#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 10:45 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Perez K.E., & Cunningham C. 2011. Evolution in Niche and Morphology in Mexican Land Snails. Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11878] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=85; TAXLABELS Daedalochila_hippocrepis Linisa_tamaulipasensis Lobosculum_pustula Millerelix_mooreana Polygyra_cereolus Polygyra_septemvolva 'Praticolella "pachyloma" taeniata S1' 'Praticolella "pachyloma" taeniata S2' 'Praticolella "taeniata" griseola C1' 'Praticolella "taeniata" griseola C2' 'Praticolella "taeniata" griseola C3' Praticolella_berlandieriana_A_ESU4 Praticolella_berlandieriana_D1_ESU4 Praticolella_berlandieriana_D2_ESU4 Praticolella_berlandieriana_D3_ESU4 Praticolella_berlandieriana_D4_ESU4 Praticolella_berlandieriana_G1_ESU4 Praticolella_berlandieriana_G2_ESU4 Praticolella_berlandieriana_G3_ESU4 Praticolella_berlandieriana_G4_ESU4 Praticolella_berlandieriana_G5_ESU4 Praticolella_berlandieriana_H_ESU4 Praticolella_berlandieriana_L_ESU4 Praticolella_berlandieriana_M1_ESU3 Praticolella_berlandieriana_M2_ESU3 Praticolella_berlandieriana_M3_ESU3 Praticolella_berlandieriana_R_ESU4 Praticolella_berlandieriana_V1_ESU2 Praticolella_berlandieriana_V2_ESU2 Praticolella_berlandieriana_V3_ESU2 Praticolella_berlandieriana_Y_ESU4 Praticolella_berlandieriana_berlandieriana_B1 Praticolella_berlandieriana_berlandieriana_N1 Praticolella_berlandieriana_berlandieriana_N2 Praticolella_candida_candida_S1 Praticolella_candida_candida_S2 Praticolella_candida_candida_S3 Praticolella_flavescens_Flavescens_O1 Praticolella_flavescens_Flavescens_O2 Praticolella_flavescens_flavescens_P1 Praticolella_flavescens_flavescens_P2 Praticolella_flavescens_flavescens_P3 Praticolella_griseola_Berlandieriana_J1 Praticolella_griseola_Berlandieriana_J2 Praticolella_griseola_Griseola_R1 Praticolella_griseola_H1_ESU6 Praticolella_griseola_H2_ESU6 Praticolella_griseola_H3_ESU6 Praticolella_griseola_K_ESU4 Praticolella_griseola_L_ESU4 Praticolella_griseola_R2_ESU4 Praticolella_griseola_U1_ESU4 Praticolella_griseola_U2_ESU4 Praticolella_griseola_U3_ESU4 Praticolella_griseola_griseola_M1 Praticolella_griseola_griseola_M2 Praticolella_griseola_griseola_P Praticolella_griseola_griseola_T Praticolella_griseola_griseola_V1 Praticolella_griseola_griseola_V3 Praticolella_jejuna_S1 Praticolella_jejuna_S3 Praticolella_jejuna_S4 Praticolella_martensiana Praticolella_pachyloma_K1_ESU1 Praticolella_pachyloma_Sp._C1 Praticolella_pachyloma_Sp._C2 Praticolella_pachyloma_Sp._R Praticolella_pachyloma_Taeniata_W1 Praticolella_pachyloma_Taeniata_W2 Praticolella_pachyloma_candida_T_banded Praticolella_pachyloma_candida_T_unbanded Praticolella_pachyloma_pachyloma_R1 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R2 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R3 Praticolella_pachyloma_taeniata_S1 Praticolella_pachyloma_taeniata_S2 Praticolella_sp. Praticolella_sp._I Praticolella_sp._J Praticolella_sp._T_ESU5 Praticolella_sp._X Praticolella_trimatris_R1 Praticolella_trimatris_R2 Triodopsis_vannostrandi ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=48; TAXLABELS Daedalochila_hippocrepis Lobosculum_pustula Millerelix_mooreana Polygyra_cereolus Polygyra_septemvolva Praticolella_berlandieriana_B1 Praticolella_berlandieriana_M1_ESU3 Praticolella_berlandieriana_N1 Praticolella_berlandieriana_N2 Praticolella_berlandieriana_V1_ESU2 Praticolella_berlandieriana_V2_ESU2 Praticolella_berlandieriana_V3_ESU2 Praticolella_candida_candida_S1 Praticolella_candida_candida_S2 Praticolella_candida_candida_S3 Praticolella_candida_candidaS4 Praticolella_flavescens_O1 Praticolella_flavescens_O2 Praticolella_flavescens_P1 Praticolella_flavescens_P2 Praticolella_flavescens_T Praticolella_griseola_C1 Praticolella_griseola_C2 Praticolella_griseola_H2_ESU6 Praticolella_griseola_berlandieriana_J1 Praticolella_jejuna Praticolella_mexicana_ESU4JX Praticolella_pachyloma_K1_ESU1 Praticolella_pachyloma_K2_ESU1 Praticolella_pachyloma_K3_ESU1 Praticolella_pachyloma_K4_ESU1 Praticolella_pachyloma_SP.C1 Praticolella_pachyloma_SP.C2 Praticolella_pachyloma_candida_T_banded Praticolella_pachyloma_candida_T_unbanded Praticolella_pachyloma_pachyloma_R1 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R2 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R3 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R4 Praticolella_pachyloma_taeniata_S1 Praticolella_pachyloma_taeniata_S2 Praticolella_pachyloma_taeniata_S3 Praticolella_pachyloma_taeniata_W1 Praticolella_sp._T_ESU5 Praticollela_trimatris_R1 Praticollela_trimatris_R2 Praticollela_trimatris_R3 Triodopsis_vannostrandi ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10238] TITLE all_H3_names_KEP; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=358; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Daedalochila_hippocrepis ?GCAT{AG}AT?GTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACAGGTTGGTGTCCTCGAAGAGCCCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGCCGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCAATCTCTCGCACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTT{AG}CGGATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGCCTGTA?CGATGGGGCTTCTTGACACCGCCGGTGGCCGGGGCCGACTTCCTGGCGGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGCCGTCTGCTTGG??? Lobosculum_pustula GGCATAATAGTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACAGGTTGGTGTCCTCGAAGAGTCCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGC{GT}GAGCTCTGGAAACGCAGGTCGGTCTTGTAGTC{CT}TGGGCGATTTCTCGCACCAGGCGCTGGAA{GT}GGCAGCTTGCGGATCAGCAGCTCGGT{AG}CTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACAGTGCCGGGCCTGTACCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCCGGGGCCGACTTCCTGGCCGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGC?GTCTGCTTGG??? Millerelix_mooreana GGCATAATAGTGACGCGCTTGGCGTGGATGGCGCACAGGTTGGTGTCCTCGAACAGACCCACCAGGTAAGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCTCACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCGGATCAACAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCCGGGGCCGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTGCGGGCCGTCTGCTTGG??? Polygyra_cereolus ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CAGGTCCGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCGGACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCGGATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGTCGGTAGCGATGCGGCTTCTTGACCCCGCCGGTGGCCGGGGCCGACTTCCGGGCCGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGGGCCTTGCCTCCGGTCGATTTGCGGGC?GTCTGCTTGG??? Polygyra_septemvolva GGCAT{AT}AT{AG}GTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACAGGTTGGTGTCCTCGAACAGACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCTTCCTGCAGGGCCATCACGGCCGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCCGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCGGACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCGGATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGTCGGTAGCGATGCGGCTTCTTG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Praticolella_berlandieriana_B1 GGCAT{AG}AT{AG}GTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACAGGTTGGTGTCCTCGAACAAACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCTGACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCGGATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACTGTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCAGGGGCTGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGC?GTCTGCTTGGTAC Praticolella_berlandieriana_M1_ESU3 GGCATAATAGTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACAGGTTGGTGTCCTCGAACAGACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCT{CG}ACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCGGATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCAGGGGCTGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGCCGTCTGCTTGGTAC Praticolella_berlandieriana_N1 ????????????????GCTTTGCGTGGATGGCGCACAGGTTGGTGTCCTCGAACAGACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCTGACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCGGATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCAGGGGCTGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGC?GTCTGCTTGGTAC Praticolella_berlandieriana_N2 GGCAT{AG}AT{AG}GTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACAGGTTGGTGTCCTCGAACA{AG}ACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCTGACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCGGATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCAC{GT}GTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCAGGGGCTGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGC?GTCTGCTTGGTAC Praticolella_berlandieriana_V1_ESU2 GGCATAATAGTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACA{AG}GTTGGTGTCCTCGAACAGACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCTCACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCGGATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCC{AG}GTGGC{AT}GGGGCCGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGC?GTCTGCTTGGTAC Praticolella_berlandieriana_V2_ESU2 GGCATAATAGTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACAGGTTGGTGTCCTCGAACAGACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCTCACCAGACGCTGGAAGGGCAGCTTGCGAATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATTTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCAGGGGCCGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGC?GTCTGCTTGGTAC Praticolella_berlandieriana_V3_ESU2 GGCATAAT{AG}GTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACAGGTTGGTGTCCTCGAACA{AG}ACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCTGACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCGGATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCAC{GT}GTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCAGGGGCTGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGC?GTCTGCTTGGTAC Praticolella_candida_candida_S1 ?GCATAATAGTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACAAGTTGGTGTCCTCGAACAGACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCTGACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCGGATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCAGGGGCTGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGC?GTCTGCTTGGTAC Praticolella_candida_candida_S2 ?GCATAATAGTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACA{AG}GTTGGTGTC{CT}TCGAACAGACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGAC{GT}GCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCT{CG}ACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCG{AG}ATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCAGGGGCCGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGC?GTCTGCTTGGTAC Praticolella_candida_candida_S3 GGCATAATAGTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACAGGTTGGTGTCCTCGAACAGACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCT{CG}ACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCGGATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCAGGGGCTGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGC?GTCTGCTTGGTAC Praticolella_candida_candidaS4 GGCATAATAGTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACA{AG}GTTGGTGTCTTCGAACAGACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGAC{CG}GCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCTGACCAGGCGCTGGAAGGGCAGCTTGCGGATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCAGGGGCCGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGC?GTCTGCTTGGTAC Praticolella_flavescens_O1 ?GCATAATAGTGACACGCTTGGCGTGGATGGCGCACAGGTTGGTGTCCTCGAACAGACCCACCAGGTAGGCCTCGCTGGCCTCTTGCAGGGCCATGACGGCGGAGCTCTGGAAGCGCAGGTCGGTCTTGAAGTCCTGGGCGATCTCTCTCACCAGACGCTGGAAGGGCAGCTTGCGAATCAGCAGCTCGGTGCTCTTCTGGTAACGCCGGATCTCTCGCAGGGCCACGGTGCCGGGCCTGTAGCGATGGGGTTTCTTGACACCTCCGGTGGCAGGGGCCGACTTCCTGGCTGCCTTGGTGGCCAGCTGCTTGCGGGGAGCCTTGCCTCCGGTAGATTTACGGGC?GTCTGCTTG???? 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"taeniata" griseola C2' 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Praticolella_berlandieriana_A_ESU4 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Praticolella_berlandieriana_V3_ESU2 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Praticolella_pachyloma_Taeniata_W1 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CHARSET 3RD (CHARACTERS = 85_tax_all_indiv_combined) = 490 493 496 499 502 505 508 511 514 517 520 523 526 529 532 535 538 541 544 547 550 553 556 829 832 559 562 565 568 571 835 838 841 574 577 580 583 586 844 847 589 850 592 595 598 601 604 853 856 859 607 610 862 865 868 871 874 613 616 619 622 877 880 883 625 628 631 634 886 889 892 895 898 637 640 643 646 649 652 901 904 907 655 658 661 664 667 910 913 916 670 673 676 679 919 922 682 685 925 928 688 691 694 697 931 700 934 937 703 706 709 712 940 943 946 949 952 955 958 961 964 967 970 973 976 979 715 718 721 724 727 730 733 736 739 742 745 748 751 754 757 760 763 766 769 772 775 778 781 784 787 790 793 796 799 802 805 808 811 814 817 820 823 826; CHARSET c01 (CHARACTERS = 85_tax_all_indiv_combined) = 488-980; CHARSET 16s (CHARACTERS = 85_tax_all_indiv_combined) = 1-487; CHARSET 1ST (CHARACTERS = 85_tax_all_indiv_combined) = 956 959 962 965 968 971 974 977 980 491 494 497 500 503 506 509 512 515 518 521 524 527 530 533 536 539 542 545 548 551 554 557 560 563 566 569 572 575 578 581 584 587 590 593 596 599 602 605 608 611 614 617 620 623 626 629 632 635 638 641 644 647 650 653 656 659 662 665 668 671 674 677 680 683 686 689 692 695 698 701 704 707 710 713 716 719 722 725 728 731 734 737 740 743 746 749 752 755 758 761 764 767 770 773 776 779 782 785 788 791 794 797 800 803 806 809 812 815 818 821 824 827 830 833 836 839 842 845 848 851 854 857 860 863 866 869 872 875 878 881 884 887 890 893 896 899 902 905 908 911 914 917 920 923 926 929 932 935 938 941 944 947 950 953; CHARSET 2ND (CHARACTERS = 85_tax_all_indiv_combined) = 891 894 897 900 903 906 909 912 915 918 921 924 927 930 933 936 939 942 945 948 489 492 495 498 501 504 507 510 513 516 519 522 525 528 531 534 537 540 543 546 549 951 552 555 558 954 561 564 957 567 960 570 573 963 576 579 966 582 585 969 588 972 975 978 591 594 597 600 603 606 609 612 615 618 621 624 627 630 633 636 639 642 645 648 651 654 657 660 663 666 669 672 675 678 681 684 687 690 693 696 699 702 705 708 711 714 717 720 723 726 729 732 735 738 741 744 747 750 753 756 759 762 765 768 771 774 777 780 783 786 789 792 795 798 801 804 807 810 813 816 819 822 825 828 831 834 837 840 843 846 849 852 855 858 861 864 867 870 873 876 879 882 885 888; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = 85_tax_all_indiv_combined) = N: 1-488, 1: 491-980\3, 2: 489-978\3, 3: 490-979\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 85_tax_all_indiv_combined) = N: 1-488, 1: 491-980\3, 2: 489-978\3, 3: 490-979\3; END; BEGIN TREES; TITLE H3_Result; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Praticolella_berlandieriana_B1, 2 Praticolella_berlandieriana_N1, 3 Praticolella_berlandieriana_N2, 4 Praticolella_candida_candida_S1, 5 Praticolella_candida_candida_S2, 6 Praticolella_candida_candida_S3, 7 Praticolella_candida_candidaS4, 8 Daedalochila_hippocrepis, 9 Praticolella_pachyloma_K1_ESU1, 10 Praticolella_pachyloma_K2_ESU1, 11 Praticolella_pachyloma_K3_ESU1, 12 Praticolella_pachyloma_K4_ESU1, 13 Praticolella_berlandieriana_V1_ESU2, 14 Praticolella_berlandieriana_V2_ESU2, 15 Praticolella_berlandieriana_V3_ESU2, 16 Praticolella_berlandieriana_M1_ESU3, 17 Praticolella_mexicana_ESU4JX, 18 Praticolella_sp._T_ESU5, 19 Praticolella_griseola_H2_ESU6, 20 Praticolella_flavescens_O1, 21 Praticolella_flavescens_O2, 22 Praticolella_flavescens_T, 23 Praticolella_flavescens_P1, 24 Praticolella_flavescens_P2, 25 Praticolella_griseola_berlandieriana_J1, 26 Lobosculum_pustula, 27 Millerelix_mooreana, 28 Praticolella_pachyloma_SP.C1, 29 Praticolella_pachyloma_SP.C2, 30 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R1, 31 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R2, 32 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R3, 33 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R4, 34 Praticolella_pachyloma_taeniata_S1, 35 Praticolella_pachyloma_taeniata_S2, 36 Praticolella_pachyloma_taeniata_S3, 37 Praticolella_pachyloma_candida_T_banded, 38 Praticolella_pachyloma_candida_T_unbanded, 39 Praticolella_pachyloma_taeniata_W1, 40 Polygyra_cereolus, 41 Polygyra_septemvolva, 42 Praticolella_jejuna, 43 Praticolella_griseola_C1, 44 Praticolella_griseola_C2, 45 Praticollela_trimatris_R1, 46 Praticollela_trimatris_R2, 47 Praticollela_trimatris_R3, 48 Triodopsis_vannostrandi; TREE PAUP_1 = [&R] (48:0.0346665,(8:0.040676,16:0.003539,17:0.003604,18:0.0,19:0.0,25:0.017929,26:0.04549,27:0.022287,42:0.057412,(40:0.0,41:0.0):0.076337,(43:0.004693,44:0.0):0.0,(1:0.007403,2:0.003795,3:0.0):0.00362,(13:0.003692,14:0.014922,15:0.003667):1.644E-8,(45:0.003618,46:0.011125,47:0.003629):0.0,(4:0.00726,5:0.0,6:0.003599,7:0.003637):0.0,(9:0.0,10:0.0,11:0.003747,12:0.019662):0.010959,(20:0.011163,21:0.0,22:0.007225,23:0.0,24:0.004124):0.0,(28:0.009475,29:0.011089,30:0.0,31:0.003786,32:0.011382,33:0.0,34:0.015023,35:0.014576,36:0.014577,37:0.007344,38:0.011222,39:0.010917):0.0):0.0346665); END; BEGIN TREES; TITLE '16s, COi 85 taxa Result'; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Triodopsis_vannostrandi, 2 Praticolella_trimatris_R1, 3 Praticolella_sp., 4 Praticolella_berlandieriana_H_ESU4, 5 'Praticolella "pachyloma" taeniata S1', 6 'Praticolella "pachyloma" taeniata S2', 7 Praticolella_griseola_Berlandieriana_J1, 8 Praticolella_griseola_Berlandieriana_J2, 9 Praticolella_berlandieriana_L_ESU4, 10 Praticolella_griseola_Griseola_R1, 11 Praticolella_berlandieriana_M1_ESU3, 12 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R1, 13 'Praticolella "taeniata" griseola C1', 14 'Praticolella "taeniata" griseola C2', 15 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R2, 16 Praticolella_pachyloma_Sp._C1, 17 Praticolella_pachyloma_Sp._R, 18 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R3, 19 'Praticolella "taeniata" griseola C3', 20 Praticolella_flavescens_Flavescens_O1, 21 Praticolella_flavescens_Flavescens_O2, 22 Praticolella_pachyloma_Taeniata_W1, 23 Praticolella_pachyloma_Sp._C2, 24 Praticolella_jejuna_S1, 25 Praticolella_jejuna_S3, 26 Praticolella_jejuna_S4, 27 Praticolella_berlandieriana_V1_ESU2, 28 Praticolella_berlandieriana_V2_ESU2, 29 Praticolella_berlandieriana_V3_ESU2, 30 Praticolella_berlandieriana_Y_ESU4, 31 Praticolella_berlandieriana_R_ESU4, 32 Praticolella_berlandieriana_G5_ESU4, 33 Praticolella_berlandieriana_G2_ESU4, 34 Praticolella_pachyloma_taeniata_S2, 35 Praticolella_pachyloma_taeniata_S1, 36 Praticolella_berlandieriana_G4_ESU4, 37 Praticolella_berlandieriana_D1_ESU4, 38 Polygyra_septemvolva, 39 Praticolella_griseola_H2_ESU6, 40 Praticolella_sp._J, 41 Praticolella_sp._X, 42 Praticolella_sp._I, 43 Praticolella_berlandieriana_G3_ESU4, 44 Praticolella_berlandieriana_G1_ESU4, 45 Praticolella_pachyloma_Taeniata_W2, 46 Praticolella_sp._T_ESU5, 47 Praticolella_berlandieriana_M2_ESU3, 48 Praticolella_candida_candida_S3, 49 Millerelix_mooreana, 50 Daedalochila_hippocrepis, 51 Polygyra_cereolus, 52 Linisa_tamaulipasensis, 53 Praticolella_berlandieriana_D2_ESU4, 54 Praticolella_berlandieriana_D3_ESU4, 55 Praticolella_berlandieriana_D4_ESU4, 56 Praticolella_griseola_U1_ESU4, 57 Praticolella_griseola_U2_ESU4, 58 Praticolella_griseola_U3_ESU4, 59 Praticolella_griseola_K_ESU4, 60 Praticolella_griseola_L_ESU4, 61 Lobosculum_pustula, 62 Praticolella_griseola_H1_ESU6, 63 Praticolella_griseola_H3_ESU6, 64 Praticolella_martensiana, 65 Praticolella_candida_candida_S2, 66 Praticolella_griseola_R2_ESU4, 67 Praticolella_griseola_griseola_T, 68 Praticolella_griseola_griseola_V1, 69 Praticolella_flavescens_flavescens_P1, 70 Praticolella_flavescens_flavescens_P2, 71 Praticolella_griseola_griseola_P, 72 Praticolella_berlandieriana_A_ESU4, 73 Praticolella_flavescens_flavescens_P3, 74 Praticolella_pachyloma_candida_T_unbanded, 75 Praticolella_pachyloma_candida_T_banded, 76 Praticolella_griseola_griseola_M1, 77 Praticolella_griseola_griseola_M2, 78 Praticolella_griseola_griseola_V3, 79 Praticolella_berlandieriana_berlandieriana_N1, 80 Praticolella_berlandieriana_berlandieriana_N2, 81 Praticolella_berlandieriana_M3_ESU3, 82 Praticolella_candida_candida_S1, 83 Praticolella_trimatris_R2, 84 Praticolella_pachyloma_K1_ESU1, 85 Praticolella_berlandieriana_berlandieriana_B1; TREE best = [&R] (((1:0.37686948,((49:0.25883423,50:0.58141225):0.03753776,(61:0.56011956,(25:1.0E-8,(24:1.0E-8,26:1.0E-8):1.0E-8):0.27411265):0.04686397):0.05669634):0.02509544,((38:0.01272904,51:0.05745921):0.24771044,(52:0.21883471,(64:0.03808469,(41:0.00129785,(40:0.00415078,42:1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):0.18567949):0.10193648):0.1071164):0.076795595,(((39:1.0E-8,62:0.01343244):0.15940178,(14:0.0025211,(13:0.00409698,19:0.0039485):0.00271464):0.12501596):0.02843921,((84:0.17107869,((79:1.0E-8,(80:0.00112386,85:0.01686838):0.0011925):0.18462688,(6:0.01791342,((18:0.00114094,(17:0.00312306,(3:1.0E-8,(12:1.0E-8,15:1.0E-8):0.0039288):0.00241623):7.1936E-4):0.01322298,((5:0.02630154,(34:0.00239646,35:0.00936432):0.00236253):0.00722497,((74:0.00456248,75:0.00577999):0.00430526,(23:0.00402994,(22:0.00624676,(16:1.0E-8,45:1.0E-8):0.00524464):0.00254105):0.00228417):0.00953943):0.00214944):0.01434424):0.07265183):0.06474956):0.02748224,(46:0.27444665,((2:0.00300242,83:7.3919E-4):0.15267192,((73:0.1136338,(20:0.11901931,(21:0.14567998,(69:0.00875717,70:0.01297125):0.10595226):0.01790049):0.01424555):0.08730604,(((65:1.0E-8,(48:0.01067619,82:1.0E-8):1.0E-8):0.10375807,(((10:1.0E-8,67:0.01546105):0.02646617,(63:0.08831239,71:0.02464861):1.0E-8):0.04047575,((68:0.01160513,78:0.01839888):0.03084633,((7:1.0E-8,8:1.0E-8):0.06079127,(76:0.01800479,77:0.04200257):0.00653248):0.00916633):0.00459603):0.10703758):0.04593348,(((11:0.0016775,(47:0.00123643,81:0.00803558):0.00461674):0.03554938,(29:1.0E-8,(27:0.00119715,28:0.00238504):1.0E-8):0.04233076):0.03252148,(55:0.06970051,(56:1.0E-8,((58:0.00116921,(44:0.00118721,(4:0.00117089,9:1.0E-8):0.00117146):0.00115803):0.00127802,(57:1.0E-8,((33:0.00360679,66:0.00324517):1.0E-8,((60:1.0E-8,(43:1.0E-8,53:1.0E-8):0.00148888):1.0E-8,((31:1.0E-8,(30:0.00117609,54:1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8,(59:0.00591379,(32:1.0E-8,(72:0.00445601,(36:0.00716555,37:0.00978755):0.00321045):6.3969E-4):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):0.00352215):0.00456402):1.0E-8):1.0E-8):0.04243034):0.02484604):0.06377916):0.00349727):0.03305489):0.019387):0.02172751):0.00696074):0.076795595); END;