#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 24, 2024; 2:40 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Prado C.P., Haddad C., & Zamudio K.R. 2011. Cryptic lineages and Pleistocene population expansion in a Brazilian Cerrado frog. Molecular Ecology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12066] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=93; TAXLABELS Hypsiboas_albopunctatus_1056 Hypsiboas_albopunctatus_1057 Hypsiboas_albopunctatus_1061 Hypsiboas_albopunctatus_1063 Hypsiboas_albopunctatus_1064 Hypsiboas_albopunctatus_1065 Hypsiboas_albopunctatus_1066 Hypsiboas_albopunctatus_1108 Hypsiboas_albopunctatus_1109 Hypsiboas_albopunctatus_1110 Hypsiboas_albopunctatus_1111 Hypsiboas_albopunctatus_1114 Hypsiboas_albopunctatus_1115 Hypsiboas_albopunctatus_1116 Hypsiboas_albopunctatus_1117 Hypsiboas_albopunctatus_1331 Hypsiboas_albopunctatus_1333 Hypsiboas_albopunctatus_1334 Hypsiboas_albopunctatus_1336 Hypsiboas_albopunctatus_1337 Hypsiboas_albopunctatus_1353 Hypsiboas_albopunctatus_1356 Hypsiboas_albopunctatus_1357 Hypsiboas_albopunctatus_1358 Hypsiboas_albopunctatus_1359 Hypsiboas_albopunctatus_1361 Hypsiboas_albopunctatus_1362 Hypsiboas_albopunctatus_1363 Hypsiboas_albopunctatus_1365 Hypsiboas_albopunctatus_1401 Hypsiboas_albopunctatus_1402 Hypsiboas_albopunctatus_1404 Hypsiboas_albopunctatus_1405 Hypsiboas_albopunctatus_1407 Hypsiboas_albopunctatus_1408 Hypsiboas_albopunctatus_1410 Hypsiboas_albopunctatus_1411 Hypsiboas_albopunctatus_1412 Hypsiboas_albopunctatus_1581 Hypsiboas_albopunctatus_1649 Hypsiboas_albopunctatus_1651 Hypsiboas_albopunctatus_1657 Hypsiboas_albopunctatus_1661 Hypsiboas_albopunctatus_1663 Hypsiboas_albopunctatus_1665 Hypsiboas_albopunctatus_1666 Hypsiboas_albopunctatus_1667 Hypsiboas_albopunctatus_1668 Hypsiboas_albopunctatus_1669 Hypsiboas_albopunctatus_1674 Hypsiboas_albopunctatus_1678 Hypsiboas_albopunctatus_1856 Hypsiboas_albopunctatus_1858 Hypsiboas_albopunctatus_1859 Hypsiboas_albopunctatus_1874 Hypsiboas_albopunctatus_1875 Hypsiboas_albopunctatus_1889 Hypsiboas_albopunctatus_1890 Hypsiboas_albopunctatus_1891 Hypsiboas_albopunctatus_2041 Hypsiboas_albopunctatus_2043 Hypsiboas_albopunctatus_2044 Hypsiboas_albopunctatus_2071 Hypsiboas_albopunctatus_2073 Hypsiboas_albopunctatus_419 Hypsiboas_albopunctatus_495 Hypsiboas_albopunctatus_544 Hypsiboas_albopunctatus_545 Hypsiboas_albopunctatus_568 Hypsiboas_albopunctatus_639 Hypsiboas_albopunctatus_672 Hypsiboas_albopunctatus_676 Hypsiboas_albopunctatus_678 Hypsiboas_albopunctatus_679 Hypsiboas_albopunctatus_732 Hypsiboas_albopunctatus_734 Hypsiboas_albopunctatus_736 Hypsiboas_albopunctatus_740 Hypsiboas_albopunctatus_742 Hypsiboas_albopunctatus_882 Hypsiboas_albopunctatus_887 Hypsiboas_albopunctatus_891 Hypsiboas_albopunctatus_893 Hypsiboas_albopunctatus_896 Hypsiboas_albopunctatus_899 Hypsiboas_albopunctatus_939 Hypsiboas_albopunctatus_942 Hypsiboas_albopunctatus_981 Hypsiboas_albopunctatus_983 Hypsiboas_albopunctatus_984 Hypsiboas_albopunctatus_986 Hypsiboas_multifasciatus_2116 Hypsiboas_raniceps_1973 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10678] TITLE 'Hypsiboas albopunctatus, 3 mtDNA alignment (Control Region, ND1, and ND2 fragments concatenated)'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=3557; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Hypsiboas_albopunctatus_1649 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Hypsiboas_albopunctatus_2073 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Hypsiboas_albopunctatus_896 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Hypsiboas_multifasciatus_2116 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; END; BEGIN TREES; TITLE 'Bayesian Topology from Hypsiboas albopunctatus, 3 mtDNA alignment'; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Hypsiboas_albopunctatus_419, 2 Hypsiboas_albopunctatus_495, 3 Hypsiboas_albopunctatus_544, 4 Hypsiboas_albopunctatus_545, 5 Hypsiboas_albopunctatus_568, 6 Hypsiboas_albopunctatus_639, 7 Hypsiboas_albopunctatus_672, 8 Hypsiboas_albopunctatus_676, 9 Hypsiboas_albopunctatus_678, 10 Hypsiboas_albopunctatus_679, 11 Hypsiboas_albopunctatus_732, 12 Hypsiboas_albopunctatus_734, 13 Hypsiboas_albopunctatus_736, 14 Hypsiboas_albopunctatus_740, 15 Hypsiboas_albopunctatus_742, 16 Hypsiboas_albopunctatus_882, 17 Hypsiboas_albopunctatus_887, 18 Hypsiboas_albopunctatus_891, 19 Hypsiboas_albopunctatus_893, 20 Hypsiboas_albopunctatus_896, 21 Hypsiboas_albopunctatus_899, 22 Hypsiboas_albopunctatus_939, 23 Hypsiboas_albopunctatus_942, 24 Hypsiboas_albopunctatus_981, 25 Hypsiboas_albopunctatus_983, 26 Hypsiboas_albopunctatus_984, 27 Hypsiboas_albopunctatus_986, 28 Hypsiboas_albopunctatus_1056, 29 Hypsiboas_albopunctatus_1057, 30 Hypsiboas_albopunctatus_1061, 31 Hypsiboas_albopunctatus_1063, 32 Hypsiboas_albopunctatus_1064, 33 Hypsiboas_albopunctatus_1065, 34 Hypsiboas_albopunctatus_1066, 35 Hypsiboas_albopunctatus_1108, 36 Hypsiboas_albopunctatus_1109, 37 Hypsiboas_albopunctatus_1110, 38 Hypsiboas_albopunctatus_1111, 39 Hypsiboas_albopunctatus_1114, 40 Hypsiboas_albopunctatus_1115, 41 Hypsiboas_albopunctatus_1116, 42 Hypsiboas_albopunctatus_1117, 43 Hypsiboas_albopunctatus_1331, 44 Hypsiboas_albopunctatus_1333, 45 Hypsiboas_albopunctatus_1334, 46 Hypsiboas_albopunctatus_1336, 47 Hypsiboas_albopunctatus_1337, 48 Hypsiboas_albopunctatus_1353, 49 Hypsiboas_albopunctatus_1356, 50 Hypsiboas_albopunctatus_1357, 51 Hypsiboas_albopunctatus_1358, 52 Hypsiboas_albopunctatus_1359, 53 Hypsiboas_albopunctatus_1361, 54 Hypsiboas_albopunctatus_1362, 55 Hypsiboas_albopunctatus_1363, 56 Hypsiboas_albopunctatus_1365, 57 Hypsiboas_albopunctatus_1401, 58 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((92:1.55165,93:6.310051)1.00:0.430671,(((64:0.295716,(59:0.011571,62:0.013389)1.00:0.246404)1.00:0.354449,(63:0.04688,(61:0.071885,((57:0.060031,58:0.008697)0.81:0.016011,(60:0.008155,65:0.016082)0.52:0.012942)1.00:0.107639)0.60:0.057508)1.00:0.603703)1.00:0.798515,(76:0.043394,((44:0.107341,(29:0.062957,48:0.043131)1.00:0.052345)0.53:0.026107,(8:0.119839,(31:0.064756,(32:0.065549,91:0.059725)0.99:0.03237)1.00:0.090444)1.00:0.052826,((12:0.016791,88:0.041774)1.00:0.0248,(67:0.049487,(66:0.00775,(68:0.008116,70:0.025644,73:0.024573)1.00:0.016067)0.98:0.016268)1.00:0.06526)1.00:0.02457,((45:0.009455,46:0.017402)1.00:0.094976,(7:0.051329,(28:0.033381,33:0.059121,49:0.057081,90:0.08406,(43:0.016453,47:0.017121)1.00:0.025024,(35:0.033787,(9:0.025724,10:0.067993)0.94:0.051047)0.94:0.032549,(40:0.058848,(34:0.073547,85:0.048736)0.99:0.021976)0.89:0.016862,(36:0.024986,(38:0.016126,51:0.016317)1.00:0.024614)1.00:0.023727,(50:0.041376,(41:0.025599,84:0.03051)0.95:0.018797)0.83:0.017968,(30:0.04134,(42:0.019993,(37:0.041647,39:0.032134,56:0.016697,(55:0.013959,(52:0.033134,53:0.008314,54:0.037437)1.00:0.028086)0.62:0.017856)0.58:0.016271)0.89:0.016288)1.00:0.025691)0.88:0.022575)0.91:0.028127)0.90:0.038378,(86:0.28267,(((15:0.016813,22:0.058648)1.00:0.032533,((87:0.008493,89:0.016468)1.00:0.062317,((13:0.050386,(16:0.033384,17:0.024702)1.00:0.024949)0.67:0.016547,(18:0.029575,(5:0.041877,6:0.024816,(78:0.04745,(14:0.050234,(24:0.007978,25:0.017082)1.00:0.016706,(4:0.025408,(23:0.02844,77:0.021385)0.99:0.017038)1.00:0.033498)0.99:0.017444)0.93:0.017856)0.99:0.021858)1.00:0.037871)0.55:0.024695)0.93:0.022734)0.82:0.017838,((81:0.061225,(3:0.007914,11:0.016094)1.00:0.083224)0.87:0.018004,(80:0.058324,(26:0.009011,27:0.036044)0.99:0.016901,(79:0.034904,82:0.016226,83:0.033309)0.83:0.016817)1.00:0.05983,((1:0.016968,19:0.016576,20:0.023957,21:0.009706):0.068595,(71:0.022884,(2:0.034775,72:0.008342,75:0.04434,(69:0.012121,74:0.032374)0.53:0.016071)1.00:0.031175)0.83:0.02777)1.00:0.039466)1.00:0.027283)1.00:0.108221)1.00:0.099726)0.96:0.047016)0.60:0.908671)1.00:0.430671); 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