#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 18:20 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Menkis A., Allmer J., Vasiliauskas R., Lygis V., Stenlid J., & Finlay R. 2004. Ecology and molecular characterization of dark septate fungi from roots, living stems, coarse and fine woody debris. Molecular Ecology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1169] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=140; TAXLABELS Hymenoscyphus_ericae_aurim611 Leptodontidium_orchidicola_aurim623 Mycelium_radicis_atrovirens_AF486120 Phialocepala_fluminis_AF486124 Phialocephala_compacta_AF486125 Phialocephala_dimorphospora_AF486121 Phialocephala_dimorphospora_aurim1051 Phialocephala_dimorphospora_aurim1061 Phialocephala_dimorphospora_aurim1067 Phialocephala_dimorphospora_aurim1068 Phialocephala_dimorphospora_aurim107 Phialocephala_dimorphospora_aurim380 Phialocephala_dimorphospora_olrim310 Phialocephala_dimorphospora_olrim315 Phialocephala_fortinii_AY078144 Phialocephala_fortinii_aurim11501 Phialocephala_fortinii_aurim115010 Phialocephala_fortinii_aurim115011 Phialocephala_fortinii_aurim115012 Phialocephala_fortinii_aurim115013 Phialocephala_fortinii_aurim115014 Phialocephala_fortinii_aurim115015 Phialocephala_fortinii_aurim115016 Phialocephala_fortinii_aurim115017 Phialocephala_fortinii_aurim115018 Phialocephala_fortinii_aurim115019 Phialocephala_fortinii_aurim11502 Phialocephala_fortinii_aurim115020 Phialocephala_fortinii_aurim11503 Phialocephala_fortinii_aurim11504 Phialocephala_fortinii_aurim11505 Phialocephala_fortinii_aurim11506 Phialocephala_fortinii_aurim11507 Phialocephala_fortinii_aurim11508 Phialocephala_fortinii_aurim11509 Phialocephala_fortinii_aurim1153 Phialocephala_fortinii_aurim1154 Phialocephala_fortinii_aurim1177 Phialocephala_fortinii_aurim601 Phialocephala_fortinii_aurim602 Phialocephala_fortinii_aurim604 Phialocephala_fortinii_aurim606 Phialocephala_fortinii_aurim616 Phialocephala_fortinii_aurim617 Phialocephala_fortinii_aurim641 Phialocephala_fortinii_aurim646 Phialocephala_fortinii_aurim647 Phialocephala_fortinii_aurim669 Phialocephala_fortinii_aurim694 Phialocephala_fortinii_aurim695 Phialocephala_fortinii_aurim698 Phialocephala_fortinii_aurimNS44A Phialocephala_fortinii_aurimTP1 Phialocephala_fortinii_aurimTP4 Phialocephala_fortinii_auv10 Phialocephala_fortinii_auv11 Phialocephala_fortinii_auv12 Phialocephala_fortinii_auv8 Phialocephala_fortinii_olrim283 Phialocephala_fortinii_olrim321 Phialocephala_fortinii_olrim340 Phialocephala_fusca_AF486122 Phialocephala_scopiformis_AF486126 Phialocephala_sp._18_auj18 Phialocephala_sp._18_auj36 Phialocephala_sp._18_auv3 Phialocephala_sp._18_auv4 Phialocephala_sp._35_auj1 Phialocephala_sp._35_auj11 Phialocephala_sp._35_auj12 Phialocephala_sp._35_auj14 Phialocephala_sp._35_auj15 Phialocephala_sp._35_auj16 Phialocephala_sp._35_auj19 Phialocephala_sp._35_auj2 Phialocephala_sp._35_auj20 Phialocephala_sp._35_auj21 Phialocephala_sp._35_auj23 Phialocephala_sp._35_auj24 Phialocephala_sp._35_auj27 Phialocephala_sp._35_auj28 Phialocephala_sp._35_auj29 Phialocephala_sp._35_auj3 Phialocephala_sp._35_auj30 Phialocephala_sp._35_auj31 Phialocephala_sp._35_auj32 Phialocephala_sp._35_auj34 Phialocephala_sp._35_auj37 Phialocephala_sp._35_auj38 Phialocephala_sp._35_auj39 Phialocephala_sp._35_auj40 Phialocephala_sp._35_auj41 Phialocephala_sp._35_auj42 Phialocephala_sp._35_auj5 Phialocephala_sp._35_auj7 Phialocephala_sp._35_auj8 Phialocephala_sp._35_auj9 Phialocephala_sp._35_aurim1047 Phialocephala_sp._35_aurim1048 Phialocephala_sp._35_aurim1049 Phialocephala_sp._35_aurim1050 Phialocephala_sp._35_aurim1052 Phialocephala_sp._35_aurim1053 Phialocephala_sp._35_aurim1054 Phialocephala_sp._35_aurim1055 Phialocephala_sp._35_aurim1056 Phialocephala_sp._35_aurim1057 Phialocephala_sp._35_aurim1058 Phialocephala_sp._35_aurim1059 Phialocephala_sp._35_aurim1060 Phialocephala_sp._35_aurim1062 Phialocephala_sp._35_aurim1063 Phialocephala_sp._35_aurim1064 Phialocephala_sp._35_aurim1065 Phialocephala_sp._35_aurim1066 Phialocephala_sp._35_aurim1069 Phialocephala_sp._35_aurim1096 Phialocephala_sp._35_aurim125 Phialocephala_sp._35_auv1 Phialocephala_sp._35_auv2 Phialocephala_sp._35_auv5 Phialocephala_sp._35_auv6 Phialocephala_sp._35_auv9 Phialocephala_sp._35_olrim35 Phialocephala_sp._35_olrim362 Phialocephala_sp._35_olrim386 Phialocephala_sp._35_olrim395 Phialocephala_sp._35_olrim542 Phialocephala_sp._35_olrim58 Phialocephala_sp._35_olrim748 Phialocephala_sp._6_aurim648_2765 Phialocephala_sp._6_aurim648_2974 Phialocephala_sp._6_aurim648_32114 Phialocephala_sp._6_aurim648_32121 Phialocephala_sp._6_aurim648_38188 Phialocephala_sp._6_aurim648_49358 Phialocephala_virens_AF486132 Phialocephala_xalapensis_AF486128 Phialophora_finlandia_aurim603 cf_Phialocephala_fortinii_Type1_AY078145 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2473] TITLE 'ITS rDNA Phialocephala phylogeny - Menkis'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=714; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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-----CGAAC---GTTGG-AAA-CAG-CGGTT----AGGA------------------------GCT--TA-CACC---CAC-CC-GTG---TT----TA--CA-TACTATTGTTGCTTTGGCGGGCCGTG--GCCTCC-AC--------TGC-GGGCTC-TGCTC--------GT-GTGTGCCCGCC--AGAGAACC--------------------AAACTCTGAAT-GTTAGTGA-TGTC-TGAGTACT--------ATCT-AA--TAGTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATT-CAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTGTGGTATTCCGCAGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTA--------ACCACTCACGCCTGGCGT-GGTATT-------------------GGGG-CACGC---G-GTCTCCGCGGCC--------CTCAAAATTA-GTGGCGGTGCC---GGTG-----GGCTCT-AAG-CGTAGTA---CATACTCC-----------CGCTATAGAGTTCCCCC-GGT-GGCTC-GCC------AG------------------------------------------AACCCCC--AA-----TTTTTT--ACAGGTT-GA-CC Phialocephala_fortinii_aurim115011 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Phialocephala_sp._35_aurim1057, 2 Phialocephala_sp._35_aurim1056, 3 Phialocephala_sp._35_aurim1055, 4 Phialocephala_sp._35_aurim1054, 5 Phialocephala_sp._35_aurim1053, 6 Phialocephala_sp._35_aurim1052, 7 Phialocephala_sp._35_aurim1050, 8 Phialocephala_sp._35_aurim1049, 9 Phialocephala_sp._35_aurim1048, 10 Phialocephala_dimorphospora_aurim1068, 11 Phialocephala_dimorphospora_aurim1051, 12 Phialocephala_sp._35_aurim1047, 13 Phialocephala_sp._35_aurim125, 14 Phialocephala_sp._35_olrim362, 15 Phialocephala_sp._35_olrim58, 16 Phialocephala_sp._35_auj42, 17 Phialocephala_sp._35_auj41, 18 Phialocephala_sp._35_auj40, 19 Phialocephala_sp._35_auj38, 20 Phialocephala_sp._35_auj37, 21 Phialocephala_sp._35_auj34, 22 Phialocephala_sp._35_auj32, 23 Phialocephala_sp._35_auj31, 24 Phialocephala_sp._35_auj30, 25 Phialocephala_sp._35_auj29, 26 Phialocephala_sp._35_auj28, 27 Phialocephala_sp._35_auj27, 28 Phialocephala_sp._35_auj21, 29 Phialocephala_sp._35_auj20, 30 Phialocephala_sp._35_auj19, 31 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Phialocephala_fortinii_olrim321, 89 Phialocephala_fortinii_aurim1177, 90 Phialocephala_fortinii_aurim1153, 91 Phialocephala_fortinii_aurim115020, 92 Phialocephala_fortinii_aurim115019, 93 Phialocephala_fortinii_aurim115018, 94 Phialocephala_fortinii_aurim115017, 95 Phialocephala_fortinii_aurim115016, 96 Phialocephala_fortinii_aurim115015, 97 Phialocephala_fortinii_aurim115014, 98 Phialocephala_fortinii_aurim115013, 99 Phialocephala_fortinii_aurim115012, 100 Phialocephala_fortinii_aurim115011, 101 Phialocephala_fortinii_aurim115010, 102 Phialocephala_fortinii_aurim11509, 103 Phialocephala_fortinii_aurim11508, 104 Phialocephala_fortinii_aurim11507, 105 Phialocephala_fortinii_aurim11506, 106 Phialocephala_fortinii_aurim11505, 107 Phialocephala_fortinii_aurim11504, 108 Phialocephala_fortinii_aurim11503, 109 Phialocephala_fortinii_aurim11502, 110 Phialocephala_fortinii_aurim11501, 111 Phialocephala_fortinii_aurim1154, 112 Phialocephala_fortinii_olrim283, 113 Phialocephala_fortinii_auv10, 114 Phialocephala_fortinii_auv12, 115 Phialocephala_fortinii_auv8, 116 Phialocephala_fortinii_olrim340, 117 Phialocephala_fortinii_aurim694, 118 Phialocephala_sp._35_auv1, 119 Phialocephala_sp._35_aurim1069, 120 Phialocephala_sp._35_aurim1066, 121 Phialocephala_sp._35_aurim1065, 122 Phialocephala_sp._35_aurim1064, 123 Phialocephala_sp._35_aurim1063, 124 Phialocephala_sp._35_aurim1062, 125 Phialocephala_sp._35_aurim1060, 126 Phialocephala_sp._35_aurim1058, 127 Phialocephala_fortinii_auv11, 128 Phialocephala_fortinii_AY078144, 129 Phialocephala_scopiformis_AF486126, 130 Phialocephala_compacta_AF486125, 131 Phialocephala_virens_AF486132, 132 Phialocephala_fusca_AF486122, 133 Phialocephala_xalapensis_AF486128, 134 Phialocepala_fluminis_AF486124, 135 cf_Phialocephala_fortinii_Type1_AY078145, 136 Mycelium_radicis_atrovirens_AF486120, 137 Phialocephala_dimorphospora_AF486121, 138 Leptodontidium_orchidicola_aurim623, 139 Phialophora_finlandia_aurim603, 140 Hymenoscyphus_ericae_aurim611; TREE Fig._1 = [&R] (71,(((70,(((116,(((115,112),117),(114,113))),111)Phialocephala_fortinii,((((55,(53,(52,51))),54),(56,50))Phialocephala_sp._35,((((65,66),64),63)Phialocephala_sp._18,((((62,57),61),((60,59),11)),(10,58))Phialocephala_dimorphospora)))Phialocephala_sp._6),((69,67),68)),72)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6888; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Phialocephala_sp._35_aurim1057, 2 Phialocephala_sp._35_aurim1056, 3 Phialocephala_sp._35_aurim1055, 4 Phialocephala_sp._35_aurim1054, 5 Phialocephala_sp._35_aurim1053, 6 Phialocephala_sp._35_aurim1052, 7 Phialocephala_sp._35_aurim1050, 8 Phialocephala_sp._35_aurim1049, 9 Phialocephala_sp._35_aurim1048, 10 Phialocephala_dimorphospora_aurim1068, 11 Phialocephala_dimorphospora_aurim1051, 12 Phialocephala_sp._35_aurim1047, 13 Phialocephala_sp._35_aurim125, 14 Phialocephala_sp._35_olrim362, 15 Phialocephala_sp._35_olrim58, 16 Phialocephala_sp._35_auj42, 17 Phialocephala_sp._35_auj41, 18 Phialocephala_sp._35_auj40, 19 Phialocephala_sp._35_auj38, 20 Phialocephala_sp._35_auj37, 21 Phialocephala_sp._35_auj34, 22 Phialocephala_sp._35_auj32, 23 Phialocephala_sp._35_auj31, 24 Phialocephala_sp._35_auj30, 25 Phialocephala_sp._35_auj29, 26 Phialocephala_sp._35_auj28, 27 Phialocephala_sp._35_auj27, 28 Phialocephala_sp._35_auj21, 29 Phialocephala_sp._35_auj20, 30 Phialocephala_sp._35_auj19, 31 Phialocephala_sp._35_auj16, 32 Phialocephala_sp._35_auj14, 33 Phialocephala_sp._35_auj12, 34 Phialocephala_sp._35_auj11, 35 Phialocephala_sp._35_auj8, 36 Phialocephala_sp._35_auj7, 37 Phialocephala_sp._35_auj5, 38 Phialocephala_sp._35_auj3, 39 Phialocephala_sp._35_auj2, 40 Phialocephala_sp._35_auj1, 41 Phialocephala_sp._35_auv6, 42 Phialocephala_sp._35_auv2, 43 Phialocephala_sp._35_aurim1096, 44 Phialocephala_sp._35_aurim1059, 45 Phialocephala_sp._35_olrim748, 46 Phialocephala_sp._35_olrim386, 47 Phialocephala_sp._35_auj24, 48 Phialocephala_sp._35_auj23, 49 Phialocephala_sp._35_auj15, 50 Phialocephala_sp._35_olrim542, 51 Phialocephala_sp._35_auv9, 52 Phialocephala_sp._35_auv5, 53 Phialocephala_sp._35_auj9, 54 Phialocephala_sp._35_olrim395, 55 Phialocephala_sp._35_auj39, 56 Phialocephala_sp._35_olrim35, 57 Phialocephala_dimorphospora_aurim107, 58 Phialocephala_dimorphospora_aurim380, 59 Phialocephala_dimorphospora_olrim315, 60 Phialocephala_dimorphospora_aurim1061, 61 Phialocephala_dimorphospora_olrim310, 62 Phialocephala_dimorphospora_aurim1067, 63 Phialocephala_sp._18_auv4, 64 Phialocephala_sp._18_auj36, 65 Phialocephala_sp._18_auv3, 66 Phialocephala_sp._18_auj18, 67 Phialocephala_sp._6_aurim648_38188, 68 Phialocephala_sp._6_aurim648_2974, 69 Phialocephala_sp._6_aurim648_49358, 70 Phialocephala_sp._6_aurim648_2765, 71 Phialocephala_sp._6_aurim648_32121, 72 Phialocephala_sp._6_aurim648_32114, 73 Phialocephala_fortinii_aurimTP4, 74 Phialocephala_fortinii_aurimTP1, 75 Phialocephala_fortinii_aurimNS44A, 76 Phialocephala_fortinii_aurim698, 77 Phialocephala_fortinii_aurim695, 78 Phialocephala_fortinii_aurim669, 79 Phialocephala_fortinii_aurim647, 80 Phialocephala_fortinii_aurim646, 81 Phialocephala_fortinii_aurim641, 82 Phialocephala_fortinii_aurim617, 83 Phialocephala_fortinii_aurim616, 84 Phialocephala_fortinii_aurim606, 85 Phialocephala_fortinii_aurim604, 86 Phialocephala_fortinii_aurim602, 87 Phialocephala_fortinii_aurim601, 88 Phialocephala_fortinii_olrim321, 89 Phialocephala_fortinii_aurim1177, 90 Phialocephala_fortinii_aurim1153, 91 Phialocephala_fortinii_aurim115020, 92 Phialocephala_fortinii_aurim115019, 93 Phialocephala_fortinii_aurim115018, 94 Phialocephala_fortinii_aurim115017, 95 Phialocephala_fortinii_aurim115016, 96 Phialocephala_fortinii_aurim115015, 97 Phialocephala_fortinii_aurim115014, 98 Phialocephala_fortinii_aurim115013, 99 Phialocephala_fortinii_aurim115012, 100 Phialocephala_fortinii_aurim115011, 101 Phialocephala_fortinii_aurim115010, 102 Phialocephala_fortinii_aurim11509, 103 Phialocephala_fortinii_aurim11508, 104 Phialocephala_fortinii_aurim11507, 105 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