#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 13:54 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Meredith R.W., Janecka J., Gatesy J., Ryder O.A., Fisher C., Teeling E., Goodbla A., Eizirik E., Simao T., Stadler T., Rabosky D., Honeycutt R., Flynn J., Ingram C., Steiner C., Williams T., Robinson T., Herrick A., Westerman M., Ayoub N., Springer M., & Murphy W. 2011. Impacts of the Cretaceous Terrestrial Revolution and KPg Extinction on Mammal Diversification. Science, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11872] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=169; TAXLABELS Abrocoma_bennettii Acrobates_pygmaeus Aepyprymnus_rufescens Ailuropoda_melanoleuca Ailurus_fulgens Amblysomus_hottentotus Anolis_carolinensis Anomalurus_beecrofti Antilocapra_americana Aplodontia_rufa Arctocephalus_forsteri Artibeus_jamaicensis Ateles_fusciceps Bos_taurus Bradypus_tridactylus Caenolestes_fuliginosus Callithrix_jacchus Calomyscus_sp. Caluromys_philander Canis_familiaris Caperea_marginata Capromys_pilorides Castor_canadensis Cavia_porcellus Cebus_albifrons Ceratotherium_simum Cercartetus_nanus Cervus_nippon Chinchilla_lanigera Choloepus_sp. Chrysochloris_asiatica Craseonycteris_thonglongyai Cricetus_cricetus Crocuta_crocuta Ctenodactylus_gundi Ctenomys_boliviensis Cuniculus_taczanowskii Cyclopes_didactylus Cynocephalus_volans Danio_rerio Dasyprocta_punctata Dasypus_novemcinctus Dasyurus_albopunctatus Daubentonia_madagascariensis Delphinapterus_leucas Didelphis_virginiana Dinomys_branickii Dipodomys_heermanni Dromiciops_gliroides Dugong_dugon Echinops_telfairi Echymipera_kalubu Elephantulus_rufescens Elephas_maximus Emballonuridae Equus_caballus Erethizon_dorsatum Erinaceus_sp. Eschrichtius_robustus Eubalaena_australis Felis_catus Fossa_fossana Furipterus_horrens Galeopterus_variegatus Gallus_gallus Genetta_genetta Geomyidae Gliridae Glironia_venusta Heterocephalus_glaber Heterohyrax_brucei Hippopotamidae Hipposideros_commersoni Homo_sapiens Hoplomys_gymnurus Hydrochoerus_hydrochaeris Hypsiprymnodon_moschatus Hystrix_sp. Inia_geoffrensis Isoodon_macrourus Jaculus_jaculus Kogia_breviceps Lama_glama Laonastes_aenigmamus Lemur_catta Loxodonta_africanus Macaca_mulatta Macropus_eugenii Macrotis_lagotis Manis_pentadactyla Manis_tricuspis Megaderma_lyra Megaptera_novaeangliae Meles_meles Mephitis_mephitis Mesoplodon_bidens Microcebus_murinus Miniopterus_sp. Monodelphis_domestica Moschus_sp. Mus_musculus Myocastor_coypus Myotis_lucifugus Myrmecobius_fasciatus Myrmecophaga_tridactyla Mystacina_tuberculata Myzopoda_aurita Nandinia_binotata Natalus_stramineus Noctilio_sp. Nomascus_leucogenys Notoryctes_typhlops Nycteris_sp. Nycticebus_coucang Nyctimene_albiventer Ochotona_sp. Octodontomys_gliroides Odobenus_rosmarus Okapia_johnstoni Ornithorhynchus_anatinus Orycteropus_afer Oryctolagus_cuniculus Otolemur_garnettii Pecari_tajacu Pedetes_sp. Petaurus_breviceps Petromus_typicus Petromyscus_sp. Phascolarctos_cinereus Phoca_vitulina Phocoena_phocoena Physeter_macrocephalus Platanista_gangetica Podogymnura_truei Pontoporia_blainvillei Prionodon_linsang Procavia_capensis Procyon_lotor Propithecus_verreauxi Pseudochirops_cupreus Pteronotus_parnellii Pteropus_sp. Ptilocercus_lowii Rhinolophus_creaghi Rhinopoma_hardwickii Rhynchocyon_petersi Rhyncholestes_raphanurus Sciuridae Solenodon_paradoxus Sorex_sp. Spalax_sp. Suricata_suricatta Sus_scrofa Tachyglossus_aculeatus Tadarida_brasiliensis Taeniopygia_guttata Talpa_sp. Tapirus_indicus Tarsipes_rostratus Tarsius_sp. Thryonomys_swinderianus Thyroptera_tricolor Tragulus_napu Trichechus_manatus Trichosurus_vulpecula Tupaia_sp. Tursiops_truncatus Vombatus_ursinus Xenopus_laevis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10272] TITLE Mammal_DNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=35603; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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???AAGTATACTCTCACATTAGAGAACAGCAGTGGAATGAAATCTGCCTTTGTTACTGTGAGAGTCTTGGATACACCCAGTCCACCTGTTAACCTGAAAGTCACAGAAATCACCAAGGACTCAGTATCAATTACATGGGAACCTCCTTTGTTAGATGGAGGATCCAAAATCAAAAATTACATTGTTGAGAAACGTGAAGCCACAAGAAAGTCATATGCTGCCGTTGTGACAAATTGCCATAAGAATTCTTGGAAAATTGACCAGCTCCAAGAAGGCTGCAGTTACTACTTTAGAGTCACAGCTGAGAATGAATATGGTATCGGCCTTCCTGCCCGCACTGCTGATCCTATTAAGGTTGCAGAAGTCCCACAACCTCCAGGAAAAATAACTGTGGATGATGTGACTAGAAACAGTGTCTCTCTGAGTTGGACAAAGCCCGAACATGATGGTGGTAGTAAAATCATTCAGTATATTGTGGAAATGCAAGCTAAACACAGTGAGAAATGGTCAGAATGTGCTCGGGTTAAGTCCCTTGAGGCAGTAATAACCAACCTAACTCAAGGAGAAGAATATCTTTTTAGAGTTGTTGCTGTAAATGAAAAGGGAAGAAGTGATCCTAGGTCCCTTGCAGTTCCAATAATTGCCAAAGATCTGGTTATAGAGCCAGATGTGAGACCTGCATTCAGCAGTTACAGTGTACAGGTTGGCCAAGATCTAAAAATAGAAGTACCAATTTCTGGACGTCCTAAACCAACTATCACCTGGACTAAAGATGATCTTCCTCTGAAGCAGACCACAAGAATCAATGTTACTGACTCACTTGACCTCACCACACTCAGTATTAAGGAAACTCACAAGGATGACAGCGGACACTATGGAATCACAGTTGCCAATGTTGTTGGTCAGAAAACAGCATCCATCGAAATTATCACTCTAGATAAACCTGATCCTCCAAAAGGACCTGTTAAATTTGATGAAATCAGTGCTGAGAGCATTACCTTATCTTGGCAACCTCCAGTATATACAGGGGGCTGCCAGATTACTAATTATGTTGTTCAGAAAAGAGACACAACCACCACAGTATGGGATATTGTTTCTGCTACTGTTGCTAGAACTACTCTCAAAGTAACAAAACTGAAAACAGGTACAGAATACCAATTCAGAATATTTGCTGAAAATAGATATGGACAAAGCTTTGCCTTAGAGTCAGAACCAGTTGTGGCTAAGAATCCTAATAAAGAACCAGGCCCTCCAGGTACACCATTTGCTAGAGCCATTTCCAAAGACTCTATGGTAATACAGTGGCATGAACCAATCAATAATGGCGGAAGCCCTATCATAGGTTACCACCTCGAGAGAAAGGAAAGAAATAGTATTTTGTGGACAAAAGTCAATAAAACTATTATTCATGACACCCAGTTTAAAGTGTTAAATCTTGAAGAAGGCATTGAATATGAATTCAGAGTTTGTGCTGAAAATATTGTTGGTGTAGGCAAGCCAAGCAAGACTTCAGAATGCTATGTAGCCCGAGACCCCTGTGACCCACCAGGAACACCAGAAGCAATAATAGTTAAAAGAAATGAAATCACTTTACAGTGGACCAAACCAGTGTATGATGGTGGAAGTATGATTACAGGATACATTGTAGAGAAACGCGATTTACCTGAGGGTCGCTGGATGAAAGCTAGCTTCACAAATGTCATTGAAACTCAGTTTACTGTGTCAGGTCTCACAGAAGATCAAAGATACGAGTTCAGAGTCATTGCAAAGAATGCAGCTGGTGCAATAAGTAAACCATCTGACAGTACTGGACCAATAACTGCCAAGGATGAGGTTGAACTCCCAAGAATTTCCATGGATCCAAAGTTCAGAGACACAATAGTGGTCAATGCTGGAGAAACATTCAGGCTTGAAGCTGATGTCCACGGAAAGCCCCTACCTACCATTGAGTGGTTACGAGGTGATAAGGAAGTTGAAGAATCTGCCAGATGTGAAATAAAGAACACAGACTTCAAGGCTTTACTTATTATAAAGGATGCCATTAGAATTGATGGTGGACAGTATATCTTAAGAGCCTCCAATGTTGCAGGTTCTAAGTCTTTCCCAGTAAATGTGAAAGTATTAGATAGACCAGGACCACCAGAAGGGCCAGTGCAGGTTACTGGAGTGACTGCTGAAAAATGTACTTTAGCATGGTCCCCTCCACTTCAGGATGGTGGCAGTGACATTTCTCACTATGTTGTCGAAAAGCGAGAAACCAGTAGACTTGCGTGGACTGTGGTTGCATCAGAAGTTGTGACCAATTCTCTGAAAATTACCAAACTCCTAGAAGGAAACGAATATATTTTCCGTATAATGGCTGTCAACAAATATGGTGTTGGAGAACCTCTGGAATCTGCACCAGTACTCATGAAAAACCCTTTTGTGTTGCCTGGGCCACCGAAAAGCTTAGAAGTCACAAACATTGCCAAAGATTCCATGACTGTTTGTTGGAACCGTCCAGATAGTGATGGTGGAAGTGAGATTATTGGTTACATTGTAGAGAAAAGAGACAGAAGTGGCATTCGGTGGATAAAATGTAATAAGCGCCGCATTACAGATTTGCGTCTGAGAGTAACAGGATTAACAGAAGACCATGAGTATGAATTCAGAGTCTCTGCTGAAAATGCTGCTGGAGTTGGAGAACCAAGTCCAGCCACAGTTTATTATAAGGCTTGTGATCCTGTGTTCAAACCTGGCCCACCCACCAATGTGCATGTTGTAGACACCACTAAAAGTTCAATTACGCTGGCATGGAGTAAACCCATCTACGACGGTGGCAGTGAGATCTTGGGATACATTGTGGAAATTTGTAAAGCAGATGAAGAAGAATGGCAAATAGTTACTCCCCAGACTGGCCTGAGGGTCACTCGATTTGAAATCGCAAAGCTCACTGAACATCAAGAGTATAAAATACGAGTCTGTGCCCTCAACAAAGTTGGTTTAGGTGAGGCTGCATCAGTTCCTGGTACCGTAAAACCAGAAGATAAACTTGAAGCTCCTGAACTTGACCTCGACTCTGAGTTAAGGAAAGGAATTGTTGTAAGAGCTGGTGGATCTGCCAGAATTCATATTCCATTCAAAGGTCGCCCAACCCCTGAGATCACCTGGTCTCGAGAGGAAGGTGAATTCACAGATAGGGTCCAAATTGAAAAGGGACTCAACTTTACTCAACTGTCAATAGACAACTGTGATAGAAACGATGCCGGCAAATACCTTCTCAAGTTGGAAAACAGCAGTGGCTCTAAGTCTGCTTTCGTAACTGTGAAAGTTCTTGACACCCCAGGGCCACCGCAGAATTTGACAGTCAAAGAAATCAGAAAAGATTCTGTTCTTCTGGCATGGGAACCACCCATCATTGATGGAGGGG{CT}AAAGGTTAAGAACTACGTGGTTGATAAACGTGAGTCAACCAGAAAAGCATATGCTAATGTGAGTAGTAAATGCAGCAAAACAAACTTCAAAGTTGAGAACCTTACAGAGGGAGCCATTTATTACTTTAGAGTCATGGCTGAGAATGAATTTGGAATTGGTGTTCCTGTGGAAACCACAGATGCCGTGAAAGCATCTGAACCTCCTTCCCCACCAGGAAAGGTCACACTCACTGATGTGTCCCAGACCAGCACATCACTTATGTGGGAGAAACCTGAACATGATGGCGGAAGCAGAGTCCTGGGTTACATTGTTGAAATGCAGCCGAAAGGCACTGAGAAGTGGAGTGTTGTGGCCGAATCCAAAGTCTGCAATGCTGTTGTCACCGGCTTGAGTTCTGGACAAGAATATCAGTTCCGCATCAAGGCTTATAATGAGAAAGGCAAAAGTGACCCAAGAGTGCTTGGTGTTCCTGTTATAGCCAAGGACCTGACTATACAGCCTAGTTTTAAGTTACCATTCAACACATACAGTGTCCAAGCTGGAGAAGACCTTAAAATAGAAATTCCTGTCATTGGCCGACCAAGACCTAAAATTTCATGGGTCAAAGATGGTGAGCCTCTCAAACAGACCACAAGAGTAAATGTGGAAGAAACACCTACCTCAACTATTTTACACATTAAAGATAGTAGCAAAGATGACTTTGGAAAATATACCATAACTGCAACAAACAGTGCAGGCACAGCAACAGAAAATCTCAGCATTATTGTTTTAGAAAAGCCTGGACCTCCAGTTGGACCAGTGAAGTTTGACGAAGTTAGTGCAGACTTTGTGGTCATATCTTGGGAACCTCCAGCCTACACTGGTGGCTGCCAAATAAGCAACTACATTGTAGAGAAGCGAGATACAACCACAACCACTTGGCACATGGTATCAGCAACAGTTGCAAGAACAACAATTAAGGTAACCAAACTGAAAACAGGCACTGAGTACCAGTTTAGAATTTTTGCTGAAAACCGATATGGAAAATACAGGGGCAGTCCCTTCCAAGAAAAGATGACTGCAGGAGACAATGCCCAGCTGGTCCCA---GCAGACCCAGGG---AATCTTACAGAATTCTACAAC---AAGTCTCTGTCATCCTACAAGGAG---AATGATGAGAACATCCAGTGTGGGGAGAACTTCATGGATATGGAGTGCTTCATGATCCTGAACCCCAGCCAGCAGCTGGCCATCGCTGTGCTTTCGCTCACACTGGGCACCTTCACAGTTCTGGAGAACCTGCTGGTCCTCTGTGTCATTCTGCACTCCCGCAGCCTCCGGTGCAGGCCTTCCTACCACTTCATCGGCAGCCTGGCAGTGGC{AG}GATCTCTTGGGAAGCGTCATTTTTGTCTACAGTTT{CT}GTTGACTTCCACGTGTTCCACCGCAAAGACAGCCCCAATGTGTTTCTGTTCAAACTGGGTGGGGTCACGGCCTCCTTCACCGCCTCTGTGGGCAGCCTGTTCCTCACAGCCATTGACAGGTACATATCTATTCACAGGCCCCTAGCCTATAAGAGGATCGTCACTAGGCCTAAGGC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Anolis_carolinensis 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Artibeus_jamaicensis ??????TACACTCTCACCTTAGAAAACAGCAGTGGAACCAAGTCTGCCTTTGTTACTGTGAGAGTCCTGGACACACCGAGTCCACCTGTTAACCTGAAGGTCACAGAAATCACTAAAGACTCAGTATCAATTACATGGGAACCTCCTTTGTTGGATGGTGGATCCAAAATCAAAAATTACATCGTTGAGAAACGCGAAGCCACAAGAAAATCATATGCTGCAGTTGTAACAAATTGCCATAAGAATTCTTGGAAAATAGATCAACTCCAAGAAGGTTGCAGTTACTACTTCAGAGTCACAGCTGAGAATGAGTACGGTATTGGCCTTCCTGCCCGCACTGCTGATCCAATTAAGGTTGCAGAGGTCCCACAACCTCCAGGAAAAATAACTGTGGATGATGTCACCAGAAACAGTGTCTCCTTGAGTTGGACAAAGCCTGAACATGACGGTGGCAGTAAAATCATTCAGTATATTGTGGAAATGCAAGCTAAACAGAGTGACAAATGGTCAGAATGTGCTCGTGTCAAGTCCCTTGAAGCAGTGGTTACCAACCTAACTCAGGGGGAAGAATATCTTTTTAGAGTTGTTGCTGTCAATGAAAAGGGGAGAAGTGATCCTAGGTCGCTTGCAGTTCCAATAGTTGCCAAAGATCTGGTCATTGAGCCTGATGTAAGACCTGCCTTCAACAGTTACAGTGTACAGGTTGGGCAAGATCTGAAAATAGAAGTGCCAATTTCTGGTCGTCCTAAACCAACCATTACCTGGACTAAAGATGGTGTTTCACTGAAGCAGACTACAAGAATCAACGTTACCGATTCACCTGACCTCACAGTACTCAGTATTAAAGAAACTCATAAGGATGATGGTGGGCATTATGGAATCACAGTTGCTAATGTTGTTGGTCAGAAAACGGCATCCATTGAAATTATAACTCTAGATAAACCTGACCCTCCAAAAGGACCTGTTAAATTTGATGATGTCAGTGCTGAAAGTATTACATTATCTTGGGACCCTCCGTTATATACTGGGGGTTGCCAGATCACCAACTACATAGTTCAGAAAAGAGATACAACCACCACCGTATGGGATACTGTTTCTGCTACTGTTGCCAGAACTACACTCAAAGTGACCAAACTGAAAACTGGTACAGAATATCAATTCAGAATATTTGCTGAGAACAGATATGGGCAAAGCTTTGCCTTGGAATCTAATGCA??TGTCGCTCAGTATCCCTACAAAGAACCAGGCCCTCCAGGCACACCATTTGTCACGGCCATTTCCAAGGACTCCATGGTCGTCCAGTGGCACGAGCCCGTCAATAACGGTGGAAGCCCAGTCATAGGTTACCACCTTGAAAGAAAGGAAAGAAATAGTATTTTGTGGACAAAAGTCAACAAAACTATTATTCATGACACCCAGTTCAAAGCAGTCAATCTTGAGGAAGGCATTGAATATGAATTCAGGGTCTATGCTGAAAATATTGTCGGTGTAGGCAAAGCAAGCAAGAATTCTGAATGCTATGTAGCCAGAGATCCCTGTGACCCACCAGGAACCCCAGAAGCAATAATTGTTAAAAGGAATGAGATCACTTTACAATGGACCAAACCTGTCTATGATGGTGGAAGTGTGATTACAGGTTACATCGTAGAGAAACGTGATTTGCCTGACGGTCGTTGGATGAAAGCCAGTTTCACAAATGTCATTGAAACTCAATTTACTGTGTCAGGTCTTACTGAAGATCAAAGATATGAATTCAGAGTCATTGCAAAGAATGCAGCTGGTACAATAAGTAAACCCTCTGACAGTACTGGGCCAATAACAGCCAAGGATGAGGTTGAACTCCCAAGAATTTCAATGGATCCAAAATTCAGAGACACAATTGTGGTCAATGCTGGAGAAACATTCAGGCTTGAGGCTGACGTCCATGGAAAGCCCCTGCCAACCATTGAGTGGTTACGAGGAGATAAAGAAATTGAAGAATCTGCTAGATGTGAAATTAAAAACACAGATTTCAAGGCTTTACTTATTGTAAAAGATGCCATTAGAATCGATGGTGGACAGTATATTTTAAGAGCTTCCAATGTGGCAGGTTCTAAGTCATTCCCAGTAAATGTGAAAGTTTTAGACAGACCAGGACCTCCAGAAGGGCCAGTCCAGGTTACCGGAGTCACTGC{CT}GAAAAGTGCACTTTAGCGTGGTCCCCACCACTACAAGACGGTGGCAGTGACATTTCCCACTATGTTGTTGAAAGGAGAGAAACGAGTCGACTTGCCTGGACTGTTGTAGCTTCTGAAGTTGTGACCAATTCTCTGAAAGTAACCAAACTCTTGGAAGGAAATGAATATATTTTCCGGATAATGGCTGTCAACAAATACGGTGTGGGAGAGCCGCTGGAATCTGCACCGGTACTGATGAAAAATCCATTTGTGCTCCCTGGACCACCAAAAAGCTTGGAAGTCACCAACATTGCCAAGGACTCCATGACTGTCTGTTGGAACCGTCCCGATAGTGATGGTGGAAGTGAGATTATTGGTTACATTGTAGAGAAAAGAGACAGAAGTGGCATTAGGTGGATAAAATGTAATAAACGCCGCATCACAGATTTGCGCCTAAGAGTAACAGGATTAACAGAAGATCATGAGTACGAATTCCGGGTCTCTGCAGAAAATGCTGCTGGGGTTGGAGAACCAAGTCCAGCAAC{AG}GTTTATTATAAGGCTTGTGATCCTGTGTTTAAACCTGGCCCGCCCACCAATGCA????????????????CTAGAAGTTCAATTACAGTTGCCTGGGGTAAACCCATCTATGATGGTGGCAGTGAGATCCTGGGGTATGTAGTAGAACTTTGTAAAGCAGATGAAGAAGAATGGCAAATAGTTACTCCACCGACTGGCCTGAAAGCCACTCGATTTGAAATAGCAAAACTCACTGAACACCAAGAGTATAAAATACGAGTCTGTGCCCTCAATAAAGTTGGTTTAGGTGAGGCTACGCCAGTTCCTGGTACTGTGAAACCAGAAGATAAACTTGAAGCACCTGAACTTGACCTTGATTCTGAATTAAGGAAAGGGATTGTTGTAAGAGCTGGTGGATCTGCCAGAATTCACATTCCATTCAAAGGCCGTCCAACACCTGAGATCACTTGGTCTCGAGAAGAAGGTGAATTCACAGATAAAGTTCAAATTGAAAAGGGATTAAACTATACCCAACTTTCAATAGACAACTGTGATAGAAATGATGCTGGAAAATATATTCTCAAGCTGGAAAACAGCAGTGGATCTAAATCTGCTTTTGTAACTGTGAAAGTTCTTGATACCCCAGGACCACCACAGAATCTGGCAGTCAAAGAAGTGAAAAAAGATTCTGTCATCCTGGTATGGGAACCACCCATCATCGATGGAGGTGCAAAGATCAAGAACTA{CT}GTTATTGACAAACGTGAGTCAACCAGAAAAGCATATGCTAATGTGAGCAATAAATGCAACAAAACAAGCTTTAAAGTTGAGAATCTTACAGAAGGAGCCATTTATTACTTCCGAGTGATGGCTGAAAATGAATTTGGAGTTGGTGTTCCAGTGGAAACTGTTGATGCTGTGAAAGCTGCCGAACCTCCTTCCCCACCAGGAAAGGTCACACTCACTGATGTGTCCCAGACCAGTGCCTCGCTCATGTGGGAGAAACCTGAATATGATGGTGGTAGCAGAATCCTGGGGTATGTTGTTGAAATGCAGTCAAAGGGAACCGAAAAATGGAGCACTGTGGCTGAATCCAAAGTCTGCAATGCAGTTGTTACTGGTCTGAGTTCTGGACAAGAGTATCAGTTCCGTGTCAAGGCTTACAATGAGAAAGGAAAGAGTGACCCCAGAGTGCTTGGCGTTCCTGTCATAGCCAAGGACCTGACTATACAGCCTAGTCTGAAGTTGCCATTTAACACCTATAGTGTCCAAGCTGGAGAAGATCTTAAAATAGAAATTCCAGTTATTGGCCGACCAAGACCTACAATTTCATGGGTCAAAGATGGTGAGCCTCTTAAACAGACAACAAGAGTAAATATTGAGGAAACATCTACTTCAACTATTTTGCACATTAAAGAAAGTAGCAAAGATGACTTTGGGAAATACACTGTAACGGCAACAAATAGTGCAGGTGCGGCAACGGAAAATCTCAGCATTATCGTTTTGGAAAAGCCTGGACCTCCAGTTGGACCAGTTCGGTTTGACGAAGTTAGTGCAGACTTCGTGGTCATATCTTGGGAACCTCCAGCTTATACTGGTGGCTGCCAAATAAGCAACTACATTGTAGAGAAGAGAGATACAACCACCACTACTTGGCAGATAGTATCAGCAACAGTTGCAAGAACAACAATTAAAATAACCAAACTGAAAACAGGCACAGAGTACCAATTTAGAATTTTTGCAGAAAACAGATATGGTAAATTTAGGGGAAGTCCCTTCCAAGAAAAGATGACTGCAGGAGACAACCCCCAGCTGGTCCCA---GCAGACCAGGTG---AACATCAC?GAGTTTTACAAC---AAGTCTCTTTCGTCGTACAAGGAA---AAT---GAGAACATTCAGTGTGGGGAGAACTTCATGGACATGGAGTGCTTCATGATCCTGAACCCCAGCCAGCAGCTGGCCATCGCCGTGCTGTCCCTCACGCTGGGTACCTTCACGGTCCTGGAGAACCTGCTTGTGCTGTGCGTCATCCTCCACTCCCGCAGCCTCCGCTGCAGGCCTTCGTACCACTTCATCGGCAGCCTGGCCGTGGCAGACCTCCTGGGGAGCGTCATCTTTGTCTACAGCTTTGTCGATTTCCATGTGTTCCACCGCAAAGACAGCCCGAATGTGTTTCTGTTCAAACTGGGCGGTGTCACAGCCTCCTTCACCGCCTCAGTGGGCAGCCTGTTCCTCACAGCCATCGACAGGTATATATCTATTCACAGGCCCCTGGCCTATAAGAGAATCGTCACCAGGCCCAAGGC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Bradypus_tridactylus 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Calomyscus_sp. 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Canis_familiaris 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Ceratotherium_simum 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Chrysochloris_asiatica 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Ctenomys_boliviensis 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Cyclopes_didactylus 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Daubentonia_madagascariensis 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Delphinapterus_leucas 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Didelphis_virginiana 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Dinomys_branickii 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Fossa_fossana 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Geomyidae 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Gliridae 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Hippopotamidae 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Hydrochoerus_hydrochaeris 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Manis_tricuspis 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Microcebus_murinus 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Mus_musculus 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Mystacina_tuberculata 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Petromyscus_sp. 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Phoca_vitulina 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Procyon_lotor 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Propithecus_verreauxi 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Pteropus_sp. 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Rhinolophus_creaghi 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Solenodon_paradoxus 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Taeniopygia_guttata 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Talpa_sp. 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Tapirus_indicus 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Acrobates_pygmaeus 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Bradypus_tridactylus 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Caluromys_philander 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Canis_familiaris 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Cervus_nippon 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Chrysochloris_asiatica 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Crocuta_crocuta 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Ctenomys_boliviensis 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Emballonuridae 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Gliridae 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Hippopotamidae 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Hipposideros_commersoni 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Manis_tricuspis 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Miniopterus_sp. 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Myotis_lucifugus 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Mystacina_tuberculata 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Myzopoda_aurita 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Odobenus_rosmarus 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Okapia_johnstoni 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Petromyscus_sp. 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Procyon_lotor 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Rhinolophus_creaghi 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Rhinopoma_hardwickii 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Sciuridae 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Solenodon_paradoxus 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Tadarida_brasiliensis 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Tarsius_sp. 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Thryonomys_swinderianus 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Trichosurus_vulpecula 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; END; BEGIN SETS; CHARSET BDNF (CHARACTERS = Mammal_AA) = 3699-3885; CHARSET GHR (CHARACTERS = Mammal_AA) = 7711-8026; CHARSET Adora3 (CHARACTERS = Mammal_AA) = 3588-3698; CHARSET ENAM (CHARACTERS = Mammal_AA) = 8418-9717; CHARSET VWF (CHARACTERS = Mammal_AA) = 8027-8417; CHARSET ADRB2 (CHARACTERS = Mammal_AA) = 3886-4153; CHARSET BRCA2 (CHARACTERS = Mammal_AA) = 5575-7256; CHARSET IRBP (CHARACTERS = Mammal_AA) = 10593-11010; CHARSET EDG1 (CHARACTERS = Mammal_AA) = 2147-2466; CHARSET CNR1 (CHARACTERS = Mammal_AA) = 1480-1814; CHARSET TTN (CHARACTERS = Mammal_AA) = 1-1479; CHARSET TYR1 (CHARACTERS = Mammal_AA) = 3445-3587; CHARSET APOB (CHARACTERS = Mammal_AA) = 9718-10592; CHARSET A2AB (CHARACTERS = Mammal_AA) = 4261-4543; CHARSET ATP7A (CHARACTERS = Mammal_AA) = 3216-3444; CHARSET PNOC (CHARACTERS = Mammal_AA) = 4154-4260; CHARSET RAG2 (CHARACTERS = Mammal_AA) = 3067-3215; CHARSET BCHE (CHARACTERS = Mammal_AA) = 1815-2146; CHARSET BRCA1 (CHARACTERS = Mammal_AA) = 4544-5574; CHARSET DMP1 (CHARACTERS = Mammal_AA) = 7257-7710; CHARSET RAG1 (CHARACTERS = Mammal_AA) = 2467-3066; END; BEGIN TREES; TITLE Mammal_DNA_Result; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Abrocoma_bennettii, 2 Acrobates_pygmaeus, 3 Aepyprymnus_rufescens, 4 Cuniculus_taczanowskii, 5 Ailuropoda_melanoleuca, 6 Ailurus_fulgens, 7 Amblysomus_hottentotus, 8 Anolis_carolinensis, 9 Anomalurus_beecrofti, 10 Antilocapra_americana, 11 Aplodontia_rufa, 12 Arctocephalus_forsteri, 13 Artibeus_jamaicensis, 14 Ateles_fusciceps, 15 Bos_taurus, 16 Bradypus_tridactylus, 17 Caenolestes_fuliginosus, 18 Callithrix_jacchus, 19 Calomyscus_sp., 20 Caluromys_philander, 21 Canis_familiaris, 22 Caperea_marginata, 23 Capromys_pilorides, 24 Castor_canadensis, 25 Cavia_porcellus, 26 Cebus_albifrons, 27 Ceratotherium_simum, 28 Cercartetus_nanus, 29 Cervus_nippon, 30 Chinchilla_lanigera, 31 Choloepus_sp., 32 Chrysochloris_asiatica, 33 Craseonycteris_thonglongyai, 34 Cricetus_cricetus, 35 Crocuta_crocuta, 36 Ctenodactylus_gundi, 37 Ctenomys_boliviensis, 38 Cyclopes_didactylus, 39 Cynocephalus_volans, 40 Danio_rerio, 41 Dasyprocta_punctata, 42 Dasypus_novemcinctus, 43 Dasyurus_albopunctatus, 44 Daubentonia_madagascariensis, 45 Delphinapterus_leucas, 46 Didelphis_virginiana, 47 Dinomys_branickii, 48 Dipodomys_heermanni, 49 Dromiciops_gliroides, 50 Dugong_dugon, 51 Echinops_telfairi, 52 Echymipera_kalubu, 53 Elephantulus_rufescens, 54 Elephas_maximus, 55 Emballonuridae, 56 Equus_caballus, 57 Erethizon_dorsatum, 58 Erinaceus_sp., 59 Eschrichtius_robustus, 60 Eubalaena_australis, 61 Felis_catus, 62 Fossa_fossana, 63 Furipterus_horrens, 64 Galeopterus_variegatus, 65 Gallus_gallus, 66 Genetta_genetta, 67 Geomyidae, 68 Gliridae, 69 Glironia_venusta, 70 Heterocephalus_glaber, 71 Heterohyrax_brucei, 72 Hippopotamidae, 73 Hipposideros_commersoni, 74 Homo_sapiens, 75 Hoplomys_gymnurus, 76 Hydrochoerus_hydrochaeris, 77 Hypsiprymnodon_moschatus, 78 Hystrix_sp., 79 Inia_geoffrensis, 80 Isoodon_macrourus, 81 Jaculus_jaculus, 82 Kogia_breviceps, 83 Lama_glama, 84 Laonastes_aenigmamus, 85 Lemur_catta, 86 Oryctolagus_cuniculus, 87 Loxodonta_africanus, 88 Macaca_mulatta, 89 Macropus_eugenii, 90 Macrotis_lagotis, 91 Manis_pentadactyla, 92 Manis_tricuspis, 93 Megaderma_lyra, 94 Megaptera_novaeangliae, 95 Meles_meles, 96 Mephitis_mephitis, 97 Mesoplodon_bidens, 98 Microcebus_murinus, 99 Miniopterus_sp., 100 Monodelphis_domestica, 101 Moschus_sp., 102 Mus_musculus, 103 Myocastor_coypus, 104 Myotis_lucifugus, 105 Myrmecobius_fasciatus, 106 Myrmecophaga_tridactyla, 107 Mystacina_tuberculata, 108 Myzopoda_aurita, 109 Nandinia_binotata, 110 Natalus_stramineus, 111 Noctilio_sp., 112 Nomascus_leucogenys, 113 Notoryctes_typhlops, 114 Nycteris_sp., 115 Nycticebus_coucang, 116 Nyctimene_albiventer, 117 Ochotona_sp., 118 Octodontomys_gliroides, 119 Odobenus_rosmarus, 120 Okapia_johnstoni, 121 Ornithorhynchus_anatinus, 122 Orycteropus_afer, 123 Otolemur_garnettii, 124 Pecari_tajacu, 125 Pedetes_sp., 126 Petaurus_breviceps, 127 Petromus_typicus, 128 Petromyscus_sp., 129 Phascolarctos_cinereus, 130 Phoca_vitulina, 131 Phocoena_phocoena, 132 Physeter_macrocephalus, 133 Platanista_gangetica, 134 Podogymnura_truei, 135 Pontoporia_blainvillei, 136 Prionodon_linsang, 137 Procavia_capensis, 138 Procyon_lotor, 139 Propithecus_verreauxi, 140 Pseudochirops_cupreus, 141 Pteronotus_parnellii, 142 Pteropus_sp., 143 Ptilocercus_lowii, 144 Rhinolophus_creaghi, 145 Rhinopoma_hardwickii, 146 Rhynchocyon_petersi, 147 Rhyncholestes_raphanurus, 148 Sciuridae, 149 Solenodon_paradoxus, 150 Sorex_sp., 151 Spalax_sp., 152 Suricata_suricatta, 153 Sus_scrofa, 154 Tachyglossus_aculeatus, 155 Tadarida_brasiliensis, 156 Taeniopygia_guttata, 157 Talpa_sp., 158 Tapirus_indicus, 159 Tarsipes_rostratus, 160 Tarsius_sp., 161 Thryonomys_swinderianus, 162 Thyroptera_tricolor, 163 Tragulus_napu, 164 Trichechus_manatus, 165 Trichosurus_vulpecula, 166 Tupaia_sp., 167 Tursiops_truncatus, 168 Vombatus_ursinus, 169 Xenopus_laevis; TREE 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END; BEGIN TREES; TITLE Mammal_AA_Result; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Abrocoma_bennettii, 2 Acrobates_pygmaeus, 3 Aepyprymnus_rufescens, 4 Cuniculus_taczanowskii, 5 Ailuropoda_melanoleuca, 6 Ailurus_fulgens, 7 Amblysomus_hottentotus, 8 Anolis_carolinensis, 9 Anomalurus_beecrofti, 10 Antilocapra_americana, 11 Aplodontia_rufa, 12 Arctocephalus_forsteri, 13 Artibeus_jamaicensis, 14 Ateles_fusciceps, 15 Bos_taurus, 16 Bradypus_tridactylus, 17 Caenolestes_fuliginosus, 18 Callithrix_jacchus, 19 Calomyscus_sp., 20 Caluromys_philander, 21 Canis_familiaris, 22 Caperea_marginata, 23 Capromys_pilorides, 24 Castor_canadensis, 25 Cavia_porcellus, 26 Cebus_albifrons, 27 Ceratotherium_simum, 28 Cercartetus_nanus, 29 Cervus_nippon, 30 Chinchilla_lanigera, 31 Choloepus_sp., 32 Chrysochloris_asiatica, 33 Craseonycteris_thonglongyai, 34 Cricetus_cricetus, 35 Crocuta_crocuta, 36 Ctenodactylus_gundi, 37 Ctenomys_boliviensis, 38 Cyclopes_didactylus, 39 Cynocephalus_volans, 40 Danio_rerio, 41 Dasyprocta_punctata, 42 Dasypus_novemcinctus, 43 Dasyurus_albopunctatus, 44 Daubentonia_madagascariensis, 45 Delphinapterus_leucas, 46 Didelphis_virginiana, 47 Dinomys_branickii, 48 Dipodomys_heermanni, 49 Dromiciops_gliroides, 50 Dugong_dugon, 51 Echinops_telfairi, 52 Echymipera_kalubu, 53 Elephantulus_rufescens, 54 Elephas_maximus, 55 Emballonuridae, 56 Equus_caballus, 57 Erethizon_dorsatum, 58 Erinaceus_sp., 59 Eschrichtius_robustus, 60 Eubalaena_australis, 61 Felis_catus, 62 Fossa_fossana, 63 Furipterus_horrens, 64 Galeopterus_variegatus, 65 Gallus_gallus, 66 Genetta_genetta, 67 Geomyidae, 68 Gliridae, 69 Glironia_venusta, 70 Heterocephalus_glaber, 71 Heterohyrax_brucei, 72 Hippopotamidae, 73 Hipposideros_commersoni, 74 Homo_sapiens, 75 Hoplomys_gymnurus, 76 Hydrochoerus_hydrochaeris, 77 Hypsiprymnodon_moschatus, 78 Hystrix_sp., 79 Inia_geoffrensis, 80 Isoodon_macrourus, 81 Jaculus_jaculus, 82 Kogia_breviceps, 83 Lama_glama, 84 Laonastes_aenigmamus, 85 Lemur_catta, 86 Oryctolagus_cuniculus, 87 Loxodonta_africanus, 88 Macaca_mulatta, 89 Macropus_eugenii, 90 Macrotis_lagotis, 91 Manis_pentadactyla, 92 Manis_tricuspis, 93 Megaderma_lyra, 94 Megaptera_novaeangliae, 95 Meles_meles, 96 Mephitis_mephitis, 97 Mesoplodon_bidens, 98 Microcebus_murinus, 99 Miniopterus_sp., 100 Monodelphis_domestica, 101 Moschus_sp., 102 Mus_musculus, 103 Myocastor_coypus, 104 Myotis_lucifugus, 105 Myrmecobius_fasciatus, 106 Myrmecophaga_tridactyla, 107 Mystacina_tuberculata, 108 Myzopoda_aurita, 109 Nandinia_binotata, 110 Natalus_stramineus, 111 Noctilio_sp., 112 Nomascus_leucogenys, 113 Notoryctes_typhlops, 114 Nycteris_sp., 115 Nycticebus_coucang, 116 Nyctimene_albiventer, 117 Ochotona_sp., 118 Octodontomys_gliroides, 119 Odobenus_rosmarus, 120 Okapia_johnstoni, 121 Ornithorhynchus_anatinus, 122 Orycteropus_afer, 123 Otolemur_garnettii, 124 Pecari_tajacu, 125 Pedetes_sp., 126 Petaurus_breviceps, 127 Petromus_typicus, 128 Petromyscus_sp., 129 Phascolarctos_cinereus, 130 Phoca_vitulina, 131 Phocoena_phocoena, 132 Physeter_macrocephalus, 133 Platanista_gangetica, 134 Podogymnura_truei, 135 Pontoporia_blainvillei, 136 Prionodon_linsang, 137 Procavia_capensis, 138 Procyon_lotor, 139 Propithecus_verreauxi, 140 Pseudochirops_cupreus, 141 Pteronotus_parnellii, 142 Pteropus_sp., 143 Ptilocercus_lowii, 144 Rhinolophus_creaghi, 145 Rhinopoma_hardwickii, 146 Rhynchocyon_petersi, 147 Rhyncholestes_raphanurus, 148 Sciuridae, 149 Solenodon_paradoxus, 150 Sorex_sp., 151 Spalax_sp., 152 Suricata_suricatta, 153 Sus_scrofa, 154 Tachyglossus_aculeatus, 155 Tadarida_brasiliensis, 156 Taeniopygia_guttata, 157 Talpa_sp., 158 Tapirus_indicus, 159 Tarsipes_rostratus, 160 Tarsius_sp., 161 Thryonomys_swinderianus, 162 Thyroptera_tricolor, 163 Tragulus_napu, 164 Trichechus_manatus, 165 Trichosurus_vulpecula, 166 Tupaia_sp., 167 Tursiops_truncatus, 168 Vombatus_ursinus, 169 Xenopus_laevis; TREE Imported_tree_AA = [&R] 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