#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 2:31 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Jimenez-mejias P., Martin-bravo S., & LuceƱo M. 2012. Systematics and taxonomy of Carex sect. Ceratocystis (Cyperaceae) in Europe: a molecular and cytogenetic approach. Systematic Botany, : 000. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12111] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=26; TAXLABELS Carex_barrosii_R4 Carex_castroviejoi_R28_1 Carex_castroviejoi_R28_2 Carex_cretica Carex_cryptolepis_R4 Carex_cryptolepis_R7 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_R23 Carex_distans Carex_durieui_1 Carex_durieui_2 Carex_flava_R12 Carex_flava_R13 Carex_flaviformis_R9 Carex_hostiana_R29_1 Carex_hostiana_R29_2 Carex_lepidocarpa_R23 Carex_lepidocarpa_subsp_jemtlandica_R27 Carex_lutea_R31_1 Carex_lutea_R31_2 Carex_melanostachya Carex_monotropa_R10 Carex_section_Ceratocystis_R1_1 Carex_section_Ceratocystis_R1_2 Carex_sp_R32_1 Carex_sp_R32_2 Carex_viridula_R3 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=65; TAXLABELS Carex_castroviejoi_1A Carex_castroviejoi_1B Carex_cretica Carex_demissa_1 Carex_demissa_10 Carex_demissa_11 Carex_demissa_13B Carex_demissa_14 Carex_demissa_2 Carex_demissa_3 Carex_demissa_4 Carex_demissa_5 Carex_demissa_6 Carex_demissa_7 Carex_demissa_8 Carex_demissa_9 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_1 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_11A Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_2 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_3 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_4E Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_5 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_6A Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_7 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_8A Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_9 Carex_demissa_x_Carex_viridula_Atl_Ibe_1A Carex_demissa_x_Carex_viridula_Atl_Ibe_2C Carex_demissa_x_Carex_viridula_Atl_Ibe_3B Carex_demissa_x_Carex_viridula_Atl_Ibe_3C Carex_demissa_x_Carex_viridula_Cor_1 Carex_demissa_x_Carex_viridula_Cor_3 Carex_demissa_x_viridula_Cor_2 Carex_distans Carex_durieui_1 Carex_durieui_2 Carex_flava_1 Carex_flava_2 Carex_flava_3 Carex_flava_5 Carex_flava_6 Carex_flava_7 Carex_flava_var_alpina_2 Carex_hostiana_1 Carex_hostiana_2 Carex_hostiana_3 Carex_lepidocarpa_Atl_2 Carex_lepidocarpa_subsp_jemtlandica_1 Carex_lepidocarpa_subsp_jemtlandica_2 Carex_lepidocarpa_subsp_jemtlandica_3 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_1 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_10 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_3 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_4 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_5A Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_7 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_8 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_9 Carex_melanostachya Carex_nevadensis_3 Carex_nevadensis_4 Carex_tumidicarpa_subsp_cedercreutzii Carex_viridula_1 Carex_viridula_3 Carex_viridula_5 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10802] TITLE Carex_sect_Ceratocystis_5trnK_rps16_sequences; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1540; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Carex_demissa_x_Carex_viridula_Cor_1 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Carex_tumidicarpa_subsp_cedercreutzii 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CCGTTGCCTTTCCATAAACACGACCGTCGAACACGTGACAGAACGCTGCCGCGGAGGCGCCCGCCGCCTCCTCGGCCCCACCGGCCACCTCCCTCTCGCC-TTTCGGGCGCGTTGGTTGCTGGTCGGAATACGGCGCGGGATGACGCCAAGGTACACGATAAA-GCGGAGGCACCGGCGAGCCGCTCAAGGGCTCTGTCGGTCGCCGAGGCCAACAAAAAA--AATACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACGTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGGACCCTCCCGAGGGCACGCCTGCCTCATGGGCGTTAGAAGCCCATCCACGCTCGGTCGCCTAACCAACGGTA-GAGATGCGGACGTTGGCCCTCCGAACCGCGAGGCGCGGTGGGCCTAAGTGTGCGGCCGTCGTACGTGGCCGGGAGCGGCGAGTGGTGGGCTGCTGCGCGCGTCGCCCCGAGCCCCGTACCGACGCAGGGCCCTGTACGACCCCATAACGAGGAGCATGCCGCCGTTGCTTCGGCTGCGCGGCGCCTTCGGT Carex_lutea_R31_2 CCGTTGCCTTTCCATAAACACGACCGTCGAACACGTGACAGAACGCTGCCGCGGAGGCGCCCGCCGCCTCCTCGGCCCCACCGGCCACCTCCCTCTCGCC-TTTCGGGCGCGTTGGTTGCTGGTCGGAATACGGCGCGGGATGACGCCAAGGTACACGATAAA-GCGGAGGCACCGGCGAGCCGCTCAAGGGCTCTGTCGGTCGCCGAGGCCAACAAAAAA--AATACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACGTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGGACCCTCCCGAGGGCACGCCTGCCTCATGGGCGTTAGAAGCCCATCCACGCTCGGTCGCCTAACCAACGGTA-GAGATGCGGACGTTGGCCCTCCGAACCGCGAGGCGCGGTGGGCCTAAGTGTGCGGCCGTCGTACGTGGCCGGGAGCGGCGAGTGGTGGGCTGCTGCGCGCGTCGCCCCGAGCCCCGTACCGACGCAGGGCCCTGTACGACCCCATAACGAGGAGCATGCCGCCGTTGCTTCGGCTGCGCGGCGCCTTCGGT Carex_melanostachya CCGTTGCCTTTCCGGAAACACGACCGTCGAACACGTGACAGAATGCTGCCGCGGAGGCGCTCGCCGCCTCCTCGGCCCCACCGGCCTCCTCCCTCTCGCCCTTCCGGGCGCGTCGGTCGCTGGCCGGAACACGGCGCGGGATGACGCCAAGGAACACGGTAAA-GCTGAGGCGCCGGCGGGCCGCTCGCGGTCTCCGTCGGCTGCCGAGGCCA?CAGAAAAA-AATA?GACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACGTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGGACCCTCCCGAGGGCACGCCTGCCTCATGGGCGTTAGAAGCCCATCCACGCTCGGCTGCCTGACTAACGGCA-GAGATGCGGACATTGGCCCTCCGAGCCGCGAGGCGCGGTGGGCCCAAGTGTGCGGCCGTCGTACGTGGCCGGGAGCGGCGAGTGGTGGGCTGCTGCGCACGTCGCCCCGAGCCCCGT?CCGACGCAGGGCCTTGTACGACCCCCTAACGAGGAGCAAGCCGCTGCGGCTCCGGCCGCGCGGCGCCTTCGGT Carex_monotropa_R10 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CCGTTGCCTTTCCAAAAACACGACCGTCGAACACGTGACAGAACGCTGCCGCGGAGGCGCCCGCCGCCTCCTCGGCCCCACCGGCCTCCTCCCTCTCGCC-TTTCGGGCGCGTTGGTTGCTGGTCGGAATACGGCGCGGGATGACGCCAAGGAACACGATAAA-GCGGAGGCACCGGCGAGCCGCTCAAGGGCTCTGTCGGTCGCCAAGGCCAACAAAAAA--AATACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACGTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGGACCCTCCCGAGGGCACGCCTGCCTCATGGGCGTTAGAAGCCCATCCACGCTCGGTTGCCTAACCAACGGCA-GAGATGCGGACATTGGCCCTCCGAACCGCGAGGCGCGGTGGGCCTAAGTGTGCGGCCGTCGTACGTGGCCGGGAGCGGCGAGTGGTGGGCTACTGCGCGCGTCGCCCCGAGCCCCGTACCGACGCATGGCCCTGTACGACCCCATAACGAGGAGCATGCCGCCGCTGCTTCGGCTGCGCGGCGCCTTCGGT Carex_section_Ceratocystis_R1_2 CCGTTGCCTTTCCAAAAACACGACCGTCGAACACGTGACAGAACGCTGCCGCGGAGGCGCCCGCCGCCTCCTCGGCCCCACCGGCCTCCTCCCTCTCGCC-TTTCGGGCGCGTTGGTTGCTGGTCGGAATACGGCGCGGGATGACGCCAAGGAACACGATAAA-GCGGAGGCACCGGCGAGCCGCTCAAGGGCTCTGTCGGTCGCCAAGGCCAACAAAAAA--AATACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACGTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGGACCCTCCCGAGGGCACGCCTGCCTCATGGGCGTTAGAAGCCCATCCACGCTCGGTTGCCTAACCAACGGCA-GAGATGCGGACATTGGCCCTCCGAACCGCGAGGCGCGGTGGGCCTAAGTGTGCGGCCGTCGTACGTGGCCGGGAGCGGCGAGTGGTGGGCTACTGCGCGCGTCGCCCCGAGCCCCGTACCGACGCATGGCCCTGTACGACCCCATAACGAGGAGCATGCCGCCGCTGCTTCGGCTGCGCGGCGCCTTCGGT Carex_sp_R32_1 CCGTTGCCTTTCCATAAACACGACCGTCGAACACGTGACAGAACGCTGCCGCGGAGGCGCCCGCCGCCTCCTCGGCCCCACCGGCCTCCTCCCTCTCGCC-TTTCGGGCGCGTTGGTTGCTGGTCGGAATACGGCGCGGGATGACGCCAAGGAACACGAAAAA-GCGGAGGCACCGGCGAGCCGCTCAAGGGCTCTGCCGGTCGCCGAGGCCAACAAAAGA--AATACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACGTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGGACCCTCCCGAGGGCACGCCTGCCTCATGGGCGTTAGAAGCCCATCCACGCTCGGTTGCCTAACCAATGGCA-GAGATGCGGACGTTGGCCCTCCGAACCGCGAGGCGCGGTGGGCCTAAGTGTGCGGCCGTCGTACGTGGCCGGGAGCGGCGAGTGGTGGGCTACTGCGCGCGTCGCCCCGAGCCCCGTACCGACGCAGGGCCCTGTACGACCCCCTAACGAGGAGCATGCCGCCGCTGCTTCGGCAGCGCGGCGCCTTCGGT Carex_sp_R32_2 ????????????????????????CGTCGAACACGTGACAGAACGCTGCCGCGGAGGCGCCCGCCGCCTCCTCGGCCCCACCGGCCTCCTCCCTCTCGCC-TTTCGGGCGCGTTGGTTGCTGGTCGGAATACGGCGCGGGATGACGCCAAGGAACACGAAAAA-GCGGAGGCACCGGCGAGCCGCTCAAGGGCTCTGCCGGTCGCCGAGGCCAACAAAAGA--AATACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACGTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGGACCCTCCCGAGGGCACGCCTGCCTCATGGGCGTTAGAAGCCCATCCACGCTCGGTTGCCTAACCAATGGCA-GAGATGCGGACGTTGGCCCTCCGAACCGCGAGGCGCGGTGGGCCTAAGTGTGCGGCCGTCGTACGTGGCCGGGAGCGGCGAGTGGTGGGCTACTGCGCGCGTCGCCCCGAGCCCCGTACCGACGCAGGGCCCTGTACGACCCCCTAACGAGGAGCATGCCGCCGCTGCTTCGGCAGCGCGGCGCCTTCGGT Carex_viridula_R3 CCGTTGCCTTTCCAAAAACACGACCGTCGAACGCGTGACAGAATGCTACCGCGGAGGCGCCCGCCGCCTCCTCGGCCCCACCGGCCTCCTCC?TCTCGCC-TTTCGGGCGCGTTGGTTGCTGGTCGGAATACGGCGCGGGATGACGCCAAGGAACACGATAAA-GCGGAGGCACCGGCGAGCCGCTCAAGGGCTCTGTCGGTCGCCAAGGCCAACAAAAAA--AATACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACGTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGGACCCTCCCGAGGGCACGCCTGCCTCATGGGCGTTAGAAGCCCATCCACGCTCGGTTGCCTAACCAACGGCA-GAGATGCGGACATTGGCCCTCCG?ACC?CGAGGCGCGGTGGGCCTAAGTGTGCGGCCGTCGTACGTGGCCGGGAGCGGCGAGTGGTGGGCTACTGCGCGCGTCGCCCCGAGCCCCGTACCGACGCATGGCCCTGTACGACCCCATAACGAGGAGCATGCCGCCGCTGCTTCGGCTGCGCGGCGCCTTCGGT ; END; BEGIN TREES; TITLE plastid; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Carex_melanostachya, 2 Carex_distans, 3 Carex_cretica, 4 Carex_demissa_1, 5 Carex_demissa_2, 6 Carex_demissa_3, 7 Carex_demissa_4, 8 Carex_demissa_5, 9 Carex_demissa_6, 10 Carex_demissa_7, 11 Carex_demissa_8, 12 Carex_demissa_9, 13 Carex_demissa_10, 14 Carex_demissa_11, 15 Carex_demissa_13B, 16 Carex_demissa_14, 17 Carex_durieui_1, 18 Carex_durieui_2, 19 Carex_flava_1, 20 Carex_flava_2, 21 Carex_flava_3, 22 Carex_flava_5, 23 Carex_flava_6, 24 Carex_flava_7, 25 Carex_hostiana_1, 26 Carex_hostiana_2, 27 Carex_hostiana_3, 28 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_1, 29 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_3, 30 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_4, 31 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_5A, 32 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_7, 33 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_8, 34 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_9, 35 Carex_lepidocarpa_subsp_lepidocarpa_10, 36 Carex_lepidocarpa_subsp_jemtlandica_1, 37 Carex_lepidocarpa_subsp_jemtlandica_2, 38 Carex_lepidocarpa_subsp_jemtlandica_3, 39 Carex_viridula_1, 40 Carex_viridula_3, 41 Carex_viridula_5, 42 Carex_castroviejoi_1A, 43 Carex_castroviejoi_1B, 44 Carex_flava_var_alpina_2, 45 Carex_nevadensis_3, 46 Carex_nevadensis_4, 47 Carex_tumidicarpa_subsp_cedercreutzii, 48 Carex_lepidocarpa_Atl_2, 49 Carex_demissa_x_Carex_viridula_Cor_1, 50 Carex_demissa_x_viridula_Cor_2, 51 Carex_demissa_x_Carex_viridula_Cor_3, 52 Carex_demissa_x_Carex_viridula_Atl_Ibe_1A, 53 Carex_demissa_x_Carex_viridula_Atl_Ibe_2C, 54 Carex_demissa_x_Carex_viridula_Atl_Ibe_3B, 55 Carex_demissa_x_Carex_viridula_Atl_Ibe_3C, 56 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_1, 57 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_2, 58 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_3, 59 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_4E, 60 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_5, 61 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_6A, 62 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_7, 63 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_8A, 64 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_9, 65 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_Pyr_Can_11A; TREE 'MJ from 49700 trees from Bayesian analysis of 5?trnK/rps16 sequences' = [&R] 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(1:0.021122,(18:0.00291,17:0.005025)1.00:0.016866,(3:0.016042,2:0.023745,((27:0.002128,25:0.003167)0.98:0.002631,((12:8.81E-4,11:8.92E-4,5:9.32E-4,42:9.18E-4,43:9.23E-4,4:9.19E-4,49:8.99E-4,47:9.11E-4,13:8.92E-4,15:9.33E-4,6:9.36E-4,7:9.33E-4,8:9.03E-4,9:9.61E-4,10:9.08E-4,14:9.04E-4,26:0.001854,(53:9.04E-4,16:9.45E-4,50:9.42E-4,39:9.52E-4,40:9.6E-4,51:9.43E-4,41:0.001844,(52:9.84E-4,54:9.32E-4,55:9.56E-4)0.99:0.001759)0.98:0.001767)1.00:0.002749,(19:0.001403,36:0.001137,37:0.001031,38:0.001062,35:0.00139,29:0.001142,(59:9.3E-4,58:9.4E-4,33:9.24E-4,28:9.52E-4,34:9.32E-4,62:9.29E-4,48:8.83E-4,45:9.05E-4,63:9.19E-4,57:9.73E-4,31:9.13E-4,46:0.001855,64:0.002792,(30:9.55E-4,32:9.69E-4)0.95:0.001815,(61:9.63E-4,65:9.78E-4,56:0.001083,60:9.94E-4)0.95:0.001794)0.96:0.001795,(44:9.5E-4,22:9.25E-4,24:9.59E-4,23:9.69E-4,(20:0.001021,21:0.001021)0.97:0.001816)0.51:0.001695)1.00:0.001858)1.00:0.002085)1.00:0.011014)0.88:0.003978); END; BEGIN TREES; TITLE Cernoaps; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Carex_melanostachya, 2 Carex_section_Ceratocystis_R1_1, 3 Carex_section_Ceratocystis_R1_2, 4 Carex_viridula_R3, 5 Carex_barrosii_R4, 6 Carex_cryptolepis_R4, 7 Carex_cryptolepis_R7, 8 Carex_flaviformis_R9, 9 Carex_monotropa_R10, 10 Carex_flava_R12, 11 Carex_flava_R13, 12 Carex_lepidocarpa_R23, 13 Carex_demissa_x_Carex_lepidocarpa_R23, 14 Carex_lepidocarpa_subsp_jemtlandica_R27, 15 Carex_castroviejoi_R28_1, 16 Carex_castroviejoi_R28_2, 17 Carex_hostiana_R29_1, 18 Carex_hostiana_R29_2, 19 Carex_lutea_R31_1, 20 Carex_lutea_R31_2, 21 Carex_sp_R32_1, 22 Carex_sp_R32_2, 23 Carex_cretica, 24 Carex_distans, 25 Carex_durieui_1, 26 Carex_durieui_2; TREE MJ_consensus_tree_of_the_49850_trees_from_Bayesian_analysis_of_ITS_Carex_section_Ceratocytistis = [&R] (1:0.054707,23:0.0428,24:0.049393,(25:0.002417,26:0.004506)1.00:0.067056,(17:0.001849,18:0.001831,(15:0.001871,16:0.001876)1.00:0.011508,((21:0.001917,22:0.001978)1.00:0.011801,(19:0.001886,20:0.001854)1.00:0.015203)0.94:0.00695,(2:0.00177,3:0.001757,14:0.005294,(12:0.001803,13:0.001803)0.97:0.003515,((10:0.003441,11:0.002368)1.00:0.012715,(4:0.003513,5:0.001766,6:0.001822,9:0.018432,(7:0.001801,8:0.003496)1.00:0.005292)0.71:0.004478)0.51:0.004267)0.88:0.005668)1.00:0.017308); TREE MJ_consensus_tree_of_the_49850_trees_from_Bayesian_analysis_of_ITS_Carex_section_Ceratocytistis = [&R] 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