#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 18:15 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Groenenberg D., Neubert E., & Gittenberger E. 2011. Reappraisal of the ‘‘Molecular phylogeny of Western Palaearctic Helicidae s.l. (Gastropoda: Stylommatophora)’’: When poor science meets GenBank. Molecular Phylogenetics and Evolution, : 10. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11972] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Albinaria_sp._AY546262_GR Arianta_arbustorum_AF296940_NL Arianta_arbustorum_AF296945_FR Arianta_arbustorum_AY546263_CH Caracollina_lenticula_AY546265_ES Caracollina_lenticula_JF717793_IT Cepaea_nemoralis_AY546270_DE Chilostoma_cingulatum_AY546274_IT Chilostoma_cingulatum_JF717794_AT Chilostoma_cingulatum_JF717795_IT Cochlicella_acuta_AY546275_FR Cochlicella_acuta_HQ237461_AU Eobania_vermiculata_AY546277_FR Helicigona_lapicida_AY546280_DE Helicigona_lapicida_andorrica_JF717796_ES Helicigona_lapicida_andorrica_JF717797_ES Helicigona_lapicida_andorrica_JF717798_ES Helicigona_lapicida_lapicida__JF717799_BE Helicigona_lapicida_lapicida_JF717800_DE Helicodonta_obvoluta_AY546281_CH Helicodonta_obvoluta_JF717801_NL Helicopsis_striata_AY546282_DE Iberus_gualtierianus_AY546285_ES Iberus_gualtierianus_gualtierianus_DQ822166_ES Iberus_marmoratus_EF440264_ES Isognomostoma_isognomostoma_AY546286_DE Isognomostoma_isognomostomos_JF717802_IT Isognomostoma_isognomostomos_JF717803_IT Marmorana_signata_JF717804_IT Oestophora_turriplana_AY546289_PT Otala_lactea_AY937263_ES Otala_punctata_AY546290_ES Otala_punctata_JF717805_ES Otala_punctata_JF717806_ES Otala_punctata_JF717807_ES Pseudotachea_splendida_AY546292_ES Pseudotachea_splendida_AY937265_ES Zonites_algirus_AY546301_FR Zonites_algirus_JF717808_GR ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=43; TAXLABELS Albinaria_caerulea_AY546342_GR Arianta_arbustorum_AY546343_CH Arianta_arbustorum_JF717809_FR Arianta_arbustorum_JF717810_NL Caracollina_lenticula_AY546345_ES Caracollina_lenticula_JF717811_IT Cepaea_nemoralis_AY546350_DE Chilostoma_cingulatum_AY546354_IT Chilostoma_cingulatum_JF717812_AT Chilostoma_cingulatum_JF717813_IT Cochlicella_acuta_AY546355_FR Cochlicella_acuta_AY741442_IT Cochlicella_acuta_AY741443_IT Eobania_vermiculata_AY546357_FR Eobania_vermiculata_AY741409_IT Helicigona_lapicida_AY546360_DE Helicigona_lapicida_andorrica_JF717814_ES Helicigona_lapicida_andorrica_JF717815_ES Helicigona_lapicida_andorrica_JF717816_ES Helicigona_lapicida_lapicida_JF717817_BE Helicigona_lapicida_lapicida_JF717818_DE Helicodonta_obvoluta_AY546361_CH Helicodonta_obvoluta_JF717819_NL Helicopsis_striata_AY546362_DE Iberus_gualterianus_AY546365_ES Iberus_gualtierianus_gualtierianus_DQ822116_ES Iberus_marmoratus_EF440214_ES Isognomostoma_isognomostoma_AY546366_DE Isognomostoma_isognomostomos_JF717820_IT Isognomostoma_isognomostomos_JF717821_IT Marmorana_signata_JF717822_IT Oestophora_turriplana_AY546369_PT Otala_lactea_AY937264_ES Otala_punctata_AY546370_ES Otala_punctata_JF717823_ES Otala_punctata_JF717824_ES Otala_punctata_JF717825_ES Pseudotachea_splendida_AY546372_ES Pseudotachea_splendida_AY937266_ES Zonites_algirus_AY546381_FR Zonites_algirus_JF717826_GR Zonites_casius_EF568987_GR Zonites_pergranulatus_cycladicus_EF568963_GR ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=58; TAXLABELS Albinaria_coerulea_X83390 Bradybaena_fruticum_AY741450 Candidula_intersecta_AY741437 Candidula_spadae_AY741435 Candidula_spadae_AY741436 Candidula_unifasciata_AY741438 Cantareus_apertus_AY741407 Cantareus_aspersa_AY741408 Cepaea_nemoralis_AY741406 Cernuella_cespitum_AY546351 Cernuella_cisalpina_AY741423 Cernuella_neglecta_AY546352 Cernuella_neglecta_AY741426 Cernuella_virgata_AY741422 Cernuellopsis_ghisottii_AY741429 Chilostoma_planospira_AY741412 Chilostoma_planospira_AY741413 Cochlicella_acuta_AY741442 Cochlicella_acuta_AY741443 Discus_catskillensis_AF063140 Elona_quimperiana_AY741449 Eobania_vermiculata_AY741409 Euhadra_herklotsi_Z71693 Helicella_itala_AY546358 Helicella_itala_AY741441 Helicella_obvia_AY546359 Helicella_obvia_GU331953 Helicigona_lapicida_AY546360 Helicodonta_obvoluta_AY741446 Helicodonta_obvoluta_AY741447 Helicotricha_carusoi_AY741434 Helix_lucorum_AY741410 Helix_pomatia_AY741411 Hygromia_cinctella_AY741421 Hygromia_limbata_AY546364 Ichnusomunda_sacchii_AY741424 Lindholmiola_girva_AY741448 Marmorana_saxetana_AY741414 Microxeromagna_armillata_AY741433 Monacha_cantiana_AY546367 Monacha_cantiana_AY741419 Monacha_cartusiana_AY741416 Monacha_martensiana_AY546368 Monacha_martensiana_AY741420 Monacha_parumcinta_AY741418 Monacha_sp._AY741417 Polloneriella_contermina_AY741425 Sphincterochila_candidissima_AY741445 Theba_pisana_AY741415 Trochoidea_pyramidata_AY741444 Trochoidea_seetzenii_AY546378 Xerolenta_obvia_AY741431 Xeromunda_durieui_AY741432 Xeromunda_sp._AY741430 Xerosecta_arigonis_AY741428 Xerosecta_cespitum_AY741427 Xerotricha_apicina_AY741440 Xerotricha_conspurcata_AY741439 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10431] TITLE 'Fig.2_COI'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=526; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Zonites_algirus_JF717826_GR GACCTTTAATTGGGGCCTAGAATGAATGAATAAAATGGGGGAAAACTGTCT--TAGCTATACTGATTAAAAATTTCTTTGAAGGTGAAAATTCCTTTAAA--ACTTTAATAGACGAGAAGACCCTAGGAGTTTAAAAATATTGTTTAAATAAAAATAAATTTTTTTTTGTTGGGGCGACAATTTAACAGAA--------------AACTTAAA---T-AAAAAAATTGACATAACGAAATTT---TTAATTAAGA----ATAAACTACCCTAGGGATAACAGCATAATTTTTTA-AAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGATTAGGAA Zonites_casius_EF568987_GR GACTTTTAAATGAGGCCTAGAATGAATGAAT-TTATGGATAAATACTGTC?--TAAGTAAATTGTTTAAAAGTTTCTTAATAGGTGAAAATTCCTTTAAA--AATTTAATAGACGAGAAGACCCTGGGAGTTTAA---------------------TTAGTATATTTTGTTGGGGCGAC?ATTTAACAAAT--------------AACTTAAATTTT-TAA--GTGTTTTAAACGAA?ATTT---TTAATTA?GG----GTAAACTACCCCAGGGATAACAGCATAATTTTTTG-AAAGTTTGTGACCTCGATGTT?????????? Zonites_pergranulatus_cycladicus_EF568963_GR GACCTTTAATTGAGGCCTGGAATGAATGAATAAAATGGGGGGAACCTGTCT--TTTTTACATTAATTAAAAATTACTTAGGAGGTGAAAATTCCTTTAAA--AATTTAATAGACGAGAAGACCCTAGGAGTTTAAAATAAAGGAAAAG----------------TTTTGTTGGGGCGACAATTTAACAAAA--------------AACTTAAAGTTT-AAATGGATTTTTATAACGATTTTT---CTAATTTAAA----ATAAACTACCCTAGGGATAACAGCATAATTTTTT--TAAGTTTGTGACCTCGATGTT?????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Fig.2_16S') = N: 1-326; END; BEGIN TREES; TITLE 'Trees from "16S-43-NJ-Fig2.tre"'; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Albinaria_caerulea_AY546342_GR, 2 Arianta_arbustorum_AY546343_CH, 3 Arianta_arbustorum_JF717809_FR, 4 Arianta_arbustorum_JF717810_NL, 5 Caracollina_lenticula_AY546345_ES, 6 Caracollina_lenticula_JF717811_IT, 7 Cepaea_nemoralis_AY546350_DE, 8 Chilostoma_cingulatum_AY546354_IT, 9 Chilostoma_cingulatum_JF717812_AT, 10 Chilostoma_cingulatum_JF717813_IT, 11 Cochlicella_acuta_AY546355_FR, 12 Cochlicella_acuta_AY741442_IT, 13 Cochlicella_acuta_AY741443_IT, 14 Eobania_vermiculata_AY546357_FR, 15 Eobania_vermiculata_AY741409_IT, 16 Helicigona_lapicida_andorrica_JF717814_ES, 17 Helicigona_lapicida_andorrica_JF717815_ES, 18 Helicigona_lapicida_andorrica_JF717816_ES, 19 Helicigona_lapicida_AY546360_DE, 20 Helicigona_lapicida_lapicida_JF717817_BE, 21 Helicigona_lapicida_lapicida_JF717818_DE, 22 Helicodonta_obvoluta_AY546361_CH, 23 Helicodonta_obvoluta_JF717819_NL, 24 Helicopsis_striata_AY546362_DE, 25 Iberus_gualterianus_AY546365_ES, 26 Iberus_gualtierianus_gualtierianus_DQ822116_ES, 27 Iberus_marmoratus_EF440214_ES, 28 Isognomostoma_isognomostoma_AY546366_DE, 29 Isognomostoma_isognomostomos_JF717820_IT, 30 Isognomostoma_isognomostomos_JF717821_IT, 31 Marmorana_signata_JF717822_IT, 32 Oestophora_turriplana_AY546369_PT, 33 Otala_lactea_AY937264_ES, 34 Otala_punctata_AY546370_ES, 35 Otala_punctata_JF717823_ES, 36 Otala_punctata_JF717824_ES, 37 Otala_punctata_JF717825_ES, 38 Pseudotachea_splendida_AY546372_ES, 39 Pseudotachea_splendida_AY937266_ES, 40 Zonites_algirus_AY546381_FR, 41 Zonites_algirus_JF717826_GR, 42 Zonites_casius_EF568987_GR, 43 Zonites_pergranulatus_cycladicus_EF568963_GR; TREE nj = [&R] (((((((((((((4:0.01096,3:0.00784):0.01347,2:0.02634):0.05433,((29:0.0,30:0.0):0.05207,28:0.0656):0.03806):0.00288,(10:0.0,9:0.0):0.0879):0.0068,((((16:0.00141,17:-0.00141):0.00158,18:3.2E-4):0.00493,5:0.01515):0.03717,((20:0.00555,21:0.00585):0.0062,11:0.03583):0.03626):0.0717):0.00902,(((((((35:0.0,36:0.0):0.0,37:0.0):0.00136,34:0.00243):0.07313,33:0.07008):0.02423,(((25:0.03458,27:0.02602):0.04372,(38:0.03771,39:0.02854):0.04537):0.01133,26:0.08301):0.02351):0.0062,(14:0.04305,15:0.02374):0.07165):0.00723,7:0.13038):0.00817):0.00104,(31:0.024,8:0.02665):0.07867):0.01585,(13:0.0067,12:0.00724):0.14151):0.0077,(19:0.09747,(24:0.13419,32:0.14117):0.01538):0.00306):0.00565,6:0.1277):0.00761,(22:0.00234,23:0.00142):0.11419):0.00892,(40:0.16471,1:0.15545):0.01573):0.07555,((43:0.05953,41:0.07089):0.00415,42:0.07756):0.00415); END; BEGIN TREES; TITLE 'Trees from "COI-39_3_3_1-NJ.tre"'; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Albinaria_sp._AY546262_GR, 2 Arianta_arbustorum_AF296940_NL, 3 Arianta_arbustorum_AF296945_FR, 4 Arianta_arbustorum_AY546263_CH, 5 Caracollina_lenticula_AY546265_ES, 6 Caracollina_lenticula_JF717793_IT, 7 Cepaea_nemoralis_AY546270_DE, 8 Chilostoma_cingulatum_AY546274_IT, 9 Chilostoma_cingulatum_JF717794_AT, 10 Chilostoma_cingulatum_JF717795_IT, 11 Cochlicella_acuta_AY546275_FR, 12 Cochlicella_acuta_HQ237461_AU, 13 Eobania_vermiculata_AY546277_FR, 14 Helicigona_lapicida_andorrica_JF717796_ES, 15 Helicigona_lapicida_andorrica_JF717797_ES, 16 Helicigona_lapicida_andorrica_JF717798_ES, 17 Helicigona_lapicida_AY546280_DE, 18 Helicigona_lapicida_lapicida__JF717799_BE, 19 Helicigona_lapicida_lapicida_JF717800_DE, 20 Helicodonta_obvoluta_AY546281_CH, 21 Helicodonta_obvoluta_JF717801_NL, 22 Helicopsis_striata_AY546282_DE, 23 Iberus_gualtierianus_AY546285_ES, 24 Iberus_gualtierianus_gualtierianus_DQ822166_ES, 25 Iberus_marmoratus_EF440264_ES, 26 Isognomostoma_isognomostoma_AY546286_DE, 27 Isognomostoma_isognomostomos_JF717802_IT, 28 Isognomostoma_isognomostomos_JF717803_IT, 29 Marmorana_signata_JF717804_IT, 30 Oestophora_turriplana_AY546289_PT, 31 Otala_lactea_AY937263_ES, 32 Otala_punctata_AY546290_ES, 33 Otala_punctata_JF717805_ES, 34 Otala_punctata_JF717806_ES, 35 Otala_punctata_JF717807_ES, 36 Pseudotachea_splendida_AY546292_ES, 37 Pseudotachea_splendida_AY937265_ES, 38 Zonites_algirus_AY546301_FR, 39 Zonites_algirus_JF717808_GR; TREE nj = [&R] (((((((((((2:0.0075,3:0.00881):0.00847,4:0.01845):0.02559,(10:0.00166,9:7.9E-4):0.04415):0.00907,((27:0.0,28:0.0):0.01405,26:0.0145):0.04665):9.9E-4,((((15:4.938E-6,16:-4.938E-6):9.1E-4,14:0.00236):0.00525,5:0.01106):0.02123,(18:0.00715,19:0.00345):0.02689):0.0269):0.0065,(((((33:0.0,34:0.0):0.0,35:0.0):0.04641,31:0.0425):0.00534,(((23:0.0,25:0.0):0.03519,24:0.0374):0.0084,(36:0.03387,37:0.03302):0.00954):0.00883):0.00273,(13:0.0571,(29:0.0,8:0.0):0.05082):0.00186):0.00263):0.00537,7:0.10505):0.00266,(((((38:0.00914,22:0.06468):0.03308,32:0.04888):0.00238,17:0.05014):0.0032,(11:0.00196,12:0.00783):0.05892):0.00225,(20:0.0032,21:5.929E-5):0.0587):0.00273):0.00242,(6:0.04608,30:0.04515):0.00608):0.00615,1:0.07078):0.07441,39:0.0); END; BEGIN TREES; TITLE 'Trees from "16S_58_Fig3.tre"'; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Albinaria_coerulea_X83390, 2 Bradybaena_fruticum_AY741450, 3 Candidula_intersecta_AY741437, 4 Candidula_spadae_AY741435, 5 Candidula_spadae_AY741436, 6 Candidula_unifasciata_AY741438, 7 Cantareus_apertus_AY741407, 8 Cantareus_aspersa_AY741408, 9 Cepaea_nemoralis_AY741406, 10 Cernuella_cespitum_AY546351, 11 Cernuella_cisalpina_AY741423, 12 Cernuella_neglecta_AY546352, 13 Cernuella_neglecta_AY741426, 14 Cernuella_virgata_AY741422, 15 Cernuellopsis_ghisottii_AY741429, 16 Chilostoma_planospira_AY741412, 17 Chilostoma_planospira_AY741413, 18 Cochlicella_acuta_AY741442, 19 Cochlicella_acuta_AY741443, 20 Discus_catskillensis_AF063140, 21 Elona_quimperiana_AY741449, 22 Eobania_vermiculata_AY741409, 23 Euhadra_herklotsi_Z71693, 24 Helicella_itala_AY546358, 25 Helicella_itala_AY741441, 26 Helicella_obvia_AY546359, 27 Helicella_obvia_GU331953, 28 Helicigona_lapicida_AY546360, 29 Helicodonta_obvoluta_AY741446, 30 Helicodonta_obvoluta_AY741447, 31 Helicotricha_carusoi_AY741434, 32 Helix_lucorum_AY741410, 33 Helix_pomatia_AY741411, 34 Hygromia_cinctella_AY741421, 35 Hygromia_limbata_AY546364, 36 Ichnusomunda_sacchii_AY741424, 37 Lindholmiola_girva_AY741448, 38 Marmorana_saxetana_AY741414, 39 Microxeromagna_armillata_AY741433, 40 Monacha_cantiana_AY546367, 41 Monacha_cantiana_AY741419, 42 Monacha_cartusiana_AY741416, 43 Monacha_martensiana_AY546368, 44 Monacha_martensiana_AY741420, 45 Monacha_parumcinta_AY741418, 46 Monacha_sp._AY741417, 47 Polloneriella_contermina_AY741425, 48 Sphincterochila_candidissima_AY741445, 49 Theba_pisana_AY741415, 50 Trochoidea_pyramidata_AY741444, 51 Trochoidea_seetzenii_AY546378, 52 Xerolenta_obvia_AY741431, 53 Xeromunda_durieui_AY741432, 54 Xeromunda_sp._AY741430, 55 Xerosecta_arigonis_AY741428, 56 Xerosecta_cespitum_AY741427, 57 Xerotricha_apicina_AY741440, 58 Xerotricha_conspurcata_AY741439; TREE con_all_compat = [&R] (((((((((((((7:0.068575,8:0.078691)0.92:0.065986,22:0.278547)0.58:0.067941,(32:0.054186,33:0.033688)1.00:0.146891)0.28:0.039336,((16:0.003138,17:0.003497)1.00:0.367466,38:0.18503)0.24:0.065168)0.47:0.076058,9:0.233497)0.85:0.131899,49:0.318856)0.67:0.134403,((((((24:0.024438,12:0.026987)0.90:0.015564,35:0.005672)0.94:0.048493,(21:0.318048,25:0.043492)0.26:0.028515)0.37:0.027226,26:0.106087)0.22:0.027334,3:0.173012)0.33:0.035411,(((58:0.038136,28:0.014092)0.90:0.024725,57:0.111467)0.98:0.03728,(31:0.016132,39:0.030879)0.99:0.06998)0.20:0.013129)0.22:0.04812)0.31:0.062662,((((((42:0.029319,40:0.069074)0.56:0.026819,(45:0.079659,46:0.083507)0.51:0.0293)1.00:0.152324,(41:0.119786,44:0.110718)0.60:0.067509)0.98:0.183793,(2:0.177806,23:0.377997)0.99:0.171773)0.90:0.150709,((18:0.006771,19:0.007644)1.00:0.213242,48:0.370961)0.71:0.060024)0.31:0.051646,34:0.366829)0.34:0.081659)0.40:0.048374,(((52:0.029878,54:0.009507)0.99:0.100386,53:0.061607)0.85:0.062205,((29:0.003496,30:0.003568):0.12769,37:0.202066)1.00:0.215967)1.00:0.045571)0.29:0.043356,((((((11:0.015803,14:0.061379)0.81:0.027376,36:0.066939)0.56:0.02833,47:0.071228)0.51:0.049242,(13:0.013291,27:0.025292)1.00:0.092532)0.91:0.090099,((((4:0.00386,5:0.003918)1.00:0.066104,43:0.439427)0.44:0.024457,15:0.100386)0.91:0.071799,((10:0.012334,55:0.006505)1.00:0.076558,56:0.070638)0.66:0.045388)0.48:0.045521)0.23:0.03973,(50:0.187935,51:0.110822)0.37:0.038629)0.24:0.042501)0.46:0.108991,20:0.400813)0.70:0.579085,6:0.103027)0.99:0.3766745,1:0.3766745); END;