#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 14:59 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Sutou M., Kato T., & Ito M. 2011. Recent discoveries of armyworms in Japan and their species identification using DNA barcoding. Molecular Ecology Resources, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11576] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=58; TAXLABELS Ctenosciara_japonica_JA0_JKY Ctenosciara_japonica_JA1_JKY Ctenosciara_japonica_JA10_JKY Ctenosciara_japonica_JA5_JKY Ctenosciara_japonica_JA6_JKY Ctenosciara_japonica_JA9_JKY Sciara_helvola_HL3_JKS Sciara_helvola_HL5_JKS Sciara_hemerobioides_HM10_JKY Sciara_hemerobioides_HM12_JKY Sciara_hemerobioides_HM13_JKYS Sciara_hemerobioides_HM5_JKYK Sciara_hemerobioides_HM8_JKYK Sciara_hemerobioides_HM9_JKY Sciara_humeralis_HU6_JKK Sciara_humeralis_HU8_JKK Sciara_kitakamiensis_ARJ10_JGM Sciara_kitakamiensis_ARJ5_JGM Sciara_kitakamiensis_ARJ6_JGM Sciara_kitakamiensis_ARJ7_JGM Sciara_kitakamiensis_ARJ8_JGM Sciara_kitakamiensis_ARJ9_JGM Sciara_kitakamiensis_ARJM1_JMH Sciara_kitakamiensis_ARJM2_JMH Sciara_kitakamiensis_ARJM3_JMH Sciara_kitakamiensis_ARJM4_JMH Sciara_kitakamiensis_KI14_JKO Sciara_kitakamiensis_KI15_JKY Sciara_kitakamiensis_KI16_JKY Sciara_kitakamiensis_KI17_JKY Sciara_kitakamiensis_KI18_JKY Sciara_kitakamiensis_KI19_JKY Sciara_kitakamiensis_KI20_JKY Sciara_kitakamiensis_KI21_JKY Sciara_kitakamiensis_KI8_JIK Sciara_kitakamiensis_KI9_JIK Sciara_melanostyla_ME10_JIK Sciara_melanostyla_ME16_JTN Sciara_melanostyla_ME17_JTN Sciara_melanostyla_ME18_JTN Sciara_melanostyla_ME19_JTN Sciara_melanostyla_ME20_JTN Sciara_melanostyla_ME21_JTN Sciara_melanostyla_ME7_JKYH Sciara_militaris_MIS1_BSA Sciara_militaris_MIS2_BSA Sciara_militaris_MIS3_BSA Sciara_militaris_MIS4_BSA Sciara_sp._SPM1_MSG Sciara_sp._SPM2_MSG Sciara_sp._SPM3_MSG Sciara_sp._SPM4_MSG Sciara_thoracica_TH10_JKY Sciara_thoracica_TH11_JKY Sciara_thoracica_TH12_JKY Sciara_thoracica_TH15_JFH Sciara_thoracica_TH7_JFH Sciara_thoracica_TH9_JKY ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M9066] TITLE DNA_barcodes_of_Sciara_spp.; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=630; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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ATTTTTGGAGCTTGATCAAGAATAGTCGGAACTTCATTAAGAATATTAATCCGGGCGGAATTAGGGTACCCTAATTCTTTAATTGGTGACGATCAAATTTATAATGTAATTGTTACAGCTCATGCTTTTATCATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTATAATCGGAGGATTTGGAAATTGATTAGTTCCACTTATATTAAGAGCCCCAGATATAGCTTTTCCTCGATTAAATAATATAAGTTTTTGATTACTTCCCCCTTCTTTAACTTTATTACTATCAAGAAGACTAGTAGAAAAAGGAACAGGTACTGGTTGAACTGTTTATCCTCCTTTATCTTCTACAATTTCTCATTCTGGAGCATCTGTAGATTTATCTATTTTTTCTCTTCATTTAGCAGGAATCTCTTCTATTTTAGGCGCAGTAAATTTTATTTCTACAATTATTAATATACGAACACCAGGAATATTATTTGATAAGATACCTTTATTTGTTTGATCAGTATTAATTACTGCTATTTTATTATTACTATCTTTACCAGTTTTAGCAGGAGCTATTACTATATTATTAACAGATCGAAATTTAAATACTTCTTTTTTTGACCCTGCAGGAGGGGGTGATCCAATTTTA Sciara_sp._SPM2_MSG ATTTTTGGAGCTTGATCAAGAATAGTCGGAACTTCATTAAGAATATTAATTCGAGCAGAATTAGGATACCCTAATTCTTTAATTGGTGATGATCAAATTTATAATGTAATTGTTACAGCTCATGCTTTTATCATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTATAATCGGGGGATTTGGAAATTGATTAATCCCACTTATATTAAGAGCCCCAGATATAGCTTTTCCTCGATTAAATAATATAAGTTTTTGATTACTTCCCCCTTCTTTAACTTTATTACTATCAAGAAGACTAGTAGAAAAAGGAACAGGTACTGGTTGAACTGTTTATCCTCCTTTATCTTCTACAATTTCTCATTCTGGGGCATCTGTAGATTTATCTATTTTTTCTCTTCATTTAGCAGGAATCTCTTCTATTTTAGGCGCAGTAAATTTTATTTCTACAATTATTAATATACGAACACCAGGAATATTATTTGATAAGATACCTTTATTTGTTTGATCAGTATTAATTACTGCTATTTTATTATTACTGTCTTTACCAGTTTTAGCAGGAGCTATTACTATATTATTAACAGATCGAAATTTAAATACTTCTTTTTTTGACCCTGCAGGAGGGGGTGATCCAATTTTA Sciara_sp._SPM3_MSG ?TTTTTGGAGCTTGATCAAGAATAGTCGGAACTTCATTAAGAATATTAATCCGGGCGGAATTAGGGTACCCTAATTCTTTAATTGGTGACGATCAAATTTATAATGTAATTGTTACAGCTCATGCTTTTATCATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTATAATCGGAGGATTTGGAAATTGATTAGTTCCACTTATATTAAGAGCCCCAGATATAGCTTTTCCTCGATTAAATAATATAAGTTTTTGATTACTTCCCCCTTCTTTAACTTTATTACTATCAAGAAGACTAGTAGAAAAAGGAACAGGTACTGGTTGAACTGTTTATCCTCCTTTATCTTCTACAATTTCTCATTCTGGAGCATCTGTAGATTTATCTATTTTTTCTCTTCATTTAGCAGGAATCTCTTCTATTTTAGGCGCAGTAAATTTTATTTCTACAATTATTAATATACGAACACCAGGAATATTATTTGATAAGATACCTTTATTTGTTTGATCAGTATTAATTACTGCTATTTTATTATTACTATCTTTACCAGTTTTAGCAGGAGCTATTACTATATTATTAACAGATCGAAATTTAAATACTTCTTTTTTTGACCCTGCAGGAGGGGGTGATCCAATTTTA Sciara_sp._SPM4_MSG ATTTTTGGAGCTTGATCAAGAATAGTCGGAACTTCATTAAGAATATTAATTCGAGCAGAATTAGGATACCCTAATTCTTTAATTGGTGATGATCAAATTTATAATGTAATTGTTACAGCTCATGCTTTTATCATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTATAATCGGGGGATTTGGAAATTGATTAATCCCACTTATATTAAGAGCCCCAGATATAGCTTTTCCTCGATTAAATAATATAAGTTTTTGATTACTTCCCCCTTCTTTAACTTTATTACTATCAAGAAGACTAGTAGAAAAAGGAACAGGTACTGGTTGAACTGTTTATCCTCCTTTATCTTCTACAATTTCTCATTCTGGGGCATCTGTAGATTTATCTATTTTTTCTCTTCATTTAGCAGGAATCTCTTCTATTTTAGGCGCAGTAAATTTTATTTCTACAATTATTAATATACGAACACCAGGAATATTATTTGATAAGATACCTTTATTTGTTTGATCAGTATTAATTACTGCTATTTTATTATTACTGTCTTTACCAGTTTTAGCAGGAGCTATTACTATATTATTAACAGATCGAAATTTAAATACTTCTTTTTTTGACCCTGCAGGAGGGGGTGATCCAATTTTA Sciara_thoracica_TH10_JKY ATTTTTGGAGCATGAGCTAGTATAGTAGGAACTTCCCTAAGTATATTGATTCGAGCAGAATTAGGTTATCCAAATTCTTTAATTGGAGACGATCAAATTTATAATGTTATTGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTATAATTGGGGGATTTGGAAATTGATTAGTACCTTTAATATTAAGAGCCCCAGATATAGCATTTCCACGATTAAATAATATAAGTTTTTGACTACTTCCCCCTTCTTTAACTTTATTATTATCAAGAAGTTTAGTAGAAAAAGGAACAGGAACCGGTTGAACTGTTTACCCCCCTCTATCTTCTACTATTTCCCATTCTGGAGCATCTGTAGACTTATCAATTTTTTCCCTTCATCTAGCAGGTATTTCTTCTATTTTAGGGGCAGTAAATTTTATTTCTACAATTATTAATATACGAGCCCCAGGAATATTATTTGATAAAATACCATTATTTGTCTGATCAGTATTTATTACTGCTATTTTATTACTTCTATCTCTCCCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACTATATTATTAACAGATCGAAATTTAAATACATCATTCTTTGACCCAGCAGGAGGGGGAGACCCCATTATA Sciara_thoracica_TH11_JKY ?TTTTTGGAGCATGAGCTAGTATAGTAGGAACTTCCCTAAGTATATTGATTCGAGCAGAATTAGGTTATCCAAATTCTTTAATTGGAGACGATCAAATTTATAATGTTATTGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTATAATTGGGGGATTTGGAAATTGATTAGTACCTTTAATATTAAGAGCCCCAGATATAGCATTTCCACGATTAAATAATATAAGTTTTTGACTACTTCCCCCTTCTTTAACTTTATTATTATCAAGAAGTTTAGTAGAAAAAGGAACAGGAACCGGTTGAACTGTTTACCCCCCTCTATCTTCTACTATTTCCCATTCTGGAGCATCTGTAGACTTATCAATTTTTTCCCTTCATCTAGCAGGTATTTCTTCTATTTTAGGGGCAGTAAATTTTATTTCTACAATTATTAATATACGAGCCCCAGGAATATTATTTGATAAAATACCATTATTTGTCTGATCAGTATTTATTACTGCTATTTTATTACTTCTATCTCTCCCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACTATATTATTAACAGATCGAAATTTAAATACATCATTCTTTGACCCAGCAGGAGGGGGAGACCCCATTATA Sciara_thoracica_TH12_JKY ATTTTTGGGGCATGAGCTAGTATAGTAGGAACTTCCCTAAGTATATTGATTCGAGCAGAATTAGGTTATCCAAATTCTTTAATTGGAGACGATCAAATTTATAATGTTATTGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTATAATTGGGGGATTTGGAAATTGATTAGTACCTTTAATATTAAGAGCCCCAGATATAGCATTTCCACGATTAAATAATATAAGTTTTTGACTACTTCCCCCTTCTTTAACTTTATTATTATCAAGAAGTTTAGTAGAAAAAGGAACAGGAACCGGTTGAACTGTTTACCCCCCTCTATCTTCTACTATTTCCCATTCTGGAGCATCTGTAGACTTATCAATTTTTTCCCTTCATCTAGCAGGTATTTCTTCTATTTTAGGGGCAGTAAATTTTATTTCTACAATTATTAATATACGAGCCCCAGGAATATTATTTGATAAAATACCATTATTTGTCTGATCAGTATTTATTACTGCTATTTTATTACTTCTATCTCTCCCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACTATATTATTAACAGATCGAAATTTAAATACATCATTCTTTGACCCAGCAGGAGGGGGAGACCCCATTATA Sciara_thoracica_TH15_JFH ATTTTTGGAGCATGAGCTAGTATAGTAGGAACTTCCCTAAGTATATTGATTCGAGCAGAATTAGGTTATCCAAATTCTTTAATTGGAGACGATCAAATTTATAATGTTATTGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTATAATTGGGGGATTTGGAAATTGATTAGTACCTTTAATATTAAGAGCCCCAGATATAGCATTTCCACGATTAAATAATATAAGTTTTTGACTACTTCCCCCTTCTTTAACTTTATTATTATCAAGAAGTTTAGTAGAAAAAGGAACAGGAACCGGTTGAACTGTTTACCCCCCTCTATCTTCTACTATTTCCCATTCTGGAGCATCTGTAGACTTATCAATTTTTTCCCTTCATCTAGCAGGTATTTCTTCTATTTTAGGGGCAGTAAATTTTATTTCTACAATTATTAATATACGAGCCTCAGGAATATTATTTGATAAAATACCATTATTTGTCTGATCAGTATTTATTACTGCTATTTTATTACTTCTATCTCTCCCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACTATATTATTAACAGATCGAAATTTAAATACATCATTCTTTGACCCAGCAGGAGGGGGAGACCCCA????? Sciara_thoracica_TH7_JFH ATTTTTGGAGCATGAGCTAGTATAGTAGGAACTTCCCTAAGTATATTGATTCGAGCAGAATTAGGTTATCCAAATTCTTTAATTGGAGACGATCAAATTTATAATGTTATTGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTATAATTGGGGGATTTGGAAATTGATTAGTACCTTTAATATTAAGAGCCCCAGATATAGCATTTCCACGATTAAATAATATAAGTTTTTGACTACTTCCCCCTTCTTTAACTTTATTATTATCAAGAAGTTTAGTAGAAAAAGGAACAGGAACCGGTTGAACTGTTTACCCCCCTCTATCTTCTACTATTTCCCATTCTGGAGCATCTGTAGACTTATCAATTTTTTCCCTTCATCTAGCAGGTATTTCTTCTATTTTAGGGGCAGTAAATTTTATTTCTACAATTATTAATATACGAGCCTCAGGAATATTATTTGATAAAATACCATTATTTGTCTGATCAGTATTTATTACTGCTATTTTATTACTTCTATCTCTCCCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACTATATTATTAACAGATCGAAATTTAAATACATCATTCTTTGACCCAGCAGGAGGGGGAGACCCCATTTTA Sciara_thoracica_TH9_JKY ATTTTTGGAGCATGAGCTAGTATAGTAGGAACTTCCCTAAGTATATTGATTCGAGCAGAATTAGGTTATCCAAATTCTTTAATTGGAGACGATCAAATTTATAATGTTATTGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTATAATTGGGGGATTTGGAAATTGATTAGTACCTTTAATATTAAGAGCCCCAGATATAGCATTTCCACGATTAAATAATATAAGTTTTTGACTACTTCCCCCTTCTTTAACTTTATTATTATCAAGAAGTTTAGTAGAAAAAGGAACAGGAACCGGTTGAACTGTTTACCCCCCTCTATCTTCTACTATTTCCCATTCTGGAGCATCTGTAGACTTATCAATTTTTTCCCTTCATCTAGCAGGTATTTCTTCTATTTTAGGGGCAGTAAATTTTATTTCTACAATTATTAATATACGAGCCCCAGGAATATTATTTGATAAAATACCATTATTTGTCTGATCAGTATTTATTACTGCTATTTTATTACTTCTATCTCTCCCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACTATATTATTAACAGATCGAAATTTAAATACATCATTCTTTGACCCAGCAGGAGGGGGAGACCCCATTATA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = DNA_barcodes_of_Sciara_spp.) = 1: 1-628\3, 2: 2-629\3, 3: 3-630\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = DNA_barcodes_of_Sciara_spp.) = 1: 1-628\3, 2: 2-629\3, 3: 3-630\3; END; BEGIN TREES; TITLE NJ_of_Sciara_spp.; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Ctenosciara_japonica_JA0_JKY, 2 Ctenosciara_japonica_JA1_JKY, 3 Ctenosciara_japonica_JA5_JKY, 4 Ctenosciara_japonica_JA6_JKY, 5 Ctenosciara_japonica_JA9_JKY, 6 Ctenosciara_japonica_JA10_JKY, 7 Sciara_thoracica_TH7_JFH, 8 Sciara_thoracica_TH15_JFH, 9 Sciara_thoracica_TH9_JKY, 10 Sciara_thoracica_TH10_JKY, 11 Sciara_thoracica_TH11_JKY, 12 Sciara_thoracica_TH12_JKY, 13 Sciara_hemerobioides_HM5_JKYK, 14 Sciara_hemerobioides_HM8_JKYK, 15 Sciara_hemerobioides_HM9_JKY, 16 Sciara_hemerobioides_HM10_JKY, 17 Sciara_hemerobioides_HM12_JKY, 18 Sciara_hemerobioides_HM13_JKYS, 19 Sciara_helvola_HL3_JKS, 20 Sciara_helvola_HL5_JKS, 21 Sciara_militaris_MIS1_BSA, 22 Sciara_militaris_MIS2_BSA, 23 Sciara_militaris_MIS3_BSA, 24 Sciara_militaris_MIS4_BSA, 25 Sciara_humeralis_HU6_JKK, 26 Sciara_humeralis_HU8_JKK, 27 Sciara_kitakamiensis_KI8_JIK, 28 Sciara_kitakamiensis_KI9_JIK, 29 Sciara_kitakamiensis_KI14_JKO, 30 Sciara_kitakamiensis_KI15_JKY, 31 Sciara_kitakamiensis_KI16_JKY, 32 Sciara_kitakamiensis_KI17_JKY, 33 Sciara_kitakamiensis_KI18_JKY, 34 Sciara_kitakamiensis_KI19_JKY, 35 Sciara_kitakamiensis_KI20_JKY, 36 Sciara_kitakamiensis_KI21_JKY, 37 Sciara_melanostyla_ME7_JKYH, 38 Sciara_melanostyla_ME10_JIK, 39 Sciara_melanostyla_ME16_JTN, 40 Sciara_melanostyla_ME17_JTN, 41 Sciara_melanostyla_ME18_JTN, 42 Sciara_melanostyla_ME19_JTN, 43 Sciara_melanostyla_ME20_JTN, 44 Sciara_melanostyla_ME21_JTN, 45 Sciara_sp._SPM1_MSG, 46 Sciara_sp._SPM2_MSG, 47 Sciara_sp._SPM3_MSG, 48 Sciara_sp._SPM4_MSG, 49 Sciara_kitakamiensis_ARJ5_JGM, 50 Sciara_kitakamiensis_ARJ6_JGM, 51 Sciara_kitakamiensis_ARJ7_JGM, 52 Sciara_kitakamiensis_ARJ8_JGM, 53 Sciara_kitakamiensis_ARJ9_JGM, 54 Sciara_kitakamiensis_ARJ10_JGM, 55 Sciara_kitakamiensis_ARJM1_JMH, 56 Sciara_kitakamiensis_ARJM2_JMH, 57 Sciara_kitakamiensis_ARJM3_JMH, 58 Sciara_kitakamiensis_ARJM4_JMH; TREE PAUP_1 = [&R] (((1:0.0,(3:0.0,4:0.0):0.0):0.001355,(5:0.001124,(2:0.0,6:0.0):4.63E-4):0.003253):0.029961,(((19:0.0,20:0.0):0.048769,((37:0.0,(42:0.0,(38:9.7E-5,40:0.0):4.9E-5):1.7E-5):0.004327,((39:0.003401,43:0.002948):0.001879,(41:0.0,44:0.0):0.00447):0.002008):0.06693):0.00638,(((17:7.34E-4,(13:0.0,(18:0.0,(15:0.0,(14:2.71E-4,16:0.001317):1.4E-4):4.8E-5):2.5E-5):8.1E-4):0.053274,((22:0.0,(21:0.0,(23:8.7E-5,24:0.0):4.4E-5):1.5E-5):0.059172,((7:0.0,8:2.77E-4):0.001594,(12:0.001095,(10:0.0,(9:0.0,11:6.9E-5):3.5E-5):4.81E-4):5.41E-4):0.041817):0.003977):0.002118,(((45:0.0,47:7.2E-5):0.007424,(46:0.0,48:0.0):0.008466):0.03463,((25:0.0,26:0.0):0.024125,((28:0.002021,(27:9.32E-4,(55:1.7E-5,(57:1.52E-4,(56:1.1E-5,58:0.0):0.0):3.4E-5):7.06E-4):1.43E-4):5.38E-4,((30:0.0,(29:0.0,33:4.8E-5):2.4E-5):2.38E-4,(((31:0.0,35:0.0):3.17E-4,(32:0.0,36:5.1E-5):0.001272):4.26E-4,(52:0.0,(50:0.0,(54:0.0,(51:0.0,(53:0.0,(34:0.0,49:3.7E-5):7.1E-5):2.4E-5):1.3E-5):8.0E-6):5.0E-6):0.001144):4.49E-4):0.001163):0.021386):0.01279):0.011772):0.017859):0.029961); END;