#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 9:50 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Aghighi S., Hardy G.E., Scott J.K., & Burgess T.I. 2011. Phytophthora bilorbang sp. nov., a new species associated with the decline of Rubus anglocandicans (European blackberry) in the south west of Western Australia. Fungal Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12248] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Phytophthora_asparagi_VHS17644 Phytophthora_bilorbang_SA092 Phytophthora_bilorbang_SA142 Phytophthora_bilorbang_SA143 Phytophthora_bilorbang_SA146 Phytophthora_bilorbang_SA262 Phytophthora_fluvialis_CBS129424 Phytophthora_fluvialis_VHS17350 Phytophthora_gibbosa_CBS127951 Phytophthora_gibbosa_VHS22008 Phytophthora_gonapodyides_SLPA72 Phytophthora_gonapodyides_TAS35 Phytophthora_gregata_CBS127952 Phytophthora_gregata_VHS21961 Phytophthora_humicola_WPC6702 Phytophthora_inundata_IMI390121 Phytophthora_litoralis_CBS127953 Phytophthora_litoralis_VHS17085 Phytophthora_megasperma_DDS3432 Phytophthora_megasperma_P1278 Phytophthora_pinifolia_CBS122922 Phytophthora_pinifolia_CBS122924 Phytophthora_taxon_Pgchlamydo_DDS3753 Phytophthora_taxon_Pgchlamydo_VHS6595 Phytophthora_taxon_salixsoil_HSA1959 Phytophthora_taxon_salixsoil_P245 Phytophthora_thermophila_CBS127951 Phytophthora_thermophila_VHS16164 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=45; TAXLABELS Phytophthora_asparagi_VHS17644_EU301168 Phytophthora_bilorbang_SA092_JN547621 Phytophthora_bilorbang_SA142_JN547622 Phytophthora_bilorbang_SA143_JN547623 Phytophthora_bilorbang_SA146_JN547624 Phytophthora_bilorbang_SA262_JQ256377 Phytophthora_fluvialis_CBS129424_JF701436 Phytophthora_fluvialis_VHS17350_EU593261 Phytophthora_gibbosa_CBS127951_HQ012933 Phytophthora_gibbosa_VHS22008_HQ012936 Phytophthora_gonapodyides_SLPA72_HQ012937 Phytophthora_gonapodyides_TAS35_JN547620 Phytophthora_gregata_CBS127952_HQ012942 Phytophthora_gregata_VHS21961_HQ012941 Phytophthora_humicola_WPC6702_FJ801938 Phytophthora_inundata__IMI390121_GU993898 Phytophthora_litoralis_CBS127953_HQ012948 Phytophthora_litoralis_VHS17085_EU593262 Phytophthora_megasperma_DDS3432_HQ012949 Phytophthora_megasperma_IMI389741_AF266794 Phytophthora_pinifolia_CMW26667_EU725805 Phytophthora_pinifolia_CMW26668_EU725806 Phytophthora_sp_1_HM004232 Phytophthora_sp_2_HM004225 Phytophthora_taxon_Pgchlamydo_DDS3753_EU301159 Phytophthora_taxon_Pgchlamydo_VHS6595_EU301160 Phytophthora_taxon_cranberry_P1410_AY964102 Phytophthora_taxon_hungarica_H7_EF452179 Phytophthora_taxon_hungarica_H8_EF452180 Phytophthora_taxon_oaksoil_GD2f_EF152514 Phytophthora_taxon_oaksoil_GD38a_EU240038 Phytophthora_taxon_oaksoil_GD4b_EF152512 Phytophthora_taxon_oaksoil_GD4f_EF152510 Phytophthora_taxon_oaksoil_P1044_DQ528752 Phytophthora_taxon_oaksoil_P1055_DQ528749 Phytophthora_taxon_oaksoil_P11652_FJ801622 Phytophthora_taxon_oaksoil_WA46.3_HM004234 Phytophthora_taxon_paludosa_SLPA166_HQ012953 Phytophthora_taxon_raspberry_P1050_AF541905 Phytophthora_taxon_raspberry_RAS1_HQ012964 Phytophthora_taxon_riversoil_P1044_DQ648139 Phytophthora_taxon_salixsoil_HSA1959_HQ012956 Phytophthora_taxon_salixsoil_P245_AF266793 Phytophthora_thermophila_CBS127951_HQ012955 Phytophthora_thermophila_VHS16164_HQ012958 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M11167] TITLE 'Bilorbang-ITS'; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=812; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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CACGTGAACCGTATCAACCCAATTAG-TTGGGGGCTTGCTC--TGGCGTGCGGCTGTTGACCTGTAATGGGCTGACG----GCTGCTGCTGGGCGGGCTCTATCAAAGGCGAGCGTTTGGACTTCGGTCCGAGCTAGTAGCTTTACTTTTTTAAAC-CCATTCT-TTACATACTGAATATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAACCTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGATGGAGACGCCAGACGTGAAGTGTCTTGCTGCTGGTCTTTCGAGTCCGGCGGTGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCAAAAAGCGTGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGCGTGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTCTGCTGTGGCGTTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATGCGCTTATTGAATGC-TTTTCCTG-CTGTGGCGGTACGAACTGGTGAACCGTAGCTGTGTGTGGCTTGGCTTTTGAACCGGCTTTGCTGTTTGCGAAGTAGAGCGGCGGCTTCGGCTGTCGAGGGGTCGATCCATTTTGGGAAACTTTTGTGTGTGCGGCTTCG-GCTGCGCGCATCTCAACACTACACCGAGGGCGCCGAGCTCATCGACTCAGTGCTCGACGTCGTCCGCAAGGAGGCCGAGAGCTGCGACTGTCTGCAGGGTTTCCAGATCACGCACTCGCTCGGTGGCGGTACCGGCTCCGGTATGGGCACGCTTCTTATCTCCAAGATCCGTGAGGAGTACCCGGACCGTATCATGTGCACGTACTCGGTGTGCCCGTCGCCCAAGGTGTCGGACACGGTCGTGGAGCCCTACAACGCTACGCTGTCGGTGCACCAGCTGGTCGAGAACGCCGATGAGGTCATGTGCCTGGATAACGAGGCCCTGTACGACATTTGCTTCCGCACGCTGAAGCTCACGACCCCCACCTACGGTGACCTGAACCACCTGGTGTGCGCCGCCATGTCCGGCATCACCACGTGCCTGCGCTTCCCGGGCCAGTTGAACTCGGACCTGCGTAAGCTGGCCGTGAACCTGATCCCGTTCCCGCGTCTTCACTTCTTCATGATCGGTTTCGCGCCGCTGACGTCGCGCGGCTCGCAGCAGTACCGTGCCCTGACGGTGCCCGAGCTGACGCAGCAGCAGTTCGACGCCAAGAACATGATGTGCGCCGCCGACCCTCGCCACGGCCGCTATTTAACTGCCGCGTGTATGTTCCGCGGACGTATGAGCACGAAGGAGGTGGATGAGCAGATGCTGAACGTGCAGAACAAGAACTCGTCGTACTTCGTCGAGTGGATCCCCAACAACATCAAGGCTAGCGTGTGTGACATCCCGCCCAAGGGACTCAAGATGAGCACCACGTTCATCGGTAACTCGACGGCCATCCAGGAGATGTTCAAGCGCGTGTCCGAACAGTTTACGGCCATGTTCCGTCGTAAGGCTTTCTTGCACTGGTACACGGGCGAGGGTATGGATGAGATGGAGTTCACTCAAGGTGATCCCGGACAAGGCCAACGGCACGCTGACCATCCAGGACTCTGGCATCGGCATGACCAAGGCCGACCTCATCAACAACCTGGGCACGATCGCCAAGTCGGGCACCAAGGCCTTCATGGAGGCCCTGGCCGCCGGCGCGGACATCAGCATGATCGGCCAGTTCGGCGTGGGCTTCTACTCGGCCTACCTGGTGGCCGACAAGGTGGTGGTGCACTCGAAGCACAACGACGACGAGCAGTACGTGTGGGAGTCGGCTGCTGGCGGATCGTTCACGGTGACGCCCGACACGTCGGAGCCCATCCTGCGCGGCACGCGCATCGTGCTTAAGCTCAAGGAGGACATGCTGGAGTACCTGGAGGAGCGCAAGCTGAAAGACCTGGTGAAGAAGCACTCGGAGTTCATTGGCTTCCCCATCAAGCTGTACGTGGAGAAGACGGAGGAGAAGGAGGTGACGGACGACGAGGAGGAGGA---GGACGAGAAGGAGGGCGAGGACGACAAGCCCAAGGTGGAGGAGGTCGAGGACGAGGAGGGCGAGAAGAAGAAGAAGACCAAGAAGATCAAGGAGGTGACCCACGAGTGGGACCACCTCAACAGCCAGAAGCCCATCTGGATGCGTAAGCCTGAGGACGTGACCCACGAGGAGTACGCGTCGTTCTACAAGTCGCTCACGAACGATTGGGAGGAGCACGCCGCCGTCAAGCACTTCTCGGTGGAGGGCCAGCTGGAGTTCAAGGCCTGCCTGTACACGCCCAAGCGCGCGCCCTTCGACATGTTCGAGGGCGGCGCCAAGAAGAAACTCAACAACATCAAGCTGTATGTGCGTCGCGTGTTCATCATGGACAACTGCGAGGAGCTCATGCCCGAGTACCTGTCGTTCGTCAAGGGCTTTTGCTGGTATTGTTGGTACAACTTTATCACTTTTAATCCGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAACTATATAACGTTGTTGTTACTGCACACGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCCTTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTCCCTTTAATGATTGGCGCTCCAGATATGGCTTTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCACCGGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCCGGTACAGGTTGGACTGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCTCACTCGGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCATCATTATTAGGTGCTATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGCGAGCTCCAGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCAGTATTAATTACGGCTTTTCTTTTATTATTAACCTTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACGGATAGAAATTTAAACACTTCTTTTTATGATCCATCTGGTGGGGGAGATCCCGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTCTTCGGTCATCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTATTAGTCAAGTTTCTGCAGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGTATGGTTTATGCAATGTTATCTATAGGTTTATTAGGTTCGATTGTATGGGCACATCATATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACTCGAGCTTATTTTTCAGCAGCTACTATGATTATTGCAGTACCTACTGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCAACTTTATGGGGAGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCCTTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTCGTTATGGGTGGCGTAACAGGTGTAGTTATGTCTAATTCAGGTTTAGATATTGCCTTACACGATACTTATTATATTGTAGGACATTTTCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGTATATTTACAGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATTTCAGGTCGTAGATATCCTGAAGTTTTAGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGGTTGAACGTAAAGTATTAGCTTCTATTCAAAGAAGAAGAGGACCTAATGTAGTAGGTACTTTTGGATTATTACAACCATTAGCAGATGGTCTTAAATTATTTGTAAAAGAAACTGTTTTACCGAGTAATGCAGATGTAGTTTTATTTATATTTGCGCCTATTTTAGCTTTTTTTTTAAGTTTATTAAGTTGGACTGTGATACCTTTAGGATTTGGTATGTTTTTTACTGAATTAAATATAGGTATTTTATATTTATTAGCAATATCATCATTGGGTGTTTATGGTATTATTATTGGTGGTTGGTCAAGTAATTCTAAATATTCATTTTTAGGTGCTTTAAGATCAACTGCCCAAATGATTTCTTATGAATTAACGATAGGATTTTCTATTTTATCAGTAATTGTCTGTACTAAATCTTTAAATTTAATTTCTATTGTTTTAGCACAAAAAACGGTATGGTATTGTTTTCCTCTTTTTCCTATTTTTTTAATTTTTTTTATTTCATGTTTAGCAGAAACAAATCGACATCCATTTGATTTACCTGAAGCTGAAGCTGAATTAGTTTCCGGATATAATGTTGAATATTCAGCAATGGGTTTCGCTTTATTTTTTTTAGGTGAATATGCAAATATGTTATTAATGAGTAGTTTAACTACTATTTTATTTTTAGGTGGTTGGTTAGCACCCTTCCCTTTTAGTATTAAGTTTATTAATTTCTTACCCGGATCTTTTTGGTTTAGTATTAAAGTATGTTTTTTTGTTGTTTTATTTGTAGTGGCACGAGCTGTTTTACCACGATACCGTTATGATCAA Phytophthora_bilorbang_SA092 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Phytophthora_bilorbang_SA142 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Phytophthora_bilorbang_SA143 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Phytophthora_fluvialis_CBS129424 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Phytophthora_gibbosa_VHS22008 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Phytophthora_inundata_IMI390121 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Phytophthora_pinifolia_CBS122922 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Phytophthora_pinifolia_CBS122924 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Phytophthora_taxon_salixsoil_HSA1959 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Phytophthora_thermophila_VHS16164 CACGTGAACCGTATCAACCCTTTAAATTTGGGGGCTTGCTCGGCGGCGTGTG--TGCTGGCCTGTAATGGGTCGGCG---TGCTGCTGCTGGGCGGGCTCTATCATGGGCGAGCGTTTGGGCTTCGGCTCGAGCTAGTAGCTAT-CACTTTTAAAC-CCTTTCT-TAAAAAACTGAACATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAACCTTGGTTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGA-GGATATGCCAGACGTGAAGTGTCTTGCTAGCGGTCTTTCGAGTCTGCCGGTGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACTCTCT{CT}TTTGTCCGAAAAGCGTGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTGTGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTTAGCTGTGGCGTTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATCTGCTTATTGGGTGC-TTTTCCTGTCATTGGCGGTACGAACTGGTGAACCGTAGCTATGTGGTGCTTGGCTTTTGAACCGGCTTTGCT--TTGCGAAGTAGGGTGGCAGCTTCGGCTGTCGAGGGGTCGATCCATTTTGGGAAACT-TTGTGTGTGCGGCTTCGTGCTGCGTGCATCTCAACACTACACCGAGGGTGCCGAGCTCATTGACTCGGTGCTCGATGTCGTCCGCAAGGAGGCTGAGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGTTTCCAGATCACGCACTCGCTCGGCGGTGGTACTGGCTCCGGTATGGGCACGCTTCTTATTTCCAAGATCCGTGAAGAGTACCCGGACCGTATCATGTGCACGTACTCGGTGTGCCCGTCGCCCAAGGTGTCGGACACGGTCGTGGAACCCTACAACGCCACGCTGTCGGTGCACCAGCTGGTCGAGAACGCTGATGAGGTCATGTGCCTGGATAACGAGGCCCTGTACGACATTTGCTTCCGCACGCTGAAGCTCACGACCCCCACCTACGGTGACCTGAACCACCTGGTGTGCGCCGCCATGTCGGGCATCACCACGTGCCTGCGTTTCCCGGGTCAGCTGAACTCGGACCTGCGTAAGCTGGCCGTGAACCTGATCCCGTTCCCGCGTCTCCACTTCTTCATGATCGGTTTCGCTCCGCTGACGTCGCGCGGCTCGCAACAGTACCGTGCCCTGACGGTGCCCGAGCTGACGCAGCAGCAGTTCGACGCCAAGAACATGATGTGCGCCGCCGACCCGCGTCACGGCCGCTATTTAACTGCCGCGTGTATGTTCCGCGGACGTATGAGCACGAAGGAGGTGGATGAGCAGATGCTGAACGTGCAGAACAAGAACTCGTCGTACTTCGTCGAGTGGATCCCCAACAACATCAAGGCTAGCGTCTGTGACATCCCGCCCAAGGGCCTGAAGATGAGCACTACGTTCATCGGTAACTCGACCGCCATCCAGGAGATGTTCAAGCGCGTGTCCGAGCAGTTCACGGCCATGTTCCGTCGTAAGGCTTTCTTGCACTGGTACACTGGTGAGGGTATGGATGAGATGGAGTTCACTCAAGGTGATCCCGGACAAGGCCAACGGCACGCTGACCATCCAGGACTCTGGTATCGGTATGACCAAGGCCGACCTCATCAACAACCTGGGTACGATCGCCAAGTCGGGCACCAAGGCCTTCATGGAGGCCCTGGCCGCCGGCGCCGACATCAGCATGATCGGCCAGTTCGGTGTGGGCTTCTACTCGGCCTACCTGGTGGCCGACAAGGTCGTGGTGCACTCGAAGCACAACGACGACGAGCAGTACGTGTGGGAGTCCGCGGCCGGCGGCTCGTTCACCGTGACGCCCGACACGACGGAGCCCATCCTGCGCGGCACGCGCATCGTGCTCAAGCTGAAGGAGGACATGCTCGAGTACCTGGAGGAGCGCAAGCTCAAAGACCTGGTGAAGAAGCACTCGGAGTTCATTGGCTTCCCCATCAAGCTCTACGTCGAGAAGACGGAGGAGAAGGAGGTGACGGACGATGAGGAGGAGGA---GGACGAGAAGGAGGGCGAGGACGACAAGCCCAAGGTCGAGGAGGTCGAGGACGAGGAAGGTGAGAAGAAGAAGAAGACCAAGAAGATCAAGGAGGTGACCCACGAGTGGGACCACCTCAACAGCCAGAAGCCCATCTGGATGCGCAAGCCGGAGGACGTGACCCACGAGGAGTACGCGTCGTTCTACAAGTCGCTGACCAACGACTGGGAGGAGCACGCCGCCGTCAAGCACTTCTCGGTGGAGGGCCAGCTGGAGTTCAAGGCCTGCCTGTTCACGCCCAAGCGCGCGCCGTTCGACATGTTCGAGGGCGGCGCCAAGAAGAAAATCAACAACATCAAGCTGTATGTGCGTCGCGTGTTCATCATGGACAACTGCGAGGAGCTCATGCCGGAGTACCTGTCGTTCGTCAAGGGCTTTCGCAGGTATTGTTGGTACAACTTTATCACTTTTAATCCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCACCAATTATATAATGTTATTGTTACAGCGCATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCAGCCCTAATAGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGGGCACCTGATATGGCTTTTCCACGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCTTTATTATTATTAGTGTCATCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACAGGTTGGACGGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCATCACTATTAGGTGCGATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTCCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACATTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACAATGTTATTAACTGATAGAAACTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGTGGGGGAGATCCCGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCACCCTGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTATTAGTCAAGTTGCCGCAGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTCGGTTATTTAGGTATGGTTTATGCAATGTTATCAATAGGTTTATTAGGTTGTATTGTTTGGGCACACCACATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACTAGAGCTTATTTTTCAGCAGCTACTATGATTATTGCCGTACCAACTGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTTTATGGGGTGGTTCATTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTGTTTTAGGTTTTATCTTATTATATGTTATGGGTGGTGTAACCGGTGTAGCTATGTCTAATTCAGGTTTAGATATTGCAATCCATGATACTTTTTATGGGGTAGGTCATTTCCATTATGTATTATCAATGGGTGCTGTTTTTGGTATATTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATTTCTGGTCGTAGATATCCTGAAGTTTTAGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGGTTGAACGTAAAGTTTTAGCCTCTATACAAAGAAGAAGAGGACCTAATGTTGTAGGTACTTTCGGATTATTACAACCTTTAGCTGATGGTCTTAAATTATTCGTAAAAGAAACGGTTTTACCTAGTAATGCAGATGTAATTTTATTTATTTTTGCACCTATTTTAGCTTTTTTTTTAAGTTTACTAAGTTGGACTGTAATACCTTTAGGTTTTGGTATGTTTTTTACTGAATTAAATATAGGTATTTTATATTTATTAGCTATTTCATCATTAGGTGTTTATGGAGTTATTATTGGGGGTTGGTCAAGTAATTCTAAATATTCATTTTTAGGTGCTTTAAGATCAACTGCTCAAATGATTTCATATGAATTAACTATCGGATTTTCTATTCTATCTGTAATTGTATGTGCAAAATCTTTAAATTTAATTTCTATAGTTTTAGCACAAAGAACTGTCTGGTATTGTTTTCCTCTTTTTCCTATTTTCTTACTTTTTTTTATAGCATGTTTAGCAGAAACAAATCGACATCCTTTTGATTTACCTGAAGCAGAAGCTGAATTAGTTTCAGGTTATAATGTAGAATATTCTGCAATGGGTTTTGCTTTATTTTTTTTAGGAGAATATGCAAATATGTTATTAATGAGTAGTTTAACTACTATTTTATTTTTAGGTGGGTGGTTAGCACCTTTCCCTTTTAGTATTAAATTTATTAATTTTTTACCAGGATCTTTTTGGTTTAGTATTAAAGTTTGTTTTTTTGTTGTCTTATTTGTAGTAGCTCGAGCAGTTTTACCACGTTATCGTTATGATCAA ; END; BEGIN TREES; TITLE Phytophthora_bilorbang_ALL; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Phytophthora_asparagi_VHS17644, 2 Phytophthora_humicola_WPC6702, 3 Phytophthora_inundata_IMI390121, 4 Phytophthora_bilorbang_SA092, 5 Phytophthora_bilorbang_SA142, 6 Phytophthora_bilorbang_SA143, 7 Phytophthora_bilorbang_SA146, 8 Phytophthora_bilorbang_SA262, 9 Phytophthora_taxon_Pgchlamydo_DDS3753, 10 Phytophthora_taxon_Pgchlamydo_VHS6595, 11 Phytophthora_pinifolia_CBS122924, 12 Phytophthora_pinifolia_CBS122922, 13 Phytophthora_taxon_salixsoil_HSA1959, 14 Phytophthora_taxon_salixsoil_P245, 15 Phytophthora_gonapodyides_SLPA72, 16 Phytophthora_gonapodyides_TAS35, 17 Phytophthora_megasperma_DDS3432, 18 Phytophthora_megasperma_P1278, 19 Phytophthora_gibbosa_CBS127951, 20 Phytophthora_gibbosa_VHS22008, 21 Phytophthora_gregata_CBS127952, 22 Phytophthora_gregata_VHS21961, 23 Phytophthora_fluvialis_CBS129424, 24 Phytophthora_fluvialis_VHS17350, 25 Phytophthora_litoralis_CBS127953, 26 Phytophthora_litoralis_VHS17085, 27 Phytophthora_thermophila_CBS127951, 28 Phytophthora_thermophila_VHS16164; TREE ALL = [&R] (1,((2,3),(((4,5,6,7,8),(13,14)),(((((9,10),(11,12)),((15,16),(17,18))),(((23,24),(25,26)),(27,28))),((19,20),(21,22)))))); TREE ALL_BS = [&R] ((1:100.0,(2:100.0,3:100.0):100.0):0.0,(((4:100.0,5:100.0,6:100.0,7:100.0,8:100.0):100.0,(13:100.0,14:100.0):100.0):68.108574,(((9:100.0,10:100.0):100.0,(11:100.0,12:100.0):100.0,((15:100.0,16:100.0):100.0,(17:100.0,18:100.0):100.0):84.595001):57.713692,((19:100.0,20:100.0):100.0,(21:100.0,22:100.0):100.0):100.0,(((23:100.0,24:100.0):100.0,(25:100.0,26:100.0):100.0):97.923332,(27:100.0,28:100.0):100.0):99.966667):89.972504):89.385475); TREE ALL_BAYES = [&R] (1,((2,3),(((4,5,6,7,8),((((9,10),(11,12)),((15,16),(17,18))),(((19,20),(21,22)),(((23,24),(25,26)),(27,28))))),(13,14)))); END; BEGIN TREES; TITLE Phytophthora_bilorbang_ITS; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Phytophthora_asparagi_VHS17644_EU301168, 2 Phytophthora_inundata__IMI390121_GU993898, 3 Phytophthora_humicola_WPC6702_FJ801938, 4 Phytophthora_taxon_hungarica_H8_EF452180, 5 Phytophthora_taxon_hungarica_H7_EF452179, 6 Phytophthora_taxon_oaksoil_GD4b_EF152512, 7 Phytophthora_taxon_oaksoil_P11652_FJ801622, 8 Phytophthora_taxon_oaksoil_GD38a_EU240038, 9 Phytophthora_taxon_oaksoil_GD4f_EF152510, 10 Phytophthora_taxon_oaksoil_GD2f_EF152514, 11 Phytophthora_taxon_oaksoil_P1044_DQ528752, 12 Phytophthora_bilorbang_SA146_JN547624, 13 Phytophthora_bilorbang_SA092_JN547621, 14 Phytophthora_bilorbang_SA262_JQ256377, 15 Phytophthora_bilorbang_SA143_JN547623, 16 Phytophthora_bilorbang_SA142_JN547622, 17 Phytophthora_taxon_oaksoil_P1055_DQ528749, 18 Phytophthora_taxon_oaksoil_WA46.3_HM004234, 19 Phytophthora_taxon_riversoil_P1044_DQ648139, 20 Phytophthora_sp_1_HM004232, 21 Phytophthora_taxon_Pgchlamydo_DDS3753_EU301159, 22 Phytophthora_taxon_Pgchlamydo_VHS6595_EU301160, 23 Phytophthora_sp_2_HM004225, 24 Phytophthora_taxon_salixsoil_P245_AF266793, 25 Phytophthora_taxon_salixsoil_HSA1959_HQ012956, 26 Phytophthora_taxon_raspberry_RAS1_HQ012964, 27 Phytophthora_taxon_raspberry_P1050_AF541905, 28 Phytophthora_taxon_paludosa_SLPA166_HQ012953, 29 Phytophthora_taxon_cranberry_P1410_AY964102, 30 Phytophthora_gibbosa_CBS127951_HQ012933, 31 Phytophthora_gibbosa_VHS22008_HQ012936, 32 Phytophthora_gonapodyides_SLPA72_HQ012937, 33 Phytophthora_gonapodyides_TAS35_JN547620, 34 Phytophthora_megasperma_DDS3432_HQ012949, 35 Phytophthora_megasperma_IMI389741_AF266794, 36 Phytophthora_gregata_CBS127952_HQ012942, 37 Phytophthora_gregata_VHS21961_HQ012941, 38 Phytophthora_litoralis_CBS127953_HQ012948, 39 Phytophthora_litoralis_VHS17085_EU593262, 40 Phytophthora_fluvialis_CBS129424_JF701436, 41 Phytophthora_fluvialis_VHS17350_EU593261, 42 Phytophthora_thermophila_VHS16164_HQ012958, 43 Phytophthora_thermophila_CBS127951_HQ012955, 44 Phytophthora_pinifolia_CMW26668_EU725806, 45 Phytophthora_pinifolia_CMW26667_EU725805; TREE ITS = [&R] (1,(((2,3),((((4,5),20,(((32,33),((38,39),((40,41),(42,43)))),((34,35),(44,45)))),(21,22)),(((6,7,8),9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19),((((26,27,(36,37)),(30,31)),28),29)))),(23,(24,25)))); TREE ITS_BS = [&R] (1:0.0,((2:100.0,3:100.0):100.0,((4:100.0,5:100.0):93.773819,(((6:100.0,7:100.0,8:100.0):63.736263,9:100.0,10:100.0,11:100.0,12:100.0,13:100.0,14:100.0,15:100.0,16:100.0,17:100.0,18:100.0,19:100.0):99.825844,((26:100.0,27:100.0,28:100.0,(30:100.0,31:100.0):86.895035,(36:100.0,37:100.0):84.159081):84.396629,29:100.0):93.077438):50.753857,20:100.0,(21:100.0,22:100.0):86.853058,(32:100.0,33:100.0):100.0,(34:100.0,35:100.0):100.0,((38:100.0,39:100.0):100.0,(40:100.0,41:100.0):100.0,(42:100.0,43:100.0):93.353394):92.641655,(44:100.0,45:100.0):100.0):64.108032,(23:100.0,(24:100.0,25:100.0):97.217148):96.311836):100.0); TREE ITS_BAYES = [&R] (1,((((2,3),(4,5),20,((21,22),(44,45)),(((26,27,(36,37)),28,(30,31)),29),((32,33),(34,35)),(((38,39),(40,41)),(42,43))),((6,7,8),9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19)),(23,(24,25)))); END;