#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 15:48 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Liu Y., Budke J.M., & Goffinet B. 2011. Phylogenetic inference rejects sporophyte based classification of the Funariaceae (Bryophyta): rapid radiation suggests rampant homoplasy in sporophyte evolution. Molecular Phylogenetics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11826] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Aphanorrhegma_serratum_1 Aphanorrhegma_serratum_2 Bryobartramia_novaevalesiae Bryobeckettia_bartlettii Bryobrittonia_longipes Chamaebryum_pottioides Costesia_spongiosa Discelium_nudum Encalypta_armata Encalypta_ciliata Entosthodon_apophysatus Entosthodon_bonplandii Entosthodon_drummondii Entosthodon_fascicularis Entosthodon_laevis Entosthodon_laxus Entosthodon_muhlenbergii Entosthodon_obtusus Entosthodon_pulchellus Entosthodon_serratus Funaria_flavicans Funaria_hygrometrica Funaria_microstoma Funariella_curviseta Gigaspermum_mouretii Gigaspermum_repens Goniomitrium_acuminatum Goniomitrium_seroi Lorentziella_imbricata_1 Lorentziella_imbricata_2 Oedipodiella_australis Physcomitrella_magdalenae Physcomitrella_patens_1 Physcomitrella_patens_2 Physcomitrella_readeri Physcomitrium_immersum_1 Physcomitrium_immersum_2 Physcomitrium_lorentzii Physcomitrium_pyriforme_1 Physcomitrium_pyriforme_2 Physcomitrium_sphaericum Pyramidula_tetragona Timmia_megapolitana Timmia_norvegica ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10055] TITLE Funariaceae_10_gene; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=6657; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aphanorrhegma_serratum_2 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Costesia_spongiosa -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAGCAATAAGTGTTGAAGTCCCAGAAGTACGAGAATCTGTTTTCATAA--AATTTAAAATTAGTTGCTGATTATA------------TTGAAAAAA-TAC--------TTAGTATCAACTCGATCATTTAATTATT--------------GAGTAAATTTG-----TTATCTTGAACTTATTAC------------TTATATACATTTATAAGTAAATAAAAT--AAAAGAATTAAAAGTTGTAACAAATAAATATTTATAATAAAACAAAAATTGTTTTCTTTTTTTTCTTCATATCCTAACATCTCTCAAATTTTTTTTATTAATTAGTTTAACATTCAAAAGATTATTAGGTCAATGCTCGAAGAAACAAAAACATTACTAAAAAATAATCTGAGTTGCATCAAATGTAAAAAATAATATACAATGATACTGTTTTGTTATAGGAAAATAACTTTGTCTAAAAATAGACAAAATTAAATACCAAATAAGTTTTTTTAGTTTTATG--AAGATCTTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAGTTATTAATTGAGTTGTAGGGAGGGACCTATGTCA----------------------------------------------------------------CTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTGAGTTGAAAAAAGTATAAGCGATCCTGAGCCAAATTTTTTTTT-----AAGTGGGATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGCTATCCTAACGCATAATTTTTT---TTTTATTTAATTTAATTTTATTAATTGATACAAATAAAAACAAATTTAAACTAAAA--TT--TT-ATCTATTAGATATTAAACGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGCTAATTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTATAGAAAATATACATATA-TAAAAATAAATAAATTTTTTTATTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTAGGATCCTGAACAAAA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGACTAATTTTCCAATATGCTAGCTTTAACAACTCTCGTTCTTTACACTTCTTTCTAGCTGCTTGGCCTGTAGTAGGTATCTGGTTTACTGCATTGGGCATTAGCACAATGGCTTTCAACCTAAATGGTTTCAACTTTAACCAATCTGTTGTTGACAGTCAAGGCCGTGTAATTAACACTTGGGCTGACATCATCAACCGTGCTAACCTTGGTATGGAAGTTATGCATGAACGTAACGCTCACAACTTCCCTCTAGATTTAGCATCTATTGAAGCTCCTTCTGTAAACGGCTAATTCTAG-TTAGAATT----TTAGAAACTAAAATTATCTAAGATAGGATAACAACTTGAAAAATAATGACCTTAGGACTTTAATTTCCTAAGGTCATTATTTTTTTTTTTTGAATAATTAGATTCTAAAAAGGGCGGACGTGGCCAAGTGGATTAAGGCAGTGGATTGTGGATCCACCACGCGCGGGTTCAATTCCCGTCGTTCAATGTCCCGTTATCGAGGACCTCGTGTGAGAATAATACGTCGTTTAGGAGCTTTACCAGGACTAACCAATAAAACATCCCAGTTAAAATCTAGTTCTATTAATCAATCGACATCTAATAAAAAAATTTCTCAGTATCGCATTCGTCTGGAAGAAAAGCAAAAATTACGTTTTCATTATGGAATAACAGAACGACAATTACTTAACTATGTACGTATTGCTAGAAAAGCAAAAGGGTCAACAGGTCAGGTTTTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATGTTATTTTTCGATTAGGTATGGCTCTTACGATTCCTGAAGCAAGACAATTAGTAAATCATAGACATATTTTAGTAAACGATTGTATAGTAGATATACCAAGTTATCGTTGTAAACCTCAAGATTTTATTACTATAAAAGATCGGCAAAAATCCCAAGCTATGATTACCAAAAATATAGATTTTTCTCAAAAATCTAAAGTACCAAATCATTTAACTTTTAATTCTTTACAAAAAAAAGGATTAGTTAATCAAATACTAGATCGTGAATCAATTGGTTTAGAAATAAATGAATTGTTAGTTGTAGAATATTATTCTCGTCAGGCTTAACTGAAAAAAATAGTATTTTTAATACATACAAATAAAAACTTTAAATACGGAAAGAGAGGGATCCTAATCGTTCTTCTTGGATTGCTTTAGTACGATGGCTTGAAGCAATGAAACAACCAAAGGCAGCCAATAGTCAAACAGAAGAAAACGCCAAGCGTTTTCTTGGTCGAAGAGAAAAAAATCTTTTTTTTTTCGGCCTCTTATTTTCGTTTTCTTCTTTGTTTAAAAAAGCCCAGAGAAAAAATTACGTTTTTTTCTCTGTTCTTTTTTCTTTAAAGGTAAAGAGAGAGGCTGCAATTTTAGGCCCTTTCGGTAGCTTTCTTAATTTACCTAGGATAGCTTTAGCTGGGGCAAAGCCCGCTTTCTTTGCTTTGCGAATAAAAGACTTCAGAAAACATAAT---ACGTTTTCTAGAAGTGAAAGCGGAAGGTGGAAAACGCATAGCGGGGTGCAAAGAATCGAACGCAAAGCGCTTTCTTGGAGAACCAATATATTT---TCTTTCAAACCTAAGCATAGCGAAGAAAGACCGATAGTTGAAGCAAGCAAAGTAGATCGTGCACCTTTCACTTATATATTAGCTAGTAATCAGTTAGAAGCTGGCAAGACGGTAATGAATTGTGATTGGTCTAAACCT------TCGACTTCGTTTAACCAACATCAATCTTCCCATAATTTGCTAGCCTATAACGACCTTCGGTTCCAAAACCACTTTGTTCACACAACAAATGAAGGCCAAAGGTTCCTTAGGGTGGAAGAGCCCGTGCAGCGTAGTCAGGCTGCTTCTTGGTTACGCCTGGGGGAGGACTACGCTTCAAGTGAAAATAAAAACATA-------------------AGTCAACTGGCTACCTTTTGTCAAAAATTTACACAAAGCTTCTTAGCAACTCATTCAGTTTAAAAAAATTCAACTAAAAAAAAATTTTCAGGCCGCAGGTTTTGTTTTCGTGCTTCTAGGTGGAGGGTGAAAGCGGCCAGGGCGCAGCCAATTTTTTTTCTTCTGCCCTTTAGCTACGCCCTTAGTAAGGCTTCGTCATACGAGCGGAGCTCGAAAACCCTCCATCCCCACATTAACAACATGTAGATTTGGAGAAAACAGGAACGCAACAAAACATTAACAAAATCGGGCCAGGAACGCTTGTAGAATGTACTATTTGTAGGTTTTGTAGGTTTTTACTGCGTATTTGTACTATTAGATATTATTTACGTATGCAATAAGGGCATTCTAATGCCGGCAAAGATAACTGGATGACCCAGATTGACTATGTATTGCCGTAATGCATCTGGCCGCAGGCTCGCGCTTAGATAGAGTAATGCATCAGTCTTTTCTGGAAACT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Discelium_nudum 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Encalypta_armata 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Encalypta_ciliata 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Entosthodon_apophysatus 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Entosthodon_laevis 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Entosthodon_laxus -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATAATTTGACTAATACGTCCTATATTTTTAGTTAGAACTGTTGAAGCTCCAAAAGTACGGGAATCATTTTTCATAAATAATTTGAATATAGATTTGAATTGTAATTAAATCGAAATTG-AAAAAGTTTAATGTTAGTTAGACTCATTTCGATCAATTAATAATTTTTAGTTAATGAGAAAATAAAAGTATTTG------TTAAA--------------------------AAAAAGGTTTG--------------------------------------------AATTATAAAAAAGGTCTAGATTTATTTTTTTTTATTATTTGGTAACCTTTTTTAGTTTTTT-TTATTAATTAGTTTAACATTCAAAACATTTTTAAAACAATGCTTAAAAAAATAAAAAAATTATTAAAAAATAATCTGAGTTGCATCAAATGTAGAAAATAATATACAATAATACTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTTGTCTAGTTTTAGACAAAATTAAATACCAATTAAGTTTTTTTAGTTTTATAAAAAAATATTATTTGTCGAGCAGACCTCATCTTTTCAAGAGTTATTAATTGAGTTTTAGGGAGGGATTTATGTCACCACAAACGGAGACTAAGGTAGACGCTACGGACTTAAAAAAAAATTTGAGCTTTAGTAAAAAAATTTATTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTT-TTTATCTTAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGTTATCCTAACGCATAATTTTTTAAAAGTTATACAATTAGATTTTATTTTTTATCCATAATAAAAATTAATTTAAACTAAATTGTTAGTTTTTAATTAAATTAAAAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTAAGTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTTCCCCCAAAATTAATAAATATAAAATTTTCGTATATCTAAAAACATTTTTTTATTGACACAAACTTTTAATTTATGTTAAAATCTCAACGTAAAACAAGCCGAGATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCTATTAACTATATCCATATATTTTTTATAAATGTTAAAATAAAAATTAATTATAAATAATACTTATAAGAAAAATAAATAAAAAATTTTTTTATAATGTTTTTGTATTTATAACAAAAAAAGACTATACATATATATATATATATCATATTCTCTTATTATAAGAAATATAGATAAATAGTTAGTATGTAAATATTAAAAGACTTGCTTTTTTTATTTATTTGATTTATTCTTAATATTAGGATTATCTATTAATAATGCATTTAAATAAAAAAAAAGTACTAGGCTAAAGCAAATTATAGAGCAATACAGTTTTTATTTAAAACATGACATAGTAGTTAATCCAATCTTTTTAATAACTTTACTTTAGGCAACACCCAGATTCGAACTGGGGGTAAAGGATTTGCAATCCTCTGCCTTACCACTTGGCCATGTTGCCTTTTTTGTTTAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTAATAAATTTCTATTAGTTAAAACAAATAAATATAATAACCTTATAATTATATTACTTAAAATTTTTTTAATCAAGTCTTTTTCTATTTTTTTTAATAAATAAAAAAACTAAAAAAAATTTTTTAGTAATTAATTAGAGTATTTACTTTAAAGTAAATACTCTAATTAATTACTAAAAAAATTAGTCTATTAGATTAGTCATATTAAAAAAGCCCTAAAGTTAATGATATATCAATAGGTAAAGCTGCTCCAATACCTAACCAAATAGATACTATAATACCAATTAAAAAAACAGTTCTGCTCCACGGTTACTTTGGTAGATTAATTTTCCAATACGCTAGCTTTAACAACTCTCGTTCTTTACACTTCTTCTTAGCTGCTTGGCCTGTAGTAGGTATCTGGTTCACTGCATTAGGTATCAGCACTATGGCTTTCAACTTAAACGGTTTCAACTTCAACCAATCTGTTGTTGACAGTCAAGGTCGTGTTATTAACACTTGGGCTGACATCATCAACCGTGCTAACCTTGGTATGGAAGTTATGCATGAACGTAACGCTCACAACTTCCCTCTAGACTTAGCTTCTGTTGAAGCTCCTTCTGTAAACGGTTAATTTTAACTTATAATTTAATTTATAAGTTAGACTTAGCTAAGATAGGATAAAAACTTGAAAAAGAATGACCGTAGGTTTTTAAAAACCTACGGTCATTCTTTTTTTACTTAAAATAATTAATTTCTAAACAAGGCGGACGTGGCCAAGTGGATTAAGGCAGTGGTTTGTGGAGCCACTATGCGCGGGTTCAATTCCCGTCGTTCA---------TATCGAGGACCTCGTGTAAGAATAATACGTCGTTTAGGAGTTTTACCAGGACTAACTAATAAAACACCACAGTTAAAATCTAGTTCTGCTAATCAATCGACAGCT---AAAAAAATTTCTCAGTATCGTATTCGTTTAGAAGAAAAACAAAAATTACGTTTTCATTATGGAATAACAGAACGACAATTACTTAACTATGTACGTATTGCTAGAAAAGCAAAAGGGTCAACAGGTCAAGTTTTATTACAATTACTGGAAATGCGTTTAGATAATATTGTTTTTCGATTAGGTATGGCCCCTACAATTCCTGGAGCAAGACAATTAGTAAATCATAGACATGTTTTAGTCAATGATTGCATAGTAGATATACCAAGTTATCGCTGTAAACCTGAGGATTCTATTACTGTAAAAAATCGAAAAAAATCTCAAGCTATAATTACTAAAAATACATATTTTTCTCAAAAATCCAAAGTACCAAATCATTTAACTTTTGATTCTACACAAAAAAAAGGATTAGTTAATCAAATACTAAATCGTGAATCAATTGGTTTAAAAATAAATGAATTATTAGTTGTAGAATATTATTCTCGTCAGGCTTAATTAAAAAAAATATTATTTTTAATAAATATAAATAAGTTTTTTAAAAAAGGAAAGAGAGGGATCCTAATCGTTCTTCTTGGATTGCTTTAGTACGATGGCTTGAAGCAATGAAACAACCAAAGGGAGCCAATAGTCAAACAGAAGAAAAAGCCAAGCGTTTTCTTGGTCGAAGAGAACAAAATCTTTTTTTTTTTTGCCTCTTATTTTCGTTTTCTTCCCTGTCCAGGAAAGCCCAGAGAAGAAATTACGTTTTTTTCTCTGCCCTTTTTTCCCTAAAGGCAAAGAGAGAGGCTGCAATTTTAGGCCCTTTCGGTAGCTTTCTTGATTTACCTAGGATAGCTTTAGCCGGGGCAAAGCCCACTTTCTTTGCTTCCCGAATGAAAGACTTCGGGGAACATAAT---ACGTTTTCTAGAAGTGAAGGCGGAAAGTGGAAAACGCATAGCGGGGTGCAAAGAATCGAACGCAAAGCGCTTTCTTGGAGAAGCAATATATTTTTTTCTTTTAAACCTAAGCATAGCGAAGAAGGACCGATGGTTGGAGCGGGCAAAGTAGATCGTGCACCTTTCACTTATATATTAGCTAGTGATCAGTTAGAAGCTGGCAAGACGGTAATGAATTGTGATTGGTCTAAACCT------TCGACTTCGTTCGACCAACATCAATCTTCCCATAATTTGCTAGCCCATAACGACCTTCGGTTCCAAAACCACTTTGTTCACACAACAAATGAAGGCCAAAGGTCCCTTAGGGTGGAAGAGCCCACGCGGCGTAGTCAGGCTGCTTCTGGGCTACGCCCGGGGGGGAACTACGCTTCAAGTGAGAATAAAAACATA-------------------AGTCAACTGGCTACCTTTTGTCAAAAATTTACACAGAGCTTCTTAGCGACTCATTCAGTTTAAAAAGATTCAACTAAAAAAAAATTTTCAGGCCGCGGGTTTTGTTTCCGTGCTTCCGGGTGGAGGGTGAAAGCGGCCAGGGCGCAGCCAATTTTTTTTCTTCCGCCCTCTGGCTACGCCCCTAGTAAGGCTTCGTCATACGAGCGGAGCTCGAAAACCCTCCATCCCCACATTAACAACATGTAGATTTGTAGAAAACAGGAAGGCAACAAAACATTAACAAAATCGGGCCAGGAACGCTTGTAGAATGTACTATTTGTAGGTTCTGTAGGTTTTTACTGCGTATTTGTACTATTAGATATTATTTACGTATGCAATAAGGGCATTCTAATGCCGGCAAAGATAACTGGATGACCCAGATTGACTATGTATTGCCGTAATGCATCTGGCCGCAGGCTCGCGCTTAGATAGAGTAATGCATCAGTCTTTTCTGGAAACT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Entosthodon_obtusus 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Entosthodon_serratus 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Gigaspermum_mouretii --------------------------------------------------------------------------------------GCGGA------------------------------------------------------------------------------------CAGAATCAGCTTTT--------------------------CGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAATCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGCTTGTCCTCGGGCATCTCTGCCTGAGCGTCATCGCGACACCCACCGTTAGTGGGACCGAGTGAAAGTGGCCGTCCGAAGTTGGGTTGGCTGAAAT-GGGAATCCTACCGCCGTGGGGGCACGCTCCGCGATCAGGTGATCCAAG-TTGGAA---CT-T-AGCACGTGGTGTGTCTCCCGGAA-ATCCAACAGGTCTTT---TTTAGGATGGGCCAAAAAAGAAAAGGTCACGCAGCAGACCTCAGATCAGAGAAGACCACCCGCCGAATTTAAGCATATCAATAAGCGG-----------GTAATACGTCCTACATTTTTAGCAATAAGTGTTGAAGTCCCAGAAGTACGAGAATTTGTTTTCATAA--AATTTAAAAATAGTTGCTGATTGTA------------TTGAAAAAA-TAT--------TTAGTATCAACTCGTTCATTTAATTATT--------------AAGTAAAAATG-----TTATCTTGAATTTATTAC------------TTATATATATTTA----TAAATAAAAT--AAAAAAATTAAAAGTTGTAATAAATAGGTATTTATGATAAAACAAGAATTATTTTCTTTTTTTTTTCTATCTCTTAGCATCTCTCAATTTTTTTTTATTAATTAGTTTAACATTCAAAAGATTATTAGGTCAATGCTCGAAGAAACAAAAACATTACTAAAAAAGAATCTGAGTTGCATCAAATGTGAAAAATAATATACAATGATACTGTTTTGTTATAGGAAAATCACTTTGTCTAAAAATAGACAAAATTAAATACCAAATAAGTTTTTTTAGTTTCATG--AAGATCTTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAGTTATTAATTGAGTTGTAGGGAGGGACCTATGTCACCACAAACGG----------------------------------------------------AACTTATTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAAAGTATAAGCGATCCTGAGCCAAATTTTAT--T-TTAAGAGTGAGATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGCTATCCTAACGCATAATTTTTT---TTCTATCTAACCAAATTTCAT----TAATACAAATAAAAATAAATTTAAACTGAAA--TT--TT-ATCTATTAGATATTAAACGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTATAGAAAATATATATATA-TATAGCCAAATAAATTTTTTTATTGACACAAGCTTTCAATTTATATTAAAATC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTGCT-CACGGTTACTTTGGTAGACTAATTTTCCAATATGCTAGCTTTAACAATTCTCGTTCTTTACACTTCTTTTTAGCTGCTTGGCCTGTAGTAGGTATCTGGTTTACCGCATTGGGCATCAGCACAATGGCTTTCAACCTAAATGGTTTCAACTTTAACCAATCTGTTGTTGACAGTCAAGGCCGTGTAATTAACACTTGGGCTGACATCATCAACCGCGCTAATCTTGGTATGGAAGTTATGCATGAACGTAACGCTCACAACTTCCCTCTAGATTTAGCTTCTATTGAAGCTCCTTCTGTAAACGGCTAATTTTAG-TTAGAGTT----TTAGAAACTAAAATTATCTAAAATGGGATAACAACTTGAAAAATGATGACCTTAGGACTTTAAAGTCCTAAGGTCATCATTTTTTTTT---GAATAATTAGATTCTAAAAAGGGCGGACGTGGCCAAGTGGATTAAGGCAGTGGATTGTGGATCCACCACGCGCGGGTTCAATTCCCGTCGTTCA---------------AGACCTCATGTAAGGATAATACGTCGTTTAGGAGTTTTACCAGGATTGACCAATAAAACACCTCAGTTAAAATCTAGTTCTATTAATCAATCGACATCTAATAAAAAAATTTCTCAGTATCGCATTCGTCTGGAAGAAAAGCAAAAATTACGTTTTCATTATGGAATAACAGAACGACAATTACTTAACTATGTACGTATTGCTAGAAAAGCAAAAGGGTCAACAGGTCAAGTTTTATTACAATTACTCGAAATGCGTTCGGATAATGTTATTTTTCGATTAGGTATGGCTCTTACGATTCCCGAAGCAAGACAATTAGTAAATCATAGACATATTTTAGTAAACGATTGTATGGTAGATATACCAAGTTATCGTTGTAAACCTCAAGATTTTATTACTATAAAAGATCGGCAAAAATCCCAAGCTATGATTACCAAAAATATAGATTTTTCTCAAAAATCTAAAGTACCAAATCATTTAACTTTTAATTCTTTACAAAAAAAAGGATTAGTTAATCAAATACTAGATCGTGAATCAATTGGTTTAAAAATAAATGAATTGTTAGTTGTAGAATATTATTCTCGTCAGGCTTAACTGGAAAAAATAGTATTTTTAATCTATACAAATAAAAATTTTAAATACGGAA-GAGAGGGATCCTAATCGTTCTTCTTGGATTGCTTTAGTACGATGGCTTGAAACAATGAAACAACCAAAGGCAGCCAATAGTCAAACAGAAGAAAACGCCAAGCGTTTTCTTGGTCGAAGAGAAAAAAATCTTTTTTTTTTCGGCCTCTTATTTTCGTTTTCTTCTTTATTTAAGAAAGCCCAGAGAAGAAATTACGTTTTTTTCTCTGCCCTTTTTTCTTTAAAGGCAAAGAAAGAGGCTGCAATTTTAGGCCCTTTTGGTAGCTTTCTTAATTTACCTAGGATAGCTTTAGCCGGGGCAAAGCCCGCTTTCTTTGTTTTGCGAATGAAAGACTTCAGAAAACATAAT---ACGTTTTCTAGAAGTAAAAGCAAAAAGTGGAAAACGCATAGCGGGGTGCAAAGAATTGAACGCAAAGCGCTTTCTTGGAGAACCAATATATTTTTTTCTTTTAAACCTAAACATAGCAAAAAAAAAGCAATAATTAAAGCAAGCAAAGTAGATCGTGCACCTTTCACTTATATATTAGCTAGTAATCAGTTAGAAGCTGGCAAGACAGTAATGAATTGTAATTGGTTTAAACCT------TCGACTTCGTTTAACCAACATCAATCTTCCCATAATTTGCTAGCCCATAACGACCTTCGGTTCCAAAACCACTTTGTTCACACAATAAATGAAGGCCAAAGGTTCCTTAAGGTGGAAGAGCCCATGCGGCGTAGTCAGGCTGCTTCTTGGTTATGTTTGGGGGAGGATTACGCTTTAAGTAAAAATAAAAACATA-------------------AGTCAACTGGCTACCTTTTGTCAAAAATTTACACAGAGCTTCTTAGCAACTCATTCAGTTTAAAAAAATTCAACTAAAAAAAAATTTTCAGGCCGCAGGTTTTGTTTCCGTGCTTCTGGGTGGAGGGTGAAAGCGGCCAGGGCGCAGCCAATTTTTTTTCTTTCGCCCTCTGGCTACGCCCCTAGTAAGGCTTCGTCATACGAACGGAGCTCGAAAACCCTCCATCCCCACATTAACAACATGTAAATTTAAAAAAAACAAAAACACAACAAAACATT--TAATGTGGGGCAAAATACAGTTGTAGAATGC-TTATTTGTAGG---------TTTTGCTTGCATATTTGTACTATTAGATATGGCATGTGTATGCAAGCA----ATTCTAATGCCGGCAAAGCCTTCGGCCTGCCTGCCATTAACTATGTATTGCCGTAAT-----TGGCC------------------------------------------------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Gigaspermum_repens 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Goniomitrium_acuminatum 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Goniomitrium_seroi 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Oedipodiella_australis 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Physcomitrella_readeri 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Physcomitrium_immersum_1 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Timmia_norvegica TTGCACACACAACAGCGAACAACTGGCTCCGAACGAACCCATGGCCAACCT---------GGGGAGGTTCG------CGAAGCATCGGGGGTCCCCCCCCTACGCGCAATGCATCAACACTC--AATACGACTGAGTTTAT--------------TTGTGCCCATCCAGAAAC--AAAAAACAACTCTCAGCAACGGATATCTTGGCTCTTGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGCGAATCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGCTTGTCCTCTGGCATTCTTGTTAGATCGTCACCGCAACACCCACCAATACCGGGATCGAGTGAAAGTGGCCATCCGAGGTTGGGTTGGCTGAAAT-GTGGATCCGACCGCCGTGGCGACACAGTCCGCGATCAGGTGATCCGAG-TCGGAA---TTCT--TCATGTGTTGTGTCGCCCAGTTGATCCGACAGGTCTCTCCTTGGAGGGAGG--GGGGTAGGAA-AAGTCATGCAACAGACATCTAATCAAGAAAGACTACCCG--------------------------CCATAATTTGAGTAATACGTCCTACATTTTTAGCAATAAGTGTTGAAGTCCCAAAAGTACGAGAATCTGTTTTCATAA--AATTTGAAATTAGTTGCTGATTGTA------------TTGAAAAAAACAT--------TTAGTATCAACTCGATCATTTAATTATT--------------GAGTAAAATTA-----TTATCTTGAATTTATTAC------------TTATATATACATA----TAGATAAAAT---AAAAAATTAAAAATTGTAACAAATAAATATTAATTATAAA-------AAAATTTCTTCTTTTTTGTTATTCTTTAAGATATT-----TTTTTTTTATTAATTAGTTTAACATTCAAAAGATTATTAGGTCAATGCTTAGAAAAATAAAAATATTACTTAAAAATAATCTGAGTTGCATCAAATATAAAAAATAATATACAATGATACTGTTTTGTTATAAAAAAATCAGTTTATCTAAAAATAGATAAAATTAAATATCAAAGAAGTTTTTTAA-----ATAAAAAAAACTTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAGTTATCAATTGAGTTGTAGGGAGGGACCTATGTCACC------------------------------CTTA---AATAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAAAGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTATTCT-TTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAAGAATATTTTAAGATTTTATTAATTAAG--TAATTAATTAATAAAAATAAA-------TTTAACTAAAA--TT--TT--------ATATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTAGTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAAGTCTAAT-----------------------------TTTTTTCTTGACATAAGTTCCTAATTTATGTTACGATTCGAAACGAAACAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTGCT-CACGGTTACTTTGGTAGACTAATTTTCCAATATGCTAGCTTTAACAACTCTCGTTCTTTACACTTCTTTTTAGCTGCTTGGCCTGTAGTAGGTATCTGGTTTACTGCATTGGGTATCAGCACAATGGCTTTCAACCTAAATGGTTTCAACTTTAACCAATCTGTTGTTGATAGTCAAGGTCGTGTAATTAACACTTGGGCTGATATTATCAACCGTGCTAACCTTGGTATGGAAGTTATGCATGAACGTAACGCTCACAATTTCCCTCTAGATTTAGCTTCTGTTGAAGCTCCTTCTGTAAACGGTTAATTTTAG-TTATAATT----TTATAACTTAAATTTCTCTAAAATAGGATAACAACTTGAAAAAGAATGACCTTAGGATT-TAAAATCCTAAGGTCATTCTTTTTT------AAATGATTAAATTATAATAAAGGCGGACGTGGCCAAGTGGATTAAGGCAGTGGATTGTGGATCCACTATGCGCGGGTTCAATTCCCGTCGTTCA------------------------GTAAGAATAATACGTCGTTTAGGAGCTTTACCAGGACTAACCAATAAAACACCTCAGTTAAAATCTAGTTCTATTAATCAATCAACATCTAATAAAAAAATTTCTCAATATCGTATTCGTTTGGAGGAAAAGCAAAAATTACGTTTTCATTATGGAATAACAGAACGACAATTACTTAATTATGTACGTATAGCTAGAAAAGCAAAAGGGTCCACAGGTCAAGTTTTATTACAGCTATTGGAAATGCGTTTAGATAATGTAATCTTTCGATTAGGTATGGCTCCTACGATTCCTGGAGCAAGACAGTTAGTAAATCATAGACATATTCTAGTAAATGATCATATAGTAGATATACCAAGTTATCGTTGTAAACCGCAAGATTTTATTACTATAAAAAATCGACAAAAATCTCAAGCTATAATTATGAAAAATATAGATTTTTCTCAAAAATATAAAGTACCAAATCATTTAACTTTTAATTCTTTACAAAAAAAAGGATTAGTTAATCAAATATTAGATCGAGAATCAATTGGTTTAAAAATAAATGAATTATTAGTTGTAGAATATTATTCTCGTCAAGCTTAACTAAGAAAAATAATATTTTTATTATAT---AATAATTTTTT-AAATAAGGAAAGAGAGGGATCCTAATCGTTCTTCTTGGATTGCTTTAGTACGATGGCTTGAAGCAATGGAACAACCAGAGGCAGCCAATAGTCAAACAGAAGAAAACGCCAAGCGTTTTCTTGGTCGAAGAGAAAAAAATCTTTTTTTTTTCGGCCTTTTATTTTCGTTTTCTTCCCTGTCCAGGAAAGCCCAGAGAAGAAATTACGTTTTTTTCTCTGCCCTTTCCTCCCTAAAGGCAAAGAGAGAGGCTGCAATTTTAGGCCCTTTCGGTAGCTTTCTTGATTTACCTAGGATAGCTTTAGCCGGGGCAAAGCCCGCTTTCTTTGCTTCGCGAATGAAAGACTTCGGAGAACATAAT---ACGTTTTCTGGAAATGAGGGCGGAAGGTGGAAAACGCATAGCGGGGTGCAGAGAATCGAACGCAAAGCGCTTTCCTGGAGAACCAATATATTTTTTTCTTTCAAACCTAAGCATGGCGAAGAAGGACCGATGATTGAAGCGGGCAAAGTAGATCGTGCACCTTTCACTTATATATTAGCTAGTGATCAGTTAGAAGCTGGCAAGACGGTAATGAATTGTGATTGGTTTAAACCT------TCGACTTCGTTCGACCAACATCAATCTTCCCATAATTTGCTAGCCCATAACGACCTTCGGTTCCAAAACCACTTTGTTCACACAACAAATGAAGGCCAAAGGTCCCTTAGGGTAGAAGAGCCCGTGCGGCGTGGTCAGGCTGCTTCTCGGCCACGCCCGGGGGGGGACTACGCTTCGAGTGAGAATAAAAACATA--------------------------------------------------CACAGAGCTTCTTAGCAACTCATTCAGTTTAAAAAAATTCAACTAGAAAAAAATTTTCAGGCCGCAGGTTTTGTTTCCGTGCTTCCGGGTGGAGGGTGAAAGCGGCCGGGGCGCAGCCAATTTTTTTTCTTTCGCCCTCTGGCTACGCCCCTGGTAAGGCTTCGTCATACGAGCGGAGCTCGAAAACCCTCCATCCCCACATTAACAACATGTAGATTTGGAGAAAACAGGAACGCGACAAAACATTCACAAAATCGGGCCAAGAACGCTTGTAGAATGTACTATTTGTAGGTTCTGTAGGTTTTTACTGCGTATTTGTACTATTAGATATTATCTACGTATGCAATAAGGGCATTCTAATGCCGGCAAAGATAACTGGATGACCCAGATTGACTATGTATTGCCGTAATGCATCTGGCCGCAGGCTCGCGCTTAGATAGATTAATGCATCAGTCTTTTCTGGAAACT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; END; BEGIN TREES; TITLE Funariaceae_ML_15_part; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Aphanorrhegma_serratum_1, 2 Aphanorrhegma_serratum_2, 3 Bryobartramia_novaevalesiae, 4 Bryobeckettia_bartlettii, 5 Bryobrittonia_longipes, 6 Chamaebryum_pottioides, 7 Costesia_spongiosa, 8 Discelium_nudum, 9 Encalypta_armata, 10 Encalypta_ciliata, 11 Entosthodon_apophysatus, 12 Entosthodon_bonplandii, 13 Entosthodon_drummondii, 14 Entosthodon_fascicularis, 15 Entosthodon_laevis, 16 Entosthodon_laxus, 17 Entosthodon_muhlenbergii, 18 Entosthodon_obtusus, 19 Entosthodon_pulchellus, 20 Entosthodon_serratus, 21 Funaria_flavicans, 22 Funaria_hygrometrica, 23 Funaria_microstoma, 24 Funariella_curviseta, 25 Gigaspermum_mouretii, 26 Gigaspermum_repens, 27 Goniomitrium_acuminatum, 28 Goniomitrium_seroi, 29 Lorentziella_imbricata_1, 30 Lorentziella_imbricata_2, 31 Oedipodiella_australis, 32 Physcomitrella_magdalenae, 33 Physcomitrella_patens_1, 34 Physcomitrella_patens_2, 35 Physcomitrella_readeri, 36 Physcomitrium_immersum_1, 37 Physcomitrium_immersum_2, 38 Physcomitrium_lorentzii, 39 Physcomitrium_pyriforme_1, 40 Physcomitrium_pyriforme_2, 41 Physcomitrium_sphaericum, 42 Pyramidula_tetragona, 43 Timmia_megapolitana, 44 Timmia_norvegica; TREE 'PHYLIP 1+' = [&U] (((8:0.043095,(((((((((41:0.001057,(1:0.001266,2:9.81E-4)99:9.2E-4)60:9.85E-4,(36:5.39E-4,37:0.0)100:0.004004)92:0.0012,(33:0.0,34:3.36E-4)100:0.003979)100:0.003197,(39:0.009241,((18:0.014873,(16:0.006281,(12:0.004976,(13:0.003587,20:0.002398)100:0.002963)100:0.005689)86:0.00142)94:0.003546,(17:6.73E-4,19:0.001591)100:0.008961)48:6.37E-4)21:4.55E-4)51:0.001289,((4:0.003974,35:0.007778)96:0.001115,(14:0.004239,(40:0.001961,(32:0.00157,38:0.002202)99:0.001348)68:5.17E-4)100:0.007149)79:5.74E-4)100:0.008459,(11:0.005057,(15:0.004742,24:0.005018)100:0.006411)100:0.004064)91:0.004771,(23:0.005205,(21:0.00448,22:0.006329)99:0.004914)100:0.031369)100:0.062106,(42:0.016308,(27:0.008091,28:0.007067)100:0.012751)100:0.024317)100:0.01578,(5:0.043836,(9:0.036412,(3:0.049165,10:0.028847)95:0.007153)100:0.02665)100:0.012395)82:0.006178)69:0.007578,((7:0.007604,(6:0.020447,31:0.007619)93:0.00506)100:0.021209,((25:0.023922,26:0.008139)100:0.017734,(29:1.9E-4,30:0.005637)100:0.015265)100:0.041037)100:0.056513):0.0,(43:0.023703,44:0.021578)100:0.046895)[% 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