#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 5:41 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ivors K., Hayden K., Bonants P., Rizzo D., & Garbelotto M. 2004. AFLP and phylogenetic analyses of North American and European populations of Phytophthora ramorum. Molecular Ecology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1129] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS Nephroselmis_olivacea Phytophthora_cactorum Phytophthora_cambivora Phytophthora_capsici Phytophthora_cinnamomi_P2444_A2 Phytophthora_cinnamomi_P6379_A1 Phytophthora_cryptogea Phytophthora_erythroseptica Phytophthora_gonapodyides Phytophthora_hibernalis_379 Phytophthora_hibernalis_380 Phytophthora_ilicis Phytophthora_infestans Phytophthora_lateralis_PL27 Phytophthora_lateralis_PL33 Phytophthora_megasperma Phytophthora_nemorosa Phytophthora_nicotianae Phytophthora_palmivora Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU16_Germany Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU25_Italy Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU4_Germany Phytophthora_pseudosyringae_P40_US Phytophthora_psychrophila Phytophthora_quercina Phytophthora_ramorum_BBA12.98_Germany Phytophthora_ramorum_Phyram1_Spain Phytophthora_ramorum_Pr102_US Phytophthora_ramorum_PrSDC21.6_US Phytophthora_sojae Phytophthora_syringae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=49; TAXLABELS Peronophythora_litchii Phytophthora_arecae Phytophthora_boehmeriae Phytophthora_cactorum_385 Phytophthora_cactorum_SB2079 Phytophthora_cambivora Phytophthora_capsici_302 Phytophthora_capsici_P141 Phytophthora_cinnamomi_Cn.2_A2 Phytophthora_cinnamomi_P6379_A1 Phytophthora_citricola Phytophthora_colocasiae Phytophthora_cryptogea Phytophthora_drechsleri_301 Phytophthora_drechsleri_ATCC Phytophthora_erythroseptica_355 Phytophthora_erythroseptica_IMI34684 Phytophthora_fragariae_ATCC13973 Phytophthora_fragariae_rubi Phytophthora_gonapodyides Phytophthora_heveae Phytophthora_hibernalis_ATCC_379 Phytophthora_hibernalis_ATCC_380 Phytophthora_ilicis_4175a Phytophthora_ilicis_ATCC_56615 Phytophthora_infestans_176 Phytophthora_infestans_WV4 Phytophthora_lateralis_PL27 Phytophthora_lateralis_PL33 Phytophthora_megakarya_327 Phytophthora_megakarya_328 Phytophthora_megasperma_309 Phytophthora_megasperma_695T Phytophthora_mirabilis Phytophthora_nemorosa Phytophthora_nicotianae_331 Phytophthora_nicotianae_332 Phytophthora_palmivora_P1.10 Phytophthora_palmivora_P1.14 Phytophthora_phaseoli Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU16_Germany Phytophthora_pseudosyringae_P40_US Phytophthora_pseudotsugae Phytophthora_ramorum_BBA12.98_Germany Phytophthora_ramorum_Pr102_US Phytophthora_sojae_312 Phytophthora_syringae_IMI296829 Phytophthora_syringae_PDR115773A Pythium_aphanidermatum ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=71; TAXLABELS Peronospora_sparsa Phytophthora_arecae Phytophthora_botryosa Phytophthora_brassicae Phytophthora_cactorum_IMI296524 Phytophthora_cactorum_P25 Phytophthora_cajani Phytophthora_cambivora Phytophthora_capsici Phytophthora_cinnamomi_P2444_A2 Phytophthora_cinnamomi_P6379_A1 Phytophthora_citricola Phytophthora_citrophthora Phytophthora_clandestina Phytophthora_colocasiae Phytophthora_cryptogea Phytophthora_drechsleri Phytophthora_erythroseptica Phytophthora_europaea Phytophthora_fragariae_fragariae Phytophthora_fragariae_rubi Phytophthora_gonapodyides_393 Phytophthora_gonapodyides_P245 Phytophthora_heveae Phytophthora_hibernalis_379 Phytophthora_hibernalis_380 Phytophthora_humicola Phytophthora_idaei Phytophthora_ilicis Phytophthora_infestans Phytophthora_inflata Phytophthora_inundata Phytophthora_iranica Phytophthora_katsurae Phytophthora_lateralis_PL27 Phytophthora_lateralis_PL33 Phytophthora_medicaginis Phytophthora_megakarya Phytophthora_megasperma_309 Phytophthora_megasperma_IMI133317 Phytophthora_melonis Phytophthora_mirabilis_CBS678.85 Phytophthora_multivesiculata_CBS545.96 Phytophthora_nemorosa Phytophthora_nicotianae Phytophthora_palmivora Phytophthora_phaseoli Phytophthora_pistaciae Phytophthora_primulae Phytophthora_pseudosyringa Phytophthora_pseudotsugae Phytophthora_psychrophila Phytophthora_quercina_IFBQUE4 Phytophthora_quercina_QUE7 Phytophthora_ramorum_BBA12.98_Germany Phytophthora_ramorum_Pr102_US Phytophthora_sinensis Phytophthora_sojae Phytophthora_sp._Apple_Cherry_P462 Phytophthora_sp._asparagus_UQ2141 Phytophthora_syringae Phytophthora_taxon_Forestsoil_P1054 Phytophthora_taxon_Oaksoil_P1055 Phytophthora_taxon_Pgchlamydo_P510 Phytophthora_taxon_Raspberry_P896 Phytophthora_taxon_Salixsoil_P878 Phytophthora_taxon_Walnut_P532 Phytophthora_tentaculata Phytophthora_trifolii Phytophthora_uliginosa Phytophthora_vignae ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M152] TITLE cox_II; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=568; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=: GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Peronophythora_litchii 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CCGTATCAA--CCCAATTAG-TTGGGGGCCT---GCTC-TGGGCGGC--GGCTGTCGATGTCAAAGTCGAC-GGCTG-CTGC-TGCGTGGCGGGCCCTATCACT-----GGCGAGC-G-TTTGGGTCCCTCTCG-GGGGAACT-GAGCTAGTAGCC----TCTCTTTTAAACCCATTCTGTAAT-ACTGAACATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTCTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGATGGAGGTGC-CAGACGTGAGGTGTCTTGCGGGC---G-GTC-TTCGGA-CT--GGCTGTGAGTCCCTTGAAATGTACTG-AACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGCG-TGACGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTATGGCCAGTC-GGCGACCGGTTT-GTCTGCTGCGGCG-TTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAAA-GCGCTTATTGGATGTTCTT-CCTGCTGT-GGCGGTACGGATCGGTGAACCGTAGCTGTGCTA-GGCTTGGCGTTTGAACCGGCG-GTGTTG-TTGCGAAGTAGGGTGGCG---GCTTCGGC-----------TG----TCGAGGG-TCGATCCAT-TTGGGAACTCT--GTG---TC-TCTGCGGCGCACTT---G-TGTGCTTGTGG-TGGCATCTCAA Phytophthora_citricola 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CCGTATCAA--CCCTTTTAG-TTGGGGGTGTT--GCT--TGGC--A-----------------------TTTTGCTGA----------G--GCGCCCTATCAT------GGCGAAT-G-TTTGGA----CTTCG----GT-CT-GGGCTAGTAGC---TTTTTGTTTTAAACCC-TTTAACAAT-ACTGATTATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGA-GGATGTGC-CAGATGTGAAGTGTCTTGCGGTTTGTGTGCC-TTCGGG-CCGAGGCTGCGAGTCCTTTGAAATGTACTG-AACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGCG-TGGTGATGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGCGTGGCCAGTC-GGCGACCGGTTT-GTCTGCTGCGGCG-TTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAGA-C-GCTTATTGTATGCTTTT-CCTGCTGT-GGCGTGATGGGCTGGTGAACCGTAGCTGTGTGT-GGCTTGGCTTTTGAATCGGCT-TTGCTG-TTGCGAAGTAGAGTGGCG---GCTTCGGC-----------TG----TCGAGTG-TCGATCCATTTTGGGAACTTTT-GTG--------TGCG-C---TTTCGAG-TG----------T-GCATCTCAA Phytophthora_cryptogea CCGTATCAA--CCTTTTTAATTTGGGGG-CTT--CCGTCTGGCCGGCC-GGTT----------------TTCGGCTGG---C-TGGGTGGCG-GCTCTATCAT------GGCGAC-CGCT-TGGG----CCTCG----GC-CT-GGGCTAGTAGCG--TAT---TTTTAAACCCATTCCT-AATTACTGAATATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACACTAAACTTGGCTCCCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGATGGGGACGCGCAGATGTGAAGTGTCTTGCGGCT---G-GTC-TTCGGT-CC--GGCTGCGAGTCCTTTGAAATGTACTA-CACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGCG-TGACGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTGTGGCATGTC-GGCGACCGGTTT-GTCTGCTGCGGCG-TTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAGA-C-GCTTATTGGGTGCTTTT-CCTGCTGT-GGCTGGATGGACTGGTGAACCGTAGCTGTGCTA-GGCTTGGCGTTTGAACCGGCG-GTGTGG-T-GCGAAGTAGGGTGTC---TGTTCTGGCGTAAGCTGGGGTG---GACGAGGG-TCGATCCAT-TTGGGAAACGTT-G--------TGTGCG-C----TTCG-GC-G--C---------GCATCTCAA Phytophthora_drechsleri CCGTATCAA--CCTTTTTAAATTGGGGG-CTT--CCGTCTGGCCGGCC-GGTT----------------CTCGGCTGG---C-TGGGTGGCG-GCTCTATCAT------GGCGAC-CGCC-TGGG----CCTCG----GC-CT-GGGTTAGTAGCG--TATT--TTTTAAACC-ATTCCT-AATTACTGAAAAAACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACACTAAACTTGGCTCCCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGATGGGGACGCGCAGATGTGAAGTGTCTTGCGGCT---G-GTC-TTCGGT-CC--GGCTGCGAGTCCTTTTAAATGTACTA-CACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGCG-TGACGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTGTGGCATGTC-GGCGACCGGTTT-GTCTGCTGCGGCGTTTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAGA-C-GCTTATTGGGTGCTTTT-TCTGCTGC-GGCGGGATGGACTGGTGAACCGTAGCTGTGCTA-GGCTTGGCGTTTGAACCGGCG-GTATTG-T-GCGAAGTAGGGTGTC---TGTCTCGGCGCAAGCTGGGGTG---GGCGAGGG-TCGATCCAT-TTGGGAAACGTT-G--------TGTGCG-C----TTCG-GC-G-----------TGCATCTCAA Phytophthora_erythroseptica CCGTATCAA--CCTTTTTAAATTGGGGG-CTT--CCGTCTGGCCGGCC-GGTT----------------TTCGGCTGG---C-TGGGTGGCG-GCTCTATCAT------GGCGAC-CGCT-TGGG----CCTCG----GC-CT-GGGCTAGTAGCG--TAT---TTTTAAACC-ATTCCT-AATTACTGAATATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACACTAAACTTGGCTCCCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGATGGGGACGCGCAGATGTGAAGTGTCTTGCGGCT---G-GTC-TTCGGT-CC--GGCTGCGAGTCCTTTGAAATGTACTA-CACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGCG-TGACGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTGTGGCATGTC-GGCGACCGGTTT-GTCTGCTGCGGCG-TTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAGA-C-GCTTATTGGGTGCTTTT-CCTGCTGT-GGCTGGATGGACTGGTGAACCGTAGCTGTGCTA-GGCTTGGCGTTTGAACCGGCG-GTGTGG-T-GCGAAGTAGGGTGTC---TGTTCCGGCGTAAGCTGGGGTG---GACGAGGG-TCGATCCAT-TTGGGAAACGTT-G--------TGTGCG-C----TTCG-GC-G--C---------GCATCTCAA Phytophthora_europaea CCGTATCAA--CCCATTTAG-TTGGGGG-CTT--GTCC-TGG-TGGC-TGGCTGTCGATGTCAAAGTTGAC-GGCT-GCTGC-TGTGTGGCGGGCCCTATCAT------GGCGAGC-G-TTTGGGTCCCTCTCG-GGGGAACT-GAGCCAGTAGCCC--TTTTCTTTTAAACCCATTCTTGAAT-ACTGAATATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTCTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGATGGGGACGC-CAGACGTGAGGTGTCTTGCGGGT---G-GTC-TTCGGG-CT--GCCTGCGAGTCCCTTGAAATGTACTG-AACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGCG-TGACGTTGTTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTGTGGCCAGTC-GGCGACCGGTTT-GTCTGCTGCGGCG-TTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAA-TGCGCTTATTGGACGTTCTT-CCTGCTGT-GGCGGTACGGATCGGTGAACCGTAGCTGTGCGA-GGCTTGGCTTTTGAACCGGCG-GTGTTGGTCGCGAAGTAGGGTGGCG---GCTTCGGC-----------TG----TCGAGGGGTCGATCCAT-TTGGGAACAT---GTG---TC-TCTGCGGCGCGCTTCG-G-TGTGCTGCGGG-TGGCATCTCAA Phytophthora_fragariae_fragariae CCGTATCAA--CCCACTTAG-TTGGGGGCCT---GTCC-TGGC-GGC-TGGCTGTCGATGTCAAAGTTGAC-GGCTG-CTGC-TGTGTGTCGGGCCCTATCAT------GGCGAGC-G-TTTGGGTCCCTCTCG-GGGGAACT-GAGCCAGTAGCCC--TTTTCTTTTAAACCCATTCTTGAAT-ACTGAATATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTCTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGATGGGGACGC-CAGACGTGAGGTGTCTTGCGGGT---G-GCC-TTCGGG-CT--GCCTGCGAGTCCCTTGAAATGTACTG-AACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGCG-TGACGTTGTTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTGTGGCCAGTC-GGCGACCGGTTT-GTCTGCTGCGGCG-TTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAA-TGCGCTTATTGGACGTTCTT-CCTGCTGT-GGCGGTACGGATCGGTGAACCGTAGCTGTGCGA-GGCTTGGCCTTTGAACCGGCG-GTGTTGGTCGCGAAGTAGGGTGGCG---GCTTCGGC-----------TG----TCGAGGGGTCGATCCAT-TTGGGAACTT---GTG---TC-TCTGCGGCGCGCTTCG-G-TGTGCTGCGGG-TGGCATCTCAA Phytophthora_fragariae_rubi CCGTATCAA--CCCACTTAG-TTGGGGGCCT---GTCC-TGGC-GGC-TGGCTGTCGATGTCAAAGTTGAC-GGCTG-CTGC-TGTGTGTCGGGCCCTATCAT------GGCGAGC-G-TTTGGGTCCCTCTCG-GGGGAACT-GAGCCAGTAGCCC--TTTTCTTTTAAACCCATTCTTGAAT-ACTGAATATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTCTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGATGGGGACGC-CAGACGTGAGGTGTCTTGCGGGT---G-GCC-TTCGGG-CT--GCCTGCGAGTCCCTTGAAATGTACTG-AACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGCG-TGACGTTGTTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTGTGGCCAGTC-GGCGACCGGTTT-GTCTGCTGCGGCG-TTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAA-TGCGCTTATTGGACGTTCTT-CCTGCTGT-GGCGGTACGGATCGGTGAACCGTAGCTGTGCGA-GGCTTGGCCTTTGAACCGGCG-GTGTTGGTCGCGAAGTAGGGTGGCG---GCTTCGGC-----------TG----TCGAGGGGTCGATCCAT-TTGGGAACTT---GTG---TCTTCTGCGGCGCGCTTCG-G-TGTGCTGCGGG-TGGCATCTCAA Phytophthora_gonapodyides_393 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CCGTATCAA--CCCCTTAAGATTGGGAG-CTT--GCTC--GGC-GGCGTGCGTGCTGGCCTGTAA-TGGGTCGGCGTGCTGC-TGCTGGGCGGGCTCTATCATG-----GGCGAG-CG-TTTGGG----CTTCG----GC-TC-GAGCTAGTAGC---TTTTTCTTTTAAACCCCTTCTTTAATTACTGAA-ATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTCGTCCTGGAAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAACCTTGGTTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGA-GGATATGC-CAGACGTGAAGTGTCTTGCTAGC---G-GTCTTTCGAGTCT--GCCGGCGAGTCCTTTGAAATGTACTG-AACTGTACTCTCTCTTTGCTCGAAAAGCG-TGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCCGTATGGCCAGTC-GGCGACCGGTTT-GTTAGCTGTAGTA-TATACTGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAA-TCTGCTTATTGGGTGCTTTT-CCTGCTATTGGCGGTACAAACTGGTGAACCGTAGCTGTGTGG-AGCTTGGCTTTTGAATCGGCT-TTGCT--T-GCGAAGTAGAGTGGCG---GCTTCGGC-----------TG----CCGAGGGGTCGATCCATTTTGGGAAAT-TATGTG------TGTGCGGC----TTCGTGCTG--C--GC-----GCATCTCAA Phytophthora_iranica 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CCGTAACAAA-CC-AA-TAG-TTGGGGG-CGA--GTT--TGGC-GGC--GGCTGCTGGC------TTTGGCTGGCTGGCTGC-TGCTGGACGAGCTCTATCAT------GGCGAG-CG-TTTGGA----CTTCG----GT-CT-GAACTAGTAGCCC---TT-CTTTTAAACCCATTTCT-AATTACTGATTATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACAACAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGA-GGAGATGC-CAGATGTGAAGTGTCTTGCGGCT---G-GT-TCTCGAA-CT--GGCTGCGAGTCCTTTGAAATGTACTG-AACTGTACT-CCTCTTTGCTCAAAAAGCA-TGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTGTGGCATGTC-GGCGACCGGTCT-GTCTGCTGCGGCG--TTAATGGAGGCGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATGC-GCTTATTGGATGTGTTT-CCTGCTGT-GGCGGTAATGGCTGGTGTACCGTAGCTATGTGG-CGCTTGGCTTTTGAATCGGCT-TTGCTG-TTGTGAAGTAGAGTGGCG---GCTTCGGC-----------TG----TCGAGGG-TCGATCCAT-TTGGGAAAT-TT-GTG------TGTGC--CTTTATT-G-GC-G----------T-GCATCTCAA Phytophthora_lateralis_PL27 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???????????????????????????????????AATTCATGCAGCAACAATGGTAACCGCTGGTGTATATTTAACAGCACGTTGTTCACCTATGTTTGAATATTCAATGTTTTCTTTAAAAGTAATTACAGTAATAGGTGCTTCAACAGCTTTTTTTGCAAGTACTGTAGGATTAGTACAAAATGATTTTAAAAAAATTGTTGCTTATTCTACATGTAGTCAATTAGGTTATATGTTTTTTGCTTGCGGTTTATCAAATTATCCTTTAGCTATTTTTCATTTATCAAATCATGCTTATTTTAAAGCTTTATTATTTTTATGTTCAGGAGCAGTAATTCATGCAATGGGTGATGAACAAGATATTAGAAAAATGGGTGGTTTAAGAC Phytophthora_pseudosyringae_P40_US TATGCTATGGAAGGTCCTACACCAGTTTCAGCATTAATTCATGCAGCAACAATGGTAACCGCTGGTGTATATTTAACAGCACGTTGTTCACCTATGTTTGAATATTCAATGTTTTCTTTAAAAGTAATTACAGTAATTGGTGCTTCAACAGCTTTTTTTGCAAGTACTGTAGGATTAGTACAAAATGATTTTAAAAAAATTGTGGCCTATTCTACATGTAGTCAATTAGGTTATATGTTTTTTGCTTGCGGTTTATCAAATTATCCTTTAGCTATTTTCCATTTATCAAATCATGCTTATTTTAAAGCTTTATTATTTTTATGTTCAGGAGCAGTAATTCATGCAATGGGTGATGAACAAGATATTAGAAAAATGGGTGGTTTAAGAC Phytophthora_psychrophila ???????????????????????????????????AATTCATGCAGCAACAATGGTAACAGCCGGTGTATATTTAACAACACGTTGTTCACCTATATTTGAATATTCTATATTTTCTTTAAAAGTTATTACTATAATTGGTGCATCAACTGCTTTTTTTGCGAGTACTGTTGGATTAGTACAAAATGATTTTAAAAAAATTGTTGCTTATTCTACATGTAGTCAATTAGGTTATATGTTTTTTGCTTGTGGTTTATCTAATTACCCTTTAGCTATTTTTCATTTATCAAATCATGCTTATTTTAAAGCTTTATTATTTTTATGTTCAGGTGCTGTAATACATGCAATGGGTGATGAACAAGATATTAGAAAAATGGGGGGTTTAAGAC Phytophthora_quercina ??????????????????????????????????????????????CAACAATGGTAACTGCTGGTGTATATTTAACAGCAAGATGTTCACCTATGTTTGAATATTCAATGTTTTCTTTAAAAGTTATTACTGTTATAGGTGCTTCAACAGCTTTTTTTGCTAGTACTGTTGGATTAGTTCAAAATGATTTTAAAAAAATAGTTGCTTATTCCACTTGTAGTCAATTAGGTTATATGTTTTTTGCTTGTGGATTATCTAATTATCCTTTAGCTATTTTTCATTTATCAAATCATGCATATTTTAAAGCATTATTGTTTTTATGTTCAGGTGCAGTAATTCATGCAATGGGTGATGAACAAGATATTAGAAAAATGGGTGGTTTAAGAC Phytophthora_ramorum_BBA12.98_Germany 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TRANSLATE 1 Phytophthora_vignae, 2 Phytophthora_uliginosa, 3 Phytophthora_trifolii, 4 Phytophthora_tentaculata, 5 Phytophthora_taxon_Walnut_P532, 6 Phytophthora_taxon_Salixsoil_P878, 7 Phytophthora_taxon_Raspberry_P896, 8 Phytophthora_taxon_Pgchlamydo_P510, 9 Phytophthora_taxon_Oaksoil_P1055, 10 Phytophthora_taxon_Forestsoil_P1054, 11 Phytophthora_syringae, 12 Phytophthora_sp._asparagus_UQ2141, 13 Phytophthora_sp._Apple_Cherry_P462, 14 Phytophthora_sojae, 15 Phytophthora_sinensis, 16 Phytophthora_ramorum_Pr102_US, 17 Phytophthora_ramorum_BBA12.98_Germany, 18 Phytophthora_quercina_QUE7, 19 Phytophthora_quercina_IFBQUE4, 20 Phytophthora_psychrophila, 21 Phytophthora_pseudotsugae, 22 Phytophthora_pseudosyringa, 23 Phytophthora_primulae, 24 Phytophthora_pistaciae, 25 Phytophthora_phaseoli, 26 Phytophthora_palmivora, 27 Phytophthora_nicotianae, 28 Phytophthora_nemorosa, 29 Phytophthora_multivesiculata_CBS545.96, 30 Phytophthora_mirabilis_CBS678.85, 31 Phytophthora_melonis, 32 Phytophthora_megasperma_IMI133317, 33 Phytophthora_megasperma_309, 34 Phytophthora_megakarya, 35 Phytophthora_medicaginis, 36 Phytophthora_lateralis_PL33, 37 Phytophthora_lateralis_PL27, 38 Phytophthora_katsurae, 39 Phytophthora_iranica, 40 Phytophthora_inundata, 41 Phytophthora_inflata, 42 Phytophthora_infestans, 43 Phytophthora_ilicis, 44 Phytophthora_idaei, 45 Phytophthora_humicola, 46 Phytophthora_hibernalis_380, 47 Phytophthora_hibernalis_379, 48 Phytophthora_heveae, 49 Phytophthora_gonapodyides_P245, 50 Phytophthora_gonapodyides_393, 51 Phytophthora_fragariae_rubi, 52 Phytophthora_fragariae_fragariae, 53 Phytophthora_europaea, 54 Phytophthora_erythroseptica, 55 Phytophthora_drechsleri, 56 Phytophthora_cryptogea, 57 Phytophthora_colocasiae, 58 Phytophthora_clandestina, 59 Phytophthora_citrophthora, 60 Phytophthora_citricola, 61 Phytophthora_cinnamomi_P6379_A1, 62 Phytophthora_cinnamomi_P2444_A2, 63 Phytophthora_capsici, 64 Phytophthora_cambivora, 65 Phytophthora_cajani, 66 Phytophthora_cactorum_P25, 67 Phytophthora_cactorum_IMI296524, 68 Phytophthora_brassicae, 69 Phytophthora_botryosa, 70 Phytophthora_arecae, 71 Peronospora_sparsa; TREE Fig._2 = [&R] (64,((51,52),(53,(2,((61,62),(((((65,1),(31,15)),24),14),((((18,19),((((29,(((69,57),59),(63,(60,41)))),(((26,70),34),71)),((48,38),((67,(66,(44,21))),(((4,(39,58)),27),((30,42),25))))),(20,(43,28,22)))),(12,(((((40,45),10),(49,(50,(32,33)))),7),(((5,13),6),(9,8))))),((((((56,54),55),(35,3)),(68,23)),11),((47,46),((37,36),(16,17))))))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6809; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Pythium_aphanidermatum, 2 Phytophthora_syringae_PDR115773A, 3 Phytophthora_syringae_IMI296829, 4 Phytophthora_sojae_312, 5 Phytophthora_ramorum_Pr102_US, 6 Phytophthora_ramorum_BBA12.98_Germany, 7 Phytophthora_pseudotsugae, 8 Phytophthora_pseudosyringae_P40_US, 9 Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU16_Germany, 10 Phytophthora_phaseoli, 11 Phytophthora_palmivora_P1.14, 12 Phytophthora_palmivora_P1.10, 13 Phytophthora_nicotianae_332, 14 Phytophthora_nicotianae_331, 15 Phytophthora_nemorosa, 16 Phytophthora_mirabilis, 17 Phytophthora_megasperma_695T, 18 Phytophthora_megasperma_309, 19 Phytophthora_megakarya_328, 20 Phytophthora_megakarya_327, 21 Phytophthora_lateralis_PL33, 22 Phytophthora_lateralis_PL27, 23 Phytophthora_infestans_WV4, 24 Phytophthora_infestans_176, 25 Phytophthora_ilicis_ATCC_56615, 26 Phytophthora_ilicis_4175a, 27 Phytophthora_hibernalis_ATCC_380, 28 Phytophthora_hibernalis_ATCC_379, 29 Phytophthora_heveae, 30 Phytophthora_gonapodyides, 31 Phytophthora_fragariae_rubi, 32 Phytophthora_fragariae_ATCC13973, 33 Phytophthora_erythroseptica_IMI34684, 34 Phytophthora_erythroseptica_355, 35 Phytophthora_drechsleri_ATCC, 36 Phytophthora_drechsleri_301, 37 Phytophthora_cryptogea, 38 Phytophthora_colocasiae, 39 Phytophthora_citricola, 40 Phytophthora_cinnamomi_P6379_A1, 41 Phytophthora_cinnamomi_Cn.2_A2, 42 Phytophthora_capsici_P141, 43 Phytophthora_capsici_302, 44 Phytophthora_cambivora, 45 Phytophthora_cactorum_SB2079, 46 Phytophthora_cactorum_385, 47 Phytophthora_boehmeriae, 48 Phytophthora_arecae, 49 Peronophythora_litchii; TREE Fig._3 = [&R] (15,(((8,9),(25,26)),(((((((48,11,12),49),((((((10,16),(23,24)),(7,(45,46))),(((5,6),(27,28)),(22,21))),((40,41),(((44,31),32),4))),(47,29))),(20,19)),(((43,42),38),39)),(((13,14),1),((((37,33),34),(36,35)),(2,3)))),(30,(17,18))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6810; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Phytophthora_syringae, 2 Phytophthora_sojae, 3 Phytophthora_ramorum_PrSDC21.6_US, 4 Phytophthora_ramorum_Pr102_US, 5 Phytophthora_ramorum_Phyram1_Spain, 6 Phytophthora_ramorum_BBA12.98_Germany, 7 Phytophthora_quercina, 8 Phytophthora_psychrophila, 9 Phytophthora_pseudosyringae_P40_US, 10 Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU4_Germany, 11 Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU25_Italy, 12 Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU16_Germany, 13 Phytophthora_palmivora, 14 Phytophthora_nicotianae, 15 Phytophthora_nemorosa, 16 Phytophthora_megasperma, 17 Phytophthora_lateralis_PL33, 18 Phytophthora_lateralis_PL27, 19 Phytophthora_infestans, 20 Phytophthora_ilicis, 21 Phytophthora_hibernalis_380, 22 Phytophthora_hibernalis_379, 23 Phytophthora_gonapodyides, 24 Phytophthora_erythroseptica, 25 Phytophthora_cryptogea, 26 Phytophthora_cinnamomi_P6379_A1, 27 Phytophthora_cinnamomi_P2444_A2, 28 Phytophthora_capsici, 29 Phytophthora_cambivora, 30 Phytophthora_cactorum, 31 Nephroselmis_olivacea; TREE Fig._4 = [&R] (18,(17,(((4,3,6,5),((((22,21),(25,24)),(((((1,28),14),7),((30,19),13)),((16,23),(((15,8),20),(((9,12),11),10))))),(29,(2,(26,27))))),31))); END;