#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 11:02 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Johnson W.E., Eizirik E., Pecon-slattery J., Murphy W., Antunes A., Teeling E., & O'brien S. 2006. The Late Miocene Radiation of Modern Felidae: A Genetic Assessment. Science, 311(5757): 73-77. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11931] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Acinonyx_jubatus Caracal_caracal Felis_bieti Felis_catus Felis_chaus Felis_libyca Felis_margarita Felis_nigripes Felis_silvestris Leopardus_colocolo Leopardus_geoffroyi Leopardus_guigna Leopardus_jacobitus Leopardus_pardalis Leopardus_tigrinus Leopardus_wiedii Leptailurus_serval Lynx_canadensis Lynx_lynx Lynx_pardinus Lynx_rufus Neofelis_nebulosa Otocolobus_manul Panthera_leo Panthera_onca Panthera_pardus Panthera_tigris Panthera_uncia Pardofelis_badia Pardofelis_marmorata Pardofelis_temminckii Prionailurus_bengalensis Prionailurus_planiceps Prionailurus_rubiginosus Prionailurus_viverrinus Prionodon_linsang Profelis_aurata Puma_concolor Puma_yagouaroundi ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10311] TITLE 'Felid loci: 19 aDNA, 5 X-DNA, 6 Y-DNA, 9 mtDNA'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=19984; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Felis_margarita 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Felis_silvestris 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Leopardus_pardalis 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Leopardus_tigrinus 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Panthera_tigris 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; END; BEGIN TREES; TITLE 'Felid loci: 19 aDNA, 5 X-DNA, 6 Y-DNA, 9 mtDNA'; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Felis_catus, 2 Felis_silvestris, 3 Felis_libyca, 4 Felis_bieti, 5 Felis_margarita, 6 Felis_chaus, 7 Felis_nigripes, 8 Otocolobus_manul, 9 Prionailurus_rubiginosus, 10 Prionailurus_bengalensis, 11 Prionailurus_viverrinus, 12 Prionailurus_planiceps, 13 Puma_concolor, 14 Puma_yagouaroundi, 15 Acinonyx_jubatus, 16 Lynx_pardinus, 17 Lynx_lynx, 18 Lynx_canadensis, 19 Lynx_rufus, 20 Caracal_caracal, 21 Profelis_aurata, 22 Leptailurus_serval, 23 Leopardus_pardalis, 24 Leopardus_wiedii, 25 Leopardus_jacobitus, 26 Leopardus_geoffroyi, 27 Leopardus_guigna, 28 Leopardus_colocolo, 29 Leopardus_tigrinus, 30 Pardofelis_badia, 31 Pardofelis_temminckii, 32 Pardofelis_marmorata, 33 Panthera_leo, 34 Panthera_pardus, 35 Panthera_tigris, 36 Panthera_onca, 37 Panthera_uncia, 38 Neofelis_nebulosa, 39 Prionodon_linsang; TREE Fig._1 = [&R] ((38:0.005136,((35:0.001999,37:0.003067):6.82E-4,(34:0.002092,(33:8.96E-4,36:0.002218):5.13E-4):6.07E-4):0.002198):0.003972,((32:0.00518,(30:0.002788,31:0.003551):0.001086):0.00363,((22:0.005199,(20:0.001724,21:0.002112):0.003628):0.002819,(((23:0.001942,24:0.001493):8.03E-4,((25:0.0027,28:9.3E-4):0.001265,(29:0.001158,(26:8.94E-4,27:7.33E-4):2.06E-4):0.001229):6.32E-4):0.005864,((19:0.003713,(18:0.001202,(16:0.001242,17:8.1E-4):3.08E-4):0.001022):0.00382,((15:0.004758,(13:0.003595,14:0.003129):6.77E-4):0.001552,((8:0.006356,(9:0.003223,(12:0.00256,(10:0.002243,11:0.003096):3.45E-4):0.001675):0.001174):3.6E-4,(6:0.00341,(7:0.002401,(5:0.003836,((1:0.001089,2:7.12E-4):4.13E-4,(3:0.00194,4:8.53E-4):2.71E-4):0.001312):7.05E-4):3.76E-4):0.002961):5.17E-4):5.11E-4):8.72E-4):4.24E-4):0.001024):0.001876); END;