#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 27, 2024; 4:33 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Davalos L.M., Cirranello A.L., Geisler J., & Simmons N. 2012. Understanding phylogenetic incongruence: lessons from phyllostomid bats. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11681] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=62; TAXLABELS Ametrida_centurio Anoura_sp Ardops_nichollsi Ariteus_flavescens 'Artibeus_sp' Brachyphylla_cavernarum 'Carollia_sp' Centurio_senex 'Chiroderma_sp' 'Choeroniscus_sp' Choeronycteris_mexicana Chrotopterus_auritus Dermanura_cinerea Desmodus_rotundus Diaemus_youngii Diphylla_ecaudata Ectophylla_alba Enchisthenes_hartii Erophylla_sezekorni Furipterus_horrens Glossophaga_soricina Glyphonycteris_daviesi Glyphonycteris_sylvestris Hylonycteris_underwoodi Lampronycteris_brachyotis Leptonycteris_curasoae Lionycteris_spurrelli Lonchophylla_thomasi Lonchorhina_aurita Lophostoma_brasiliense Macrophyllum_macrophyllum Macrotus_waterhousii Mesophylla_macconnelli Micronycteris_hirsuta Micronycteris_megalotis Micronycteris_minuta Micronycteris_schmidtorum Mimon_crenulatum Monophyllus_redmani Mormoops_megalophylla Musonycteris_harrisoni Noctilio_albiventris Noctilio_leporinus Phylloderma_stenops Phyllostomus_hastatus 'Platyrrhinus_sp' Pteronotus_davyi Pygoderma_bilabiatum Rhinophylla_pumilio Saccopteryx_bilineata Sphaeronycteris_toxophyllum Stenoderma_rufum 'Sturnira_sp' Tonatia_saurophila Trachops_cirrhosus Trinycteris_nicefori Uroderma_bilobatum Vampyressa_pusilla Vampyriscus_bidens Vampyriscus_brocki Vampyrodes_caraccioli Vampyrum_spectrum ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=76; TAXLABELS Ametrida_centurio Anoura_caudifer Anoura_geoffroyi Ardops_nichollsi Ariteus_flavescens Artibeus_cinereus Artibeus_concolor Artibeus_hirsutus Artibeus_jamaicensis Brachyphylla_cavernarum Carollia_brevicauda Carollia_perspicillata Centurio_senex Chiroderma_villosum Choeroniscus_godmani Choeronycteris_mexicana Chrotopterus_auritus Desmodus_rotundus Diaemus_youngi Diphylla_ecaudata Ectophylla_alba Enchisthenes_hartii Erophylla_sezekorni Furipterus_horrens Glossophaga_longirostris Glossophaga_soricina Glyphonycteris_daviesi Glyphonycteris_sylvestris Hylonycteris_underwoodi Lampronycteris_brachyotis Leptonycteris_yerbabuenae Lionycteris_spurrelli Lonchophylla_robusta Lonchophylla_thomasi Lonchorhina_aurita Lophostoma_brasiliense Lophostoma_silvicolum Macrophyllum_macrophyllum Macrotus_californicus Macrotus_waterhousii Mesophylla_macconnelli Metavampyressa_nymphaea Micronycteris_hirsuta Micronycteris_megalotis Micronycteris_minuta Mimon_bennettii Mimon_crenulatum Monophyllus_redmani Mormoops_megalophylla Musonycteris_harrisoni Mystacina_tuberculata Noctilio_leporinus Phylloderma_stenops Phyllonycteris_aphylla Phyllops_falcatus Phyllostomus_discolor Phyllostomus_hastatus Platalina_genovensium Platyrrhinus_helleri Pteronotus_davyi Pteronotus_parnellii Pygoderma_bilabiatum Rhinophylla_pumilio Saccopteryx_bilineata Sphaeronycteris_toxophyllum Stenoderma_rufum Sturnira_lilium Thyroptera_tricolor Tonatia_saurophila Trachops_cirrhosus Trinycteris_nicefori Uroderma_bilobatum Vampyressa_pusilla Vampyriscus_bidens Vampyrodes_caraccioli Vampyrum_spectrum ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=45; TAXLABELS Ametrida_centurio Ardops_nichollsi Ariteus_flavescens Artibeus_cinereus Artibeus_jamaicensis Brachyphylla_cavernarum Centurio_senex Chrotopterus_auritus Desmodus_rotundus Diaemus_youngi Diphylla_ecaudata Ectophylla_alba Enchisthenes_hartii Erophylla_sezekorni Glossophaga_soricina Glyphonycteris_sylvestris Lampronycteris_brachyotis Leptonycteris_yerbabuenae Lionycteris_spurrelli Lonchophylla_thomasi Lonchorhina_aurita Macrophyllum_macrophyllum Macrotus_waterhousii Mesophylla_macconnelli Micronycteris_hirsuta Micronycteris_megalotis Micronycteris_minuta Mimon_crenulatum Monophyllus_redmani Mormoops_megalophylla Noctilio_leporinus Phylloderma_stenops Phyllostomus_hastatus Pygoderma_bilabiatum Rhinophylla_pumilio Sphaeronycteris_toxophyllum Stenoderma_rufum Tonatia_saurophila Trachops_cirrhosus Trinycteris_nicefori Uroderma_bilobatum Vampyressa_pusilla Vampyriscus_bidens Vampyrodes_caraccioli Vampyrum_spectrum ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=56; TAXLABELS Ametrida_centurio Anoura_caudifer Ardops_nichollsi Ariteus_flavescens Artibeus_cinereus Artibeus_jamaicensis Brachyphylla_cavernarum Carollia_perspicillata Centurio_senex Chiroderma_villosum Choeroniscus_godmani Chrotopterus_auritus Desmodus_rotundus Diaemus_youngi Diphylla_ecaudata Ectophylla_alba Enchisthenes_hartii Erophylla_sezekorni Furipterus_horrens Glossophaga_soricina Glyphonycteris_daviesi Glyphonycteris_sylvestris Lampronycteris_brachyotis Leptonycteris_yerbabuenae Lionycteris_spurrelli Lonchophylla_thomasi Lonchorhina_aurita Lophostoma_brasiliense Macrophyllum_macrophyllum Macrotus_waterhousii Mesophylla_macconnelli Micronycteris_hirsuta Micronycteris_megalotis Micronycteris_minuta Mimon_crenulatum Monophyllus_redmani Mormoops_megalophylla Noctilio_leporinus Phylloderma_stenops Phyllostomus_hastatus Platyrrhinus_helleri Pteronotus_davyi Pygoderma_bilabiatum Rhinophylla_pumilio Saccopteryx_bilineata Sphaeronycteris_toxophyllum Stenoderma_rufum Sturnira_lilium Tonatia_saurophila Trachops_cirrhosus Trinycteris_nicefori Uroderma_bilobatum Vampyressa_pusilla Vampyriscus_bidens Vampyrodes_caraccioli Vampyrum_spectrum ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa5; DIMENSIONS NTAX=50; TAXLABELS Ametrida_centurio Ardops_nichollsi Ariteus_flavescens Artibeus_cinereus Artibeus_jamaicensis Brachyphylla_cavernarum Centurio_senex Chrotopterus_auritus Desmodus_rotundus Diaemus_youngi Diphylla_ecaudata Ectophylla_alba Enchisthenes_hartii Erophylla_sezekorni Furipterus_horrens Glossophaga_soricina Glyphonycteris_daviesi Glyphonycteris_sylvestris Lampronycteris_brachyotis Leptonycteris_yerbabuenae Lionycteris_spurrelli Lonchophylla_thomasi Lonchorhina_aurita Lophostoma_brasiliense Macrophyllum_macrophyllum Macrotus_waterhousii Mesophylla_macconnelli Micronycteris_hirsuta Micronycteris_megalotis Micronycteris_minuta Mimon_crenulatum Monophyllus_redmani Mormoops_megalophylla Noctilio_leporinus Phylloderma_stenops Phyllostomus_hastatus Pteronotus_davyi Pygoderma_bilabiatum Rhinophylla_pumilio Saccopteryx_bilineata Sphaeronycteris_toxophyllum Stenoderma_rufum Tonatia_saurophila Trachops_cirrhosus Trinycteris_nicefori Uroderma_bilobatum Vampyressa_pusilla Vampyriscus_bidens Vampyrodes_caraccioli Vampyrum_spectrum ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa6; DIMENSIONS NTAX=63; TAXLABELS Ametrida Anoura Ardops Ariteus Artibeus Brachyphylla Carollia Centurio Chiroderma Choeroniscus Choeronycteris Chrotopterus Dermanura Desmodus Diaemus Diphylla Ectophylla_alba Enchisthenes Erophylla Glossophaga Hylonycteris Koopmania Leptonycteris Lichonycteris Lionycteris Lonchophylla Lonchorhina Macrophyllum Macrotus Mesophylla_macconellii Micronycteris__nicefori Micronycteris_brachyotis Micronycteris_hirsuta Micronycteris_megalotis Micronycteris_minuta Micronycteris_sylvestris Mimon_bennettii Mimon_crenulatum Monophyllus Mormoops Musonycteris Noctilio Phylloderma Phyllonycteris Phyllops Phyllostomus Platalina Platyrrhinus Pteronotus Pygoderma Rhinophylla Scleronycteris Sphaeronycteris Stenoderma Sturnira Tonatia Trachops Uroderma Vampyressa_bidens Vampyressa_nymphaea Vampyressa_pusilla Vampyrodes Vampyrum ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa7; DIMENSIONS NTAX=80; TAXLABELS Ametrida_centurio Anoura_caudifer Anoura_geoffroyi Ardops_nichollsi Ariteus_flavescens Artibeus_cinereus Artibeus_concolor Artibeus_hirsutus Artibeus_jamaicensis Brachyphylla_cavernarum Carollia_brevicauda Carollia_perspicillata Centurio_senex Chiroderma_villosum Choeroniscus_godmani Choeronycteris_mexicana Chrotopterus_auritus Desmodus_rotundus Diaemus_youngi Diphylla_ecaudata Ectophylla_alba Enchisthenes_hartii Erophylla_sezekorni Furipterus_horrens Glossophaga_longirostris Glossophaga_soricina Glyphonycteris_daviesi Glyphonycteris_sylvestris Hylonycteris_underwoodi Lampronycteris_brachyotis Leptonycteris_yerbabuenae Lichonycteris_obscura Lionycteris_spurrelli Lonchophylla_robusta Lonchophylla_thomasi Lonchorhina_aurita Lophostoma_brasiliense Lophostoma_silvicolum Macrophyllum_macrophyllum Macrotus_californicus Macrotus_waterhousii Mesophylla_macconnelli Metavampyressa_nymphaea Micronycteris_hirsuta Micronycteris_megalotis Micronycteris_minuta Mimon_bennettii Mimon_crenulatum Monophyllus_redmani Mormoops_megalophylla Musonycteris_harrisoni Mystacina_robusta Mystacina_tuberculata Noctilio_leporinus Phylloderma_stenops Phyllonycteris_aphylla Phyllonycteris_poeyi Phyllops_falcatus Phyllostomus_discolor Phyllostomus_hastatus Platalina_genovensium Platyrrhinus_helleri Pteronotus_davyi Pteronotus_parnellii Pygoderma_bilabiatum Rhinophylla_pumilio Saccopteryx_bilineata Scleronycteris_ega Sphaeronycteris_toxophyllum Stenoderma_rufum Sturnira_lilium Thyroptera_tricolor Tonatia_saurophila Trachops_cirrhosus Trinycteris_nicefori Uroderma_bilobatum Vampyressa_pusilla Vampyriscus_bidens Vampyrodes_caraccioli Vampyrum_spectrum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M14226] TITLE 80_spp._DNA_matrix; LINK TAXA = Taxa7; DIMENSIONS NCHAR=6032; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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Anoura_caudifer 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Anoura_geoffroyi ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACTCTATACTTACTGTTTGGTGCCTGAGCCGGTATAGTAGGCACTGCACTTAGCCTTCTCATCCGCGCCGAATTGGGCCAACCTGGAGCTTTATTAGGTGATGATCAAATCTATAATGTAATCGTAACAGCTCATGCATTCGTGATAATTTTCTTCATAGTGATACCAATCATAATTGGAGGCTTTGGTAACTGACTAATCCCTCTGATAATTGGGGCACCTGATATAGCATTTCCTCGAATAAATAATATAAGCTTCTGACTCCTTCCTCCTTCTTTTCTACTATTACTGGCCTCCTCCACAGTCGAGGCTGGAGTAGGGACTGGCTGAACTGTTTATCCCCCTTTAGCAGGAAACCTAGCACATGCCGGGGCCTCTGTTGACCTGGCAATCTTTTCCCTTCACTTAGCGGGTGTATCATCCATTTTAGGAGCAATCAACTTTATCACCACTATCATTAATATAAAACCTCCAGCACTTTCCCAATATCAAACTCCCTTATTCGTGTGGTCTGTATTAATCACAGCCGTTCTATTATTATTATCTCTCCCTGTACTGGCAGCAGGCATTACTATGCTACTAACTGATCGAAATTTAAATACCACCTTTTTCGACCCTGCAGGAGGAGGGGA?CCTATTTTATATCAACACTTATTTGATGTAAAGCATAACCATCTCAAACTGAAGCCTGCAGTTTTCTCTAAGGACTCCTGCTACCTGCCTCCTCTTCGCTACCCAGCCACTTGCACATTCAAAGGCAGTTTAGAGTCTGAAAAGCAACAATACATTATCCATGGGGGGAAAACACCAAACAATGAGCTTTCCGATAAGATTTATATCATGTCTGTTGTGTGCAAGAGCAACAAGAAAGTTACTTTTTGCTGTACTGAGAAAGACTTGGTGGGAGACGTCCCTGAAGCCAGATATGGTCATACCATTGACGTGGTACACAGTCGAGGGAAGAGCATGGGTGTTGTCTTTGGAGGGCGATCATACATACCTTCTGCCCAAAGAACCACGGAA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Ardops_nichollsi 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Ariteus_flavescens 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Artibeus_cinereus 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Artibeus_concolor 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Artibeus_hirsutus 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Artibeus_jamaicensis 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Carollia_brevicauda 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Carollia_perspicillata 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Centurio_senex 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Chiroderma_villosum 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Choeroniscus_godmani 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Choeronycteris_mexicana 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Chrotopterus_auritus 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Desmodus_rotundus 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Diaemus_youngi 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Diphylla_ecaudata 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Ectophylla_alba 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Enchisthenes_hartii 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Erophylla_sezekorni 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Furipterus_horrens 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Glossophaga_longirostris 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Glossophaga_soricina 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Hylonycteris_underwoodi 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Lampronycteris_brachyotis 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Leptonycteris_yerbabuenae 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Lichonycteris_obscura 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Lionycteris_spurrelli 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Lonchophylla_robusta 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Lonchophylla_thomasi 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Lonchorhina_aurita 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Lophostoma_brasiliense 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Macrophyllum_macrophyllum 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Macrotus_californicus 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Macrotus_waterhousii 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Mesophylla_macconnelli 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Micronycteris_hirsuta 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Micronycteris_megalotis 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Mimon_bennettii 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Mimon_crenulatum 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Monophyllus_redmani 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Mormoops_megalophylla 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Mystacina_robusta 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Mystacina_tuberculata 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Noctilio_leporinus 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Phyllostomus_hastatus 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Platalina_genovensium 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Platyrrhinus_helleri 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Pteronotus_davyi 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Pteronotus_parnellii 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Pygoderma_bilabiatum 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Saccopteryx_bilineata 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Scleronycteris_ega 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Sphaeronycteris_toxophyllum 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Stenoderma_rufum 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Sturnira_lilium 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Tonatia_saurophila 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Trachops_cirrhosus 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Trinycteris_nicefori 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Uroderma_bilobatum 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Vampyressa_pusilla 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Vampyriscus_bidens 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Vampyrodes_caraccioli 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Anoura_caudifer 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Anoura_geoffroyi ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACTCTATACTTACTGTTTGGTGCCTGAGCCGGTATAGTAGGCACTGCACTTAGCCTTCTCATCCGCGCCGAATTGGGCCAACCTGGAGCTTTATTAGGTGATGATCAAATCTATAATGTAATCGTAACAGCTCATGCATTCGTGATAATTTTCTTCATAGTGATACCAATCATAATTGGAGGCTTTGGTAACTGACTAATCCCTCTGATAATTGGGGCACCTGATATAGCATTTCCTCGAATAAATAATATAAGCTTCTGACTCCTTCCTCCTTCTTTTCTACTATTACTGGCCTCCTCCACAGTCGAGGCTGGAGTAGGGACTGGCTGAACTGTTTATCCCCCTTTAGCAGGAAACCTAGCACATGCCGGGGCCTCTGTTGACCTGGCAATCTTTTCCCTTCACTTAGCGGGTGTATCATCCATTTTAGGAGCAATCAACTTTATCACCACTATCATTAATATAAAACCTCCAGCACTTTCCCAATATCAAACTCCCTTATTCGTGTGGTCTGTATTAATCACAGCCGTTCTATTATTATTATCTCTCCCTGTACTGGCAGCAGGCATTACTATGCTACTAACTGATCGAAATTTAAATACCACCTTTTTCGACCCTGCAGGAGGAGGGGA?CCTATTTTATATCAACACTTATTTGATGTAAAGCATAACCATCTCAAACTGAAGCCTGCAGTTTTCTCTAAGGACTCCTGCTACCTGCCTCCTCTTCGCTACCCAGCCACTTGCACATTCAAAGGCAGTTTAGAGTCTGAAAAGCAACAATACATTATCCATGGGGGGAAAACACCAAACAATGAGCTTTCCGATAAGATTTATATCATGTCTGTTGTGTGCAAGAGCAACAAGAAAGTTACTTTTTGCTGTACTGAGAAAGACTTGGTGGGAGACGTCCCTGAAGCCAGATATGGTCATACCATTGACGTGGTACACAGTCGAGGGAAGAGCATGGGTGTTGTCTTTGGAGGGCGATCATACATACCTTCTGCCCAAAGAACCACGGAA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Ardops_nichollsi 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Ariteus_flavescens 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Artibeus_cinereus 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Artibeus_concolor 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Artibeus_hirsutus 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Artibeus_jamaicensis 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Carollia_brevicauda 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Carollia_perspicillata 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Centurio_senex 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Chiroderma_villosum 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Choeroniscus_godmani 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Choeronycteris_mexicana 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Chrotopterus_auritus 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Desmodus_rotundus 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Diaemus_youngi 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Diphylla_ecaudata 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Ectophylla_alba 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Enchisthenes_hartii 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Erophylla_sezekorni 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Furipterus_horrens 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Glossophaga_longirostris 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Glossophaga_soricina 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Hylonycteris_underwoodi 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Lampronycteris_brachyotis 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Lonchophylla_robusta 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Lonchophylla_thomasi 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Lonchorhina_aurita 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Lophostoma_silvicolum 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Macrophyllum_macrophyllum 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Macrotus_californicus 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Macrotus_waterhousii 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Mesophylla_macconnelli 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Micronycteris_hirsuta 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Micronycteris_megalotis 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Mimon_bennettii 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Mimon_crenulatum 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Monophyllus_redmani 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Mormoops_megalophylla 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Mystacina_tuberculata 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Noctilio_leporinus 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Platyrrhinus_helleri 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Pteronotus_davyi 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Pteronotus_parnellii 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Pygoderma_bilabiatum 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Saccopteryx_bilineata 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Sturnira_lilium 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Tonatia_saurophila 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Trachops_cirrhosus 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Trinycteris_nicefori 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Uroderma_bilobatum 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Vampyressa_pusilla 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Vampyriscus_bidens 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Vampyrodes_caraccioli 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Ardops_nichollsi 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Ariteus_flavescens 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Artibeus_jamaicensis 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Brachyphylla_cavernarum 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Centurio_senex 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Chrotopterus_auritus 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Desmodus_rotundus 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Diaemus_youngi 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Diphylla_ecaudata 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Ectophylla_alba 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Enchisthenes_hartii 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Erophylla_sezekorni 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Glossophaga_soricina 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Glyphonycteris_sylvestris 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Leptonycteris_yerbabuenae 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Lonchophylla_thomasi 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Lonchorhina_aurita 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Macrophyllum_macrophyllum 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Macrotus_waterhousii 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Mesophylla_macconnelli 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Micronycteris_hirsuta 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Micronycteris_megalotis 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Noctilio_leporinus 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Phylloderma_stenops 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Pygoderma_bilabiatum 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Stenoderma_rufum 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Tonatia_saurophila 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Trachops_cirrhosus 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Vampyriscus_bidens 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Desmodus_rotundus ATGACCGACATTTGAAAAACCCACCCCCTACTAAAAATCATCAACAACTCACTTACAGACCTCCCGGCTCCCTCAAACCTCTCAACCTGATGAAACTTCGGCTCCCTCCTAGGAATCTGCCTAACCACACAAATCCTAACAGGACTATTCCTAGCTATACACTACGCCCCAGATACAGTCACCGCATTCAACTCCGTAGCCCACATCTGCCGAGACGTAAACTACGGATGAGCCCTCCGCTACCTCCACGCCAACGGAGCATCCATATTCTTTATCTGCCTATATATTCACGTAGGCCGAGGACTATACCACGGATCCTACACATACCTAGAAACATGAAACATCGGCATCCTACTCCTCTTCACCACCATGGCCACGGCATTTATAGGCTATGTACTACCATGAGGACAAATATCCTTCTGAGGAGCAACCGTCATCACCAACCTCCTATCAGCCATCCCCTACATCGGCACAGACCTTGTCCAATGCATCTGAGGGGGCTTCTCCGTAGACAAACCCACCCTCTCCCGATTCTTCGCCTTCCACTTCCTACTCCCCTTCATCATCTCGGCCCTAGTAGCAGTACACCTTCTATTCTTGCACGAAACCGGATCCAACAACCCAACAGGGATCCCCTCAGACCCTGACATAGTCCCCTTTCACCCCTACTTCACGACTAAAGACGCCCTAGGCTTCCTAATAATACTAACTCTCCTATCAGCCCTAACCCTATTCTCACCGGACCTACTAGGAGACCCAGACAACTACACACAAGCCAACCCCCTCAACACACCCCCGCACATCAAACCAGAATGATATTTCCTCTTCGCCTACGCAATCCTACGATCAATCCCCAATAAACTAGGAGGAGTCCTGGCACTAGTCATATCCATTCTAATCCTAGCCATCTTACCCTTCCTCCACACCTCCAAACAACGAAGCATAGCATTCCGCCCCCTAAGCCAATGCCTATTCTGACTACTAACAGCAACACTACTCACACTAACATGAATTGGAGCCCAACCCGTCGAACACCCCTACATCATTATTGGCCAAGCGGCATCCATTCTATACTTCCTAACACTCCTAACCCTCATACCACTAACAAGCACTATAGAAAACCACCTACTAAAATGA?????????????????????????????????????????????????????CCTGCTCATTCGGGCTGAGCTCGGCCAGCCAGGGGCTCTTTTAGGCGATGACCAGATCTATAATGTAGTAGTAACAGCCCATGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTAATGCCAATTATGATCGGGGGCTTCGGCAACTGACTAGTTCCCCTAATAATCGGCGCCCCTGACATGGCCTTCCCCCGAATAAACAACATGAGCTTTTGACTTTTACCTCCCTCATTCCTACTCCTGCTTGCCTCCTCAACAATTGAAGCAGGCGTTGGCACCGGCTGAACCGTCTACCCCCCTTTAGCGGGAAACCTGGCCCATGCCGGTGCCTCCGTAGACCTAGCAATCTTCTCCCTCCACCTCGCGGGCGTATCCTCTATCCTAGGGGCTATTAACTTCATTACGACCATCATCAATATGAAGCCCCCAGCCACCTCCCAATACCAAACACCCTTATTTGTCTGATCCGTTCTAATCACAGCAGTACTACTACTGCTTTCTCTCCCTGTTCTTGCGGCCGGCATCACCATACTATTGTCAGACCGAAATCTAAACACAACTTTCTTTGACCCCGCTGGAGGAGGAGACCCTATCCTAT?????????????? Diaemus_youngi ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACCCTTTATATCCTATTTGGAGCCTGAGCAGGCATAGTGGGCACCGCTCTCAGCCTGCTTATCCGGGCTGAGCTTGGTCAACCTGGGACCCTTCTAGGTGATGACCAAATCTACAACGTAGTAGTAACAGCCCACGCTTTCGTGATAATTTTCTTCATGGTAATGCCTATTATGATTGGGGGCTTTGGCAACTGACTCATTCCCCTAATAATTGGCGCACCCGACATAGCCTTTCCCCGGATAAATAACATAAGCTTCTGATTATTACCCCCCTCCTTCCTGCTTCTACTCGCTTCCTCAACAGTTGAGGCAGGAGTGGGCACTGGTTGAACTGTCTACCCTCCCCTAGCAGGAAACCTAGCCCACGCCGGCGCCTCTGTAGATCTAGCAATCTTTTCTCTTCACCTAGCAGGCATCTCCTCCATTCTAGGAGCCATTAACTTTATCACAACCATTATCAACATAAAACCCCCTGCCCTTTCCCAATACCAAACCCCCCTATTTGTTTGATCCGTCCTAATCACAGCCGTACTACTACTGCTCTCTCTTCCCGTTCTCGCAGCAGGCATCACTATACTTCTAACAGACCGAAACCTTAACACAACTTTCTTCGACCCTGCTGGAGGAGGAGACCCCATCTTGTACCAACACCTATTC Diphylla_ecaudata ATGACCAACACCCGAAAAACACACCCTCTATTAAAAATTATTAACAACTCATTTACAGATTTACCCACTCCACCAAACCTTTCAACATGATGAAATTTCGGCTCACTACTAGGAATATGCCTGACAGTACAAATCCTAACAGGCCTTTTCTTAGCAATACACTACACCCCAGATACCACTACCGCCTTCAACTCCGTAGCCCATATCTGCCGAGACGTTAACTACGGATGACTTATCCGATATATCCATGCCAACGGAGCATCTATATTCTTTATCTGCCTATACCTTCACGTAGGCCGAGGACTATACTATGGCTCTTACCTATTTTCAGAAACATGAAATGTAGGTGTTCTACTTCTATTTACCATCATAGCAACTGCATTCATAGGATACGTACTACCCTGAGGCCAAATGTCCTTTTGAGGAGCAACAGTCATCACCAATCTATTATCCGCCATCCCATATGTAGGAACAGACCTAGTACAATGAATCTGAGGCGGCTTCTCTGTAGACAAAGCCACCCTCACCCGATTCTTCACCTTTCACTTCATCCTTCCCTTTATCATCTCAGCCCTAGTTATAGTCCACCTATTATTCCTTCACGAAACAGGATCAAACAACCCAACAGGCATCCCATCAAACCTGGACATAATCCCATTCCACCCCTACTACACAATCAAAGACATTCTCGGTTTCATAATTATACTCACACTCCTTTCAACACTAGTCCTATTTTCCCCAGACCTGTTAGGAGACCCAGACAACTACACCCCAGCCAACCCACTTAACACGCCCCCACACATCAAACCAGAATGATACTTCCTATTTGCATACGCCATTCTACGATCAATCCCAAACAAGCTAGGAGGAGTCTTAGCCCTAACCCTATCCATCCTAATCCTAGCCATCACTCCCTTACTCCACACATCAAAACAACGAAGCATAATATTCCGCCCACTAAGCCAATGCTTATTCTGACTGCTAACAGCAACCATACTAACACTGACATGAATCGGAAGCCAACCAGTAGAATACCCATACACCATCATCGGCCAAGCAGCATCCATTCTGTACTTCTCCATCCTACTAATCCTCATGCCTCTAGCCAACACAGTAGAAAATCACCTATTAAAATGA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Erophylla_sezekorni ATGACCAACATTCGAAAAACCCACCCCCTATTAAAAATCGTCAACAGCTCTTTCGTAGACCTCCCTGCCCCCTCAAGCCTATCCTCATGATGAAACTTCGGCTCCCTTTTAGGAGTTTGCTTAGCCGTACAAATCTTGACAGGATTATTCCTAGCTATACACTACACATCAGACACCGCAACCGCGTTCAACTCTGTAGCCCATATCTGCCGAGACGTTAACTATGGCTGAGTTCTCCGCTACCTTCATGCCAACGGAGCATCCATATTCTTCATCTGCCTCTACCTTCATGTAGGCCGAGGCTTATATTACGGATCCTACCTATTCACAGAAACATGAAACATCGGAATCATTCTCCTATTTGCCGTCATAGCCACCGCATTCATAGGATACGTTCTACCATGAGGACAAATGTCCTTCTGAGGCGCTACAGTTATTACCAACCTATTATCTGCCATCCCCTATATTGGAACAGACCTTGTCCAATGAATCTGAGGCGGGTTCTCAGTAGACAAAGCCACCCTCACCCGATTCTTCGCTTTCCACTTTCTGCTCCCCTTCATCGTAACAGCCCTAGTAATAGTACACCTCCTATTCCTACACGAAACAGGATCAAACAACCCAACGGGCATCCCATCAGATCCTGACATAATTCCATTCCACCCCTACTACACTATCAAAGACATCCTAGGCTTCCTAATCATACTAACAGCCCTATCAACACTAGTCCTATTCTCCCCTGACCTTTTAGGAGACCCCGACAACTACATACCGGCCAACCCGCTAAGCACCCCTCCACATATCAAACCAGAATGATATTTCCTCTTCGCCTACGCAATCCTGCGCTCAATCCCAAATAAATTAGGAGGAGTTCTAGCGCTAGTCCTATCCATCCTGATCCTAGCCGTAGTTCCACTTCTCCATACCTCTAAACAACGAAGTATAATATTCCGCCCCCTCAGCCAATGCTTATTCTGACTCCTCGTAGCAGTCTTACTTACATTAACCTGAATCGGAGGACAGCCAGTCGAACACCCCTACGTCATCATTGGCCAAGTGGCATCCGTCCTTTACTTCCTAATCCTCCTAATCTTCATACCCCTAATTAGCATTCTAGAAAACTATCTCCTAAAATGA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Furipterus_horrens 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Glossophaga_soricina 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Glyphonycteris_daviesi 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Lampronycteris_brachyotis 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Leptonycteris_yerbabuenae 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Lionycteris_spurrelli 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Lonchophylla_thomasi 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Lonchorhina_aurita 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Lophostoma_brasiliense 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Macrophyllum_macrophyllum ATGACCAACATCCGAAAAACCCATCCTCTAAATAAAATTATTAACACTTCCTTAATTGACCTCCCCGCCCCCTCCAGTCTATCATCCTGATGAAACTTTGGATCTATCTTAGGAGTATGCCTAGTGGTACAAATCTTAACAGGACTATTCCTAGCTATACACTATACATCCGACACCATGACCGCATTCAACTCCGTAGCCCATATCTGCCGAGACGTTAACTATGGGTGAGTCCTTCGATATCTACACGCCAACGGAGCATCTATATTCTTCATCTGCCTTTACATTCATGTAGGTCGAGGACTCTACTATGGGTCCTATATATACTCAGAAACATGAAACATCGGAATTATCCTCTTATTTGCAGTAATAGCTACTGCCTTCATGGGCTACGTTCTTCCA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACCCTATACCTTATATTTGGCGCTTGGGCTGGTATAGTGGGTACAGCACTAAGTCTTCTCATTCGTGCCGAACTTGGACAACCGGGAGCCATACTAGGTGACGATCAAATTTATAATGTAGTTGTGACAGCTCATGCTTTTGTAATAATCTTCTTTATAGTAATACCCATTATAATTGGAGGTTTTGGCAACTGACTAGTTCCTCTAATAATCGGTGCTCCTGATATAGCATTCCCACGTATAAATAACATAAGCTTTTGACTACTACCCCCCTCATTCCTTTTACTCCTTGCTTCCTCTACAGTTGAAGCCGGAGTTGGTACAGGATGAACAGTTTATCCTCCTCTAGCAGGAAACCTGGCACATGCAGGAGCCTCTGTTGATTTGGCTATCTTCTCTCTGCACTTAGCAGGAGTCTCCTCTATTCTAGGAGCAATTAACTTTATCACCACTATCATTAATATAAAACCCCCAGCCATCTCTCAATACCAAACCCCTTTATTCGTCTGATCGGTATTAATTACAGCTGTGCTACTACTTCTATCTCTTCCTGTCCTAGCAGCAGGAATTACTATATTATTAACTGACCGGAATCTTAATACTACATTTTTTGACCCTGCGGGAGGAGGAGACCCTATTCTATATCAACACCTATTC Macrotus_waterhousii ATGACCAACATTCGAAAAACCCACCCACTCTTAAAAATCATTAACAACTCATTCGTAGATCTACCAACACCCTCAAGCTTATCCTCATGATGAAACTTTGGGTCTCTACTAGGAGTATGCTTAGCCGTACAAATTATAACAGGATTATTCCTAGCTATACACTATACATCTGACACAACAACTGCATTCAACTCCGTAACACACATCTGCCGAGACGTCAATTATGGATGACTTCTCCGCTACCTACACGCCAATGGAGCATCCATATTCTTCATCTGCCTTTATCTCCACGTAGGTCGAGGCCTATACTATGGATCCTATACTTATCTAGAAACATGAAACATCGGAATTATTCTCTTATTCGCTGTCATAGCAACTGCATTCATAGGTTATGTATTACCATGAGGACAAATATCCTTCTGAGGGGCTACTGTTATTACCAACCTCCTCTCCGCTATCCCCTATATCGGAACAGAATTAGTCCAATGAATCTGAGGTGGCTTCTCCGTAGATAAAGCCACCCTAACCCGATTCTTCGCCTTCCACTTTCTTCTCCCATTTATTATCTCAGCCCTAGTTATAGTCCACCTTCTTTTTCTACACGAAACTGGATCCAATAACCCAACAGGCATCCCCTCTAACTCAGACATAATCCCATTCCACCCATACTATACAATCAAAGATATCTTAGGATTTCTAATCATATTAACTACCCTATCCCTACTAGTTTTATTCTCACCAGATTTACTAGGCGACCCAGACAACTATATCCCAGCTAATCCCCTCAACACTCCCCCACACATCAAACCCGAATGATACTTTCTATTCGCCTATGCAATTCTACGCTCCATTCCAAACAAACTAGGAGGTGTATTAGCCCTAGTACTATCCATCCTAATCCTAGCCATCATCCCAATACTCCACACCTCCAAACAACGAAGCATGATATTCCGCCCTACAAGCCAATTCTTATTCTGACTCCTTGTAGCAGATCTACTCACACTAACATGAATCGGAGGGCAACCAGTTGAATATCCCTACATTATAATTGGTCAAGTAGCATCCATCCTGTATTTCCTAACAATCCTAATCCTTATACCCCTTATTAGCACTATAGAAAATCAGATACTAAAATGA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Mesophylla_macconnelli 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Micronycteris_hirsuta 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Micronycteris_megalotis 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Micronycteris_minuta 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Sturnira_lilium 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Tonatia_saurophila 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Trachops_cirrhosus ATGACCAACATCCGAAAAACCCACCCCCTACTCAAAATCATTAACAGCTCCTTCATTGACCTCCCAACTCCCTCCAATTTATCCTCATGATGGAACTTTGGCTCTCTCTTAGGAGTATGCTTAGCAGTACAAATTCTAACAGGATTATTCCTAGCAATACACTATACATCAGATACAACTACCGCATTTAATTCTGTCGCCCACATTTGTCGAGATGTTAACTACGGATGAATACTCCGATACCTCCACGCCAACGGAGCATCTATATTCTTTATTTGCCTTTATATACACGTAGGCCGAGGACTATACTATGGATCCTACATATATTCTGAAACATGAAATATTGGTATCATCCTCCTTTTTATAGTTATAGCCACAGCATTCATAGGTTACGTCCTACCATGAGGACAAATATCCTTTTGAGGAGCTACCGTCATTACCAACCTTCTCTCTGCTATTCCCTATATCGGAACAGACCTCGTCCAATGAATTTGAGGCGGCTTCTCCGTAGACAAAGCAACCCTCACTCGATTCTTCGCCTTTCACTTCCTATTTCCCTTTATCGTATCAGCCCTAGTTATAGTTCACCTTCTATTCCTACACGAAACTGGATCTAATAATCCAACAGGCATTCCCTCAGACTCAGATATAATCCCATTTCATCCATACTACACTATTAAAGATATCCTAGGTATACTAATCATACTCACTGCCCTATCAGCACTAGTTCTATTTTTCCCAGATCTTCTAGGAGATCCAGACAACTATATACCAGCTAATCCTCTTAACACTCCTCCACATATTAAACCAGAATGATATTTTCTATTCGCATACGCAATTCTACGCTCCATCCCAAATAAACTAGGAGGAGTACTAGCTTTAGTATTATCCATCTTAGTCCTAGCAATCATTCCAATACTCCACACGTCTAAACAACGAAGTATGATATTCCGACCTCTCAGTCAATGCTTATTCTGACTACTAGTATCAGTACTACTAACACTAACATGAATTGGAGGTCAACCAGTTGAATACCCATATGTAACTATTGGTCAAGTAGCATCAATTCTCTACTTTCTAATTCTCCTAATCTTTATACCCCTAGTTGGCATAGTAGAAAACTATCTATTAAAATGAACTCTTTATCTCTTATTTGGAGCCTGAGCCGGTATAGTAGGTACTGCACTAAGTCTCCTTATCCGTGCTGAGCTTGGACAACCCGGAGCTCTGCTAGGAGATGACCAGATCTATAATGTTGTTGTGACAGCCCATGCTTTCGTAATAATCTTCTTTATGGTAATGCCAATTATAATTGGAGGCTTTGGTAACTGATTAGTACCTCTTATAATTGGTGCACCTGATATAGCTTTCCCCCGAATAAATAACATAAGCTTTTGACTGTTGCCTCCTTCCTTCTTGCTCCTGCTTGCCTCCTCTACAGTTGAGGCTGGAGTAGGGACTGGATGAACAGTCTATCCTCCACTAGCAGGTAATCTAGCACATGCCGGAGCTTCCGTCGATCTAGCAATTTTCTCTCTTCATTTAGCAGGAGTATCTTCTATTTTAGGAGCAATTAATTTTATTACTACTATCATTAATATAAAACCTCCTGCCCTCTCTCAATACCAAACACCTTTATTTGTATGATCTGTATTAATTACAGCCGTTCTACTATTACTATCACTTCCAGTACTAGCAGCAGGTATTACTATACTATTAACAGATCGAAATCTTAATACAACATTTTTTGATCCCGCTGGAGGGGGGGATCCAATTTTATACCAACACTTATTC Trinycteris_nicefori 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Uroderma_bilobatum ATGACCAACATTCGAAAAACCCACCCCCTATTAAAAATTATTAACAGCTCCTTTGTAGATCTCCCTGCCCCCTCAAGTCTTTCATCATGATGAAATTTTGGCTCTCTCCTAGGAGTCTGTTTAGGAGTACAAATCCTAACAGGACTATTTCTAGCAATACACTATACATCAGATACAGCAACCGCATTCAACTCTGTCACCCACATCTGCCGAGACGTCAATTATGGCTGACTACTCCGATACCTCCACGCCAACGGAGCCTCCATATTCTTTATCTGCCTCTATCTTCATGTGGGCCGAGGCTTATACTATGGTTCCTATACCTACTCAGAAACATGGAATATTGGAATCCTACTCCTTTTCGCTGTAATAGCTACAGCATTCATGGGCTATGTTTTACCATGAGGACAAATATCGTTCTGAGGAGCCACTGTCATCACAAACCTCCTCTCCGCCATCCCCTATATCGGAACAGATCTAGTTCAGTGAATCTGAGGCGGCTTCTCCGTAGACAAAGCTACCCTCACTCGATTCTTTGCCTTTCACTTCCTACTTCCCTTTATCGTAGCAGCTCTAGTAATAGTCCACCTCTTATTCTTACACGAAACAGGTTCCAACAACCCAACAGGTATCCCATCAGACTCAGATATAATCCCCTTCCACCCCTACTATACTATTAAAGACATTCTAGGCTTCTTAATTATACTTACAGCTCTATCATCACTAGTTCTATTCTCACCAGACCTCTTAGGAGACCCAGATAATTACATCCCAGCCAACCCTCTTAACACTCCCCCTCATATTAAACCCGAGTGATACTTCCTCTTTGCTTACGCAATTCTACGCTCCATTCCAAACAAACTTGGAGGAGTCCTAGCCCTAGTAATATCCATCCTAATCCTAGCAATCGTACCAATCCTTCATGTATCCAAACAACGAAGCATAATATTCCGCCCCCTAAGTCAATGCTTATTCTGACTTCTAGTAGCAGTCTTATTCACACTGACATGAATTGGAGGACAACCAGTTGAACACCCCTACATTATTATTGGCCAAACAGCATCCGTTCTATATTTCTTAATCATCCTTATCCTTATACCAGCCATCAGCCTTACAGAAAACTACCTTCTAAAATGA?CTTTATATCTACTATTTGGTGCTTGAGCTGGCATAGTAGGCACTGCCCTAAGCCTTCTCATTCGTGCTGAACTTGGCCAACCTGGGGCCCTATTAGGTGATGATCAAATTTACAATGTAGTAGTAACAGCCCATGCCTTCGTAATAATTTTCTTTATAGTTATACCTATTATAATCGGGGGTTTTGGCAACTGGCTGATCCCCTTAATGATCGGCGCACCCGATATAGCATTCCCCCGAATAAACAATATAAGCTTCTGGCTTCTCCCACCATCCTTCTTACTTCTGCTTGCCTCATCCACAGTTGAGGCAGGGGTAGGAACAGGTTGAACCGTGTATCCTCCTCTAGCAGGGAACTTAGCACACGCTGGCGCCTCTGTTGACCTAGCTATTTTCTCCCTTCACCTAGCAGGGGTCTCATCAATCCTCGGGGCTATTAATTTTATTACCACTATTATTAACATAAAACCCCCTGCCTTATCCCAATACCAGACTCCCCTGTTTGTCTGATCCGTCTTAATTACAGCTGTGCTACTACTTCTATCACTTCCTGTCCTAGCAGCAGGAATTACTATACTATTAACAGACCGAAACCTCAATACTACTTTCTTCGATCCTGCAGGAGGAGGGGATCCTATTCTATACCAACACTTATTC Vampyressa_pusilla 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Vampyriscus_bidens 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Vampyrodes_caraccioli 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Vampyrum_spectrum ATGACCAACATCCGAAAAACCCACCCCCTCCTAAAAATCATTAACCACTCCCTCGTGGACCTCCCCGCCCCATCAAACTTATCATCTTGATGAAACTTCGGCTCCCTCCTGGGAATCTGCCTTGCCGTCCAAATCCTAACAGGACTGTTCCTGGCCATGCACTACACATCAGACACAGCCACAGCATTTAACTCCGTGACCCACATCTGCCGAGACGTCCACTACGGCTGAATTCTCCGGTACCTCCACGCCAACGGAGCGTCCATATTCTTCATCTGCCTCTATCTTCACATCGGCCGGGGACTCTACTACGGATCCTACATGTACTCAGAGACATGAAACATTGGAATTCTCTTACTCTTTGCAGTGATAGCCACTGCATTCATGGGCTACGTCCTACCA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACCCTATACCTATTGTTTGGGGCCTGAGCCGGAATGGTGGGTACCGCATTGAGCCTTCTTATTCGCGCTGAACTCGGTCAACCTGGCACCCTACTAGGCGATGACCAGATCTACAATGTCATCGTAACCGCCCACGCCTTCGTGATGATCTTCTTTATAGTGATGCCCATCATAATCGGGGGCTTTGGCAACTGACTGGTCCCTCTAATAATTGGAGCGCCGGATATAGCATTTCCCCGGATAAATAATATAAGCTTCTGACTACTGCCCCCATCATTCCTTTTACTACTCGCCTCCTCCACCGTTGAAGCCGGAGTCGGCACTGGTTGAACAGTCTACCCCCCATTAGCAGGCAACCTTGCCCACGCTGGAGCCTCAGTCGACTTAGCTATCTTCTCCCTACACCTAGCAGGGGTGTCCTCTATCCTGGGAGCAATTAACTTTATCACTACCATCATCAACATAAAACCCCCTGCTCTCTCCCAATACCAAACCCCCCTCTTCGTCTGATCCGTCTTGATTACAGCCGTCCTACTACTCCTCTCACTCCCCGTCCTAGCAGCAGGCATCACCATACTACTAACAGACCGAAACCTTAACACCACTTTCTTTGATCCTGCCGGAGGGGGCGACCCGGTACTGTATCAGCACCTAT?? 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Centurio_senex 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Desmodus_rotundus 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Diphylla_ecaudata 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GATGTAAAGCAAAACCACCTCAAACTGAAGCCTGCAGTTTTCTCTAAGGATTCCTGCTACCTGCCTCCTCTTCGCTACCCAGCCACTTGCACATTCAAAGGCAGTTTAGAGTCTGAAAAGCAACAATACATTATCCATGGGGGGAAAACACCAAACAATGAGCTTTCCGATAAGATTTATGTCATGTCTGTTGTGTGCAAGAACAACAAGAAAGTGACATTTTGCTGTACTGAGAAAGACTTGGTAGGAGACATCCCTGAAGCCAGATATGGTCATACAATTGACGTGGTGTACAGTCGAGGGAAGAGCATGGGCGTTGTCTTCGGAGGGCGATCGTACATACCTTCTGCCCAAAGAACCACAGAGAAATGGAATAGTGTAGCTGACTGCCTGCCTCACATTTTCTTGGTGGATTTTGAGTTTGGGTGTTCTACATCATACATTCTTCCAGAACTTCAGGATGGGCTCTCTTTTCATGTCTCCATCGCCAGAAATGATACCGTTTATATTTTAGGAGGGCATTCACTTGCCAATAACATCCGCCCTGCCAACCTCTACAGAATAAGGGTTGATCTTCCTCTGGGTAGCCCCTCTGTGAACTGCACAGTTTTGCCAGGAGGAATCTCCGTCTCCAGCGCAATCCTGACTCAAACAAACAGTGATGAATTTGTTATTGTGGGTGGCTATCAGCTTGAAAATCAGAAAAGAATGGTCTGCAACGTCATCTCTCTTGAGGGCAACAAGATAGAAATTCGTGAGATGGAGACCCCAGATTGGACCCCAGACATTAAGCACAGCAAGATATGGTTTGGAGGCAACATGGGAAATGGAGCCATTTTCCTTGGCATACCAGGAGACAATAAACAGGCTGCTTCAGAAACATTCTATTTCTACATGCTGAAATGTGCTGAAGACGACGTGAGTGAAGAGCCGAAAACATTCACAAATAGTCAGACATCAACAGAAGACCCAGGGGATTCCACTCCCTTTGAAGACTCAGAAGAATTTTGCTTTAGTGCAGAAGCAAATAATTTTGATGGTGATGATGAATTTGACACTTATAACGAAGAGGATGAGGAAGATGAGTCTGTCACCGGCTACGGGATTACTTGCTGCTCTACCTGCGATGTGGATATCAACACGTGGGTACCATTTTATTCAACTGAGCTGAACAAACCAGCCATGATTTATTGCTCTCATGGAGATGGGCACTGGGTCCATGCCCAGTGCATGGATCTGGCAGAACGCACACTCATCCAACTGTCAGAAGGAAGCAGCAAGTATTACTGCAATGAGCATGTGAAGATAGCGAGAGCATTGCAGACCCCAAAACGAACTCTACCCTTAAAAAGGCCTCCACTGA------------------------------------TATAGGTTTGGTCCCAGCCCTTCTATTGTCTGCTAGCAAAACTACACATGCAAGTATCAGCCTCCCAGTGAGAATGCCCT-ACAAA-TCATCA---ACCATGATAG-ACAGGAGCAGGTATCAAGCACACTATAC---A-AGTAGCTCACAACACCTTGC-TCAACCACACCCCCACGGG-AAA-CAGCAGTGATAAAAATTAAGCAATAAACGAAAGTTTGACTAAGTTATGTCT--ACTTAAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCTAGTCAATAGACACACGGCGTAAAGAGTGTTTAAGGAA------CATCTGTATAAAGTCAAACTATAGCTATGCCGTAAAAAGCTACAGCTATTGTAAGCCCCAG-TACGAAAGTAACTTTA--AAATACCTGAGTACACTATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTAAAGAGTT-ATTC----TAACAAAGCTCTTCGCC-AGAGTACTACTAGCCAAAGCTTAAAACTCAAGGGACTTGGCGGTGCTTTACATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTCA-CCAACCCTTGCT--AACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCTT-AAAAAAGAAT-TATAGTAAGCCAAATTATATA-TACGTAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATGGGTTGGAAAGA-AATGGGCTACATTT----CCTAT-AC-C--TA---GGATACTA-----TTCCT--------ACACGAAAATCCCTATG-AAACTA-AGGATATAAAGGTGGATTTAGCAGTAAACTAAGAATAGAGAGCTTAGTTGAA-TA-AGGCCATAAAGCACGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAGTA--CATAAAGGTA---T-TAC--CCAATCCTA------TTATCA-CTTACCACA-GCTACCAGAGGAGATAAGTCGTAACAAGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACAACCCAAAGCATAGCTTAAC-TCAAAAGCATCTAGCTTACACCTAGAAGATATCATGAAAA-TATGACTGCTTTGAGCTATACTTAGCCCCAAACACAATTAAATATAACTA---TAATAT-AGAAT-TAAATTAAAACATTCA-TC---AC---AAATAATAGTATAGGAGATAGAAA-ATCTT-A-TTAGCGCTATAGAGAAAGTACCGTAAGGGAACAATGAAAGAA-TA-TA-CT-AAAGCAATAAACAGCAAAGATTATCCCTTGTACCTTTTGCATAATGATCTAACTAGAAATATACTAGCAAAGAGA-ACTTAAGTTAGTACCCCCGAAACCAGACGAGCTATTTACAAGCAGCTT-TA--C-AGAGCAAACTCTTCTATGTGGCAAAATAGTGAGAAGACTTATAAATAGGGGTGAAAAG-CCTATCGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAA-TAAA-GAATTTCAGTTCAAACTTAAGCCTGCCCACAAAAAT--ATAAATT-TTACTGTAGACTTAAAATATAGTCTAAAGGGGGACAGCCCTTTAGATATAGGTTA-AACCTTTACTAGAGAGTAAA--TAT--AT----A-AA-CACACCATAGTAGGCCTAAAAGCAGCCATCAATAAAGAAAGCGTTAAAGCTCAA---C--AATTT-AA-GCATC-TTAA--TCCCTATA-A--C-TA--ATA-TCAACTCCTAGTA-TTAA-A-ATTGGACTATTCTAT-AATTA----TATAGAAGACTTACTGTTAGTATGAGTAACAAGAAT-TCAATTCT-CCTA-GCACAAATGTATATCA-G-ACCGAAT-AATCACTGATAGTTAACGAG-TAT-AAAG-T-AAAT-CAAT-AAAC--AAGACCTTTA-TA--TT-----CTCACG-TTAATCCAACACAGGAGTGC--TC-C----AAGGAAAGATTAAAAGGAGTAAAAGGAACTCGGCAAACAC-AAACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGCATCTATAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTG--ACATA--CGTTCAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTCTAAATAAGGACCTGTATGAATGGTCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTTCTCCCAATCAGTGAAATTGACTTCCCCGTGAAGAGGCGGGGATATAATAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGC-TTTAATT--AATTAGCCTAAAA--CAAA-TAA-ATAC-AAACCAA--AAGG-GAT-A-AATAATAT-TATTA-CTAGGCTAACAATTTAGGTTGGGGTGACC-TCGGAGCATAAAATACCCTCCGAGT-ACTTC-TAAACTTAGACTTACCAGTCAAAGT-A-C---AA-TTAC--TAAAC-TGATCCA-TAA--TCAAATGATCAACGGAATAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTAAAGAGTTCCTATCGACAA-TAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCCGATGGTGCA-ACAGCTATCAATGGTTCGTTTGTTCAACGATTAA-AGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATC---T-TATG-TCCCTCCCAGTACGAAAGGACAAGAGAG-ACAGGGCCCCCTTAAA----ATAAGCGCCCTCTAA-C--AAACCAGATG-ACCTAC-TCTTAA-TCTG-ATATGT-AATA--AAATAA--ATTGCCC-AGACA-AGGGCCT- Enchisthenes_hartii 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Furipterus_horrens 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Lampronycteris_brachyotis 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Leptonycteris_curasoae 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Lonchophylla_thomasi 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Lonchorhina_aurita 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Macrophyllum_macrophyllum 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Macrotus_waterhousii 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Micronycteris_hirsuta 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Micronycteris_megalotis GATGTAAAGCATAACCATCTCAAACTGAAGCCTGCAGTTTTCTCTAAGGATTCCTGCTACCTCCCTCCTCTTCGCTACCCAGCCACGTGCACATTCAAAGGCAGTTCAGAGTCTGAAAAGCAACAGTACATTATCCATGGGGGGAAAACACCAAACAACGAGCTTTCCGATAAGATTTATGTCATGTCTGTTGTGTGCAAGAACAACAAGAAAGTTACTTTCTGCTGTGCTGAGAAAGACTTAGTGGGAGACGTCCCAGAAGCCCGATATGGTCATACCATCGATGTGGTGTACAGTCGAGGGAAGAGCGTGGGTGTTGTCTTCGGAGGGCGATCGTACATACCCTCTGCCCAAAGAACCACGGAAAAATGGAATAGTGTAGCTGACTGCCTGCCCCACATTTTCCTGGTGGATTTTGAATTTGGGTGCTCTACATCATACAGTCTTCCAGAACTTCAGGATGGGCTATCTTTTCATGTCTCCATTGCCAGAAATGATACCATTTATATTTTAGGAGGGCATTCACTTGCCAATAACATCCGCCCTGCCAACCTCTACAGAATAAGGGTTGATCTTCCCCTAGGTAGCCCAGCTGTGAATTGCACGGTTCTGCCAGGAGGGATCTCTGTCTCCAGTGCAATCCTGACTCAAACAAACAGTGACGAATTTGTTATTGTGGGTGGCTATCAGCTTGAAAATCAGAAAAGAATGGTTTGCAACGTCGTCTCTCTTGAGGGCAACAAGATAGAAATTCGTGAGATGGAGACCCCAGATTGGACCCCAGATATTAAGCACAGCAAGATATGGTTTGGCAGCAACATGGGAAATGGAGCTGTTTTCCTTGGCATACCAGGAGACAATAAACAGGCTGCTTCAGAAACATTCTATTTCTACATGCTGAAATGTGCTGAAGACGATGTGAATGAAGAACAGAAAGCATTCACAAACCGTCAGACATCAACAGAAGACCCAGGGGATTCCACTCCCTTTGAGGACTCAGAAGAATTTTGCTTCAGTGCAGAAGCAAATAGTTTTGATGGTGATGATGAATTTGACACCTATAATGAAGATGATGAGGAAGATGAGTCTGTCACCGGCTACTGGATTACTTGTTGCTCTACTTGTGATGTGGATATCAACACATGGGTACCATTTTATTCAACCGAGCTAAACAAACCTGCCATGATCTATTGCTCTCATGGAGATGGGCACTGGGTCCACGCCCAGTGCATGGATCTGGCAGAACGCACACTCATCCAACTGTCTGAAGGAAGCAGCAAGTATTACTGCAATGAGCATGTGAAGATAGCAAGAGCATTGCAGACCCCCAAACGAGCTGTACCCTTAAAAAAGCCTCCACTGA------------------------------------CACAGGTTTGGTCCTAGCCTTTCTATTAGTTGTTAGCAAAACTACACATGCAAGTATCCGCACCCCAGTGAGAATGCCCTTACAAG-TCGTTC------CCGACAA-GAAGGAGCGGGCATCAAGCACACCA-CC---AAGGTAGCTCATGACGCCTTGC-TTAACCACACCCCCACGGG-AAA-CAGCAGTGATAAAAATTAAGCAATAAACGAAAGTTTGACTAAGTTATGCTT--AC-CAAGAGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCACACGATTGACTCTAATTAATAGACATACGGCGTAAAACGTGTTTAAGAAAA----CTATACTAATAAAGCCAAACTTTAGCTAAGCTGTAAAAAGCCACAGCTACTGGAAGTCCCAC-TACGAAAGTAACTTTA--AATCATCTGAACACACGACAGCTGAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTCAGCCTTAAACCCAAAAAATT-AA-A----TAACAAAATTCTTCGCC-AGAGTACTACTAGCCAAAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCATCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCCCA-CCAACCCTTGCC--AACTCAGCCTATATACCGCCATCTCCAGCAAACCCT-AAAAAGGAAC-AACAGTAAGCCCAATTATA-C-TACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATGGGTTGGGAAGA-AATGGGCTACATTA----CCTAA-TA-C--TA---GGTCACC--AATCACCCT--------TTACGAAAATCTCTGTG-AAATCA-GAGAT-CAAAGGTGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAGCGCTTAATTGAA-TC-AGGCCATGAAGCACGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAATA--C-TAACGGCA---A-CCCACTTAACCCTA------TTAACAACCTGTCACA-ACTACTAGAGGAGATAAGTCGTAACAAGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGATAACCCAAAGTGTAGCTTAAA-CCCAAAGCATCTAGCTTACACCTAGAAGATTTCATATAAA-AATGACCACTTTGAGCAGTACTTAGCCCAAAC-ATCAACCAATACAATTA---CCAACA-CCAAC-TAAAATAAAACATTTA-CT---AC---ACCCAAAAGTATAGGAGATAGAAA-TTCTA-A-TTGGCGCTATAGAGACAGTACCGCAAGGGAACAATGAAAGAA-AC-AA-CC-AAAGCACTAAATAGCAAAGCTTACCCCTTCTACCTTTTGCATAATGATTTAACTAGA-ACAACTTAGCAAAGAGA-ACTTAAGTTAACACCCCCGAAACCAGACGAGCTATTCACGAGCAGCAC-AA--A-AGAGCAAACTCGTCTATGTAGCAAAATAGTGAGAAGACTCATGAATAGAGGTGATAAG-CCTACCGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAG-AAAT-GAATTTCAGTTCAAACTTAAGCTTACCTAACAGAGC--TTCAACT-CAACTGTAAACTTAAGAGATAGTCTAAAAGGGGACAGCCTTTTAGACACGGGTTACAACCCTCACTAGAGAGTAAG--TAT--AA----A-AA-CAGACCATAGTTGGCCTAAAAGCAGCCACCAATAAAGAAAGCGTTCAAGCTCAA---C--AACAC-AA-CCATC-TAAA--TCCCAAAA-A--C-AA--CAA-CTAACTCCTAGCA--CAA-A-ACTGGACCACTCTAT-AACAA----CATAGAAGAGATACTGTTAATATGAGTAACAAGAAA-TTATTTCT-CCCC-GCACAAGTGTATATCA-G-ACCGGGT-ATCCACTGATAGTTAACAAG-TAC-AAAG-C-AAAC-CAAA-CCAC--AAGTCCTTT--CACACT-----CAACTG-TTAACCCAACACAGGCGTGC--CC-C----AAGGAAAGATCAAAAGAAGTGAAAGGAACTCGGCAAACAC-AAACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGCATATCTAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTG--ACATA--CGTTCAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCCCTAAATAGGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTCACCTCTGATCAGTGAAATTGACCTCTCCGTGAAGAGGCGGAGATATCATAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGC-TTTAATT--AACTAGCCTAAAT-AGAACACCA--TCA-ACTCCAATAAAGG-AAC-A-AACAAACC-TTTAACATAAGCTAGCAATTTAGGTTGGGGCGACC-TCGGAGCACAAAAAACCCTCCGAGC--AATA-CAAACTTAGACCTACCAGTCAAAATGC-A---TA-CCAC--TT-AT-TGATCCA-AAA----ACTTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTTAAGAGTCCCTATCGACAA-TAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCCAATGGTGCA-GCAGCTATCAACGGTTCGTTTGTTCAACGATTAA-AGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATTACTACTAAG-TCTCTCCCAGTACGAAAGGACCAGAGAG-ACAAGGCCCACTTTAC---CAGAAGCGCCTTCAAGAA--TCAACAGATG-ACACAA-TCTCAA-TCTG-AC-TTT-AACA--AACAT---ATTCCCCAAAATC-AGGGCC-- 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Mimon_crenulatum 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Musonycteris_harrisoni 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Noctilio_albiventris 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Noctilio_leporinus 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Phylloderma_stenops 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Pteronotus_davyi 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Trachops_cirrhosus 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Trinycteris_nicefori 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Vampyriscus_brocki 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Vampyrodes_caraccioli 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Ardops_nichollsi 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Ariteus_flavescens 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Artibeus_cinereus 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Artibeus_jamaicensis 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Brachyphylla_cavernarum 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Centurio_senex 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Chrotopterus_auritus 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Diaemus_youngi 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Enchisthenes_hartii 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Erophylla_sezekorni 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Furipterus_horrens 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Glossophaga_soricina 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Macrophyllum_macrophyllum 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Macrotus_waterhousii 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Mesophylla_macconnelli 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Micronycteris_hirsuta 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Micronycteris_minuta 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Noctilio_leporinus 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Pteronotus_davyi 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Rhinophylla_pumilio 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Saccopteryx_bilineata 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Vampyriscus_bidens 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Artibeus_cinereus 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Carollia_perspicillata 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Choeroniscus_godmani 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Desmodus_rotundus 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Diaemus_youngi 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Enchisthenes_hartii 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Erophylla_sezekorni 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Furipterus_horrens 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Glossophaga_soricina 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Lophostoma_brasiliense 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Mesophylla_macconnelli 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Micronycteris_hirsuta 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Mormoops_megalophylla 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Pteronotus_davyi 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Pygoderma_bilabiatum 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Sphaeronycteris_toxophyllum 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Tonatia_saurophila 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Sphaeronycteris_toxophyllum 10102{01}0110211020113?10000100?02??022?0?0000?11100023002?0???02031?000001110000000??10000?0100200???1?????????????????????????11010221?0000??10020100?4100120110001000110001000500000100001110????????????????????????1?????0 Stenoderma_rufum 10122?0110211020122010000110?000?001?010000?00000034?130001102030100000??10000000??10000?0110200????1????????????????????????11000221?0000??10020100?210?01001000?0001101010005000000010011?0???????????????????????01?????1 Sturnira_lilium 0010210000001022121010000100?02??001?010000?0000003{34}{01}20?01000100??000002200100000??11000?00002000101??000011??00???00?001?2?01000011000010??10010000?{23}1000100100010101100010004000001010012?0??????????1101000??001001331210 Thyroptera_tricolor 0000000000311001?1100?0????0?????0???0?0000?00000034000?00012013000110022?01100030100000000001001110?0100011?10????1???11???00?000?11?0000??0??????0?21001200010100111200110001012000200011001001111102???????0??????01????0 Tonatia_saurophila ????130000310020020?10000111022??001?001000?00000023010?00110100??000010000000002000000010000000?????0???????????????????????0?00??1000010??10010000?210001110010?010110001000400101011001010????????????????????????1?????0 Trachops_cirrhosus 101011000001002{01}020?10000111002??001?001000?00000023020?00100000??000002200000001100010010000100???10????????????????????????0?00001000010??10010000?2100011101111010120010000410001010011120??0?????????0?1????0?0001211?00 Trinycteris_nicefori ????210001010022021010000100?02??0000000000?000000110?0?00110100??000002200011002?10000010000000????10200001010110?000000020?0?00001000010??100100000{12}10001000000?0?001000100001000011?011120??0?????????0?1????00?1?13??1?0 Uroderma_bilobatum 10121{13}1001210020121012000110?000?001?010000?00000044000?00110212??001001110001100??10000?0110200???120200001010110?000000120?10000101?0000??100200000210001011001?0101100110005000001010?1100??0????????????????01??01331210 Vampyressa_pusilla 1112201000210020121012000110?000?011?010000?00000044000?00110212??001001100001010??11011?0111?01???110200001010110?000000120010000011?1000??100100000{23}100010{01}1?010010110001000400001101001120???????????????????01???133121{02} Vampyriscus_bidens 1012211001210020121012000110?000?001?010000?00000044000?01110212??001011?00001010??11011?0111?00?????????????????????????????10000111?1000??10010000?410?0101100?00101100010005000000000011?0????????????????????????1?????? Vampyrodes_caraccioli 11121{13}1001211022121012000110?000?001?010000?00000044000?00110210??001001110000100??11001?0{01}00200???11????????????????????????10000101?1000??10020000?3100010110000010110101000500000101001110???????????????????011?01331210 Vampyrum_spectrum 1010100000310120020?100001111001?0000001000?00000022020?00110110??001001120011002?10010010000100???10????????????????????????0?00000000010??1003???0?2100011101100010120?11000400001201011000?????????????????210???013??0?0 ; END; BEGIN SETS; CHARSET potentially_convergent (CHARACTERS = Morphological_matrix) = 54 62 68 72-73 76-78 80-81 94 105 109 112-114 117-118 123 130 138 142 144-146 182; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M9409] TITLE Wetterer_et_al._2000; LINK TAXA = Taxa6; DIMENSIONS NCHAR=150; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2 3 4 5 6" MISSING=? GAP= -; CHARSTATELABELS 1 Pelage_differentiated / over_and_under_hairs under_hairs_only, 2 Bulb_at_base_of_hair / absent present, 3 Morphology_of_cuticular_scales / appressed entire_margin_divergent alternate_sides_diverge, 4 Scale_margin_morphology / entire irregular toothed entire_and_irregular entire_and_hastate, 5 Dorsal_fur / unicolor bicolor_pale_base tricolored_pale_median_band, 6 Facial_stripes / absent present, 7 Dorsal_stripe / absent present polymorphic, 8 White_shoulder_patch / absent present, 9 White_neck_patch / absent present, 10 Fringe_on_uropatagium / absent present, 11 Superciliary_vibrissa / absent present, 12 Genal_vibrissae / absent one two, 13 Interramal_vibrissae / absent none_or_one one one_or_two two none_or_two three, 14 Posteriors_present / present absent, 15 Number_laterals / two three more_than_3, 16 Vibrissal_papillae / small 'pad-like' flap finger, 17 Pads_touch / pads_separate pads_touch, 18 Color_of_noseleaf / 'brown-cream' yellow bicolored, 19 Spear_length / long truncated, 20 Spear_tip / rounded_or_pointed 'U-shaped_notch', 21 Central_rib / rib_undifferentiated rib_not_to_tip rib_to_tip, 22 Internarial_structure / none ridge_or_papillae polymorphic, 23 Presence_of_a_sella / absent present, 24 Lateral_horseshoe / thin_free partially_free confluent, 25 Boundary_of_labial_horseshoe / flap ridge confluent, 26 Morphology_of_flaps / flat cupped, 27 Morphology_of_swollen. / smooth V_notch_sometimes V_notch_always V_projection, 28 Skin_ridge / absent present, 29 Outgrowth_of_spear / absent small_outgrowth visor, 30 Chin_morphology / pads multiple_papillae smooth complex_folds, 31 Scalloped_chin_pads / not_scalloped scalloped, 32 Chin_cleft / absent present, 33 Presence_of_central_papilla / absent present, 34 Oral_papillae / absent at_lip_line all_of_inner_cheek, 35 Pinna / irregular round, 36 Band_between_ears / absent present, 37 Depth_of_notch_in_band / shallow deep, 38 Facial_Hood / absent present, 39 Vomeronasal_tube / 'well-developed' rudimentary absent, 40 Vomeronasal_cartilage_shape / bar curved, 41 Nasopalatine_duct / present absent, 42 Zygomatic_arch / complete incomplete polymorphic, 43 Mastoid_breadth / mastoid_less_than_zygo mastoid_greater, 44 Posterior_hard_palate / long equal short_to_UM2 short_to_UM1, 45 Shape_of_palate / U_shaped V_shaped, 46 Pterygoid_lamina / sheetlike inflated, 47 Rostrum / sloping vertical, 48 Upper_I2_presence / present absent, 49 I1_verus_I2_size / I1_noticeably_larger I1_and_I2_subequal, 50 Upper_I1_shape / round_or_straight C_shaped bifid pointed bilobed, 51 Main_cusp_offset / offset centered, 52 Main_cusp_length / short long, 53 Lower_I1_presence / present absent, 54 Lower_I2_presence / present absent, 55 Incisor_occlusion / normal gap cingulum fossa, 56 _Upper_P3_presence / present absent, 57 Upper_P4_accessory_cusps / absent sometimes always, 58 p3_presence / absent greatly_reduced reduced subequal, 59 p3_displacement / never sometimes always, 60 'W-shaped ectoloph on UMs' / present absent, 61 Hypocone_on_M1 / present absent wing, 62 'Length of metastyle UM1-2' / normal very_long, 63 Upper_M3 / present absent, 64 Ectoloph_on_M3 / 'W-shaped' 'V-shaped', 65 Lower_molar_compression / normal compressed_into_shearing, 66 Lower_M2 / present absent, 67 Lower_M3 / present lower_M3_absent, 68 Paraconid_on_LM1_absent / never polymorphic always, 69 Metaconid_on_LM1 / present absent, 70 Entoconid_on_LM1 / present absent, 71 'P3-P4 diastemata' / absent present, 72 'P4-M1 diastemata' / absent present, 73 'M1-M2 diastemata' / absent present, 74 Distal_Tip_of_Clavicle / coracoid coracoid_and_acromion, 75 M._occiptopollicalus / one_belly two_bellies, 76 Ventral_attach_M._occipitopolli / 1_attachment 2_attachments, 77 M._spinodelt._origin / scapula_only scapula_and_transverse_lig, 78 Triceps_mediale / tendon_and_sesamoid tendon_only sesamoid_only, 79 M._palmaris_longus_2 / inserts_on_two 'doesn''t', 80 M._palmaris_longus_3 / 'doesn''t' inserts_on_digit_3, 81 M._palmaris_longus_4 / 'doesn''t' inserts_on_4, 82 M._palmaris_longus_5 / 'doesn''t' inserts_on_5, 83 M._flexor_digitorum_profundus_4 / inserts_on_4 'doesn''t', 84 Metacarpals / three 'three_=_four' four 'four_=_five' five 'three_=_five' 'three_=_four_=_five', 85 Second_phalanx_digit_III / longer subequal, 86 Second_phalanx_digit_IV / longer equal shorter, 87 Calcar_length / 'present,_equal_to_or_longer' 'present,_shorter' vestigial_or_absent, 88 Wing_attachment / ankle_or_lower_leg calcar lateral_metatarsal dorsal_metatarsal, 89 Length_of_tail / medium long absent, 90 M._mylohyoideus / undivided partial_divided divided, 91 Med_m._sternohyoideus / from_manubrium from_mesosternum from_xiphoid, 92 Lat_m_sternohyo / manubrium manubrium_and_clavicle clavicle_and_rib xiphoid, 93 M._sterhyoideus_insert / basihyal_bone raphe_to_hyogloss_geniohy, 94 M._ceratohyoid_insert / includes_ceratohyal 'doesn''t', 95 M._ceratohyoid_insert / 'doesn''t' includes_stylohyoid, 96 M._hyoglossus_origin / basihyal_bone raphe, 97 M._geniohyoideus_insertion / normal_single_insertion split, 98 Split_insertion_type / into_raphe tunnel, 99 M._geniohyoideus_fusion / partially_or_completely_fused not_fused, 100 M._stygloss_insert / lateral_surface corner_of_tongue, 101 M._geniogloss_insert / ventral_tongue post_half_or_third post_quarter_tongue, 102 M._stylohyo_present / absent present polymorphic, 103 Antlat_slip_m._sphinct_colli / present absent, 104 Lat_slip_m._sphincter_colli / present absent, 105 Lat_slip_m._sphincter_colli / passes_laterally passes_anteriorly_also, 106 M._cricophar_slips / 1_slip 2_slips 3_slips more_than_3, 107 Medial_vallate_papillae / present MVPs_absent, 108 Medial_vallate_pap_fusion / none double_fusion_present, 109 Lateral_vallate_papillae / LVPs_present absent, 110 Location_of_lateral_vallates / lateral_position dorsolateral dorsal, 111 Pharyngeal_region_of_tongue / covered_with_paps medially_bare totally_bare 'variable:_1_and_2', 112 Lingual_sulci / absent lateral_sulcus_present ventral_sulcus_present, 113 'Hair-like papillae' / absent hairlike_papillae_present, 114 'Position of hair-like paps' / lateral lateral_and_dorsal, 115 'Shape of hair-like paps' / conical stringy sliced, 116 Medial_Post_Mechanical_Paps / toward_pharngeal_region toward_tip midline no_inclination, 117 Anterior_patch / absent sometimes always, 118 Stringy_bifids / absent band_present, 119 Baskets / absent baskets_present, 120 Location_of_horny_papillae / near_tongue_tip proximal, 121 Horny_papillae / elliptical 'V-shaped', 122 Horny_paps_size / all_same_size some_larger_than_others, 123 Size_in_cluster / all_large all_small, 124 Number_larger / one two, 125 Anterior_hps / three one none, 126 Posterior_hps / 2_papillae_present absent, 127 Flanking_hps / present occasionally_absent absent, 128 Lingual_arteries / pair single_midline, 129 'Brunner''s gland' / present absent, 130 Male_Accessory_Gland / white_anteromedial_present absent, 131 Ext_uter_fusion / horns_1_2 horns_1_4 simplex, 132 Int_uter_fusion / corn_lumina_distinct reduced_to_IUC cornual_lumina_absent, 133 Oviduct_uterus / lateral_entry fundic_lateral fundic_medial, 134 Ovar_ligament / to_ovaduct to_uterus, 135 Accessory_olfactory_bulb / absent present, 136 Inferior_colliculi / fully_exposed exposed_partially not_visible, 137 X_chromo / not translocated polymorphic, 138 Restrict_site_28 / site_present absent, 139 Restrict_site_32 / site_present absent, 140 Restrict_site_36 / site_present absent, 141 Restrict_site_38 / site_present absent, 142 Restrict_site_43 / site_present absent, 143 Restrict_site_46 / site_present absent, 144 Restrict_site_47 / site_present absent, 145 Restrict_site_49 / site_present absent, 146 Restrict_site_50 / site_present absent, 147 Restrict_site_52 / site_present absent, 148 Restrict_site_53 / site_present absent, 149 Restrict_site_54 / site_present absent, 150 EcoRI_defined_satellite_DNA / absent repeat_present, ; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Ametrida 1120200111020112000020-000-001-01200-0???00--010031-001000-1000-000200000??????????000122?????????????????0002200--1-00001-1010???2221?11000100100000? Anoura 10221000010{12}4021000001022--00011-000-0010{02}00-00010--11-003-01000000000110??????1???00010{02}023101111?12010031-00101110000101-000010?21101200000001000000 Ardops 0021200101020122000020-01-3001-01200-0???00300000300001010-1000-000210000??????????500122?????????????????0002200--1-00001-1010???????1?10001001000000 Ariteus 1122200101020122000020-01-3001-01200-0???00300000300001010-1001-000210000??????????500122?????????????????0002200--1-00001-1010???2221??10001011000000 Artibeus 102211000{01}024121000020-000-001-01100-0010000-00002--001010-100{01}-000200000?10??0000150012220100000-100000120002100--1-10001-00000{01}122211{12}10100001000001 Brachyphylla 0020100000014021101100-02--001-00000-0100000-00000--000000-1100-000200000?00???????50020211200000-?0000001001-100--0001001-000001?21100200000001000010 Carollia 10202000000{01}4121000010-02--001-01000-0010100-00000--000000-1100-000000000000121101150110000100000-100100020000100--0001001-00000?0211112{12}0000001000000 Centurio 1120200111120113-----------0-2-0-200-1???00210000300001000-1001-00120000010011?????002122?????????????????011-200--1-00001-1010?1?2221?100001001000000 Chiroderma 102221{01}00002{01}1210{02}0020-000-001-01100-0???000-00000--00{01}000-110{01}-00{01}211110?10???0???50{01}122?????????????????0002100--1-10001-0000?1?????1200100001000000 Choeroniscus 10201000000{01}{12}021000001012--00011-000-0???1-0-10010--11-003-1100-000000111??????????000100023100111?12011-31-00101110000101-101010?????02{01}001000110100? 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Pygoderma 1020200111010121000020-01-0001-01200-0???001-0000301001010-1001-001200000??????????400122?????????????????0002200--1-00001-1010?????????10001011000000 Rhinophylla 102010000{01}024122000010-02--000001000-0???100-0000{04}--000000-1100-000???111??????????401122?????????????????0000100--00010000----???2111020000000100000? Scleronycteris ????10000001?02??000????2--00011-?00-0???1-0-00010--11-003-1100-000000111??????????0001?0????????????????????????????????????????????????????????????? Sphaeronycteris 1020200111020113-00010-02--022-0-200-1???0021010031-001000-1000-000200000??????????500122?????????????????0102200--1-00001-1010???????1?0????????????? Stenoderma 1022200111020122000020-000-001-01200-0???00300000301001000-1000-000210000??????????500122?????????????????0002300--1-00001-1010????????110001011000000 Sturnira 00202000010{012}{04}121000010-02--001-01100-0010000-00000--0{01}0000-1100-00{01}{02}{01}{01}000?00??10001400202000?00?0-10?001-20001100--0001001-0000?0022211{12}00100001000010 Tonatia 1120100000{01}2{04}020-000210{02}2--001-00010-0???0{01}0-00000--010002-00001000000000?00???1???41{12}030?????????????????0000100--0001001-0000?01????1000000000010010 Trachops 1020100000021020-00021002--001-00010-0???000-00000--000001100101000000000?00???1???401100?????????????????0000100--0001001-0000??010001000000100010010 Uroderma 1022111000020121020020-000-001-01100-0???000-00002--001020-1000-000210100?00???????50012220100000-?00000120001100--1-10001-101001?22211201000001000000 Vampyressa_bidens 1022211000020121020020-000-001-01100-0???000-00002--010000-1101-000211111??????????500122?????????????????0001100--1-10001-0000??????????????????????? Vampyressa_nymphaea ????211000020121020020-000-001-01100-0???000-00002--000000-1101-001211111??????????500122?????????????????0001100--1-10001-0000?1??????200000001000000 Vampyressa_pusilla 1122210000020121020020-000-011-01100-0???000-00002--000000-1101-001211111??????????40112220100100-?00000120000100--1-10001-000001?2221110????????????? Vampyrodes 1122111001024121020020-000-001-01100-0???000-00000--001020-1101-000100000??????????500122?????????????????0001000--1-10001-1000?1?22211101000001000000 Vampyrum 1020100000120020-000211001-000000010-0???000-00000--002002-00101000000100??????????401032?????????????????0000000--00010000----???????100000000000001? ; END; BEGIN TREES; TITLE Morphology_80spp; LINK TAXA = Taxa7; TRANSLATE 1 Ametrida_centurio, 2 Anoura_caudifer, 3 Anoura_geoffroyi, 4 Ardops_nichollsi, 5 Ariteus_flavescens, 6 Artibeus_cinereus, 7 Artibeus_concolor, 8 Artibeus_hirsutus, 9 Artibeus_jamaicensis, 10 Brachyphylla_cavernarum, 11 Carollia_brevicauda, 12 Carollia_perspicillata, 13 Centurio_senex, 14 Chiroderma_villosum, 15 Choeroniscus_godmani, 16 Choeronycteris_mexicana, 17 Chrotopterus_auritus, 18 Desmodus_rotundus, 19 Diaemus_youngi, 20 Diphylla_ecaudata, 21 Ectophylla_alba, 22 Enchisthenes_hartii, 23 Erophylla_sezekorni, 24 Furipterus_horrens, 25 Glossophaga_longirostris, 26 Glossophaga_soricina, 27 Glyphonycteris_daviesi, 28 Glyphonycteris_sylvestris, 29 Hylonycteris_underwoodi, 30 Lampronycteris_brachyotis, 31 Leptonycteris_yerbabuenae, 32 Lichonycteris_obscura, 33 Lionycteris_spurrelli, 34 Lonchophylla_robusta, 35 Lonchophylla_thomasi, 36 Lonchorhina_aurita, 37 Lophostoma_brasiliense, 38 Lophostoma_silvicolum, 39 Macrophyllum_macrophyllum, 40 Macrotus_californicus, 41 Macrotus_waterhousii, 42 Mesophylla_macconnelli, 43 Metavampyressa_nymphaea, 44 Micronycteris_hirsuta, 45 Micronycteris_megalotis, 46 Micronycteris_minuta, 47 Mimon_bennettii, 48 Mimon_crenulatum, 49 Monophyllus_redmani, 50 Mormoops_megalophylla, 51 Musonycteris_harrisoni, 52 Mystacina_robusta, 53 Mystacina_tuberculata, 54 Noctilio_leporinus, 55 Phylloderma_stenops, 56 Phyllonycteris_aphylla, 57 Phyllonycteris_poeyi, 58 Phyllops_falcatus, 59 Phyllostomus_discolor, 60 Phyllostomus_hastatus, 61 Platalina_genovensium, 62 Platyrrhinus_helleri, 63 Pteronotus_davyi, 64 Pteronotus_parnellii, 65 Pygoderma_bilabiatum, 66 Rhinophylla_pumilio, 67 Saccopteryx_bilineata, 68 Scleronycteris_ega, 69 Sphaeronycteris_toxophyllum, 70 Stenoderma_rufum, 71 Sturnira_lilium, 72 Thyroptera_tricolor, 73 Tonatia_saurophila, 74 Trachops_cirrhosus, 75 Trinycteris_nicefori, 76 Uroderma_bilobatum, 77 Vampyressa_pusilla, 78 Vampyriscus_bidens, 79 Vampyrodes_caraccioli, 80 Vampyrum_spectrum; TREE Morphology_MP_StrCon_allchars = [&R] (((((((((((((((1,(13,69)),65),(((4,5),70),58)),(((6,(7,9)),(((((14,21,42,77),43),78),(62,76)),79)),8)),22),71),((11,12),66)),(((((((2,3),((15,(16,51)),((29,32),68))),31),(25,(26,49))),((33,(34,35)),61)),(23,(56,57))),(10,((18,19),20)))),(((27,28),(30,(((40,41),46),(44,45)))),75)),((((((17,80),((37,38),73)),(55,(59,60))),(39,48)),36),47)),74),(50,(63,64))),(24,72)),((52,53),54)),67); TREE Morphology_MP_StrCon_exclude_converge = [&R] (67,((52,53),24,54,72,((63,64),50),((((45,44),46),(40,41)),30,36,55,74,73,75,47,66,(60,59),(39,48),(37,38),((19,18),20),(27,28),(17,80),(12,11),(10,((56,57),23)),((2,3,((29,32),68,(15,(16,51)))),49,31,25,26,(33,35,34,61)),(71,(79,42,77,(62,76),78,43,14,22,21,9,8,6,7,(65,(69,13),1,58,70,4,5)))))); TREE Morphology_MB_PP_50MajRulCon_exclude_converge = [&R] (67:0.619101,54:0.25581,((((((((((((1:0.23487,(13:0.218975,69:0.178125)1.00:0.187628)0.76:0.098163,(((4:0.038132,5:0.060163)0.87:0.049371,70:0.083646)0.71:0.052882,58:0.106679)0.66:0.05157)0.78:0.059164,65:0.078619)0.98:0.186876,((6:0.076566,7:0.078945)0.64:0.043246,9:0.073709)0.72:0.061783,8:0.045606,(((((14:0.157798,21:0.114227)0.65:0.078091,(42:0.09361,77:0.049103)0.64:0.060749)0.57:0.0333,43:0.0189,78:0.068647)0.94:0.085791,(62:0.024889,76:0.059551)0.81:0.038322)0.77:0.041746,79:0.042966)0.92:0.084681,22:0.041206)0.98:0.256827,71:0.102962)0.98:0.195838,(11:0.02034,12:0.01821)1.00:0.095472)0.51:0.040462,66:0.117014)0.96:0.070633,((((((2:0.056055,3:0.033396)0.79:0.035126,((15:0.065678,(16:0.017668,51:0.061221)0.58:0.028953)0.98:0.042219,(29:0.048925,32:0.111531)0.69:0.036441,68:0.021237)1.00:0.074417)1.00:0.067537,31:0.032316)0.76:0.035503,(25:0.097861,26:0.021864,49:0.029286)0.62:0.03022)0.93:0.08155,(33:0.097019,34:0.046211,35:0.02,61:0.128558)0.97:0.073249)0.89:0.121493,((10:0.069504,(23:0.076265,(56:0.018585,57:0.027358)0.99:0.063589)1.00:0.142704)0.80:0.096747,((18:0.094181,19:0.037763)1.00:0.160066,20:0.068775)1.00:0.458569)0.84:0.103128)0.57:0.077415)0.76:0.112423,((((17:0.135396,80:0.061122)1.00:0.191168,74:0.1009)0.70:0.059636,(37:0.077927,38:0.079054,73:0.125665)0.98:0.098694)0.80:0.059201,((40:0.014601,((44:0.045439,45:0.026455)1.00:0.073137,46:0.059126)0.98:0.078419)0.65:0.021991,41:0.023572)0.99:0.087535)0.69:0.06209,(27:0.11431,28:0.04687)0.86:0.062042,30:0.095012,(36:0.195975,((39:0.109533,48:0.071141)0.96:0.114018,47:0.03348)0.75:0.063607)0.69:0.070118,(55:0.07585,(59:0.036743,60:0.083008)0.86:0.093513)0.89:0.10526,75:0.07874)1.00:0.555217,(52:0.082339,53:0.046598)1.00:0.6624)0.57:0.229939,72:0.196867)0.50:0.21013,(24:0.234155,(50:0.216834,(63:0.046963,64:0.077971)0.98:0.201245)1.00:0.526831)0.76:0.224788)0.97:0.335855); 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END; BEGIN TREES; TITLE Table6_comparison; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Ametrida_centurio, 2 Ardops_nichollsi, 3 Ariteus_flavescens, 4 Artibeus_cinereus, 5 Artibeus_jamaicensis, 6 Brachyphylla_cavernarum, 7 Centurio_senex, 8 Chrotopterus_auritus, 9 Desmodus_rotundus, 10 Diaemus_youngi, 11 Diphylla_ecaudata, 12 Ectophylla_alba, 13 Enchisthenes_hartii, 14 Erophylla_sezekorni, 15 Furipterus_horrens, 16 Glossophaga_soricina, 17 Glyphonycteris_daviesi, 18 Glyphonycteris_sylvestris, 19 Lampronycteris_brachyotis, 20 Leptonycteris_yerbabuenae, 21 Lionycteris_spurrelli, 22 Lonchophylla_thomasi, 23 Lonchorhina_aurita, 24 Lophostoma_brasiliense, 25 Macrophyllum_macrophyllum, 26 Macrotus_waterhousii, 27 Mesophylla_macconnelli, 28 Micronycteris_hirsuta, 29 Micronycteris_megalotis, 30 Micronycteris_minuta, 31 Mimon_crenulatum, 32 Monophyllus_redmani, 33 Mormoops_megalophylla, 34 Noctilio_leporinus, 35 Phylloderma_stenops, 36 Phyllostomus_hastatus, 37 Pteronotus_davyi, 38 Pygoderma_bilabiatum, 39 Rhinophylla_pumilio, 40 Saccopteryx_bilineata, 41 Sphaeronycteris_toxophyllum, 42 Stenoderma_rufum, 43 Tonatia_saurophila, 44 Trachops_cirrhosus, 45 Trinycteris_nicefori, 46 Uroderma_bilobatum, 47 Vampyressa_pusilla, 48 Vampyriscus_bidens, 49 Vampyrodes_caraccioli, 50 Vampyrum_spectrum; TREE mtrDNA_ML_partitioned_down_loops = [&R] ((((((((((((((((((((1,38),41),(7,42)),(2,3)),(4,5)),13),12),(((27,47),49),(46,48))),39),((17,18),45)),(21,22)),((6,14),((16,20),32))),((8,50),(((24,(31,(35,36))),25),(43,44)))),23),((9,10),11)),(19,((28,29),30))),26),(33,37)),(15,34)),40); TREE Combined_MP_exclude_converge_excdown_saturated = [&R] ((((((((((((1,7,38,41),(2,3)),42),(4,5),12,13),((27,47),(46,48),49)),39),((17,18),45)),(((6,14),((16,20),32)),(21,22))),(8,50),((9,10),11),(19,((28,29),30)),23,24,25,(31,(35,36)),43,44),26),(33,37)),15,34,40); TREE Combined_MB_8_models_exclude_converge_mt3_loops = [&R] ((((((((((((((((((1,(7,41)),38),(2,3)),42),(4,5)),13),12),(((27,47),48),(46,49))),39),((17,18),45)),(((6,14),((16,20),32)),(21,22))),23),((8,50),(((24,(31,35,36)),43),(25,44)))),((9,10),11)),(19,((28,29),30))),26),(33,37)),(15,34),40); TREE Molecular_MB_6_models_exclude_mt3_loops = [&R] ((((((((((((((((((1,41),7),38),(2,3)),42),(4,5)),12,13),(((27,47),(46,48)),49)),39),((17,18),45)),((6,14),((16,20),32)),(21,22)),23),(8,50),((24,(31,35,36)),43),(25,44)),((9,10),11)),(19,((28,29),30))),26),(33,37)),(15,34),40); TREE Molecular_ML_8_models_excdown_saturated = [&R] ((((((((((((((((((((1,41),38),7),(2,3)),42),(4,5)),12),13),((((27,47),46),49),48)),39),((17,18),45)),(21,22)),23),((6,14),((16,20),32))),((8,50),(((24,(31,(35,36))),43),(25,44)))),((9,10),11)),(19,((28,29),30))),26),(33,37)),(15,34),40); TREE Molecular_MP_exclude_coi3_down_cytb3_loops = [&R] ((((((((((((((1,38),41),7),(2,3)),42),(4,5),(12,13)),((27,47),(46,48),49)),39),(6,14,((16,20),32)),(8,50),((17,18),45),(21,22),23,(24,31,(35,36)),(25,44),43),((9,10),11)),(19,((28,29),30))),26),33,37),(15,34),40); TREE random = [&R] (1,((((((2,((4,31),7)),16),13),(((((((((((3,(5,(33,(36,41)))),15),34),(10,14)),24),((((((((6,9),((11,27),22)),32),((21,(28,45)),23)),26),18),(42,43)),20)),46),((((8,47),(12,35)),(29,(44,49))),30)),((17,19),(38,48))),50),25)),37),39),40); TREE Morphology_MP_exclude_converge = [&R] ((((1,2,3,(7,41),38,42),4,5,12,13,27,46,47,48,49),(6,14),(8,50),((9,10),11),(16,20,(21,22),32),(17,18),19,23,24,(25,31),(26,((28,29),30)),35,36,39,43,44,45),15,(33,37),34,40); END; BEGIN TREES; TITLE Partitioned_likelihood_support; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Ametrida_centurio, 2 Anoura_caudifer, 3 Ardops_nichollsi, 4 Ariteus_flavescens, 5 Artibeus_cinereus, 6 Artibeus_jamaicensis, 7 Brachyphylla_cavernarum, 8 Carollia_perspicillata, 9 Centurio_senex, 10 Chiroderma_villosum, 11 Choeroniscus_godmani, 12 Chrotopterus_auritus, 13 Desmodus_rotundus, 14 Diaemus_youngi, 15 Diphylla_ecaudata, 16 Ectophylla_alba, 17 Enchisthenes_hartii, 18 Erophylla_sezekorni, 19 Furipterus_horrens, 20 Glossophaga_soricina, 21 Glyphonycteris_daviesi, 22 Glyphonycteris_sylvestris, 23 Lampronycteris_brachyotis, 24 Leptonycteris_yerbabuenae, 25 Lionycteris_spurrelli, 26 Lonchophylla_thomasi, 27 Lonchorhina_aurita, 28 Lophostoma_brasiliense, 29 Macrophyllum_macrophyllum, 30 Macrotus_waterhousii, 31 Mesophylla_macconnelli, 32 Micronycteris_hirsuta, 33 Micronycteris_megalotis, 34 Micronycteris_minuta, 35 Mimon_crenulatum, 36 Monophyllus_redmani, 37 Mormoops_megalophylla, 38 Noctilio_leporinus, 39 Phylloderma_stenops, 40 Phyllostomus_hastatus, 41 Platyrrhinus_helleri, 42 Pteronotus_davyi, 43 Pygoderma_bilabiatum, 44 Rhinophylla_pumilio, 45 Saccopteryx_bilineata, 46 Sphaeronycteris_toxophyllum, 47 Stenoderma_rufum, 48 Sturnira_lilium, 49 Tonatia_saurophila, 50 Trachops_cirrhosus, 51 Trinycteris_nicefori, 52 Uroderma_bilobatum, 53 Vampyressa_pusilla, 54 Vampyriscus_bidens, 55 Vampyrodes_caraccioli, 56 Vampyrum_spectrum; TREE best_for_this_partitioned_data_set = [&R] ((19:0.227219,38:0.236205):0.053368,(((23:0.182609,((32:0.082213,33:0.060266):0.018539,34:0.112839):0.036438):0.029515,(((((56:0.11136,12:0.137343):0.05707,((50:0.133639,29:0.185681):0.025431,(49:0.14142,((39:0.141315,(35:0.146441,40:0.089077):0.006213):0.025777,28:0.125891):0.011082):0.009343):0.008517):0.013875,(((((18:0.111921,7:0.093098):0.011134,((20:0.10859,24:0.081767):0.026942,36:0.082191):0.020436):0.007623,(11:0.179107,2:0.120445):0.018985):0.028071,(((8:0.124263,(51:0.121358,(22:0.097995,21:0.120604):0.023667):0.027111):0.011679,(44:0.221939,((((((6:0.050575,5:0.057132):0.025231,(((((1:0.022808,43:0.023768):0.006046,46:0.026675):0.010527,9:0.032288):0.009531,(3:0.019737,4:0.019268):0.027107):0.008211,47:0.036302):0.054572):0.007434,16:0.132297):0.0074,17:0.091739):0.019803,((10:0.070513,54:0.077132):0.012351,(52:0.099699,((41:0.057161,55:0.055986):0.011626,(53:0.057989,31:0.061717):0.025834):0.003267):0.001303):0.018684):0.032753,48:0.117413):0.019689):0.013871):0.013713,(26:0.107733,25:0.115344):0.0855):0.006418):0.007191,27:0.172484):0.009453):0.020755,((14:0.098645,13:0.144526):0.086024,15:0.237027):0.040257):0.01414,30:0.214934):0.005696):0.047625,(42:0.155734,37:0.148588):0.019761):0.026901,45:0.377783); 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TREE best_for_this_unpartitioned_data_set = [&R] (((37:0.147231,42:0.154848):0.019551,(((34:0.112077,(33:0.060015,32:0.081876):0.018511):0.036385,23:0.181411):0.029345,((((((50:0.132477,29:0.185065):0.025563,(49:0.140859,((35:0.14665,(39:0.139375,40:0.0892):0.005935):0.025491,28:0.12539):0.010838):0.009397):0.008096,(12:0.136709,56:0.110884):0.057226):0.014098,(27:0.170596,(((8:0.124398,(51:0.120362,(22:0.097926,21:0.119536):0.023898):0.026544):0.01188,(44:0.221188,((((((47:0.036145,((9:0.032153,(46:0.026573,(1:0.022735,43:0.023684):0.006023):0.010517):0.009504,(3:0.019667,4:0.019199):0.026981):0.008205):0.054257,(5:0.056878,6:0.050487):0.025099):0.007391,16:0.131686):0.007416,17:0.091376):0.019722,(((41:0.056841,55:0.055821):0.011591,(31:0.061929,53:0.057334):0.02567):0.003258,((10:0.070141,54:0.07691):0.009831,52:0.097454):0.004088):0.018351):0.0332,48:0.116415):0.019522):0.013377):0.01661,((26:0.10584,25:0.115875):0.082933,((11:0.179419,2:0.118916):0.019337,((36:0.081936,(24:0.081703,20:0.107737):0.02637):0.020014,(7:0.092543,18:0.111889):0.011182):0.007256):0.023365):0.009125):0.007061):0.010109):0.020818,(15:0.235518,(14:0.098246,13:0.143562):0.085372):0.03996):0.01389,30:0.21365):0.005808):0.047172):0.026687,(38:0.235116,19:0.226093):0.053024,45:0.376234); 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TREE collapse_lonchorhina = [&R] (((37:0.148036,42:0.15573):0.019225,(((34:0.11253,(33:0.060114,32:0.082376):0.018653):0.036702,23:0.182569):0.029692,((((((50:0.133251,29:0.186885):0.025156,(49:0.142097,((35:0.147622,(39:0.140342,40:0.089444):0.006043):0.025521,28:0.125523):0.010745):0.010167):0.007858,(12:0.136775,56:0.112171):0.058475):0.015831,27:0.175466,(((8:0.124712,(51:0.121012,(22:0.098547,21:0.119961):0.023949):0.0266):0.011446,(44:0.222651,((((((47:0.036285,((9:0.032283,(46:0.026671,(1:0.022819,43:0.023775):0.006045):0.010546):0.009542,(3:0.019743,4:0.019268):0.027092):0.008238):0.054502,(5:0.057096,6:0.050697):0.02522):0.007436,16:0.1324):0.00741,17:0.091791):0.01969,(((41:0.057094,55:0.056027):0.01163,(31:0.062175,53:0.057599):0.025776):0.003282,((10:0.070468,54:0.07722):0.009843,52:0.097874):0.004122):0.018519):0.033486,48:0.116764):0.019588):0.0138):0.017425,((26:0.106239,25:0.116459):0.083871,((11:0.180545,2:0.119344):0.019655,((36:0.082391,(24:0.082102,20:0.108271):0.026547):0.019944,(7:0.092847,18:0.112527):0.011315):0.007411):0.022964):0.009636):0.012585):0.023874,(15:0.237165,(14:0.099105,13:0.144035):0.086529):0.040416):0.013603,30:0.214654):0.00612):0.047354):0.027231,(38:0.236152,19:0.227531):0.05313,45:0.378737); TREE collapse_glossophginae_lonchophyllinae = [&R] (((37:0.147745,42:0.155287):0.019683,(((34:0.11243,(33:0.060172,32:0.081979):0.018533):0.036466,23:0.181815):0.029458,((((((50:0.132634,29:0.185477):0.025638,(49:0.140976,((35:0.147142,(39:0.139639,40:0.089373):0.0058):0.025619,28:0.125509):0.0109):0.009342):0.008171,(12:0.136962,56:0.111213):0.057262):0.014149,(27:0.171072,(((8:0.124342,(51:0.120744,(22:0.097929,21:0.120014):0.023971):0.026657):0.011728,(44:0.221559,((((((47:0.036209,((9:0.032204,(46:0.026613,(1:0.022768,43:0.02372):0.006029):0.010526):0.009516,(3:0.019696,4:0.019226):0.027029):0.008214):0.054374,(5:0.056978,6:0.05052):0.025134):0.007397,16:0.131974):0.007418,17:0.091556):0.019696,(((41:0.05693,55:0.05589):0.011603,(31:0.062002,53:0.057447):0.025704):0.003256,((10:0.070255,54:0.077011):0.009831,52:0.097622):0.004115):0.018415):0.033095,48:0.11689):0.019483):0.013729):0.017929,(26:0.106985,25:0.115471):0.088802,((11:0.178927,2:0.119977):0.019002,((36:0.082224,(24:0.081794,20:0.108093):0.026551):0.020115,(7:0.092756,18:0.111976):0.011233):0.007424):0.029862):0.007728):0.010557):0.021025,(15:0.235953,(14:0.098365,13:0.144118):0.085754):0.040039):0.013875,30:0.214204):0.005843):0.04728):0.026756,(38:0.235734,19:0.226683):0.053279,45:0.376716); END; BEGIN TREES; TITLE Wetterer_et_al_2000; LINK TAXA = Taxa6; TRANSLATE 1 Mormoops, 2 Pteronotus, 3 Noctilio, 4 Desmodus, 5 Diaemus, 6 Diphylla, 7 Brachyphylla, 8 Erophylla, 9 Phyllonycteris, 10 Anoura, 11 Choeroniscus, 12 Choeronycteris, 13 Glossophaga, 14 Hylonycteris, 15 Leptonycteris, 16 Lichonycteris, 17 Monophyllus, 18 Musonycteris, 19 Scleronycteris, 20 Lionycteris, 21 Lonchophylla, 22 Platalina, 23 Chrotopterus, 24 Micronycteris_sylvestris, 25 Lonchorhina, 26 Macrophyllum, 27 Macrotus, 28 Micronycteris_brachyotis, 29 Micronycteris_hirsuta, 30 Micronycteris_megalotis, 31 Micronycteris_minuta, 32 Mimon_bennettii, 33 Mimon_crenulatum, 34 Phylloderma, 35 Phyllostomus, 36 Tonatia, 37 Trachops, 38 Micronycteris__nicefori, 39 Vampyrum, 40 Carollia, 41 Rhinophylla, 42 Artibeus, 43 Chiroderma, 44 Dermanura, 45 Ectophylla_alba, 46 Mesophylla_macconellii, 47 Enchisthenes, 48 Koopmania, 49 Platyrrhinus, 50 Uroderma, 51 Vampyressa_bidens, 52 Vampyressa_nymphaea, 53 Vampyressa_pusilla, 54 Vampyrodes, 55 Ametrida, 56 Ardops, 57 Ariteus, 58 Centurio, 59 Phyllops, 60 Pygoderma, 61 Stenoderma, 62 Sphaeronycteris, 63 Sturnira; TREE Wetterer_et_al_2000_MP = [&R] (((1,2),3),((6,(5,4)),(7,((8,9),((22,(21,20)),((13,17),(15,(10,((11,12,18),(16,14),19)))))),(((34,35),(((25,26),(32,33)),((37,(36,(23,39))),((38,24),(28,(27,(31,(29,30)))))))),((40,41),(63,((47,((48,(42,44)),((50,(49,54)),(43,(51,(52,(53,(45,46)))))))),((55,(58,62)),(60,(59,(61,(57,56)))))))))))); TREE Wetterer_et_al_2000_MB_PP_50MajRulCon = [&R] (3:0.213924,((((4:0.013959,5:0.013625)1.00:0.136075,6:0.026273)1.00:0.37026,(7:0.066909,(8:0.039168,9:0.04753)0.99:0.207075)0.68:0.136546,((((10:0.032956,(((11:0.01038,12:0.009881,18:0.029135)0.98:0.039817,19:0.020781)0.54:0.030627,(14:0.019466,16:0.0579)0.65:0.029908)1.00:0.12333)0.99:0.076028,15:0.072018)0.68:0.04635,(13:0.013813,17:0.043186)0.53:0.027979)1.00:0.195933,((20:0.049186,21:0.018404)0.61:0.033038,22:0.054598)0.96:0.10811)1.00:0.304686,((40:0.059678,41:0.161466)0.65:0.043629,(((((42:0.020964,44:0.018104)0.84:0.032123,48:0.056691)0.50:0.032116,((43:0.044099,(((45:0.081086,46:0.03308)0.94:0.061529,53:0.044504)0.83:0.062181,51:0.031168,52:0.016917)0.61:0.038553)0.98:0.084566,((49:0.035553,54:0.088573)0.93:0.058842,50:0.037204)0.85:0.054203)0.98:0.087765,((55:0.021813,(58:0.112871,62:0.049652)1.00:0.125893)1.00:0.096304,(56:0.049071,57:0.027941)0.70:0.043727,(59:0.046301,60:0.106507)0.56:0.040549,61:0.043857)1.00:0.197827)0.59:0.051245,47:0.029501)1.00:0.22555,63:0.082111)0.99:0.104349)0.89:0.068272)0.58:0.107533,(((23:0.066167,39:0.093825)1.00:0.116813,37:0.071795)0.58:0.052638,36:0.050294)0.98:0.089588,24:0.045306,(25:0.091507,26:0.074488)0.84:0.103842,(27:0.071104,((29:0.037571,30:0.020038)0.82:0.044078,31:0.075046)0.79:0.045994)0.92:0.063176,28:0.044625,32:0.034695,33:0.063824,(34:0.033004,35:0.105982)0.66:0.075177,38:0.048829)0.99:0.299625,(1:0.089043,2:0.099483)0.85:0.152932); END; BEGIN TREES; TITLE Combined_80spp; LINK TAXA = Taxa7; TRANSLATE 1 Ametrida_centurio, 2 Anoura_caudifer, 3 Anoura_geoffroyi, 4 Ardops_nichollsi, 5 Ariteus_flavescens, 6 Artibeus_cinereus, 7 Artibeus_concolor, 8 Artibeus_hirsutus, 9 Artibeus_jamaicensis, 10 Brachyphylla_cavernarum, 11 Carollia_brevicauda, 12 Carollia_perspicillata, 13 Centurio_senex, 14 Chiroderma_villosum, 15 Choeroniscus_godmani, 16 Choeronycteris_mexicana, 17 Chrotopterus_auritus, 18 Desmodus_rotundus, 19 Diaemus_youngi, 20 Diphylla_ecaudata, 21 Ectophylla_alba, 22 Enchisthenes_hartii, 23 Erophylla_sezekorni, 24 Furipterus_horrens, 25 Glossophaga_longirostris, 26 Glossophaga_soricina, 27 Glyphonycteris_daviesi, 28 Glyphonycteris_sylvestris, 29 Hylonycteris_underwoodi, 30 Lampronycteris_brachyotis, 31 Leptonycteris_yerbabuenae, 32 Lichonycteris_obscura, 33 Lionycteris_spurrelli, 34 Lonchophylla_robusta, 35 Lonchophylla_thomasi, 36 Lonchorhina_aurita, 37 Lophostoma_brasiliense, 38 Lophostoma_silvicolum, 39 Macrophyllum_macrophyllum, 40 Macrotus_californicus, 41 Macrotus_waterhousii, 42 Mesophylla_macconnelli, 43 Metavampyressa_nymphaea, 44 Micronycteris_hirsuta, 45 Micronycteris_megalotis, 46 Micronycteris_minuta, 47 Mimon_bennettii, 48 Mimon_crenulatum, 49 Monophyllus_redmani, 50 Mormoops_megalophylla, 51 Musonycteris_harrisoni, 52 Mystacina_robusta, 53 Mystacina_tuberculata, 54 Noctilio_leporinus, 55 Phylloderma_stenops, 56 Phyllonycteris_aphylla, 57 Phyllonycteris_poeyi, 58 Phyllops_falcatus, 59 Phyllostomus_discolor, 60 Phyllostomus_hastatus, 61 Platalina_genovensium, 62 Platyrrhinus_helleri, 63 Pteronotus_davyi, 64 Pteronotus_parnellii, 65 Pygoderma_bilabiatum, 66 Rhinophylla_pumilio, 67 Saccopteryx_bilineata, 68 Scleronycteris_ega, 69 Sphaeronycteris_toxophyllum, 70 Stenoderma_rufum, 71 Sturnira_lilium, 72 Thyroptera_tricolor, 73 Tonatia_saurophila, 74 Trachops_cirrhosus, 75 Trinycteris_nicefori, 76 Uroderma_bilobatum, 77 Vampyressa_pusilla, 78 Vampyriscus_bidens, 79 Vampyrodes_caraccioli, 80 Vampyrum_spectrum; TREE Combined_MP_StrCon_exclude_converge_coi3_downchars = [&R] (((((((((((((((((((1,13,65,69),(4,5),(58,70)),(6,7,(8,9)),21,22),((14,(42,77)),(((43,78),76),(62,79)))),71),66),((11,12),((27,28),75))),((((2,3),((15,16,51),(29,32),68)),((10,(23,(56,57))),(((25,26),31),49))),((33,61),(34,35)))),36),((((37,38),(48,((55,60),59))),73),(39,74))),(17,80)),((18,19),20)),((30,47),((44,45),46))),(40,41)),(50,(63,64))),(24,72)),54),(52,53)),67); TREE Combined_MB_PP_50MajRulCon_9_model_exclude_saturated = [&R] (67:0.188513,(52:0.030742,53:0.00867)1.00:0.150318,(((((((((((((((((((1:0.021287,(13:0.023044,69:0.019847)0.99:0.006892)1.00:0.005664,65:0.016528)0.59:0.002308,(4:0.011245,5:0.006219)1.00:0.010474)0.64:0.003166,(58:0.013907,70:0.007296)1.00:0.013377)1.00:0.024699,((6:0.019716,7:0.019874)0.55:0.005918,(8:0.012421,9:0.012395)0.99:0.007639)1.00:0.015059)0.99:0.005647,22:0.030968)0.94:0.004288,21:0.05184)1.00:0.010518,(((14:0.02923,(43:0.019511,78:0.019153)1.00:0.01272)0.67:0.004398,(42:0.017499,77:0.021755)1.00:0.012096)0.89:0.003581,((62:0.013478,79:0.024321)1.00:0.006223,76:0.036943)0.99:0.005899)1.00:0.010899)1.00:0.024205,71:0.045552)1.00:0.015742,66:0.088533)1.00:0.01787,((11:0.005338,12:0.004505)1.00:0.053126,((27:0.044661,28:0.053789)0.79:0.007324,75:0.057804)1.00:0.015937)0.64:0.003515)1.00:0.010119,((((2:0.028193,3:0.013822)1.00:0.032508,((15:0.025116,16:0.008195,51:0.015126)1.00:0.025982,(29:0.024824,32:0.032416)0.74:0.018541,68:0.007342)1.00:0.063471)1.00:0.01174,((10:0.039268,(23:0.025802,(56:0.00682,57:0.008662)1.00:0.020621)1.00:0.02859)1.00:0.011012,(((25:0.026452,26:0.024165)0.67:0.006224,31:0.030169)1.00:0.0098,49:0.025889)1.00:0.008007)0.94:0.004163)1.00:0.017419,(((33:0.025696,61:0.05743)1.00:0.018006,34:0.025046)0.99:0.008109,35:0.035311)1.00:0.038232)1.00:0.013787)1.00:0.013652,36:0.071048)0.93:0.006103,((17:0.051824,80:0.049951)1.00:0.025024,((((37:0.029817,38:0.021142)1.00:0.035896,(48:0.073438,55:0.060555,(59:0.01009,60:0.031517)0.97:0.016035)1.00:0.00991)0.95:0.008715,73:0.083544)1.00:0.007418,(39:0.06989,74:0.061898)1.00:0.012594)0.57:0.006544)0.82:0.008109)1.00:0.013559,((18:0.067183,19:0.046741)1.00:0.059508,20:0.112587)1.00:0.052312)1.00:0.01019,((30:0.054523,47:0.064845)1.00:0.024393,((44:0.023593,45:0.022887)1.00:0.012265,46:0.039596)1.00:0.027397)1.00:0.010644)0.82:0.005099,(40:0.03941,41:0.026728)1.00:0.059886)1.00:0.050529,(50:0.076923,(63:0.032061,64:0.040698)1.00:0.049746)1.00:0.024022)1.00:0.018338,((24:0.117939,54:0.148263)1.00:0.025442,72:0.177122)0.55:0.005175)1.00:0.019698); TREE Combined_MB_PP_50MajRulCon_2_model_exclude_saturated = [&R] (67:0.154871,(52:0.027724,53:0.007369)1.00:0.126698,(((((((((((((((((((1:0.019979,(13:0.020829,69:0.017189)0.98:0.006066)1.00:0.005644,65:0.014898)0.76:0.002404,(4:0.010234,5:0.005702)1.00:0.00989)0.95:0.003297,(58:0.012702,70:0.006595)1.00:0.011268)1.00:0.020567,((6:0.018129,7:0.018619)1.00:0.007326,(8:0.010936,9:0.013524)0.97:0.005592)1.00:0.014745)0.97:0.00442,22:0.030843)0.96:0.003949,21:0.044853)1.00:0.009235,(((14:0.027223,(43:0.021015,78:0.017538)0.99:0.00935)0.77:0.004298,(42:0.016269,77:0.019599)1.00:0.011641)0.88:0.003024,((62:0.01212,79:0.022436)1.00:0.006405,76:0.033267)0.98:0.004789)1.00:0.009001)1.00:0.021857,71:0.038864)1.00:0.012468,66:0.078222)1.00:0.014481,((11:0.004602,12:0.005604)1.00:0.044677,((27:0.040839,28:0.045268)0.77:0.006787,75:0.053398)1.00:0.013745)0.84:0.003128)1.00:0.010111,((((2:0.02899,3:0.014588)1.00:0.027757,((15:0.018667,(16:0.00687,51:0.012605)0.56:0.003706)1.00:0.021116,(29:0.020872,32:0.028504)0.77:0.015712,68:0.006658)1.00:0.052083)0.98:0.00891,((10:0.035503,(23:0.022033,(56:0.006281,57:0.007761)1.00:0.019663)1.00:0.024015)1.00:0.00953,(((25:0.028775,26:0.024869)0.80:0.00552,31:0.027048)1.00:0.009782,49:0.021191)1.00:0.007553)0.94:0.003448)1.00:0.014187,(((33:0.026773,61:0.053562)0.93:0.015769,34:0.02098)0.81:0.005619,35:0.034303)1.00:0.030524)1.00:0.010738)1.00:0.012866,36:0.060161,((((37:0.025955,38:0.017899)1.00:0.029205,(48:0.06104,(55:0.053604,(59:0.008145,60:0.029081)0.97:0.01244)0.61:0.003466)1.00:0.008122)0.86:0.006878,73:0.073651)0.99:0.006413,(39:0.059498,74:0.056556)1.00:0.010719)0.92:0.006493)0.70:0.005851,(17:0.044442,80:0.041161)1.00:0.019596)1.00:0.009256,((18:0.052575,19:0.038723)1.00:0.045061,20:0.095125)1.00:0.038743)1.00:0.009486,((30:0.044109,47:0.067902)1.00:0.0222,((44:0.021869,45:0.020155)1.00:0.010553,46:0.035909)1.00:0.022492)1.00:0.00897)0.63:0.003508,(40:0.033603,41:0.026568)1.00:0.048273)1.00:0.039608,(50:0.059885,(63:0.029234,64:0.03359)1.00:0.040817)1.00:0.019068)1.00:0.015294,((24:0.101221,54:0.123391)1.00:0.019598,72:0.157234)0.80:0.004553)0.99:0.014654); TREE Combined_MB_PP_50MajRulCon_9_model_alldata = [&R] (67:0.684378,(52:0.084703,53:0.035941)1.00:0.426635,((((((((((((((((((((1:0.038728,65:0.036975)0.58:0.009846,69:0.047444)0.76:0.015005,13:0.058497)1.00:0.018002,(4:0.028352,5:0.024045)1.00:0.042801)0.70:0.010237,(58:0.022359,70:0.014532)1.00:0.042663)1.00:0.103671,((6:0.069207,7:0.074246)0.93:0.02032,(8:0.052462,9:0.050378)1.00:0.020862)1.00:0.049365)1.00:0.01736,21:0.221812)0.56:0.008959,22:0.139124)1.00:0.034451,(((14:0.111776,(43:0.092974,78:0.087112)1.00:0.037014)0.74:0.012637,(42:0.093391,77:0.079291)1.00:0.041757)0.99:0.009502,((62:0.067431,79:0.081005)1.00:0.016305,76:0.144922)1.00:0.012829)1.00:0.035801)1.00:0.065788,71:0.210381)1.00:0.050569,66:0.378485)1.00:0.04633,((11:0.007469,12:0.011257)1.00:0.1942,((27:0.190251,28:0.152969)1.00:0.044373,75:0.207572)1.00:0.052413)0.99:0.015073)1.00:0.025701,(((((2:0.07516,3:0.073769)1.00:0.123781,((15:0.062101,(16:0.015511,51:0.020379)0.96:0.023679)1.00:0.071353,(29:0.060584,32:0.096999)0.96:0.062855,68:0.018766)1.00:0.19231)1.00:0.044136,(((25:0.099989,26:0.071249)1.00:0.075635,31:0.128257)1.00:0.039901,49:0.123251)1.00:0.030108)1.00:0.030729,(10:0.164235,(23:0.089762,(56:0.042302,57:0.023458)1.00:0.062408)1.00:0.101636)1.00:0.043208)1.00:0.049124,(((33:0.109144,61:0.15324)1.00:0.045395,34:0.124134)1.00:0.02339,35:0.171539)1.00:0.139413)1.00:0.034624)1.00:0.027797,36:0.275299)0.96:0.016011,((17:0.194754,80:0.185929)1.00:0.095495,((((37:0.122419,38:0.0986)1.00:0.111391,(48:0.251277,(55:0.238569,(59:0.094172,60:0.108684)0.99:0.043123)0.73:0.015251)0.74:0.050851)0.72:0.020784,73:0.282713)0.72:0.024509,(39:0.335281,74:0.220635)1.00:0.043751)0.70:0.019438)0.70:0.029153)0.68:0.03813,((18:0.236695,19:0.15888)1.00:0.178859,20:0.436469)1.00:0.140712)0.55:0.025979,(30:0.266007,((44:0.123238,45:0.100008)1.00:0.043131,46:0.170798)1.00:0.085211)0.63:0.057537,47:0.315624)0.84:0.014935,(40:0.152941,41:0.096173)1.00:0.271479)1.00:0.129752,(50:0.284417,(63:0.129415,64:0.171302)1.00:0.162489)1.00:0.069163)1.00:0.062389,((24:0.442973,54:0.459312)1.00:0.085474,72:0.662861)1.00:0.037166)0.99:0.050781); TREE Combined_MB_PP_50MajRulCon_2_model_alldata = [&R] (67:0.401489,(52:0.05896,53:0.022028)1.00:0.279253,(((((((((((((((((((((1:0.029559,65:0.027294)0.97:0.007071,69:0.035009)0.95:0.01095,13:0.041759)1.00:0.012378,(4:0.021289,5:0.020777)1.00:0.02912)0.99:0.008377,(58:0.024202,70:0.014747)1.00:0.025472)1.00:0.063929,((6:0.052838,7:0.056744)0.99:0.012153,(8:0.046409,9:0.037224)1.00:0.012986)1.00:0.028847)0.98:0.009367,21:0.141853)0.67:0.007429,22:0.095559)1.00:0.019632,(((14:0.084756,(43:0.069831,78:0.066337)1.00:0.024018)0.51:0.007519,(42:0.065981,77:0.058036)1.00:0.027027)0.98:0.006467,((62:0.056168,79:0.058137)1.00:0.012199,76:0.100621)0.99:0.006917)1.00:0.023208)1.00:0.035479,71:0.129636)1.00:0.031022,66:0.232786)1.00:0.02278,((11:0.016018,12:0.012582)1.00:0.12316,((27:0.122635,28:0.104098)1.00:0.029175,75:0.130568)1.00:0.032596)1.00:0.012935)1.00:0.016062,(((((2:0.068847,3:0.062978)1.00:0.0623,((15:0.033638,(16:0.009968,51:0.013817)0.99:0.01681)1.00:0.043809,(29:0.037002,32:0.06678)0.97:0.038975,68:0.012794)1.00:0.112279)1.00:0.025637,(((25:0.083157,26:0.06428)1.00:0.042524,31:0.089393)1.00:0.027115,49:0.083863)1.00:0.020599)1.00:0.019274,(10:0.104594,(23:0.06581,(56:0.027843,57:0.016648)1.00:0.041986)1.00:0.05934)1.00:0.026365)1.00:0.029916,(((33:0.091285,61:0.086897)1.00:0.02204,34:0.107808)0.98:0.010408,35:0.112153)1.00:0.079409)1.00:0.018654)1.00:0.015478,36:0.174686)0.85:0.008831,((17:0.149691,80:0.129044)1.00:0.076666,((((37:0.082504,38:0.063374)1.00:0.066324,(48:0.158838,(55:0.154058,(59:0.08855,60:0.077207)0.99:0.027584)0.93:0.012191)0.94:0.030807)0.92:0.011784,73:0.167266)0.90:0.012917,(39:0.209028,74:0.137518)1.00:0.023773)0.84:0.010243)0.88:0.017271)0.74:0.019268,47:0.210899)0.67:0.015763,((18:0.160835,19:0.108015)1.00:0.104471,20:0.2644)1.00:0.080645)0.82:0.017803,(30:0.19179,((44:0.088076,45:0.064758)1.00:0.024735,46:0.118147)1.00:0.048257)0.90:0.039729)0.65:0.007693,(40:0.102353,41:0.076324)1.00:0.160465)1.00:0.076433,(50:0.174707,(63:0.088403,64:0.107402)1.00:0.090392)1.00:0.039134)1.00:0.037413,((24:0.271361,54:0.272453)1.00:0.054596,72:0.392004)0.99:0.023259)0.98:0.026116); TREE Combined_MP_StrCon_allchars = [&R] (((((((((((((((((((((1,65),69),13),(4,5)),(58,70)),(6,(7,(8,9)))),(21,22)),((14,(42,77)),(((43,78),76),(62,79)))),71),66),((11,12),((27,28),75))),((((2,3),((15,(16,51)),((29,32),68))),((10,(23,(56,57))),(((25,26),31),49))),(((33,35),61),34))),((((37,38),(48,(55,59,60))),73),((39,47),74))),36),((17,80),((18,19),20))),(30,((44,45),46))),(40,41)),(50,(63,64))),((24,72),54)),(52,53)),67); END; BEGIN TREES; TITLE Baker_et_al_2003; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Ametrida_centurio, 2 Anoura_sp, 3 Ardops_nichollsi, 4 Ariteus_flavescens, 5 'Artibeus_sp', 6 Brachyphylla_cavernarum, 7 'Carollia_sp', 8 Centurio_senex, 9 'Chiroderma_sp', 10 'Choeroniscus_sp', 11 Choeronycteris_mexicana, 12 Chrotopterus_auritus, 13 Dermanura_cinerea, 14 Desmodus_rotundus, 15 Diaemus_youngii, 16 Diphylla_ecaudata, 17 Ectophylla_alba, 18 Enchisthenes_hartii, 19 Erophylla_sezekorni, 20 Furipterus_horrens, 21 Glossophaga_soricina, 22 Glyphonycteris_daviesi, 23 Glyphonycteris_sylvestris, 24 Hylonycteris_underwoodi, 25 Lampronycteris_brachyotis, 26 Leptonycteris_curasoae, 27 Lionycteris_spurrelli, 28 Lonchophylla_thomasi, 29 Lonchorhina_aurita, 30 Lophostoma_brasiliense, 31 Macrophyllum_macrophyllum, 32 Macrotus_waterhousii, 33 Mesophylla_macconnelli, 34 Micronycteris_megalotis, 35 Micronycteris_minuta, 36 Micronycteris_schmidtorum, 37 Micronycteris_hirsuta, 38 Mimon_crenulatum, 39 Monophyllus_redmani, 40 Mormoops_megalophylla, 41 Musonycteris_harrisoni, 42 Noctilio_albiventris, 43 Noctilio_leporinus, 44 Phylloderma_stenops, 45 Phyllostomus_hastatus, 46 'Platyrrhinus_sp', 47 Pteronotus_davyi, 48 Pygoderma_bilabiatum, 49 Rhinophylla_pumilio, 50 Saccopteryx_bilineata, 51 Sphaeronycteris_toxophyllum, 52 Stenoderma_rufum, 53 'Sturnira_sp', 54 Tonatia_saurophila, 55 Trachops_cirrhosus, 56 Trinycteris_nicefori, 57 Uroderma_bilobatum, 58 Vampyriscus_bidens, 59 Vampyriscus_brocki, 60 Vampyressa_pusilla, 61 Vampyrodes_caraccioli, 62 Vampyrum_spectrum; TREE Baker_et_al_2003_MB_PP_50MajRulCon_as_published = [&R] (50,(((43,42),20),((47,40),(32,((25,((36,35),(37,34))),((16,(15,14)),(29,(((31,55),((12,62),(30,(54,(44,(45,38)))))),(((2,(24,(10,(41,11)))),((19,6),(39,(21,26)))),((28,27),((7,(56,(22,23))),(49,(53,((((58,59),9),(57,((33,60),(46,61)))),(18,(17,((5,13),((4,3),(52,(8,(48,(1,51)))))))))))))))))))))); TREE Baker_et_al_2003_MB_PP_50MajRulCon_reanalyzed = [&R] (50:0.372104,(20:0.205692,(42:0.010591,43:0.013172)1.00:0.175823)1.00:0.04151,((((((((((((((((((((1:0.015848,51:0.018281)0.74:0.002867,48:0.016799)1.00:0.008176,8:0.024895)1.00:0.007015,(3:0.012925,4:0.01311)1.00:0.021359)1.00:0.005997,52:0.030373)1.00:0.04134,(5:0.03206,13:0.038944)1.00:0.018029)0.99:0.007809,17:0.098255)0.72:0.004426,18:0.056037)1.00:0.016202,((9:0.039832,(58:0.043295,59:0.043187)1.00:0.01341)1.00:0.009313,(((33:0.042259,60:0.04171)1.00:0.019307,(46:0.031589,61:0.035939)1.00:0.008216)0.87:0.003733,57:0.06333)0.68:0.002642)1.00:0.011667)1.00:0.031191,53:0.086368)1.00:0.017369,49:0.178275)1.00:0.018373,(7:0.100953,((22:0.094751,23:0.080324)0.99:0.014225,56:0.099295)1.00:0.028485)0.97:0.008511)1.00:0.012792,(27:0.088916,28:0.079648)1.00:0.063301)0.79:0.006858,((2:0.097366,(10:0.04952,((11:0.006054,41:0.009804)1.00:0.050437,24:0.063015)1.00:0.04)1.00:0.06714)0.86:0.014731,((6:0.065193,19:0.081237)0.78:0.009325,((21:0.069969,26:0.055852)1.00:0.018493,39:0.059931)1.00:0.013264)1.00:0.014415)1.00:0.02339)0.72:0.008214,29:0.126368)0.99:0.010833,((12:0.104368,62:0.076524)1.00:0.037613,(((30:0.098365,((38:0.128491,45:0.072567)0.54:0.005898,44:0.100252)1.00:0.020001)1.00:0.013655,54:0.116807)0.99:0.008395,(31:0.162917,55:0.106712)0.95:0.013387)0.91:0.009998)1.00:0.011685)1.00:0.023025,((14:0.120039,15:0.076275)1.00:0.08233,16:0.196757)1.00:0.03068)1.00:0.013424,32:0.19731)0.72:0.005592,(25:0.138982,((34:0.044731,37:0.066639)1.00:0.019336,(35:0.00899,36:0.017936)1.00:0.073521)1.00:0.034766)1.00:0.026993)1.00:0.043711,(40:0.126405,47:0.115595)1.00:0.021723)1.00:0.027265); END; BEGIN TREES; TITLE Molecular_80spp; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Ametrida_centurio, 2 Anoura_caudifer, 3 Anoura_geoffroyi, 4 Ardops_nichollsi, 5 Ariteus_flavescens, 6 Artibeus_cinereus, 7 Artibeus_concolor, 8 Artibeus_hirsutus, 9 Artibeus_jamaicensis, 10 Brachyphylla_cavernarum, 11 Carollia_brevicauda, 12 Carollia_perspicillata, 13 Centurio_senex, 14 Chiroderma_villosum, 15 Choeroniscus_godmani, 16 Choeronycteris_mexicana, 17 Chrotopterus_auritus, 18 Desmodus_rotundus, 19 Diaemus_youngi, 20 Diphylla_ecaudata, 21 Ectophylla_alba, 22 Enchisthenes_hartii, 23 Erophylla_sezekorni, 24 Furipterus_horrens, 25 Glossophaga_longirostris, 26 Glossophaga_soricina, 27 Glyphonycteris_daviesi, 28 Glyphonycteris_sylvestris, 29 Hylonycteris_underwoodi, 30 Lampronycteris_brachyotis, 31 Leptonycteris_yerbabuenae, 32 Lionycteris_spurrelli, 33 Lonchophylla_robusta, 34 Lonchophylla_thomasi, 35 Lonchorhina_aurita, 36 Lophostoma_brasiliense, 37 Lophostoma_silvicolum, 38 Macrophyllum_macrophyllum, 39 Macrotus_californicus, 40 Macrotus_waterhousii, 41 Mesophylla_macconnelli, 42 Metavampyressa_nymphaea, 43 Micronycteris_hirsuta, 44 Micronycteris_megalotis, 45 Micronycteris_minuta, 46 Mimon_bennettii, 47 Mimon_crenulatum, 48 Monophyllus_redmani, 49 Mormoops_megalophylla, 50 Musonycteris_harrisoni, 51 Mystacina_tuberculata, 52 Noctilio_leporinus, 53 Phylloderma_stenops, 54 Phyllonycteris_aphylla, 55 Phyllops_falcatus, 56 Phyllostomus_discolor, 57 Phyllostomus_hastatus, 58 Platalina_genovensium, 59 Platyrrhinus_helleri, 60 Pteronotus_davyi, 61 Pteronotus_parnellii, 62 Pygoderma_bilabiatum, 63 Rhinophylla_pumilio, 64 Saccopteryx_bilineata, 65 Sphaeronycteris_toxophyllum, 66 Stenoderma_rufum, 67 Sturnira_lilium, 68 Thyroptera_tricolor, 69 Tonatia_saurophila, 70 Trachops_cirrhosus, 71 Trinycteris_nicefori, 72 Uroderma_bilobatum, 73 Vampyressa_pusilla, 74 Vampyriscus_bidens, 75 Vampyrodes_caraccioli, 76 Vampyrum_spectrum; 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TREE Molecular_MP_StrCon_eq_wts = [&R] ((((((((((((((((((((((((1,62),65),13),(4,5)),(55,66)),(6,(7,(8,9)))),(21,22)),((14,(41,73)),(((42,74),72),(59,75)))),67),63),((11,12),((27,28),71))),(((32,34),58),33)),(((2,3),((15,16,50),29)),((10,(23,54)),(((25,26),31),48)))),((((36,37),(47,(53,56,57))),69),(38,70))),(((17,76),((18,19),20)),(30,((43,44),45)))),35),(39,40)),49),(60,61)),(24,52)),46),51),68),64); TREE Molecular_MP_StrCon_exclude_down_saturated = [&R] ((((((((((((((((((1,62),65),13),(4,5),(55,66)),((6,7),(8,9))),(21,22)),((14,(41,73)),(((42,74),72),(59,75)))),67),(((2,3),((15,16,50),29)),10,(23,54),(((25,26),31),48)),((11,12),((27,28),71)),(((32,58),33),34),(35,(38,70)),(36,37),47,(53,57),56,63,69),(17,76)),((18,19),20)),((30,46),((43,44),45))),(39,40)),49),(60,61)),((24,52),68)),51),64); END; BEGIN TREES; TITLE Mitochondrial_protein_coding; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Ametrida_centurio, 2 Anoura_caudifer, 3 Ardops_nichollsi, 4 Ariteus_flavescens, 5 Artibeus_cinereus, 6 Artibeus_jamaicensis, 7 Brachyphylla_cavernarum, 8 Carollia_perspicillata, 9 Centurio_senex, 10 Chiroderma_villosum, 11 Choeroniscus_godmani, 12 Chrotopterus_auritus, 13 Desmodus_rotundus, 14 Diaemus_youngi, 15 Diphylla_ecaudata, 16 Ectophylla_alba, 17 Enchisthenes_hartii, 18 Erophylla_sezekorni, 19 Furipterus_horrens, 20 Glossophaga_soricina, 21 Glyphonycteris_daviesi, 22 Glyphonycteris_sylvestris, 23 Lampronycteris_brachyotis, 24 Leptonycteris_yerbabuenae, 25 Lionycteris_spurrelli, 26 Lonchophylla_thomasi, 27 Lonchorhina_aurita, 28 Lophostoma_brasiliense, 29 Macrophyllum_macrophyllum, 30 Macrotus_waterhousii, 31 Mesophylla_macconnelli, 32 Micronycteris_hirsuta, 33 Micronycteris_megalotis, 34 Micronycteris_minuta, 35 Mimon_crenulatum, 36 Monophyllus_redmani, 37 Mormoops_megalophylla, 38 Noctilio_leporinus, 39 Phylloderma_stenops, 40 Phyllostomus_hastatus, 41 Platyrrhinus_helleri, 42 Pteronotus_davyi, 43 Pygoderma_bilabiatum, 44 Rhinophylla_pumilio, 45 Saccopteryx_bilineata, 46 Sphaeronycteris_toxophyllum, 47 Stenoderma_rufum, 48 Sturnira_lilium, 49 Tonatia_saurophila, 50 Trachops_cirrhosus, 51 Trinycteris_nicefori, 52 Uroderma_bilobatum, 53 Vampyressa_pusilla, 54 Vampyriscus_bidens, 55 Vampyrodes_caraccioli, 56 Vampyrum_spectrum; TREE Baker_eta_al_2003_pruned = [&R] ((((((((((((((((((((1:0.123291,46:0.154639):4.0E-6,43:0.12665):0.071842,9:0.133859):0.044507,47:0.128143):0.04455,(3:0.093479,4:0.106963):0.087862):0.284605,(6:0.249496,5:0.255658):0.128939):4.0E-6,16:0.68829):0.092042,17:0.503481):0.060378,((10:0.325955,54:0.374858):0.059833,(((31:0.300572,53:0.309321):0.119319,(41:0.197255,55:0.314088):0.064319):0.02895,52:0.492235):4.0E-6):0.120967):0.121185,48:0.607503):0.118108,44:0.91039):0.017578,(8:0.60246,((21:0.476552,22:0.42776):0.17223,51:0.534085):0.058142):0.06784):0.069024,(25:0.397386,26:0.458098):0.337461):0.027528,((2:0.517695,11:0.281425):0.057939,((7:0.590566,18:0.639679):0.010243,((20:0.432444,24:0.568569):0.114615,36:0.379586):0.123438):4.0E-6):0.079747):0.041635,27:0.916603):0.036831,(((12:0.680112,56:0.518565):0.454744,(28:0.601402,(((35:0.412558,40:0.349977):0.016297,39:0.898582):0.084222,49:0.570463):0.09051):0.014808):0.085685,(29:0.774592,50:0.514899):0.196303):0.077749):0.070173,((13:0.619145,14:0.424654):0.379215,15:1.252377):0.36949):0.090993,(23:0.805205,((33:0.348658,32:0.266611):0.11823,34:0.458126):0.164054):0.090429):4.0E-6,30:0.859672):0.187517,(37:0.827741,42:0.968644):4.0E-6,((19:1.234141,38:1.623703):0.436084,45:1.757):0.02382); END; BEGIN TREES; TITLE Table5_comparison; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Ametrida_centurio, 2 Ardops_nichollsi, 3 Ariteus_flavescens, 4 Artibeus_cinereus, 5 Artibeus_jamaicensis, 6 Brachyphylla_cavernarum, 7 Centurio_senex, 8 Chrotopterus_auritus, 9 Desmodus_rotundus, 10 Diaemus_youngi, 11 Diphylla_ecaudata, 12 Ectophylla_alba, 13 Enchisthenes_hartii, 14 Erophylla_sezekorni, 15 Glossophaga_soricina, 16 Glyphonycteris_sylvestris, 17 Lampronycteris_brachyotis, 18 Leptonycteris_yerbabuenae, 19 Lionycteris_spurrelli, 20 Lonchophylla_thomasi, 21 Lonchorhina_aurita, 22 Macrophyllum_macrophyllum, 23 Macrotus_waterhousii, 24 Mesophylla_macconnelli, 25 Micronycteris_hirsuta, 26 Micronycteris_megalotis, 27 Micronycteris_minuta, 28 Mimon_crenulatum, 29 Monophyllus_redmani, 30 Mormoops_megalophylla, 31 Noctilio_leporinus, 32 Phylloderma_stenops, 33 Phyllostomus_hastatus, 34 Pygoderma_bilabiatum, 35 Rhinophylla_pumilio, 36 Sphaeronycteris_toxophyllum, 37 Stenoderma_rufum, 38 Tonatia_saurophila, 39 Trachops_cirrhosus, 40 Trinycteris_nicefori, 41 Uroderma_bilobatum, 42 Vampyressa_pusilla, 43 Vampyriscus_bidens, 44 Vampyrodes_caraccioli, 45 Vampyrum_spectrum; TREE Molecular_MP_alladata = [&R] (((((((((((((((((1,34),36),7),(2,3)),37),(4,5)),(12,13)),((24,42),((41,43),44))),35),(16,40)),(19,20)),((6,14),((15,18),29))),((22,39),((28,(32,33)),38))),(((8,45),((9,10),11)),(17,((25,26),27)))),21),23),30,31); TREE mtrDNA_ML_partitioned_alldata = [&R] ((((((((((((((((((((1,34),36),7),(2,3)),37),(4,5)),13),12),(((24,42),44),(41,43))),35),(16,40)),(19,20)),((6,14),((15,18),29))),21),((8,45),(((22,(28,(32,33))),38),39))),((9,10),11)),(17,((25,26),27))),23),31),30); TREE Baker_et_al_2003_pruned = [&R] ((((((((((((((((((((1,36),34),7),37),(2,3)),(4,5)),12),13),((((24,42),44),41),43)),35),(16,40)),(19,20)),((6,14),((15,18),29))),(((8,45),(((28,33),32),38)),(22,39))),21),((9,10),11)),(17,((25,26),27))),23),31),30); TREE random = [&R] (((((((((((((1,35),(((2,((4,28),7)),15),13)),22),45),(17,(34,43))),((((8,42),(12,32)),(26,(39,44))),27)),41),((((((((6,9),((11,24),20)),29),((19,(25,40)),21)),23),16),(37,38)),18)),(10,14)),31),3),5),30,(33,36)); TREE RAG2_ML = [&R] ((((((((((((((((((((1,36),7),34),(2,3)),37),(4,5)),12),13),((((24,42),41),44),43)),35),(16,40)),((19,20),21)),((6,((15,18),29)),14)),(22,39)),(((28,32),33),38)),(8,45)),(((9,10),11),(17,((25,26),27)))),23),31),30); TREE Combined_MB_9_models_alldata = [&R] (((((((((((((((((((1,34),36),7),(2,3)),37),(4,5)),12),13),(((24,42),43),(41,44))),35),(16,40)),(((6,14),((15,18),29)),(19,20))),21),((8,45),((22,39),((28,(32,33)),38)))),((9,10),11)),(17,((25,26),27))),23),31),30); TREE Morphology_MB_alldata = [&R] ((((((((((1,(7,36)),((2,3),37)),34),(4,5),((((12,(24,42)),43),41),44)),13),35),((6,((9,10),11)),(14,((15,18,29),(19,20))))),(((8,45),39),38),16,(17,(23,((25,26),27))),((21,22),28),(32,33),40),30),31); TREE Molecular_ML_1_model_alldata = [&R] (((((((((((((((((((1,34),36),7),(2,3)),37),(4,5)),12),13),(((24,42),44),(41,43))),35),(16,40)),(((6,14),((15,18),29)),(19,20))),21),((8,45),((22,39),((28,(32,33)),38)))),((9,10),11)),(17,((25,26),27))),23),31),30); TREE Molecular_ML_8_models_alldata = [&R] (((((((((((((((((((1,34),36),7),(2,3)),37),(4,5)),12),13),(((24,42),(41,43)),44)),35),(16,40)),(((6,14),((15,18),29)),(19,20))),21),((8,45),((22,39),((28,(32,33)),38)))),((9,10),11)),(17,((25,26),27))),23),31),30); TREE Mitochondrial_ML_alldata = [&R] ((((((((((((((((((1,34),36),7),(2,3)),37),(4,5)),(12,13)),(((24,42),44),(41,43))),35),(16,40)),(((6,14),((15,18),29)),(19,20))),21),((8,45),((22,39),((28,(32,33)),38)))),((9,10),11)),(17,((25,26),27))),23),31),30); TREE Morphology_MP_alldata = [&R] ((((((((((1,(2,3),(7,36),34,37),(4,5),((((12,24,42),43),41),44)),13),35),((6,((9,10),11)),(14,(((15,29),18),(19,20))))),((16,(17,((23,27),(25,26)))),40)),(((((8,45),38),(32,33)),(22,28)),21)),39),31),30); TREE Wetterer_et_al_2000 = [&R] ((((((((((1,(7,36)),(((2,3),37),34)),((((12,24),42),43),(41,44))),(4,5)),13),35),((((((8,45),38),39),((16,40),(17,(23,((25,26),27))))),((21,22),28)),(32,33))),6,(14,(((15,29),18),(19,20)))),((9,10),11)),(30,31)); TREE Combined_MP_alladata = [&R] ((((((((((((((((((1,34),36),7),(2,3)),37),(4,5)),(12,13)),((24,42),((41,43),44))),35),(16,40)),(((6,14),((15,18),29)),(19,20))),((22,39),((28,(32,33)),38))),21),((8,45),((9,10),11))),(17,((25,26),27))),23),31),30); END;