#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 27, 2024; 1:53 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Alverson A., Jansen R.K., & Theriot E.C. 2007. Bridging the Rubicon: Phylogenetic analysis reveals repeated colonizations of marine and fresh waters by thalassiosiroid diatoms. Molecular Phylogenetics and Evolution, 45(1): 193-210. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11266] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=81; TAXLABELS Bacterosira_bathyomphala_NB04_B6 Bacterosira_sp._CCMP991 Bellerochea_malleus_CCMP143 Cyclostephanos_invisitatus_FHTC26 Cyclostephanos_sp._WTC16 Cyclostephanos_sp._WTC18 Cyclostephanos_tholiformis_FHTC15 Cyclotella_atomus_ROR01_4 Cyclotella_bodanica_J98_1 Cyclotella_cf._cryptica_LS03_01 Cyclotella_cryptica_CCMP331 Cyclotella_distinguenda_ClnB Cyclotella_gamma Cyclotella_meneghiniana_F8 Cyclotella_meneghiniana_L1263 Cyclotella_meneghiniana_TI1 Cyclotella_meneghiniana_WC03_01 Cyclotella_ocellata_LB8 Cyclotella_sp._L1844 Cyclotella_sp._MC01 Cyclotella_striata_CCMP1586 Cyclotella_stylorum_DA04_06 Detonula_pumila_NB48 Discostella_pseudostelligera_ROR01_1 Discostella_stelligera_L1360 Discostella_woltereckii_L435 Ditylum_brightwellii_X85386 Lauderia_annulata_CS30 Lithodesmium_undulatum_CCMP1806 Minidiscus_trioculatus_CCMP495 Porosira_glacialis_CCMP1099 Porosira_pseudodenticulata_CCMP1433 Shionodiscus_ritscheri_LC01_12 Skeletonema_grethae_AY684941 Skeletonema_grethae_AY684942 Skeletonema_japonicum_AY684968 Skeletonema_menzellii_DQ011161 Skeletonema_pseudocostatum_AY684952 Skeletonema_subsalsum_AY684962 Stephanodiscus_agassizensis_CHTC1 Stephanodiscus_binderanus_ESB2 Stephanodiscus_hantzschii_WTC21 Stephanodiscus_minutulus_J95_21 Stephanodiscus_minutulus_WTC1 Stephanodiscus_minutulus_Y95_6 Stephanodiscus_minutulus_Y98_1 Stephanodiscus_neoastraea Stephanodiscus_niagarae_J95_16 Stephanodiscus_niagarae_OKAA Stephanodiscus_parvus_FHTC11 Stephanodiscus_reimerii_WLO11 Stephanodiscus_yellowstonensis_Y7 Thalassiosira_aestivalis_CCMP976 Thalassiosira_angulata_BEN02_35 'Thalassiosira anguste-lineata BEN02 30' Thalassiosira_antarctica_CCMP982 Thalassiosira_eccentrica_BER02_09 Thalassiosira_gessneri_ANO2_08 Thalassiosira_guillardii_CC03_04 Thalassiosira_guillardii_CCMP988 Thalassiosira_mediterranea_CS16 Thalassiosira_minima_CCMP990 Thalassiosira_minuscula_CCMP1093 Thalassiosira_minuscula_FB02_31 Thalassiosira_nodulolineata_BEN02_33 Thalassiosira_nordenskioeldii_FB02_19 Thalassiosira_oceanica_CCMP1001 Thalassiosira_oestrupii_var_venrickae_CC03_15 Thalassiosira_pacifica_FB02_35 Thalassiosira_pseudonana_CCMP1057 Thalassiosira_pseudonana_ETC1 Thalassiosira_pseudonana_NEPC709 Thalassiosira_punctigera_FB02_06 Thalassiosira_punctigera_NB02_22 Thalassiosira_rotula_CCMP1812 Thalassiosira_sp._CCMP1065 Thalassiosira_sp._CCMP353 Thalassiosira_tumida_CCMP1469 Thalassiosira_tumida_LA09_20 Thalassiosira_weissflogii_CCMP1010 Thalassiosira_weissflogii_L1296 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8057] TITLE 'nrDNA + cpDNA'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=5368; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Bacterosira_bathyomphala_NB04_B6 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Bacterosira_sp._CCMP991 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Cyclotella_meneghiniana_F8 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Detonula_pumila_NB48 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Lithodesmium_undulatum_CCMP1806 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Porosira_pseudodenticulata_CCMP1433 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Skeletonema_pseudocostatum_AY684952 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Stephanodiscus_binderanus_ESB2 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Stephanodiscus_parvus_FHTC11 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Thalassiosira_aestivalis_CCMP976 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Thalassiosira_antarctica_CCMP982 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Thalassiosira_guillardii_CC03_04 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Thalassiosira_minima_CCMP990 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Thalassiosira_nodulolineata_BEN02_33 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Thalassiosira_sp._CCMP353 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TREES; TITLE Total_Combined; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Bacterosira_bathyomphala_NB04_B6, 2 Bacterosira_sp._CCMP991, 3 Bellerochea_malleus_CCMP143, 4 Cyclostephanos_invisitatus_FHTC26, 5 Cyclostephanos_sp._WTC16, 6 Cyclostephanos_sp._WTC18, 7 Cyclostephanos_tholiformis_FHTC15, 8 Cyclotella_atomus_ROR01_4, 9 Cyclotella_bodanica_J98_1, 10 Cyclotella_sp._L1844, 11 Cyclotella_cryptica_CCMP331, 12 Cyclotella_distinguenda_ClnB, 13 Cyclotella_gamma, 14 Cyclotella_meneghiniana_F8, 15 Cyclotella_meneghiniana_L1263, 16 Cyclotella_cf._cryptica_LS03_01, 17 Cyclotella_meneghiniana_TI1, 18 Cyclotella_meneghiniana_WC03_01, 19 Cyclotella_ocellata_LB8, 20 Cyclotella_sp._MC01, 21 Cyclotella_striata_CCMP1586, 22 Cyclotella_stylorum_DA04_06, 23 Detonula_pumila_NB48, 24 Discostella_pseudostelligera_ROR01_1, 25 Discostella_stelligera_L1360, 26 Discostella_woltereckii_L435, 27 Ditylum_brightwellii_X85386, 28 Lauderia_annulata_CS30, 29 Lithodesmium_undulatum_CCMP1806, 30 Minidiscus_trioculatus_CCMP495, 31 Porosira_glacialis_CCMP1099, 32 Porosira_pseudodenticulata_CCMP1433, 33 Shionodiscus_ritscheri_LC01_12, 34 Skeletonema_grethae_AY684941, 35 Skeletonema_grethae_AY684942, 36 Skeletonema_japonicum_AY684968, 37 Skeletonema_menzellii_DQ011161, 38 Skeletonema_pseudocostatum_AY684952, 39 Skeletonema_subsalsum_AY684962, 40 Stephanodiscus_agassizensis_CHTC1, 41 Stephanodiscus_binderanus_ESB2, 42 Stephanodiscus_hantzschii_WTC21, 43 Stephanodiscus_minutulus_J95_21, 44 Stephanodiscus_minutulus_WTC1, 45 Stephanodiscus_minutulus_Y95_6, 46 Stephanodiscus_minutulus_Y98_1, 47 Stephanodiscus_neoastraea, 48 Stephanodiscus_niagarae_J95_16, 49 Stephanodiscus_niagarae_OKAA, 50 Stephanodiscus_parvus_FHTC11, 51 Stephanodiscus_reimerii_WLO11, 52 Stephanodiscus_yellowstonensis_Y7, 53 Thalassiosira_aestivalis_CCMP976, 54 Thalassiosira_angulata_BEN02_35, 55 'Thalassiosira anguste-lineata BEN02 30', 56 Thalassiosira_antarctica_CCMP982, 57 Thalassiosira_eccentrica_BER02_09, 58 Thalassiosira_gessneri_ANO2_08, 59 Thalassiosira_guillardii_CC03_04, 60 Thalassiosira_guillardii_CCMP988, 61 Thalassiosira_mediterranea_CS16, 62 Thalassiosira_minima_CCMP990, 63 Thalassiosira_minuscula_CCMP1093, 64 Thalassiosira_minuscula_FB02_31, 65 Thalassiosira_nodulolineata_BEN02_33, 66 Thalassiosira_nordenskioeldii_FB02_19, 67 Thalassiosira_oceanica_CCMP1001, 68 Thalassiosira_oestrupii_var_venrickae_CC03_15, 69 Thalassiosira_pacifica_FB02_35, 70 Thalassiosira_pseudonana_CCMP1057, 71 Thalassiosira_pseudonana_ETC1, 72 Thalassiosira_pseudonana_NEPC709, 73 Thalassiosira_punctigera_FB02_06, 74 Thalassiosira_punctigera_NB02_22, 75 Thalassiosira_rotula_CCMP1812, 76 Thalassiosira_sp._CCMP1065, 77 Thalassiosira_sp._CCMP353, 78 Thalassiosira_tumida_CCMP1469, 79 Thalassiosira_tumida_LA09_20, 80 Thalassiosira_weissflogii_CCMP1010, 81 Thalassiosira_weissflogii_L1296; TREE Fig._4 = [&R] ((3:0.141553,(27:0.03739,29:0.02643):0.055775):0.012524,((32:0.040069,(28:0.063809,31:0.025117):0.070543):0.014,(58:0.026101,(((59:0.0,60:2.53E-4):0.022824,(80:4.55E-4,81:5.67E-4):0.036329):0.009268,(76:0.0471,(((71:2.52E-4,(70:0.0,72:0.0):2.51E-4):0.018063,(12:0.061148,(((21:0.00579,22:0.012041):0.025858,(8:0.023776,(10:0.0017,20:0.003709):0.023155):0.005256):0.012309,((11:0.007251,16:0.01128):0.001384,((13:0.019373,18:0.012037):0.009040733333333334,(15:0.010312,(14:0.004134,17:0.004143):0.001148):0.003255):0.004815):0.004815):0.011813):0.016446):0.019735,((67:0.063194,(39:0.012508,(37:0.027806,(36:0.00451,(38:0.013926,(34:0.001767,35:0.002532):0.001953):0.002817):0.010958):0.012759):0.044178):0.008031,((65:0.042229,(55:0.016814,61:0.023728):0.008901):0.005512,((54:0.022409,((63:2.5E-4,64:0.0):0.021791,(56:0.010859,(((33:0.013233,68:0.062492):0.008253,(78:0.0,79:0.0):0.022251):0.003256,(75:0.01774,(57:0.012837,(73:0.0,74:0.0):0.011408):0.003684):0.005111):0.00401):0.003856):0.004477):0.001767,(((23:0.017677,(53:7.33E-4,69:5.16E-4):0.011148):0.00846,(30:0.037013,(62:0.00511,66:0.008655):0.013589):0.005961):0.004816,((77:0.011496,(1:0.00573,2:0.005291):0.01172):0.016021,(((25:0.0149745,26:0.010915):0.0149745,24:0.019976999999999998):0.019711,((9:0.022337,19:0.021342):0.008741,((7:0.012607,(4:0.007906,(5:0.0,6:0.0):0.00411):0.002962):0.005761,((48:2.51E-4,(52:0.0,(49:0.0,51:5.0E-4):2.5E-4):0.0):0.008203,((40:0.0,47:0.0):0.005201,(50:0.002863,(42:0.00101,(46:0.001006,(41:0.0,(43:0.001257,(44:5.05E-4,45:0.0):0.0):0.0):5.03E-4):0.001008):0.002492):0.00204):0.001822):0.003961):0.003159):0.006131):0.00874):0.00179):0.001658):0.003268):0.004918):0.013441):0.007072):0.003839):0.007739):0.029699):0.029585):0.0; END;