#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 9:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Collar D., Schulte ii J.A., & Losos J. 2011. Evolution of extreme body size disparity in monitor lizards (Varanus). Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11554] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=45; TAXLABELS Anguis_fragilis Anniella_pulchra Elgaria_kingii Heloderma_horridum Heloderma_suspectum Lanthanotus_borneensis Shinisaurus_crocodilurus Varanus_acanthurus Varanus_albigularis Varanus_baritji Varanus_beccarii Varanus_bengalensis Varanus_brevicauda Varanus_caudolineatus Varanus_eremius Varanus_exanthematicus Varanus_flavescens Varanus_giganteus Varanus_gilleni Varanus_glauerti Varanus_glebopalma Varanus_gouldii Varanus_griseus Varanus_indicus Varanus_keithhornei Varanus_kingorum Varanus_komodoensis Varanus_mertensi Varanus_mitchelli Varanus_niloticus Varanus_panoptes Varanus_pilbarensis Varanus_prasinus Varanus_primordius Varanus_rosenbergi Varanus_rudicollis Varanus_salvadorii Varanus_salvator Varanus_scalaris Varanus_semiremex Varanus_spenceri Varanus_storri Varanus_tristis Varanus_varius Xenosaurus_grandis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=37; TAXLABELS Varanus_acanthurus Varanus_albigularis Varanus_baritji Varanus_beccarii Varanus_bengalensis Varanus_brevicauda Varanus_caudolineatus Varanus_eremius Varanus_exanthematicus Varanus_flavescens Varanus_giganteus Varanus_gilleni Varanus_glauerti Varanus_glebopalma Varanus_gouldii Varanus_griseus Varanus_indicus Varanus_keithhornei Varanus_kingorum Varanus_komodoensis Varanus_mertensi Varanus_mitchelli Varanus_niloticus Varanus_panoptes Varanus_pilbarensis Varanus_prasinus Varanus_primordius Varanus_rosenbergi Varanus_rudicollis Varanus_salvadorii Varanus_salvator Varanus_scalaris Varanus_semiremex Varanus_spenceri Varanus_storri Varanus_tristis Varanus_varius ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8991] TITLE Varanus_mtDNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2761; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Anniella_pulchra 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Elgaria_kingii 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Heloderma_horridum 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Heloderma_suspectum 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Lanthanotus_borneensis 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Shinisaurus_crocodilurus 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Varanus_acanthurus 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Varanus_albigularis 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Varanus_baritji 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Varanus_caudolineatus 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Varanus_eremius 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Varanus_flavescens 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Varanus_giganteus 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Varanus_gilleni 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Varanus_glauerti 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Varanus_glebopalma 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Varanus_gouldii 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Varanus_griseus 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Varanus_indicus 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Varanus_keithhornei 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Varanus_kingorum 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Varanus_komodoensis 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Varanus_mertensi 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Varanus_mitchelli 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Varanus_niloticus 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Varanus_panoptes 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Varanus_pilbarensis 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Varanus_rudicollis 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Varanus_salvator 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Varanus_scalaris 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Varanus_semiremex 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Varanus_spenceri 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Varanus_storri 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Varanus_tristis 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Varanus_varius 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Xenosaurus_grandis ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTAGCAGAAACCAATCGAGCCCCATTTGACCTGACAGAAGGGGAATCAGAACTAGTATCCGGCTTTAACGTAGAATACGCAGCCGGCCCATTTGCCCTGTTCTTCTTAGCAGAATATGCAAACATTCTACTAATAAATACCCTTTCATGTACATTATTCCTAAGCCCGGGCACCACAACACACCCAGAACAATTTCCAATAAACCTTATAACAAAAACTATCCTTCTAACCCTGGGCTTCCTATGGGTCCGAGCTTCCTACCCACGATTCCGTTATGATCAATTAATACACCTCTTGTGAAAGCAATTCCTTCCCCTCACCCTAGCCTTATGCCTCTGACACATCTCCTTCCCTACCTTTCTCGCAGGCCTCCCCCCACAA---TAATCCTA--GGAAATGTGCCTGAATTA--AAGGACTACTTTGATAGAGTAACTAACAGAGGTTTAAAC-CCTCTCACTTCCT-TAGAAAGACGGGAATTGAACCCGCACTAAAAAACTCAAAATCTTCTGCACGCCC-AT-TATACTACTTTCTAGTAAGGTCAGCTAA-AAAAGCTTTCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTT-AAACCCCTCCCATACTAATGAGCCCAACTACCCAATCCCTCCTCCTCTCCAACATTGCTATTGGCACCATTATTACAATATCAAGCCACCACTGACTACTAGCGTGAATGGGATTAGAACTAAACACCCTAGCAATACTTCCCATTATTTCAGCTACCCACCACCCGCGAGCCACAGAAGCTTCTACAAAGTACTTCCTCACACAAGCTGCTGCCTCCTCATTAATTCTGTTCGCAAGTATCTTAAATGCCCAACCCTCAGGACAATGAGACATTATACAACTATCAGACCCCTTAGCTAAAGTGCTATTCACCATAGCCCTTGCCATAAAACTGGGCCTCTCCCCAACCCACTTCTGATTGCCAGAAGTACTTCAGGGCTCCCCCCTTAAAACCTCACTAATCATTGTTACTTGACAAAAACTAGCACCAATAACACTTCTCTATCTCACATACAATCAAACCTCAACACCAACCCTAATTACAATTGGCATCATCTCCGTACTAGTTGGGGGGTTAGGGGGCCTAAACCAGACACAACTGCGAAAAATATTAGCCTTCTCCTCAATTTCACATCTCGGATGAATAGCCACAATTATAACTACAAACCCTAACCTTTCCCTACTAAGTCTAGCAGTATATATCCTTATCACCACCCCAACATTCCTATCCATAATCCTCTTAACAACCAAAACAATTAAAGACCTAGGGGCCTCATGAACAACCTCCCCAACCCTAATCTCATTAACAATAATACTCCTATTATCCCTAGGAGGACTCCCCCCCCTAACCGGGTTCCTACCAAAATGGCTAATTCTACAAGAACTCACAATTAACAACACAATTGTCATAGCAACAGGAATGGCACTAATAACCCTCCTAAACCTTTTCTTCTACTTACGACTAACTTATACTATAACCCTAACCCTCACCCCAAATGTCACTACCAATACCAGCAAGTGACGGTTTAATACAACCCAAACCACCCCCCTAATAACAACAGGAATCTCATTATCACTACTTGCCCTCCCACTAATACCCCTAGTACTG---TAACAGAAACTTAAACTTAACCCCTAAAGCTAAGAACCTTCAAAGTTCTAGATAAGAGTGAAACC-CTCTTAGTTTCTGC--------TTAGGCCTGTAAAACTCTAATTTACATCTTCTGAATGCAACCCAGACACTTT-AATTAAGCTAAAGCCTGCCCTAAATAAACGGGCCTCGATCCCGTAAAAT-ATTAATTAACAACTAACCGCTCTATCCAGCGAGCTTTTATCTA---CTTCTCCCG--TCGATAAA------AAA----CGGGAGAAGCCCGGGGGATCTTAAAAATCTC-GGCT-CCGAGTTTGCAACTCGG-CGTGCAGC--GCAC-T-TCAGGACT------TGATAAGAAAAGGAGTTAAACCTCT-CTTCATAGGACTACAGCCTACCGCTATGGACGCTCAGCCATCTTACC-GTGACCCTAACTCGATGGTTCTTTTCAACC ; END; BEGIN TREES; TITLE Varanus_MCC_tree; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Varanus_griseus, 2 Varanus_niloticus, 3 Varanus_albigularis, 4 Varanus_exanthematicus, 5 Varanus_indicus, 6 Varanus_prasinus, 7 Varanus_keithhornei, 8 Varanus_beccarii, 9 Varanus_salvator, 10 Varanus_rudicollis, 11 Varanus_flavescens, 12 Varanus_bengalensis, 13 Varanus_salvadorii, 14 Varanus_komodoensis, 15 Varanus_varius, 16 Varanus_spenceri, 17 Varanus_mertensi, 18 Varanus_giganteus, 19 Varanus_rosenbergi, 20 Varanus_panoptes, 21 Varanus_gouldii, 22 Varanus_glebopalma, 23 Varanus_pilbarensis, 24 Varanus_tristis, 25 Varanus_glauerti, 26 Varanus_scalaris, 27 Varanus_semiremex, 28 Varanus_mitchelli, 29 Varanus_brevicauda, 30 Varanus_eremius, 31 Varanus_gilleni, 32 Varanus_caudolineatus, 33 Varanus_primordius, 34 Varanus_kingorum, 35 Varanus_storri, 36 Varanus_baritji, 37 Varanus_acanthurus; TREE MCCTREE = [&R] ((1:0.255652,(2:0.21003,(3:0.124881,4:0.124881):0.085149):0.045622):0.114319,(((5:0.211438,(6:0.069667,(7:0.034469,8:0.034469):0.035197):0.141772):0.117648,((9:0.206992,10:0.206992):0.03658,(11:0.129491,12:0.129491):0.114081):0.085514):0.019136,(((13:0.22511,(14:0.082475,15:0.082475):0.142635):0.054858,(16:0.176799,(17:0.158258,(18:0.125731,(19:0.108841,(20:0.096438,21:0.096438):0.012403):0.01689):0.032528):0.018541):0.103168):0.036359,((22:0.24856,(23:0.226058,((24:0.149396,25:0.149396):0.063913,(26:0.189572,(27:0.077572,28:0.077572):0.112):0.023737):0.01275):0.022502):0.044014,((29:0.103014,30:0.103014):0.167558,((31:0.103137,32:0.103137):0.106789,((33:0.109713,34:0.109713):0.069302,(35:0.09562,(36:0.075724,37:0.075725):0.019895):0.083396):0.03091):0.060646):0.022002):0.023753):0.031895):0.02175); END;