#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 0:52 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Melo-ferreira J., Boursot P., Carneiro M., Esteves P.J., Farelo L., & Alves P.C. 2011. Recurrent Introgression of Mitochondrial DNA Among Hares (Lepus spp.) revealed by Species-tree Inference and Coalescent Simulations. Systematic Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11662] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=101; TAXLABELS Lepus_americanus_Lam1_1 Lepus_americanus_Lam1_2 Lepus_americanus_Lam2_1 Lepus_americanus_Lam2_2 Lepus_americanus_Lam3_1 Lepus_americanus_Lam3_2 Lepus_arcticus_Lar1_1 Lepus_arcticus_Lar1_2 Lepus_arcticus_Lar2_1 Lepus_arcticus_Lar2_2 Lepus_arcticus_Lar3_1 Lepus_arcticus_Lar3_2 Lepus_californicus_Lcf1_1 Lepus_californicus_Lcf1_2 Lepus_californicus_Lcf2_1 Lepus_californicus_Lcf3_2 Lepus_capensis_Lcp1_1 Lepus_capensis_Lcp1_2 Lepus_capensis_Lcp2_1 Lepus_capensis_Lcp2_2 Lepus_capensis_Lcp3_1 Lepus_capensis_Lcp3_2 Lepus_castroviejoi_Lcs1_1 Lepus_castroviejoi_Lcs1_2 Lepus_castroviejoi_Lcs2_1 Lepus_castroviejoi_Lcs2_2 Lepus_castroviejoi_Lcs3_1 Lepus_castroviejoi_Lcs3_2 Lepus_castroviejoi_Lcs4_1 Lepus_castroviejoi_Lcs4_2 Lepus_castroviejoi_Lcs5_1 Lepus_castroviejoi_Lcs5_2 Lepus_castroviejoi_Lcs6_1 Lepus_castroviejoi_Lcs6_2 Lepus_castroviejoi_Lcs7_1 Lepus_castroviejoi_Lcs7_2 Lepus_corsicanus_Lcr1_1 Lepus_corsicanus_Lcr1_2 Lepus_corsicanus_Lcr2_1 Lepus_corsicanus_Lcr2_2 Lepus_corsicanus_Lcr3_1 Lepus_corsicanus_Lcr3_2 Lepus_corsicanus_Lcr4_1 Lepus_corsicanus_Lcr4_2 Lepus_europaeus_Ler1_1 Lepus_europaeus_Ler1_2 Lepus_europaeus_Ler2_1 Lepus_europaeus_Ler2_2 Lepus_europaeus_Ler3_2 Lepus_europaeus_Ler4_1 Lepus_europaeus_Ler4_2 Lepus_europaeus_Ler5_1 Lepus_europaeus_Ler5_2 Lepus_europaeus_Ler6_1 Lepus_europaeus_Ler6_2 Lepus_europaeus_Ler7_1 Lepus_europaeus_Ler7_2 Lepus_europaeus_Ler8_1 Lepus_europaeus_Ler8_2 Lepus_granatensis_Lgr1_1 Lepus_granatensis_Lgr1_2 Lepus_granatensis_Lgr2_1 Lepus_granatensis_Lgr2_2 Lepus_granatensis_Lgr3_1 Lepus_granatensis_Lgr3_2 Lepus_granatensis_Lgr4_1 Lepus_granatensis_Lgr4_2 Lepus_granatensis_Lgr5_1 Lepus_granatensis_Lgr5_2 Lepus_granatensis_Lgr6_1 Lepus_granatensis_Lgr6_2 Lepus_granatensis_Lgr7_1 Lepus_granatensis_Lgr7_2 Lepus_granatensis_Lgr8_1 Lepus_granatensis_Lgr8_2 Lepus_othus_Lot1_1 Lepus_othus_Lot1_2 Lepus_othus_Lot2_1 Lepus_othus_Lot2_2 Lepus_timidus_Ltm1_1 Lepus_timidus_Ltm1_2 Lepus_timidus_Ltm2_1 Lepus_timidus_Ltm2_2 Lepus_timidus_Ltm3_1 Lepus_timidus_Ltm3_2 Lepus_timidus_Ltm4_1 Lepus_timidus_Ltm4_2 Lepus_timidus_Ltm5_1 Lepus_timidus_Ltm5_2 Lepus_timidus_Ltm6_1 Lepus_timidus_Ltm6_2 Lepus_townsendii_Ltw1_1 Lepus_townsendii_Ltw1_2 Lepus_townsendii_Ltw2_1 Lepus_townsendii_Ltw2_2 Lepus_townsendii_Ltw3_1 Lepus_townsendii_Ltw3_2 Oryctolagus_cuniculus_Ocn1_1 Oryctolagus_cuniculus_Ocn1_2 Sylvilagus_floridanus_Sfl1_1 Sylvilagus_floridanus_Sfl1_2 ; 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Lepus_europaeus_Ler1 TATGCCTAATAATCCAGATCCTAACTGGCTTATTTCTAGCCATACACTACACATCAGACACAGCTACAGCATTCTCCTCAGTTACACATATTTGCCGAGATGTAAACTACGGCTGACTCATTCGTTACTTACACGCTAATGGAGCATCAATATTCTTTATTTGCTTATATATACATGTAGGCCGTGGAATCTACTACGGCTCATATACTTACCTAGAAACCTGAAACATTGGCATTATTCTACTATTCGCAGTAATGGCTACAGCATTCATAGGCTACGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGGGGCTACCGTAATTACTAATCTTCTATCAGCCATTCCTTATATCGGAACAACCCTAGTTGAATGAATCTGAGGAGGATTTTCAGTCGATAAAGCCACACTTACCCGATTTTTCGCTTTTCACTTTATCCTCCCATTTATTATTGCAGCTCTAGTGATAATTCACTTACTTTTCCTCCATGAAACTGGCTCCAATAACCCATCAGGCATCCCATCAAACTCTGATAAAATTCCATTCCACCCCTACTACACAATTAAAGACGCGCTAGGATTTCTTATACTCATTCTCCTGCTCATACTCCTAGTCTTACTTACTCTTAATATATCCAAGTAACTTGTCACTATTGACAACCCTATGCTATGTAATTCGTGCATTAGTGCTTTTCCCCATTAACATGTACCTATACTATCATTTCATAATCAACATTAGACTACATGTTTAATCGTGCATAAAGCTCTTCCCCATGCATATAAGCTAGTACATCCCTGCTTAATAGGACATAGTACATTACCACTAAACTCACCTCTATCCAACATGGATATTCAATCCAACACCCACCTTAATCAACATCAGACATCCATTCCTTGATCGAACATAAACCATCCGAGTCAAATCCTTTCTTGTCCATATGACTATCCCCCTCCCCCAGTGATCTCTTAATCTACCATCCTCCGTGAAACCAGCAACCCGCCCACCTCGTGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATTCTACTTGGGGGTTTCTAGCGTGAAACT Lepus_europaeus_Ler2 TATGCCTAATAATCCAGATCCTAACTGGCTTATTTCTAGCCATACACTACACATCAGACACAGCTACAGCATTCTCCTCAGTTACACATATTTGCCGAGATGTAAACTACGGCTGACTCATTCGTTACTTACACGCTAATGGAGCATCAATATTCTTTATTTGCTTATATATACATGTAGGCCGTGGAATCTACTACGGCTCATATACTTACCTAGAAACCTGAAACATTGGCATTATTCTACTATTCGCAGTAATGGCTACAGCATTCATAGGCTACGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGGGGCTACCGTAATTACTAATCTTCTATCAGCCATTCCTTATATCGGAACAACCCTAGTTGAATGAATCTGAGGAGGATTTTCAGTCGATAAAGCCACACTTACCCGATTTTTCGCTTTTCACTTTATCCTCCCATTTATTATTGCAGCTCTAGTGATAATTCACTTACTTTTCCTCCATGAAACTGGCTCCAATAACCCATCAGGCATCCCATCAAACTCTGATAAAATTCCATTCCACCCCTACTACACAATTAAAGACGCGCTAGGATTTCTTATACTCATTCTCCTGCTCATACTCCTAGTCTTACTTACTCTTAATATATCCAAGTAACTTGTCACTATTGACAACCCTATGCTATGTAATTCGTGCATTAGTGCTTTTCCCCATTAACATGTACCTATACTATCATTTCATAATCAACATTAGACTACATGTTTAATCGTGCATAAAGCTCTTCCCCATGCATATAAGCTAGTACATCCCTGCTTAATAGGACATAGTACATTACCACTAAACTCACCCCTATCCAACATGGATATTCAATCCAACACCCACCTTAATCAACATCAGACATCCATTCCTTGATCGAACATAAACCATCCGAGTCAAATCCTTTCTTGTCCATATGACTATCCCCCTCCCCCAGTAATCTCTTAATCTACCATCCTCCGTGAAACCAGCAACCCGCCCACCTCGTGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATTCTACTTGGGGGTTTCTAGCGTGAAACT Lepus_europaeus_Ler3 TATGCCTAATAATCCAGATCCTAACTGGCTTATTTCTAGCCATACACTACACATCAGACACAGCTACAGCATTCTCCTCAGTTACACATATTTGCCGAGATGTAAACTACGGCTGACTCATTCGTTACTTACACGCTAATGGAGCATCAATATTCTTTATTTGCTTATATATACATGTAGGCCGTGGAATCTACTACGGCTCATATACTTACCTAGAAACCTGAAACATTGGCATTATTCTACTATTCACAGTAATGGCTACAGCATTCATAGGCTACGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGGGGCTACCGTAATTACTAATCTTCTATCAGCCATTCCTTATATCGGAACAACCCTAGTTGAATGAATCTGAGGAGGATTTTCAGTCGATAAAGCCACACTTACCCGATTTTTCGCTTTTCACTTTATCCTCCCATTTATTATTGCAGCTCTAGTGATAATTCACTTACTTTTCCTCCATGAAACTGGCTCCAATAACCCATCAGGCATCCCATCAGACTCTGATAAAATCCCATTCCACCCCTACTACACAATTAAAGACGCGCTAGGATTTCTTATACTCATTCTCCTGCTCATACTCCTAGTCTTACTTACTCTTAATATATCCAAGTAACTTGTCACTATTGACAACCCTATGCTATGTAATTCGTGCATTAATGCTTTTCCCCATTAACATGTACCTATACTATCATTTCATAATCAACATTAGACTACATGTTTAATCGTGCATAAAGCTCTTCCCCATGCATATAAGCTAGTACATCCCTGCTTAATAGGACATAGTACATTACCACTAAACTCACCTCTATCCAACATGGATATTCAACCCAACACCCACCTTAATCAACATCAGACATCCATTCCTTGATCGAACATAAACCATCCGAGTCAAATCCTTTCTTGTCCATATGACTATCCCCCTCCCCCAGTAATCTCTTAATCTACCATCCTCCGTGAAACCAGCAACCCGCCCACCTCGTGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATTCTACTTGGGGGTTTCTAGCGTGAAACT Lepus_europaeus_Ler4 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Lepus_europaeus_Ler6 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Lepus_othus_Lot1 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Lepus_timidus_Ltm4, 11 Lepus_timidus_Ltm5, 12 Lepus_europaeus_Ler8, 13 Lepus_castroviejoi_Lcs2, 14 Lepus_granatensis_Lgr5, 15 Lepus_europaeus_Ler7, 16 Lepus_granatensis_Lgr1, 17 Lepus_castroviejoi_Lcs1, 18 Lepus_castroviejoi_Lcs3, 19 Lepus_castroviejoi_Lcs4, 20 Lepus_castroviejoi_Lcs5, 21 Lepus_castroviejoi_Lcs6, 22 Lepus_castroviejoi_Lcs7, 23 Lepus_corsicanus_Lcr2, 24 Lepus_corsicanus_Lcr3, 25 Lepus_corsicanus_Lcr4, 26 Lepus_corsicanus_Lcr1, 27 Lepus_townsendii_Ltw2, 28 Lepus_townsendii_Ltw3, 29 Lepus_townsendii_Ltw1, 30 Lepus_granatensis_Lgr3, 31 Lepus_granatensis_Lgr4, 32 Lepus_granatensis_Lgr2, 33 Lepus_granatensis_Lgr7, 34 Lepus_granatensis_Lgr6, 35 Lepus_granatensis_Lgr8, 36 Lepus_europaeus_Ler1, 37 Lepus_europaeus_Ler5, 38 Lepus_europaeus_Ler2, 39 Lepus_europaeus_Ler6, 40 Lepus_europaeus_Ler4, 41 Lepus_europaeus_Ler3, 42 Lepus_capensis_Lcp1, 43 Lepus_capensis_Lcp2, 44 Lepus_capensis_Lcp3, 45 Lepus_californicus_Lcf3, 46 Lepus_californicus_Lcf2, 47 Lepus_californicus_Lcf1, 48 Lepus_americanus_Lam1, 49 Lepus_americanus_Lam3, 50 Lepus_americanus_Lam2, 51 Oryctolagus_cuniculus_Ocn1, 52 Sylvilagus_floridanus_Sfl1; TREE 'MTDNA+' = [&U] (51:0.533207,52:0.366549,((((8:0.014135,9:0.016014,10:0.016825,11:0.01161,(3:0.00433,(1:0.0,2:0.0):0.003364):0.011311,((4:0.001104,5:0.001254):0.004903,(6:0.01395,7:0.009375):0.0):0.011638,(12:0.005567,13:0.002991,14:0.00479):0.011818,(15:0.004219,16:0.003365):0.013521):0.012809,((((17:0.001126,18:0.001309):0.002507,(19:0.001125,20:0.001812):0.002766):0.002322,(21:0.00224,22:0.001918):0.002569):0.008255,(26:0.00414,(23:0.001351,(24:2.84E-4,25:2.98E-4):0.001744):0.002786):0.005942):0.022271):0.015851,(29:0.016232,(27:0.009608,28:0.007417):0.00869):0.014166):0.041325,(((32:0.00826,(30:0.00785,31:0.009131):0.00149):0.0,(35:0.006434,(33:0.001505,34:0.001866):0.00215):0.003819):0.057578,((39:0.0,(38:0.0,(36:0.0,37:0.0):0.0):0.001924):0.004963,(40:0.002735,41:0.00287):0.001122):0.077416):0.023332,(44:0.008987,(42:0.008285,43:0.008937):0.010841):0.071796,(47:0.012253,(45:0.003518,46:0.002892):0.008454):0.08136,(50:0.016857,(48:0.004921,49:0.005893):0.016409):0.114878):0.139055)[% ] [%unrooted 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