#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 16:08 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Roos C., Zinner D., Kubatko L., Schwarz C., Yang M., Meyer D., Nash S., Xing J., Batzer M., Brameier M., Leendertz F., Ziegler T., Perwitasari-farajallah D., Nadler T., Walter L., & Osterholz M. 2011. Nuclear versus Mitochondrial DNA: Evidence for Hybridization in Colobine Monkeys. BMC Evolutionary Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11297] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Chlorocebus_aethiops Colobus_guereza Homo_sapiens Macaca_sylvanus Nasalis_larvatus Pan_troglodytes Papio_hamadryas Piliocolobus_badius Pongo_abelii Presbytis_melalophos Procolobus_verus Pygathrix_nemaeus Rhinopithecus_avunculus Semnopithecus_entellus Simias_concolor Theropithecus_gelada Trachypithecus_obscurus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Chlorocebus_aethiops Colobus_guereza Homo_sapiens Macaca_sylvanus Nasalis_larvatus Pan_troglodytes Papio_hamadryas Piliocolobus_badius Pongo_abelii Presbytis_melalophos Procolobus_verus Pygathrix_nemaeus Rhinopithecus_avunculus Semnopithecus_entellus Simias_concolor Theropithecus_gelada Trachypithecus_obscurus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Chlorocebus_aethiops Colobus_guereza Homo_sapiens Macaca_sylvanus Nasalis_larvatus Pan_troglodytes Papio_hamadryas Piliocolobus_badius Pongo_abelii Presbytis_melalophos Procolobus_verus Pygathrix_nemaeus Rhinopithecus_avunculus Semnopithecus_entellus Simias_concolor Theropithecus_gelada Trachypithecus_obscurus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Chlorocebus_aethiops Colobus_guereza Homo_sapiens Macaca_sylvanus Nasalis_larvatus Pan_troglodytes Papio_hamadryas Piliocolobus_badius Pongo_abelii Presbytis_melalophos Procolobus_verus Pygathrix_nemaeus Rhinopithecus_avunculus Semnopithecus_entellus Simias_concolor Theropithecus_gelada Trachypithecus_obscurus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa5; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Chlorocebus_aethiops Colobus_guereza Homo_sapiens Macaca_sylvanus Nasalis_larvatus Pan_troglodytes Papio_hamadryas Piliocolobus_badius Pongo_abelii Presbytis_melalophos Procolobus_verus Pygathrix_nemaeus Rhinopithecus_avunculus Semnopithecus_entellus Simias_concolor Theropithecus_gelada Trachypithecus_obscurus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa6; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Chlorocebus_aethiops Colobus_guereza Homo_sapiens Macaca_sylvanus Nasalis_larvatus Pan_troglodytes Papio_hamadryas Piliocolobus_badius Pongo_abelii Presbytis_melalophos Procolobus_verus Pygathrix_nemaeus Rhinopithecus_avunculus Semnopithecus_entellus Simias_concolor Theropithecus_gelada Trachypithecus_obscurus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa7; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Chlorocebus_aethiops Colobus_guereza Homo_sapiens Macaca_sylvanus Nasalis_larvatus Pan_troglodytes Papio_hamadryas Piliocolobus_badius Pongo_abelii Presbytis_melalophos Procolobus_verus Pygathrix_nemaeus Rhinopithecus_avunculus Semnopithecus_entellus Simias_concolor Theropithecus_gelada Trachypithecus_obscurus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa8; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Chlorocebus_aethiops Colobus_guereza Homo_sapiens Macaca_sylvanus Nasalis_larvatus Pan_troglodytes Papio_hamadryas Piliocolobus_badius Pongo_abelii Presbytis_melalophos Procolobus_verus Pygathrix_nemaeus Rhinopithecus_avunculus Semnopithecus_entellus Simias_concolor Theropithecus_gelada Trachypithecus_obscurus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8084] TITLE SMCY11; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=618; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=- GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Chlorocebus_aethiops 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8089] TITLE UTY18; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=881; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=- GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Chlorocebus_aethiops 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Colobus_guereza 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Homo_sapiens 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Macaca_sylvanus 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Nasalis_larvatus 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Pan_troglodytes 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Papio_hamadryas 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Piliocolobus_badius 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Pongo_abelii 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Presbytis_melalophos GAATTTCCTTCTTTTGAAGACTGAATAATATTCCAGTGCATTTGTGTACCACATTTTCTTTATCTAGTAATGTGTTGAT----GGACATTTAGGTTGGTTTTCTACATCTTGACTATTATGAATAGTGTGGCAATGAACACAGGAGAGCTACTATCTGTTAGAGATGATAGCATAGTTTTTATCATCAGAAAACACCAACCGAGTTCTATGCTACTTTTGTTACCTGGGTGGAATAATAATACAGCTATTTATTCCTCATTTTAGATATCTTTGTATTTTTACA-----------------------------TATAATAAAAAAGCAGAATACTTAGTCATGTTGAAGAACTTTAGATTTTTAGTATTTCCAGATCAATCTTCAAAACAAGAACAGGTTTATCTTTCTCTTACCACTCAATCTATATATACTTCATGTGGGCAAGGTGAGTTTTTATCACTGGAGCCTTTCCCCTTCTTATTATGTACCTCTCCCTCATAGCAGAATCAGGACTTCAACTTTACACAATACTATGGCGCTACATAAGAATTCTTAAAAATACATTAAAAAA-TTGATAAATTCTGTCTAGAGTAGTATATTTTCCCTGGGGTTACAGTTACTTTCATAATAAAAATTAGAGATAAGGAAAGGACTCGTTTATTGGAAAGTGATTTTGGATAACATTTCTAGAAGAAAAATGTCTACATCTTAATAGTCACTTAATATGTGATAGATTGTGTTACTCCTCAGTTTTCAACAGCATATACTAAAAAATGGCCCTCTAGAAAGGGGGCAGATGAGATGAGAAACTATCTGAATGTTTTTCTGCCCTAGGTGAGTTCACATGCTGCTTAGAAGCTTATTTTCCCTTGATTTCTGTTACAATGATTGCTCTTACCCTTTAGTTTTAGGTTTTGAAATAGGAGTCATATAACTTTCCTTAAAGCTATTGACTGTCTTTTTGCCCTGTTTTATTCACCAT-AGTTATAGTGTGACAGTTAATT-----CTTATGAAAATTATATAGAGATGGTTAAATCATCGGAAACTCTAAACCTGGGTTGGGAGGAGAAGTGGATTTTTAAATAATTTCCTCACCAAGCTTAACCAGTACATTAAATCCTTTCTACTGTTCTTTGGCTATAAAGAAAAAAGATATTGTCCAGCAACTGAAACCTGCTTTCTTCCATTTAGCATACTC Procolobus_verus 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Pygathrix_nemaeus 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Rhinopithecus_avunculus 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Semnopithecus_entellus 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Simias_concolor 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Theropithecus_gelada 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Trachypithecus_obscurus 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Colobus_guereza 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Homo_sapiens 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Macaca_sylvanus 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Nasalis_larvatus 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Pan_troglodytes 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Papio_hamadryas 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Piliocolobus_badius 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Pongo_abelii GTTTATGTAGCTTAT--TCTATCCAAAGCAATGCACTGAAAATGTCTCGACGGGCCCACAC-GCCCCATAAACAAATAGGTTTGGTCCTAGCCTTTCTATTAGCTCTTAGTGAGGTTACACATGCAAGCATCCCCGCCCCAGTGAGT-CGCCCTCCAAGTCACTCTGACTAAGAGGAGCAAGCATCAAGCACGCAACAGCGCAGCTCAAGACGCTCAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAGACAGCAGTGATAAGTCTTTAGCAATAAACGAAAGTTCAACTAAGCTACACTAACCCCAGGGTTGGTCAACTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCACACGATTAGCCCAAGTTAATAGAGATCGGCGTAGAGAGTGTTTTAGATTCTTTTTCTCCCCAATAAAGCTAAAATTTACCTGAGTTGTAGAAAACTTAAGCTAATACAAAATAAACTACGAAAGTGGCTTTAATATATCTGAACACACAATAGCTAAGGCCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACTTTAACAGTTAAAT-CAACAAAACTGCTCGCCAGAACACTACGAGCCACAGCTTAAAACTCAAAGGACCTGGCGGTGCTTCATATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAATCGATAAACCCCGATCAACCTCACCACCCCTTGCTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTGATGAAGGCCA-CGAAGTAAGCGCAAGCATCCAC----ATAAAGACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATGGAGTGGCAAGAAATGGGCTACATTTTCTACTTCAGAAAA--CTACGATAGCCCTCATGAAACCTGAGGGTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAACTAAGAGTAGAGTGCTTAGTTGAACAGGGCCCTGAAGCGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAAGTATATTTC-AGGGACTACCTAACT-AAAACCCCCACGCATCTATATAGAGGAGGCAAGTCGTAACATGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACGAACCAGAGGGTAGCTTAACACAAAGCACCCGGCTTACACCTGGGAGATTTCAATTCAACCTGGCCCCTCTGAGCTAACCCTAGCCCCA-AACCCAACCCACCCTACTACCAACCA-ACC--------CTAACCAAACCATTCACCCAAAC-A-AAGTATAGGCGATAGAAATTAC--AATCCGGCGCAATAGACACAGTACCGTAAGGGAAAGA-TGAAAAAACA-CAACC-AAGCACAACATAGCAAGGACTAACCCCTGTACCTTTTGCATAATGAATTAACTAGAAACAACTTTGCAAGGAGAGCCA-AAGCCAAGACCCCCGAAACCAGACGAGCTACCCATAAACAGCTAAAAGAGCACACCCGTCTATGTAGCAAAATAGTGGGAAGATTTATGGGTAGAGGCGACAAACCTACCGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAAGACAGAATCTTAGTTCAACTTTAAATTTACTTACAGAACCCC-T------AATCCCCTCGTAAATTTAATTGCTAGTCTAAAGAGGAACAGCTCTTTAGACACTAGGAAAAAACCTTAAAAAGAGAGTAAAAAA--CACAA-CACCCATAGTGGGCCCAAAAGCAGCCATCAATTAAGAAAGCGTTCAAGCTCGACA-CCTAAACACC-AAAAAA---TACCAAACACAAAACTGAACTCCTTACTCCCCATTGGACTAATCTATTGCCCCATAGAAGAAACAATGTTAGTATAAGTAACATGAAGATATTCTCCCCC----GCATAAGTCTACGTCAGACCGAAACATCACACTGACAATTAACGGTCCAATATGCATAGTTAACAAATAAACTATTATTTTTTCCCCCCGTTAATCCAACACAGGCATGCCTATAA-GGAAAGGTTAAAAAAAGTAAAAGGAACTCGGCAAATCTCA-CCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGCATTACCAGTATTAGAGGCACCGCCTGCCCGGTGACATACGTTTAACGGCCGCGGTACCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCCTTAAATGGGGACTTGTATGAATGGCTTCACGAGGGTTCGACTGTCTCTTACTTTTAACCAGTGAAATTGACCTGCCCGTGAAGAGGCGGGCATAACATAACAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTTACCAGTGCAAATAACATACA---ACAAGCCCACAGG-CCCTAAA-TCACC---AAACC--TGCACTGAAGATTTCGGTTGGGGCGACCTCGGAGCACAACCCAACCTCCGAGA-AACACATGTTAAGACCTCACAAGTCAAAACGAACTTCCACACACAATTGATCCAACA-ACTTGACCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTGTTCTAGAGTCCATATCAACAACAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAA-AGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGCAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATTTCACATTTCTCCCTGTACGAAAGGACAAGAGAAATGGGGCCTACTTCACATAAGCGCCTTTCC-CAAACAAATGA-TATCATCTCAATTTAACACCACAC-C-AAC--ACCCA-CCCAAGAAAAGGGCTATGTTAAGATGGCAGAGCCCGGTAACTGCATAAAATTTAAAGCTTTACAGTCAGAGGTTCAACTCCTCTTCTTAACAATATGCCCATAATCAACCTCCTACTCCTCATTATATCCATCCTAATCGCCATAGCATTTCTAATGCTAACCGAACGAAAAATCCTAGGCCACACACAACTACGCAAAGGGCCCAACATTGTGGGCCCCTACGGCTTACTACAACCCTTTGCCGACGCCCTAAAACTATTCACCAAAGAACCCCTAAAACCCTCCACATCAACCATCACCCTTTACATTATTTCCCCCGCCCTAGCCCTTACCATTGCCCTCCTACTATGAACCCCCCTCCCTATGCCCATCCCCCTAATCAACCTCAACTTAGGCCTCCTATTTATCCTAGCCGCGTCAAGCCTAACCGTCTACTCCATCCTCTGATCAGGATGAGCATCTAACTCAAACTACGCCCTAATCGGCGCATTGCGGGCGGTAGCCCAAACGATCTCATACGAAATTACCCTAGCCCTTATCCTGTTATCAGTACTACTAATAAGCGGCTCTTTTAACCTCTCCGCCCTCATCACAACACAAGAACACTCATGACTACTTCTACCATCATGACCTCTAGCCCTAATATGATTTATTTCAACACTAGCAGAAACCAACCGAGCCCCCTTCGACCTCACCGAAGGAGAATCCGAACTAGTTTCGGGCTTTAACACTGAATACGCCGCAGGTCCATTCGCCCTATTCTTCATAGCCGAATATACAAACATTATCTTAATAAACGCCCTCACCACTATAATTTTCCTAGGAACAACATTCAACATCCACTCCCCAGAACTCTACACAACCCTCTTCACCATCAAAACCCTACTCCTAACCTCCCTATTCCTATGAATTCGATCAACATACCCCCGATTCCGCTACGACCAACTCATGCACCTTCTATGAAAAAATTTCCTGCCACTCACCCTAGCACTACTAATATGACACATCTCCGTACCCATTGCAACCTCCGGCATTCCCCCACAAACCTAAGAAATATGTCTGACAAAAGAGTTACTTTGATAGAGTAAAAAATAGAGGT-CTAAATCCCCTTATTTCTAGGATTATGGGAGTTGAACCCACCCCTGAGAATCCAAAATTCTCCGTGCCACCCATCACACCCTATCCTAAAGTAAGGTCAGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTATACCCTTCCCGTACTAATTAACCCCTTGGCCCAACCCATCATTTACCCCACCATCTTCACAGGCACGCTCATTACAGCACTGAGCTCCCACTGATTCTTTGCCTGACTGGGACTAGAAATAAATATACTCGCTTTCATCCCAGTCCTAACCAAAAAAACAAGCCCCCGCTCCACAGAAGCCGCCATTAAATATTTCCTCACACAGGCAACCGCATCCATAATCCTCCTGATAGCCATCCTCTACAACAACATACTTTCCGGACAGTGAACCACAACCA---ACACCACCAACCCATATTCATCTCTAATAATCGTAACCGCCCTAGCAATGAAGCTAGGAATAGCCCCCTTCCACTTTTGAGTCCCAGAAGTCACCCAAGGAGTCCCCCTGACATCCGGCTTACTCCTCCTTACATGACAAAAATTAGCCCCCATTTCAATTATATACCAAATATCTTCATCGGTAGACACAAACATCCTCCTCACCCTCTCAATTCTATCTATCCTAGTAGGCGGCTGAGGCGGACTAAACCAAACCCAACTACGCAAAATCCTGGCATACTCCTCAATCACCCATATAGGATGAATAATAGCAGTACTACCATATAACCCAGACATCACTATCCTCAACCTAATCATCTACATCATCCTGACAACTACCGCATTCCTAATCCTCGACTTAAACTCTAGTGTCACAATCCTAATATTAACCCGCACCTGGAACAAGCTGACATGACTAATACCCTTAATCCCATCAACCTTATTATCCCTAGGGGGCCTGCCACCACTAACCGGCTTCCTGCCCAAATGAGCCATCATTGAAGAATTTGCAAAAAATGGCAATCTCATTACCCCCACAATCATGGCTATTATCACCCTCCTCAACCTCTACTTCTACGTACGCCTAATCTACGCCACCTCAATCACACTACTCCCCATATCTAACAACGCAAAAATGAAATGACAGTTCGAAAACACAAAACCCACCCCTCTTCTCCCCACACTCACCATTCTTACCACCCTACTCCTACCTATCTCCCCTCTCATC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Presbytis_melalophos 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Procolobus_verus 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Pygathrix_nemaeus 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Rhinopithecus_avunculus 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Semnopithecus_entellus 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Theropithecus_gelada 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Trachypithecus_obscurus 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Presbytis_melalophos 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Procolobus_verus 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Pygathrix_nemaeus 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Rhinopithecus_avunculus 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Semnopithecus_entellus 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Simias_concolor 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Theropithecus_gelada 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Trachypithecus_obscurus 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Colobus_guereza 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Macaca_sylvanus 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Papio_hamadryas GTGGAGAAGCTTTCCTCTTTCTACTGTCATTCTAGAAGCTTCTGGGAAACCAGGGAAAGACAGCTTGAGTGTAGGTAAAAGTCCTAGTAACCAGACTGTAAAGCCCTGTCCTAGTCCAGGCACTAGATG-TGCATGATCTCGAATCCCTGAAAAGCATGTATCACTACGCCCGTTTTCTAGAGG-AAAAAAAAGTGGGGATTGACTAGGTCAAGTATCTTTTCTAGGGTCATGCAGCTAAT---------AAGTGGGACCCAAAATGTGAATATTAGTTTGTCTAATA-CCAAAATTTCCCCCAGGCTTAGCACTATGATCACCAGCCTGCAGGACAAATGCAGAATTTGAAGGATTATCCCCGCCCCTTACCAACCCCAATGGGCATTTCCAGTGCTCACCATACTTGAGCTCTCA-GCTGCAGTGTCA---CACACTTGCCTGGAAAGGTCATGATGCTCATCAGGCTTCTGTTTACTGCCCTGGACACAGAGCTGTGGCTACAGGAGCAAAGGCAGG-CCCTGAGCTAGCTTTACAGAACCATGACTCTCAAAGCCCCATTCCAGGGTGGACGGCCTCCATCTATCTTCCCTGCCCAGTGTGTAAGACCAAGGAACTTGTGCTCCTATCCAACGAGAAAGGACTGGAGAGATCAATGGGGGTGTGCCTGTGACCAGAGAAACACGCCATCATTTTCATGTCCATGCTTCTGTAATACACAGGCATTTTGCTGTAGCTTCTAGGACATACATTCAATAATATTACGAAGTGTAAATACAAATCAGAACCA-GGTGAATTCTAAATTCAAATAGATGTT-CAAGACTGGAAGTTAAAGATAGACTCAATTCTACAGATAGTGAGGTCCCAGAACTGTGAGGTCC-----AATATGGGAGCCA-CAAGCCA-CCT-GTGGCCACCGAGCATTT-GAAA-TGTGGCTCTCCCAAGTGGAGATGTGCTGGAGGTGT----------------AACGTGCATACCAGATTTTGAAGACATTACGGAAAAAAA--CCTCATTAATAATTTTATTTGATTACATTTTGAAATGGATGTATTTTGGATACATTGGCTTAAACAAAACATGATTAAAATTAACACCGTGGATTTCTTTTTGCTTGCTCAACATGGCTACTAGGGAACCTAAAATGACATCTATGGGCAGCATTCTGGCTCACGTTGCATTCCTGTTGGACAGTGCTGTCCTAGAGGGTTGTTCTTATGACATCACAAATTGGGTTTTTCTGAGTCCAAAGTGAAAAGGAAGTCAGGTCAGTTTAAGTGTTTTCATTATTCATGAAGAGAGAGGACGTCCCTTTCTCAGGAGAGTCAAGTCTTTCCTATCACTTGGCATAAAAAGGCCTCATTGGGAGTTGTCAAGCACTGAAATCCTCATGATTAGGCATGCATTCTTGTCCCCATTTTACGGATGCAGAAATCAAGGCTCAGAGAAGTCAAGTGGCTCACAAGTGGACACAAGGACACAGACTGAAA-CCCCAGGGCCTCCTCCATCACTGCAGGCCCAGGCAGGATAGAGAAGACAGGTGCTCCAGGGTCCTGACATGACCCCTATCCTGAAGGGCTTTATGTCTTCCAG Piliocolobus_badius 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Pongo_abelii 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Presbytis_melalophos 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Procolobus_verus 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Pygathrix_nemaeus GTGGAGAAGCTTTCCCCTTTCTACTGTCATTCTAGAAGCTTCTGGGAAACCAGGGAAAGACAGCTTGGGTGTAGGTAAAAGTCATAGTAACCAGACTGTAAGGCCCTGTCCTAGTCCAGGCACTAGATG-TGCATGATCTCGAATCCCTGAAAAGCATGTATCACTACGCCCATTTTCTAGAGG-AAGAAAAAGTGGGGATTGACTAGGCCAAGTATCTTTTCTAGGGTCATGCAGCTAAT---------AAGTGGAACCCAAAATGTGAATATTAGTTTGTCTAATA-CCAAAATTTCCCCCAGGCTTAGCACCATAATCACCAGCCTGCAGGACAAATGCAGAATTTGAAGGATTCTCCCCGCCCCTTACCAACCCCAATGGGCATTTCCAGTGCTCACCATACTTGAGCTCTCA-GCTGCAGTGCCA---CACACTTGCCTGGAAAAGTCATGATGTTCATCGGGCTTCTGTTCACTGCCCTGGACACAGAGCAGTGGCTA{CT}AGGAGCAAAGGCAGG-CCCTGAGC----TTTACAGAACCATGA{CT}TCTCAAAGCACCATTCCAGGGTGGATGGCCTCCATCTATCTTCCCTGCCCAGTGTGTAAGACCAAGGAATTTGTGCTCCTATCCAATGAGAAAGGACTGGAGAGATCAGTGGGGGTGTGCCTGTGACCAGAGAAACACCCCATCATTTTCATGTCCATGCTTCTGTAATACACAGGCATTTTGCTGTAGCTTCTAGGACATACATTCAACAATATTACCAAGTGTAAATACAAATCAGAACCA-GGTGAATTCCAAATTCAAATAGATGTT-CAAGACTGGAAGTTAAAGATAGACTCAATTCTACAGATAGTGAGGTCCCAGAACCGTGAGGTCC-----AATATGGGAGCCA-CAAGCCA-CCT-GCGGCCACCGAGCATTT-GAAA-TGTGGCTCTCCCAAGTTGAGATGTGCTGGAGGTGT----------------AACGTGCATACCAGATTTTGAAGACATTACAAAAAAAATA-CCTCATTAATAATTTTATTTGATTACATTTTGAAATGAATGTATTTTGGATACATTGGCTTAAACAAAACATGATTAAAATTAACACTGGGGATTTCTTTTTGCTTGCTCAACATGGCTACTAGGGAACCTAAAATGACATCTATGGGCAGCATTCTGGCTCACGTTGCATTCCTGTCGGACAGTGCTGTCCTAGAGGGTTGTTCTTACGGCATCACAAATTGGGTTTTTCTGAGTCCAAAGTGAAAAGGAAGTCAGGTCAGTTTAAGTGTTTTCATTATTCATGAAGAGAGAGGACGTCCCTTTCTCAGGAGAGTCAAGTCTTTCCTATCACTTGGCATAAAAAGGCCTCATTGGGAGCTGTCAAGCACTGAAATCCTCGTGATTGGGCTTGCATTCTTGTCCCCATTTTACGGATGCAGAAATCAAGGCTCAGAGAAGTCAAGTGGCTTACAAGTGGACACAAGGACACAGACCAAAA-CCCCAGGGCCTCCTCCATCACTGCAGGCCCAGGCAGGATAGAGAAGACAGGTGCTCCAGGGTCCTGACATGACCCCCATCCTGAAGGGCCTTATGTCTTCCAG Rhinopithecus_avunculus 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Semnopithecus_entellus 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Simias_concolor GTGGAGAAGCTTTCCCCTTTCTACTGTCATTCTAGAAGCTTCTGGGAAACCAGGGAAAGACAGCTTGGGTGTAGGTAAAAGTCATAGTAACCAGATTGTAAGGCCCTGTCCTAGTCCAGGCACTAGATG-TGCATGATCTCAAATCCCTGAAAAGCATGTATCACTACGCCCATTTTCTAGAGGGAAAAAAAAGTGGGGATTGACTAGGTCAAGTATCTTTTCTAGGGTCATGCAGCTAAT---------AAGTGGAACCCAAAATGTGAATATTAGTTTGTCTAATA-CCAAAATTTCCCCCAGGCTTAGCACCATAATCACCAGCCTGCAGGACAAATGCGGAATTTGAAGGATTCTCCCCGCCCCTTACCAACCCCAATGGGCATTTCCAGTGCTCACCATACTTGAGCTCTCA-GCTGCAGTGCCA---CACACTTGCCTGGAAAAGTCATGATGTTCATCGGGCTTCTGTTCACTGCCCTGGACACAGAGCAGTGGCTACAGGAGCAAAGGCAGG-CCCTGAGC----TTTACAGAACCATGACTCTCAAAGCCCCATTCCAGGGTGGATGACCTCCATCTATCTTCCCTACCCAGTGTGTAAGACCAAGGAACTTGTGCTCCTATCCAATGAGAAAGGACTGGAGAGATCAATGGGGGTGTGCCTGTGACCAGAGAAACACCCCATCATTTTCATGTCCATGCTTCTGTAATACACAGGCCTTTTGCTGTAGCTTCTAGGACATACATTCAATAATATTAGCAAGTGTAAATACAAATCAGAACCA-GTTGAATTCTAAATTCAAATAGATATT-CAAGACTGGAAGTTAAAGATAGACTCAATTCTACAGATAGTGAGGTCCCAGAACCGTGAGGTCC-----AATATGGGAGCCA-CAAGCCA-CCT-GCGGCCACCGAGCATTT-GAAA-TGTGGCTCTCCCAAGTTGAGATGTGCTGGAGGTAT----------------AACGTGCATACCAGATTTTGAAGACATTACAAAAGAAAA--CCTCATTAATAATTTTATTTGATTACATTTTGAAATGAATGTATTTTGGATACATTGGCTTAAACAAAACATGATTAAAATTAACACCGGGGATTTCTTTTTGCTTGCTCAACATGGCTACTAGGGAACCTAAAATGACATCTATGGGCAGCATTCTGGCTCACGTTGCATTCCTGTCGGACAGTGCTGTCCTAGAGGGTTGTTCTTACGACATCACAAATTGGGTTTTTCTGAGTCCAAAGTGAAAAGGAAGTCAGGTCAGTTTAAGTGTTTTCATTATTCATGAAGAGAGAGGACGTCCCTTTCTCAGGAGAGTCAAGTCTTTCCTATCACTTGGCATAAAAAGGCCTCATTGGGAGCTGTCAAGCACTGAAATCCTCGTGATTGGGCTTGCATTCTTGTCCCCATTTTACGGATGCAGAAATCAAGGCTCAGAGAAGTCAAGTGACTCACAAGTGGACACAAGGACACAGACCAAAA-CCCCAGGGCCTCCTCCATCACTGCAGGCCCAGGAAGGATAGAGAAGACAGGTGCTCCAGGGTCCTGACATGACCCCCATCCTGAAGGGCCTTATGTCTTCCAG Theropithecus_gelada 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Trachypithecus_obscurus 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Papio_hamadryas 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Rhinopithecus_avunculus 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Semnopithecus_entellus 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Theropithecus_gelada 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Trachypithecus_obscurus TGTAGGCTGCACTGTGAGAAGGTAAGACTACAGAGCATAGGCACATATTAACAGAGCCTTAGGCATTTTTGCTTGTAAAGTCTCTCCCATGAACCACTCTCCCAAACAACAGCCATAATCTTTCTCCTTTCTGCTACTGAAGAAAATGTGGTCAAAGCAAGAATAATAAGGTTTTGGTCTAAGAAATCTGAACACCTAAGAGCTTAAAAGCAGGCAATCCAGCTTTCAATTTGAAATCCAACAGGAATCCCTTAAGCTTAATTAGGAATTTGGTCACTGAAAACTTTATTTTGTGGAAATAACTAAATGTTTTCTCACAATGCAAACGTGTGGCAGGTCTTTAAATGTGATTCACTGGGGCTGAGTCCAAAACCTTACTAGATACTAGTACCATCTACCCTAAAGCAGCTGCTCTTTCCAACCAACTAGCTCAGCGTTGTGGTTTTCACAAAGTGACAGCCAAAGTGAGTTTATATTATTATGGCATCAGAATTTATATTAGTTTCCTAAGTCCCAGTGAAGAAATTTCCACATCCTGTCAGTAATTAGCTAAGTGCTATTCACATGTTACCTCTAATCTTTGTAAGAATTCTGAGTTAATTATTACTGTAATCCTTTACAGATTAGAAAATGGAGTCTCAGCAGGAGTAAGTGACTTTCTGCAAGTCAGAGTTATTATGATTTCAGCTGTAATAAGGCTTTTCATAAGCACAGAAAGCTGAAGTTATTTTTAACTGAATAACTTATTATATGGACAGAAACATATTTTAAAGTGGTATTT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTGTGGATAAGACTGTTCCTCAGAGATAAAAAAA-----------GCTATCGTTTTCGGTTCTAGTTCTAGCAGTTTTATGCATACGCACTACGCATATAAGGCAAATTGCTGCCCACAAGGTGTCAGGATAGGGTTATATCAAAACCAACGTTCTTTATGGAGTTGTGCTTATGAATTCAAATTATAACAAATCTGCAGATAGAAGTACTGGAAGAATTTCTTTACAACAGGAATGATCTGAGTAGGACAAGACTTGCTGTAAGATAGAGAAGACTCAAAAGCAGTAGAATTTTTAGAAAAGTGTACTGGATTTGTGGCTAAGATACTTGGATTTCAGTAATATTTAAATACTCTTTGTGCTGTTCTGATATGCTCTTTCCCTTCTGTGAGTTTCATTTCCTCATTATTAAAATAATATGATTTAAACTAGATGACCTTTAACTCCCTTCTAGCTCTCATTTGGTGTGATTTCATGAGCATTCCCCCTCTGAACCCTGCCCCTAACTAATACCATCACCATTGCGACTGCTGCCACTTATGCAGCTGGTACCAACTCCATAAATCTTCGCTCTCAATCTTCCCCGTCTTTTCACCCCTCATCAGTAAGTCACTGACACCACTAAGTAAACATGTTTATCAAATTTACTTCTCCATTTTATTTGATGCTGAGGCCTGTCTGTGGGCTAGTCATCCTGGGAAGAGAAGAAATAATTAAACAGAAAAAAAA-GTTGCTGATGGGGGCCCCTCCCACTCTCTAGAGGACAACTTTTAAATGTCATCTGGGAACTTAACTTGCTTTGCCTCATCTTATATTTTTCTTTCATTTTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AACCACTAAATTTCACATGAATTATCCAAAACAATCTGATCTCCATGACCCCGGT{AG}TTCTTCATTCAGCCGTTTACAACCAGAACCAAAGAGTAGCAGCTAGAATTGGAAACTCTTCTGTTTCCTGAATAAATCTATATCAACTCCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATAAGCCTGTTTGACATCCAAAACACACAAATTTGGACACATTCTGCAAGTATAGACATTTTCCTCTGTTAGAGGAAGTGAAAATTATTTTTATCCTTAAAATGAATTAAAGCAATTA-GACCACTACCAAG-CAACAACTTAAAGTTTGAATCTGAACTTTTATGCATGAATCTGTATTGGATTTTCAATCATTTAGGAAGGTGGCCTAATTAGATATCATTTTT-GCAGTTGTGGCAGCATTTTATGGGTGGAAATAATCATGTTCTTTGGGAAGACCTGGTACCATATCATGTCTCAGTTGTTGGTTCTCTAGCCTGAAACAATTCACTTCATATCCCCGGGCTTCAGTTTCCTCTTTCATAAAATTAGAATAGTTTCTGTCACATAATTTGTTTTAAACATTAAAGAAAAATGTGTGTGAAAATAATAATCTGAGTAAACAGACAATTCCCAGAATGGGAGAAAATATTTGCAGACTATGCATCTGACAAAGGACTAGAAACTAGCATCTACAAGGAACTCAAACAAGTAAGCAAGAGAAAAAGAAATAATCTCATTATAAACTGCTCAAAGGACATAAATAGAGATCCCTCAAAAGAAGATATACAAATGGCCAACAAACATGAAAAAAA-TGCTCGACATCACTAATCATCAGATAAATGCAAATTAAATCCAGAATAAAATAGCACCTTACTGCAA--ATGGCTATTACTAAAAAGCCAAGAAAAA--TAGATACTGGTATGTATGTGGATAAAAGAGAATGCTTGTACACTGCTGGTGGGAATGTAAATTAATACAATTTCTATAGAAAATAGTATGGAGATTCTTCAAAGAGCTACAAGTAAATCTACCATTTGATACAGCAATCCTACTAATTACAATTGCAAAGATGTGTAATGAATCTACGTGCCAATTGACTAACGAGTGG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; END; BEGIN TREES; TITLE nj_tree; LINK TAXA = Taxa6; TRANSLATE 1 Chlorocebus_aethiops, 2 Colobus_guereza, 3 Homo_sapiens, 4 Macaca_sylvanus, 5 Nasalis_larvatus, 6 Pan_troglodytes, 7 Papio_hamadryas, 8 Piliocolobus_badius, 9 Pongo_abelii, 10 Presbytis_melalophos, 11 Procolobus_verus, 12 Pygathrix_nemaeus, 13 Rhinopithecus_avunculus, 14 Semnopithecus_entellus, 15 Simias_concolor, 16 Theropithecus_gelada, 17 Trachypithecus_obscurus; TREE PAUP_1 = [&R] ((9:0.072576,(3:0.028845,6:0.032283):0.035741):0.052051,((1:0.066114,(4:0.057029,(7:0.034056,16:0.029212):0.029702):0.01247):0.028775,((2:0.066249,(8:0.050853,11:0.043707):0.015858):0.013785,((10:0.065397,(14:0.058878,17:0.050313):0.011605):0.003497,((5:0.016171,15:0.016453):0.034982,(12:0.052951,13:0.047427):0.005357):0.011253):0.019644):0.037931):0.052051); END;