#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 11:06 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Harrington R.C., & Near T.J. 2011. Phylogenetic and coalescent methods of species delimitation in snubnose darters (Percidae: Etheostoma). Systematic Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11289] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=102; TAXLABELS Etheostoma_atripinne_A Etheostoma_atripinne_B Etheostoma_atripinne_C Etheostoma_atripinne_D Etheostoma_atripinne_E Etheostoma_atripinne_I Etheostoma_atripinne_J Etheostoma_atripinne_K Etheostoma_atripinne_O Etheostoma_atripinne_X Etheostoma_atripinne_Y Etheostoma_atripinne_Z Etheostoma_barrenense_A Etheostoma_occidentale_B Etheostoma_occidentale_C Etheostoma_occidentale_J Etheostoma_occidentale_L Etheostoma_occidentale_N Etheostoma_occidentale_O Etheostoma_occidentale_P Etheostoma_occidentale_V Etheostoma_occidentale_X Etheostoma_occidentale_Y Etheostoma_orientale_A Etheostoma_orientale_B Etheostoma_orientale_O Etheostoma_orientale_T Etheostoma_planasaxatile_A Etheostoma_planasaxatile_AB Etheostoma_planasaxatile_AI Etheostoma_planasaxatile_B Etheostoma_planasaxatile_C Etheostoma_planasaxatile_D Etheostoma_planasaxatile_E Etheostoma_planasaxatile_F Etheostoma_planasaxatile_J Etheostoma_planasaxatile_M Etheostoma_planasaxatile_O Etheostoma_planasaxatile_Q Etheostoma_planasaxatile_R Etheostoma_planasaxatile_S Etheostoma_planasaxatile_T Etheostoma_planasaxatile_Y Etheostoma_rafinesquei_B Etheostoma_simoterum_C Etheostoma_simoterum_D Etheostoma_simoterum_G Etheostoma_simoterum_H Etheostoma_simoterum_I Etheostoma_simoterum_K Etheostoma_simoterum_L Etheostoma_simoterum_N Etheostoma_simoterum_P Etheostoma_simoterum_R Etheostoma_simoterum_T Etheostoma_simoterum_U Etheostoma_simoterum_V Etheostoma_simoterum_W Etheostoma_simoterum_Y Etheostoma_tennesseense_AC Etheostoma_tennesseense_AL Etheostoma_tennesseense_AO Etheostoma_tennesseense_AP Etheostoma_tennesseense_AU Etheostoma_tennesseense_AV Etheostoma_tennesseense_BB Etheostoma_tennesseense_BC Etheostoma_tennesseense_BD Etheostoma_tennesseense_BH Etheostoma_tennesseense_BO Etheostoma_tennesseense_BW Etheostoma_tennesseense_BX Etheostoma_tennesseense_CF Etheostoma_tennesseense_CM Etheostoma_tennesseense_CO Etheostoma_tennesseense_CP Etheostoma_tennesseense_CV Etheostoma_tennesseense_D Etheostoma_tennesseense_DD Etheostoma_tennesseense_DE Etheostoma_tennesseense_DG Etheostoma_tennesseense_DI Etheostoma_tennesseense_DK Etheostoma_tennesseense_DN Etheostoma_tennesseense_DO Etheostoma_tennesseense_DP Etheostoma_tennesseense_DQ Etheostoma_tennesseense_DR Etheostoma_tennesseense_DS Etheostoma_tennesseense_DT Etheostoma_tennesseense_DX Etheostoma_tennesseense_H Etheostoma_tennesseense_I Etheostoma_tennesseense_J Etheostoma_tennesseense_L Etheostoma_tennesseense_P Etheostoma_tennesseense_Q Etheostoma_tennesseense_S Etheostoma_tennesseense_U Etheostoma_tennesseense_V Etheostoma_tennesseense_W Etheostoma_tennesseense_Y ; 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END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Etheostoma_atripinne_C Etheostoma_atripinne_D Etheostoma_atripinne_N Etheostoma_atripinne_Z Etheostoma_barrenense_A Etheostoma_occidentale_G Etheostoma_occidentale_X Etheostoma_orientale_A Etheostoma_orientale_C Etheostoma_orientale_D Etheostoma_orientale_F Etheostoma_orientale_P Etheostoma_planasaxatile_B Etheostoma_planasaxatile_C Etheostoma_planasaxatile_D Etheostoma_planasaxatile_L Etheostoma_planasaxatile_R Etheostoma_rafinesquei_B Etheostoma_simoterum_C Etheostoma_simoterum_I Etheostoma_tennesseense_AV Etheostoma_tennesseense_BC Etheostoma_tennesseense_BP Etheostoma_tennesseense_DF Etheostoma_tennesseense_I Etheostoma_tennesseense_J Etheostoma_tennesseense_L Etheostoma_tennesseense_Y ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=19; TAXLABELS Etheostoma_atripinne_A Etheostoma_atripinne_D Etheostoma_atripinne_P Etheostoma_barrenense_A Etheostoma_orientale_C Etheostoma_orientale_H Etheostoma_orientale_J Etheostoma_orientale_T Etheostoma_planasaxatile_B Etheostoma_planasaxatile_M Etheostoma_rafinesquei_B Etheostoma_simoterum_C Etheostoma_simoterum_H Etheostoma_tennesseense_A Etheostoma_tennesseense_AC Etheostoma_tennesseense_AD Etheostoma_tennesseense_AP Etheostoma_tennesseense_BO Etheostoma_tennesseense_P ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8063] TITLE rag; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=1285; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Etheostoma_atripinne_C 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Etheostoma_atripinne_D 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Etheostoma_orientale_A 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Etheostoma_orientale_C 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TTGGCCTCTTCCTTGGCCGTCGTTGACAGAGGTTAGTCGTGCTACTTTTCACAGCACTAGCTTTTCTATACTAAAATGTGTTTTAATGTTGTTTAATTCTCGGTGTACACCTACCGTGTACACCGTAAGGCTTTGATACGTTAGATGATGTGGTTTGTGTCGGCGGATGGCTGTTTATTATGACAAAATAAAGCGTAGTATAGAAGCTCCTATGAATAGTGTTCTCGTATCAGGGAGTAACGGCAGCTAGCAGGCCGTGCATGTGTTCAGGCAACAGCTAACTTATACCAGAGAAGCAAGGAGACTAAATAAGGAATATGTGTGTAGCGTGGCTGTGTTTTGTGTCTTGGGGG-TAATACATTTTT-CCCCCAGCTGTTCCATAAATTTGCTATCCTTG--ACTTAGCAACCTGCTCCTGGTTAGCATTTAGCCTAGCC-AATGTACATGCTGGCTTGATAGAGCTCCTCCAGGATACATGTCAAGTTACGTGTGTTAAGTTAAAGGTGCAATGCAATCCGTATATGTAACCCCATGTGTCTTTT-----ATTTCTCTTTCAGACACAAAGGCCA Etheostoma_tennesseense_Q 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TTGGCCTCTTCCTTGGCCGTCGTTGACAGAGGTTAGTCGTGCTACTTTTCACAGCACTAGCTTTTCTATACTAAAATGTGTTTTA{AG}TGTTGTTTAATTCTCGGTGTACACCTACCGTGTACACCGTAAGGCTTTGATACGTTAGATGATGTGGTTTGTGTCGGCGGATGGCTGTT{CG}ATTATGAC{AT}AAATAAAGCGTAGTATAGAAGCTCCTGTGAATAGTGTTCTCGTATCAGGGAGTAACGGCAGCTAGCAGGCCGTGCATGTGTTCAGG{AT}AACAGCTAACTTATACCAGAGAAGCAAGGAGACTAAATATG{GT}AATATGTGTGTAGCGTGGCTGTGTTTTGTGTCTTGGGGG-TAATAC{AC}TCTTT-CCCCCAGCTGTTCCATAAATTTGCTATCCTTG--ACTTAGCAACCTGCTCCTGGTTAGCATTTAGCCTAGCC-AATGTACATGCTGGCTTGATAGAGCTCCTCCAGGATACATGTCAAGTTACGTGTGTTAAGTTAAAGGTGCAATGCAATCCGTATATGTAACCCCAT{AG}TGTCTTTT-----ATTTCTCTTTCAGACACAAAGGCCA Etheostoma_tennesseense_U -----------------------------------------------------GCACTAGCTTTTCTATACTAAAATGTGTTTTAATGTTGTTTAATTCTCGGTGTACACCTACCGTGTACACCGTAAGGCTTTGATACGTTAGATGATGTGGTTTGTGTCGGCGGATGGCTGTTTATTATGACAAAATAAAGCGTAGTATAGAAGCTCCTATGAATAGTGTTCTCGTATCAGGGAGTAACGGCAGCTAGCAGGCCGTGCATGTGTTCAGGGAACAGCTAACTTATACCAGAGAAGCAAGGAGACTAAATATGGAATATGTGTGTAGCGTGGCTGTGTTTTGTGTCTTGGGGG-TAATACATCTTT-CCCCCAGCTGTTCCATAAATTTGCTATCCTTG--ACTTAGCAACCTGCTCCTGGTTAGCATTTAGCCTAGCC-AATGTACATGCTGGCTTGATAGAGCTCCTCCAGGATACATGTCTAGTTACGTGTGTTAAGTTAAAGGTGCAATGCAATCCGTATATGTAACCCCATATGTCTTTT-----ATTTCTCTTTCAGACACAAAGGCCA Etheostoma_tennesseense_V TTGGCCTCTTCCTTGGCCGTCGTTGACAGAGGTTAGTCGTGCTACTTTTCACAGCACTAGGTTTTCTATACTAAAATGTGTTTTAATGTTGTTTAATTCTCGGTGTACACCTACCGTGTACACCGTAAGGCTTTGATACGTTAGATGATGTGGTTTGTGTCGGCGGATGGCTGTTTATTATGACGAAATAAAGCGTAGTATAGAAGCTCCTGTGAATAGTGTTCTCGTATCAGGGAGTAACGGCAGCTAGCAGGCCGTGCATGTGTTCAGGGAACAGCTAACTTATACCAGAGAAGCAAGGAGACTAAATATGGAATATGTGTGTAGCGTGGCTGTGTTTTGTGTCTTGGGGG-TAATACATCTTT-CCCCCAGCTGTTCCATAAATTTGCTATCCTTG--ACTTAGCAACCTGCTCCTGGTTAGCATTTAGCCTAGCC-AATGTACATGCTGGCTTGATAGAGCTCCTCCAGGATACATGTCAAGTTACGTGTGTTAAGTTAAAGGTGCAATGCAATCCGTATATGTAACCCCAT{AG}TGTCTTTT-----ATTTCTCTTTCAGACACAAAGGCCA Etheostoma_tennesseense_W TTGGCCTCTTCCTTGGCCGTCGTTGACAGAGGTTAGTCGTGCTACTTTTCACAGCACTAGGTTTTCTATACTAAAATGTGTTTTAATGTTGTTTAATTCTCGGTGTACACCTACCGTGTACACCGTAAGGCTTTGATACGTTAGATGATGTGGTTTGTGTCGGCGGATGGCTGTTTATTATGACGAAATAAAGCGTAGTATAGAAGCTCCTGTGAATAGTGTTCTCGTATCAGGGAGTAACGGCAGCTAGCAGGCCGTGCATGTGTTCAGG{AT}AACAGCTAACTTATACCAGAGAAGCAAGGAGACTAAATATGGAATATGTGTGTAGCGTGGCTGTGTTTTGTGTCTTGGGGG-TAATACATCTTT-CCCCCAGCTGTTCCATAAATTTGCTATCCTTG--ACTTAGCAACCTGCTCCTGGTTAGCATTTAGCCTAGCC-AATGTACATGCTGGCTTGATAGAGCTCCTCCAGGATACATGTCAAGTTACGTGTGTTAAGTTAAAGGTGCAATGCAATCCGTATATGTAACCCCAT{AG}TGTCTTTT-----ATTTCTCTTTCAGACACAAAGGCCA Etheostoma_tennesseense_Y TTGGCCTCTTCCTTGGCCGTCGTTGACAGAGGTTAGTCGTGCTACTTTTCACAGCACTAGCTTTTCTATACTAAAATGTGTTTTAATGTTGTTTAATTCTCGGTGTACACCTACCGTGTACACCGTAAGGCTTTGATACGTTAGATGATGTGGTTTGTGTCGGCGGATGGCTGTTTATTAAGACGAAATAAAGCGTAGTATAGAAGCTCCTGTGAATAGTGTTCTCGTATCAGGGAGTAACGGCAGCTAGCAGGCCGTGCATGTGTTCAGGCAACAGCTAACTTATACCAGAGAAGCAAGGAGACTAAATATGGAATATGTGTGTAGCGTGGCTGTGTTTTGTGTCTTGGGGG-TAATACATCTTT-CCCCCAGCTGTTCCATAAATTTGCTATCCTTG--ACTTAGCAACCTGCTCCTGGTTAGCATTTAGCCTAGCC-AATGTACATGCTGGCTTGATAGAGCTCCTCCAGGATACATGTCAAGTTACGTGTGTTAAGTTAAAGGTGCAATGCAATCCGTATATGTAACCCCATGTGTCTTTT-----ATTTCTCTTTCAGACACAAAGGCCA ; END; BEGIN TREES; TITLE S7; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Etheostoma_barrenense_A, 2 Etheostoma_rafinesquei_B, 3 Etheostoma_atripinne_A, 4 Etheostoma_atripinne_B, 5 Etheostoma_atripinne_C, 6 Etheostoma_atripinne_D, 7 Etheostoma_atripinne_E, 8 Etheostoma_atripinne_I, 9 Etheostoma_atripinne_J, 10 Etheostoma_atripinne_K, 11 Etheostoma_atripinne_O, 12 Etheostoma_atripinne_X, 13 Etheostoma_atripinne_Y, 14 Etheostoma_atripinne_Z, 15 Etheostoma_occidentale_B, 16 Etheostoma_occidentale_C, 17 Etheostoma_occidentale_J, 18 Etheostoma_occidentale_L, 19 Etheostoma_occidentale_N, 20 Etheostoma_occidentale_O, 21 Etheostoma_occidentale_P, 22 Etheostoma_occidentale_V, 23 Etheostoma_occidentale_X, 24 Etheostoma_occidentale_Y, 25 Etheostoma_orientale_A, 26 Etheostoma_orientale_B, 27 Etheostoma_orientale_O, 28 Etheostoma_orientale_T, 29 Etheostoma_planasaxatile_B, 30 Etheostoma_planasaxatile_C, 31 Etheostoma_planasaxatile_E, 32 Etheostoma_planasaxatile_M, 33 Etheostoma_planasaxatile_R, 34 Etheostoma_planasaxatile_S, 35 Etheostoma_planasaxatile_Y, 36 Etheostoma_planasaxatile_A, 37 Etheostoma_planasaxatile_AB, 38 Etheostoma_planasaxatile_AI, 39 Etheostoma_planasaxatile_D, 40 Etheostoma_planasaxatile_F, 41 Etheostoma_planasaxatile_J, 42 Etheostoma_planasaxatile_O, 43 Etheostoma_planasaxatile_Q, 44 Etheostoma_planasaxatile_T, 45 Etheostoma_simoterum_C, 46 Etheostoma_simoterum_D, 47 Etheostoma_simoterum_G, 48 Etheostoma_simoterum_H, 49 Etheostoma_simoterum_I, 50 Etheostoma_simoterum_K, 51 Etheostoma_simoterum_L, 52 Etheostoma_simoterum_N, 53 Etheostoma_simoterum_P, 54 Etheostoma_simoterum_R, 55 Etheostoma_simoterum_T, 56 Etheostoma_simoterum_U, 57 Etheostoma_simoterum_V, 58 Etheostoma_simoterum_W, 59 Etheostoma_simoterum_Y, 60 Etheostoma_tennesseense_H, 61 Etheostoma_tennesseense_I, 62 Etheostoma_tennesseense_J, 63 Etheostoma_tennesseense_L, 64 Etheostoma_tennesseense_P, 65 Etheostoma_tennesseense_Q, 66 Etheostoma_tennesseense_S, 67 Etheostoma_tennesseense_U, 68 Etheostoma_tennesseense_V, 69 Etheostoma_tennesseense_W, 70 Etheostoma_tennesseense_Y, 71 Etheostoma_tennesseense_AC, 72 Etheostoma_tennesseense_AO, 73 Etheostoma_tennesseense_AL, 74 Etheostoma_tennesseense_AP, 75 Etheostoma_tennesseense_AU, 76 Etheostoma_tennesseense_AV, 77 Etheostoma_tennesseense_BB, 78 Etheostoma_tennesseense_BC, 79 Etheostoma_tennesseense_BD, 80 Etheostoma_tennesseense_BH, 81 Etheostoma_tennesseense_BO, 82 Etheostoma_tennesseense_BW, 83 Etheostoma_tennesseense_BX, 84 Etheostoma_tennesseense_CF, 85 Etheostoma_tennesseense_CM, 86 Etheostoma_tennesseense_CO, 87 Etheostoma_tennesseense_CP, 88 Etheostoma_tennesseense_CV, 89 Etheostoma_tennesseense_D, 90 Etheostoma_tennesseense_DD, 91 Etheostoma_tennesseense_DE, 92 Etheostoma_tennesseense_DG, 93 Etheostoma_tennesseense_DI, 94 Etheostoma_tennesseense_DK, 95 Etheostoma_tennesseense_DN, 96 Etheostoma_tennesseense_DO, 97 Etheostoma_tennesseense_DP, 98 Etheostoma_tennesseense_DQ, 99 Etheostoma_tennesseense_DR, 100 Etheostoma_tennesseense_DS, 101 Etheostoma_tennesseense_DT, 102 Etheostoma_tennesseense_DX; TREE con_50_majrule = [&R] 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END; BEGIN TREES; TITLE rag; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Etheostoma_barrenense_A, 2 Etheostoma_rafinesquei_B, 3 Etheostoma_atripinne_C, 4 Etheostoma_atripinne_D, 5 Etheostoma_atripinne_N, 6 Etheostoma_atripinne_Z, 7 Etheostoma_occidentale_G, 8 Etheostoma_occidentale_X, 9 Etheostoma_orientale_A, 10 Etheostoma_orientale_C, 11 Etheostoma_orientale_D, 12 Etheostoma_orientale_F, 13 Etheostoma_orientale_P, 14 Etheostoma_planasaxatile_B, 15 Etheostoma_planasaxatile_C, 16 Etheostoma_planasaxatile_D, 17 Etheostoma_planasaxatile_L, 18 Etheostoma_planasaxatile_R, 19 Etheostoma_simoterum_C, 20 Etheostoma_simoterum_I, 21 Etheostoma_tennesseense_AV, 22 Etheostoma_tennesseense_BC, 23 Etheostoma_tennesseense_BP, 24 Etheostoma_tennesseense_DF, 25 Etheostoma_tennesseense_I, 26 Etheostoma_tennesseense_J, 27 Etheostoma_tennesseense_L, 28 Etheostoma_tennesseense_Y; TREE con_50_majrule = [&R] 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