#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 18, 2024; 13:12 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Cho G., Lee S., & Boo S. 2004. A new brown algal order, Ishigeales (Phaeophyceae), established on the basis of plastid protein-coding rbcL, psaA, and psbA region comparisons. Journal of Phycology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1186] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=38; TAXLABELS Adenocystis_utricularis Alaria_crassifolia Analipus_japonicus Ascophyllum_nodosum Asperococcus_fistulosus Carpomitra_costata Chorda_filum Chordaria_flagelliformis Colpomenia_sinuosa Cutleria_cylindrica Delamarea_attenuata Desmarestia_sp. Dictyosiphon_foeniculaceus Dictyota_sp. Ectocarpus_sp. Fucus_vesiculosus Halopteris_filicina Hydroclathrus_clathratus Ishige_okamurae_Japan Ishige_okamurae_Korea Ishige_sinicola_Japan Ishige_sinicola_Korea Laminaria_digitata Myelophycus_simplex Petalonia_fascia Punctaria_latifolia Pylaiella_littoralis Saccorhiza_polyschides Sargassum_horneri Schizocladia_ischiensis Scytosiphon_lomentaria Scytothamnus_australis Sphacelaria_divaricata Splachnidium_rugosum Sporochnus_radiciformis Syringoderma_phinneyi Tribonema_aequale Zonaria_diesingiana ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=70; TAXLABELS Adenocystis_utricularis Alaria_crassifolia Alethocladus_corymbosus Analipus_japonicus Ascophyllum_nodosum Asperococcus_fistulosus Asterocladon_lobatum Asteronema_rhodochortonoides Caepidium_antarcticum Carpomitra_costata Chnoospora_implexa Chorda_filum Chordaria_flagelliformis Choristocarpus_tenellus Coelocladia_arctica Colpomenia_sinuosa Cutleria_cylindrica Cutleria_multifida Delamarea_attenuata Desmarestia_ligulata Desmarestia_sp. Desmarestia_viridis Dictyosiphon_foeniculaceus Dictyota_dichotoma Dictyota_sp. Ectocarpus_sp. Elachista_fucicola Fucus_vesiculosus Geminocarpus_austrogeorgiae Giraudia_sphacelarioides Halopteris_filicina Haplospora_globosa Himantothallus_grandifolius Hummia_onusta Hydroclathrus_clathratus Ishige_okamurae_Japan Ishige_okamurae_Korea Ishige_sinicola_Japan Ishige_sinicola_Korea Isthmoplea_sphaerophora Laminaria_digitata Microzonia_velutina Myelophycus_simplex Myriotrichia_clavaeformis Onslowia_endophytica Petalonia_fascia Phaeothamnion_confervicola Phyllariopsis_brevipes Punctaria_latifolia Pylaiella_littoralis Rosenvingea_intricata Saccorhiza_polyschides Sargassum_horneri Schizocladia_ischiensis Scytosiphon_lomentaria Scytothamnus_australis Sphacelaria_divaricata_Japan Sphacelaria_divaricata_Korea Sphaerotrichia_divaricata Splachnidium_rugosum Sporochnus_radiciformis Streblonema_maculans Striaria_attenuata Syringoderma_phinneyi Tilopteris_mertensii Tribonema_aequale Utriculidium_durvillei Verosphacela_ebrachia Zanardinia_prototypus Zonaria_diesingiana ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Adenocystis_utricularis Alaria_crassifolia Analipus_japonicus Ascophyllum_nodosum Asperococcus_fistulosus Carpomitra_costata Chorda_filum Chordaria_flagelliformis Colpomenia_sinuosa Cutleria_cylindrica Delamarea_attenuata Desmarestia_sp. Dictyosiphon_foeniculaceus Dictyota_sp. Ectocarpus_siliculosus Ectocarpus_sp. Fucus_vesiculosus Halopteris_filicina Hydroclathrus_clathratus Ishige_okamurae_Japan Ishige_okamurae_Korea Ishige_sinicola_Japan Ishige_sinicola_Korea Laminaria_digitata Myelophycus_simplex Petalonia_fascia Punctaria_latifolia Pylaiella_littoralis Saccorhiza_polyschides Sargassum_horneri Schizocladia_ischiensis Scytosiphon_lomentaria Scytothamnus_australis Sphacelaria_divaricata Splachnidium_rugosum Sporochnus_radiciformis Syringoderma_phenneyi Tribonema_aequale Zonaria_diesingiana ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=38; TAXLABELS Adenocystis_utricularis Alaria_crassifolia Analipus_japonicus Ascophyllum_nodosum Asperococcus_fistulosus Carpomitra_costata Chorda_filum Chordaria_flagelliformis Colpomenia_sinuosa Cutleria_cylindrica Delamarea_attenuata Desmarestia_sp. Dictyosiphon_foeniculaceus Dictyota_sp. Ectocarpus_sp. Fucus_vesiculosus Halopteris_filicina Hydroclathrus_clathratus Ishige_okamurae_Japan Ishige_okamurae_Korea Ishige_sinicola_Japan Ishige_sinicola_Korea Laminaria_digitata Myelophycus_simplex Petalonia_fascia Punctaria_latifolia Pylaiella_littoralis Saccorhiza_polyschides Sargassum_horneri Schizocladia_ischiensis Scytosiphon_lomentaria Scytothamnus_australis Sphacelaria_divaricata Splachnidium_rugosum Sporochnus_radiciformis Syringoderma_phinneyi Tribonema_aequale Zonaria_diesingiana ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M163] TITLE Ishige_39_psbA; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=885; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Adenocystis_utricularis 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TGGGGAACTTTTGCTACATGGATTACTAGTACTGAAAATCGCTTATACATTGGTTGGTTTGGTTGTTTAATGATTCCTACATTATTAACAGCTACATCTTGCTATATTATTGCTTTTATCGCAGCACCACCTGTAGATATAGATGGTATTCGTGAACCAGTTGCTGGATCATTATTATATGGAAACAACATCATCAGTGGTGCTGTTATTCCAAGTTCTAACGCTATTGGTATTCACTTTTACCCTATCTGGGAAGCTGCTTCAGTAGAAGAATGGTTATACAATGGTGGTCCTTACCAATTAATCGTATTACATTTCTTATTAGGTGTTGCTAGTTATATGGGTCGTGAATGGGAACTTAGCTACCGTTTAGGTATGCGTCCTTGGATTTTCGTAGCATTCTCTGCTCCAGTAGCAGCAGCTTCTGCTGTATTCTTAGTATACCCTATCGGTCAAGGTAGCTTCTCTGATGGTATGCCTTTAGGAATTTCAGGTACATTCAACTTCATGATCGTATTCCAAGCTGAGCACAACATTTTAATGCACCCATTCCACATGGCTGGTGTAGCTGGTGTATTTGGTGGTTCTTTATTTAGTGCTATGCACGGTTCATTAGTAACTTCAAGTTTAATCCGTGAAACAAGTGAAAACGAATCTGTAAACTACGGTTACAAATTCGGACAAGAAGAAGAAACTTACAACATTGTAGCTGCACATGGTTACTTTGGTCGTTTAATTTTCCAATACGCTAGTTTCAACAACTCTCGAGCTTTACATTTCTTCCTTGCAGCATGGCCTGTAGTTGGTATTTGGTTAACTGCTTTAGGTATTAGTACAATGGCATTTAACTTAAATGGTTTCAACTTTAACCAATCTGTAGTAGAT Ectocarpus_siliculosus TGGGGAACATTTGCTACTTGGATTACTAGTACTGAAAACCGTTTATACATTGGTTGGTTTGGTTGTTTAATGATCCCTACGTTATTAACAGCAGCTTCTTGTTATATTATTGCTTTTATCGCAGCACCGCCTGTAGATATCGATGGTATTCGTGAGCCTGTAGCTGGATCTTTATTATACGGAAACAACATCATTAGTGGTGCTGTTATACCTAGTTCAAACGCAATCGGTATTCATTTTTACCCAATTTGGGAAGCTGCTTCAATTGAAGAATGGTTATACAACGGTGGTCCTTACCAATTAATCGTATTCCATTTCTTAATTGGTGTTGCTTGTTGGATGGGTCGTGAATGGGAACTTAGCTACCGTTTAGGTATGCGTCCTTGGATTTTCGTAGCATTCTCTGCTCCAGTAGCAGCAGCTTCTGCAGTATTCTTAGTTTACCCTATCGGTCAAGGTAGTTTCTCAGATGGTATGCCATTAGGTATTTCTGGTACATTTAACTTCATGATCGTTTTCCAAGCAGAACATAACATTTTAATGCGCCCATTCCATATGGCTGGTGTTGCTGGTGTTTTTGGTGGTTCATTATTCAGTGCTATGCATGGATCTTTAGTAACTTCAAGTCTTATTCGTGAAACAAGCGAAGTTGAGTCTGTTAACTACGGTTACAAATTCGGCCAAGAAGAAGAAACTTATAACATCGTAGCTGCACATGGTTACTTCGGACGTTTAATTTTCCAATATGCTAGTTTTAACAACTCTCGAGCTTTACATTTCTTCCTTGCAGCATGGCCTGTAGTTGGAATTTGGTTAACAGCTTTAGGTGTAAGTACTATGGCATTCAACTTAAACGGTTTCAACTTTAACCAATCAGTTGTTGAT Ectocarpus_sp. 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TGGGAACGTTTCTCTTCTTGGATCACTAGTACTGAAAACCGTTTATACATTGGTTGGTTTGGGGTACTAATGATCCCTACATTATTAACAGCAACATCTTGTTATATTATAGCTTTTATTGCGGCTCCACCAGTAGATATTGATGGTATTCGTGAACCTGTCGCTGGATCATTATTATATGGAAACAACATTATCAGTGGTGCAGTAATACCTAGTTCGAATGCAATCGGCATTCACTTTTATCCTATTTGGGAAGCAGCATCAGTAGACGAATGGTTATATAATGGTGGTCCTTACCAATTAATTGTATTCCATTTCTTATTAGGTGTAGCTTGTTGGATGGGTCGTGAATGGGAACTTAGCTACCGTTTAGGTATGCGTCCTTGGATTTTTGTTGCCTTTTCAGCTCCTGTGGCAGCAGCTTCTGCAGTATTCTTAGTATACCCAATTGGTCAAGGTAGTTTTTCTGATGGTATGCCTCTGGGTATTTCTGGAACATTTAACTTTATGATTGTATTCCAAGCAGAACACAATATTTTAATGCACCCATTCCATATGGCAGGGGTAGCAGGTGTATTCGGTGGTTCTCTATTTAGTGCTATGCATGGTTCTTTAGTTACGTCAAGTTTAATTCGTGAAACAAGTGAATTTGAATCTGTAAACTATGGTTATAAATTTGGTCAAGAGGAAGAGACATATAACATTGTAGCTGCACATGGTTACTTTGGGCGTTTAATTTTCCAATATGCTAGTTTTAACAATTCTCGTGCTCTACACTTCTTTTTAGCAGCATGGCCTGTTGTAGGAATTTGGTTAACATCATTAGGTGTAAGTACAATGGCCTTCAATTTAAATGGTTTTAACTTTAACCAATCTATTGTAGAT Scytosiphon_lomentaria TGGGGAACATTTGCTACTTGGATTACTAGTACTGAAAACCGTTTATACATTGGTTGGTTTGGTTGTTTAATGATTCCTACATTATTAACAGCAGCTTCTTGTTATATCATCGCTTTCATCGCAGCTCCACCTGTAGATATCGATGGTATTCGTGAGCCTGTAGCTGGATCTTTATTATACGGTAACAACATCATCAGTGGTGCTGTTATACCTAGTTCAAACGCAATTGGTGTTCATTTCTACCCAATTTGGGAAGCTGCTTCAATTGAAGAGTGGTTATACAATGGTGGTCCTTACCAATTAATCGTATTCCATTTCTTAATCGGTGTTGCTTGTTGGATGGGTCGTGAGTGGGAACTAAGCTACCGTTTAGGTATGCGTCCTTGGATTTTCGTAGCATTCTCTGCTCCAGTAGCAGCAGCTTCTGCAGTATTCCTAGTTTACCCAATCGGACAAGGTAGTTTCTCTGATGGTATGCCTTTAGGTATTTCAGGTACATTTAACTTCATGATTGTTTTCCAAGCAGAACATAACATTTTAATGCACCCATTCCATATGGCTGGTGTTGCTGGTGTTTTTGGTGGTTCTTTATTCAGTGCTATGCACGGATCTTTAGTAACTTCAAGTCTAATTCGTGAAACAAGCGAAGTTGAATCTGTTAACTACGGTTACAAATTCGGTCAAGAAGAAGAAACTTACAACATCGTAGCTGCTCATGGTTACTTTGGTCGTTTAATATTCCAGTATGCTAGTTTCAACAACTCTAGAGCTTTACATTTCTTCCTTGCAGCATGGCCTGTAGTTGGAATTTGGTTAACAGCTTTAGGTGTAAGTACTATGGCATTCAACTTAAACGGTTTTAACTTCAACCAATCTGTTGTGGAT Scytothamnus_australis 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2510] TITLE Ishige_38_psaA_psbA_rbcL; LINK TAXA = Taxa4; DIMENSIONS NCHAR=3840; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Alaria_crassifolia 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Analipus_japonicus 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Ascophyllum_nodosum 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Asperococcus_fistulosus 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Carpomitra_costata 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Halopteris_filicina 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Hydroclathrus_clathratus 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Scytosiphon_lomentaria 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Splachnidium_rugosum 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Alaria_crassifolia 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Alethocladus_corymbosus 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Asperococcus_fistulosus 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Asterocladon_lobatum 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Caepidium_antarcticum 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Chordaria_flagelliformis 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Choristocarpus_tenellus 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Cutleria_cylindrica 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Cutleria_multifida 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Delamarea_attenuata ATGCCTGAAGATGTGCAGAATCGAACTCGAATAAAAAGTGAACGTTATGAATCAGGTGTTATCCCATATGCCAAAATGGGCTACTGGGATGCTGATTATAATGTTAAAGAAACTGATATTCTAGCTCTTTTTCGTATCACTCCACAACCAGGCGTAGATCCCGTTGAGGCTGCTGCTGCTGTTGCCGGTGAATCTTCTACTGCAACATGGACAGTAGTTTGGACAGATTTATTAACTGCTTGTGATATTTATAGAGCGAAAGCATATAGAGTAGATCCCGTACCTGGAACAAGTGATCAATTCTTTGCTTATATAGCTTACGAATGTGATTTATTTGAAGAAGGTTCTCTTGCTAACTTAACAGCATCTATTATTGGTAACGTTTTCGGTTTTAAAGCTGTTAAAGCGTTACGTTTAGAAGATATGAGAATTCCTTATGCTTACTTAAAAACTTTCCAAGGTCCAGCGACAGGTGTTGTTGTGGAAAGAGAAAGGTTAGATAAATTTGGCCGTCCTTTATTAGGGGCTACTGTAAAACCTAAATTAGGTCTTTCTGGTAAAAACTACGGACGTGTTGTTTATGAAGGTTTAACTGGTGGTCTTGATTTCCTTAAGGATGATGAAAATATTAACTCACAACCATTCATGCGTTGGAAAGAACGTTTTCTATACTGTATGGAAGGTGTTAACCGTGCTGCAGCTGCAACCGGTGAAGTTAAAGGGTCTTACTTAAATATTACTGCCGCAACTATGGAACAAATGTATGAACGTGCAGAATATGCACATTCTATTGGTTCAGTTATTGTAATGATCGATTTAGTTATCGGTTATACAGCAATCCAAAGTATGGCAATCTGGGCACGTAAATATGAAATGATTTTACATTTACATCGTGCAGGAAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAAAACCACGGTATTAACTTCCGAGTTATTTGTAAATGGATGCGTATGTGTGGTGTAGACCATATTCATGCTGGTACTGTAGTTGGTAAATTAGAAGGAGATCCTTTAATGGTTAAAGGTTTCTACAATAGTTTATTATTAACTCATTTAAAAATTAATCTAGCTGAAGGTTTATTCTTCGATATGGATTGGGCAGCTCTTAGAAAATGTGTTCCTGTAGCTTCTGGTGGTATCCATTGTGGCCAAATGCACCAACTTCTTTATTATTTAGGAGATGATGTGGTTCTACAATTTGGTGGTGGTACTATTGGTCATCCAGATGGTATTCAATCAGGTGCAACAGCAAACCGTGTAGCTTTAGAATCTATGGTTCTAGCTCGTAACGAAGGACGTGATTATGTAGGTGAAGGTCCTGAAATTTTACGTAGAGCTGCAACTACTTGTGGTCCTTTAAAAGCAGCTTTAGATTTATGGAAAGACATTACTTTCGATTACACTTCAACAGATACACCTGATTTCGTTGAAGTTGCAACAGAAAGTAGATAA Desmarestia_ligulata ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTAGTTTGGACGGATTTATTAACGGCTTGCGATATCTATAGAGCGAAAGCTTATAGAGTGGATCCTGTACCTGGCACAAGTGATCAATTTTTTGCTTATGTAGCTTACGAATGTGATTTATTTGAAGAAGGTTCTCTGGCTAACTTAACAGCATCTATCATTGGTAATG??TTCGGTTTTAAAG?GG{GT}TAAAGCTTTACGTTTAGAGGATATGAGAATTCCTTTCGCTTATTTAAAAACTTTCCAAGGACCCGCAACAGGTGTTATCGTGGAAAGAGAAAGATTAGACAAATTTGGTCGTCCTTTATTAGGAGCTACTGTAAAACCTAAATTAGGTCTTTCAGGTAAAAACTATGGACGTGTTGTTTATGAAGGTTTACGTGGCGGTCTTGATTTCCTTAAAGATGATGAAAACATTAACTCACAACCTTTCATGCGTTGGAAAGAACGTTTCCTATACTGTATGGAAGGTGTTAACCGTGCTGCTGCT??AACAGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACCTTAACGTAACTGCTGCAACAATCGAACAAATGTATGAGCGTGCAGAATATGCTCATGCAATTGGTAGTGTTATTGTGATGGTCGATTTAGTTATCGGTTACACAGCTATTCAAACAATGGCTATTTGGGCTCGAAAAGCTGAAATGATTTTACATTTACATCGTGCTGGTAACTCTACTTATGCACGTCAAAAAAACCATGGTATCAACTTCAGGGTTATTTGTAAATGGATGCGTATGTGTGGTGTAGACCATATTCATGCTGGTACAGTTGTAGGTAAACTAGAAGGAGATCCTTTAATGGTTAGAGGTTTCTACAACAGTTTATTATTAACTCAACTAAAAGTTAATTTAGCAGAAGGTTTATTCTTCGACATGGATTGGGCGTCACTTAGAAAATGTGTTCCTGTAGCTTCTGGTGGAATCCATTGTGGTCAAATGCACCAACTTCTTTATTACTTAGGTGATGATGTAGTTCTACAATTTGGTGGTGGTACAATTGGTCACCCTGATGGTATCCAAGCAGGTGCTACAGCAAATCGTGTTGCTTTAGAAGCAATGGTTTTAGCCCGTAATGAAGGACGTGATTATGTAGGCGAAGGCCCTGAAATCTTACGTAACGCTGCAAGCACTTGTGGTCCTTTAAAAGCAGCTTTAGATTTATGGAAAGATATTACTTT{CG}GAGTATACATCAACAGATACACCTGATTT?GTTGAAGTTGCAACTGAAAGTAAATAA Desmarestia_sp. 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Desmarestia_viridis 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Dictyosiphon_foeniculaceus 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Dictyota_sp. 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Ectocarpus_sp. 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Elachista_fucicola 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Fucus_vesiculosus 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Geminocarpus_austrogeorgiae 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Giraudia_sphacelarioides 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Halopteris_filicina 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Haplospora_globosa 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Himantothallus_grandifolius 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Hummia_onusta 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Myelophycus_simplex 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Myriotrichia_clavaeformis 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Onslowia_endophytica 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Scytosiphon_lomentaria 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Striaria_attenuata 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Utriculidium_durvillei ATGCCTGAAGATGTGCAGAATCGAACTCGAATAAAAAGTGAGCGTTACGAATCAGGTGTTATCCCATATGCAAAAATGGGCTACTGGGATGCTGATTATAACGTTAAACAAACTGATATTCTAGCTCTTTTTCGTATCACACCACAACCAGGCGTAGATCCTGTTGAGGCTGCCGCTGCTGTTGCTGGTGAATCTTCCACTGCAACATGGACGGTAGTTTGGACAGATTTATTAACTGCTTGTGACATTTATAGAGCAAAAGCATATAGAGTAGATCCGGTACCGGGAACAAGTGATCAATTCTTTGCTTATATAGCTTACGAATGTGATTTATTTGAAGAAGGTTCGCTTGCTAACTTAACTGCGTCAATTATTGGTAACGTTTTCGGTTTCAAAGCTGTTAAAGCATTACGTTTAGAAGACATGAGAATTCCTTATGCTTACTTAAAAACTTTCCAAGGACCGGCTACAGGTGTAGTTGTAGAGAGAGAAAGATTAGATAAATTTGGACGTCCGTTACTAGGAGCGACTGTAAAACCTAAATTAGGTCTGTCCGGTAAAAACTATGGACGTGTTGTTTACGAAGGTTTAACTGGTGGTCTTGATTTCCTGAAGGATGATGAAAATATTAACTCACAACCCTTCATGCGTTGGAAAGAGCGTTTCTTATACTGTATGGAAGGTGTTAACCGAGCTGCCGCTGCAACTGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACCTAAATATTACAGCAGCAACTATGGAAGAAATGTACCAACGTGCAGAATATGCTCATTCAATTGGTTCAGTTATTGTTATGATCGATTTAGTTATCGGTTATACTGCAATTCAAAGTATGGCAATTTGGGCACGAAAAGCCGAAATGATTTTACATTTACATCGTGCTGGTAACTCAACTTATGCTCGCCAAAAAAACCATGGTATTAACTTCCGAGTTATTTGTAAATGGATGCGTATGTGTGGTGTAGATCATATCCATGCAGGTACTGTAGTTGGTAAATTAGAGGGAGATCCTCTAATGGTAAAAGGTTTCTACAACAGTTTATTATTAACTCATTTAAAAATTAACCTAGCAGAAGGTTTATTCTTTGATATGGATTGGGCGGCTCTTAGAAAATGTGTTCCTGTAGCTTCTGGAGGAATCCATTGTGGTCAAATGCACCAACTTCTTTATTACTTAGGTGATGATGTAGTTCTACAATTTGGTGGTGGTACTATTGGTCATCCGGATGGTATCCAATCAGGTGCAACAGCAAACCGTGTTGCTTTAGAATCTATGGTTTTAGCTCGTAACGAAGGACGCGACTATGTTGGCGAAGGTCCAGAAATTTTACGTAAAGCTGCAACTAGTTGTGGTCCTTTAAAAGCAGCTTTAGACTTATGGAAAGATATTACTTTTGATTATACTTCAACTGATACACCTGACTTCGTAGAAACTGCGACAGAAAGTAGATAA Verosphacela_ebrachia ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGTTGTTTGGACCGATTTATTAACAGCTTGTGATATCTATAGAGCAAAAGCTTACCGAGTAGATCCTGTACCTGGAACAAGTGATCAATTCTTCTCTTACATTGCTTATGAATGTGATTTATTTGAAGAAGGTTCTCTTGCGAATTTAACAGCTTCTATTATCGGTAACGTTTTTGGCTTTAAAGCTGTTAAAGCTTTACGTCTAGAAGATATGAGAATTCCTTATGCATACTTAAAAACTTTCCAAGGCCCTGCAACAGGTGTGATCGTAGAGAGAGAAAGATTAGACACATTTGGTCGTCCTTTATTAGGAGCTACTGTAAAACCTAAATTAGGACTTTCAGGAAAAAACTATGGACGAGTGGTATATGAAGGGTTAAGAGGGGGTCTTGATTTCTTAAAAGATGACGAGAACATTAATTCTCAACCATTCATGCGTTGGAAAGAACGTTACCTATATTGTATGGAGGGTGTAAACCGTGCTGCTGCTGCAACAGGTGAAGTTAAAGGTACATACCTTAACGTAACTTCTGCTACAATGGAAAATATGTATGAGCGTGCAGAATACGCTAATGCAGTTGGTACTGTTATTGTAATGATTGATTTAGTAATTGGTTACAGTGCAATCCAAACTATGGCTATTTGGGCAAGAAAAGCTCAAATGATTTTACATTTACACCGTGCAGGTAATTCTACATATGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATTAACTTCCGTGTTATTTGTAAATGGATGCGTATGGCGGGTGTAGATCATATCCATGCTGGTACTGTTGTTGGTAAATTAGAAGGTGACCCATTAATGGTTAAAGGTTTCTATAATACTCTATTATTATCTGAGTTAAAAGTTAACTTAGCCGAAGGTCTTTTCTTTGATATGGATTGGGCATCACTTAGAAAATGTGTACCTGTAGCTTCCGGGGGCATTCATTGTGGCCAAATGCACCAACTTCTTTACTATTTAGGGGATGATGTAGTACTACAATTTGGTGGTGGTACAATTGGACACCCTGATGGTATTCAACCAGGTGCTACAGCTAACCGTGTAGCTTTAGAAGCTATGGTTTTAGCTCGTAATGAAGGTCGTGATTATGTTGCAGAAGGTCCAGAAATTTTACGTACAGCAGCTAAAAACTGTGGACCTTTAAAAACAGCATTAGACTTATGGAAAGATATTACATTCGAATATACTTCAACTGATACACCTGATTTCGTTGAAGTTGCAACAGAAAGTAAATAA Zanardinia_prototypus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GATATTTTAGCGCTATTTCGTATAACTCCACAACCGGGTGTTGACCCTGTTGAAGCCGCTGCAGCTGTTGCCGGTGAATCTTCTACTGCAACATGGACGGTAGTTTGGACAGATTTATTAACAGCTTGTGACATCTATAGAGCAAAAGCTTATCGAGTTGATCCAGTACCTGGAACAAATGATCAGTATTTTGCATATATAGCATATGAATGTGATCTATTTGAGGAAGGTTCACTTGCCAACTTAACGGCATCTATCATTGGTAATGTTTTCGGTTTTAAAGCTGTTAAAGCATTACGTTTAGAAGATATGAGAATTCCTTTCGCTTACTTAAAAACTTTCCAAGGACCTGCAACTGGTGTAATTGTGGAAAGAGAAAGATTAGACAAATTTGGACGTCCTCTATTAGGAGCGACTGTAAAACCTAAGTTAGGTCTATCAGGTAAAAACTACGGACGTGTGGTTTACGAAGGATTAACTGGTGGTCTTGATTTCCTTAA???????????????????TCACAACCATACATGCGTAGAGA?????????????????????????????????????????????????????GTGAAGTT{AT}A{AC}GGTTCTTACCT{GT}AACGTTACAGCTTCAACAATGGAACAAATGTATGAACGTGCAGAATATTCTCACGCAGTTGGTAGTGTTATTTGTATGATTGATTTAGTTGTTGGTTACACAGCTATTCAAACTATGGCAATTTGGGCACGAAAAGCTGAAATGATTTTACATTTACATCGTGCTGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAAAACCATGGTATTAACTTCAGGGTTATTTGTAAATGGATGCGTATGTGTGGTGTAGACCACATCCATGCTGGTACGGTTGTAGGAAAATTAGAGGGAGATCCTTTAATGGTCAGAGGATTCTACAATACGTTATTATTAACTCAGTTAAAAATTAATTTAGCTGAAGGTTTATTCTTCGACATGGATTGGGCATCTCTTAGAAAATGTGTTCCTGTAGCTTCAGGTGGTATCCATTGTGGTCAAATGCACCAACTTCTTTACTACTTAGGTGACGACGTAGTTCTACAATTTGGTGGTGGTACAATTGGTCATCCTGATGGTATTCAAGCAGGTGCTACAGCAAACCGTGTTGCTTTAGAGGCTATGGTTTTAGCACGTAATGAAGGCC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Zonaria_diesingiana ????????????????????????????????????AGTGAACGTTATGAATCAGGTGTAATTCCCTACGCTAAAATGGGATACTGGGATGCTGATTATAACGTTAAAGAAACAGATATCCTAGCTCTATTCCGAATCACACCTCAGCCAGGCGTTGATCCCGTAGAGGCTGCTGCCGCAGTAGCTGGAGAATCTTCAACTGCTACATGGACTGTTGTTTGGACTGACTTATTAACAGCCTGCGACATTTATCGAGCAAAAGCCTATCGTGTAGATCCTGTCCCCGGAACGAATGATCAATTCTTTGCATATATAGCATATGAATGTGATTTATTTGAAGAAGGTTCCCTAGCTAACCTAACTGCTTCAATTATTGGAAACGTATTTGGATTTAAAGCTGTGAAGGCTTTACGTTTAGAAGATATGAGAATTCCGTTTGCATACTTAAAAACGTTCCAAGGGCCAGCTACAGGTGTGATTGTAGAAAGAGAAAGATTAGATAAGTTTGGTCGTCCATTATTAGGTGCAACAGTGAAGCCTAAATTAGGTCTTTCAGGGAAAAACTATGGCCGTGTAGTATATGAAGGTTTAAGAGGTGGTCTTGATTTTTTAAAAGATGATGAAAATATTAATTCACAACCTTTTATGCGTTGGAAAGAACGTTACCTTTATTGTATGGAAGGTGTAAATCGTGCTGCTGCTGCAACAGGAGAAGTTAAAGGTTCATATTTAAATGTAACTTGTGCCATAATGGAGCAAATGTATGAACGTGCAGATTATGCATATTCTTTAGGTACAGTAATTGTTATGATCGATTTAGTTATTGGTTATAGCGCCATCCAAACTATGGCAATTTGGGCGCGAAAAGCTCAAATGATCTTACATTTACACCGTGCCGGTAATTCTACTTATGCTCGTCAAAAAAACCACGGTATTAACTTCCGTGTAATTTGTAAATGGATGCCTATGGCTGGGGTTGACCATATTCATGCCGGAACAGTTGTAGGAAAATTAGAAGGTGATCCACTAATGGTACGTGGTTTCTATAACACATTATTATTAACAGAATTAAAGGTAAATTTAGCGGAAGGTTTATTCTTTGATATGGATTGGGCATCTCTTCGTAAATGTGTTCCAGTAGCTTCTGGTGGAATTCATTGTGGTCAAATGCATCAGCTTTTATACTATTTAGGTGATGATGTAGTGTTACAATTTGGAGGGGGTACAATTGGACACCCTGATGGTATTCAATCAGGTGCAACAGCAAACCGTGTTGCCTTAGAAGCTGTGGTTCTAGCTAGAAATGAAGGACGTGATTACGTTAGCGAAGGTCCAGAAATCTTACGTACGGCTGCTGCTACTTGTGCACCTTTAAAAACGGCCCTAGATTTATGGAAGGATATTACCTTTAACTACACATCGACGGATACACCTGATTTCGTTGAAGTTCCTACAGGGAGTAAGTAG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Ishige_70_rbcL) = 1: 1-1465\3, 2: 2-1466\3, 3: 3-1467\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Ishige_70_rbcL) = 1: 1-1465\3, 2: 2-1466\3, 3: 3-1467\3; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Alaria_crassifolia 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Analipus_japonicus 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Ascophyllum_nodosum 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Asperococcus_fistulosus 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Chorda_filum ACTCAAACAAATTCTTTAGAAGAAGTCTCTAGAAAAATTTTTAGTGCCCATTTTGGGCAACTTGCAATAATATTTTTATGGATAAGTGGGATGCATTTCCATGGTGCTTATTTTTCAAATTATTTAGCATGGTTAAATAACCCTATTAGTATTAAACCTAGTGCCCAAGTGGTTTGGCCAATTGTTGGTCAAGAAATCTTAAATGGAGACGTAGGTGGTAATTTTCAAGGTGTTCAAATAACATCTGGATTTTTTCAACTATGGCGTGCTGAAGGCATAACAAGTGAAATTGAATTGTATTGGACGGCTATTGGGGGATTAATAATGTCTGGATTAATGCTATTCGGAGGTTGGTTCCATTACCATAAAGCTGCGCCAAAATTAGAATGGTTTCAAAATGCAGAATCGATGTTAAACCATCATCTATCTGGATTATTAGGCTTAGGTTGTCTTTCTTGGTCAGGTCATCAAATTCATATAGCTTTACCTATTAATAAGTTATTAGACGCTGGTGTAGCTTCACAAGAAATTCCTTTACCTTATGAGTTCATTATCAATCGTGAGCTTATGGGTCAATTATACCCAAGTTTTAAAAAAGGCCTAGTTCCTTTTTTCTCATTAAATTGGGGTGAATATTCTGATTTTTTAACCTTTAAAGGTGGATTAAATCCTGTAACAGGTGGACTTTGGTTAAGTGATACTGCTCATCACCATTTAGCTTTAGCAGTATTATTTATTATTGCGGGACATATGTATCGCACAAATTGGGGAATTGGTCATAGTATGAAAGAAATTTTAGAAGCTCATAAAGGACCCTTTACTGGGGCTGGCCATACTGGTCTTTATGAAATTTTAACAACATCTTGGCATGCTCAGCTTGCAATTAATTTAGCAATGATGGGATCACTTAGTATTATTGTTGCTCACCATATGTATGCGATGCCACCTTATCCATATATTGCAACAGATTATGCAACACAACTTTCATTATTTACTCACCATATGTGGATTGGAGGTTTTTGTATTGTAGGTGGTGCGGCCCACGGAGCAATTTTTATGGTTCGTGATTATAACCCAGCAAAAAACTACAATAATTTGTTAGATAGAGTTATCCGTCATAGAGATTCTATTATTTCTCATTTAAATTGGGTTTGTATTTTTTTAGGTTTCCATAGTTTTGGTCTATATATACATAATGACACAATGAGAGCGTTAGGGCGAGCTCCTGATATGTTTTCTGATACAGGGATTCCTTTAAAACCTATTTTTGCACAAGCTATTCAAAATTTACATCTAGTAGCACCAAGCAGCACTGCACCAAATGCTCTAACAACAGCAAGTTATGTTTTTGGCGGTGATATTGTTTCTATTGGGTCAAAAATTGCTATAATGCCAATAAAATTAAGTACAGCTGATTTTATGGTTCACCATATCCATGCTTTTACAATTCATGTGACTGTTTTAATTTTATTAAAAGGTGTTTTATAT Chordaria_flagelliformis 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Colpomenia_sinuosa 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Cutleria_cylindrica 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Delamarea_attenuata 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Desmarestia_sp. AGTCAAACAAACTCGTTAGAGGAAGTTTCTCGAAAAATTTTCAGTGCTCATTTTGGGCAATTAGCAATAATCTTTTTATGGATAAGTGGCATGCATTTTCATGGTGCTTACTTCTCAAATTACTTAGCTTGGTTAAATAACCCCGTTGGTATTAAGCCAAGTGCTCAAGTGGTTTGGCCGATTGTTGGACAAGAGATCTTAAATGCAGATGTTGGGGGTAATTTTCAAGGTATTCAAATAACATCCGGGTTCTTTCAACTATGGCGTGCCGAAGGTATAACAAGTGAAATTGAGTTATACTGGACTGCTATTGGAGGATTGATCATGTCGGGATTAATGTTATTTGGGGGTTGGTTCCACTATCATAAAGCTGCTCCCAAATTAGAGTGGTTTCAAAATGCGGAATCAATGTTAAATCATCATTTATCGGGCTTATTAGGACTAGGTTGTCTTGCTTGGTCTGGACATCAAATTCATATAGCATTACCTATTAATAAATTATTAGATGCTGGTGTTGCTTCGCAAGAAATTCCGTTACCATATGAGTTTCTTATTAATAGAGAATTAATTGCTCAATTATATCCAAGTTTTAATAAAGGTTTGGGTCCTTTCTTTTCATTTAATTGGGGGGAAAACTCTGATTTTTTAACATTTAAAGGCGGATTGAATCCTGTTACAGGTGGACTATGGTTAAGTGATATTGCTCATCACCATTTAGCATTAGCAGTTTTATTTATTGTTGCTGGTCATATGTATCGTACAAATTGGGGTATTGGACATAGCATGAAAGAAATCTTAGAAGCTCATAAAGGTCCTTTTACTGGTGCTGGTCACACAGGTCTGTATGAAATTTTAACAACTTCTTGGCATGCTCAACTAGCTATTAACTTAGCAATGATGGGATCATTAAGTATTATAGTAGCGCATCATATGTATGCTATGCCACCTTACCCTTATATTGCTACTGATTATCCAACACAACTTTCTTTGTTTACTCACCATATGTGGATCGGTGGTTTTTGTATTGTGGGTGGTGCTGCACATGGAGCAATTTTTATGGTTCGTGATTACAACCCAGCAAAAAATTATAATAATTTATTAGATAGGGTTGTTCGACATAGAGATTCAATTATTTCACATTTAAACTGGGTTTGTATCTTCCTAGGCTTCCATAGTTTCGGTCTTTATATCCATAATGATACAATGAGAGCATTAGGACGTTCTCCAGACATGTTTTCAGATACTGGTATTCCGTTAAAGCCTATTTTTGCACAAGCAATTCAAAATTTACATTTGTTAGCACCAAGTAGCACTGCTCCAAATGCTTTAACAACAGCGAGCTACGTTTTTGGTGGCGATATTGTTTCTGTTGGGTCTAAGATTGCAATAATGCCAATAAAATTAAGTACAGCTGATTTTATGGTTCATCATATTCATGCCTTTACGATTCATGTGACAGTCTTAATTCTATTAAAAGGTGTCTTATAT Dictyosiphon_foeniculaceus AGCCAAACAAATTCGCTAGAAGAAGTTTCTAGAAAGATTTTTAGTGCTCATTTTGGACAATTATCAATCATATTTTTATGGATAAGTGGAATGCATTTTCATGGTGCATATTTTTCTAATTATTTAGCGTGGTTAAATAATCCTATTAGTATTAAACCTAGTGCACAAGTTGTTTGGCCAATTGTTGGCCAAGAAATCTTAAATGGGGATGTAGGTGGTAATTTCCAAGGTGTTCAAATAACATCAGGATTTTTTCAATTATGGCGTGCTGAAGGTATAACAAGTGAAATTGAATTATATTGGACAGCTATTGGTGGATTAATCATGTCAGGATTAATGCTATTTGGCGGTTGGTTTCACTACCATAAAGCTGCACCAAAGCTAGAGTGGTTCCAAAACGCTGAATCAATGCTAAACCATCATTTATCTGGTTTATTAGGATTAGGTTGTCTTTCTTGGTCAGGACATCAAATTCATGTAGCATTACCTATTAATAAATTATTAGATGCTGGTGTTGCTTCGCAAGAAATTCCGTTGCCTTATGAATTCCTTATAAACCGAGAATTAATTGGTCAATTATACCCAAGCTTTAAAAAAGGCTTAGTACCTTTCTTTTCATTCCACTGGGGTGAATACTCTGATTTTCTAACATTTAAAGGCGGTTTAAATCCTGTAACAGGTGGACTTTGGTTAAGTGACACAGCACATCATCATTTAGCTTTAGCTGTTTTATTTATTGTTGCAGGCCATATGTATCGCACAAATTGGGGAATTGGTCATAGTATGAAAGAGATTTTAGAAGCACACAAAGGGCCGTTTACTGGTGCAGGCCACACAGGGCTATATGAAATTTTAACGACTTCTTGGCATGCCCAATTAGCAATTAATTTGGCTATGATGGGGTCATTAAGTATTATCGTTGCGCACCATATGTATGCGATGCCACCATACCCGTATATTGCAACTGATTATGCCACACAACTTTCTTTATTTACACATCATATGTGGATTGGGGGATTCTGTATTGTAGGTGGTGCTGCACATGGAGCAATCTTTATGGTTCGCGATTATAATCCAGCGAAGAATTATAATAATTTATTAGATAGAGTTGTCCGTCATAGAGATTCTATTATTTCTCATCTGAATTGGGTCTGTATCTTCTTAGGTTTTCATAGTTTTGGATTATATATACATAATGATACTATGAGAGCATTAGGACGCGCTCCTGATATGTTTTCTGATACAGGTATTCCTTTAAAACCAATTTTTGCTCAAGCAATTCAAAATTTACATTTATTAGCACCAGGTAGTACTGCACCAAATGCTTTAACAACAGCAAGTTATGTTTTTGGTGGTGATATTGTCTCTATTGGTTCGAAAATTGCAATAATGCCAATAAAATTAAGTACAGCAGATTTCATGGTTCACCATATCCATGCTTTTACAATTCATGTTACTGTTTTAATTCTATTAAAAGGTGTTTTATAT Dictyota_sp. 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Fucus_vesiculosus 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Halopteris_filicina 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Hydroclathrus_clathratus 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Schizocladia_ischiensis 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Scytosiphon_lomentaria 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Sphacelaria_divaricata 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Splachnidium_rugosum 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Sporochnus_radiciformis 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Syringoderma_phinneyi AGTCAAACAAACTCTTTAGAAGAAATTTCACGAAAAATTTTCAGTGCTCATTTTGGACAATTAGCAATAATATTCTTATGGATAAGCGGAATGCATTTTCATGGTGCATATTTTTCAAATTATTCAGCGTGGTTAAATAATCCCATCAGTATCAAACCTAGTGCACAGGTAGTTTGGCCAATTGTAGGTCAAGAAATTTTAAATAGTGATGTTGGAGGAAATTTTCAAGGTGTACAAATAACATCAGGGTTTTTTCAACTATGGCGAGCTGAAGGAATAACGAATGAAACCGAATTATACTGGACAGCTATTGGTGGATTAATGATGTCTGGGTTAATGCTATTCGGGGGTTGGTTCCATTACCATAAGGCTGCTCCTAAGTTAGAATGGTTTCAAAATGCAGAATCAATGCTAAACCATCATTTATCTGGTTTGCTAGGTTTAGGTTGTCTTTCGTGGTCTGGGCATCAAATCCATATCGCATCACCTATTAATAAATTATTGGATGCCGGTGTAGCACCACAAGAAATACCTAAACCTTATAATTTTCTTATTAGCCGTGAATTAATTAGTCAATTATACCCAAGTTTTGAAAAAGGTATAGTTCCTTTCTTTTCATTTAATTGGGGTGAATATTCAGACTTTTTAACCTTTAAAGGTGGTTTAAATCCTGTAACAGGTGGGCTTTGGTTAAGTGATATTGCTCATCACCATTTAGCCTTAGCTGTACTATTTATTGTAGCAGGTCATATGTATCGTACTAATTGGGGTATTGGGCATAGTATGAAAGATATTCTAGAGGCTCATAAAGGACCATTTACTGGAGATGGTCATGCTGGCCTTTATGAAATTTTAACAACTTCGTGGCATGCTCAACTTGCAATTAATTTAGCGATGATGGGATCATTAAGTATTATTGTTGCTCATCATATGTATGCTATGCCTCCTTACCCTTATATTGCTACAGATTATGCAACACAATTATCTTTATTTACACATCATATGTGGATAGGGGGGTTTTGTATAGTCGGTGGGGCAGCGCATGGAGCAATTTTTATGGTTCGTGATTATAACCCAGCGAAAAATTATAATAATTTATTAGATAGAGTTATTCGTCATAGAGATGCAATTATTTCTCATTTAAATTGGGTATGTATTTTTTTAGGGTTCCATAGTTTTGGATTATATATCCATAATGATACAATGCGAGCGTTAGGTCGTGCTCACGATATGTTTTCAGATACAGGAATTCCTCTAAAACCTATTTTTGCACAATTTATTCAAAATTTACACTTATTAGCTCCAAGTAGTACTGCACCAAATGCTTTAACAACAGCAAGCTATGTTTTTGGAGGAGATATTGTTGCTATTGGGTCAAAAATTGCAATAATGCCAATAAAATTAAGCACCGCTGATTTTATGGTGCATCATATACATGCTTTTACTATTCATGTTACTGTTTTAATACTATTAAAAGGTGTTCTATAC Tribonema_aequale AGTCAAACAAATTCATTAGAAGATGTATCTAGAAAAATTTTTAGTGCACATTTTGGCCAATTATCTATAATATTCCTTTGGTTAAGCGGTATGCATTTTCACGGTGCATATTTTTCAAACTACTTAGCATGGCTAAATAACCCTACAAGTATTAAACCAAGTGCCCAAGTTGTTTGGCCTATAGTAGGGCAAGAAATATTAAATGCTGATGTAGGTGGTAATTTCCAAGGTGTTCAAATTACTTCTGGATTTTTCCAACTATGGAGAGCCGAAGGTATTACCAGTGAAATCCAATTATATTGGACAGCAATTGGTGCGTTAGTAATGTCAGGGCTAATGCTATTTGCTGGGTGGTTCCATTATCATAAAGCTGCTCCAAAATTAGAGTGGTTCCAAAACGCAGAATCAATGCTAAATCACCATTTATCAATTTTACTTGGTCTTGGTTGTTTATCTTGGTCTGGCCACCAAATTCATGTATCATTACCAATCAATAAATTATTAGATGCTGGGGTAGCTCCACAAGAAATACCACTACCACATGAATTTTTAGTTAATCGTGACCTAATCGCACAATTATACCCAAGTTTTAGCAAAGGTTTAGTTCCTTTCTTTAGTGGAAATTGGAGTGAATACTCTGACTTTTTAACTTTTAAAGGTGGTGTAAATCCTGTTACTGGTGGTCTGTGGTTGACTGATACTGCTCATCACCATTTAGCTCTAGCTGTTTTATTCATTTTTGCTGGTCATATGTATAGAACTAACTGGGGTATTGGCCACAGTATGAAAGAAATGTTAGAAGCGCACAAAGGTCCTTTTACTGGAGAGGGTCATTCAGGCTTATACGAAATTTTAACTACATCATGGCATGCTCAATTAGCAATTAATTTAGCAATGGTTGGGTCATTAAGTATTATTGTGGCGCACCACATGTATGCTATGCCACCGTACCCTTACATTGCTACAGATTATGCAACTCAACTTTCATTATTTACTCACCATGTTTGGATTGGTGGATTTTGTATTGTTGGTGGAGCTGCTCATGGTGCAATCTTTATGGTTCGTGATTATAATCCAGCAAAAAATTATAATAATTTATTAGATCGTGTAATAAGACACCGTGATTCAATTATTTCACATTTAAACTGGGTTTCTATTTTTTTAGGATTCCACAGTTTTGGTTTATATATTCATAATGACACAATGCGTGCATTAGGTCGTTCGCAAGATATGTTTTCAGATACGGCAATTCAATTGCAACCTATTTTTGCGCAATGGATCCAAAATTTACACTTACTTGCTCCTGGTAATACAGCACCAAATGCTTTAACAACAGCAAGTTATGTATTCGGTGGTGATGTTGTATCTGTTGGTTCAAAAATTGCGATTATGCCTATCAAATTAGGTACTGCTGATTTTATGGTACACCATATTCATGCCTTTACAATCCATGTAACAGCATTAATTTTATTAAAAGGTGTTCTATAT Zonaria_diesingiana 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Ishige_38_psaA) = 1: 1-1486\3, 2: 2-1487\3, 3: 3-1488\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Ishige_38_psaA) = 1: 1-1486\3, 2: 2-1487\3, 3: 3-1488\3; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6915; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Zonaria_diesingiana, 2 Syringoderma_phinneyi, 3 Sporochnus_radiciformis, 4 Splachnidium_rugosum, 5 Sphacelaria_divaricata, 6 Scytothamnus_australis, 7 Scytosiphon_lomentaria, 8 Sargassum_horneri, 9 Saccorhiza_polyschides, 10 Pylaiella_littoralis, 11 Punctaria_latifolia, 12 Petalonia_fascia, 13 Myelophycus_simplex, 14 Laminaria_digitata, 15 Ishige_sinicola_Japan, 16 Ishige_sinicola_Korea, 17 Ishige_okamurae_Japan, 18 Ishige_okamurae_Korea, 19 Hydroclathrus_clathratus, 20 Halopteris_filicina, 21 Fucus_vesiculosus, 22 Ectocarpus_sp., 23 Dictyota_sp., 24 Dictyosiphon_foeniculaceus, 25 Desmarestia_sp., 26 Delamarea_attenuata, 27 Cutleria_cylindrica, 28 Colpomenia_sinuosa, 29 Chordaria_flagelliformis, 30 Chorda_filum, 31 Carpomitra_costata, 32 Asperococcus_fistulosus, 33 Ascophyllum_nodosum, 34 Analipus_japonicus, 35 Alaria_crassifolia, 36 Adenocystis_utricularis, 37 Schizocladia_ischiensis, 38 Tribonema_aequale; TREE Fig._4 = [&R] (38,(37,((((((((36,((28,19),(13,(12,7)))),((((32,(26,11)),29),24),10)),22),((35,14),30)),(((34,(((33,21),8),(27,9))),(6,4)),(31,3))),25),(((23,1),(20,5)),2)),((18,17),(16,15))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6912; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Zonaria_diesingiana, 2 Zanardinia_prototypus, 3 Verosphacela_ebrachia, 4 Utriculidium_durvillei, 5 Tilopteris_mertensii, 6 Syringoderma_phinneyi, 7 Striaria_attenuata, 8 Streblonema_maculans, 9 Sporochnus_radiciformis, 10 Splachnidium_rugosum, 11 Sphaerotrichia_divaricata, 12 Sphacelaria_divaricata_Korea, 13 Sphacelaria_divaricata_Japan, 14 Scytothamnus_australis, 15 Scytosiphon_lomentaria, 16 Sargassum_horneri, 17 Saccorhiza_polyschides, 18 Rosenvingea_intricata, 19 Pylaiella_littoralis, 20 Punctaria_latifolia, 21 Phyllariopsis_brevipes, 22 Petalonia_fascia, 23 Onslowia_endophytica, 24 Myriotrichia_clavaeformis, 25 Myelophycus_simplex, 26 Microzonia_velutina, 27 Laminaria_digitata, 28 Isthmoplea_sphaerophora, 29 Ishige_sinicola_Korea, 30 Ishige_sinicola_Japan, 31 Ishige_okamurae_Korea, 32 Ishige_okamurae_Japan, 33 Hydroclathrus_clathratus, 34 Hummia_onusta, 35 Himantothallus_grandifolius, 36 Haplospora_globosa, 37 Halopteris_filicina, 38 Giraudia_sphacelarioides, 39 Geminocarpus_austrogeorgiae, 40 Fucus_vesiculosus, 41 Elachista_fucicola, 42 Ectocarpus_sp., 43 Dictyota_sp., 44 Dictyota_dichotoma, 45 Dictyosiphon_foeniculaceus, 46 Desmarestia_viridis, 47 Desmarestia_sp., 48 Desmarestia_ligulata, 49 Delamarea_attenuata, 50 Cutleria_multifida, 51 Cutleria_cylindrica, 52 Colpomenia_sinuosa, 53 Coelocladia_arctica, 54 Choristocarpus_tenellus, 55 Chordaria_flagelliformis, 56 Chorda_filum, 57 Chnoospora_implexa, 58 Carpomitra_costata, 59 Caepidium_antarcticum, 60 Asteronema_rhodochortonoides, 61 Asterocladon_lobatum, 62 Asperococcus_fistulosus, 63 Ascophyllum_nodosum, 64 Analipus_japonicus, 65 Alethocladus_corymbosus, 66 Alaria_crassifolia, 67 Adenocystis_utricularis, 68 Schizocladia_ischiensis, 69 Tribonema_aequale, 70 Phaeothamnion_confervicola; TREE Fig._1 = [&R] (70,(69,(68,((((((((((((67,4),59),(((((((((62,7),(49,20)),(55,11)),(45,(38,34))),24),41),28),(53,8)),(39,19))),((((57,33),18),52),(25,(22,15)))),42),(61,60)),((66,27),56)),(((64,(((63,40),16),(((51,(50,2)),(21,17)),(36,5)))),(14,10)),(58,9))),(((48,46),35),47)),((((65,37),(13,12)),(26,6)),(((44,43),1),(23,3)))),((32,31),(30,29))),54)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6914; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Zonaria_diesingiana, 2 Syringoderma_phenneyi, 3 Sporochnus_radiciformis, 4 Splachnidium_rugosum, 5 Sphacelaria_divaricata, 6 Scytothamnus_australis, 7 Scytosiphon_lomentaria, 8 Sargassum_horneri, 9 Saccorhiza_polyschides, 10 Pylaiella_littoralis, 11 Punctaria_latifolia, 12 Petalonia_fascia, 13 Myelophycus_simplex, 14 Laminaria_digitata, 15 Ishige_sinicola_Japan, 16 Ishige_sinicola_Korea, 17 Ishige_okamurae_Japan, 18 Ishige_okamurae_Korea, 19 Hydroclathrus_clathratus, 20 Halopteris_filicina, 21 Fucus_vesiculosus, 22 Ectocarpus_siliculosus, 23 Ectocarpus_sp., 24 Dictyota_sp., 25 Dictyosiphon_foeniculaceus, 26 Desmarestia_sp., 27 Delamarea_attenuata, 28 Cutleria_cylindrica, 29 Colpomenia_sinuosa, 30 Chordaria_flagelliformis, 31 Chorda_filum, 32 Carpomitra_costata, 33 Ascophyllum_nodosum, 34 Analipus_japonicus, 35 Asperococcus_fistulosus, 36 Alaria_crassifolia, 37 Adenocystis_utricularis, 38 Tribonema_aequale, 39 Schizocladia_ischiensis; TREE Fig._3 = [&R] (39,(38,((((((((((37,((29,13),(19,(12,7)))),((((35,27),11),(30,25)),(23,22))),10),((36,14),26)),(34,((32,3),31))),(6,4)),((((33,21),8),28),9)),2),((24,1),(20,5))),((18,17),(16,15))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6913; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Zonaria_diesingiana, 2 Syringoderma_phinneyi, 3 Sporochnus_radiciformis, 4 Splachnidium_rugosum, 5 Sphacelaria_divaricata, 6 Scytothamnus_australis, 7 Scytosiphon_lomentaria, 8 Sargassum_horneri, 9 Saccorhiza_polyschides, 10 Pylaiella_littoralis, 11 Punctaria_latifolia, 12 Petalonia_fascia, 13 Myelophycus_simplex, 14 Laminaria_digitata, 15 Ishige_sinicola_Japan, 16 Ishige_sinicola_Korea, 17 Ishige_okamurae_Japan, 18 Ishige_okamurae_Korea, 19 Hydroclathrus_clathratus, 20 Halopteris_filicina, 21 Fucus_vesiculosus, 22 Ectocarpus_sp., 23 Dictyota_sp., 24 Dictyosiphon_foeniculaceus, 25 Desmarestia_sp., 26 Delamarea_attenuata, 27 Cutleria_cylindrica, 28 Colpomenia_sinuosa, 29 Chordaria_flagelliformis, 30 Chorda_filum, 31 Carpomitra_costata, 32 Asperococcus_fistulosus, 33 Ascophyllum_nodosum, 34 Analipus_japonicus, 35 Alaria_crassifolia, 36 Adenocystis_utricularis, 37 Tribonema_aequale, 38 Schizocladia_ischiensis; TREE Fig._2 = [&R] (38,(37,(((((((((((36,((28,19),((13,12),7))),10),(((32,(26,11)),29),24)),22),(31,3)),(6,4)),((34,9),(((33,21),8),27))),((35,14),25)),30),(((23,1),2),(20,5))),((18,17),(16,15))))); END;