#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 1:02 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kawai H., & Sasaki H. 2004. Morphology, life history and molecular phylogeny of Stschapovia flagellaris (Tilopteridales, Phaeophyceae). Journal of Phycology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1211] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=11; TAXLABELS Halosiphon_tomentosus_ATL Halosiphon_tomentosus_PAC Haplospora_globosa Phaeosiphoniella_phinneyi Phyllariopsis_brevipes_ssp._brevipes Phyllariopsis_brevipes_ssp._pseudopurpurascens Phyllariopsis_purpurascens Saccorhiza_dermatodea Saccorhiza_polycides Stschapovia_flagellaris Tilopteris_mertensii ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=38; TAXLABELS Agarum_crathratum Akkesiphycus_lubricum Ascophyllum_nodosum Carpomitra_costata Chnoospora_implexa Chorda_filum Choristocarpus_tenellus Delamarea_attenuata Desmarestia_latifrons Desmarestia_sp. Desmarestia_tabacoides Dictyosiphon_foeniculaceus Dictyota_cervicornis Dictyota_dichotoma Ectocarpus_siliculosus Elachista_fucicola Halosiphon_tomentosus Haplospora_globosa Onslowia_endophytica Phaeosiphoniella_phinneyi Phyllariopsis_brevipes Pilayella_littoraris Pseudochorda_nagaii Saccorhiza_dermatodea Saccorhiza_polycides Sargassum_muticum Schizocladia_ischiensis Scytosiphon_lomentaria Scytothamnus_australis Sphacelaria_cirrosa Sphaerotrichia_divaricata Splachnidium_rugosum Sporochnus_scoparius Stschapovia_flagellaris Syringoderma_phinneyi Tilopteris_mertensii Turbinaria_ornata Undaria_peterseniana ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2557] TITLE rbcL; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1409; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Agarum_crathratum 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Akkesiphycus_lubricum 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Ascophyllum_nodosum 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Carpomitra_costata 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Chnoospora_implexa 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Choristocarpus_tenellus 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Delamarea_attenuata 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TAATCCCATATGCCAAAATGGGATATTGGGATGCTGACTATAATGTTAAAGACACTGATATACTAGCTCTATTTGGTATAACTCCACAACCAGGTGTGGATCCTGTTGAAGCTGCTGCTGCCGTTGCTGGGGAATCTTCTACTGCAACATGGACGGTAGTTTGGACGGATTTATTAACAGCTTGCGATATCTATAGAGCGAAAGCTTATAGAGTGGATCCTGTACCTGGCACAAGTGATCAATTCTTGGCTTACGTAGCTTACGAATGTGATTTATTTGAAGAAGGTTCTCTTGCTAACTTAACAGCATCTATCATTGGTAATGTTTTGGGTTTTAAAGGGGTTAAAGCTTTACGTTTAGAGGATATGAGAATCCCTTTGGCTTATTTAAAAACTTTCCAAGGACCTGCAACAAGTGTTATTGTGGAAAGAGAAAGATTAGACAAATTTGGTCGTCCTTTATTAGGAGCTACTGTAAAACCTAAATTAGGTCTTTCAGGTAAAAACTATGGACGTGTTGTTTATGAAGGGTTACGTGGTGGTCTTTATTTCCTTAAAGATGACGAAAACATTAACTCACAACCATTCATGCGTTGGAAAGAACGTTACCTATACTGTATGGAAGGTGTTAACCGTGCTGCTGCTGCAACAGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACCTTAACGTAACTGCTGCAACAATCGAACAAATGTATGAGCGTGCAGAATATGCTCATGCAATTGGTAGTGTTATTGTAATGGTCGATTTAGTTATGGGTTATACAGCTATTCAAACAATGGCTATTTGGGCTCGAAAAGCTGAAATGATTTTACATTTACATCGTGCTGGTAACTCTACTTATGCACGTCAAAAAAACCATGGTATTAACTTAAGGGTTATTTGTAAATGGATGCGTATGTGTGGTGTAGACCATATTCATGCTGGTACAGTTGTAGGTAAACTAGAAGGAGATCCTTTAATGGTTAGAGGTTTCTACAACACTTTATTATTAACTCAACTAAAAGTTAATTTAGCAGAAGGTTTATTCTTCGATATGGATTGGGCGTCACTTAGAAAATGTGTTCCTGTAGCTTCTGGTGGAATCCATTGTGGTCAAATGCACCAACTTCTTTATTACTTAGGTGATGATGTGGTTCTACAATTTGGTGGTGGTACAAGTGGTCACTCTGGTGGTATCCAAGGAGGTGCTACAGCAAATCGTGTTGCTTTAGAAGCAGTGGTTTTAGCTCGTAATGAAGGACGTGATTATGTAGGCGAAGGCCCTGAAATCTTACGTAACGCTGCAAGTACTTTTGGTCCTCTAAAAGCAGCTTTAGATTTATGGAAAGATATCACTTTCGATTACACATCAACAGATACACCTCATTTCGTTGAAGTTGCAACTGAAAGTAACTAA Desmarestia_tabacoides 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Dictyosiphon_foeniculaceus 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Ectocarpus_siliculosus 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Elachista_fucicola 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Halosiphon_tomentosus 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Haplospora_globosa 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Onslowia_endophytica 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Phaeosiphoniella_phinneyi 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Phyllariopsis_brevipes 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Pilayella_littoraris 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Saccorhiza_dermatodea 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Sargassum_muticum 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Schizocladia_ischiensis 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Scytosiphon_lomentaria 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Sphacelaria_cirrosa 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Sphaerotrichia_divaricata 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Tilopteris_mertensii TAATCCCATACGCAAAAATGGGGTACTGGGATGCTGATTATAACGTTAAACACACTGATATTCTAGCTCTATTCCGTATCACTCCACAACCTGGTGTTGATCCTGTTGAAGCTGCAGCTGCTGTTGCTGGTGAATCTTCTACTGCAACATGGACAGTAGTTTGGACAGATTTACTAACAGCTTGTGATATCTACAGAGCAAAAGCTTACCGAGTTGATCCAGTACCTGGAACAAACGATCAGTATTTCGCTTACATAGCATATGAATGTGATCTGTTTGAAGAAGGTTCTCTTGCAAACTTAACAGCATCTATCATTGGTAATGTTTTCGGTTTTAAAGCTGTTAAAGCATTAAGATTAGAAGATATGAGAATTCCTTACGCTTACCTAAAAACTTTCCAAGGTCCTGCAAAAGGTGTTATTGTGGAAAGAGAAAGATTAGACAAATTTGGTCGTCCTCTATTAGGAGCAACTGTAAAACCTAAATTAGGTCTTTCAGGTAAAAACTATGGACGTGTTGTTTATGAAGGTTTAGCAGGTGGCCTTGATTTCCTAAAAGATGATGAAAACATTAATTCACAACCATTCATGCGTTGGAAAGAACGTTTCCTATACTGTATGGAAGGTGTTAACCGTGCTGCTGCTGCTACAGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACCTTAACGTTACTGCTGCAACAATGGAAAACATGTACGAACGTGCAGAATATTCTCAAGCAATCGGTAGTGTTATTTGTATGATTGATTTAGTTGTTGGTTATACAGCTATTCAAACTATGGCTATTTGGGCACGAAAAGCTGAAATGATTTTACATTTACATCGTGCAGGTAACTCAACTTATGCGCGTCAAAAAAACCATGGTATTAACTTCAGGGTTATTTGTAAATGGATGCGTATGTGTGGTGTAGATCATATCCATGCTGGTACGGTTGTAGGAAAATTAGAGGGAGATCCTTTAATGGTCAGAGGATTCTATAACACGTTATTATTAACTGAGTTAAAAATTAATTTAGCTGAAGGTTTATTCTTCGATATGGATTGGGCATCACTTAGAAAATGTGTTCCTGTAGCTTCAGGTGGAATCCATTGTGGTCAAATGCACCAACTTCTTTATTACTTAGGTGATGATGTGGTTCTACAATTCGGTGGTGGTACAATTGGTCACCCTGATGGTATTCAATCTGGTGCTACAGCAAACCGTGTTGCTTTAGAAGCTATGGTTTTAGCACGTAATGAAGGCCGTGACTATGTTGGTGAAGGTCCTGAAATTTTACGTAATGCTGCAAGTACTTGTGGTCCTTTAAAAGCAGCTTTAGATTTATGGAGAGATATTACTTTTGATTACACTTCAACAGATACACCTGATTTCGTTGAAGTTGCAACTGAAAGTAACTAA Turbinaria_ornata 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Undaria_peterseniana 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GTAAAACTTTCAGCGACGGATGTCTTGGCTCCCCCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGGCTTGCGACTTGCAGAATCCAGTGAATCATCAAAACTTTGAACGCATCTTGCGCTTCCGGGATATCCCTGGGAGCATGCTTGTCGGAGTGTCTGATGACACATCTCGCCCGCGCGCGCCG----GTCGCGTATTAATAATACGAAGTAGTATTAGTATTACGGACGGCTGTTTCGCGCGAGGC-GGACTCTGCGTGGTCCGGAGT-----------CGCGAGACTCCGAGTTC-ACCTAAGGCCATGAAGC---------TCGGTGGTGGTCGCAG-TCACGCTATTTAATCTGCTTGATGGAACAAGCAAGAAGTAGTTACTGTAGTA-GTAGTAATAGTACGTCCTATTAATATTATAGTGTGATCCGGATTGTTGA-CGGCGCCTGCCCCGTCGAAGAGACGGCGCGGC-------CTGGAAACAGC-CCAGG----AGCA-AAATATCCTGCCGGGTGTTCC------GGCG---AAGAAGTC-TCGGAAAGAAGGCAGTTGCGTTGTCTGTT-------GTGTGTCGGATCGTGT-------ACATGTAAGTAGTGTACGTCGTGGTAGTGTTGTTTCGACGGCA-GCCGCACCGAACAGT--CGTCCTT----------TCGGGACACAAGTAGTAAGTACCCAGTCTTTGGAGCCGGGCCTCCGATCAAGCAAGAGGACCCGCTGAATTTAAGCATATAACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAAGAGCTCACGTTGTAAATCAGGCG--TTCGCGCCCGAATTGTAGTCTGGAGAGGCGAGGCCAGCCGTCGGCGGGGGCGAAGTCTCTTGGAAAAGAGCATCAAGGAGGGTGACAATCCCGTTCTTGCCCCC-GGCTCCTTCGCGCGTACGGTCCGTTTTCTACGAGTCGAGTTGCTTGGGATTGCAGCTCAAAGCGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAACACGGGTGGGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGCAAAGAACTTTGAAAAGAGAGTTAAAGAGTGCCTGAAATTGCTGAAAGGGAAGCGAAGGAAACCAGTGTCTG--TCGGTCTCGCTT-CTCCTCCGCCCCTCGGGGCGTTGGTCTGCGTTTCCGCCGTGGCCAGGGCCGGGTAGCGTTGCGGGAGTCTGCGCCTCGGAAGGTAGCCTCTCCTCGGAAGGTGAATACCGTGGCG--TTT-CGTCGCGACGCTGGCCGGTC-CTGACGAAATGGTTTTCTTT Stschapovia_flagellaris ??????????????????????????????????????????????ACGCACCGAAATGCGATAGGTCTTGCGACTTGCAGAATCCAGTGAATCATCAAAACTTTGAACGCATCTTGCGCTTCCGGGATATGCCTGGGAGCATGCTTGTCGGAGTGTCTGTTGACACCACTCGCCCGTCGCCCCCC----CGCCTGT------CAAAGGGAGG------------------GGGAG----CAGCGGGGC-GGACTGTGCGTGTTCCGGAGCGCGC------TCTCGCGCGCTCCGAGTGCACCCAAGCTCGTGAACGAAAATGATATGATGCCTCTTTTCAGCTGTCGCT--------------------------------------------------------------------------------GCACGGAGTTGTTGA-CGGCGC-TCGCCCGAAGTCAAGTACGGGGCGC-------GAACAAACGGC-TAA-------------GTTGCG----GTG----------------------------AGCAAACGGCTTTGG--AGGGGCGAAACATCAATGA-TCTGTACCGA-CTGGCC---------CCCTGGG---GCGCGG--------GCACCCCCCCGCG---------------CCCCTTCCCCGGG--------GGCCCGCCCC---GCCC---TAC------TTTTGT-TCGGACCTCCGATCAAGCAAGAGGACCCGCTGAATTTAAGCATATAACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAAGAGCTCACGTTGTAAATCTGGC--TTTCGGGCCCGAATTGTAGTCTGGAGAGGCGAGGCCAGCCGGCGGCGGGGGCGAAGTCTCTTGGAAAAGAGCATCAAGGAGGGTGACAATCCCGTTCTTGCCCCCTGATTTCGTCGCGCGTACGGTCCGTTTTCTACGAGTCGAGTTGCTTGGGATTGCAGCTCAAAGCGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAACACGGGTGGGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGCAAAGAACTTTGAAAAGAGAGTTAAAGAGTGCCTGAAATTGCTGAAAGGGAAGCGAAGGAAACCAGTGTCTG--ACAGTTCCGCTT-CTCCTCCGCCCCTCGGGGCGTTGGTTTGCGTTTCCGTCGTGGCCAGGGCCGGGTAGGGTTGCGGGAGTCTGCGCCTCGGAAGGTAGCTCCTCCTCGGAGAGTGAATACCGTGGCGTGT---CGTCGCGACTCTGGCCGGT-TCTGACGAAATGGTTTTCTTT Tilopteris_mertensii ??????????????????????????????????????????????ACGCAGCGAAATGCGATACGTCATGCGAATTGCAAAACTTAGTGAGTCATCAAAATTTTGAACGCATCTTGCACTTCCG-TTTACGC--GGGAGTATGTCTGTTGGAGTGTCTGTT----CATC---CCCACACCTCTTC------CATTT----------TGGA--------------------------------TGA-GCTGAGGCCGCCGTTGTTCATACTAT---------TTTGATCAACGTGCTTAG----ATGTAACATACCCCGA------ACTCGCCCCTGCTCTGTTGG-AGTA---------AGGAA---AGCGCG-ACGTAG------CCAGATTCC---------TTAGCTGG----AAACTGA------ACCACAACGCGCTGATCCCACTTTGACGCG-----AAGG-AGCCCCG------GTGAGAATAC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGT-TCGGACCTCCAATCAGTCAAGATTACCCGCTGAATTTAAGCATATAACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAATAGCTCAGACTGAAAATCT-------TCGG-----AATTGTAGTCTGGAGAAGCGAAGTCAGCGAAATCCACCGGCAAAGTCTTCTGGAACGGAGCACCAAGGAGGGTGATAGTCCCGTCTATGCCAGGTGGAT---GGA-GCGTACGACTCGCTTTCAATGAGTCGAGTTGTTTGGGATTGCAGCTCTAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGTGGGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGAAAAGAGAGTTAAACAGTACCTGAAATTGCTGAAATGGAACCGATGGGAGGCAGTGTTGGCGTGCGATCATTTTGGATATCCCGCATGCGGGGTGTTCG--TGTG-----GCCGTGCGCAAGTCAGGCTTTCTTTG-----GTGAGCG----GGAGAGGTCTCAAACCTGTGAGGGTTGAGGGTGC----------CGTCGCTTG-CTGGAGGGACTTTGACGAAATGCCTCTCATC ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6964; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Stschapovia_flagellaris, 2 Halosiphon_tomentosus_PAC, 3 Halosiphon_tomentosus_ATL, 4 Tilopteris_mertensii, 5 Haplospora_globosa, 6 Phaeosiphoniella_phinneyi, 7 Phyllariopsis_purpurascens, 8 Phyllariopsis_brevipes_ssp._pseudopurpurascens, 9 Phyllariopsis_brevipes_ssp._brevipes, 10 Saccorhiza_polycides, 11 Saccorhiza_dermatodea; TREE Fig._8 = [&R] (11,((10,(((6,5),4),((3,2),1))),((9,8),7))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6965; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Choristocarpus_tenellus, 2 Onslowia_endophytica, 3 Sphacelaria_cirrosa, 4 Dictyota_dichotoma, 5 Dictyota_cervicornis, 6 Syringoderma_phinneyi, 7 Sargassum_muticum, 8 Turbinaria_ornata, 9 Ascophyllum_nodosum, 10 Scytothamnus_australis, 11 Splachnidium_rugosum, 12 Stschapovia_flagellaris, 13 Phyllariopsis_brevipes, 14 Saccorhiza_dermatodea, 15 Saccorhiza_polycides, 16 Phaeosiphoniella_phinneyi, 17 Tilopteris_mertensii, 18 Akkesiphycus_lubricum, 19 Haplospora_globosa, 20 Desmarestia_sp., 21 Desmarestia_tabacoides, 22 Desmarestia_latifrons, 23 Carpomitra_costata, 24 Sporochnus_scoparius, 25 Halosiphon_tomentosus, 26 Pseudochorda_nagaii, 27 Chorda_filum, 28 Undaria_peterseniana, 29 Agarum_crathratum, 30 Chnoospora_implexa, 31 Scytosiphon_lomentaria, 32 Sphaerotrichia_divaricata, 33 Elachista_fucicola, 34 Dictyosiphon_foeniculaceus, 35 Delamarea_attenuata, 36 Pilayella_littoraris, 37 Ectocarpus_siliculosus, 38 Schizocladia_ischiensis; TREE Fig._6 = [&R] (38,((((((((37,(31,30)),(36,((35,(34,33)),32))),(((29,28),(26,18)),27)),(((((25,12),(((19,16),17),((15,14),13))),(9,(8,7))),(22,(21,20))),(11,10))),(24,23)),(6,(3,2))),(5,4)),1)); END;