#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 14:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Fuentes-soriano S., & Al-shehbaz I.A. 2011. Phylogenetic relationships of the mustards with multiaperturate pollen (Physarieae, Brassicaceae) based on chloroplast ndhF: implications for morphological diversification. Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11340] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=53; TAXLABELS Alyssum_simplex Anelsonia_eurycarpa Arabidopsis_thaliana Boechera_laevigata Descurainia_sophia Dimorphocarpa_membranacea Dimorphocarpa_wislizeni Dithyrea_maritima Exhalimolobos_palmeri Lepidium_campestre Lepidium_draba Lyrocarpa_coulteri Lyrocarpa_linearifolia Lyrocarpa_xanti Nerisyrenia_gypsophila Nerisyrenia_incana Nerisyrenia_johnstonii Nerisyrenia_mexicana Paysonia_auriculata Paysonia_densipila Paysonia_grandiflora Paysonia_lasiocarpa Paysonia_lescurii Paysonia_lyrata Paysonia_perforata Paysonia_stonensis Pennellia_lasiocalycina Pennellia_longifolia Physaria_acutifolia Physaria_alpina Physaria_angustifolia Physaria_argentea Physaria_argyraea Physaria_arizonica Physaria_eburnifolia Physaria_filiformis Physaria_floribunda Physaria_globosa Physaria_gordonii Physaria_intermedia Physaria_kingii Physaria_mexicana Physaria_mirandiana Physaria_navajoensis Physaria_ovalifolia Physaria_purpurea Physaria_rectipes Physaria_rosei Physaria_schaffneri Physaria_tenella Sphaerocardamum_nesliiforme Sphaerocardamum_stellatum Synthlipsis_greggii ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8296] TITLE Physarieae_ndhF; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2063; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Alyssum_simplex 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Anelsonia_eurycarpa 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Dimorphocarpa_wislizeni 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Dithyrea_maritima 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Exhalimolobos_palmeri 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Lepidium_campestre 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Lepidium_draba 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Lyrocarpa_coulteri 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Lyrocarpa_linearifolia 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Nerisyrenia_gypsophila 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Nerisyrenia_incana 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Nerisyrenia_johnstonii 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Nerisyrenia_mexicana 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Paysonia_auriculata 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Paysonia_densipila 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Paysonia_grandiflora 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Paysonia_lasiocarpa 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Physaria_arizonica 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Physaria_eburnifolia 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Physaria_filiformis 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Physaria_floribunda 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Physaria_gordonii 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Physaria_intermedia 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Physaria_rosei 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Physaria_schaffneri 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Physaria_tenella 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Sphaerocardamum_nesliiforme 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Sphaerocardamum_stellatum 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Synthlipsis_greggii CCTATTTTACTAGGAGTTGGACTTCTACTTTTTCCGACAGCAACAAAAAACCTTCGCCGTATGTGGACTTTTCTGAGTATTTTTTTGTTAAGTATAGTTATGATCTTTTCACTCTATCTATCTATTCAACAAATTTTTCTAAGTTGCATTCATCAAAATGTATGGTCTTGGACCATAAATAATGAATTTTCTTTTGAGTTCGGTTACTTTATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATTACAACTGTTGGGATTTTGGTTCTGATTTATAGTGACAATTATATGTCTCATGATCAAGGATATCTGAGGTTTTTTGCTTATATGGGTTTTTTTAATACTTCAATGTTAGGATTAGTTACTAGTTCTAATTTGATCCAAGTTTATTTTTTTTGGGAATTAGTTGGAATGTGTTCGTATTTATTAATAGGTTTTTGGTTCACACGACCTATTGCAGC{AG}AATGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGTCTTTATTGGATAACTGGCAGTTTCGAATTTCAGGATTTGTTCGAAATATTCAATAATTTAATTTTAAATAATAGAGTCAATCTCTTATTCCTTACTTTGTGTGCATTTCTCTTATTTGTGGGTCCTATTGCTAAATCCGCACAATTTCCTCTTCATGTATGGTTACCTGATGCCATGGAGGGCCCTACTCCCATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCGGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGTCTTCTTCCTCTTTTTATAGTTATCCCTTCTATAATGTATATAATATCTTTGATAGGTATAATAACAGTACTCTTAGGAGCCACTTTAG--CTCTTGCTCAAAAAGACATTAAGAGAGGTTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAACTGGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGTATGGGGTCTTATCGATCTGCTTTATTTCATTTGATTACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTGTTGTTTTTAGGATCTGGATCCATTATTCATTCAATGGAAGCTATAGTTGGATATTCTCCCGATAAAAGTCAGAATATGATTCTTATGGGTGGTTTGACAAAACATGTCCCGATTACAAAAACGGCCTTTTTAGTAGGAACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCCCCCCTTGCTTGTTTTTGGTCAAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTTGTTGTTTTCGCCAATTTTTGCAATAATAGCTTGTTCAACAGCGGGCTTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACACTTATTTTATAAATTACAGTGGAAAAAAAAGTAGCTCCTTATATTCACTCTCTTTATGGGGTAAAGAAGAAGAAAAAAAACTTAATAGAAATTTT-TGGTTAGTGCCATTATTAACAATGAATAATACGAAAAGAGCTTCTTTTTTTTGCAATAAAACATATAAAATTAGTAATAATGTAAGAAATCAAACTTTTATTATTGTTGAAAATTTTGGACTTAATACAAGAACTTTCTATTATCCCCATGAATCAGACAATACTATTCTATTTCCTATGCTTGTATTGCTTTTATTTACTTTGTTTATTGGAGCCATAGGAATTCCTTTGAATCAAGAAGGAATAGACTTTGATATATTATCAAAATTATTCACGCCGTCGATAAACCTTTTGCATAAAAATTCACAAAATTTT------GTAGATTGGTATGAATTTTTGAGAAATGCAACTTTTTCAGTCAGTATAGCTTTTTTTGGAATATTTATAGCATACTGTTTATATAAGCCTTTTTATTCATCTTTATTAAATTTAACCTTACTTAATTCATTTCAAAAATGGAAC------CGAATTCGTTGGGAAAAACTAATAAATTTTGTATATAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATTCTTTTTTTAAAACATCTTTAATTGAAAGTATAAGAAGATTAGCAAAACAAACGAATTTTTTTGATAAACGAATCATTGATGGAATTACAAATGGAGTACGTCT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = Physarieae_ndhF) = N: 1-2063; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Physarieae_ndhF) = N: 1-2063; END; BEGIN TREES; TITLE Physarieae_ndhF_MP_strict_consenus; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Dimorphocarpa_wislizeni, 2 Dimorphocarpa_membranacea, 3 Dithyrea_maritima, 4 Lyrocarpa_coulteri, 5 Lyrocarpa_linearifolia, 6 Lyrocarpa_xanti, 7 Nerisyrenia_incana, 8 Nerisyrenia_johnstonii, 9 Nerisyrenia_mexicana, 10 Nerisyrenia_gypsophila, 11 Paysonia_auriculata, 12 Paysonia_densipila, 13 Paysonia_grandiflora, 14 Paysonia_lasiocarpa, 15 Paysonia_lescurii, 16 Paysonia_lyrata, 17 Paysonia_perforata, 18 Paysonia_stonensis, 19 Physaria_acutifolia, 20 Physaria_alpina, 21 Physaria_angustifolia, 22 Physaria_argentea, 23 Physaria_arizonica, 24 Physaria_argyraea, 25 Physaria_eburnifolia, 26 Physaria_filiformis, 27 Physaria_floribunda, 28 Physaria_globosa, 29 Physaria_gordonii, 30 Physaria_intermedia, 31 Physaria_kingii, 32 Physaria_mexicana, 33 Physaria_mirandiana, 34 Physaria_rectipes, 35 Physaria_navajoensis, 36 Physaria_ovalifolia, 37 Physaria_purpurea, 38 Physaria_rosei, 39 Physaria_schaffneri, 40 Physaria_tenella, 41 Synthlipsis_greggii, 42 Alyssum_simplex, 43 Anelsonia_eurycarpa, 44 Arabidopsis_thaliana, 45 Boechera_laevigata, 46 Descurainia_sophia, 47 Exhalimolobos_palmeri, 48 Lepidium_draba, 49 Lepidium_campestre, 50 Pennellia_lasiocalycina, 51 Pennellia_longifolia, 52 Sphaerocardamum_nesliiforme, 53 Sphaerocardamum_stellatum; TREE Strict = [&R] ((((((((1,2),3),(((4,6),5),(7,8,9,10))),41),(((11,(12,15,16,17,18)),(13,14)),((19,((20,29),34,35),23,25,27,30,31),21,(((22,(32,(38,39))),33),37),(24,40),26,28,36))),((43,45),44,(47,((50,51),(52,53))))),46,(48,49)),42); END;