#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 4:11 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Jimenez F.A., Orti G., Gardner S.L., & Jiménez F.A. 2011. The diversification of Aspidoderidae (Nematoda) linked to four events of host-switching in mammals. Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11985] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=29; TAXLABELS Anisakis_simplex Ascaridia_galli Ascaris_suum Aspidodera_binansata Aspidodera_raillieti_Apa2 Aspidodera_raillieti_Apa3 Aspidodera_raillieti_Apa5 Aspidodera_raillieti_Guatemala Aspidodera_scoleciformis__Limouy Aspidodera_scoleciformis_La_Pampa Aspidodera_sogandaresi_Nayarit Aspidodera_sogandaresi_Texas Aspidodera_sp._Nayarit Aspidodera_sp._Nayarit1 Aspidodera_sp._Temazcal Heterakis_gallinarum Lauroia_bolivari_El_Beni Lauroia_trinidadensis_Temazcal Lauroia_trinidadensis_Yucatan Nematomystes_rodentiphilus Nematomystes_scapteromi_Balandra Nematomystes_scapteromi_La_Balandra Paraspidodera_uncinata_Cobo Paraspidodera_uncinata_La_Paz Paraspidodera_uncinata_Morelos Paraspidodera_uncinata_Santa_Cruz Paraspidodera_uncinata_Tlaxcala Strongyluris_similis Toxocara_cati ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10533] TITLE Morphology_Matrix; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=52; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 ] [ . . . . . ] Anisakis_simplex 10??0000?????11?11000?100?0???????00??0????0????00?? Ascaridia_galli 0000001101011112010110100000020100001001001011000001 Ascaris_suum 00???00??????11?11000?100?0???????00??0????0????10?? Aspidodera_binansata 1111111110121102100101011001010011110000110000011110 Aspidodera_raillieti_Apa2 1111101111121102100101001000101100100101001111011101 Aspidodera_raillieti_Apa3 1111101111121102100101001000101100100101001111011101 Aspidodera_raillieti_Apa5 1111101111121102100101001000101100100101001111011101 Aspidodera_raillieti_Guatemala 1111101111121102100101001000101100100101001111011101 Aspidodera_scoleciformis__Limouy 1100111111000102100100001010110011110010110000001110 Aspidodera_scoleciformis_La_Pampa 1100111111000102100100001010110011110010110000001110 Aspidodera_sogandaresi_Nayarit 111111111112210110010101101??01001100000110001111110 Aspidodera_sogandaresi_Texas 111111111112210110010101101??01001100000110001111110 Aspidodera_sp._Nayarit 1111111111121102100101001001001101100000100000111110 Aspidodera_sp._Nayarit1 1111111111121102100101001001001101100000100000111110 Aspidodera_sp._Temazcal 1111111111121102100101001001001101100000100000111110 Heterakis_gallinarum 00??000?????110201001010000102111000100??01011010001 Lauroia_bolivari_El_Beni 100010000011001?111011100000001100001101001011011101 Lauroia_trinidadensis_Temazcal 100010011100001?111011100000001100001101001011011101 Lauroia_trinidadensis_Yucatan 100010011100001?111011100000001100001101001011011101 Nematomystes_rodentiphilus 1111101001111102101101001101101100100101001111011101 Nematomystes_scapteromi_Balandra 1111101001101102100101001101101100100101001111011101 Nematomystes_scapteromi_La_Balandra 1111101001101102100101001101101100100101001111011101 Paraspidodera_uncinata_Cobo 1100110000111102100101011111000011110110110000101110 Paraspidodera_uncinata_La_Paz 1100110000111102100101011111000011110110110000101110 Paraspidodera_uncinata_Morelos 1100110000111102100101011111000011110110110000101110 Paraspidodera_uncinata_Santa_Cruz 1100110000111102100101011111000011110110110000101110 Paraspidodera_uncinata_Tlaxcala 1100110000111102100101011111000011110110110000101110 Strongyluris_similis 00??0000???1110201000010011100?1?0?????????011000001 Toxocara_cati 00???00??????11?11000?101?0???????00??0????0????00?? ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10529] TITLE rLSU_Aspidoderidae; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=927; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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CTTTGATGGATAATTTTAGTATGTGGTGTATGGGGATGTTAGATTAA--GCTTTGTAGTTTA-TGTTAAAATTTTTGTATGTGGAACAAAAGAAGAGGAGAGGCTTTAGGTTA--TTTG-TTGTTTGTTTTTTAGTATTGCATATTATTGAAAGATTATTTTTAT-TGTTAATGATTAATAGAAATAAAAGGTGGAGGGATTTTTGGTTTTA---TTGTTGTATGATAAGAATTATTATTTTTTGT-TTTGATATAACGTCTTTTATTATATCTGTGTTTTGTTTATTTTTTAGAAAATTGTAAA-TTGT-AATTGTTTTTGGGGAAA-TTTAGGATTTGGAGTTTTTTATGTTTTAGTGTTATGACTTTTTCTGTATTGTTGTTTGATTTTTTTTATTTGTTATATTAATGTTTTAATGTTTAAATAGTTTTTAATTTAGTAG-ATTGTTTATATTGTGTTTGGTGTTATTAATTTAAATTGAATGACTGGTTTTATAATCAAATGTTTATTAAAGACTTAGACACCAATTTGGTGTTGTCCTCTGCTCTATGATTAT-TAAA-TGGCCGCCTTAGCGTGAGGGCATGAAAGTAGCAAAATAATTTGTGTTTTTAATGGATTCGAGTATGAAAGGGGGTTTGGTT-ATTTTTGTTTTATTTTTATCTTGAATTAGAGTAGTGTTTAATAATT-AATACTTGTAGTTAAACAAAGATAAGTCTTCGGAAATTCTGTTAATTATGAAAAATTTGGGTTTTGTAATTATGTTATTTAGGGCAAGGTTTTGTATAAA-AGGTTTTACTAGTTTTATGAAAAGGAGTTACTCCGGAGTTAACAGAAAATCACATTTTTTCTAGATGTTATAG-ATAAAAGGGTTTTACATCGATGTTGTATTCTAATTGGCTGAAGGAGTA---------- Aspidodera_raillieti_Apa3 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CTTTAATGGATAATTTTAGGATGTGATGTATGGGTATGTTAGATTAA--GCTTTGTAGTTTA-TGGTAAAATTTTTGTATGTGGAGCAAAGGAAAGG-AGGGGCTTTAGGTTT--TTTG-TTGTTTGTTTTTTAGTTTTGCATATTATTAGAAGAGTATTTTTATTATTG-ATAATTAATAGAAATAAAAGGTGGAGGGATTTTTGATTTTA---TTGTTGTATAATAGGAATTATTGTTTTTTGT-TTTGATATAACGTCTTTTATTATATCTGTGTTTTATTTGTTTCTTAGAAAATTGTAAA-TTTG-GTTTGTTTTTATGGAAG-TGTAGGATTTGGAGTTTTTTGTATTTTAGTGTTATGACTTTTTCTGTGGTTATGTTTGATTTTTTATTGT--TTATATTAATATTTTAATGTTTAAATAATTTTTGATTTAGTAG-ATTGTTGGGAGTGTATTTGTTGTTATGGATTTAGATTTAATGACTGGTTTTATAATCAAATGTTTATTAAAGACTTAGACACTAATTTGGTGTTGTCCTCTGCTCTATGATTAT-TAAA-TGGCCGCCTTAGCGTGAGGGCATGAAAGTAGCAAAATAATTTGTGTTTTTAATGGATTCGAGTATGAAAGGGGGTTTGGTT-ATTTTTGTTTTATTTTTGTTTTGAATTAAAGTAGTGTTTAATAATT-AATATGTGTAGTTAAACAAAGATAAGTCTTCGGAAATTCTGTTAATTATAGAAGATTTGAATTTTGTAGTTATGTTGTTTAGGGCAAGATTTTGTATAAA-GGGGTTTACTAGTTTTAAGATAAAGAGTTACTTCGGAGTTAACAGAAAATCACATTTTTTCTAGATGTTATAG-ATAAAAGGGTTTTACATCGATGTTGTATTCTAATTGGCTGGAGGAGTA---------- Aspidodera_sogandaresi_Texas 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CTTTGATGGATAATTTTAGAATGTGGTGTATGGGTATGTTGGAGTAA--GCTTTGTAGTTTA-TTTAAAAATTTTTGTATGTGGAACAAAAGAAAATAA-GGGCTTTAGGTTG--TTT-GTTGTTTGTTTTTTAGTATTGCATATTATTGGAAGATTATTTTTATTGTTG-ATAATTAATAGAAATGAAAGGTGGAGAGATTTTTGGTTTTA---TTGTTGTATAATAAGAATTATTGTTTTTTGT-TTTGATATGACGTCTTTTATTATATCTGTGTTTTGTTTGTTTCTTAGAAAATTGTAAG-TTGT--AGTTATTTTAGGGAAG-TGTAGGATTTGGAGTTTTTTGTTTTTTGGTGTTATGACTTTTTCTGTAGGTGAAACTCGATTTTTTTGTTT-TTGTATTAATGTTTTAATATTTTAATAGTTTTTAATTTAGTAT-ATTGTTGA-ATTGTGTTTGTTGTTAATAATTTAGATTTAATGACTGGTTTTATAATCAAATGTTTATTAAAGACTTAGGCACTAATTTGGTGTTATCCTCTGCTCTATGATTGT-TAAA-TGGCCGCCTTAGCGTGAGGGCATGAAAGTAGCAAAATAATTTGTGTTTTTAATGGATTCGAGTATGAAAGGGGGTTTGGTT-ATTTTTGTTTTATTTTTATTTTGAATTAAAGGAGTGTTTAATAATT-AATGTTTGTAGTTGAACAAAGATAAGTCTTCGGAAATTCTGTTAATTATGAAAAGTTTAAATTTTATAGTTATGTTGTTTAGGGCAAATTTTTGTATAAA-GGAGTTTACTAGTTTTATGGAAAAGAGTTACTTCGGAGTTAACAGAAAATCACATTTTTTCTAGATGTTATAG-ATAAAAGGGTTTTACATCGATGTTGTATTCTAATTGGCTGAAGGAGTA---------- Aspidodera_sp._Nayarit1 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----------------------------------TATGTTGGAGTAA--GCTTTGTAGTTTA-TTTGAAAATTTTTGTATGTGGAGCAAAAGAAAATAAAGGGCTTTAGGTTG--TTTAGTTGTTTGTTTTTTAGTATTGCATATTGTTGGAAGATTATTTTTATTGTTG-ATAATTAATAGAAATAAAAGGGGGAGAGATTTTTGATTTTA---TTGTTGTATAATAAGAATTATTGTTTTTTGT-TTTGATATGACGTCTTTTATTATATCTGTGTTTTGTTTGTTTCTTAGAAAATTGTAAG-TTGT--AGTTGTCTTAGGGAAG--GTAGGATTTGGAGGTTTTTGTTTTTTGGGGTTATGACTTTTTCTGTAAG-GAAATTTGATTTTTTTATTT-TTATATTAATGTTTTAATATTTTAATAGTTTTTAATTTAGTAT-ATTGTTGA-ATTGGGTTTGTTGTTGATAATTTAGTGTTAATGCCTGTTTTAATAATCAAATGTTAATAAAAGCCTTAGCCCTCTATTTGGTGTTGTCTTCTGTTCTATGATTGT-TAAA-TGCCCCCCTTAGCGTGAGGGCATAAAAGTAGCAAAATAATTTGTGTTTTTAATGAATTCGAGTATGAAAGGGGGTTTTGTTTATTTTTGTTTTATTTTTGTTTTGAATTAAAGGAGTGTTTAATAATT-AATGTTTGTGATTAACCAAAGATAAGTTTTCGGAAATTTTGTTAATTATGAAGAGTTTAAGTTTTATAGTTATGTTGTTTAGG-CAAAATTTTGTATAAA-GGGGTTTACTATTTTTATGAAAGAGAGTTCCTCCCGAGTTACCAGAAAATCCACTTTTTTTTAGATATTATAG-ATAAAAGGTTTTTACCTCCATGTTTTATTCAATTGGCGGAGGAGTA------------ Heterakis_gallinarum ACATTAGAAGATTTTTTTATTTGTGATGTTTGGGAATAGTTGATTAGA-GCTTTTTAGTTTA-ATTAAAAATATTTATGTGGGGGTAAAAGATTTTTTAGGAGCTTAAATTTTAACTTTTTTGGTTATTGTTTAGTATTGCATACTATCTTAAGAAAATA---ATATTTTGATATTTAATAAATATAAATAGTCAGGGTTCTTTTATTTTTA---TTGTTACGTAATAAAAATCAGGGGGCCCGGTTTTTGATATAACGTTTTTTATGTTATTTGTTTGTGGTTGTTTATTAGAAAATTATAATTTTGTTTAGTT-ATTGTTGAATATTTATAATTTAGAGTGTTTGTTATTTGTAGTTGTTATTACTTTGTT-CTGTTATTTTTTGTTTGTTTTTGTTTTTATTCTTAACTTTTTAAGAATTTCATAATTTTGGATTAAGTAAATTTAGTATATGATGTTGTTATTTTAGAATTTAAAA-TAAATAACTTGGCCTGTAATCAAATGTTTTTTAAAGACATAGGCTATAATTTATAGTTTTCTTCTGCTCAATGAAATT-TTAAATAGCCGCTTTAGCGTGAGAGCAAAAAAGTAGCAAAATAATTTGTTTTTTTATTGAATTCGAGTATGAATGGAGGTTTTGGTTATTTATTTTTTGTTTTTGATTTGAATTAATTTTGTGTTTAAAAATT-AACATATATAATTAAACAAAGATAAGTCTTCGAAAATTCATTT--TGATCACATATTTGTAATATGTGATTAAGTTGTTTAGGGCAAATTTTTATATAAATAGGTTTTACTAATTTTATAGTAAGGAGTTACTTCGGAGTTAACAGAAAATCACATTTTTTCTAGGTGTTATAG-AAAATTAGGTTTTACATCGATGTTGTATTTTAACTAGCTGGAAAGTA----------- Lauroia_bolivari_El_Beni 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-----TATAGATAATTTTAGGAGGA-TGTATGGGTATGTTAGATTAA--GCTTTATAGTTTA-TGATAAAATTCTTGTATGAGGAGCAAAGGAAAGG-AGGAGCTTTAGGTTT--TTTG-TTATTTGTTTTTAAGTGTTGCATACTATCAGAAGATTTTT--TTATTGTTGATGATTAGTAGAAATAAAAGGTGGAGGGATAGTTGGTTTTG---GTATTGTATACTAAGAATTATTATTTTTTGT-TTTGATATAACGTTTTCTATGGTATCTGTGTTTTATTGGTGTTGTAGAAAATTTTTGT-TTTT--GTGATTGTGTGTGGAGTGTTAGGATTTGTAGTTTTTGGTTTTTTAGTGTTATGACTTTTTCTTGAGGTTGAGTTAGTTGGTTGGTGT--TGATATTAATTTTTTAATATTTTTATAGTTTCTGATTTAGTAG-TTTGTTGAAATTTTGTTGGAGATTTAGAATTTAATTTGAATGACTTGTTTTATGATCAAATGTTTATTAAAGACTTAGGCACCAATTTGGTGCTGTCCTCTGCTCTATGAGTAT-TAAA-TGGCCGCCTTAGCGTGAGGGCATGAAAGTAGCAAAATAATTTGTGTTTTTAATGGATTCGAGTATGAAAGGGGGTTTGGTT-GTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTAGAATTAATGTTATGTTTAATAATT-AATATGTGTAATTAAACAAAGATAAGTCTTCGGAAATTCTGTTAATTATAGAA--TGGGAGTTGAATATCTATGTTTTTTAGGGCAGAATTTTGTATAAG-TTTTTTTACTATTGTTAATTTAGAGAGTTACTCCGGAGTTAACAGAAAATCTC-TTTTTTCTAGGTGTTATAG-ATAGAAAGGTTTTACATCGATGTTGT-------------------------------- Nematomystes_rodentiphilus CTTTGATAGATAATTTTAGTATGTGGTGTATGGGTATGTTGGATTAA--GCTTTTTAGTTTA-TGTTAAAATTTTTGTATGTGGAACAAAAGAAGGG-AGAGGCTTTAGGTTG--TTTG-TTGTTTGTTTTTTAGTATTGCATATTATTGGAGGATTATTTTTATTGTTA-ATAATTAATAGAAATAAAAGGTGGAGGAATTTTTGGTTTTA---TTGTTGTATGATAAGAATTATTATTTTTTGT-TTTGATATAACGTCTTTTATTATATCTGTGTTTTGTTTATTTTTTAGAAAATTGTAAG-TTTT-GATTGATTTTGCGGAAA-TTTAGGATTTGGAGTTTTTTGTTTTTTAGTGTTATGACTTTTTCTGTATTGGTTTT-GATTTTTTTTTGTTTTTATATTAATGTTTTAATATTTAAATAGTTTTTAATTTAGTAG-ATTATTTGTATTATGTTTGGTGTTGTTAATTTAAATTGAATGACTGGTTTTATGATCAAATGTTTATTAAAGACTTAGACACTAATTTGGTGTTGTCCTCTGCTCTATGATTGT-TAAA-TGGCCGCCTTAGCGTGAGGGCATGAAAGTAGCAAAATAATTTGTGTTTTTAATGGATTCGAGTATGAAAGGGGGTTTGGTT-ATTTTTGTTTTATTTTTATTTTGAATTAAAGTAGTGTTTAATAATT-AATGCTTGTGATTAAACAAAGATAAGTCTTCGGAAATTCTGTTAATCATGGAAAGTTTAAGTTTTGTGGTTATGTTATTTAGGGCAAGGTTTTGTATAAA-AAGTTTTACTAGTTTTATGTAAAAGAGTTACTTCGGAGTTAACAGAAAATCACATTTTTTCTAGATGTTATAG-ATGAAAGGGTTTTACATCGATGTTGTATTCTAATTGGCCGAAGGAGTA---------- Nematomystes_scapteromi_Balandra 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CTTTGATGGATAATTTTAGTATGTGGGGTATAGGTATGTTGGATTAAAAGCTTTGTAGTTTATTTTTAAAATTTTTGTGTGTGGGACAAGAGAA--GTGGAAGCTTTATATTG--TTTT--TTTTTGTTTTTTGGTATTGCATATCATTGAAGGATTATT--TTATTGTTTATGACTAATAGAAATAGAAGGTGGAGAAATTTTTGGTTTTA---TTATTATATAATAGGAATTATTATTTTTTGT-TTTGATATAACGTCTTTTATGATATCTGTTTATTTTTGTTTTTTTAGAAAATTATAA--TTTTTGTTTTATGTTTTAGGATTTGTATGATTTGAAGTTTTTTTGATTTTAGTGTTATGACTTTTTCTTTAT---TTGTTGTTTTTTATTTTTGTTTTTATTAATATTTTAATAATTGAATGGTTTTTAATTTAGTAT--ATTTTTAAGTGTAGTTAGTTTTTGTAAATTTGGATTTGAGAACTGGATTTATAATCAGATGTTTATTAAAGACTGAGATATTAATTTGGTGTTGTCCTCTGCTCTATGATATT-TTAAATGGCCGCCTTAGCGTGAGGGCATGAAAGTAGCAAAATAATTTGTGCTTTTAATGGGTTCGAGTATGAAAGGGGGCTTGGTTATTTTTGTTTTTGTTTTTATTTAGAATTATGAGGATGTTTAATAATT-AATATTTGTATTTTAACAAAGATAAGTCTTCGGAAATTCTTTTAGTTGCTGTTTTTTT--GTATAGTGGCTATGTTGCTTAGGGCAGGATTTTTTATAAA-GTAGTTTACTAGGTTTATAGTAGTGAGTTACTCCGGAGTTAACAGAAAATCACATTTTTTCTAGATGTTATAG-ATAAAAGGGTTTTACATCGATGTTGTATTCTGACTGACTGAAGGAGTAGTAATTTTAG Paraspidodera_uncinata_La_Paz 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CTTTGATGGATAATTTTAGTATGTGATGTGTGGGTATGTTGGATTAA--GCTTTGTAGTTTATTTTTAAAATTTTTGTGTGTGGAGCAAAGGAAAGATGGAGGCTTTAAATTG--TTTT--TTTTTGTTTTTTGGTATTGTATATCATTGGAAGATTATT--TTATTGTTTATGATTAATAGAAATAAAAGGTGGAGGAATTTTTGGTTTTG---CTGTTGTATAGTGTAAATTACTGTTTTTTGT-TTTGATATAACGTCTTTTGTGATATCTGTTATTTTTATTTTTCTTAGAAAATTGTAATTTTTTTATTTTGTGTTTTGGGATTTATATGATTTGAAGTTTTTTTGGTTTTAGTGTTATGACTTTTTCTTTGT---TTGTTATTTTTTGTTTTTGGTTTTATTAATGTTTTAATAATTAGATGATTTTTAATTTAGTAT--ATTTTTAAATGGGTTTGATTTTTGTAAATTTAGATTTAAGAACTAGGTTTATGATCAGATGTTTATTAAAGACTGAGATATTAATTTAGTATTGTCCTCTGCTCTATGATGTT-TTAAATGGCCGCCTTAGCGTGAGGGCATGAAAGTAGCAAAATAATTTGTGCTTTTAATGGGTTCGAGTATGAAAGGGGGTTTGGTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTAGAATTATAGGGATGTTTAATAATT-AATATTTGTGTTTTAACAAAGATAAGTCTTTGGAAATTCTTTTAGTTATTATTTTTTTTTGTATGATAGTCATGTTGCTTAGGGCAGGATTTTTTATAAA-GTAGTTTACTATGTTTATGGTAATGAGTTACTCCGGAGTTAACAGAAAGTTACATTTTTTCTAGATGTTATAG-ATAAAAGGGTTTTACATCGATGTTGTATTCTAACTGGCTAAAGGAGTA---------- Paraspidodera_uncinata_Tlaxcala CTTTAATAGATAATTTTAGTATGTGGTGTGTTGGTATGTTGGATTAA--GCTTTGTAGTTTATTTTAAAAATTTTTGTATGTGGGGCAAAGGAAA-AAGGAAGCTTTAGGTTG--TTTT--TTTTTGTTTTTTGGTATTGCATATCATTAAAGGATTATT--TTATTGTTTATGATTAATAAAAATAGAAGGTGGAGAAATTTATAATTTTA---TTGTTATATAATAGGAGTTATTGTTTTTTGT-TTTGATATGACGTCTTTTATGATATTTGTTATTTTTGTTTTTCTTAGAAAATTGTAAAAGTTTTGTTTTATGTTT-AGGATTTATATGATTTGGAGTTTTTTTAATTTTAGTGTTATGACTTTTTCTTTATT-GTTGTTGTTTTTTATTTGTATTTTTATTAATATTTTGATAATTATATAATTTTTAATTTAGTAT--ATTTTTAAATGGAATTATTTTTTGTAAATTTGGGTTTGAGAACTAGGTTTATGATCAAATGTTTATTAAAGACTGAGATGTTAATTTGATATTGTCCTCTGCTCTATGATGTT-TTAAATGGCCGCCTTAGCGTGAGGGCATGAAAGTAGCAAAATAATTTGTGCTTTTAATGGGTTCGAGTATGAAAGGGGGTTTGGT-TGTTTTTGTTTTATTTTTATTTAGAATTATAAGGATGTTTAATAATT-AATATTTGTATTTTAACAAAGATAAGTCTTCGGAAATTCTTTTAGTTGCTGTTTTTTT--ATATAGTAGCTGTGTTGCTTAGGGCAAGTTTTTTTATAAG-ATGGTTTACTAGGTTTATAGTAGTGAGTTACTCCGGAGTTAACAGAAAATCACATTTTTTCTAGATGTTATAG-ATAAAAGGGTTTTACATCGATGTTGTATTCTGACTGGCTGAAGGAGTA---------- Strongyluris_similis ACTTTAAGGGATAATTTTAAGAGGGGGGGTATAGGTTTTATGGATTAAAGCTGTTTAGTTTATTATAAAAATATTTGTTTGTGGTGCAAAAGATTTTTGTGGCTTTAATTTTTATTTTT-----TTATTTTTTGGTATTGCATACCATTTATGGAAATTA-ACATAGA-ATATGTTTTATAGAGAAGGAAGGTAGAAAAATTTTTTTTTGTTGTGGTGTTGTATAACAAATTTTAAAGTTTTTTGT-GTTGAGATGTCGACTTTCTTGGTATCTGTT--TGTTATTTTGTTATTAGAAAATTGTATTTTTGGTGTTTAAGAAGGAATTTAAAATTTTGAAGTGTTTTGTTTTTTTGTTTTATAACATTTTCTTTTTATAAATAATTTCTTTTCATTTTTTTTT-TATTAATTTTTTAATAAATTTATAATTATAGATTTAGTAGTTTT-TTTGTTATTTGGTGTGGTTTTAAAATTTTTTTGTGTTAACTAGAGTTTTGATCAAATGTTTTTTAAAGACTTAGGTGTTTTTTTAATACTGGCCTCTGCTCTATGTTTTT-ATAAATGGCAGTCTTAGCGTGAGGACATTAAGGTAGCAAAATAATTTGTGCTTTTAATGGGTTCTAGTATGAATGGGGTTATTGGTTGATTATTTACTTAATTTTTTATGAAGTAGATTTTTATTTAAGAATG-AATAGTTATGGTTAAACAAAGATAAGTCTTCGGAAATTTTTTTATCATGATAG--TTCTT-TTGTTATTTGATTTTTTCTAGGGTAGAATTTTTTATAGT-TTTTTTTACTAAATGTATTCTAAAAAATTACTTCGGAGTTAACAGAAAATCATATTTTGACCAGTTTTTATGGTAAGAATAAGTTTTACATCGATGTTGTATCCTAGTTGTTTTGAAGAGGA---------- Toxocara_cati ---------------------------------------------------------------------------------------------------------TAATCTTTTTTTTT-----GTATTTATTGGTATTGCATATCATTTTTGGATGTTG-ACATTA--TTATGTAGAATAGAAAGGTGAGGTAGAGGCTGTTTGTTTTTAT---TGTTGCACAATAAAAATTAGGGCTGTTTGGT-GTTGAAATGTCGTCTTGTCTTTTATCTGTG--TTATGGGTACTTATTAGAAAATTGTAAGATTTGTTGTATTGTTTGGAGTTTTAGATTTTGTAGTGTTCTTTGTTTTATGTTTTATAACGTTTTCTTTTTGTA-GTTTTGTTGT--TTTTTTTAT-TATTAATTTATTAATAATTTTATAGTTTAGAATTTAGTAATTTT---TTAAACTTTGTTTTTTGTTGGAATTTTTTTTTGTAAACTTGAGTTTTGATCAAATGTTTTTTAAAGACTTAGGTCTCTTTGTGTGGCTGGCCTCTGCTCTATGTTTTAGATAAATGGCAGTCTTAGCGTGAGGACATTAAGGTAGCAAAATAATTTGTGCTTTTAATGGGCTCTAGTATGAATGGGGTTAGTGGTTGATTATTTTCTTATGTTTTTATGAATTAATTTTTTGTTTAAGAAAT-AACATTTGTAATTGTACAAAGATAAGTCTTCGGAAGTTTTTTTCTTGATTTTT--TTGAAATTTTTTTGGGATGTTTTCTAGGGTAGGATTTTTGGTAAT-TTTTTTTACTAATTTTAAAATATAAAACTACTTCGGAGTTAACAGAAATTCATGTTTTTACCAGTTCTTATGGTAGTAATAAGTTTTACATCGATGTTGTATTTTAGTTATTCAGGATAGGAGATGGTTTGG ; END; BEGIN TREES; TITLE rLSUAspido40gop_10_OCT; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Ascaris_suum, 2 Toxocara_cati, 3 Anisakis_simplex, 4 Strongyluris_similis, 5 Heterakis_gallinarum, 6 Ascaridia_galli, 7 Aspidodera_scoleciformis_La_Pampa, 8 Aspidodera_scoleciformis__Limouy, 9 Aspidodera_binansata, 10 Paraspidodera_uncinata_La_Paz, 11 Paraspidodera_uncinata_Morelos, 12 Paraspidodera_uncinata_Tlaxcala, 13 Paraspidodera_uncinata_Cobo, 14 Paraspidodera_uncinata_Santa_Cruz, 15 Nematomystes_scapteromi_Balandra, 16 Nematomystes_scapteromi_La_Balandra, 17 Nematomystes_rodentiphilus, 18 Aspidodera_raillieti_Guatemala, 19 Aspidodera_raillieti_Apa2, 20 Aspidodera_raillieti_Apa3, 21 Aspidodera_raillieti_Apa5, 22 Aspidodera_sogandaresi_Texas, 23 Aspidodera_sogandaresi_Nayarit, 24 Aspidodera_sp._Nayarit1, 25 Aspidodera_sp._Nayarit, 26 Aspidodera_sp._Temazcal, 27 Lauroia_bolivari_El_Beni, 28 Lauroia_trinidadensis_Temazcal, 29 Lauroia_trinidadensis_Yucatan; TREE MORPHOLOGY = [&R] (1:0.055058,2:0.06483,3:0.057558,((((((((7:0.016493,8:0.014969)1.00:0.202014,(10:0.015881,11:0.015856,12:0.015115,13:0.01583,14:0.016055)0.99:0.186155)0.84:0.124812,9:0.041262)0.97:0.12461,(22:0.015871,23:0.016941)1.00:0.103111)0.79:0.071139,24:0.016444,26:0.015817,25:0.01581)1.00:0.288478,18:0.015562,19:0.015533,20:0.015604,21:0.016214)0.56:0.080401,(15:0.016135,16:0.015636,17:0.042042)0.69:0.081785)1.00:0.415074,(27:0.053125,(28:0.015777,29:0.016486)0.85:0.070435)0.74:0.149426)0.78:0.184508,(4:0.108811,(5:0.060328,6:0.133219)0.54:0.08344)0.60:0.089216); TREE mrBayes20million = [&R] 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(2:0.329525,(3:0.26582,4:0.280065):0.076195,((5:1.315E-8,6:0.126717):0.572483,((((7:0.0,8:0.0):0.116314,(((10:0.14744,13:0.034316):0.015156,14:0.079153):0.01532,(11:0.03347,12:0.028645):0.02794):0.161815):0.037577,((9:0.259436,(((((15:0.053457,16:0.0):0.020698,17:0.010915):0.016942,18:0.026747):0.01264,(20:0.003066,21:0.011878):0.031664):0.0312,(25:0.008284,26:0.109539):0.049882):0.011034):0.005653,(22:0.014538,23:0.003082):0.045205):0.029664):0.079124,((27:0.006748,28:0.024889):0.055317,29:0.012667):0.172707):0.229861):0.657284); TREE mrBayes_20million = [&R] (2:0.32033,((5:0.004828,6:0.122017)1.00:0.490865,((((7:0.001293,8:0.001239)1.00:0.117224,(((10:0.144913,13:0.038269)0.75:0.017472,14:0.079196)0.81:0.017499,(11:0.034805,12:0.030392)1.00:0.031677)0.99:0.153672)0.82:0.043665,(((9:0.247886,(25:0.011514,26:0.108577)0.99:0.043733)0.50:0.017342,((((15:0.054985,16:0.00161)0.99:0.022251,17:0.012157)0.99:0.018921,18:0.028161)0.97:0.014889,(20:0.004324,21:0.013525)1.00:0.033031)0.99:0.033834)0.66:0.01543,(22:0.015412,23:0.004997)1.00:0.046022)0.87:0.032918)0.83:0.082291,((27:0.008147,28:0.026541)1.00:0.05633,29:0.015162)1.00:0.176399)0.98:0.229063)1.00:0.563078,(3:0.232844,4:0.260281)0.65:0.077338); TREE t2 = [&R] ((2:0.29830707,(3:0.24287004,4:0.25997521)56.589973:0.068415105)100:0.55550016,((((7:0.0,8:6.3868049E-7)100:0.1120674,((11:0.033974731,12:0.028580409)96.739417:0.027713874,(14:0.078706578,(13:0.03430844,10:0.14262969)61.620361:0.015497846)68.412137:0.014778419)100:0.14970285)67.225683:0.039137092,((((26:0.10701597,25:0.010133743)71.395355:0.035222293,9:0.24003958)48.578313:0.014722166,((21:0.012102013,20:0.0031157834)99.979305:0.032278671,(18:0.02686963,(17:0.011188814,(15:0.053880207,16:0.0)99.62309:0.020785253)97.185755:0.017213073)71.432906:0.012181627)99.406147:0.032104923)70.09725:0.014959405,(22:0.014627063,23:0.0033547535)99.362129:0.04395571)72.682101:0.027634496)59.493285:0.072341839,((27:0.0066803827,28:0.025565141)99.38913:0.054939674,29:0.013500461)97.521156:0.16311906)93.526036:0.20606342,(6:0.12604572,5:0.0)100:0.49195193); TREE t1 = [&R] ((2:0.31672739,(3:0.24675594,4:0.2604863)48.774284:0.0540329)100:0.55838993,(((7:0.0,8:3.2780549E-6)100:0.11295967,(((((26:0.10765351,25:0.010039682)71.963269:0.035696292,9:0.24134944)48.141298:0.014483333,((21:0.012141634,20:0.0030527864)99.659067:0.032344152,(18:0.026876771,(17:0.011157842,(15:0.054152262,16:0.0)99.910814:0.020968163)97.474664:0.017278536)71.254247:0.01208701)99.518198:0.032375882)71.176559:0.015365358,(22:0.014592923,23:0.0034179883)99.296445:0.043477103)80.927384:0.030252114,((27:0.0072173193,28:0.025167162)99.794972:0.059197836,29:0.0096340127)100:0.23356088)72.482175:0.035215528)58.012515:0.03897932,((11:0.033954105,12:0.028696949)97.658753:0.028096767,(14:0.078819445,(13:0.034666388,10:0.14328768)60.584438:0.015163845)65.050423:0.014588767)96.846616:0.11521186)63.974136:0.22560025,(6:0.12583778,5:0.0)100:0.51415904); END; BEGIN TREES; TITLE AspidoMorph_OCT; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Ascaris_suum, 2 Toxocara_cati, 3 Anisakis_simplex, 4 Strongyluris_similis, 5 Heterakis_gallinarum, 6 Ascaridia_galli, 7 Aspidodera_scoleciformis_La_Pampa, 8 Aspidodera_scoleciformis__Limouy, 9 Aspidodera_binansata, 10 Paraspidodera_uncinata_La_Paz, 11 Paraspidodera_uncinata_Morelos, 12 Paraspidodera_uncinata_Tlaxcala, 13 Paraspidodera_uncinata_Cobo, 14 Paraspidodera_uncinata_Santa_Cruz, 15 Nematomystes_scapteromi_Balandra, 16 Nematomystes_scapteromi_La_Balandra, 17 Nematomystes_rodentiphilus, 18 Aspidodera_raillieti_Guatemala, 19 Aspidodera_raillieti_Apa2, 20 Aspidodera_raillieti_Apa3, 21 Aspidodera_raillieti_Apa5, 22 Aspidodera_sogandaresi_Texas, 23 Aspidodera_sogandaresi_Nayarit, 24 Aspidodera_sp._Nayarit1, 25 Aspidodera_sp._Nayarit, 26 Aspidodera_sp._Temazcal, 27 Lauroia_bolivari_El_Beni, 28 Lauroia_trinidadensis_Temazcal, 29 Lauroia_trinidadensis_Yucatan; TREE MORPH = [&R] (2:0.232281,((3:0.219003,4:0.258692):0.080462,((5:0.005139,6:0.123825):0.470381,(((((7:0.001209,8:0.001276):0.124917,(((10:0.12991,13:0.034997):0.016414,14:0.074253):0.016515,(11:0.032543,12:0.027794):0.026864):0.158719):0.070867,9:0.238827,(22:0.0146,23:0.004291):0.055573,((26:0.004993):0.007492,25:0.100165):0.041513):0.042176,((((15:0.050911,16:0.001477):0.021241,17:0.013477):0.024946,18:0.02537):0.013816,((20:0.001091):0.00425,21:0.012515):0.02854):0.019432):0.143515,((27:0.013824,28:0.024652):0.053927,29:0.012467):0.155767):0.205121):0.486846):0.075298); END;