#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2024; 16:54 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Nelsen M., Lücking R., Mbatchou J., Andrew C., Andrew C., Spielmann A., & Lumbsch H.T. 2011. New insights into relationships of lichen-forming Dothideomycetes. Fungal Diversity, 51: 155-162. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12023] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=63; TAXLABELS Acrocordia_subglobosa_HTL940 Acrospermum_compressum Acrospermum_gramineum Aliquandostipite_khaoyaiensis Anisomeridium_cf._willeyanum_MPN549 Anisomeridium_phaeospermum_MPN539 Anisomeridium_sp._29329A_MPN533 Anisomeridium_sp._29329A_MPN534 Anisomeridium_sp._29329A_MPN540 Anisomeridium_sp._29329A_MPN542 Anisomeridium_ubianum_MPN94 Arthopyrenia_cinchonae_MPN333 Arthopyrenia_planorbis_MPN334 Arthopyrenia_planorbis_MPN352 Arthopyrenia_planorbis_MPN353 Arthopyrenia_salicis Astrothelium_versicolor_MPN47 'Bimuria novae-zelandiae' Botryosphaeria_dothidea Byssosphaeria_schiedermayeriana Capnodium_coffeae Combea_mollusca Coniothyrium_palmarum Dendrographa_alectoroides_MPN100 Dendrographa_decolorans Dothidea_insculpta Dothiora_cannabinae Flavobathelium_epiphyllum_MPN67 Funbolia_dimorpha Heleiosa_barbatula Hysterium_angustatum Hysterobrevium_smilacis Hysteropatella_clavispora Jahnula_sangamonensis Julella_avicenniae_1 Julella_avicenniae_2 Julella_fallaciosa_MPN141 Julella_fallaciosa_MPN547 Kirschsteiniothelia_aethiops Leptosphaeria_maculans Macrophomina_phaseolina Mycomicrothelia_hemisphaerica_MPN102 Mycomicrothelia_miculiformis_MPN101B Mycomicrothelia_oleosa_MPN95 Myriangium_duriaei Myriangium_hispanicum Patellaria_atrata Phyllobathelium_anomalum_MPN242 Phyllobathelium_firmum_MPN545 Polymeridium_catapastum_MPN358 Polymeridium_proponens_MPN359 Pseudopyrenula_subgregaria_MPN106 Roccellographa_cretacea Roussoella_hysterioides Roussoella_pustulans Strigula_jamesii_MPN548 Strigula_nemathora_MPN72 Strigula_schizospora_MPN73 Trypetheliopsis_kalbii_MPN243 Trypethelium_eluteriae_MPN111 Tubeufia_cerea Tyrannosorus_pinicola Venturia_inaequalis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M12797] TITLE Alignment; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=9468; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Acrospermum_compressum 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Acrospermum_gramineum 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Anisomeridium_phaeospermum_MPN539 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Arthopyrenia_cinchonae_MPN333 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Astrothelium_versicolor_MPN47 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Dothiora_cannabinae 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Hysterium_angustatum 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = Alignment) = N: 1-8332 8537-8595 8599 8690-8757 8885-8936 9407-9468, 1: 8333-8536\3 8596-8598\3 8600-8689\3 8758-8886\3 8939-9406\3, 2: 8334-8537\3 8597-8599\3 8601-8690\3 8759-8884\3 8937-9407\3, 3: 8335-8538\3 8598-8600\3 8602-8691\3 8760-8885\3 8938-9408\3; END; BEGIN TREES; TITLE ML_Result; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Acrocordia_subglobosa_HTL940, 2 Acrospermum_compressum, 3 Acrospermum_gramineum, 4 Aliquandostipite_khaoyaiensis, 5 Anisomeridium_cf._willeyanum_MPN549, 6 Anisomeridium_phaeospermum_MPN539, 7 Anisomeridium_sp._29329A_MPN533, 8 Anisomeridium_sp._29329A_MPN534, 9 Anisomeridium_sp._29329A_MPN540, 10 Anisomeridium_sp._29329A_MPN542, 11 Anisomeridium_ubianum_MPN94, 12 Arthopyrenia_cinchonae_MPN333, 13 Arthopyrenia_planorbis_MPN334, 14 Arthopyrenia_planorbis_MPN352, 15 Arthopyrenia_planorbis_MPN353, 16 Arthopyrenia_salicis, 17 Astrothelium_versicolor_MPN47, 18 'Bimuria novae-zelandiae', 19 Botryosphaeria_dothidea, 20 Byssosphaeria_schiedermayeriana, 21 Capnodium_coffeae, 22 Combea_mollusca, 23 Coniothyrium_palmarum, 24 Dendrographa_alectoroides_MPN100, 25 Dendrographa_decolorans, 26 Dothidea_insculpta, 27 Dothiora_cannabinae, 28 Flavobathelium_epiphyllum_MPN67, 29 Funbolia_dimorpha, 30 Heleiosa_barbatula, 31 Hysterium_angustatum, 32 Hysterobrevium_smilacis, 33 Hysteropatella_clavispora, 34 Jahnula_sangamonensis, 35 Julella_avicenniae_1, 36 Julella_avicenniae_2, 37 Julella_fallaciosa_MPN141, 38 Julella_fallaciosa_MPN547, 39 Kirschsteiniothelia_aethiops, 40 Leptosphaeria_maculans, 41 Macrophomina_phaseolina, 42 Mycomicrothelia_hemisphaerica_MPN102, 43 Mycomicrothelia_miculiformis_MPN101B, 44 Mycomicrothelia_oleosa_MPN95, 45 Myriangium_duriaei, 46 Myriangium_hispanicum, 47 Patellaria_atrata, 48 Phyllobathelium_anomalum_MPN242, 49 Phyllobathelium_firmum_MPN545, 50 Polymeridium_catapastum_MPN358, 51 Polymeridium_proponens_MPN359, 52 Pseudopyrenula_subgregaria_MPN106, 53 Roccellographa_cretacea, 54 Roussoella_hysterioides, 55 Roussoella_pustulans, 56 Strigula_jamesii_MPN548, 57 Strigula_nemathora_MPN72, 58 Strigula_schizospora_MPN73, 59 Trypetheliopsis_kalbii_MPN243, 60 Trypethelium_eluteriae_MPN111, 61 Tubeufia_cerea, 62 Tyrannosorus_pinicola, 63 Venturia_inaequalis; TREE ML_Tree = [&R] (((((((((42:0.03362764541371932,43:0.0368017318860418):0.036100940158454414,44:0.058500804950224):0.010352558627623049,(37:0.0033620560576197167,38:0.0019306176207919412):0.03935059658966519):0.015906373350543457,(((50:0.06552991961895577,51:0.04441524598135321):0.006185413599214762,(52:0.03414631990648892,(17:0.09325808426993792,60:0.03533831882010208):0.01770501667228852):0.006268950621391878):0.012070353003908463,(12:0.01835778032619806,(13:0.003763536102094206,(14:2.492064253650783E-6,15:2.492064253650783E-6):2.492064253650783E-6):0.011671405841752774):0.02356656264287496):0.010379115337562306):0.0909802575308778,((34:0.04823145158037925,4:0.029077221444122614):0.08763866646274424,((61:0.08328761834191448,((47:0.0499583061995888,33:0.03254882273334156):0.0041767388310560705,((41:0.005479398582820094,19:0.020126737753440704):0.030730050673022535,((21:0.047601377324325594,(46:0.0660890568753828,45:0.016813208265618634):0.0678955484267795):0.01145869154714485,(26:0.016413367296386816,27:0.009860093187788244):0.020814037560123566):0.011520372156775482):0.009539993161823163):0.005109209851684976):0.009307758151917117,((((54:0.009226914372489542,(16:0.008433968061382302,55:0.010059790565751098):0.005960998408938711):0.03385437312085801,((18:0.03932686652554887,20:0.011430603745353152):0.019236844346878113,((40:0.012321046718948458,23:0.02002663751845854):0.012928026518319757,(35:0.009750650614884282,36:2.4920642536785387E-6):0.07283700151269704):0.010978239599719053):0.011935751115901866):0.0347648857242471,(31:0.021215385882400628,32:0.02761073267381489):0.015995852236311947):0.013385493061930237,(63:0.014705118815333734,62:0.017439793924627273):0.048306736841660786):0.006203302625660989):0.0062046355726444735):0.0019317987734308872):0.0042034533992324485,((3:0.04606167484152557,2:0.04394383290893858):0.08302182707189018,(((28:0.06259049209219811,56:0.049256587528063916):0.014893486887736784,(48:0.023562908827894413,49:0.03409618545463189):0.041230442521704436):0.026883419965999994,(57:0.06084185410717155,58:0.05802260416165966):0.04451054790985293):0.01465183586850441):0.01475600547022532):0.0019948900587781204,39:0.1163661666497367):0.00908701096690026,((30:0.037877840238846994,29:0.04274420513217417):0.005298356564505169,(1:0.04488561475652075,((11:0.045167410141937814,((((7:2.4920642536785387E-6,9:2.4920642536785387E-6):2.4920642536230275E-6,10:2.4920642536230275E-6):2.4920642536785387E-6,8:0.0015217370673271113):0.020483888281769447,6:0.03103400936256462):0.00879326242357914):0.028259560982845155,(59:0.06276626927720724,5:0.05522682761948439):0.005079811745252127):0.008734487702082128):0.017920053855460416):0.05091723169458365):0.037326908351935945,((24:0.01596936695631873,25:0.006028225818044297):0.04552870088813757,(22:0.054761324336676354,53:0.0568167885927007):0.0180083915450453):0.037326908351935945); END;