#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 19:46 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Small R. 2004. Phylogeny of Hibiscus sect. Muenchhusia (Malvaceae) based on chloroplast rpL16 and ndhF, and nuclear ITS and GBSSI sequences. Systematic Botany, 29(2): 385-392. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1143] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=30; TAXLABELS Abelmoschus_manihot Alyogyne_huegelii Bombax_buonopozense Fioria_vitifolia Hibiscus_apodus Hibiscus_calyphyllus Hibiscus_coatesii Hibiscus_coccineus Hibiscus_dasycalyx Hibiscus_engleri Hibiscus_grandiflorus Hibiscus_laevis Hibiscus_macrophyllus Hibiscus_moscheutos Hibiscus_pentaphyllus Hibiscus_peralbus Hibiscus_physaloides Hibiscus_schinzii Hibiscus_striatus Hibiscus_surattensis Hibiscus_syriacus Hibiscus_trionum Hibiscus_waimeae Howittia_trilocularis Macrostelia_grandifolia Malvaviscus_arboreus Pavonia_multiflora Radyera_farragei Sida_acuta Thespesia_populnea ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=15; TAXLABELS Hibiscus_coccineus_FL Hibiscus_coccineus_MOBOT Hibiscus_dasycalyx_TX1_allele1 Hibiscus_dasycalyx_TX1_allele2 Hibiscus_dasycalyx_TX2 Hibiscus_grandiflorus_FL1_allele1 Hibiscus_grandiflorus_FL1_allele2 Hibiscus_grandiflorus_FL2 Hibiscus_incanus_FL Hibiscus_laevis_NE Hibiscus_laevis_TN Hibiscus_lasiocarpos_IL Hibiscus_moscheutos_TN Hibiscus_palustris_NY Hibiscus_trionum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M155] TITLE rpL16_and_ndhF; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2643; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Hibiscus_apodus 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Hibiscus_calyphyllus 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Hibiscus_coatesii 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Hibiscus_coccineus 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Hibiscus_laevis 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Hibiscus_macrophyllus 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Hibiscus_moscheutos 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Hibiscus_pentaphyllus 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Hibiscus_peralbus 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Hibiscus_physaloides 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Hibiscus_schinzii 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Hibiscus_striatus 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Hibiscus_surattensis 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Hibiscus_syriacus 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Hibiscus_trionum 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Macrostelia_grandifolia 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Malvaviscus_arboreus 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Pavonia_multiflora 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Sida_acuta 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Hibiscus_incanus_FL 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Hibiscus_laevis_NE 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Hibiscus_laevis_TN 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Hibiscus_lasiocarpos_IL 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Hibiscus_moscheutos_TN GTGGACTTCCTCCAGCCATGGCTGTAAGTAGAGATTTACAT---------------AGTGTTTTGCTCCTTATATATGATTTTGG-CTTGATTTTGGTTAGTTATCATTCAATAGGCCAAAGGACACCGTGTTATGACTGTGTCTCCTCGCTATGATCAGTACAAGGATGCATGGGACACAAGCGTTGTAGTCGAAGTAAAGT--------TTCGTATCCTTTTTTGTGCAAATTCCATAGTGGT-----TATGTTTGGGTTAGATTCTTAAAGTTCTGC--------TCCTGGTATGCAGCTAAAAGTCGGGGACAAAGTTGAGACTGTTCGGTTCTGCCACTGCTACAAACGTGGGGTTGATCGTGTCTTTGTAGATCACCCCATGTTCCTTGAGAAGGTTCAGAAACTTGATTTCCTTGAGTTCAAGTTCTTGTAGAAACTTGATTTCCTTGATTTTAATTTCTCTGTTTTGATGATTCAGGTATGGGGCAAAACAGCATCCAAAATCTATGGCCCCAGGGCAGGCGTGGACTACAAAGACAATCAATTGCGGTTCAGCTTGTTATGCCAGGTAAATACAGAATTTTGTTATGGCCCTGACCCTGAGCCTAACTATGCATTATTTCTTCCAAATTAGTAGTTATATCATGAACGAAACGAAATTCCTCTGCAGTTTTTAGCTGCGAGAATTATGAACTTCTGAACCTTAGTTTATCACATTCGGCTTAAACTTCCAGGCCATCTGTTAAATTTTTGATGTTAAGTTGTCTAAACAGGAAAA-GCCAATTTGGTTTGTGTTCTTGAGTTGCATTTCAAAAGGACATTGAGTATTAGA-GTCGAACGTGTATAAACTAAAGGGAAATCGGTTGTTGCTTGTTGTGCAAACCACTATGGTTCATCTGTTAATGCGCATCTTACAGACGGTTCATGGTTTCTAATTACGGCTTACTGGTTGATACAAGCTCAGAGTTTCACTTTTTATGTCACCAAATATAAGTGAA--CCTAATTTATTGACAATTT-GCAGGCTGCCCTGCTGGCACCCAGGGTTCTGAATTTGAACAGTAGCAAATATTTCTCAGGACCATATGGTATGG-AGCATGGATTTCTTTTGTCTTTAGTCTTAACCTTGAAAGTTTACCTATTCTTTCATGAAGTGATTTAGGCTAATGTGGTTCATCGTGTTCTGCAGGAGAAAATGTTGTCTTTATAGCCAATGATTGGCACACTGCTCTTCTACCATGCTATTTGAAAAGCATGTACCAGTCAAGGGGCATCTACATGAGTGCAAAGGTATGGTTGATAGCGTCTTGTTGGGTGAAAAAGGGTTCTTGCTGATTTGGACATGCGGAAGCTC-GAAACTTACATTGTGTGTGATAAACATGGCAGGTTGTATTTTGCATCCACAACATATCCTATCAGGGAAGATTTGCCTTTGCAGATTTCTCACTTCTCAATTTGCCTGATCGGTTCAAGAGTTCATTCGACTTCATTGATGGGTATGAAACCATAAGTGCTGCTGGTGTTATTTTTGTTACTAGAAGTCTATGCTTGGTACTTTTTAGACGAATTATTTTCTTCGGTCAAGGAATTAAAAGCTTTTCATTGTCAGGTACAACAAGCCTGTCAAGGGAAGGAAAATTAATTGGATGAAGGCTGGAATATTGGAATCGGATAGAGTCATGACTGTTAGCCCATACTATGCCCAGGAGCTTGTATCTGGTGAAGACAAAGGTGTTGAACTCGATAACTTCATTCGTAAAACTGGCATCACCGGCATCGTGAATGGCATGGATGTTCAAGAATGGAATCCGGCCACCGACAAATACACCTGTGTCAAATACGATGCAACAACTGTAAGTGCTTTCTATAGCATCCGATTTCTTGGTTGGTTGTGGTATTAGGAGACTGGTTTTATGGTAACTTCCGTTGCAGGTAATGGATGCAAAGCCATTGTTGAAAGAA Hibiscus_palustris_NY GTGGACTTCCTCCAGCCATGGCTGTAAGTAGAGATTTACAT---------------AGTGTTTTGCTCCTTATATATGATTTTGG-CTTGATTTTGGTTAGTTATCATTCAATAGGCCAAAGGACACCGTGTTATGACTGTGTCTCCTCGCTATGATCAGTACAAGGATGCATGGGACACAAGCGTTGTAGTCGAAGTAAAGT--------TTCGTATCCTTTTTTGTGCAAATTCCATAGTGGT-----TATGTTTGGGTTAGATTCTTAAAGTTCTGC--------TCCTGGTATGCAGCTAAAAGTCGGGGACAAAGTTGAGACTGTTCGGTTCTTCCACTGCTACAAACGTGGGGTTGATCGTGTCTTTGTAGATCACCCCATGTTCCTTGAGAAGGTTCAGAAACTTGATTTCCTTGAGTTCAAGTTCTTGTAGAAACTTGATTTCCTTGATTTTAATTTCTCTGTTTTGATGATTCAGGTATGGGGCAAAACAGCATCCAAAATCTATGGCCCCAGGGCAGGCGTGGACTACAAAGACAATCAATTGCGGTTCAGCTTGTTATGCCAGGTAAATACAGAATTTTGTTATGGCCCTGACCCTGAGCCTAACTATGCATTATTTCTTCCAAATTAGTAGTTATATCATGAACGAAACGAAATTCCTCTGCAGTTTTTAGCTGCGAGAATTATGAACTTCTGAACCTTAGTTTATCACATTCGGCTTAAACTTCCAGGCCATCTGTTAAATTTTTGATGTTAAGTTGTCTAAACAGGAAAA-GCCAATTTGGTTTGTGTTCTTGAGTTGCATTTCAAAAGGACATTGAGTATTAGA-GTCGAACGTGTATAAACTAAAGGGAAATCGGTTGTTGCTTGTTGTGCAAACCACTATGGTTCATCTGTTAATGCGCATCTTACAGACGGTTCATGGTTTCCAATTACGGCTTACTGGTTGATACAAGCTCAGAGTTTCACTTTTTATGTCACCAAATATAAGTGAA--CCTAATTTATTGACAATTTTGCAGGCTGCCCTGCTGGCACCCAGGGTTCTGAATTTGAACAGTAGCAAATATTTCTCAGGACCATATGGTATGG-AGCATGGATTTCTTTTGTCTTTAGTCTTAACCTTGAAAGTTTACCTATTCTTTCATGAAGTGATTTAGGCTAATGTGGTTCATCGTGTTCTGCAGGAGAAAATGTTGTCTTTATAGCCAATGATTGGCACACTGCTCTTCTACCATGCTATTTGAAAAGCATGTACCAGTCAAGGGGCATCTACATGAGTGCAAAGGTATGGTCGATAGCGTCTTGTTGGGTGAAAAAGGGTTCTTGCTGATTTGGACATGCGGAAGCTC-GAAACTTACATTGTGTGTGATAAACATGGCAGGTTGTATTTTGCATCCACAACATATCCTATCAGGGAAGATTTGCCTTTGCAGATTTCTCACTTCTCAATTTGCCTGATCGGTTCAAGAGTTCATTCGACTTCATTGATGGGTATGAAACCATAAGTGCTGCTGGTGTTATTTTTGTTACTAGAAGTCTATGCTCGGTACTTTTTAGACGAATTATTTTCTTCGGTCAAGGAATTAAAAGCTTTTCATTGTCAGGTACAACAAGCCTGTCAAGGGAAGGAAAATTAATTGGATGAAGGCTGGAATATTGGAATCGGATAGAGTCATGACTGTTAGCCCATACTATGCCCAGGAGCTTGTATCTGGTGAAGACAAAGGTGTTGAACTCGATAACTTCATTCGTAAAACTGGCATCACCGGCATCGTGAATGGCATGGATGTTCAAGAATGGAATCCGGCCACCGACAAATACACCTGTGTCAAATACGATGCAACAACTGTAAGTGCTTTCTATAGCATCCGATTTCTTGGTTGGTTGTGGTATTAGGAGACTGGTTTTATGGTAACTTCCGTTGCAGGTAATGGATGCAAAGCCATTGTTGAAAGAA Hibiscus_trionum --GGACTTCCTCCATCCATGGCTGTAAGTAAAGATTTACATTATTACATAGTGTTAAGTGTTTTGCTCCTTATATATGACTTTGGGCTTGATTTGGGTTAATTACAATTCAATAGGCCAATGGACACCGTGTTATGACAGTGTCTCCTCGCTATGATCAGTACAAGGATGCGTGGGACACAAGCGTTGTATTCAAATTAAAGTCCCTGCCTTCCCGGTCCTGTTATGTCCAAATCCCATTGAAGTGTATTTATGTTGGGATTAAATTCTTAATGTCCTGCACTTCTGCTCCTAATTTGCAGCTAAAAGTAGGGGACAAAGTTGAAACTGTCCGGTTCTCCCACTGCTACAAACGTGGGGTTGACCGTGTCTTTGTAGATCACCCCATGTTCCTTGAGAAGGTTCAGAAACTTGATTTCCTTGAGTTCAAGTTCTTGTAAGAATTTGATTTCCCTGATTTTGTTTTTTCTGTTTTGATGATTCAGGTATGGGGCAAAACAGCATCCAAAATCTATGGCCCCAGGGCAGGTGTGGACTACAAAGACAATCAACTGCGGTTCAGCTTGTTATGCCAGGTAAATTCAGAATTTTGTAAATACAGAATTTGGGGCTGCAAATCTTGCTCTTGTAAAAGGTTAG----GTGACACTGGTATGACAACGAAATTCGTC----------------GAGAATTATAAACTTTTGAACCTTAGTTTATCACATTCAGCTTAAACTTCCAGGCCATCTGTTAAATTTTTGATGTTAAGTTGTCTAAACAGGAAAAAGCTAATTTGGTTTGTGTTCTTGGGTTGCATTTCCAAAGGACATTGAGTATTAGACGTCGAACGTGTATAAACGAAAGGGAAATCGGTTGTTGCTTGTTGTGCAAACCACTATGGTTCATCTGTTAATGCGCA------------------------------------------------------GAGTTTCACTTTTTATGTCACCAAATATAAGTTGAGCCCTAATTTATTGAAAATTTTGCAGGCTGCCCTGTTGGCACCCCAGGTTCTGAATTTGAATAGTAGCAAATATTTCTCAGGACCATATGGTATGGGAGCATAGATTTCTTTTGTCTTTTGTCTTAAATTTGAAAGTTTACATACTCTTTCATGAAGTGATTTAGGCTAATGCGGTTCATCGTGTTTTGCAGGAGAAGATGTTGTCTTTATAGCCAATGATTGGCACACTGCTCTTCTACCATGCTATTTGAAAAGCATGTACCAGTCGAGGGGCATCTACATGAGTGCAAAGGTACGGTCGATAACGTCTTGTTTAGTGAAGCAGGGTTCTTGGTGATTCGTACATGCGGAAGCTT-GAAACTTACATCGTGTGTGATAAACATGACAGGTTGTATTTTGCATCCACAACATATCCTATCAGGGAAGATTTGCATTTGCAGATTTCTCACTTCTCAATTTGCCTGATCGGTTCAAGAGTTCGTTTGACTTCATTGATGGGTATGAAGCCATAAGTGCTGCTGGTGTTATTTTTGTTACTAGAAGTCTATGCTCGGTACTTTTTAGACGAATTATTTTCTTCGGTCAATGA---------------TTGCCAGGTACAACAAGCCTGTTAAGGGAAGGAAAATTAATTGGATGAAGGCTGGAACATTGGAATCGGATAGAGTCATGACTGTTAGCCCATACTATGCCCAGGAGCTTGTATTTGGTGAAGACACAGGTGTTGAACTCGATAGCATCATTTGTAAAACCGGCATCACCGGCATCGTGAATGGCATGGATGTTCAAGAATGGAATCCTGCCACCGACAAGTACACATGTGTCAAGTATGATGCAACAACTGTAAGTGCTTTCTATAGCATCCGATTTCGTGATTGGTTGTGGTATTAGAAGACTGGTTTTATGGTAACTTGCGTTGCAGGTAATGGATGCAAAGCCATTGTTGAAAGAA ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6840; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Hibiscus_striatus, 2 Hibiscus_trionum, 3 Hibiscus_pentaphyllus, 4 Malvaviscus_arboreus, 5 Pavonia_multiflora, 6 Abelmoschus_manihot, 7 Fioria_vitifolia, 8 Hibiscus_apodus, 9 Hibiscus_coccineus, 10 Hibiscus_grandiflorus, 11 Hibiscus_moscheutos, 12 Hibiscus_dasycalyx, 13 Hibiscus_laevis, 14 Hibiscus_physaloides, 15 Hibiscus_engleri, 16 Hibiscus_schinzii, 17 Hibiscus_surattensis, 18 Hibiscus_macrophyllus, 19 Hibiscus_coatesii, 20 Hibiscus_syriacus, 21 Macrostelia_grandifolia, 22 Hibiscus_peralbus, 23 Hibiscus_waimeae, 24 Hibiscus_calyphyllus, 25 Sida_acuta, 26 Thespesia_populnea, 27 Alyogyne_huegelii, 28 Howittia_trilocularis, 29 Radyera_farragei, 30 Bombax_buonopozense; TREE Fig._2 = [&R] (30,(29,(28,((27,26),25,(24,((23,22),(21,(20,19))),((18,17),((16,15,14),((13,12,11,10,9),(8,7,6,(5,4),1),2))),3))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6841; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Hibiscus_grandiflorus_FL1_allele1, 2 Hibiscus_grandiflorus_FL1_allele2, 3 Hibiscus_grandiflorus_FL2, 4 Hibiscus_incanus_FL, 5 Hibiscus_moscheutos_TN, 6 Hibiscus_lasiocarpos_IL, 7 Hibiscus_palustris_NY, 8 Hibiscus_laevis_TN, 9 Hibiscus_laevis_NE, 10 Hibiscus_dasycalyx_TX1_allele1, 11 Hibiscus_dasycalyx_TX1_allele2, 12 Hibiscus_dasycalyx_TX2, 13 Hibiscus_coccineus_MOBOT, 14 Hibiscus_coccineus_FL, 15 Hibiscus_trionum; TREE Fig._3 = [&R] ((((1,3),(2,4,(5,6),7,11)),(((8,9),(10,12)),(13,14))),15); END;