#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 16:25 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Fouquet A., Noonan B.P., Rodrigues M.T., Pech N., Gilles A., & Gemmell N.J. 2012. Multiple Quaternary Refugia in the Eastern Guiana Shield Revealed by Comparative Phylogeography of 12 Frog Species. Systematic Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12162] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=82; TAXLABELS Allobates_alagoanus_538_DQ502126 Allobates_brunneus_DQ502047 Allobates_brunneus_DQ502205 Allobates_caeruleodactylus_1_DQ502212 Allobates_conspicuus_615DQ502135 Allobates_femoralis_H01 Allobates_femoralis_H02 Allobates_femoralis_H03 Allobates_femoralis_H04 Allobates_femoralis_H05 Allobates_femoralis_H06 Allobates_femoralis_H07 Allobates_femoralis_H08 Allobates_femoralis_H09 Allobates_femoralis_H10 Allobates_femoralis_H11 Allobates_femoralis_H12 Allobates_femoralis_H13 Allobates_femoralis_H14 Allobates_femoralis_H15 Allobates_femoralis_H16 Allobates_femoralis_H17 Allobates_femoralis_H18 Allobates_femoralis_H19 Allobates_femoralis_H20 Allobates_femoralis_H21 Allobates_femoralis_H22 Allobates_femoralis_H23 Allobates_femoralis_H24 Allobates_femoralis_H25 Allobates_femoralis_H26 Allobates_femoralis_H27 Allobates_femoralis_H28 Allobates_femoralis_H29 Allobates_femoralis_H30 Allobates_femoralis_H31 Allobates_femoralis_H32 Allobates_femoralis_H33 Allobates_femoralis_H34 Allobates_femoralis_H35 Allobates_gasconi_357_DQ502052 Allobates_granti_H1 Allobates_granti_H10 Allobates_granti_H11 Allobates_granti_H12 Allobates_granti_H2 Allobates_granti_H3 Allobates_granti_H4 Allobates_granti_H5 Allobates_granti_H6 Allobates_granti_H7 Allobates_granti_H8 Allobates_granti_H9 Allobates_insperatus_AY364557 Allobates_juanii_1357_DQ502271 Allobates_kingsburyi_AY364550_QCAZ16613 Allobates_nidicola_1285_DQ502210 Allobates_niputidea_1358DQ502272 Allobates_sp._10007MTR Allobates_sp._10054MTR Allobates_sp._10084MTR Allobates_sp._Curua_Una_517_DQ502110 Allobates_sp._Cuyabeno_1317_DQ502239 Allobates_sp._H13 Allobates_sp._H14 Allobates_sp._Manaus1_1318DQ502240 Allobates_sp._Nebulina_379_DQ502074 Allobates_sp._PEGM1DQ502136 Allobates_sp._PEGM2_DQ502184 Allobates_sp._PEGM3DQ502139 Allobates_sp._PEGM3DQ502241 Allobates_sp._PortoWalter2_12_DQ502198 Allobates_sp._QCAZ16609AY364561 Allobates_sp._ReservaDucke_52DQ502115 Allobates_sp._RioItuxi_404_DQ502098 Allobates_sp._SaoFranciscoDQ502109 Allobates_talamancae_AY843577 Allobates_trilineatus_527DQ502118 Allobates_undulatus_DQ283044_ Allobates_zaparo_QCAZ16604_AY364579 Aromobates_nocturnus_DQ502156 Nephelobates_sp._WES626_DQ502242 ; 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TCAAGTTAGTGCGG-TTGGTGTAACTTTCGTTTTTGAGTTTCTT-AAGAACAGGCGTGTCACAGCTCAGTACATTTTTAACACCATAGG-CAAA--TCTCTTAAATCACGCTTTACGCCGAATAA-TATCAACTTGAGCCACATGGTGTAACCGCGGCGGCTGGCACCAGATTAGCCGGCTCT-TTTTACTTTAACTGAATCAAGCTGTCGCTTATA-TTTAATGTTAATCACTGCTGAATTCCCTTGAGGGTGTGGCATAGCTAGGTGTCTTGGGCTGGGGTATGTGCGCCTGATACCAGCTCCTTACCCCTTAG-AGGAG-TTAAAGGG-CGTTCTCACAGGGGTGCTGATACTTGCATGTGTAAGTTAAGTAGTAGTTGATTTTNNNNNTGGGTCAATGGGTGTCAATTTATTGATTTTTAGGGCTGTGGCCCTGAATTTAGGGG---A-AGAGT-CCCAT-TCACTGTGGAGGTTA-TTTTTTGCTCCGCGGTCACCCCAACCTAAAACTTGTAATTAGGGTGCCCAGGTAAGGTAGTTT-TTTCCGGAGATACAT--A-GGGGT-GA-GGGGCAGTTATTAC-TGT-GTTTAAAGCTCCATAGGGTCTTCTCGTCTTATAGGTTTATTCCCGCTTCTTCACGGGAAGATTAGTTTCACTGATTAGGGGAAGGAGACAGTATAACCTTCGTGGTGCCATTCATACTAGTCCTCATTT-AAAGAACAAGTGATTACGCTACCTTCGCACGGTTAGGATACCGCGGCCGTTGAACAGGGTCACTGGG-CAGGCTGGACCTCTTATGGGTTTATCAAG Lithodytes_lineatus_55mc NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNCTTTCGTTTTAGGTCTTCTT-TTGTACAAGCGTGTCACGGCTTAGTAAAAATTTGATATCAAAAT--AAG--TCTCTTAAATCACGCTTTACGCCGGAGGA-AATCAACTTGAGCCACATGGGGTAACCGCGGCGGCTGGCACCAGATTAGCCGGCTCT-ATAAACTTTAACTGAATCCAGCTGACGCTGATG-TTCAATGTTGATCACTGCTGAATTCCCGTGGGGGTGTGGCTAAGCTAGGTGTTTTGGGCTAAATTTTGTGC--CTGATACCAGCTCCTTATCCCTATA-GGGGA-TGTAAGGG-CGTTTTCACGGGGGTGCGGATACTTGCATGTGTAAGTCAAGTAAAAGTTGATTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCAATTTGTTGATGTGTAGGAAAGTAGTCCTAAAACTAAGGA---GGAGAGT--CT-T-TCATTACGGAGGTTT-CTTTTTTCTCCGTGGTCACCCCAACCAAAAACTAATAATTAAAAAGCTAGGGTATAGTG-TTT---ATCTGAAATTGTAT-AAATAAG----TAAGCTATTATTA--TATAGTTTAAAGCTCCATAGGGTCTTCTCGTCTTATATTTTTATCCCCGCTTCTTCACGGGGAGATTAGTTTCACTGATTAGAGAAAGGAGACAGTACAACCCTCGTGGTGCCTTTCATACTAGTCCTTATTT-AAAGAACAAGTGATTACGCTACCTTCGCACGGTTAGGATACCGCGGCCGTTGAACAGGNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN Lithodytes_lineatus_AY326012 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Leptodactylus_rhodomystax_213MC, 4 Lithodytes_lineatus_AY843690, 5 Adenomera_lutzi_1316BPN, 6 Adenomera_andreae_H1, 7 Adenomera_andreae_H10, 8 Adenomera_andreae_H11, 9 Adenomera_andreae_H12, 10 Adenomera_andreae_H13, 11 Adenomera_andreae_H14, 12 Adenomera_andreae_H15, 13 Adenomera_andreae_H16, 14 Adenomera_andreae_H17, 15 Adenomera_andreae_H18, 16 Adenomera_andreae_H19, 17 Adenomera_andreae_H2, 18 Adenomera_andreae_H20, 19 Adenomera_andreae_H21, 20 Adenomera_andreae_H22, 21 Adenomera_andreae_H23, 22 Adenomera_andreae_H24, 23 Adenomera_andreae_H25, 24 Adenomera_andreae_H26, 25 Adenomera_andreae_H27, 26 Adenomera_andreae_H28, 27 Adenomera_andreae_H29, 28 Adenomera_andreae_H3, 29 Adenomera_andreae_H30, 30 Adenomera_andreae_H31, 31 Adenomera_andreae_H32, 32 Adenomera_andreae_H33, 33 Adenomera_andreae_H34, 34 Adenomera_andreae_H35, 35 Adenomera_andreae_H36, 36 Adenomera_andreae_H37, 37 Adenomera_andreae_H38, 38 Adenomera_andreae_H39, 39 Adenomera_andreae_H4, 40 Adenomera_andreae_H40, 41 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80 Adenomera_heyeri_H14, 81 Adenomera_heyeri_H15, 82 Adenomera_heyeri_H16, 83 Adenomera_heyeri_H17, 84 Adenomera_heyeri_H2, 85 Adenomera_heyeri_H3, 86 Adenomera_heyeri_H4, 87 Adenomera_heyeri_H5, 88 Adenomera_heyeri_H6, 89 Adenomera_heyeri_H7, 90 Adenomera_heyeri_H8, 91 Adenomera_heyeri_H9, 92 Adenomera_hylaedactyla_H1, 93 Adenomera_hylaedactyla_H10, 94 Adenomera_hylaedactyla_H11, 95 Adenomera_hylaedactyla_H12_DQ283063, 96 Adenomera_hylaedactyla_H13, 97 Adenomera_hylaedactyla_H14, 98 Adenomera_hylaedactyla_H15_97722, 99 Adenomera_hylaedactyla_H16_97721, 100 Adenomera_hylaedactyla_H2, 101 Adenomera_hylaedactyla_H3, 102 Adenomera_hylaedactyla_H4, 103 Adenomera_hylaedactyla_H5, 104 Adenomera_hylaedactyla_H6, 105 Adenomera_hylaedactyla_H7, 106 Adenomera_hylaedactyla_H8, 107 Adenomera_hylaedactyla_H9; TREE Adenomera_mtDNA_tree_treebase = [&R] ((3:0.156637,(1:0.151063,2:0.120163):0.045149)0.96:0.065866,(4:0.200815,(((5:0.078018,((98:0.028062,99:0.01177)0.75:0.014131,((96:0.008066,97:0.003025)0.87:0.01564,((106:0.003737,(104:0.001896,105:0.003704)0.29:0.001926)0.68:0.004928,((93:0.005598,94:0.003981)0.99:0.008304,((95:0.018234,107:0.006438)0.49:0.003776,(102:0.002398,(103:0.003227,(100:0.003747,(92:0.001845,101:0.001884)0.21:0.001864)0.21:0.002064)0.74:0.003752)1.00:0.011566)0.54:0.004019)0.52:0.005051)0.96:0.016791)0.55:0.015449)1.00:0.095476)0.99:0.03731,((77:0.004618,(76:0.006251,((80:0.003894,(78:0.001904,79:0.003899)0.33:0.001945)0.93:0.004045,(83:0.001912,(81:0.001923,82:0.003854)0.33:0.001953)0.92:0.004013)1.00:0.009895)0.52:0.003748)0.99:0.020458,((90:0.001992,91:0.007661)0.78:0.004086,(85:0.002432,(89:0.003445,((84:0.003816,88:0.003882)0.11:0.002012,(86:0.003849,(75:0.001917,87:0.003917)0.12:0.001965)0.05:0.001842)0.13:0.002417)0.72:0.003853)0.88:0.004495)0.97:0.014394)1.00:0.081158)0.46:0.021024,((18:0.002985,(19:0.00244,(20:0.00185,21:0.001852)0.50:0.002917)0.41:0.003466)0.53:0.004435,((73:0.001929,((72:0.007698,((7:0.003673,74:0.001879)0.33:0.001925,(10:0.001798,(8:0.001787,9:0.003651)0.34:0.001858)1.00:0.010894)0.94:0.003594)0.49:0.002971,((24:0.003368,((25:0.001824,29:0.005486)0.15:0.001752,(26:0.003691,27:0.003662)0.15:0.001778)0.28:0.002906)1.00:0.017248,(61:0.009401,(50:0.003715,(6:0.001905,(17:0.003671,(28:0.00368,39:0.003658)1.00:0.003763)0.20:0.001853)0.20:0.001925)0.95:0.003929)0.83:0.004191)0.50:0.003475)0.44:0.003611)0.23:0.003191,((22:0.002333,23:0.005009)0.99:0.005629,(((15:0.003726,16:0.003691)0.60:0.003302,((11:0.001834,12:0.001823)0.19:0.001819,(13:0.001803,14:0.003726)0.20:0.001824)0.88:0.004523)0.74:0.004699,((((64:0.001777,65:0.001926)1.00:0.015213,(66:0.003396,67:0.002054)1.00:0.021026)0.99:0.016591,((71:0.008909,(70:0.005073,(68:0.001879,69:0.001926)0.58:0.003175)1.00:0.007887)0.98:0.024524,((55:0.003678,(57:0.003644,(54:0.001884,56:0.00183)0.20:0.001876)0.20:0.00188)1.00:0.033818,((60:0.001838,63:0.00193)0.36:0.002018,(62:0.003686,(58:0.001869,59:0.001851)0.33:0.001882)0.94:0.003656)1.00:0.018729)0.93:0.008829)0.26:0.006139)0.28:0.00531,(((42:0.001858,43:0.001822)0.99:0.005496,(44:0.009451,((45:0.001974,46:0.005451)1.00:0.007519,(48:0.0037,(47:0.00188,49:0.003676)0.34:0.001836)1.00:0.009447)1.00:0.007517)0.94:0.003888)1.00:0.012964,((53:0.003483,(51:0.001778,52:0.001825)1.00:0.005657)1.00:0.023868,((38:0.003668,(40:0.003637,(37:0.001847,41:0.003937)0.22:0.001963)0.21:0.002064)1.00:0.016037,(31:0.003773,(30:0.001912,((32:0.001836,33:0.003544)0.99:0.003733,(35:0.00373,(34:0.001851,36:0.001851)0.34:0.001867)1.00:0.005552)0.97:0.003683)0.90:0.00362)0.99:0.008088)0.98:0.008096)0.87:0.006767)0.75:0.005739)0.54:0.010346)0.39:0.004672)0.30:0.003577)0.48:0.004603)1.00:0.136109)1.00:0.083168)1.00:0.065866); END; BEGIN TREES; TITLE Anomaloglossus_mtDNA_result; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Anomaloglossus_megacephalus_DQ502128, 2 Anomaloglossus_sp.__Ayanganna_DQ502129, 3 Aromobates_nocturnus_DQ502156, 4 Nephelobates_sp._DQ502242_WES626, 5 Anomaloglossus_praderoi_DQ502256, 6 Anomaloglossus_roraima_DQ502258, 7 Rheobates_palmatus_DQ502262, 8 Allobates_sp._E492, 9 Allobates_granti_185mc, 10 Allobates_femoralis_303MC, 11 Anomaloglossus_megacephalus_DQ502253, 12 Anomaloglossus_beebei_933PK, 13 Anomaloglossus_baeobatrachus_H1, 14 Anomaloglossus_baeobatrachus_H10, 15 Anomaloglossus_baeobatrachus_H11, 16 Anomaloglossus_baeobatrachus_H12, 17 Anomaloglossus_baeobatrachus_H13, 18 Anomaloglossus_baeobatrachus_H14, 19 Anomaloglossus_baeobatrachus_H15, 20 Anomaloglossus_baeobatrachus_H16, 21 Anomaloglossus_baeobatrachus_H17, 22 Anomaloglossus_baeobatrachus_H18, 23 Anomaloglossus_baeobatrachus_H19, 24 Anomaloglossus_baeobatrachus_H2, 25 Anomaloglossus_baeobatrachus_H20, 26 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