#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 8:38 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Lee J.Y., Joseph L., & Edwards S. 2011. A Species Tree for the Australo-Papuan Fairy-wrens and Allies (Aves: Maluridae). Systematic Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11849] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=26; TAXLABELS Amytornis_ballarae_1a Amytornis_barbatus_3a Amytornis_dorotheae_2a Amytornis_goyderi_1a Amytornis_housei_1a Amytornis_merrotsyi_1a Amytornis_purnelli_1a Amytornis_striatus_1a Amytornis_textilis_1a Clytomias_insignis_1a Gerygone_olivacea_1a Malurus_alboscapulatus_1a Malurus_amabilis_1a Malurus_coronatus_1a Malurus_cyaneus_2a Malurus_cyanocephalus_1a Malurus_elegans_1a Malurus_grayi_1a Malurus_lamberti_1a Malurus_leucopterus_1a Malurus_melanocephalus_1a Malurus_pulcherrimus_1a Malurus_splendens_1a Stipiturus_malachurus_1a Stipiturus_mallee_1a Stipiturus_ruficeps_1a ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10159] TITLE Single_allele_matrix; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=7828; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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CTCCAGCCATGGGACAGAACAAAAGTTGCAACAGTGATGATGCTTTATCTTCCACAACTTACTCCAGCAACACTTCCGTGGATGCCAATAATGAAATCTGCTTCAAAGAGGCCTGAAAAGAAGATTTTTCTCTTTTCAAATTCTGAGTCACTGATTTTGAAATTG-------------------------------------GCTAACTCATTGCATTTGTGACTGTGGTTTAACTAAAACCACCTAAGGCTGATAATGTCATCATGAACTCTCACATTCAAAA-TGAAGCTAAAACCTTAGCTAAGCCCCTTGTCTGAATGCAGCTTTCCAGTTCATTCAGAGCAGCATAGCACTCAGCATTTTCCCTCCAACAACAGGGAGAAAGAAAAAGAAAACCCCTTTCTGGCCTCCCAGAATATTGCTGCATGGAATACACTGTCACTCCTACTGCAAACTTTTTTAAGAGACAATATTGGAGACTGAGGATCATTAATGGGACTGGATCTGTTTCTGGTGCCCCAGGTGGCCTCCTCCTTGCTGTGCTTCTAAGAACTGCATTTTGTTCTCTGGAAGACAGCATTAAATTTTTCCCTTTTTTTGAACTAGTTGGTTGACACAG-------------TCCAAATGTGCGCCAGAGGATGAACCTTGCTGTCTGGCACCAGTAACTGGCAACAAGGAGAAATCTCTCCCCATTTCCCTCATACATTGGAGAATATGAAGGAGCTTAACCCCACTGAACCATGCTCTTATTCTAATTCTT-ATCTACAAAACCTCAAACATCAAGAAAACAGAAGCTTGGGGTGTTTTACAGTTTCAGATTGCAAGTGGAATTTGGGAATCACTTTTCAGCTTGCTGGTATCTCCCATAACTAAGAAGGTTGTAGCAGTGCAAACAACCTGG-AAAAACACAGACTACATTTTCAACCCCACTTCTTCAAAAAGGTTTTCTCATTTACATTGCTTTCACTCGAGCCTAATTCTCTATGCAACCTGCCATGAGACTTTCCCTTACCAACACTTCCTGGGATTTATTTTCTT-ACTCCTCCACTGCTACCCT--ACCCCTACCTTGCTCAGCAAGAGTATTCATCACCCCCATCCCGGATCAGAATCTTTATTACTCACCGGAACATGAAGAACTTTGAC-TTAAACATCCATCTGGAACCTCAGTACTGACAAATTCTGGAAATGCATTTTGCATTTTTGAAGTGGAGAGAAGAAGCAAAGTAATGAAAAACATGCAACAGAAGAAAAGGTCTCAGCTGCAGAAGAGGGACACGAGAGACATCTTGCTGTATCCTCATTGGTCTGCCTCCCAAACGGGAACAGTTTTGCATTCCTCTTGGGAAGGGGACACGGGGAAGGGCTCAGGGGAGCAAGCAGAGATGCCCTCGCGTACAAAACCCCTCAGGGGGGCTGCACAGGCAGCCCCAGTGAAACACCTTGGGCGAAG-CAGCGGAGGGAGCGCACCCCGCCCGTGCCATGGCCATGCACACAACATGTGCATGTCACAACCATTTGTCTGCATGAATGAGAACACA-GAGCACGAGCCAGCGGTGAAGGTGAAAAGAACACACCCAGAGGGAAGAGCGTGCTCTTCGGACCAGTTCTGAGAAACAACGGAGGAAAATATTAAAACAAACTACCCGTCAAAAAA-CCTCCAAAGGACCACCCCTGCAGAAAGCAAACCACCACGTACTCCAGGGAATCCAGGCTGGCCAGGGGGACCACGTTCTCCTTTCAAGCCAGCTGTACCCTAATTTTTGGAAAGTATAAGTGTACTTCTTGCCTGGCTGGCAAGACAGAACACATCATCCTCTCTGAATATTTTGTAACTGGGATTTAGCACAGGTATCTGTCATGTTGACGAAAGTGGATTATTTCTACTGAGTTCAATGGAAACAGAACTAGGTTCCTTGTGGAATAGCACATGGAAATCACAGCTAGTGTGCA-TGCAGCTAACTGGAACATGTGGGCCATGTTTCCAGTAGTGGATCTGGGAGCAGATGTGAGCTCCACATTCAGCTCTGTACCCAGACCGGCTAAACTCTTATCAGTGCAAGGTTTTGAAGCATTAGTTTCCAGAAGAGGACAAAGATGCTGCAACAGACTTGAATCTTGTCTTAACCATGTCCACTTGGATAACTGTGCAGCTGAAGATTATATTTCCAACTACGGCATAGGATTTGACCCGGCAGAGAATGAATTTGACTATGGCTTATGCAATGAAGTAGTTAACGTAGTCTGCTCGCCTAAACCTGATGCTTTCAACCCATGTGAAGATATCATGGGATACAACGTTCTGAGAGTCCTGATATGGTTCATCAACATCCTCGCTATTACTGGGAACACCGTGGTCCTCATTATTTTAATAAGCAGCCAGTACAAGCTCACTGTTCCTCGCTTTCTCATGTGCAATCTGGCCTTTGCAGACCTCTGCATCGGGATCTACCTGCTGCTCATCGCCTCGGTGGACGCCCGCACCAGCGGGCACTACTACAACCACGCCATAGACTGGCAAGGAAGAATGTCTTTATAGCATGTGCCAAACGGTTTTAAATCTTGTCCTAAACTAATTGGTATCGTACCGGGTTCCGTCGTTCACTGACCAAATGTAAGCTGTGTAAGTTCCAGTGCTTGCTGATTTTAGGTGATTATGGATA----TTCTTTCTTAATGAAAATATCACTGCGTGGGGGG------TCGGCCCCTGGCTTGTTTGAACTTTATCAAGACTCTTTGTAAATCGTTGGTACTTCAATCATGCTTTCCCTGAGCTCCCCCGGGCTCGGGATCGGGATGCTCCGAGCCCGTCTGTGAGCATGCTTTGCTGCTGCCCAGCTGTACCCGAAAGTTAGGCCTCCTGGCTCCAATGTTGCTGTTGTCTAGAGATCTCTCTCTCT----GCAGGTTACCACCAATCCTAACACCATCTCCCCCATCAGCTTATCCAACAGTCACTACGGTGTGGCAGGACAATGACAGATACCATCCAAAGCCAGTTTTGCACATGGTTTCATCAGAGCATTCAACAGACCTCAATGAGAATTATAATAAATCAACAGAACCTTCAGGGAAGAACGAACCCAGCGAACACGCGGAGAAGAGGCTGGAGCGCAACTTAAGTTTTGAGATCAAGAAGGTACCTCTTCAGGAGGGACCACGAAGCTTTGATGGGAACTCCCTGTTGAACAGGGGACATGCAATTAAAATTAAGCCTGTGTCATCCTGTGTAATTGATAAGAGCTTTAAGCCACAGGAACAGATTTCAGGGGATTCATTTGTAGATACTTCTCAAAACTCATGTGTGGAATACAGCGTGCCACAGTCTAACACAGCCTTAATACCTTCACCAGAAAGTCTGCAGAGCCAGCAGGTGTCTGATACCCCACCCAGACCAGATCGTCTGCCTTTGACAGAGAAGGGACATGCCACGTGGTCACTACATGGGCCTGAAAATGCACTGCGTACGTCCGTGTCTGAAGAGTTGTCTTCAGACACCTTGTGTCACGGTGTTCAAACTCTCTCTCTAGCATCAAACACCCCAGTTGAACATCCTTCCAGTGATAATGTTGATCCTTCTCCTCTTTCTGTTCGAGCACCCCTCTGTTTTACTAATCCTCTCCATTCAGATGATTCTGACACGGATGAGATGAACTTTGACGGAGCCATGAGCAAAAGCGCGTCCAATGTGTCAACCGCAAGTGCCACAGTCTCTGCTGCCGTTTACAGACAAAGATTCTAATGTCAGAGGAGCAGCTGTTCACCTGCTGCAGTTCTTGGCTTCAAAAATAAAAGCGGAACAGATTGCTCCATTTTTTCCTTTGGTAAGTGCCCATCTCTCTAGTGCCATGACTCATATCAGTGAGGGAATTCAGGAAGATTCATTGAAAATCTTGGACGTTTTATTGGAAGCATACCCAGCTCTTCTTACAGACCGCAGCGTTATATTGTTGAAGAATTTTGTAGAGCTTATTTCTCACCAGCAACTCTCAAAAAGACTGAAAAGCAGGGACAAACTTTCCTGGATGCTCTCTGTTAACCCGAATCGCAGAGTAACTTCTCAGCAGTGGAGGTTGAATGTACTTACCAGGCTCAAGAAGTTTCTCCAAGCAGTGGTAGATGGATCCAGTGGTACAGAAGATGAAGGGCTTCAAGAGCAGAAGGACAACTCTCATTCTGTGAGGAACCCAATATGTATTAGTTGGAAGCTCCATGCAAATAATCAGCAACATATACAACTGTTTGAAAGTGGTGGCTTACGACCAAGGAGCCAAGGGCAAGGTTGGTGGGCGCTGGAAGTAAAGAAGCAGGCAGGATGGCCTTTAGTGGTGTGCTGAACCCCTGCTGGTCTCCTCTTTCCTCCTTCACCGATCACTTGTGTTCTCATGCCTTGATGTTAACAAAAATCACATCAGCCTGGATTGGCTATTGCTGCTGCTTTT---CTTCCTGGAGGGGTCTGGTGGCTTCCTCAGTCAAGGGG-AAGCAAGTTCCCTGTGGAACTGGGATGACTCCTTGCTGGCATCTTCAATTCCTGCTGAGCATGTCCCTTATCCCCCTGATATGAGTTGGCACGACATATGCAGGAGTTCACTCAGGTTCACATGAGAATGATGGCTCAGAGTTTTCAGAATATCAGTGTTACTGCTGCAAATCCAGTACCCTTCATCAATGGCCTACCCTTTGAGCCTGCCCTCTTCTCACACGTGTCACATGCTGCATATGACTGCAATCCAGAAGTGGAAAACTTCAAGGAAACTATTCAGCAGTTGGAAGGTCGCCTGGTAAGACAGGATCACCAAATCAGGGAACTCATCGCTAAAATGGAGACTCAGAACACTCACATGGCGGAACTCAGACGTACTATCCGAAATTTGGAGGGAAAGGTTACGGAAATGGAGGCCCAGCAGTGTAACGGTATTTATATCTGGAAGATTGAGAACTTCAGCGGACTGCAGAAAGCCCAGGA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Amytornis_barbatus_3a CTCCAGCCACGGGACAGAACAAAAGTTGCAACAGTGATGATGCTTTATCTTCCACAACTTACTCTAGCAACACTTCCGTGGATGCCAATAATGAAATCTGCTTCAAAGAGGCCTGAAAAGAAGATTTTTCTCTTTTCAAATTCTGAGTCACTGATTTTGAAACTG-------------------------------------GCCAACTCATTGCATTTGTGACTGTGGTTTAATTAAAACCACCTAAGGCTGATAATGTCATCATGAACTCTCACATTCAAAA-TGAAGCTAAAACCTTAGCTAAGCCCCATGTCTGAATGCAGCTTTCCAGTTCATTCAGAGCAGCATAGCACTCAGCATTTTCCCTCCAACAACA--------------GAAAACCCCTTTCTGGCCTCCCGGAACATTGCTGCATGGAATACACTGTCACTCCTACTGCAAACTTATTTAAGAGACAATATTGGAGACTGAGGATCATTAATGGGATTGGGTCTGTTTCTGGTGCCCCAGGTGGCCTCTTCCTTGCTGTGCTTCTAAGAACTGCATTTTGTTCTCAGGAAGACAGCATTAAATTTTTCCCTTTTTT-GAACTGGTTGGTTGACACAG-------------TCTAAATGTGCGCCAGAGGACGAACCTTGCTGTCTGGCACCAGTAACTGGCTCCAAGGAGAAGTCTCGCCCCATTTCCCTCATACACTGGAGAATATGAAGGAGCTTAACCCCACTGAACCATGCTCTTATTCTAATTCTT-ATCTACAAGACCTCAAACATCAAGAAAGCAGGAGCTTGGGGTGTTTTACAGTTTCAGATTGCAAGTGGAATTTGGGAATCACTTTTCAGCTTGCTGGTATCTCCCATAACTAAGAAGGTTGTAGCAGTGCAAACAACCTGG-AAAAACACAGACCACATTTTCAACCCCACTTCTTCAAAAAGGTTTTCTCATTTACATTGCTTTCACTCGAGCCTAATTCTCTATGCAACCTGTCATGAGACTTTCCCTTACCGACACTTCCTGGGATTTATTTTCTT-ACTCCTCCACTGCTACCCT--ACCCTTACCTTGCTCAGCCATAGTATTCATCACCCCCATCCCAGAGCAGAATCTTTACTACTCACCAGAACATGAAGAACTTTGAC-TTAAACATCCATCTGGAACCTCAGTACTGACACATTCTGGAAATGCATTTTGCATTTTTGAAGTGGAGAGAAGAAGCAAAGTAATGAAAAACATGCAACAGAAGAAAAGGTCTCAGCTGCAGAAGAGGGACACGAGA--CATCTTGCTGTATCCTCATTGGTCTGCCTCCCAAACGGGAACAGTTTTACATTCCTCTTGGGAAGGGGACACGGGGAAGGGCTCAGGGGAGCAAGCAGAGATGCCCTCGCATACAAAACCCCTCAGGGGGGCTGCACAGGCAGCCCCAGTGAAACACCTTGGGCGAAGGCAGCGGAGGGAGCACACCCCGCCCGTGCCCTGGCCATGCACACAACATGTGCATGTCACAACCATTTGTCTGCATGAATGAGAACACA-GAGCACGAGCCAGCGGTGAAGGTGAAAAGAACACACCCAGAGGGAAGAGCGTGCTCTTCAGATCAGTTCTGAGAAACAACAGAGGAAAATATTAAAACAAACTCCCCATCAAAAAA-CCTCCAAAGGATCACCCCTGCAGAAAGCAAACCACCACGTACTCCAGGGAATCCAGGCTGGCCAGGGGGACCACGTTCTCCTTTCAAGCCAGCTGTACCCTAATTTTTGGAAAGTATAAGTGTACTTCTTGCCTGGCTGGCAAGACAGAACACATCATCTTCTCTGAATATTTTGTAACTGGGATTTAGCACAGGTATCTGTCAGATTGACGAAAGTGGATTATTTCTACTGAGTTCAATGGAAACAGAACTAAGTTCCTTGTGGAACAGCACATGGAAATCACAGCTAGTGTGCA-TGCAGCTGACTGGAACATGTGGGCCATGTTTCCAGTAGTGGATCTGGGAGCAGATGTGAGCTCCACATTCAGCTCTGTACCCAGACTGGCTGAACTCTTATCAGTGCAAGGTTTTGAAGCATTAGTTTCCACAAGAGGAGAAAGATGCTGCAACAGACTTGAATCTTGTCTTAACCATTTCCACTTGGATAACTGTGCAGCTGAAGATTATATTTCCAACTACGGCATAGGATTTGACCCGGCAGAGAATGAATTTGACTATGGCTTATGCAATGAAGTAGTTAACGTAGCCTGCTCGCCTAAACCTGATGCTTTCAACCCATGTGAAGATATCATGGGATACAATGTTCTGAGAGTCCTGATATGGTTCATCAACATCCTCGCTATTACTGGGAACACCGTGGTCCTCATTATTTTAATAAGCAGCCAATACAAGCTCACTGTTCCTCGCTTTCTCATGTGCAATCTGGCCTTTGCAGACCTCTGCATCGGGATCTACCTGCTGCTCATCGCCTCGGTGGACGCCCGCACCAGCGGGCACTACTACAACCACGCCATAGACTGGCAAGGAAGAATGTCTTTATAGCATGTGCCAAACGGTTTTAAATCTCGTCCTAAACTAATTGGTATCGTACCGGGTTCCGTCGTTCACTGACCAAATGTAAGCTGTGTAAGTTCCAGTGCTTGCTGATTTTAGGTGATTATGGATA----TTCTTTCTTAATGAAAATATCACTGCGTGGGGGGG-----TCGGCCCCTGGCTTGTTTGAACTTTATCAAGACTCTTTGTAAATCGTTGGTACTTCAATCATGCTTTCCCTGAGCTCCCCCGGGCTCGGGATCGGGATGCTCCGAGCCCGTCTGTGAGCATGCTTTGCTGCTGCCCAGCTGTACCCGAAAGTTAGGCCTCCTGGCTCCAATGTTGCTGTTGTCTAGAGATCTCTCTCTCT----GCAGGTTACCACCAATCCTAACACCATCTCCCCCATCAGCTTATCCAACAGTCACTACGGTGTGGCAGGACAATGACAGATACCATCCAAAGCCAGTTTTGCACATGGTTTCATCAGAGCATTCAACAGACCTCAATGAGAATTATAATAAATCAACAGAACCTTCAGGGAAGAACGAACCCAGCGAACACGCGGAGAAGAGGCTGGAGCGCAACTTAAGTTTTGAGATCAAGAAGGTACCTCTTCAGGAGGGACCACGAAGCTTTGATGGGAACTCCCTGTTGAACAGGGGACATGCAATTAAAATTAAGCCTGTGTCATCCTGTGTAATTGATAAGAGCTTTAAGCCACAGGAACAGATTTCAGGGGATTCATTTGTAGATGCTTCTCAAAACTCATGTATGGAATACAGCGTGCCACAGTCTAACACAGCCTTAATACCTTCACCAGAAAGTCTGGAGAGCCAGCAGGTGTCTGATACCCCACCCAGACCAGATCGTCTGCCTCTGACAGAGAAGGGACACGCCACGTGGTCACTACATGGGCCTGAAAATGCACTGCGTACGTCCGTGTCTGAAGAGTTGTCTTCAGACACCTTGTGTCACGGTGTTCAAACTCTCTCTCTAGCATCAAACACCCCAGTTGAACATCCTTCCAGTGATAATGTTGATCATACTCCTCTTTCTGTTCGAGCACCCCTCTGTTTTACTAATCCTCTCCATTCAGATGATTCTGACACGGATGAGATGAACTTTGACGGAGCCATGAGCAAAAGCGCGTCCAATGTGTCAACCGCAAGTGCCACAGTCTCTGCTGCCGTTTACAGACAAAGATTCTAATGTCAGAGGAGCAGCTGTTCACCTGCTGCAGTTCTTGGCTTCAAAAATAAAAGCGGAACAGATTGCTCCATTTTTTCCTTTGGTAAGTGCCCATCTCTCTAGTGCCATGACTCATATCAGTGAGGGAATTCAGGAAGATTCATTGAAAATCTTGGACGTTTTATTGGAAGCATACCCAGCTCTTCTTACAGACCGCAGCGTTATATTGTTGAAGAATTTTGTAGAGCTTATTTCTCACCAGCAACTCTCAAAAAGACTGAAAAGCAGGGACAAACTTTCCTGGATGCTCTCTGTTAACCCGAATCGCAGAGTAACTTCTCAGCAGTGGAGGTTGAATGTACTTACCAGGCTCAAGAAGTTTCTCCAAGCAGTGGTAGATGGATCCAGTGGTACGGAGGATGAAGGGCTTCAAGAGCAGAAGGACAACTCTCATTCTGTGAGGAACCCAATATGTATTAGTTGGAAGCTCCATGCAAATAATCAGCAACATATACAACTGTTTGAAAGTGGTGGCTTACGACCAAGGAGCCAAGGGCAAGGTTGGTGGGCGCTGGAAGTAAAGAAGCAGGCAGGATGGCCTTTAGTGGTGTGCTGAACCCCTGCTGGTCTCCTCTTTCCTCCTTCACCGATCACTTGTGTTCTCATGCCTTGATGATAACAAAAATCGCATCAGCCTGGATTGGCTATTGCTGCTGCTTTT---CTTCCTGGAGGGGTCTGGTGGCTTCCTCAGTCAAGGGG-AAGCAAGTTCCCTGTGGAACTGGGATGACTCCTTGCTGGCATCTTCAATTCCTGCTGAGCATGTCCCTTATCCCCCTAATATGAGTTGGCACGACATATGCAGGAATTCACTCAGGTTCACATGAGAATGATGGCTCAGAGTTTTCAGAATATCAGTGTTACTGCTGCAAATCCAGTACCCTTCATCAATGGCCTACCCTTTGAGCCTGCCCTCTTCTCACACGTGTCACATGCTGCATATAACTGCAATCCAGAAGTGGAAAACTTCAAGGAAACCATTCAGCAGTTGGAAGGTCGCCTGGTAAGACAGGATCACCAAATCAGGGAACTCATCGCTAAAATGGAGACTCAGAACACTCACATGGCAGAGCTCAGACGTACTATCCGAAATTTGGAGGGAAAGATTACGGAAATGGAGGCCCAGCAATGTAACGGTATTTATATCTGGAAGATTGAGAACTTCAGCGGACTGCAGAAAGCCCAGGA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Amytornis_dorotheae_2a 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Malurus_coronatus_1a 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Malurus_elegans_1a 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Malurus_grayi_1a 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Malurus_splendens_1a 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Stipiturus_malachurus_1a 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Amytornis_barbatus_3a 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Amytornis_dorotheae_2a 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Clytomias_insignis_1a 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Malurus_alboscapulatus_1a 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Malurus_amabilis_1a 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Malurus_coronatus_1a 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Stipiturus_ruficeps_1a CACCAACCACGGGACAGAACAAAAGTTGCAACAGTGATGATGCTTTATCTTCCACAACTTACTCCAGCAACACTTCCATGGTTGCCAAT---GAAATCTGCTTAAAAGAAGCCTGAAAAGAAGATTTTTCTCTTTTCAAATTCTGAGTCACTGATTTTGAGACTGACATAACTCATT-------------------------GCCAACTCATTGCATTTGTGACTGTGGTTTAACTAAAACCACCTAAGGCTGATAATGTCATCATGAACACTCACATTCAAAAATGAAGCTAAAACCTTAGCTAAGCCCCATGTCTGAATACAGCTTTCCAGTTCATTCAGAGCAGCATAGCACTCAGCATTTTTCCTCCAACAGCA--------------GAAAGCCCCTTTCTGGCCTCCCGGAACATTGCTGCATGCAATACACTGTCACTCCTACTGCAAACTTATTTAAGAGACAATATTGGAGACTGAGGATCAGTAATGGGACTGGGTCTGTTTGTGGTGCCCCAGGTGGCCTCTTCCTTGCTGTGCTTCTAAGAACTGCATTTTGTTCTCTGGAAGACAGCATTCAATTTTTCTCTTTCTT-GAATTGTTTGGTTAACACGG-------------TCTAAGTGGGTGCCAGAGGATGAGCCCTGCTGTCTGGC-------------TCCAAGGAGAAGTGTCTCCCCATTTCCCTCATACACTAGAGAATATGAAGGATATTTACCCCACTGAACTAAACTCTTATCCTAATTCTT-ATCTACAAGACCTCAAACATCAAGAAAGCAGGAGCTTGAGGTGTTTTACAGTTTCACATTGCAGCTGGATTTTGGGAATCACTTTTCAGCTTGCTGGTATCTCCCATAAGTAAGAAGATTGCAGGGATGCAAACAACCTGG-AAAAACACAGACCACATTTTCAGCCCCACTTCTTCAAAAAGACTTTCTCATTAATATTGCATCCACTTGAGCCTAATTCTGTGTGCAATCTGTCACGAGACTTTGCCTTACCAACACTTCCTGGGATTTATTGTTTT-ACTCCTCCACTGCTACCCT--ACCCCTACCTTGCCCAGCAAGAGTGTTTATCACCCCAATCCCGGATCAGAATCTTTACTACTCACCAGAACACGAAGAACTTTGACCTTAAACATCCAGCTGGAACCTCAGTACTGACAAATTCTGGAAAAGCATTTTGCATTTTTGAAGTGGAGGGAAGAAGCACAGTAATGAAAAACATGCAACAGAAGAAAAGGTCTCAGCTGCAGAAGAGGGACAGGACAGACTTCTTGCTGTATCCTCATTCGTCTGCCTCCCAAATGGGAACAGTTTTACATTCCTCTTGGGAAGGGGACAC------------AGGGGAGGAAGCAGAGATGCCCTTGCATACGAAACCCCTCAGGGTGGTTGCACACGCAGCCCCAGCCAAAAACCGTGGGCAAAGGCAGCGGAGGGCGCGCACCC-GGCCGTGCCCTGGCCATGCACACATCATGTACATGTCACAACCATTTGTCTGCATGAATGAGAACACA-GAGCACGAGCCAACGGTGAAGGTGAAAAGAACACACCCAGAGGGAAGAGCGTGCACTTCGGATCAGTTCTGAGAAACAATAGAGGAAAATACTAAAACAAAATACCCATTAAAAAA-CCTCCCAAGGACTGTCCCTGCAGAAAGCAAACCACCACGTACTCCAGGGAATCCAGGCTGCCCAGGGGGACCACGTTCTCCTTTCAAGCCAGCTGTACCCTAATTTTTGGAAAGTATAATTGTATTTCTTGCCTGGTAGGCAAGACAGAACACATCATCCTCTCTGACTATTTTGTAACTGGGATTTAGCACAGGTATCTGTAATGTTGAAGAAAGTGGATTACTTCTGCTGAGTTCAATGGAAACAAAACTAAGTTCCATGTGGAATAGCACATGGAAATCACAGCTAATGTGCAATGCAGCTAA---------ATGGGCCACGTTTCCAGTAGTGGATCTGGGAGCAGATGTGAGCTCCACATTCAGCTCTGTAACCATATGAGCTAAACTCTTATCAGTGCAAGGTTTCAAAGCATTAGTTTCCACAAGAAGAGAAAGATGCTGCAACAGACTTGAATCTTGTTTTAACAATTTCCACTTGGGTAACTGTGCAGCTGAAGATTATATTTCCAGCTATGGCGTAGGATTTGACCCAGCAGAAAATGAATTTGATTATGGCTTATGCAATGAAGTAGTTAATGTAGCCTGCTCACCTAAACCTGATGCTTTCAACCCATGTGAAGATATCATGGGATACAATGTTCTGAGAGTCCTGATATGGTTCATCAACATCCTAGCTATTACTGGGAACACTGTGGTTCTCATTATTTTAATAAGCAGCCAATACAAACTCACTGTTCCTCGCTTTCTAATGTGCAACCTGGCCTTTGCAGACCTCTGCACAGGGATCTACCTGCTGCTGATTGCCTCCGTGGACGCCCAGACCAGCGGGCAGTACTACAACCACGCCATAGACTGGCAAGGAAGAATGTCTTTATAGCATGTGCCAAACGGTTTTAAATCTCGTCCTAAACTAATTGGTATCGTACCGGGTTCCGTCGTTCACTGACCAAATGTAAGCTGTGTAAGTTCCAGTGCTTGCTGATTTTAGGTGATTATGGATA----TTCTTTCTTAATGAAAATATCACTGCGTGGGGGG------TCGGCCCCTGGCTCGTTTGAACTTTATCAAGACTCTTTGTAAATCGTTGGTACTTCAATCATGCTTTCCCTGAGCTCCCCCGGGCTCGGGATCGGGATGCTCCGAGCCTGTCTGTGAGCATGCTTTGCTGCTGCCCAGCTGTACCCGAAAGTTAGGCCTCCTGGCTCCAATGTTGCTGTTGTCTAGAGATCTCTCTCTCTCT--GCAGGTTACCACCAATCCTAACACCATCTCCCCCATCAGCTTATCCAACAGTCACTACGGTGTGGCAGGACAATGACAGATACCATCCAAAGCCAGTTTTGCACATGGTTTCATCAGAGCATTCAACAGACCTCAATGAAAATTATAATAAATCAACAGAACATTCAGGGAAGGACGAACCCAGCGAACATGCAGAGAAGAGGCTGGAGCGTAACTTAAGTTTTGAGATCAAGAAGGTACCTCTTCAGGAGGGACCACGAAGCTTTGATGGGAACTCCCTGTTGAACAGGGGACATGCAATTAAAATTAAGCCTGTGTCATCCTGTGTAATTGATAAGAGCTTTAAGCCACAGGAACAGATTTCAGGGGATTCATTTGTAGATGCATCTCAAAACTCATGTATGGAATACAGCATGCCACAGTCTAACACAGCCTTAATACCTTCACCAGAAAGTCTGCAGAGTCAGCAGGTGTCTGATACCCCACCAAGACCAGATCGTCTGCCTCTGACAGAGAAGGGACAAGCTACGTGGTCACTACATGGGCCTGAAAATGCACTGCGTACGTCCATGTCTGAAGAGTTGTCTTCAGACAACTTGTGTCACGGTGTTAAAACTCTCTCTCTAGCATCAAACACCCCAGTTGAACATCCTTCCAGTGATAATGTTGATCATACTCCTCTTTCTGTTCGAGCACCCCTCTGTTTTACTAATCCTCTCCATTCAGATGATTCTGACACGGATGAGATGAACTTTGACGGAGCCATGAGCAAAAGCGCATCCAATTTGTCAACCGCAAGTGCCACGGTCTCTGCTGCCGTTTACAGACAAAGATTCTAGTGTCAGAGGGGCAGCTGTTCACCTGCTGCAGTTCTTGGCTTCAAAAATAAAAGCAGAACAGATTGCTCCATTTTTTCCTTTGGTAAGTGCCCATCTCTCTAGTGCCATGACACATATCAGTGAGGGAATTCAGGAAGATTCATTGAAAGTCTTGGACGTTTTATTGGAGGCATACCCAGCTCTTCTCACAGACCGCAGCGTTATATTGTTGAAGAATTTTGTAGAGCTTATTTCACACCAGCAACTCTCAAAAAGACTGAAGAGCAGGGACAAACTTTCCTGGATGCTCTCTGTTAACCCAAATCGCAGAGTAACTTCTCAGCAGTGGAGGCTGAATGTGCTTACCAGGCTCAAGAAGTTTCTCCAAGCAGTGGTAGATGGATCCAGTGATGCAGAGGATGAAGGGCTTCAAGAGCAGAAAGACAACTCTCATTCTGTGAGGAACCCAATATGTATTAGTTGGAAGCTCCATGCAAATAATCAGCAACATATACAACTGTTTGAAAGTGGTGGCTTACGACCAAGGAGCCAAGGGCAAGGTCGGTGGGCGCTGGAAGTAAAGAACCGGGCAGGATGGCCTTTAGTGATGTGCTGAACCCCTGCTGGTCTCCTCTTTCCTCCTTCACTGATCACTTGTGTTCTCATGCCTCAATGATAACAAAAATTGCATCAGCATGGATTGGCTATTGCTGCTGCTTTTCTTCTTCCTGGAGGGGTCTGGTGGCTTCCTCAGTCAAGGGG-AAGCAGGTTCCCTGTGAAACTGGGATGACTCCTTGCTGGCATCTTCAATTCCTGCTGAGCATGTCCCTTATCCCCCTAATATGAGTTGGCACGCCATATGCAGGAGTTCACTCAGGTTCACATGAGAATGATGGCTCAGAGTTTTCAGAATATCAGTGTTACTGCTGCAAATCCCGTACCCTTCATCAATGGCCTACGCTTTGAGCCTGCCCTCTTCTCACATGTGTCACATGCTGCATACGACTGCAATCCAGAAGTGGAAAACTTCAAGGAAACTATTCAGCAGTTGGAAGGTCGTCTGGTAAGACAGGATCATCAAATCAGGGAACTCATCGCTAAAATGGAGACTCAGAACACTCACATGGCAGAACTCAGACGTACAATCCGAAATTTGGAGGGAAAGATTACGGAAATGGAGGCCCAGCAATGTAATGGTATTTATATCTGGAAGATTGAGAACTTCAGCGGACTGCAGAAAGCCCAGGAAGAAGAGAGACCCGTAGTGATGCACAGCCCTGGCTTCTATACAGGGAAGCCTGGCTACAAGCTGTGCCTGCGCCTGCATATCCAGTTACCAAATGCCCAGCGCTGTGCTAATTTTATCCAGTTACCTCCCTGGTCTCCCCGTGGAGGGTGTGAAAGGTGCTTCTTTCTTCTGCTTTGGATTTACTTGGATCATTCTAGCACTGTCAGTGCTTTCTTGAAGACATTTGAGTAACTTTCCAATTGTACTATGAAAGTGTGCTACGCTCAGTTGGAGGGTTGAACATTTGCTGTGTGGTGAGTGTTAGGAACCACTTGATGTTCCCCTCTGGAGGAGAAGGAAGACTCTAA-AGAATCTTTAGAAGAGAGACGTTTTTAGATGCAGTCATTGACTTTTAGAATTCTACTTCTTTTGGGTTTTTGGATTCTTTTTTTCCCTCCAAAGGTGGAGAAACCACCATCCAAGGTAAGGAGAGATCTAAGGAGCCGAAGCTATGGCGCGTGCAGCAAAAGCCATAGGGTGACTCACCTGAGATGCAGCTTTGGCTGGAGTCACGGTACTTTCCAGAGCTGTGTGCTGAAGAGCAGCTCTCAGTGAAGCATTGTTCTCCCTCGGCAGGGCTGGATGGACTGGCTGAGCGCTGTGCCCAACATAATTGTACATGTATCTTCATAAATGCAGAGCACCAATTTTACATTTCAATGTTAAGGCTGCATTTGGTAAAAGTCCATGCCTCATTTCCCTCCAAATCCTATCAATATGTCCCACACACA--TAGAGAC----------------------------------AAAGAGC-CAAGCTGTCAGTTCACAATCTCAATCTGTCATTTTTTTACTAAAACAGAATGCTATAACACCGTACAGGTTGGCAGTACCACAGTACTTTTCTGCTCGACTGAGACTCCCTTTAAAAGCTCTTGGAAAAAAAA---TTGTTAGACCTGCACATCACAGATCTTAAAGTGAGACACAGAGAAATCATATCACACTTAAGCAGTACATGAGCAGCCAAGCAGCTCATGCTACCTCTTCCAAATATACTCTGGAGAAATATGAAAAGGTA-CAGTAAAGGTGATAAAATAATGATTAAA-GTTGTAGAGCTCACTCTAAGTATGTGTCTTGCACCCAAACCATACGGGGCTTT-TAATTCTTAATGCTTA-------CGTCAATCTCTGTCAGGCTTTAGAACACA---TGGAAA-GAT--GGCGGGGTAGGTATCTGGAAGCCTTACAGTGAATTTGGATGTGGGTTTTGCATGTCTAGAGATTTTACCACTAAAATGCCTTACTACCAGAAAACAGGTCACCTGCTTGCTAAAATAAATGCATTCAGATTCCAAAGCACTGTGGTCATAAAATTCTTAAAAC-TGTCTGCATTGCATGTTCTTTTGCCTAAAGATTT-AAGCATGACAATCCCAAGGTAAAAAAGCTGTTTTTTT-GCATGCATTTTGTTTAATCTGTACAGTACAGTACTACTGAAATTCTGAAGCAGTACAAATTTGTTCTAAGTGTTCTATTGCTAGCAACTTAACAACCATGCCATCATGGGCGTTGCCTTCTCCTGGACCATGGCCTTGGCGTGTGCAGCTCCTCCACTTTTTGGCTGGTCCAGGTAGGGAAAGCACTGGGCCCGACATCAGGGGG-TTGGAGCCTGGCTGTTGGTTCACCCGTGGCTTCCAGCCAGTCTCCACTGCTGGGTGCTGACCTGCTGGGCTCACCTTGCAGGTACATCCCTGAGGGCATGCAGTGCTCCTGCGGGATTGACTATTACACTCTGAAGCCAGAGGTCCTAGATGCTGCCTATTGTTTTAGGTAATTATGCCTCCACATCCAATATTCCTACAC-ATCCTACCAGCCTGGGAGATGTCATGCAGTTGTTTGTCATGTTTCTTTACAGTTGGCATGTATAGAGAGCGCAGACCCTCACTCTCAGAGCCAGGGGG--TGTGTGCAG-AGGTCTCTGCCTGGCAGTGTCCAGTCCAACAGAGA-CGGGGCACATTGCTGTGACCTTAAACAGCAGAAGCTCAGATGCATCTGGGATAATTGCCAGATGCATTAGCCCCAAAGTTACAGCCAAATTAAATACCTTCCCTTTGCTCACCTACTCAGAGAGTCCCCTCTGTAGGACTTGGAGAAAAGCATTTGACTAGTCCTTCAGGAAAACCATTCACTTT----GTATAAGCAAGTGCTGCCATGTCTAAGCATCCAGTTTCAGTTACAGCATAAGCTACTACTGATTTGATTTTGTTGAGAATTTTTGTGACTCAGACTTGCCTGCCTGTAAAGGATCATTCAGGGAGCAAGCACCTGGATTATTTTTATTCCCTGTGTTGTCAGGGTTGGGTTGAGTGAGTGGGAGGTTAGGAAGAGGAGGGTTAGTGGGGGGAACTTTATGGCTGTTGATAGGAGAAGGCCGGTGGTTAGTGAGGATCCTTGAAGGACTTCGGGGAATCAGAAGTGGAAAGGGACTAGTCCTAATTTGATTGCAATGGCTGTGGTTAATACGAGGGATGAGGTTGGGTGGGTTAATTGGGTGATGTCTCATTGCCCAGTGTATCATGCATTGGTTATGCTCGAGAATAGAACTAGGGCCGAGGCGGCTGCTTGGACTAGGAAGTATTTGGTTGCTGCCTCGATTGCTCGGGGGTGATGGGATTTTGCGATTAGGGGGAGGACGGCCAATGTGTTGATTTCAAGGCCAGTTCAGGCTATAACTCAATGGTTGCTTGAGATTGTAAGGGTCGTCCCTAGGGCGAGGCTTATGGTGAAGATCAGTTTTGCC ; END; BEGIN SETS; CHARSET AL26 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 1307-1710; CHARSET RI2 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 6573-6829; CHARSET MEK1 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 2543-2939; CHARSET TEX10 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 3752-4296; CHARSET AL16 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 475-867; CHARSET CDC132 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 5648-6071; CHARSET FSHR (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 2171-2542; CHARSET ND2 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 7382-7828; CHARSET TRAF6 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 4595-5116; CHARSET TNNT3 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 4297-4594; CHARSET PTPN12 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 2940-3751; CHARSET AL28 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 1711-2170; CHARSET AL23 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 868-1306; CHARSET HMG_2 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 6072-6572; CHARSET UBN1 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 5117-5444; CHARSET AB4 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 5445-5647; CHARSET AL06 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 1-474; CHARSET TGFb2 (CHARACTERS = Multiple_allele_matrix) = 6830-7381; END; BEGIN TREES; TITLE Species_trees_from_single_or_multiple_gene_tree_blocks; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Amytornis_ballarae_1a, 2 Amytornis_barbatus_3a, 3 Amytornis_dorotheae_2a, 4 Amytornis_goyderi_1a, 5 Amytornis_housei_1a, 6 Amytornis_merrotsyi_1a, 7 Amytornis_purnelli_1a, 8 Amytornis_textilis_1a, 9 Malurus_amabilis_1a, 10 Malurus_cyaneus_2a, 11 Malurus_elegans_1a, 12 Malurus_pulcherrimus_1a, 13 Stipiturus_malachurus_1a, 14 Stipiturus_mallee_1a, 15 Malurus_grayi_1a, 16 Malurus_cyanocephalus_1a, 17 Clytomias_insignis_1a, 18 Malurus_coronatus_1a, 19 Malurus_melanocephalus_1a, 20 Stipiturus_ruficeps_1a, 21 Malurus_splendens_1a, 22 Amytornis_striatus_1a, 23 Malurus_lamberti_1a, 24 Malurus_alboscapulatus_1a, 25 Malurus_leucopterus_1a, 26 Gerygone_olivacea_1a; TREE 'MDC bootstrap consensus+' = [&R] (26,((2,((3,22),((6,8),((1,7),(4,5))))),((13,(14,20)),((15,17),((16,18),((23,(12,(9,11))),((10,21),(25,(19,24))))))))); TREE STAR_multiple_allele = [&R] (26,((2,((3,22),(6,(8,(5,(4,(1,7))))))),((13,(14,20)),((15,17),(16,((12,(11,(9,23))),(18,((10,21),(25,(19,24)))))))))); TREE Bucky_single_allele = [&R] (26,((2,((3,22),(6,(8,((1,7),(4,5)))))),((13,(14,20)),((15,17),(16,(((9,23),(11,12)),(18,((10,21),(25,(19,24)))))))))); TREE Bucky_multiple_allele = [&R] (26,((2,((3,22),(6,(8,((1,7),(4,5)))))),((13,(14,20)),((15,17),(16,((12,(11,(9,23))),((10,21),(18,(25,(19,24)))))))))); TREE BEST_species_tree = [&R] (26:0.063094,((((((((1:0.002717,7:0.002717):0.003306,4:0.006023):0.001117,5:0.007141):0.00533,8:0.012471):0.002252,6:0.014723):0.002441,(3:0.003429,22:0.003429):0.013735):0.001497,2:0.018662):0.028153,(((((((9:0.003904,23:0.003904):0.001241,(11:0.003222,12:0.003222):0.001923):0.013459,((10:0.00272,21:0.00272):0.013419,((19:0.003387,24:0.003387):0.006243,25:0.00963):0.006509):0.002465):0.001124,18:0.019728):0.002962,16:0.02269):0.006382,(15:0.002834,17:0.002834):0.026237):0.003881,(13:0.006965,(14:0.002318,20:0.002318):0.004647):0.025988):0.013862):0.01628); TREE mrBayes_concatenation = [&R] (26,((2,((3,22),(6,(8,(5,(4,(1,7))))))),((13,(14,20)),((15,17),((12,(11,(9,23))),(16,(18,((10,21),(25,(19,24)))))))))); TREE 'PAUP* ML' = [&R] (26:0.032593,((2:0.014109,((3:0.005952,22:0.006788):0.006911,(6:0.015571,(8:0.012763,(4:0.007816,(5:0.00945,(1:0.004685,7:0.003629):0.002892):0.001483):0.005642):0.002489):0.001993):0.00154):0.022671,((13:0.007942,(14:0.00338,20:0.002789):0.006409):0.02165,((15:0.009688,17:0.007312):0.008538,((12:0.005087,(11:0.007046,(9:0.0034,23:0.004551):0.001353):0.001062):0.009673,(16:0.014526,(18:0.014075,((10:0.004858,21:0.005629):0.006664,(25:0.008677,(19:0.003303,24:0.00495):0.006669):0.003905):0.002091):0.001638):0.001669):0.007751):0.006298):0.015459):0.032593); TREE phyml = [&R] (26:0.03288013155,((2:0.0141208969,((3:0.0058921229,22:0.0066817839):0.006803883,(6:0.0154110893,(8:0.0126655168,(4:0.0077133135,(5:0.0093322799,(1:0.0046115441,7:0.0035767133):0.0028417905):0.001469272):0.005521598):0.0024613528):0.0019907429):0.0013328137):0.022845149,((13:0.0078559953,(14:0.003331277,20:0.0027519027):0.0063257934):0.0216547915,((15:0.0095380643,17:0.0072471703):0.0085275794,((12:0.0050357989,(11:0.0069758858,(9:0.0033644749,23:0.0044932631):0.0013335718):0.001013687):0.0096654946,(16:0.0144282626,(18:0.0140140524,((10:0.0048098702,21:0.0055492187):0.0066162882,(25:0.0085844781,(19:0.0032564108,24:0.0048667474):0.0066354668):0.0038529867):0.0019944842):0.0015991747):0.0016047534):0.0077564917):0.0061095897):0.0156319927):0.03288013155); TREE STAR_single_allele = [&R] (26,(((3,22),(2,(6,(8,(5,(4,(1,7))))))),((13,(14,20)),((15,17),(16,(((9,23),(11,12)),(18,((10,21),(25,(19,24)))))))))); TREE MDC_single_allele = [&R] (26,(((2,(3,22)),((6,8),((1,7),(4,5)))),((13,(14,20)),((15,17),((16,18),((25,(19,24)),((10,21),((9,11),(12,23))))))))); TREE MDC_multiple_allele = [&R] (26,(((2,(3,22)),((6,8),(5,(4,(1,7))))),((13,(14,20)),((15,17),(18,((16,(23,(12,(9,11)))),((10,21),(25,(19,24))))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Multiple_allele_gene_trees_for_18_loci_across_Maluridae_from_Lee_et_al._2011; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Amytornis_ballarae_1a, 2 Amytornis_barbatus_3a, 3 Amytornis_dorotheae_2a, 4 Amytornis_goyderi_1a, 5 Amytornis_housei_1a, 6 Amytornis_merrotsyi_1a, 7 Amytornis_purnelli_1a, 8 Amytornis_textilis_1a, 9 Malurus_amabilis_1a, 10 Malurus_cyaneus_2a, 11 Malurus_elegans_1a, 12 Malurus_pulcherrimus_1a, 13 Stipiturus_malachurus_1a, 14 Stipiturus_mallee_1a, 15 Malurus_grayi_1a, 16 Malurus_cyanocephalus_1a, 17 Clytomias_insignis_1a, 18 Malurus_coronatus_1a, 19 Malurus_melanocephalus_1a, 20 Stipiturus_ruficeps_1a, 21 Malurus_splendens_1a, 22 Amytornis_striatus_1a, 23 Malurus_lamberti_1a, 24 Malurus_alboscapulatus_1a, 25 Malurus_leucopterus_1a, 26 Gerygone_olivacea_1a; TREE Full_gene_tree_AL06 = [&R] (26:0.0178992453,((((14:1.0E-10,20:8.859999999999999E-8):0.0069396114,13:0.0049283717999999985):0.0218985599,((15:0.004741221,17:0.0023052653):0.0113420023,(16:0.0046861477,(25:0.004620629899999999,((18:0.0046273508999999996,((12:1.0E-10,(23:0.0022977444,(11:1.0E-10,9:0.0022857655):0.002295723):8.49E-8):0.0069858155,21:0.013979738100000002):0.0023592591):7.73E-8,(24:1.0E-10,19:2.2400000000000002E-7):0.0070266808):9.39E-8):0.0023062763):0.0011520512):0.00877136):1.4E-7,(((6:0.009762345399999999,2:0.0024218056):0.0024151562,(3:0.0024088145,22:0.0048377869):0.00240901):9.64E-8,(8:0.0074070963,(5:3.5619999999999997E-7,((4:0.0023409535000000004,7:1.9130000000000003E-7):1.0E-10,1:0.0023487670000000003):0.0023430383):0.0099394623):0.0023275867):0.0050009838):0.0178992452); TREE Full_gene_tree_TGFb2 = [&R] (26:0.0317988336,(((((14:0.001843267,20:0.0036924317):0.0094546459,13:0.0054895062):0.0210617751,((16:0.015010126399999999,((19:0.003700673,24:0.0055495859):0.0130103383,(18:0.0112259891,((23:0.0018552702,(12:1.0E-10,9:2.0E-10):9.849999999999999E-8):0.0018598269,11:0.0056489300999999995):0.0018606422):0.0018653011):0.0018472464):6.7E-8,(25:0.0093572389,21:0.010194844199999999):1.084E-7):0.0077371279):0.0072439356,(15:0.0037212262000000003,17:0.0018459810999999998):0.0061733577):0.0181262479,((22:0.0038500743,3:0.007754014399999999):0.0121807055,(2:0.0197876342,(6:0.019051005000000003,(8:0.007720474600000001,(5:0.005753209299999999,(7:1.0E-10,(4:1.0E-10,1:6.0E-10):5.0E-10):0.005758548899999999):8.86E-8):0.0034238795):0.0041058398):0.0050856986):0.0273131397):0.0317988335); TREE Full_gene_tree_AL16 = [&R] (26:0.03185757005,(((15:0.010727598500000001,17:0.010807023899999999):0.0104840605,(((14:0.0027545795000000002,20:0.0027532738):0.0055774877,13:0.005805940899999999):0.0268902729,((16:0.013520234899999999,(25:0.0133602971,(18:0.0106821702,((19:0.0026570101,24:0.0053159839):0.013521904000000001,21:0.0106645376):0.0026616339):1.568E-7):0.0026052437):0.0077350414,(23:0.0161203916,(9:1.0E-10,(12:0.0080181578,11:0.0079726833):3.806E-7):6.672E-7):0.0057212878):0.0053051462):0.0035711652):0.0264371059,((2:0.0128656857,(3:1.0E-10,22:0.0053293508):0.0041616995):0.0016507962,(6:0.0080050205,(8:0.005365871899999999,(4:0.0106194023,(5:0.005367440999999998,(1:1.0E-10,7:0.005292385599999999):0.002637655):0.013356252999999998):0.0026239375):0.0079950166):1.769E-7):0.0267280576):0.03185756995); TREE Full_gene_tree_AL23 = [&R] (26:0.03249672675,((((20:0.0023155527,14:0.0023104501):0.0072056725,13:0.004532813699999999):0.0281750375,((17:0.013973638399999998,15:4.7668059999999993E-4):0.0098467042,(((23:1.0E-10,(12:0.0023600204,9:0.0047485903):2.412E-7):0.0023574688,11:1.713E-7):0.020493498,((25:0.0217218314,((19:1.0E-10,24:1.0E-10):0.0094690665,21:0.0070501635):1.43E-7):0.013238717,(16:0.011783376199999999,18:0.010619396199999999):4.104E-7):0.0051358614):0.0077572675):0.0130470702):0.0058719212,(8:0.0167262736,((2:0.019362750499999998,(3:0.0093745239,22:0.0023263381):0.0121728289):0.002164923,(6:0.011979290500000002,(5:0.004669857599999998,(4:0.0023278503,(7:1.0E-10,1:6.0E-10):0.0023271519000000003):5.437E-7):0.0047903677):0.0023062087):1.367E-7):0.043852212):0.03249672665); TREE Full_gene_tree_AL26 = [&R] (26:0.05513080555,(((17:0.0111667789,15:0.011004446499999999):0.0081672425,(16:0.022003475600000003,((13:0.0108319981,(20:1.0E-10,14:0.0026755622):0.0082030901):0.0193151014,((12:0.020037036,((25:9.96E-8,(19:0.0053952513,21:0.0137599513):0.0054547865):0.0080699524,(18:0.0137514155,24:0.0058699868):3.165E-7):0.0055061886):0.0026925063,((11:0.0080704933,9:2.0039999999999997E-7):0.0026691621,23:0.0027078663):0.0054117600999999994):0.002675071):1.221E-7):0.0027133994):0.0210208061,((8:0.021940478000000003,6:0.010454010699999999):0.002663999,(2:0.010626183899999999,((3:0.0184412558,22:0.0025057769000000002):0.0131281886,(4:0.005412282599999999,((1:0.0051867859,7:0.005424285599999999):0.0025889818,5:0.0184016426):0.0025919003):7.54E-8):0.0077250314):0.002734515):0.0324276535):0.05513080545); TREE Full_gene_tree_AL28 = [&R] (26:0.0331043679,(((14:1.739E-7,13:0.015578867199999999):0.0044587291,20:1.833E-7):0.0455238183,(((18:0.0111494032,(16:0.0154322687,(21:0.0066010469,((17:0.0043770575,15:0.004350228199999999):0.0181905795,(24:0.004362296899999999,19:0.0044043335):0.0090237508):0.0087222979):1.784E-7):0.0021137418):0.0024723272,(((23:1.0E-10,12:0.004380485399999999):0.0021848422,(11:0.0043656225,9:0.0021852542):1.782E-7):0.0091537535,25:0.019585593300000002):0.0020781817):0.0079353422,((5:0.008748837399999999,((22:0.0043406058,3:0.0021933538999999998):0.0065404224,(6:0.0244007335,2:0.010900615199999998):1.812E-7):0.0021611134):2.008E-7,(1:0.006606398699999999,((8:0.0110238964,7:0.0021777803):3.45E-8,4:0.0021706549):0.0065724132):0.0043508743):0.0210518631):0.0032049168):0.0331043678); TREE Full_gene_tree_FSHR = [&R] 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(((2:0.1060042791,((6:0.1108507172,22:0.0491607356):3.235E-7,(3:0.038829523500000004,(8:0.08435126990000001,(5:0.0523369658,(4:0.0680946594,(1:0.0630111571,7:0.029824718099999998):0.019071414):0.0097969404):0.0488691592):0.0306276926):0.0048344393):0.021314995):0.0582974215,((13:0.061992214899999995,(14:0.0177146577,20:0.0186102709):0.0382953123):0.0389418538,((((21:0.06584106329999999,10:0.0406995534):0.0246899518,(18:0.130771996,(25:0.055249469100000004,(24:0.0344142075,19:0.0353508073):0.0199318433):0.0381997747):0.0206590786):0.0467970099,(16:0.0900462296,(12:0.0453941946,(11:0.0795619061,(9:0.019087335599999998,23:0.025599801499999998):0.0190221838):0.0106051266):0.1010350372):0.0110204453):0.0573703673,(17:0.0786328144,15:0.12088193059999999):0.0606744101):0.0287600633):0.0763231132):0.1969628787,26:0.1969628787); END; BEGIN TREES; TITLE Single_allele_gene_trees_across_18_loci_from_Lee_et_al._2011; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Amytornis_ballarae_1a, 2 Amytornis_barbatus_3a, 3 Amytornis_dorotheae_2a, 4 Amytornis_goyderi_1a, 5 Amytornis_housei_1a, 6 Amytornis_merrotsyi_1a, 7 Amytornis_purnelli_1a, 8 Amytornis_textilis_1a, 9 Malurus_amabilis_1a, 10 Malurus_cyaneus_2a, 11 Malurus_elegans_1a, 12 Malurus_pulcherrimus_1a, 13 Stipiturus_malachurus_1a, 14 Stipiturus_mallee_1a, 15 Malurus_grayi_1a, 16 Malurus_cyanocephalus_1a, 17 Clytomias_insignis_1a, 18 Malurus_coronatus_1a, 19 Malurus_melanocephalus_1a, 20 Stipiturus_ruficeps_1a, 21 Malurus_splendens_1a, 22 Amytornis_striatus_1a, 23 Malurus_lamberti_1a, 24 Malurus_alboscapulatus_1a, 25 Malurus_leucopterus_1a, 26 Gerygone_olivacea_1a; TREE 'TNNT3_phyml_genetree' = [&R] ((((2:0.0034465028,(6:0.0113732592,(8:0.0,(1:0.0034624989,(7:0.0,(4:0.0179351813,5:0.0034647318):1.229E-7):9.52E-8):0.0034691269):9.12E-8):0.0034541962):9.56E-8,(3:0.0,22:0.0069985798):0.003454703):0.0107030464,((18:0.0068605535,(23:0.0034624318,((10:0.0033990333,21:9.85E-8):0.006856273,(12:0.0034221724,(25:0.0,(24:0.0,(19:0.0,(16:0.0,(11:0.0,9:1.07E-7):1.081E-7):1.166E-7):8.75E-8):8.75E-8):1.154E-7):1.039E-7):0.0033418868):8.72E-8):0.0153023476,((15:0.0036829757,17:0.0066356576):0.0042941242,(20:0.0,(13:0.0,14:0.0):0.0):0.0211886167):0.0034762017):0.0100662726):0.00543214065,26:0.00543214065); TREE 'AL28_phyml_genetree' = [&R] ((((2:0.0109689279,(6:0.0201275819,(3:0.00215568,22:0.0043745747):0.006567213):9.74E-8):0.0021637489,(5:0.0087724356,(1:0.0109872684,(8:0.006660543,(4:0.0021760349,7:0.0021902089):0.0043579835):0.0066411697):5.891E-7):1.128E-7):0.0192274112,(((11:0.0043975602,(9:0.0021938044,(23:4.73E-8,12:0.0044058555):0.0021981444):5.23E-8):0.0133284116,(10:0.0043784724,21:0.0021979696):0.0021921734):0.0022097209,(18:0.013324996,(16:0.0153821735,((19:0.004440654,24:0.0043809481):0.0098833756,(25:0.0169080487,((15:0.0043305476,17:0.0044352616):0.0085007782,(13:0.0044972273,(14:0.0044829134,20:1.0E-10):0.0067627599):0.0432185172):0.0060651273):0.0045174322):0.0079708959):9.84E-8):7.47E-8):0.0102209155):0.0348049333,26:0.0348049333); TREE 'TRAF6_phyml_genetree' = [&R] (((2:0.0079116994,(((8:0.0038591522,(6:0.0058204751,(4:0.0019029215,5:0.0058964324):0.0019119788):6.36E-8):4.89E-8,(7:0.0,1:0.001901414):4.49E-8):0.0019013567,(3:0.0019012874,22:0.0):7.18E-8):0.0018114812):0.0068735648,(((15:0.0,17:0.0038894235):1.19E-7,(16:0.003881816,(9:6.13E-8,(10:0.0019218289,((21:7.17E-8,(18:0.0058007038,(25:0.0038468622,(19:0.0,24:0.0019151817):0.0019067502):1.53E-7):0.0019238096):0.0019220031,(23:0.0,(11:0.0019230493,12:0.0):4.69E-8):5.19E-8):0.0019255269):1.354E-7):7.37E-8):0.0058426838):0.0030621044,(13:0.0059186818,(14:6.09E-8,20:0.0038593539):0.0018917241):0.0068495921):0.0081299289):0.0141660772,26:0.0141660772); TREE 'CDC132_phyml_genetree' = [&R] ((((6:0.0119815487,(4:0.0072799697,(5:0.0097313207,(1:0.0024154489,7:0.0024125151):1.545E-7):1.303E-7):0.0078386721):0.0101696273,(2:0.0112784479,(3:0.0174461214,(22:0.0125375343,8:0.0148026882):2.552E-7):0.0062431312):0.0017355968):0.0340129308,(((15:0.0026416017,17:0.0133169778):0.0094781831,((10:0.0078763213,21:7.52E-8):0.0093794495,(16:0.0234528652,(18:0.0104928482,(((11:0.002600129,12:1.0E-10):0.0052212805,(9:0.0105465477,23:0.0106576629):0.002642633):0.005232561,(25:0.0131931423,(19:0.0078940797,24:1.303E-7):0.0132643976):0.0025333966):0.0052709062):9.730091E-4):0.0053758493):0.0024383198):0.0167531949,(13:0.0063740142,(14:0.0160667257,20:0.0027701816):0.0152338102):0.031030748):0.0253272829):0.0392163528,26:0.0392163528); TREE 'AB4_phyml_genetree' = [&R] (((22:0.0099127864,(3:1.0E-10,((2:0.005012671,6:0.0151648333):0.0049041494,(7:1.0E-10,(4:1.0E-10,(1:1.0E-10,(5:0.0049362802,8:0.0099134059):1.949E-7):2.594E-7):2.209E-7):0.0049527493):2.629E-7):2.664E-7):0.0098275423,((14:0.004942413,(13:0.0152590863,20:1.0E-10):2.423E-7):0.0100680966,(15:1.0E-10,(17:1.0E-10,((18:0.0049393743,(9:1.0E-10,(25:1.0E-10,(23:0.0049403218,(11:0.0049397307,(12:1.0E-10,(19:1.0E-10,24:0.0050014204):0.0049397474):1.995E-7):2.335E-7):1.815E-7):2.328E-7):2.013E-7):2.611E-7,(16:0.0151387903,(10:0.0101809597,21:0.0099173556):0.015309954):0.0048824121):0.0049409058):2.571E-7):0.0098767993):0.0157611155):0.01531256945,26:0.01531256945); TREE 'AL06_phyml_genetree' = [&R] (((16:0.0048280336,(((19:1.0E-10,24:1.0E-10):0.004680789,(25:0.0023231669,(15:0.004782716,17:0.0023134391):0.0120116916):1.247E-7):0.0023256934,(18:0.0046626925,((12:1.0E-10,(23:0.0022959379,(9:0.0022804983,11:1.0E-10):0.0022922492):6.52E-8):0.0070017215,(10:1.559E-7,21:0.009529097):0.0046794044):0.0023683113):1.203E-7):0.0022367292):0.0097285818,(((3:0.0024583167,22:0.0050530358):0.0024686741,((2:0.002470786,6:0.0100603836):0.0024653641,(8:0.0078219764,(5:1.338E-7,(7:1.0E-10,(1:0.0023774212,4:0.0023690043):1.148E-7):0.0023760134):0.0102415482):0.0022911032):1.669E-7):0.005005411,(13:0.0048755306,(14:1.0E-10,20:1.417E-7):0.0072132852):0.0225281447):6.84E-7):0.018523508,26:0.018523508); TREE 'PTPN12_phyml_genetree' = [&R] 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