCAGGCAATTGAAAGTAAAAGAATTCATTGGATGGATATTTATCAAAGCCAAT-ATTTAAA------AAG-CACAACCCCCCCCCCTT-AAGTAAATTGGAAGTAAACTCAAATTTTCGTTTCTAGTTCCGAAATGAG-CTACTAACCACTATGAGTCTAGTGTATATATATTTAATATATATAGGCAGATCCAAAAATGAGATGACCCC----------------TCCCATTCCATGAATTACACATT------CAATAATAAGTCCATAAAATGTAAATAAAGAAAACAAAAAAATGAGAGGGGGGGGGGGTCAAACG----TCTGGAATTTGAGTGAAATAGGAATAAAATAGTATTCAATA----TCAATTTA------------------------ATAAAAAAAAATAGAAATATTAAATATTCATCAATAACTAAATAACAAAA------CTAATCAAAAATTTGATATCAGATATC-----AAAATAGCC-ATAATCTCTTATGGAA-ATAG----------AGAATAATATATTCTGGAATAT-GGAATTCAATATATAATTAAATAT--------------------------CAATATA-GAGAATAAA-TAT----------------ATTACT-------AATATATATAT--TAGTAATAGTATATATAT-TAGTAATAGAATTGTTA-----ATTGAATTGATTTGGTGTTAGAATTTGATGAAAGGACACTAAACCAAAGAGTGTATCTCGTCTAGCTTTGAACAAATATTATCCATAAATTTCCTATCAAGAAGGACAAAAA-TGCGGATATAGTCGAATGGTAAAATTTCTCTTTGCCAAGGAGAAGACGCGGGTTCGATTCCCGCTATCCGCCAAAATAGAAATGGATTCAAAA-------AGATAAAAGATTCGGTATAGTTGACCGTGAAGTATAGTCATTCTTTCCTCGCGTTACAAAAGACAAGTATTAATTAATGACTAGT-----TAACAGAATCAAACTTTCCATAAAATAAAAAACCCTTTTTATTTTATTCTTCAATTTTTTATTTCTTATTCACTGGTTT-GTATACATAT-------------TTTTTTGTGAAAGGGGACAATAAAAAATCACGCTATTTCAAACCTAAATA----GAAT--TTGTTTATAATTAATATCATCCCTCCTAAATCTTTAAAAAGAAATATATATTCAAATCCAAAAATTAGAAGTGATTAAATAATATTACTAA-GTTACTGTCAAAAAAAATTTCTTTTTATT-------------ATTACTACTAAAATAAAATT-----TTGATTTTATGCAGATACACACAAAGTGAATTCGAATTCCGTATTACAATAATT--------TATATATATATATACATATATTAAAAATAGAACATAGAATTACACGACAAAAAAATCCTTACTATATATAGTATTTTATTTATTATATAATAATAATAAACTTTACCTAACAACAAA-------GTTATTTAAGTTTGATTATTTAGAATCATTAAGGAATTCATACT------GGAATTTAGTGATTGTCTTCTATTACACTAAGTGAACCTTTTT-GATTT-------CCAAGAAA-GATTATGATAACCCACACTTTTTT-----ACATATGAAGTGAAGAAATCTCAATCATTT-----TATTGATAATCTAA-TCTAT-CAGTATAGATTAATTAAATGAGTACTCTCGGACGGATTT------------------------------------------------------------------GAAAAGTGAAATAAAATCAAATTATTTAATAAATCAAATTATTTAATAAATCAATTTAT-TGAAATAAATATAAAAAAGAAAACGTAAAAAAAAAGGGTTGCGTTCCTC--------------------------------------------------------------AATTTTTGAATGTC-TTTTTTTTTTGAAAC-----TAATATCTAATAAAAGTGTAAAGAAAAAAC-TAGCTTGATATGGAGTACTAAAGAATAGAGTAATAAATGTCTTTGACATCCAATTATACCACTGAATAACTTTTTAAAA----TTTTGAATGGCAGTTCCAAAAAAACGTACTTCGATCTCGAAAAAGCGTA--TTTTTTGATCCGCCATAGGAATATAGGTGCTCTTGGCTC-GACATTTTGTGTTCTATTTTAGTAGAGTCCTACT-----CGTTTTTTTAATATCAAAAAAAGAGTACAGGATGG-AGCTCGAGG-AAAATAGAAAGTTTTGATTCCCTTTCTTTAGGAGTAAGGATCTAGGGTTAGTGCGAATCAATAAGTTGTTCCAACTTCGTAAGTCTTTTTTTTTTAGATATTTAAAAAAATCC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Arabidopsis_thaliana 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Brassica_rapa_F44 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Descurainia_antarctica_F15 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Descurainia_appendiculata_C25 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Descurainia_impatiens_C42 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Descurainia_millefolia_B24 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Descurainia_pinnata_B35 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Descurainia_pinnata_D27 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Descurainia_stricta_D45 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Sisymbrium_altissimum_B21 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Descurainia_argentina 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Nasturtium_officinale 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Nerisyrenia_linearifolia 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Sisymbrium_altissimum 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Sophiopsis_sisymbrioides 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(1,(((((((((((2,3),50),(((37,38),(47,48,49,52,54,59)),45,46,51,53,56,60)),((21,22),((23,(25,26)),24))),((((((((((((((4,7),5),6),44),40),18),(12,42)),(41,43)),20),11),(34,35,36)),((((55,(57,58)),61),(62,63)),(67,68))),((9,16),(((29,30),66),65))),((13,14),(15,33,39)))),(((((8,64),((10,17),31)),((19,28),32)),70),69)),27),72),71),74),73)); END; BEGIN TREES; TITLE Strict_Consensus_of_3149_MPTs; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Arabidopsis_thaliana, 2 Descurainia_antarctica_D37, 3 Descurainia_antarctica_D52, 4 Descurainia_antarctica_E2, 5 Descurainia_antarctica_F15, 6 Descurainia_appendiculata_B126, 7 Descurainia_appendiculata_C25, 8 Descurainia_appendiculata_D47, 9 Descurainia_argentina_B37, 10 Descurainia_argentina_B96, 11 Descurainia_artemisioides_B36, 12 Descurainia_athroocarpa_B94, 13 Descurainia_athroocarpa_C27, 14 Descurainia_bourgaeana_B14, 15 Descurainia_bourgaeana_B171, 16 Descurainia_bourgaeana_D7, 17 Descurainia_californica_C9, 18 Descurainia_californica_D12, 19 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Strict = [&R] (1,((((((((((((2,3,4,5),39),(38,40,41,(80,88,93,96,97,106),81,82,(87,108),104,105,107)),(((33,34),((42,(46,48)),44,47,89),(50,123),((72,73),74)),(35,(36,37),79,(90,(91,99,102)),122)),43),(((((((6,10),7,9),8,(20,85),29,32,83,(84,86)),19),(17,(70,71)),((75,(76,78)),77),(120,121)),(18,(45,(49,112)))),(109,110)),(((12,13),(25,26)),(((56,58),57,125,126),124),64),(21,22),((23,24,65,67,68),66),(((69,101,103,111,(127,128)),92),((94,95,98,113),100,(114,115)))),(((((11,116),((14,16,(27,28)),15,30),59,63),(31,54,55,(60,(61,62)))),130),129)),(117,118,119)),(51,52,53)),(132,133)),131),135),134)); END; BEGIN TREES; TITLE Strict_Consensus_of_4020_MPTs; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Arabidopsis_thaliana, 2 Descurainia_antarctica_D37_type_1, 3 Descurainia_antarctica_D37_type_2, 4 Descurainia_antarctica_D52, 5 Descurainia_antarctica_E2_type_1, 6 Descurainia_antarctica_E2_type_2, 7 Descurainia_antarctica_F15, 8 Descurainia_appendiculata_B126, 9 Descurainia_appendiculata_C25, 10 Descurainia_appendiculata_D47, 11 Descurainia_argentina_B37, 12 Descurainia_argentina_B96, 13 Descurainia_artemisioides_B36, 14 Descurainia_athroocarpa_B94, 15 Descurainia_athroocarpa_C27, 16 Descurainia_bourgaeana_B14, 17 Descurainia_bourgaeana_B171, 18 Descurainia_bourgaeana_D7, 19 Descurainia_californica_C9, 20 Descurainia_californica_D12, 21 Descurainia_cf._erodiifolia_D50, 22 Descurainia_cumingiana_cumingiana_D34, 23 Descurainia_cumingiana_cumingiana_D39, 24 Descurainia_cumingiana_tenuissima_B103, 25 Descurainia_cumingiana_tenuissima_D38, 26 Descurainia_cumingiana_tenuissima_D43, 27 Descurainia_cumingiana_tenuissima_D49, 28 Descurainia_depressa_C26, 29 Descurainia_depressa_C37, 30 Descurainia_depressa_D17, 31 Descurainia_depressa_D31, 32 Descurainia_gilva_B163, 33 Descurainia_gilva_B22, 34 Descurainia_glaucescens_D20, 35 Descurainia_gonzalezii_B160, 36 Descurainia_gonzalezii_B19, 37 Descurainia_heterotricha_B124, 38 Descurainia_impatiens_C40, 39 Descurainia_impatiens_C42, 40 Descurainia_incana_B109, 41 Descurainia_incana_C2, 42 Descurainia_incana_D29, 43 Descurainia_incisa_filipes_B195, 44 Descurainia_incisa_filipes_C21, 45 Descurainia_incisa_filipes_C45, 46 Descurainia_incisa_filipes_D14_type_1, 47 Descurainia_incisa_filipes_D14_type_2, 48 Descurainia_incisa__incisa_C24, 49 Descurainia_incisa__incisa_D25, 50 Descurainia_incisa__incisa_D56, 51 Descurainia_incisa__incisa_D57, 52 Descurainia_incisa__incisa_D6, 53 Descurainia_incisa_paysonii_D28, 54 Descurainia_incisa_paysonii_D73, 55 Descurainia_incisa_viscosa_D21, 56 Descurainia_incisa_viscosa_D24, 57 Descurainia_kochii_D18, 58 Descurainia_kochii_D2, 59 Descurainia_kochii_D3, 60 Descurainia_lemsii_B170, 61 Descurainia_lemsii_B23, 62 Descurainia_leptoclada_C33, 63 Descurainia_leptoclada_C34, 64 Descurainia_leptoclada_C36, 65 Descurainia_millefolia_B24, 66 Descurainia_millefolia_B38, 67 Descurainia_millefolia_D1, 68 Descurainia_millefolia_D5, 69 Descurainia_millefolia_F1, 70 Descurainia_millefolia_F2, 71 Descurainia_myriophylla_C29, 72 Descurainia_myriophylla_C52, 73 Descurainia_myriophylla_D13, 74 Descurainia_myriophylla_D16, 75 Descurainia_myriophylla_D9, 76 Descurainia_pinnata_ochroleuca_D26, 77 Descurainia_obtusa_adenophora_D61, 78 Descurainia_obtusa_adenophora_D62, 79 Descurainia_obtusa_brevisiliqua_D58, 80 Descurainia_obtusa_brevisiliqua_D59, 81 Descurainia_obtusa_brevisiliqua_D72, 82 Descurainia_obtusa_obtusa_B26, 83 Descurainia_obtusa_obtusa_D63, 84 Descurainia_obtusa_obtusa_D64, 85 Descurainia_obtusa_obtusa_D65, 86 Descurainia_paradisa_nevadensis_C48, 87 Descurainia_paradisa_nevadensis_C8_type_1, 88 Descurainia_paradisa_nevadensis_C8_type_2, 89 Descurainia_paradisa_paradisa_C46, 90 Descurainia_paradisa_paradisa_C7, 91 Descurainia_pimpinellifolia_D11, 92 Descurainia_pimpinellifolia_D42, 93 Descurainia_pimpinellifolia_D51, 94 Descurainia_pimpinellifolia_E3, 95 Descurainia_pinnata_brachycarpa_F11_type_1, 96 Descurainia_pinnata_brachycarpa_F11_type_2, 97 Descurainia_pinnata_brachycarpa_F12, 98 Descurainia_pinnata_C4_type_1, 99 Descurainia_pinnata_C4_type_2, 100 Descurainia_pinnata_D4, 101 Descurainia_pinnata_D68, 102 Descurainia_pinnata_D70, 103 Descurainia_pinnata_glabra_B144, 104 Descurainia_pinnata_glabra_C10_type_1, 105 Descurainia_pinnata_glabra_C10_type_2, 106 Descurainia_pinnata_glabra_D27, 107 Descurainia_pinnata_halictorum_C12, 108 Descurainia_pinnata_halictorum_C14_type_1, 109 Descurainia_pinnata_halictorum_C14_type_2, 110 Descurainia_pinnata_C15, 111 Descurainia_pinnata_halictorum_D10, 112 Descurainia_pinnata_halictorum_D19, 113 Descurainia_pinnata_halictorum_D67, 114 Descurainia_pinnata_halictorum_D69, 115 Descurainia_pinnata_halictorum_D71, 116 Descurainia_pinnata_intermedia_C19_type_2, 117 Descurainia_pinnata_menziesii_B35, 118 Descurainia_pinnata_menziesii_C3_type_1, 119 Descurainia_pinnata_menziesii_C3_type_2, 120 Descurainia_pinnata_menziesii_D53, 121 Descurainia_pinnata_menziesii_D55, 122 Descurainia_pinnata_nelsonii_C17, 123 Descurainia_pinnata_nelsonii_C47, 124 Descurainia_pinnata_nelsonii_D23, 125 Descurainia_pinnata_ochroleuca_D8, 126 Descurainia_pinnata_pinnata_B12A, 127 Descurainia_pinnata_pinnata_D15, 128 Descurainia_pinnata_pinnata_F17, 129 Descurainia_pinnata_pinnata_F5, 130 Descurainia_pinnata_pinnata_F6, 131 Descurainia_preauxiana_B117, 132 Descurainia_sophia_B20, 133 Descurainia_sophia_E6, 134 Descurainia_sophia_MB3, 135 Descurainia_sophioides_B112, 136 Descurainia_sophioides_F13, 137 Descurainia_streptocarpa_B33, 138 Descurainia_streptocarpa_C44, 139 Descurainia_stricta_C38, 140 Descurainia_stricta_D45, 141 Descurainia_leptoclada_D46, 142 Descurainia_virletii_B108, 143 Descurainia_virletii_C39, 144 Descurainia_tanacetifolia_B111, 145 Descurainia_tanacetifolia_C6, 146 Ianhedgea_minutiflora_MB2, 147 Robeschia_schimperi_B106, 148 Robeschia_schimperi_MB1, 149 Sisymbrium_altissimum_B21, 150 Smelowskia_americana_B146; TREE Strict = [&R] (1,((((((((2,4,(5,7),8,9,10,11,12,21,22,(23,37),34,91,92,93,94),14,15,(24,25,26,27),28,29,30,(31,71,141),(38,39),((((46,95),(76,87,98,103,104,106,111,113,118,126,127,128,129,130),97,((108,142),143)),125),114),62,63,64,72,73,74,75,77,78,82,83,84,85,138,139,140),((3,6,43,44,45,47,86,88,(89,90),96,99,105,109,110,116,117,119,120,121,122,123,124),((13,16,17,18,32,33,35,36,60,61,65,66,67,68,69,70,131),145),144),(((19,20),40,42,48,49,(50,52),51,56,137),(41,55),53,54,79,80,81,100,101,102,107,112,115,(135,136))),((57,58,59),(132,133,134))),(147,148)),146),150),149)); END; BEGIN TREES; TITLE ML_derived_from_reduced_ITS_data_set; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Descurainia_paradisa_C7, 2 Descurainia_pinnata_C3_type_2, 3 Descurainia_artemisioides_B36, 4 Descurainia_millefolia_B24, 5 Descurainia_tanacetifolia_C6, 6 Descurainia_appendiculata_B126, 7 Descurainia_cumingiana_tenuissima_D43, 8 Descurainia_pinnata_D10, 9 Descurainia_pinnata_C14_type_1, 10 Descurainia_virletii_C39, 11 Descurainia_incisa_D6, 12 Descurainia_incisa_D57, 13 Descurainia_incisa_paysonii_D73, 14 Descurainia_kochii_D2, 15 Descurainia_sophia_MB3, 16 Hornungia_alpina, 17 Hornungia_petraea, 18 Hornungia_procumbens, 19 Ianhedgea_minutiflora_MB2, 20 Robeschia_schimperi_MB1, 21 Tropidocarpum_gracile, 22 Arabidopsis_thaliana, 23 Cardamine_amara, 24 Rorippa_indica, 25 Brassica_rapa, 26 Arabis_alpina, 27 Aethionema_grandiflorum; TREE PAUP_1 = [&R] ((((((((((1,2),((3,4),5)),(((6,(8,(9,10))),7),((11,12),13))),(14,15)),20),19),((16,17),(18,21))),(22,(23,24))),(25,26)),27); END; BEGIN TREES; TITLE '1 of 41 MPTs from ITS-trnL data to assess monophyly of Descurainia'; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Arabidopsis_thaliana, 2 Arabis_alpina, 3 Boechera_holboellii, 4 Brassica_rapa, 5 Cardamine_amara, 6 Descurainia_argentina, 7 Descurainia_gilva, 8 Descurainia_incisa, 9 Descurainia_kochii, 10 Descurainia_pinnata, 11 Descurainia_sophia, 12 Smelowskia_parryoides, 13 Smelowskia_jacutica, 14 Halimolobos_elata, 15 Smelowskia_tibetica, 16 Hornungia_alpina, 17 Hornungia_petraea, 18 Hornungia_procumbens, 19 Descurainia_tanacetifolia, 20 Ianhedgea_minutiflora, 21 Lepidium_campestre, 22 Lepidium_virginicum, 23 Mancoa_bracteata, 24 Nasturtium_officinale, 25 Nerisyrenia_linearifolia, 26 Physaria_fendleri, 27 Polyctenium_fremontii, 28 Sophiopsis_sisymbrioides, 29 Robeschia_schimperi, 30 Smelowskia_bartholomewii, 31 Sisymbrium_altissimum, 32 Smelowskia_americana, 33 Smelowskia_calycina, 34 Smelowskia_holmgrenii, 35 Smelowskia_sisymbrioides, 36 Tropidocarpum_gracile; TREE 3_of_41_MPTs = [&R] ((((((1,(25,26)),(((3,34),27),(14,23))),(((((((((6,10),8),(7,19)),(9,11)),29),20),((16,17),(18,36))),(((((12,13),28),(32,33)),(15,30)),35)),(21,22))),(5,24)),(4,31)),2); END;