#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 4:24 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Anikster Y., Szabo L., Eilam T., Manisterski J., Koike S., & Bushnell W. 2004. Morphology, Life Cycle Biology, and DNA Sequence Analysis of Rust Fungi on Garlic and Chives from California. Phytopathology, 94: 569-577. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1160] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=15; TAXLABELS Puccinia_allii_HSZ0004 Puccinia_allii_HSZ0162 Puccinia_allii_HSZ0341 Puccinia_allii_HSZ0343 Puccinia_allii_HSZ0344 Puccinia_allii_HSZ0384 Puccinia_allii_HSZ0508 Puccinia_allii_HSZ0509 Puccinia_allii_YA8799 Puccinia_allii_YA8827 Puccinia_hordei_CDL22_81 Puccinia_hordei_CDL64_2B Puccinia_triticina Uromyces_scillarum_YA3464 Uromyces_scillarum_YA3465 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2459] TITLE ITS_rDNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=812; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Puccinia_allii_HSZ0344, 2 Puccinia_allii_HSZ0343, 3 Puccinia_allii_HSZ0341, 4 Puccinia_allii_HSZ0162, 5 Puccinia_allii_HSZ0004, 6 Uromyces_scillarum_YA3465, 7 Uromyces_scillarum_YA3464, 8 Puccinia_triticina, 9 Puccinia_hordei_CDL64_2B, 10 Puccinia_hordei_CDL22_81, 11 Puccinia_allii_YA8827, 12 Puccinia_allii_YA8799, 13 Puccinia_allii_HSZ0509, 14 Puccinia_allii_HSZ0508, 15 Puccinia_allii_HSZ0384; TREE Alt_2 = [&R] (8,((9,10),(((((4,14),2,1,3),13),(11,(12,5,15))),(7,6)))); TREE Alt_1 = [&R] (8,((9,10),(((((4,14),(2,1,3)),13),(11,(12,5,15))),(7,6)))); TREE Fig._6 = [&R] (8,((9,10)Puccinia_hordei,((((4,14),(2,1,3),13),(11,(12,5,15)))Puccinia_allii,(7,6)Uromyces_scillarum))); END;