#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 14:30 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Pinto-sánchez N.R., Ibañez R., Madriñán S., Sanjur O.I., Bermingham E., & Crawford A. 2012. The Great American Biotic Interchange in frogs: multiple and early colonization of Central America by the South American genus Pristimantis (Anura: Craugastoridae). Molecular Phylogenetics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11988] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=202; TAXLABELS Agalychnis_callidryas Craugastor_daryi_UTA_A57940 'Craugastor longirostris ANDES-A 636' Craugastor_longirostris_MVUP_2019 Diasporus_hylaeformis_UCR_16264 Diasporus_vocator_FMNH_257769 Litoria_caerulea Lynchius_flavomaculatus_KU_218210 Lynchius_nebulanastes_KU_181408 Oreobates_cruralis_KU_215462 Oreobates_saxatilis_KU_212327 Phrynopus_auriculatus_KU_291634 Phrynopus_bracki_USNM_286919 Pristimantis_acerus_KU217786 Pristimantis_achatinus_KU_217809 Pristimantis_achatinus_MVUP_1859 Pristimantis_actites_KU_217830 Pristimantis_acuminatus_QCAZ_19664 Pristimantis_aff._altamazonicus_MUSM_26911 Pristimantis_aff._altamazonicus_MUSM_26912 Pristimantis_aff._altamazonicus_MUSM26912 Pristimantis_aff._cruentus_FMNH_257553 Pristimantis_aff._taeniatus_1_AJC_1683 'Pristimantis aff. taeniatus 1 ANDES-A 635' 'Pristimantis aff. taeniatus 2 ANDES-A 0486' 'Pristimantis aff. taeniatus 3 ANDES-A 48' 'Pristimantis aff. taeniatus 3 ANDES-A 485' 'Pristimantis aff. taeniatus 3 ANDES-A 61' 'Pristimantis aff. taeniatus 3 ANDES-A 640' 'Pristimantis aff. taeniatus 3 ANDES-A638' 'Pristimantis affinis ANDES-A 0026' Pristimantis_albertus_KU_291675 Pristimantis_altae_UCR_16472 Pristimantis_altamazonicus_KU_215460 Pristimantis_aniptopalmatus_KU_291627 Pristimantis_appendiculatus_KU_177637 Pristimantis_ardalonychus_KU_212301 Pristimantis_bipunctatus_KU_291638 'Pristimantis bogotensis ANDES-A 28' 'Pristimantis brevifrons ANDES-A 53' Pristimantis_bromeliaceus_KU_291702 Pristimantis_buckleyi_KU_217836 Pristimantis_cajamarcensis_KU_217845 Pristimantis_calcarulatus_KU_177658 Pristimantis_caprifer_KU_177680 Pristimantis_caryophyllaceus Pristimantis_caryophyllaceus_AJC_1138 Pristimantis_caryophyllaceus_UCR_16434 Pristimantis_celator_KU_177684 Pristimantis_cerasinus_AJC_1142 Pristimantis_cerasinus_UCR_16429 Pristimantis_ceuthospilus_KU_212216 Pristimantis_cf_mendax_MTD_45080 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Pristimantis_aff._taeniatus_1_AJC_1683 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'Pristimantis aff. taeniatus 3 ANDES-A 61' 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'Pristimantis aff. taeniatus 3 ANDES-A 640' 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'Pristimantis danae UTA-A 60915' 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Pristimantis_rhodoplichus_KU_219788 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????C-GCACACCCGTGAAAAATGCCC--TTTCACCCACTTAGGATTAAGGAGCTGATATCAGGCACGCCCAAGACATCTAGCCTTGCCACACCCACAA-GGGTACTCAGCAGTGATCAACATTAAT-A-ATAAACGTCAGTTTGACTTAGTCAA-TGAAA-AC-AGAGCCGGCCAAT-CTG-GTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCA-CGTGGCTCAAATTGATTCGGCGTAAAGCGTG-ATTAAAGTGGGGTTAAAC-TTA---AACTGAGCCGT-AGCACGCCTGTTTCTGA-GGAACCCTATTT-CGAAAGATACCCCA---ACATAC-CAACTTGAACTCACAACAACTAGAACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGTCT-AGTCGTAAAC-TTTAACTTACATCGCCAGGGGACTACGAGC-AAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCACATCCTTCTAGAGGAGCCTGTCCTGTAACCGATACCCCCCGTTCAACCTCACCATTTTTAGCAGCCTGTATACTTCCGTCGTCAGCTTACCGCATGAGCGAGTAAGCTTAATGCCAATACGCCAGGTCAAAGTGCAGCAAATAAAATGGCAAGAGATGGGCTACACTTTCTA-CTATAGAAAACACGA-AAGATCAT--GTGAAACAGAAGGCGGATTTAGCAGTAAGAAGA-AAATAGAATATTCTTCTTAAC-TCGGCACTGGGGTGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAGTATCTAACAAAGAAGAGGTAAGTCGTAACATGGTAAGTATACCGGAAGGTGTGCTTGGAAACAGAACATACAGAACATAGCTTAAAGCACTTCGCTTACACCGAATAGACGTCTATTAAAGGA-CTGTTCTGAGCCAAAAATCTA-GAAAATATTTTAACAGTTTAGTAAAGAAGATT-AAAAAACTTTTAA-GAGCCATAAACCCGTACC-GCAAGGGAAAGATGAAATAAAAATGAAACAA-TCTTAAGCACAAAAAAGTAGAGATTTACTCTCGTACCTTTTGCATCATGGTTTAGCTAGTCTAACTAGGCAAAAAG-ATC-TTAAGTCTAG-CCCCCCGAAACTAAGTGAGCTAATTTAGGGCCGCTTAACGAGCTAACCCGTCTATGTTGCAAAATGGTGGGAAGACCCTAAAATAGAGGTGATACACCTAAC-GAACTTAGTAATAGCTGGTTTCTCAGGAAAAG-AATTTTAGTCCAACCTAAAGCAGAGAGCAATTCAAATGAGGTACAGCCCACTTGATACAGGATACAACCTTCACTAACGGGTAAGTAGGCCTAAAAGCAGCCATCTTTCAAAAAGCGTCGAAGCTTAGACCCCTTTTGTAGTATTGAGAACTTCTATTATAGAACCTGTTTATGCTAAAACGAGTAACAAGGATGCAAACATAAACCAGCAA-GAACCCATCACTGGCAACTAACACAGAAAACTCTACTGTTAACCTAACACAAGAGCATTTCAAGAAAGATTAAAAGAA-AAAGAAGGAACTCGGCAAACAGTCTCGCCTGTTTACCAAAAACATCGCCTCTTGATAAGAGGTCCAGCCTGCCCAGTGACGTTCAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATAAAGACCAGTATGAAAGGCATCACGAGGATTAAACTGTCTCCTCTTTCTAATCAGTTAACCTAATCTCCCCGTGAAGAAGCGGGGATCCCCCTATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTAAAACAT-TAC--ACACCTGCA-CCCTGATTA-A-A-TGTTTTTGGTTGGGGTGACCGCGGAGAAAAACCCATCCTCCGCAATGAAAA-ACAATAAGCTACAACTTTAAGTATCAA-CAGATTGACATTCATTGACCC-AATAAA-TTGATTAACGAACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCACTTTGAGAGCTCCTATCGACAAGTGGGCTTACGACCTCGATGTTGGATCGGGATGTCC-TGGTGGTGCAGCCGCTA-CTAAGGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAACCCCACGTGATCTGAGTTCAGA-CCGGAGCAATCCAGGTCAGTTTCTATCTAT-----AAAGAGCTCTTTTCAGTACGAAAGGACCAAAATAGCATGGCCAATGCCCCC--GCAAGCCATAATTAACTATTTAAG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Pristimantis_ridens_FMNH_257697 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Pristimantis_ridens_FMNH257768 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'Pristimantis savagei ANDES-A 81' 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Pristimantis_schultei__KU_212220 ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TACTTGACTTACACATGCAA-GTCTCC-GCACACCCGTG-AGAACGCCC--CTACCCCCACTTAGGAATTAGGAGCTGATATCAGGCACGCCCAAGACATCTAGCTATACCACACCCACAA-GGGCCTTCAGCAGTGATTAACATTAAA-A-ATAAACGTCAGTTTGACTTAGCCAA-TGAAA-AT-AGAGCCGGCCAAT-CTG-GTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCA-CGTGGCTCAAATTGATTCGGCGTAAAGCGTG-ATTAAAGTGGAGTTAAAC-TTG---AACTAAACTGT-AGTACGTTTGTCCATGAAAAATCCTCAATT-CGAAAGACACTCCA---ACTCAA-CTACTTGAACTCACGAGACCTGAGACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTC-AGTCATAAAC-CTTAACTTACATCGCCAGGGAACTACGAGC-AAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCATATCCCCCTAGAGGAGCCTGTCCTATAACCGATACCCCCCGTTCAACCTCACCACTCTTAGCAGCCTGTATACTTCCGTCGTCAGCTTACCGCGTGAGCGAGTTAGCTAAATGTCAACACGTCAGGTCAAAGTGCAGCAAATATAGTGGTAAGAGATGGGCTACACTTTCTA-CCTTAGAAGATACGA-AAGACTTC--ATGAAACAGAAGGTGGATTTAGCAGTAAGAAAA--AATAGTATATTTCTCTTAAC-TCGGCACTGGGGTGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAGTACTTAACACAGAAGAGGTAAGTCGTAACATGGTAAGTATACCGGAAGGTGTGCTTGGAAACAGAACATACAGAACATAGTTTAAAACACTTCGCTTACACCGCATTGATGTCTGTTAGAAGA-CTGTTCTGAGCCAAATATCTA-GAAAATATTATAACAGTCTAGTAAAGAAGATT-AAAAAACTCCCAA-GAGCTATAAATCTGTACC-GTAAGGGAAAGATGAAATAAAAATGAAACAAATTTCAAGCACAAAAAAGTAAAGACTTACCCTTGTACCTTTTGCATCATGGTTTAGCTAGTCTAATTAGGCAAAAAG-ACC-TTAAGTCTAA-CCCCCCGAAACTAAGTGAGCTAATTTAGGGCCGCTTTATGAGCCCACCCGTCTATGTTGCAAAATAGTGGGAAGACCCTAAAATAGAGGTGACAGACCTAAC-GAACTTAGTGATAGCTGGTTTCTCAAGAAAAG-AAT-TTAGTTCAACATAAAATAAAAAGCAATTCAAATGAGGTACAGCCCATTTGATACAGGACTCGACCTTCGCTAACGGGTAAGTAGGCCTAAGAGCAGCCATCTTTAGAAAAGCGTCAAAGCTTAGAACCCTTTTATAGTACTGAGAACCTCTATTATAGAGCCT-TTTATGCTAAAACTAGTAACAAGAATGCAAACTTAACCCAGCA--GGAATAATCACTGACAACTAACATAGAAAACCCTACTGTTAACCTAACACCAGAGCATTTCAAGAAAGATTAAAAGAA-AAAGAAGGAATTCAGCAAACAGCCTCGCCTGTTTACCAAAAACATCGCCTCTTGATAAGAGGTCCAGCCTGCCCAGTGACGTTCAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCGAAGGTAGCGTAATCACTTGTTTTCTAAATAAAGACCAGTATGAAAGGCACCACGAGGGCTAAACTGTCTCCTTTTTCTAATCAGTGAACCTAATCTCCCCGTGAAGAAGCGGGGATACTTATATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAAACAT-CAT-AACACCTGCA-CGCTGATTA-T-A-AGTTTTTGGTTGGGGTGACCGCGGAGAAAAATAAATCCTCCACAATGAAAA-ACAATAAGTTACAACTTTAATTATCAA-CAAATTGACATCCATTGACCC-AATAT--TTGATCAACGAACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCACTTTGAAAGCTCCTATCGACAAGTGGGCTTACGACCTCGATGTTGGATCGGGGTATCC-AAGTGGTGCAGCCGCTA-CTTAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAACCCCACGTGATCTGAGTTCAGA-CCGGAGCAATCCAGGTCAGTTTCTATCTAT-----AAAGAGCTTTTTTCAGTACGAAAGGACCAAAACAGCATGGCCAATATCACT--TCAAGCCATAAGATATTACTTTTG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Pristimantis_taeniatus_AJC_1126 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Pristimantis_taeniatus_CH_4999 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'Pristimantis viejas ANDES-A 637' 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'Pristimantis zophus ANDES-A 0066' 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'Pristimantis zophus ANDES-A 54' 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'Pristimantis zophus ANDES-A 65' 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; END; BEGIN TREES; TITLE PostProb_Pristimantis_allgenes; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Agalychnis_callidryas, 2 Craugastor_daryi_UTA_A57940, 3 Diasporus_hylaeformis_UCR_16264, 4 Diasporus_vocator_FMNH_257769, 5 Pristimantis_ockendeni_QCAZ_25428, 6 Pristimantis_miyatai_RC_610, 7 'Pristimantis taeniatus ANDES-A 480', 8 'Pristimantis viejas ANDES-A 470', 9 'Pristimantis paisa ANDES-A 466', 10 'Pristimantis viejas ANDES-A 637', 11 'Pristimantis aff. taeniatus 3 ANDES-A638', 12 Pristimantis_suetus_MHUA_0440, 13 'Pristimantis gaigei ANDES-A 639', 14 'Pristimantis aff. taeniatus 3 ANDES-A 640', 15 'Pristimantis zophus ANDES-A 65', 16 Pristimantis_ockendeni_QCAZ_25766, 17 'Pristimantis savagei ANDES-A 79', 18 'Pristimantis savagei ANDES-A 81', 19 'Pristimantis frater ANDES-A 84', 20 'Pristimantis taeniatus ANDES-A 501', 21 Pristimantis_martiae_QCAZ17998, 22 'Pristimantis affinis ANDES-A 0026', 23 'Pristimantis bogotensis ANDES-A 28', 24 'Pristimantis nervicus ANDES-A 42', 25 'Pristimantis aff. taeniatus 3 ANDES-A 48', 26 'Pristimantis erythropleura ANDES-A 49', 27 'Pristimantis erythropleura ANDES-A 51', 28 'Pristimantis ptochus ANDES-A 52', 29 'Pristimantis brevifrons ANDES-A 53', 30 Pristimantis_librarius_QCAZ_25852, 31 'Pristimantis zophus ANDES-A 54', 32 'Pristimantis aff. taeniatus 3 ANDES-A 61', 33 'Pristimantis aff. taeniatus 3 ANDES-A 485', 34 'Pristimantis viejas ANDES-A 496', 35 'Pristimantis aff. taeniatus 2 ANDES-A 0486', 36 'Pristimantis gaigei ANDES-A 0494', 37 Pristimantis_quaquaversus_QCAZ16150, 38 'Pristimantis taeniatus ANDES-A 641', 39 'Pristimantis zophus ANDES-A 0066', 40 'Pristimantis aff. taeniatus 1 ANDES-A 635', 41 Craugastor_longirostris_MVUP_2019, 42 'Craugastor longirostris ANDES-A 636', 43 Pristimantis_gaigei_MHUA_4812, 44 Pristimantis_quaquaversus_QCAZ_25676, 45 Pristimantis_paisa_MHUA_4811, 46 Pristimantis_martiae_QCAZ_18018, 47 Litoria_caerulea, 48 Lynchius_flavomaculatus_KU_218210, 49 Lynchius_nebulanastes_KU_181408, 50 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