#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 0:06 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Badets M., Whittington I., Lalubin F., Allienne J., Maspimby J., Bentz S., Du preez L., Barton D., Hasegawa H., Tandon V., Imkongwapang R., Ohler A., Combes C., & Verneau O. 2011. Correlating Early Evolution of Parasitic Platyhelminths to Gondwana Break-up. Systematic Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11362] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=20; TAXLABELS Bufo_regularis Hyla_cinerea Hyla_versicolor Hyperolius_viridiflavus Leptodactylus_fuscus Litoria_aurea Phrynohyas_venulosa Physalaemus_cuvieri Ptychadena_mascareniensis Rana_japonica Rana_temporaria Rhacophorus_arboreus Rhacophorus_maximus Rhacophorus_omeimontis Scaphiopus_couchii Schismaderma_carens Smilisca_baudinii Spea_hammondii Strongylopus_fasciatus Xenopus_laevis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=20; TAXLABELS Bufo_regularis Hyla_cinerea Hyla_versicolor Hyperolius_viridiflavus Leptodactylus_mystaceus Litoria_gracilenta Phrynohyas_venulosa Physalaemus_cuvieri Ptychadena_anchietae Rana_rugosa Rana_temporaria Rhacophorus_arboreus Rhacophorus_maximus Rhacophorus_omeimontis Scaphiopus_couchii Schismaderma_carens Smilisca_baudinii Spea_bombifrons Strongylopus_fasciatus Xenopus_laevis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=23; TAXLABELS Diplorchis_ranae Eupolystoma_Alluaudi Eupolystoma_sp1 Neodiplorchis_scaphiopodis Parapolystoma_sp Polystoma_cuvieri Polystoma_dawiekokis Polystoma_gallieni Polystoma_indicum Polystoma_integerrimum Polystoma_lopezromani Polystoma_marmorati Polystoma_naevius Polystoma_nearcticum Polystoma_sp2 Polystoma_spHC Polystoma_spRA Polystoma_spRO Polystoma_spRV1 Polystoma_testimagna Protopolystoma_xenopodis Pseudodiplorchis_americanus Wetapolystoma_almae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=22; TAXLABELS Bufo_margaritifer Bufo_regularis Hyla_cinerea Hyla_meridionalis Hyla_versicolor Hyperolius_viridiflavus Leptodactylus_mystaceus Litoria_gracilenta Phrynohyas_venulosa Physalaemus_cuvieri Ptychadena_anchietae Rana_rugosa Rana_temporaria Rhacophorus_arboreus Rhacophorus_maximus Rhacophorus_omeimontis Scaphiopus_couchii Schismaderma_carens Smilisca_baudinii Spea_bombifrons Strongylopus_fasciatus Xenopus_laevis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8383] TITLE Combined_Mitochondrial_12s_16s_and_Nuclear_rhodopsin_anura_matrice; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1022; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Bufo_regularis 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Hyla_cinerea 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Hyla_versicolor 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Hyperolius_viridiflavus 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Leptodactylus_mystaceus 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Litoria_gracilenta 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Phrynohyas_venulosa 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Physalaemus_cuvieri 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Ptychadena_anchietae 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Rana_rugosa 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Rana_temporaria 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Rhacophorus_arboreus 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Rhacophorus_maximus 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Rhacophorus_omeimontis GGACTACGAGCCAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTATCCCCAACTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCACGATACACCAAACCATTTCTCGCATTCAGCCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCGTATGAACGACAAGTAGGCCAAAGGACCGTCACAACGTCAGGTCAGGTGCAGCTAATGAAATGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAATTAGAACAAACGATACTACATGAAAGTCAGAAGGAGGATTTAGCAGTAAGTAGGAAATAGAGAGTCCTACTAACATGGCCCTGGGTCCAGCTGCCCAGTGAAATTACGGCCGCGGTACCTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTGTTCTAATAAGGATAGTACGGCCACGAGGGTTACACTGTCTCCTTTCTCCAATCAGTGAAACTGATTTCGTGAAGAAGCGGGAATATAACCATAAGACGAGAAGCCCCATGGAGCTTTAAATTTTCAGTAAATACCTAAAATCCACAGAGCCTGCCAATTTTAGGTTGGGGTGACCGCGGAGTAAAAATTAACCTCCACGACGAAAAGACTTATCTAAGAGCTACAACTCTAAGAATTAGAATACAACGACATGACCGATAAGATCAACGACTAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCGAGAGCCATATCGACAAGTAGGCTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGTATCCCAGTGGTGCACCGACTGGGGTAGTACGAAGCCCCTTCGAATACCCTCAGTATTACCTGGCAGAACCATGGAAGTATTCATTATTGGCCGCCTACATGTTCATGCTTATCCTCCTCGGTCTCCCAATCAACTTCATGACCCTGTTTGTCACCATCCAGCACAAGAAGCTCCGAACACCCTTAAACTACATCCTGCTGAACTTGGCGTTTGCCAACCACTTCATGGTCCTGTGTGGATTCACCATCACACTGTACACCTCCCTCCATGGATACTTCGTATTTGGACAGAGTGGGTGC Scaphiopus_couchii 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Schismaderma_carens GGACTACGAGCCAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTTTAATCGATAACCCACGTTTAACCTCACCCTTTCTAGTATTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCACGTGAGCGATTAGTGAGCACAATGCTCACCAATACGTCAGGTCAGGTGCAGCAAATGAAATGGAAGAAATGGGCTACACTCTCTACCTAGAGGAAACGAAACTATATGATCGTTGGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGGAATCAACATGTTCATTTAATTCGGCACTGGGTCCAGCTGCCCAGTGATTTTACGGCCGCGGTATCTAACCGTGCGAAGGTAGCGTAATCACTGTTCTAATGTGGATAGTATGGCCACGAGGGTTATACTGTCTCCTTTTTTTAATCAGTGAAACTAATTTCGTGAAGAAGCGGGAATAAACCTATAAGACGAGAAGCCCTATGGAGCTTAAAACAACACCAGATATTAATTTTCAGAAAGCAAATATAAGTTTTTGGTTGGGGTGACCGCGGAGTATAATATAACCTCCATGCTGAAGGAATTAAACTGAGAGTCACCACTCTAAGTATCAATATTTGACATTTTGACCAATACGAACAACGACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCACTTCAAGAGCCCTATCGACAAGTGGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGTATCCCAGTGGTGCACCGTCTGGGGTGGTGCGAAGCCCATTTGAATACCCTCAGTATTACCTGGCAGAGCCATGGCAATATTCCGTTTTGGCCGCGTACATGTTCCTGCTCATTCTTCTTGGGTTACCAATCAACTTCATGACCTTGTACGTCACCATCCAGCACAAGAAGCTCCGGACACCCTTGAACTATATCCTGCTGAATTTGGCCTTTGCCAACCACTTCATGGTCCTGTGTGGATTCACCATCACCATGTACTCCTCAATGCATGGCTTCTTCGTCTTCGGAATAAACGGTTGC Smilisca_baudinii GGACTACGAGCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTGTAATCGATAACCCCCGTTTAACCTCACCATTTCTAGCTCTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCTCGTGAGCGCTCAGTGAGCTCAATGTCCATCAATACGTCAGGTCAGGTGCAGTAAATGAAATGGAAGAGATGGGCTACACTATCTAATTAGATAAAACGTGACTATATGACCGTCGGAAGGCGGATTTAGTAGTAAAAAGAGACAAGAGAGCTCTTTTAACTCGGCACTGGGTCCAGCTGCCCAGTGATTTTACGGCCGCGGTATCTAACCGTGCGAAGGTAGCGTAATCACTGTTCTAATGAGGATAGTATGGCCACGAAGGTTATACTGTCTCCTTTTTCTAATCAGTGAAACTAATTCCGTGAAGAAGCGGGGATAATGATATAAGACGAGAAGCCCTATGGAGCTTTAAACTATGCTTTATATACCTCTTCAGAGAGCTTGTATTAGTTTTAGGTTGGGGTGACCGCGGAGCACAAAACAACCTCCACGTTGAATGGGCTGAGCTAGGAGCCACGACTCTAAGCACCAATAAATGACATCTTGACCAGTATGATCAACGACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCGTTTCAAGAGCCCTATCGACAAACGGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGTATCCCAGTGGTGCACCGACTGGGGTGGTACGAAGTCCATTTGAATACCCTCAGTATTACCTGGCAGAGCCATGGAAATATTCCGTTTTGGCCGCATACATGTTCTTGCTCATACTTCTCGGGCTCCCTATCAACTTCATGACCTTGTACGTCACCATCCAGCACAAGAAACTCAGAACACCCCTAAACTATATCCTGCTGAATTTGGCATTTGCCAATCACTTCATGGTCCTGGGTGGATTCACCATCACGATGTACAGCTCAATGCATGGATATTTCGTCTTTGGTCATTTGGGTTGC Spea_bombifrons GGACTACGAGCGAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGGCGGTGCCCCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAATCCACGATAAACCTCACCACTTCCTGCAAACCGCCTATATACCGCCGTCGCCAGCTTACCCTTTGAAGGAAAAGTAAGTACAATGGTCACCAAAACGTCAGGTCAGGTGTAGCGAATGAAGTGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTAGATAGAACATACGAGATCACATGAAAGTCGGAAGGCGGATTTAACAGTAAAAAGAAACCATAACATTCTTTTAAACTGGCCCTGGGTCCCGCTGCCCAGTGATTTTACGGCCGCGGTATCTGACCGTGCGAAGGTAGCGTAATCATTGTCTTAATGAGGATTGTATGGCCACGAAGACCTTACTGTCTCCTATATCCAATCAGTGAAACTGATTCCGTGAAGAAGCGGGGATTTCACCATAAGACGAGAAGCCCCATGGAGCTTTAAACTTCTGCTAACCCTTCCCTATGGGAAGCACTCTTATGTTTTCGGTTGGGGCGACCACGGAGAATAATAAATCCTCCATGATGAAAGAATTTAACCAAGAGCCACAGCTCTAAGTATTAGAATTTAACCTTTTGATCAATCTGATCAACGACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCCATTTCAAGAGTCATATCGACAAATGGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGCATCCTAGTGGTGCACCGACTGGGGTGGTACGAAGCCCCTTTGAGTATCCTCAATATTATTTAGCAGATCCATGGAAATATTCCATACTGGCTGCTTACATGTTCCTGTTGATCCTTCTTGGGTTTCCCGTCAACTTCCTAACTTTGTATGTTACCATCCAGCACAAGAAACTCAGGACACCACTAAATTATATCCTTCTCAACTTGGCTTTTGCCAATCATTTCATGGTCCTCGTTGGTTTCACTGTTACAATCTACTCCTCATTGCATGGCTACTTTGTCTTCGGACAGACCGGGTGC Strongylopus_fasciatus 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Xenopus_laevis 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; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8381] TITLE Nuclear_rhodopsin_anura_matrice; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=282; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Bufo_regularis ACTGGGGTGGTGCGAAGCCCATTCGAATACCCTCAGTATTACCTGGCAGAGCCATGGCAGTATTCCGTTTTGTGCGCGTACATGTTCCTGCTCATTCTTCTTGGGTTCCCCATCAACTTCATGACCTTGTACGTCACCATCCAGCACAAGAAGCTCCGGACACCCTTGAACTATATCCTGCTGAACTTGGCCTTTGCCAACCACTTCATGGTCCTGTGTGGATTCACCGTCACAATGTACTCCTCAATGAACGGATACTTCGTCTTGGGTGTAACCGGATGC Hyla_cinerea ACTGGGGTGGTGCGAAGCCCATTTGAATACCCTCAGTATTACCTGGCAGAGCCATGGAAATATTCCGTTTTGGCCGCATACATGTTCTTGCTCATTCTCCTCGGCCTCCCTATCAACTTCATGACCTTGTACGTCACCATCCAGCACAAGAAACTCCGAACACCCCTAAACTATATCCTGCTGAATTTGGCATTTGCCAATCACTTCATGGTCCTGGGTGGATTCACCATCACGATGTACAGCTCAATGCACGGATATTTCGTCTTTGGTCATACTGGTTGC Hyla_versicolor 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ACTGGGGTAGTACGAAGCCCCTTCGAATACCCTCAGTATTACCTGGCAGAGCCATGGAAGTATTCAGTATTGGCCGCCTACATGTTCATGCTTATCCTCCTCGGTCTCCCAATCAACTTCATGACCTTGTTTGTCACCATCCAGCACAAGAAGCTCCGAACACCCTTAAACTACATCCTGCTGAACTTGGCGTTTGCCAACCACTTCATGGTCCTGTGTGGATTCACCATCACACTGTACACCTCCCTCCATGGATACTTCGTATTTGGACAAAGTGGGTGC Rhacophorus_maximus ACTGGGGTAGTACGAAGCCCCTTCGAATACCCTCAGTATTACCTGGCAGAGCCATGGAAGTATTCAGTATTGGCCGCCTACATGTTCATGCTTATCCTCCTCGGTCTCCCAATCAACTTCATGACCCTGTTTGTCACCATCCAGCACAAGAAGCTCCGAACACCCTTAAACTACATCCTGCTGAACTTGGCGTTTGCCAACCACTTCATGGTCCTGTGTGGATTCACCATCACACTGTACACCTCCCTCCATGGATACTTCGTATTTGGACAGAGTGGGTGC Rhacophorus_omeimontis ACTGGGGTAGTACGAAGCCCCTTCGAATACCCTCAGTATTACCTGGCAGAACCATGGAAGTATTCATTATTGGCCGCCTACATGTTCATGCTTATCCTCCTCGGTCTCCCAATCAACTTCATGACCCTGTTTGTCACCATCCAGCACAAGAAGCTCCGAACACCCTTAAACTACATCCTGCTGAACTTGGCGTTTGCCAACCACTTCATGGTCCTGTGTGGATTCACCATCACACTGTACACCTCCCTCCATGGATACTTCGTATTTGGACAGAGTGGGTGC Scaphiopus_couchii 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8384] TITLE Nucelar_18s_28s_polystome_matrice; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=4160; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Polystoma_gallieni TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGCCTAAGTCTTGGCTCTAGTACAGTGAAACCACGAATGGCTCATTAAATCAGCTATTGTTCATTAGATCATAACCGTTACATGGATAACTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCTCGATGCCGTGACCCGTAAGGGGATCGGTGCACTTATTAGAACAAGACCAACCAGGTAGCTAGACTTAATTGTT-TAGTGGCC--TGTTGTGTCGTGTTGACTCTGGATAATTACGACAGATCGCAGTCGACCTTTGTTGTCGGCGACAATTCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAACTTACGATGGTAGGCGACCTGCCTACCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACGATGCGGGACTCCTACGAGGCTCCGTAATCGGAATGAGAACACTCTAAATCCTTTAACGAGGACCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTTGACGGCATTACTGCGTGTTTGGGTTTCATTGTTTT----GCTTATGTCATGTATCT-GCATGCATATGGTGTG--AAAACATATGTGCGTGTACGGTATAATGGTTCTGGGCACAGTGTACCCAACTCGTCGGTGGTGAAGTCTTTCAGCCGTGTCTGTT----------TTCTTTACATTT-TGTATGCTTTTCGCAT--T----GATT-------GATGCATTAGTATTACAGATTGTATAAGGTGCAGGTGCTGATA--GTTGGAATTT-TGGGTTTTTCCCAGCCTTCTGTTGGT-ACGCCTCGTGATGCTCTTAACTGAGCCGTCGCGAGTGTGGACGGCATGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTACGTGCCTGAAAAGTCTTGCATGGAATAATGGAATAGGACTTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGTTCCGAAGTAATGGTTAAGAGAGACAGACGGGGGCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGCCAGACAATCTGAAGCGAAAGCATTTGCCAGGAATGTTTTCATTGACAAAGAGCGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGTGGTAGTACATAT--CGTCCCCGCGGGCAGTCTCCGGGAAACCTGTAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATTGACAGATTGACAGCTCTTTCTTGATCCAGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTACTGGTTAATTCCGATAACGAACG-------CTAGCCTGCTAAATAGTACACCGGTAAATCGTGTTCGTACAGAATGCAATGTTGATT------------------------------ATGTGCAATGTTGTCAAT-AATGGCAATGCATTATA--------------------------------------------ATGTAGTGTTATTGTTGTTGACGTCTGTGCAGTTTGGCATGGCTTTCTGACGAACACTATGCAGGTGAAACTTCTTAGAGGGACAAGTTGAACTTA-AAACAGCACGAAATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCCGCACGCGCGCTACAATGACAGTACCAGTGTGTATGATGACCTTGCCTGAAAAGGTTGGGCAAACCGTTCCATTACTGTCGTGACAGGGATCGGGGTTTGTAATTATCCCCCGTGAACGAGGAATTCCCAGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGTGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTGGCAAGGCCCTCAGATTGGCACCATTGTAGTATTTCGTTTCCAC--AATTTAGTGGTACGTTTGCTCGACAGGTACTGAGAAGAGGACCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAATATCACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAACGGGGATCAGCCCAGCACCGAAGCCTGCATCTATTTGGGTGTAAGGCAATGTGGTGTTTAGGTGATCACATGTTGATTCCTCTACTGTCCCAAGTCCAGTAATGAATATGGCTACAATAATGGCCCAGAGAGGGTGAAAGGCCCGTGGGGACAGTATT------GGCAGGTTTTGACTTGTGGTTTCCTTGGAGTCGGGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAATTGGGTGGTAGACTCCATCTAAGGCTAAATATTTACACGAGTCCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTCTGAAGAGAGAGTAAACAGTACGTGAAACCGCTTAGAGGTAAACGGGTGTAGTCAAGCTGCAAGCCCTTTGGGGATTCAGTCGATCAGTATGACGTGAGCATGAGCACATTAGTTGGCTTGTA-AAGTCTGCCTAGACTGGTAGGCCTAATTCTGTATGGGATTAGGT--ATTTGTGTAGCATATGGTTACTGAATGCTTTACTCGACCCAACTGCTGATCGGTGCAATTCCTCAGGGTGTAAGCCACGACCGCCGTT-GC-TGTCAGTCTGCTGAAGTCAACTTATTTGATTAAATTGTTAATCA--GTTTAATTGAATTGGGATGGCAGGTTATTTGATGT----TGTATGTCTCT--TGTAGGCATTACAATGTTAAATGTTATAGCCGATTTCAGTGGCTATTAAAACTGTGCAGTACGGTGGAGATATATCGACGTGTTGGTAATGGTAAATGTGCTATAGTCTGCCGGCGTATAATATATTTGATTATCAGTTGTCGAGGTTATCTCTTCGACCTGATAGTAGTTTATTTACGGTGTTGTAGACGGTTGCATTTACTGACCATTCTATTGACTATATA-AATTCACTTTTGTATAGTTGATG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GAAATTATCGTCCATAGTCTGTGGCGTAGTGGTAGACGATCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTTTAACATGTACGCGAGTCAATGGGTGTGAATTTCACAT-TACACGAAACCCAGAGGCATAGTGAAAGTAAAGGTTTTGAAT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATTACAAATTTGATATATTCA-----ATTGTATAGGTGTAA-CAATTTGTACAGTAGAATATATG----------------------------TTATTTGTTAATAATCATACTGAGGTGAGATCCTATTGGATCCTAGGCTGATCTGATCATGCATTAGACCGATAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGGTGTATTTCACCGGGGCGGAGCAAGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGCGCAGGTTGAAGCCGGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTATGACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCT???? 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GGACTACGAGCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATAATCCCCGCTTAACCTCACCACCTTTAGCATTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCACGTGAGCGATTAGTGAGCTTAATGTCCATCAATACGTCAGGTCAGGTGCAGCATATAAGGTGAAAGAGATGGGCTACACTTTCTAATTAGAATACACGAAACTACATGACTGTTTGAAGGCGGATTTAGAAGTAAAGAGAAATAAGAGTATTCTCTTAACTCGGCACTGGGTCCAGCTGCCCAGTGAAATTACGGCCGCGGTATCTAACCGTGCGAAGGTAGCGTAATCACTGTTCTAATCAGGATAGTATGGCCACGAAGGTTATACTGTCTCCCCTTTTTAATCAGTGAAACTAATTCCGTGAAGAAGCGGGAATAAAACTATAAGACGAGAAGCCCTATGGAGCTTTAGACACTGCTACTATTTTACCCCCGGGAATTCATTACTAGTCTTAGGTTGGGGTGACCACGGAGTAAAATACAACCTCCATGATGAAAGAATTTAACCCAGAGTTACAACTCTAAGTACCAAAAATTGACATATTGACCAATTAGATCAACGACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGATCCTTATCGACAAGTAGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGTATCCTAGTGGTGCACCG Ptychadena_anchietae GGATTACGAGCAAGCTTAAAATCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCCATCTAGAGGAGCCTGCCCTATAATCGATTATCCCCGCTAGACCCTACCATCTCTTGCAATCAGCTTGTATACTTCCGTCGTAAGCTTACCATGTGAAAGAATAGTGGGCCTAATGTTCACCAGTACGTCAGGTCAGGTGCAGCCTATGAGATGGAAAGGGTGGGCTACAATTTCTATATAGAACACACGACCCTGCATGAACGAAAGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTAATGAGCCGCTGGGTCCCGCTGCCCAGTGAAGTTACGGCCGCGGTACCTAACCGTGCGAAGGTAGCACAATAACTGTTCTAATAAGGATAGAATGGCCACGAGGGTTATACTGTCTCCTTTTTCTAATCAGTGAAACTGATTCCGTGAAGAAGCGGGAATACTACTATAAGACGAGAAGCCCCATGGAGCTTAAAACTACTCTAAAATTATGAATCTTGGCTTTTATTATTAGTTTTGGGTTGGGGTGACCGCGGAGAACAGCCTAACCTCCGCAATGAAAAGACTAATCTAAGAGGGACACCTCTAAGAATTAATAAATAACATAATGATCAATACGATCAATGACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCCACTTCAAGAGTCCTATCGACAAGTGGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGTATCCCGGTGGTGCACCG Rana_rugosa GGACTACAAGCACGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAATCGATAACCCCCGCTTCACCCAACCATCCCTTGCCATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCCTACCATGTGAACGTCAAGTAGGCTTAATGATCATCAACACGTCAGGTCAGGTGCAGCTCACGGAATGGAAGAAATGGGCTACAATTTCTAACTAGAACAAACGAGGCTACGTGACCGCTCGAAGGCGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTAACCCGGCTCTGGGTCCAGCTGCCCAGTGAAATTACGGCCGCGGTACCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTGTTCCAATAGGGATAGTATGGCCACGAGGGCTACACTGTCTCCTCTCTCCAATCAGTGAAACTGATTCCGTGAAGAAGCGGGGATTTTAATATAAGACGAGAAGCCCCATGGAGCTTTAAACTTTCTACCATCTACATTAACCCTAAAAGTCTGTTAGTTTTAGGTTGGGGGGACCGCGGAGTACAACTCAACCTCCACGACAAACGGGCTTATCCATGAAACACAATTCTAAGAATCAACAATCGATGTTATGACCGACAAGATCAACGACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTTAAGAGCCCTATCGACAAGTAGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGTATCCTAGTGGTGCACCG Rana_temporaria GGATTACGAGCATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCCCACTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCCCGCTTCACCTAACCATCCCTCGCTACCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGCGCAGTAAGCTTAATGATCATCAACACGTCAGGTCAGGTGCAGCTTAAGGGACGGAAGTAATGGGCTACAATTTCTAACTAGAACAAACGAGACTATGTGACCGTCAGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTAACCCGGCTCTGGGTCCAGCTGCCCAGTGAAATTACGGCCGCGGTACCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTGTTCTAATGAGGATCGTACGGCTACGAGGGCTATACTGTCTCCTTTTTCTAATCAGTGAAACTGATTCCGTGAAGAAGCGGGGATCAAAATATAAGACGAGAAGCCCCATGGAGCTTTAAACTCTCTGTTCCTCACCTAAACACAAGAGATCTGCTAGTTTTAGGTTGGGGGGACCACGGAGTATAACTTAACCTCCATAACAAATGGGCTTATCCATGAGACACAGCTCTAAGAATTACTAAACAATGCTATGACCGATATGATCAATGACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGCCATATCGACAAGTAGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGTATCCCGGTGGTGCACCG Rhacophorus_arboreus GGACTACGAGCCAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGTCCCCAACTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCACGATATACAAAACCATTTCTCGCATTCAGCCTGTATACCTCCGTCGCAAGCTTACCGTATGAACGACTAGTAGGCCAAAGGATCATCATAACGTCAGGTCAGGTGCAGCTAATGAAATGGAAGCGATGGGCTACAATTTCTAATTAGAACAAACGACACTACATGAAAGTGAGAAGGCGGATTTAGCAGTAAGTAGGAAATAGAGAGTCCTACTAACATGGCCCTGGGTCCAGCTGCCCAGTGAAATTACGGCCGCGGTACCTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTGTTCTAATAGGGATAGTACGGCCACGAGGGTTACACTGTCTCCTTTCTCCAATCAGTGAAACTGATTCCGTGAAGAAGCGGGGATATAATCATAAGACGAGAAGCCCCATGGAGCTTTAAATTTTCAGTAAACACCTATAATCCACAGAGCCTGCCAATTTTAGGTTGGGGTGACCGCGGAGCAAAAATAAACCTCCACGACGAAAAGACTTATCCAAGAGCTACAACTCTAAGAATTAGAATACAACGACATGACCGATAAGATCAACGACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGCCATATCGACAAGTAGGCTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGTATCCCAGTGGTGCACCG Rhacophorus_maximus GGACTACGAGCCAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTGATCCCGACTAGAGGAGCCTGTTCTAGAACCGATAATCCCCGATATACCAAACCATTTTTGGCGCTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTAAGCTTACCGCATGAGCGATTAGTGGGCCAAAGGACCGCCATAACGTCAGGTCAGGTGCAGCTAACGAAATGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAATTAGAACAAACGACACTACATGACAGTCAGAAGGCGGATTTAGTAGTAAGTAAGAAATAGAGCGTTTTACTAATAAGGCCCTGGGTCCAGCTGCCCAGTGATATTACGGCCGCGGTACCTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTGTTCTAATAGGGATAGTACGGCCACGAGGGTTACACTGTCTCCTTTCTTCAATCAGTGAAACTGATTCCGTGAAGAAGCGGGGATATAATCATAAGACGAGAAGCCCCATGGAGCTTTAAATTTTTAGTAGATACCTATAATTTACAAAGCCTGTTAATTTTAGGTTGGGGTGACCGCGGAGTAAAAACTAACCTCCACGACGAAAAGACTTATCCAAGAGCTACAACTCTAAGAATTAGAATACAACGACATGATCGACAAGATCAACGACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCGAGAGCCATATCGACAAGTAGGCTTACGACTCGATGTTGGATCAGGATATCCCAGTGGTGCACCG Rhacophorus_omeimontis GGACTACGAGCCAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTATCCCCAACTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCACGATACACCAAACCATTTCTCGCATTCAGCCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCGTATGAACGACAAGTAGGCCAAAGGACCGTCACAACGTCAGGTCAGGTGCAGCTAATGAAATGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAATTAGAACAAACGATACTACATGAAAGTCAGAAGGAGGATTTAGCAGTAAGTAGGAAATAGAGAGTCCTACTAACATGGCCCTGGGTCCAGCTGCCCAGTGAAATTACGGCCGCGGTACCTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTGTTCTAATAAGGATAGTACGGCCACGAGGGTTACACTGTCTCCTTTCTCCAATCAGTGAAACTGATTTCGTGAAGAAGCGGGAATATAACCATAAGACGAGAAGCCCCATGGAGCTTTAAATTTTCAGTAAATACCTAAAATCCACAGAGCCTGCCAATTTTAGGTTGGGGTGACCGCGGAGTAAAAATTAACCTCCACGACGAAAAGACTTATCTAAGAGCTACAACTCTAAGAATTAGAATACAACGACATGACCGATAAGATCAACGACTAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCGAGAGCCATATCGACAAGTAGGCTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGTATCCCAGTGGTGCACCG Scaphiopus_couchii GGACTACGAGCGAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGGCGGTGCCCCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAATCCACGATCAACCTCACCACTTCTTGCATTCCGCCTATATACCGCCGTCGCCAGCTTACCCTTTGAAGGAAAAGTAAGTACAATGGTCACCAAAACGTCAGGTCAGGTGTAGCGAATGAAGTGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTAAATAGAACATACGCGATTATATGAAAATCTGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAGAGAATCATGATGCCTCTTTAAACTGGCCCTGGGTCCCGCTGCCCAGTGACTTTACGGCCGCGGTATTTGACCGTGCGAAGGTAGCGTAATCACTGTCTTAATGAAGATGGTATGGCCACGAAGACCTTACTGTCTCCTATATCTAATCAGTGAAACTGATTCCGTGAAGAAGCGGGGATATAACCATAAGACGAGAAGCCCCATGGAGCTTTAAACTTCTGCTAAGCACCACCTACGGGAAGAGATCTTATGTTTTCGGTTGGGGCGACCACGGAGAACAATAAATCCTCCACGATGAATGAATTTAACCAAGAGCCACAGCTCTAAGTATTAGAACATAACATATTGATCAATCTGATCAACGACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCCATTTCAAGAGTCATATCGACAAATGGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGCATCCCAGTGGTGCACCG Schismaderma_carens GGACTACGAGCCAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTTTAATCGATAACCCACGTTTAACCTCACCCTTTCTAGTATTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCACGTGAGCGATTAGTGAGCACAATGCTCACCAATACGTCAGGTCAGGTGCAGCAAATGAAATGGAAGAAATGGGCTACACTCTCTACCTAGAGGAAACGAAACTATATGATCGTTGGAAGGCGGATTTAGCAGTAAAAAGGAATCAACATGTTCATTTAATTCGGCACTGGGTCCAGCTGCCCAGTGATTTTACGGCCGCGGTATCTAACCGTGCGAAGGTAGCGTAATCACTGTTCTAATGTGGATAGTATGGCCACGAGGGTTATACTGTCTCCTTTTTTTAATCAGTGAAACTAATTTCGTGAAGAAGCGGGAATAAACCTATAAGACGAGAAGCCCTATGGAGCTTAAAACAACACCAGATATTAATTTTCAGAAAGCAAATATAAGTTTTTGGTTGGGGTGACCGCGGAGTATAATATAACCTCCATGCTGAAGGAATTAAACTGAGAGTCACCACTCTAAGTATCAATATTTGACATTTTGACCAATACGAACAACGACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCACTTCAAGAGCCCTATCGACAAGTGGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGTATCCCAGTGGTGCACCG Smilisca_baudinii GGACTACGAGCAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTGTAATCGATAACCCCCGTTTAACCTCACCATTTCTAGCTCTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCTCGTGAGCGCTCAGTGAGCTCAATGTCCATCAATACGTCAGGTCAGGTGCAGTAAATGAAATGGAAGAGATGGGCTACACTATCTAATTAGATAAAACGTGACTATATGACCGTCGGAAGGCGGATTTAGTAGTAAAAAGAGACAAGAGAGCTCTTTTAACTCGGCACTGGGTCCAGCTGCCCAGTGATTTTACGGCCGCGGTATCTAACCGTGCGAAGGTAGCGTAATCACTGTTCTAATGAGGATAGTATGGCCACGAAGGTTATACTGTCTCCTTTTTCTAATCAGTGAAACTAATTCCGTGAAGAAGCGGGGATAATGATATAAGACGAGAAGCCCTATGGAGCTTTAAACTATGCTTTATATACCTCTTCAGAGAGCTTGTATTAGTTTTAGGTTGGGGTGACCGCGGAGCACAAAACAACCTCCACGTTGAATGGGCTGAGCTAGGAGCCACGACTCTAAGCACCAATAAATGACATCTTGACCAGTATGATCAACGACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCGTTTCAAGAGCCCTATCGACAAACGGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGTATCCCAGTGGTGCACCG Spea_bombifrons GGACTACGAGCGAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGGCGGTGCCCCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAATCCACGATAAACCTCACCACTTCCTGCAAACCGCCTATATACCGCCGTCGCCAGCTTACCCTTTGAAGGAAAAGTAAGTACAATGGTCACCAAAACGTCAGGTCAGGTGTAGCGAATGAAGTGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTAGATAGAACATACGAGATCACATGAAAGTCGGAAGGCGGATTTAACAGTAAAAAGAAACCATAACATTCTTTTAAACTGGCCCTGGGTCCCGCTGCCCAGTGATTTTACGGCCGCGGTATCTGACCGTGCGAAGGTAGCGTAATCATTGTCTTAATGAGGATTGTATGGCCACGAAGACCTTACTGTCTCCTATATCCAATCAGTGAAACTGATTCCGTGAAGAAGCGGGGATTTCACCATAAGACGAGAAGCCCCATGGAGCTTTAAACTTCTGCTAACCCTTCCCTATGGGAAGCACTCTTATGTTTTCGGTTGGGGCGACCACGGAGAATAATAAATCCTCCATGATGAAAGAATTTAACCAAGAGCCACAGCTCTAAGTATTAGAATTTAACCTTTTGATCAATCTGATCAACGACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCCATTTCAAGAGTCATATCGACAAATGGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGCATCCTAGTGGTGCACCG Strongylopus_fasciatus GGATTACGAGCTAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGACGGTGTCCCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGACTCTCCCCGCTACACCTCACCATTTTTAGCTCTCAGTCTGTATACCTCCGTCGCAAGCTTACCGTATGAACGTCCAGTAAGCCCAATGGTCACCAATACGTCAGGTCAGGTGCAGCTCATGAAATGGAAGCAATGGGCTACAATTTCTAAGTAGAACAAACGAGACTGTATGACCGGTCGAAGGCGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGCGTGTTCTTTTAACTAGGCACTGGGTCCAGCTGCCCGGTGAAATTACGGCCGCGGTACCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTGTTCTAATGGGGATAGTACGGCCACGAGGGTTTCACTGTCTCCTTTCTCCAATCAGTGAAACTGATTCCGTGAAGAAGCGGGGATTTTTATATAAGACGAGAAGCCCCATGGAGCTTTAAGCCCTTTACAAAATTTCCATAACCTTAAGGTTTGTTGGCTTTAGGTGGGGGTGACCGCGGAGTATAAAATAACCTCCACGACCAATGGGCTTATCCAAGAGCTACTGCTCTAAGAATCATTAACTGACCTAATGATCAATTAGATCAACGACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCCATTTCAAGAGCCCTATCGACAAGTGGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGTATCCTAGTGGCGCACCG Xenopus_laevis GAACTACGAGCCAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGGCGGTGCTCCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAATCGATACCCCTCGCTAAACCTCACCACTTCTTGCAACCCGCCTATATACCACCGTCGCCAGCCCACCTCGTGAGAGCTTAGTAGGCTTAATGATCATCAACACGTCAGGTCAGGTGTAGCATATGAAGTGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTATCTAGAATAAACGAGATCTTATGACCATCGAAAGGCGGATTTAGCAGTAAAGAGAAACAAGAGAGTTCTCTTAAAACGGCCCTGGATCCAGCTGCCCAGTGATTTCACGGCCGCGGTATCTGACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTGTCTTAATAAGAATGGTACGGCCACGAAGGTTCAACTGTCTCCTGCATCCAATCCATTAAACTGACTCCGTGCAGAGGCGGGGATAGAACCATAGAACGAGAAGCCCTATGGAGCTTTAAACTACAAGTGAACCTACCATAAGGAAAGAAACCTAAAGTTTTCGGTTGGGGCGACCACGGAGAATAAAAAATCCTCCTTGAAGAATAGGCTTCACCAAGAACCACCATTCTAAGTAACAAAATTTGACTATTTGATCAGTCCGATCAACGACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCATTTCAAAAGTCCTATCGACAAATGGGTTTACGACTCGATGTTGGATCAGGGCATCCCAGTGGTGCACCG ; END; BEGIN TREES; TITLE nr_18s_28s_polystome_consensus; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Polystoma_gallieni, 2 Polystoma_integerrimum, 3 Polystoma_testimagna, 4 Polystoma_dawiekokis, 5 Polystoma_marmorati, 6 Polystoma_spHC, 7 Polystoma_naevius, 8 Polystoma_nearcticum, 9 Polystoma_lopezromani, 10 Polystoma_sp2, 11 Polystoma_cuvieri, 12 Wetapolystoma_almae, 13 Eupolystoma_Alluaudi, 14 Eupolystoma_sp1, 15 Polystoma_spRA, 16 Polystoma_spRV1, 17 Polystoma_spRO, 18 Polystoma_indicum, 19 Parapolystoma_sp, 20 Diplorchis_ranae, 21 Neodiplorchis_scaphiopodis, 22 Pseudodiplorchis_americanus, 23 Protopolystoma_xenopodis; TREE Fig._1 = [&R] (((19:0.012017,20:0.015984):0.019326,(((15:8.3E-4,16:0.001907,17:0.001539):0.001482,18:0.004871):0.011433,((13:0.031379,14:0.028844):0.026787,(((6:0.001861,8:0.004521):0.01035,7:0.008221):0.009311,((1:0.021018000000000002,2:0.011048,((3:9.77E-4,5:0.002088):0.007178,4:0.012252):0.013675):0.010843,(9:0.02015,((10:5.6E-4,11:0.001911):0.004797,12:0.010826):0.003544):0.001873):0.002643):0.023925):0.005743):0.005695):0.0685545,((21:0.008002,22:0.004839):0.142972,23:0.130518):0.0685545) END; BEGIN TREES; TITLE Combined_mtDNA_12s_16s_and_nrDNA_rhodopsin_anura_consensus; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Rana_temporaria, 2 Rana_rugosa, 3 Rhacophorus_arboreus, 4 Rhacophorus_maximus, 5 Rhacophorus_omeimontis, 6 Strongylopus_fasciatus, 7 Hyperolius_viridiflavus, 8 Ptychadena_anchietae, 9 Hyla_versicolor, 10 Hyla_cinerea, 11 Smilisca_baudinii, 12 Litoria_gracilenta, 13 Phrynohyas_venulosa, 14 Bufo_regularis, 15 Schismaderma_carens, 16 Physalaemus_cuvieri, 17 Leptodactylus_mystaceus, 18 Xenopus_laevis, 19 Scaphiopus_couchii, 20 Spea_bombifrons; TREE Supp._Mat. = [&R] (18:0.177503,(19:0.04059,20:0.049007)1.00:0.15143,(((((1:0.079843,2:0.043053)1.00:0.059846,((3:0.012598,5:0.020908)0.56:0.008842,4:0.0476)1.00:0.112928)1.00:0.026892,6:0.116606)1.00:0.060022,(7:0.340746,8:0.150616)0.84:0.025826)1.00:0.076424,((((((9:0.022372,10:0.026655)1.00:0.025327,11:0.040075)1.00:0.037045,13:0.035117)0.84:0.016999,12:0.072697)0.99:0.020447,17:0.115136)0.74:0.014795,((14:0.062346,15:0.058112)1.00:0.061934,16:0.143824)0.82:0.021834)0.98:0.035345)1.00:0.12974); END; BEGIN TREES; TITLE Mitochondrial_12s_16S_anura_consensus; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Rana_temporaria, 2 Rana_rugosa, 3 Rhacophorus_arboreus, 4 Rhacophorus_maximus, 5 Rhacophorus_omeimontis, 6 Strongylopus_fasciatus, 7 Hyperolius_viridiflavus, 8 Ptychadena_anchietae, 9 Hyla_meridionalis, 10 Hyla_versicolor, 11 Hyla_cinerea, 12 Smilisca_baudinii, 13 Litoria_gracilenta, 14 Phrynohyas_venulosa, 15 Bufo_regularis, 16 Bufo_margaritifer, 17 Schismaderma_carens, 18 Physalaemus_cuvieri, 19 Leptodactylus_mystaceus, 20 Xenopus_laevis, 21 Scaphiopus_couchii, 22 Spea_bombifrons; TREE Supp._Mat. = [&R] (20:0.233404,(21:0.058833,22:0.037604):0.122825,(((((1:0.10714,2:0.063099):0.06966,(3:0.013051,(4:0.073236,5:0.026791):0.008064):0.170284):0.033921,6:0.133754):0.064071,(7:0.442932,8:0.237387):0.033752):0.080448,(((((9:0.038171,(10:0.017811,11:0.046494):0.017113):0.02485,12:0.048522):0.032593,14:0.043234):0.02308,13:0.074608,((15:0.061173,17:0.069412):0.019209,16:0.067144):0.0752,19:0.143071):0.026728,18:0.153845):0.046998):0.183576); END; BEGIN TREES; TITLE Nuclear_rhodopsin_anura_consensus; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Rana_temporaria, 2 Rana_japonica, 3 Rhacophorus_arboreus, 4 Rhacophorus_maximus, 5 Rhacophorus_omeimontis, 6 Strongylopus_fasciatus, 7 Hyperolius_viridiflavus, 8 Ptychadena_mascareniensis, 9 Hyla_versicolor, 10 Hyla_cinerea, 11 Smilisca_baudinii, 12 Litoria_aurea, 13 Phrynohyas_venulosa, 14 Bufo_regularis, 15 Schismaderma_carens, 16 Physalaemus_cuvieri, 17 Leptodactylus_fuscus, 18 Xenopus_laevis, 19 Scaphiopus_couchii, 20 Spea_hammondii; TREE Fig._2 = [&R] ((((7:0.170657,8:0.035685)0.62:0.016873,(6:0.070388,(2:0.049172,1:0.06492400000000001,(3:0.011118,4:0.003785,5:0.011189)1.00:0.025998)1.00:0.017895)0.78:0.043828)1.00:0.05884,(((9:0.016813,10:0.008589)0.99:0.017007,11:0.025358)1.00:0.03886,(12:0.057173,13:0.026054)0.58:0.010343)0.97:0.020912,((14:0.05228,15:0.041089)1.00:0.05132,16:0.103982)0.74:0.030477,17:0.05122)1.00:0.022296,(18:0.096859,(19:0.016689,20:0.05772)1.00:0.155354)0.75:0.022296) END;