#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 8:59 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Dijoux L., Verbruggen H., Mattio L., Duong N., & Payri C.E. 2012. Diversity of Halimeda (Bryopsidales, Chlorophyta) in New Caledonia: a combined morphological and molecular study. Journal of Phycology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12336] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=86; TAXLABELS 'Halimeda cuneata AY826353 (Sth Af)' 'Halimeda cuneata AY826354 (Sth Af)' 'Halimeda cuneata AY826355 (W Aust)' 'Halimeda cuneata AY826356 (Ye)' 'Halimeda cuneata AY826358 (Bra)' 'Halimeda cuneata FJ624537 (SrL)' 'Halimeda cuneata FJ624538 (Aust)' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5303 (NC)' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5305 (NC)' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5306 (NC)' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5307 (NC)' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5320 (Chest-NC)' 'Halimeda discoidea AY826359 (Oman)' 'Halimeda discoidea AY826360 (Ye)' 'Halimeda discoidea AY826361 (Can)' 'Halimeda discoidea AY826362 (Jam)' 'Halimeda discoidea CP08 413 (FP)' 'Halimeda discoidea CP08 454 (FP)' 'Halimeda discoidea CP08 786 (FP)' 'Halimeda discoidea G.195 XX (Indo)' 'Halimeda discoidea G.510 XX (Ha)' 'Halimeda discoidea G.644 XX (Thai)' 'Halimeda discoidea G.672 XX (CR)' 'Halimeda discoidea G.673 XX (CR)' 'Halimeda discoidea G.676 XX (CR)' 'Halimeda discoidea G.677 XX (CR)' 'Halimeda discoidea G.678 XX (CR)' 'Halimeda discoidea G.679 XX (Nic)' 'Halimeda discoidea G.683 XX (Nic)' 'Halimeda discoidea G.684 XX (Nic)' 'Halimeda discoidea G.686 XX (Nic)' 'Halimeda discoidea G.687 XX (Nic)' 'Halimeda discoidea HV495 XX (Jam)' 'Halimeda discoidea HV58 XX (FP)' 'Halimeda discoidea HV585 XX (Phi)' 'Halimeda discoidea ODC1525 XX (Ken)' 'Halimeda discoidea ODC1745 XX (Phi)' 'Halimeda discoideaG.681 XX (Nic)' 'Halimeda gigas (morphotype S ) IRD 4927 (Mal)' 'Halimeda gigas AY826364 (Guam) ' 'Halimeda gigas FJ624539 (Tanz)' 'Halimeda gigas G.752 XX (W Aust)' 'Halimeda gigas HV1820 XX (Mal)' 'Halimeda gigas HV769 XX (Phi)' 'Halimeda hummii AM049988 (Pan)' Halimeda_incrassata_AM049958 'Halimeda lacunalis (morphotype F) IRD 5302 (NC)' 'Halimeda lacunalis (morphotype F) IRD 5316 (Chest-NC)' 'Halimeda lacunalis (morphotype F) IRD 5317 (Chest-NC)' 'Halimeda lacunalis (morphotype F) IRD 5327 (NC)' 'Halimeda lacunalis AY826363 (Guam)' 'Halimeda macrophysa AM049989 (NC)' 'Halimeda macrophysa (morphotype H) IRD 5328 (NC)' 'Halimeda macrophysa HV822 XX (Phi)' 'Halimeda macrophysa Halimeda0024 XX (Aust)' 'Halimeda magnidisca (Halimeda0817 XX Queens. Aust)' 'Halimeda magnidisca (morphotype I ) IRD 5329 (NC)' 'Halimeda magnidisca FJ624536 (Aust)' 'Halimeda magnidisca Halimeda0814 XX (Queens. Aust)' 'Halimeda magnidisca Halimeda0816 XX (Queens. Aust)' 'Halimeda magnidisca Halimeda0819 XX (Queens. Aust)' 'Halimeda scabra FJ624540 (Bah)' 'Halimeda taenicola AY826365 (FP)' 'Halimeda taenicola CP08 458 (FP)' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 4860 (Mal)' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 4861 (Mal)' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5313 (Chest-NC)' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5314 (Chest-NC)' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5315 (Chest-NC)' 'Halimeda taenicola AM049966 (FP)' 'Halimeda taenicola CP08 411 (FP)' 'Halimeda taenicola CP08 457 (FP)' 'Halimeda taenicola CP08 709 (FP)' 'Halimeda taenicola HV1813 XX (Mal)' 'Halimeda tuna AY826366 (It)' 'Halimeda tuna AY826367(Mex)' 'Halimeda xishaensis (morphotype Q) IRD 4867 (Mal)' 'Halimeda xishaensis (morphotype Q) IRD 4932 (Mal)' 'Halimeda xishaensis (morphotype Q) IRD 4933 (Mal)' 'Halimeda xishaensis AY826357 (Guam)' 'Halimeda xishaensis HV1814 XX (Mal)' 'Halimeda xishaensis HV33 XX (Tanz)' 'Halimeda xishaensis HV731 XX (Phi)' 'Halimeda xishaensis Halimeda0389 XX (Col)' 'Halimeda xishaensis ODC1564 XX (Ken)' 'Halimeda xishaensis TZ0188 XX (Tanz)' ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS 'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5309 (NC)' 'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5310 (NC)' 'Halimeda borneensis AM049955 (FP)' 'Halimeda borneensis CP08 1081 (FP)' 'Halimeda borneensis CP08 1157 (FP)' 'Halimeda borneensis CP08 886 (FP)' 'Halimeda borneensis CP08 908 (FP)' 'Halimeda cylindracea (morphotype A) IRD 5325 (NC)' 'Halimeda cylindracea (morphotype A) IRD 5326 (NC)' 'Halimeda cylindracea AM049956 (Ye)' 'Halimeda heteromorpha (morphotype O) IRD 5330 (NC)' 'Halimeda heteromorpha (morphotype O) IRD 5346 (FP)' 'Halimeda heteromorpha AM049957 (FP)' 'Halimeda heteromorpha CP08 518 (FP)' 'Halimeda heteromorpha FJ624535 (Phi)' 'Halimeda incrassata AM049958 (Bah)' 'Halimeda incrassata FJ624534 (Car)' 'Halimeda kanaloana (morphotype P) IRD 5323 (NC) ' 'Halimeda kanaloana (morphotype P) IRD 5324 (NC)' 'Halimeda kanaloana AM049959 (H)' 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5304 (NC)' 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5308 (NC)' 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5321 (NC)' 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5322 (NC)' 'Halimeda macroloba AM049960 (Tanz)' 'Halimeda melanesica (morphotype T) IRD 5810 (NC)' 'Halimeda melanesica AM049961 (Phi)' 'Halimeda micronesica AM049964 (Wa)' 'Halimeda monile AM049962 (Pan)' 'Halimeda simulans AM049963 (Jam)' 'Halimeda sp. IRD 5311 morphotype A (NC)' ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Avrainvillea_lacerata 'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5309 (NC)' 'Halimeda borneensis AM049955 (FP)' 'Halimeda copiosa EF667065 (Jam)' 'Halimeda cryptica EF667057 (Jam)' 'Halimeda cylindracea (morphotype A) IRD 5326 (NC)' 'Halimeda discoidea ( morphotype G) IRD 5306 (NC)' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5303 (NC)' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5305 (NC)' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5307 (NC) a' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5320 (NC)' 'Halimeda fragilis (morphotype D ) IRD 5318 (NC)' 'Halimeda fragilis EF667058 (Guam)' 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 5312 (NC)' 'Halimeda gracilis AM049965 (FP)' 'Halimeda gracilis AY826365 (FP)' 'Halimeda gracilis FJ624727 (Phi)' 'Halimeda gracilis FJ624731 (Flo)' 'Halimeda heteromorpha (morphotype O) IRD 5330 (NC)' 'Halimeda kanaloana (morphotype P) IRD 5323 (NC) a' 'Halimeda lacrimosa FJ624730 (Bah)' 'Halimeda lacunalis ( morphotype F) IRD 5316 (NC)' 'Halimeda lacunalis (morphotype F) IRD 5317 (NC)' 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5304 (NC)' 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5308 (NC)' 'Halimeda macroloba AM049960 (Tanz)' 'Halimeda magnidisca FJ624536 (Aust)' 'Halimeda melanesica AM049961 (Phi)' 'Halimeda micronesica (morphotype E) IRD 4862 (Mal)' 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5299 (NC)' 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5351 (NC)' 'Halimeda minima FJ624669 (Guam)' 'Halimeda pygmaea EF667062 (Fiji)' 'Halimeda renschii FJ624691(Tanz)' 'Halimeda simulans AM049963 (Jam)' 'Halimeda sp. (morphotype D) IRD 5300 (NC)' 'Halimeda sp.(morphotype D) IRD 5319 (NC)' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 4861 (Mal)a' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5313 (NC)' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5314 (NC)' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5315 (NC)' 'Halimeda velasquezii (morphotype R) IRD 5296 (NC)' 'Halimeda velasquezii FJ624698 (Phi)' 'Halimeda xishaensis (morphotype Q) IRD 4867 (Mal)' ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS 'Halimeda cryptica EF667056 (Jam)' 'Halimeda cryptica EF667057 (Jam)' 'Halimeda cryptica HV958 XX (Jam)' 'Halimeda distorta FJ624644 (Wa)' 'Halimeda fragilis (morphotype D) IRD 4874 (Mal)' 'Halimeda fragilis (morphotype D) IRD 4916 (Mal)' 'Halimeda fragilis (morphotype D) IRD 4917 (Mal)' 'Halimeda fragilis (morphotype D) IRD 5318 (Chest-NC)' 'Halimeda fragilis1 EF667058 (Guam)' 'Halimeda fragilis1 FJ624640 (NM)' 'Halimeda fragilis2 FJ624641 (Phi)' 'Halimeda fragilis2 FJ624642 (Tanz)' 'Halimeda fragilis2 HV1816 XX (Mal)' 'Halimeda fragilis2 HV1828 XX (Mal)' 'Halimeda fragilis2 ODC1772 XX (Phi)' 'Halimeda micronesica (morphotype E) IRD 4862 (Mal)' 'Halimeda micronesica AM049964 (Wal)' 'Halimeda micronesica EF667059 (Wa)' 'Halimeda micronesica EF667060 (Aust)' 'Halimeda micronesica EF667061 (Fiji)' 'Halimeda micronesica H0011 XX (Aust)' 'Halimeda micronesica H0025 XX (Aust)' 'Halimeda micronesica H0083 XX (Cha)' 'Halimeda micronesica H0084 XX (Cha)' 'Halimeda pygmaea EF667062 (Fiji).' 'Halimeda sp. (morphotype D) IRD 5300 (NC)' 'Halimeda sp. (morphotype D) IRD 5319 (Chest-NC)' ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa5; DIMENSIONS NTAX=19; TAXLABELS 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 4600 (Mal)' 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 4921 (Mal)' 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 4922 (Mal)' 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 4938 (Mal)' 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 5312 (Chest-NC)' 'Halimeda gracilis AM049965 (FP)' 'Halimeda gracilis FJ624721 (Jam)' 'Halimeda gracilis FJ624722 (FP)' 'Halimeda gracilis FJ624723 (Ha)' 'Halimeda gracilis FJ624724 (SrL)' 'Halimeda gracilis FJ624726 (Sth Af)' 'Halimeda gracilis FJ624727 (Phi)' 'Halimeda gracilis FJ624728 (Aust W)' 'Halimeda gracilis FJ624729 (Tanz)' 'Halimeda gracilis FJ624731 (Flo)' 'Halimeda gracilis IRD 4931 (morphotype K) (Mal)' 'Halimeda lacrimosa EF667064 (Bah)' 'Halimeda lacrimosa FJ624730 (Bah).' Halimeda_macrophysa_AM049989 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa6; DIMENSIONS NTAX=98; TAXLABELS 'Halimeda copiosa EF667065 (Jam).' 'Halimeda copiosa FJ624647 (Jam)' 'Halimeda distorta (morphotype N) IRD 4875 (Mal)' 'Halimeda distorta (morphotype N) IRD 4915 (Mal)' 'Halimeda distorta (morphotype N) IRD 4926(Mal)' 'Halimeda distorta (morphotype N) IRD 5350 (NC)' 'Halimeda distorta 1 FJ624643 (FP)' 'Halimeda distorta 1 FJ624644 (Wa)' 'Halimeda distorta 1 FJ624645 (Phi)' 'Halimeda distorta 1 FJ624709 (FP)' 'Halimeda distorta 1 LL0378 XX (Fiji)' 'Halimeda distorta 2 FJ624648 (Aust)' 'Halimeda distorta 2 FJ624649 (Phi)' 'Halimeda distorta 2 FJ624651 (FP)' 'Halimeda distorta 2 FJ624653 (Phi)' 'Halimeda distorta 2 FJ624654 (Phi)' 'Halimeda distorta 2 FJ624655 (FP)' 'Halimeda distorta 2 FJ624656 (FP)' 'Halimeda distorta 2 FJ624657 (FP)' 'Halimeda distorta 2 FJ624658 (Tanz)' 'Halimeda distorta 2 HV1817 XX (Mal)' 'Halimeda distorta 2 W0028 XX (Pal)' 'Halimeda distorta 2 W0069 XX (Pal)' 'Halimeda distorta 2 W0135 XX (Micro)' 'Halimeda distorta 2 W0165 XX (Micro)' 'Halimeda distorta 2 WLS391 02 XX (Wa)' 'Halimeda distorta CP08 450 (FP)' 'Halimeda distorta CP08 910 (FP) ' 'Halimeda distorta FJ624652 (NC)' 'Halimeda goreauii FJ624659 (Pan)' 'Halimeda goreauii FJ624661 (Jam)' 'Halimeda micronesica AM049964 (Wa)' 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 4930 (Mal)' 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5298 (NC)' 'Halimeda minima (morphotype L ) IRD 5297 (NC)' 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 4857 (Mal)' 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 4877 (Mal)' 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5299 (NC)' 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5301 (NC)' 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5351 (NC)' 'Halimeda minima 1 EF667067 (Soc)' 'Halimeda minima 1 FJ624663 (Aust)' 'Halimeda minima 1 FJ624664 (Aust)' 'Halimeda minima 1 FJ624665 (Tanz)' 'Halimeda minima 1 FJ624666 (Tanz)' 'Halimeda minima 1 FJ624706 (Guam)' 'Halimeda minima 1 HV1812 XX (Mal)' 'Halimeda minima 2 FJ624669 (Guam)' 'Halimeda minima 2 FJ624707 (Guam)' 'Halimeda minima 2 G.167 XX (Indo)' 'Halimeda minima 3 FJ624671 (FP)' 'Halimeda minima 3 FJ624674 (Aust)' 'Halimeda minima 3 FJ624675 (Phi)' 'Halimeda minima 3 FJ624676 (Phi)' 'Halimeda minima 3 FJ624677 (FP)' 'Halimeda minima 3 FJ624681 (FP)' 'Halimeda minima 3 FJ624682 (Phi)' 'Halimeda minima 3 FJ624683 (C. Is)' 'Halimeda minima 3 FJ624684 (Aust)' 'Halimeda minima 3 FJ624685 (FP)' 'Halimeda minima 3 FJ624710 (Phi)' 'Halimeda minima 4 FJ624686 (Fiji)' 'Halimeda minima 4 FJ624687 (Phi)' 'Halimeda minima 4 FJ624688 (Fiji)' 'Halimeda minima CP08 415 (FP)' 'Halimeda minima CP08 484 (FP)' 'Halimeda minima CP08 486 (FP)' 'Halimeda minima FJ624668 (Phi)' 'Halimeda minima FJ624708 (FP)' 'Halimeda no ID FJ624704 (NMI)' 'Halimeda no ID FJ624705 (NMI)' 'Halimeda no ID LL0367 XX (Fiji)' 'Halimeda opuntia (morphotype M) CP08 909 (FP)' 'Halimeda opuntia (morphotype M) IRD 5352 (NC)' 'Halimeda opuntia AM049967 (FP)' 'Halimeda opuntia CP08 414 (FP)' 'Halimeda opuntia FJ624690 (Phi)' 'Halimeda renschii FJ624691(Tanz)' 'Halimeda renschii FJ624693 (Tanz)' 'Halimeda renschii FJ624712 (Tanz)' 'Halimeda renschii FJ624717 (Tanz)' 'Halimeda renschii ODC1671 XX (Phi)' 'Halimeda renschii ODC1743 XX (Phi)' 'Halimeda renschii ODC1744 XX (Phi)' 'Halimeda velasquezii (morphotype R) IRD 4935 (Mal)' 'Halimeda velasquezii (morphotype R) IRD 5296 (NC)' 'Halimeda velasquezii FJ624695 (Guam)' 'Halimeda velasquezii FJ624696 (Tanz)' 'Halimeda velasquezii FJ624697 (Phi)' 'Halimeda velasquezii FJ624698 (Phi)' 'Halimeda velasquezii FJ624699 (Phi)' 'Halimeda velasquezii FJ624700 (Tanz)' 'Halimeda velasquezii FJ624701 (Tanz)' 'Halimeda velasquezii FJ624702 (Tanz)' 'Halimeda velasquezii FJ624703 (Tanz)' 'Halimeda velasquezii FJ624711 (Guam)' 'Halimeda velasquezii FJ624715 (Tanz)' 'Halimeda velasquezii FJ624718 (Tanz)' ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M11444] TITLE Halimeda_L3_tufa_matrix; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=821; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] 'Halimeda cuneata AY826353 (Sth Af)' 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'Halimeda discoidea G.672 XX (CR)' ??????????????????????????????????????????????????????????????????AAAGAACATATATTATTAGCTCAACAAGTTGGAGTACCTGCAATAGTTGTGTTTCTTAATAAAATAGATCAAGTTGATGATAAAGAGTTATTAGAACTTGTGGAGCTTGAAATTCGAGAAACTTTAGATAAATATGATTTCCCAGGAGATTCGATTCCAATAATAAGTGGTTCAGCATTAGCAGCAGTGGAAGCATTAACAACAAATCCAATGATTCAAAGAGGTGAAAATGAATGGGTTGATAACATTTACAAATTAATGGATATGATTGATGATGAAATACCTCTGCCACCTAGAAATACAGAGAAAGACTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCTATTACAGGTCGTGGAACAGTTGCTACAGGTCGAGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTTGGCCAAACTGTTGAAATTGTAGGTCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACTGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTCGCTGGTGATAATGTTGGTGTTTTATTGCGTGGTATTCAAAAAAATCAAATTGAACGTGGTATGGTTTTAGCAAAACCAGGTTCTATTACACCTCATACTCGTTTTAAAGCTCAAGTTTATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTTGCAGGTTATAGACCACAATTTTATGTTCGAACAACAGATGTTACTGGTAAAATTGATTCTTTTCAAGGCGATGACGATAGTGTGATTCGTATGGTAATGCC 'Halimeda discoidea G.673 XX (CR)' 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'Halimeda discoideaG.681 XX (Nic)' ??????????????????????????????????????????????????????????????????AAAGAACATATATTATTAGCTCAACAAGTTGGAGTACCTGCAATAGTTGTGTTTCTTAATAAAATAGATCAAGTTGATGATAAAGAGTTATTAGAACTTGTGGAGCTTGAAATTCGAGAAACTTTAGATAAATATGATTTCCCAGGAGATTCGATTCCAATAATAAGTGGTTCAGCATTAGCAGCAGTGGAAGCATTAACAACAAATCCAATGATTCAAAGAGGTGAAAATGAATGGGTTGATAACATTTACAAATTAATGGATATGATTGATGATGAAATACCTCTGCCACCTAGAAATACAGAGAAAGACTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCGATTACAGGTCGTGGAACAGTTGCTACAGGTCGAGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTTGGCCAAACTGTTGAAATTGTAGGTCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACTGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTCGCTGGTGATAATGTTGGTGTTTTATTGCGTGGTATTCAAAAAAATCAAATTGAACGTGGTATGGTTTTAGCAAAACCAGGTTCTATTACACCTCATACTCGTTTTAAAGCTCAAGTTTATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTTGCAGGTTATAGACCACAATTTTATGTTCGAACAACAGATGTTACTGGTAAAATTGATTCTTTTCAAGGCGATGACGATAGTGTGATTCGTATGGTAATGCC 'Halimeda gigas (morphotype S ) IRD 4927 (Mal)' 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'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 4861 (Mal)' GGAGCGGCTCAAATGGATGGGGCAATTCTAGTAGTTTCTGGTGCTGATGGGCCAATGCCTCAAACAAAAGAACATATATTATTAGCCCAACAAGTAGGTGTGCCAGCTATAGTTGTTTTCTTGAATAAAATTGATCAGGTTGATGATAAAGATTTATTAGAACTTGTGGAACTTGAAATTCGAGAAACTTTAGACCGCTATGATTTTCCAGGAGATGAGATTCCAATAATTAGTGGTTCAGCATTAGCAGCAGTGGAAGCATTAACAACAAATCCAATGATTCAAAGAGGTGAAAATGAATGGGTTGATAACATCTATAAATTAATGGATATTATTGATGATGAAATACCTCTGCCACCTCGAAATACAGAAAAAGATTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCAATAACAGGTCGAGGAACAGTTGCTACAGGCCGAGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTAGGACAAACTGTTGAAATTGTAGGCCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACTGTAATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGTGTTTTATTACGTGGTATTCAAAAAAATCAAATTGAACGTGGTATGGTTTTGGCAAAACCAGGTTCTATTACACCTCATACTCGTTTTAAAGCTCAAGTCTATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTTGCAGGTTATAGACCACAATTTTATGTTCGAACAACAGATGTTACTGGTAAAATTGATTCTTTTCAAGGAGATGACGATAGTGTGATTCGTATGGTAATGCC 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5313 (Chest-NC)' 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'Halimeda micronesica H0084 XX (Cha)' GGAGCAGCACAAATGGACGGTGCTATTTTAGTGGTCTCTGGTGCTGATGGACCGATGCCTCAAACAAAAGAACATATTTTACTAGCACAACAAGTTGGAGTACCTGCTATTGTTGTCTTTCTGAATAAAATTGATCAAGTAGATGATGAAGATTTGCTTGAACTTGTTGAACTTGAAATTCGAGAAACTTTACATCAATATGATTTTCCGGGGGATGATATTGCGATTATAAACGGATCAGCACTGGCTGCTGTAGAAGCATTAACTACAAATCCAATGACTCAAAGGGGCGAAAATGAATGGGTTGATAAAATATATAAATTAATGGATGTTATTGATGAAGAAATTCCTTTGCCACCTCGAAGTACAGACAAAGATTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCAATCACAGGTCGTGGCACAGTTGCGACAGGGCGAGTTGAGAGAGGTCAAATAAAAGTAGGAGAAACGATTGAAATCGTAGGTCTTAAAGCAACAAAAGAAACAACGGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTATAGGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGTGTTTTATTGCGTGGAGTTCAAAAAAATGAAATTCAACGCGGTATGGTTTTAGCAAAACCTGGCTCAATTACACCTCATACACGTTTTAAGGCCCAAGTATATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGCCATACTTCTTTTGTAGCAGGCTATCGACCACAATTTTATGTTCGAACTACAGATGTAACTGGTAAAATTGATTCATTTCAAGGAGATGACGATAGTGAAATTCGTATGGTA????? 'Halimeda pygmaea EF667062 (Fiji).' GGAGCAGCACAAATGGATGGTGCTATTTTAGTGGTTTCCGGTGCTGATGGACCAATGCCACAAACTAAAGAACATATTTTATTAGCCCAACAAGTTGGTGTGCCTGCTATTGTTGTTTTTCTTAATAAAATTGATCAAGTAGATGATGAAGATTTACTTGAACTTGTTGAATTAGAAATTAGAGAGACTTTAAACCAATATGATTTTCCAGGTGATGATATTGCGATCATTAACGGATCAGCTTTAGCTGCTGTTGAAGCATTGACAACAAATCCCCTGATTCAGAGAGGAGAAAATGAATGGGTTGATAAAATCTATAAATTAATGGATGTTATTGATGAACAAATTCCTTTGCCACCGCGAAGTACAGACAAAGATTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCAATTACAGGTCGTGGGACAGTTGCAACAGGTAGAGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTTGGTGAAATTATTGAAATAGTGGGTCTGAAAGAAACAAAACAAACAACGGTTATTGGATTAGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGAGATAATGTTGGTGTTTTATTACGTGGTATTCAAAAAAATGATATTCAACGCGGTATGGTTTTAGCAAAACCTGGTTCAATAACCCCTCATAC?CGTTTTAAGGCTCAAGTCTATATTTTAAAAAAAAATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTTTTGCAGGTTATCGACCACAATTTTATGTTCGAACTACCGATGTAACTGGAAAAATTGATTCATTTCAAGGGGATGATAATAGTGAACTACGTATGGTTATGCC 'Halimeda sp. (morphotype D) IRD 5300 (NC)' GGAGCAGCGCAAATGGATGGTGCTATTTTAGTAGTTTCTGGTGCTGATGGACCTATGCCACAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTTCCTGCTATTGTTGTTTTTCTTAATAAAATTGATCAAGTAGATGATAAAGAATTACTGGAACTTGTTGAATTAGAAATTAGGGACACTTTAAATCAATATGATTTTCCAGGTGATGATATTGCAATTATAAGTGGATCAGCTTTAGCTGCTGTCGAGGCATTAACAACAAATCCAATGATTCAAAGAGGAGAAAATGAATGGGTTGATAAAATTTATAAATTAATGGATGTTATTGATGAAGAAATTCCTCTACCACCTAGAAATACAGAAAAAGATTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCAATTACGGGTCGTGGAACAGTTGCAACAGGTCGCGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTTGGTGAAACGATTGCAATAGTTGGTCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACGGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGAGATAATGTTGGTGTTTTATTACGTGGTATTCAAAAAAATGACATTCAACGCGGTATGGTTTTAGCAAAACCTGGTTCAATTACACCTCATACACGTTTTAAAGCTCAAGTCTATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTAGCAGGTTATCGACCACAATTTTATGTTCGAACTACAGATGTAACTGGAAAAATTGATTCATTTCAAGGGGATGATAATAGTGAAATTCGTATGGTTATGCC 'Halimeda sp. (morphotype D) IRD 5319 (Chest-NC)' GGAGCGGCGCAAATGGATGGTGCTATTTTAGTAGTCTCTGGTGCTGATGGACCTATGCCACAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTTCCTGCTATTGTTGTTTTTCTTAATAAAATTGATCAAGTAGATGATAAAGAATTACTGGAACTTGTTGAATTAGAAATTAGAGATACTTTAAATCAATATGATTTTCCAGGTGATGATATTGCAATTATAAGTGGATCAGCTTTAGCTGCTGTTGAAGCATTAACAACAAATCCAATGATTCAAAGAGGAGAAAATGAATGGGTTGATAAAATTTATAAATTAATGGATGTTATTGATGAAGAAATTCCTCTGCCACCTCGAAATACAGAAAAAGATTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCAATTACGGGTCGGGGAACAGTTGCAACAGGTCGAGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTTGGTGAAACTATTGAAATAGTTGGTCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACGGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGAGATAATGTTGGTATTTTATTACGTGGTATTCAAAAAAATGACATTCAACGCGGTATGGTTTTAGCAAAACCTGGTTCAATTACACCTCATACACGTTTTAAAGCTCAAGTCTATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTAGCTGGTTATCGACCACAATTTTATGTTCGAACTACAGATGTAACTGGAAAAATTGATTCATTTCAAGGGGATGATAATAGTGAAATTCGTATGGTAATGCC ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5309 (NC)' 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'Halimeda borneensis AM049955 (FP)' 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'Halimeda copiosa EF667065 (Jam)' 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'Halimeda cryptica EF667057 (Jam)' 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'Halimeda cylindracea (morphotype A) IRD 5326 (NC)' 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'Halimeda discoidea ( morphotype G) IRD 5306 (NC)' 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'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5303 (NC)' 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'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5305 (NC)' 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'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5320 (NC)' 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'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 5312 (NC)' 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'Halimeda gracilis AY826365 (FP)' 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'Halimeda heteromorpha (morphotype O) IRD 5330 (NC)' 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'Halimeda kanaloana (morphotype P) IRD 5323 (NC) a' 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'Halimeda magnidisca FJ624536 (Aust)' 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'Halimeda melanesica AM049961 (Phi)' 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'Halimeda micronesica (morphotype E) IRD 4862 (Mal)' 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'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5299 (NC)' 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'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5351 (NC)' 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'Halimeda minima FJ624669 (Guam)' 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'Halimeda renschii FJ624691(Tanz)' 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(morphotype D) IRD 5300 (NC)' AAAAATATGATTACTGGAGCAGCGCAAATGGATGGTGCTATTTTAGTAGTTTCTGGTGCTGATGGACCTATGCCACAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTTCCTGCTATTGTTGTTTTTCTTAATAAAATTGATCAAGTAGATGATAAAGAATTACTGGAACTTGTTGAATTAGAAATTAGGGACACTTTAAATCAATATGATTTTCCAGGTGATGATATTGCAATTATAAGTGGATCAGCTTTAGCTGCTGTCGAGGCATTAACAACAAATCCAATGATTCAAAGAGGAGAAAATGAATGGGTTGATAAAATTTATAAATTAATGGATGTTATTGATGAAGAAATTCCTCTACCACCTAGAAATACAGAAAAAGATTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCAATTACGGGTCGTGGAACAGTTGCAACAGGTCGCGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTTGGTGAAACGATTGCAATAGTTGGTCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACGGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGAGATAATGTTGGTGTTTTATTACGTGGTATTCAAAAAAATGACATTCAACGCGGTATGGTTTTAGCAAAACCTGGTTCAATTACACCTCATACACGTTTTAAAGCTCAAGTCTATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTAGCAGGTTATCGACCACAATTTTATGTTCGAACTACAGATGTAACTGGAAAAATTGATTCATTTCAAGGGGATGATAATAGTGAAATTCGTATGGTTATGCCCGG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTGTTAAAGACTATCGTTTAACATATTATACACCAGAATATCAAGTATTAGACACAGATATTCTTGCAGCCTTTCGAATGACACCTCAACCAGGAGTTCCTCCTGAAGAAGCTGGTGCTGCTGTAGCTGCTGAATCATCAACAGGAACATGGACAACAGTTTGGACAGATGGACTAACAAGTTTAGATAGATACAAAGGTCGTTGTTATGATATTGAAGCAGTTGCTGGTGAAGAAAATCAGTATATTGCTTACGTAGCATATCCTTTAGATCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTAACAAATTTATTTACTTCAATTGTTGGAAACGTTTTTGGATTTAAAGCATTAAGAGCATTACGCCTTGAAGATTTACGTATTCCTCCATCTTATGTAAAAACATTTCAAGGGCCGCCTCATGGTATTCAAGTAGAACGTGATAAACTTAATAAATATGGTCGTCCTTTTTTAGGTTGTACAATTAAGCCAAAATTAGGCCTTTCAGCTAAAAATTATGGACGTGCTGTTTATGAAGGTTTACGAGGAGGTTTAGATTTTACAAAAGATGATGAAAATGTTAATTCACAACCTTTTATGCGTTGGCGTGATCGTTTCCTTTTTGTAGCAGAAGC 'Halimeda sp.(morphotype D) IRD 5319 (NC)' AAAAATATGATTACTGGAGCGGCGCAAATGGATGGTGCTATTTTAGTAGTCTCTGGTGCTGATGGACCTATGCCACAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTTCCTGCTATTGTTGTTTTTCTTAATAAAATTGATCAAGTAGATGATAAAGAATTACTGGAACTTGTTGAATTAGAAATTAGAGATACTTTAAATCAATATGATTTTCCAGGTGATGATATTGCAATTATAAGTGGATCAGCTTTAGCTGCTGTTGAAGCATTAACAACAAATCCAATGATTCAAAGAGGAGAAAATGAATGGGTTGATAAAATTTATAAATTAATGGATGTTATTGATGAAGAAATTCCTCTGCCACCTCGAAATACAGAAAAAGATTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCAATTACGGGTCGGGGAACAGTTGCAACAGGTCGAGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTTGGTGAAACTATTGAAATAGTTGGTCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACGGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGAGATAATGTTGGTATTTTATTACGTGGTATTCAAAAAAATGACATTCAACGCGGTATGGTTTTAGCAAAACCTGGTTCAATTACACCTCATACACGTTTTAAAGCTCAAGTCTATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTAGCTGGTTATCGACCACAATTTTATGTTCGAACTACAGATGTAACTGGAAAAATTGATTCATTTCAAGGGGATGATAATAGTGAAATTCGTATGGTAATGCCCGGAGATCGAGTGAAAATTATTG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTGTTAAAGACTATCGTTTAACATATTATACACCAGAATATCAAGTATTAGACACAGATATTCTTGCAGCCTTTCGAATGACACCTCAACCAGGAGTTCCTCCTGAAGAAGCTGGTGCTGCTGTAGCTGCTGAATCATCAACAGGAACATGGACAACAGTTTGGACAGATGGACTAACAAGTTTAGATAGATACAAAGGTCGTTGTTATGATATTGAAGCAGTTGCTGGTGAAGAAAATCAGTATATTGCTTACGTAGCATATCCTTTAGATCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTAACAAATTTATTTACTTCAATTGTTGGAAACGTTTTTGGATTTAAAGCATTAAGAGCATTACGCCTTGAAGATTTACGTATTCCTCCATCTTACGTAAAAACATTTCAAGGGCCGCCTCATGGTATTCAAGTAGAACGTGATAAACTTAATAAATATGGTCGTCCTTTCTTAGGTTGTACAATTAAACCAAAATTAGGCCTTTCAGCTAAAAATTATGGACGTGCTGTTTATGAAGGTTTACGAGGTGGTTTAGATTTTACAAAAGATGATGAAAATGTTAATTCACAACCTTTTATGCGTTGGCGTGATCGTTTCCTTTTTGTAGCAGAAGC 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 4861 (Mal)a' ???AACATGATCACTGGAGCGGCTCAAATGGATGGGGCAATTCTAGTAGTTTCTGGTGCTGATGGGCCAATGCCTCAAACAAAAGAACATATATTATTAGCCCAACAAGTAGGTGTGCCAGCTATAGTTGTTTTCTTGAATAAAATTGATCAGGTTGATGATAAAGATTTATTAGAACTTGTGGAACTTGAAATTCGAGAAACTTTAGACCGCTATGATTTTCCAGGAGATGAGATTCCAATAATTAGTGGTTCAGCATTAGCAGCAGTGGAAGCATTAACAACAAATCCAATGATTCAAAGAGGTGAAAATGAATGGGTTGATAACATCTATAAATTAATGGATATTATTGATGATGAAATACCTCTGCCACCTCGAAATACAGAAAAAGATTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCAATAACAGGTCGAGGAACAGTTGCTACAGGCCGAGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTAGGACAAACTGTTGAAATTGTAGGCCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACTGTAATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGTGTTTTATTACGTGGTATTCAAAAAAATCAAATTGAACGTGGTATGGTTTTGGCAAAACCAGGTTCTATTACACCTCATACTCGTTTTAAAGCTCAAGTCTATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTTGCAGGTTATAGACCACAATTTTATGTTCGAACAACAGATGTTACTGGTAAAATTGATTCTTTTCAAGGAGATGACGATAGTGTGATTCGTATGGTAATGCCAGGAGATCGAGTAAAAAT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCAAGTCTTAGATACTGACTTCCTTGCAGCTTTTCGAATGACACCTCAACCAGGTGTTCCTCCTGAAGAAGCTGGTGCTGCAGTAGCTGCCGAATCATCAACAGGAACATGGACAACGGTTTGGACAGATGGACTAACAAGTTTAGATAAATACAAAGGTCGTTGCTATGATATTGAAGCAGTTGCTGGAGAAGAAAACCAATATATTGCTTATGTAGCATATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTAACGAACTTGTTTACTTCAATCGTTGGAAACGTTTTTGGCTTCAAAGCATTACGTGCATTACGACTTGAAGATTTACGTATTCCACCATCTTATGTTAAAACATTCCAAGGACCACCTCACGGTATTCAAGTAGAACGTGATAAATTGAATAAATATGGTCGTCCTTTTTTAGGTTGTACTATTAAGCCAAAATTAGGTCTTTCAGCTAAAAATTATGGACGTGCTGTTTATGAATGTTTAAGAGGTGGACTTGATTTTACAAAAAGACGATGAAAATGTAAATTCACAACCTTTTATGCGTTGGCGTGATCGTTTTCTTTTTGTTGCTGA?? 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5313 (NC)' 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'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5314 (NC)' 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'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5315 (NC)' 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'Halimeda velasquezii (morphotype R) IRD 5296 (NC)' 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'Halimeda heteromorpha CP08 518 (FP)' GGAGCAGCTCAAATGGATGGAGCCATTTTAGTGGTCTCAGGTGCTGATGGGCCTATGCCACAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAGGTTGGAGTGCCTGCTATTGTTGTTTTTCTTAATAAAATTGATCAGGTAGACGATGCAGATTTACTTGAACTTGTTGAGCTTGAAATTCGAGAAACTTTAGACAGATATGATTTTCCAGGCGATGATATCCCTATCATTAGTGGATCAGCTTTAGCTGCTGTTGAAGCTTTAACTACAAATCCGATGATCCAAAGAGGAGAAAACGAATGGGTAGATAAAATCTATAAATTGATGGATGTTATTGATGAAGAAATTCCTCTTCCGCCTCGAAGTACAGATAAAGATTTTCTCATGGCTGTTGAAAATGTTGTCTCTATTACAGGTCGGGGAACAGTTGCTACAGGTCGAGTTGAAAGGGGTCAAATAAAAGTTGGACAAAATGTTGAAATTGTAGGTCTTAAAGAAACGAAAGAAACAACTGTTATTGGGCTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGTGTTTTATTACGTGGTGTTCAAAAAAATGAAATTCAACGTGGTATGGTTTTAGCAAAACCAGGGTCCATTACACCTCATACACGTTTTAAAGCTCAAGTATATATTTTGAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTAGCAGGTTATCGACCACAATTTTATGTACGAACTACAGATGTCACTGGAAAAATTGACTCTTTTCAAGGAGACGACGATAGTGAAATCCGTATGGTTATGCC 'Halimeda heteromorpha FJ624535 (Phi)' 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IRD 5311 morphotype A (NC)' GGAGCAGCTCAAATGGATGGAGCCATTTTAGTGGTCTCAGGCGCAGATGGGCCTATGCCACAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTGCCTGCAATTGTTGTTTTTCTTAATAAAATTGATCAGGTAGACGATGCAGATTTACTTGAACTTGTTGAGCTTGAAATTCGAGAAACTTTAGATAGATATGATTTTCCAGGTGATGATATTCCTATCATTAGTGGATCAGCTTTAGCTGCTGTTGAAGCCTTAACTACAAACCCGATGATCCAAAGAGGAGAAAACGAATGGGTAGATAAAATCTATAAATTGATGGATATTATTGATGAAGAAATACCTCTTCCGCCTCGAAGTACAGATAAAGATTTTCTCATGGCTGTTGAAAATGTTGTTTCTATTACAGGTCGGGGAACAGTTGCTACAGGTCGAGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTTGGACAGAATGTTGAAATAGTAGGCTTAAAAGAAACAAAAGAAACAACTGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAATTGTTGCTGGTGATAATGTTGGTGTTTTATTACGTGGTATTCAAAAAAATGAAATTCAACGTGGTATGGTTTTAGCAAAACCAGGGTCCATAACACCTCATACACGTTTTAAAGCTCAAGTATATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTAGTAGGTTATCGACCGCAGTTTTATGTACGAACTACAGATGTCACTGGAAAAATTGACTCTTTTCAAGGAGATGACGATAGTGAAATTCGTATGGTTATGCC ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M11446] TITLE Halimeda_L5_tufa_matrix; LINK TAXA = Taxa6; DIMENSIONS NCHAR=821; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] 'Halimeda copiosa EF667065 (Jam).' 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'Halimeda minima 3 FJ624684 (Aust)' GGAGCTGCTCAAATGGATGGAGCAATTTTAGTAGTGTCTGGTGCGGATGGTCCTATGCCTCAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTACCTGCTATTGTTGTTTTTCTGAACAAAATTGATCAAGTAGATGATGATGATTTACTTGAACTTGTTGAACTTGAAATTCGAGACACTTTAAATAAATATGATTTTCCAGGTGATGATATTCCAATTATTAGTGGTTCGGCATTAGCAGCTGTTGAAGCATTAACTATAAACCCAATGATTCAAAGAAGTGAGAATGAATGGGTTGATAAAATTTATAAATTAATGGATGTTATTGATGAGGAAATACCTCTACCACTTCGAAATACAGATAAAGATTTTCTCATGGCCATTGAAAATGTTGTTTCCATAACAGGTCGTGGAACAGTTGCGACAGGTCGAGTTGAACGAGGGCAAATAAAAGTAGGACAAACTATTGAAATTGTAGGTCTTAAAGAAACTAAAGAAACAACTGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGAGTTTTATTGCGTGGTGTTCAAAAAAATGAAATTCAACGCGGTATGGTTTTAGCAAAACCTGGTTCTATTACACCTCATACACGTTTCAAAGCTCAAGTATATGTTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCACACTTCTTTTGTTGCAGGTTATCGACCACAATTTTATGTCCGAACTACAGATGTAACTGGTAAAATTGACTCTTTTCAAGGAGATGATAATAGTGAAATTCGTATGGTTATGCC 'Halimeda minima 3 FJ624685 (FP)' GGAGCTGCTCAAATGGATGGAGCAATTTTAGTAGTGTCTGGTGCGGATGGTCCTATGCCTCAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTACCTGCTATTGTTGTTTTTCTGAACAAAATTGATCAAGTAGATGATGATGATTTACTTGAACTTGTTGAACTTGAAATTCGAGACACTTTAAATAAATATGATTTTCCAGGTGATGATATTCCAATTATTAGTGGTTCGGCATTAGCAGCTGTTGAAGCATTAACTATAAACCCAATGATTCAAAGAAGTGAGAATGAATGGGTTGATAAAATTTATAAATTAATGGATGTTATTGATGAGGAAATACCTCTACCACTTCGAAATACAGATAAAGATTTTCTCATGGCCATTGAAAATGTTGTTTCCATAACAGGTCGTGGAACAGTTGCGACAGGTCGAGTTGAACGAGGGCAAATAAAAGTAGGACAAACTATTGAAATTGTAGGTCTTAAAGAAACTAAAGAAACAACTGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGAGTTTTATTGCGTGGTGTTCAAAAAAATGAAATTCAACGCGGTATGGTTTTAGCAAAACCTGGTTCTATTACACCTCATACACGTTTCAAAGCTCAAGTATATGTTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCACACTTCTTTTGTTGCAGGTTATCGACCACAATTTTATGTCCGAACTACAGATGTAACTGGTAAAATTGACTCTTTTCAAGGAGATGATAATAGTGAAATTCGTATGGTTATGCC 'Halimeda minima 3 FJ624710 (Phi)' GGAGCTGCTCAAATGGATGGAGCAATTTTAGTAGTGTCTGGTGCGGATGGTCCTATGCCTCAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTACCTGCTATTGTTGTTTTTCTGAACAAAATTGATCAAGTAGATGATGATGATTTACTTGAACTTGTTGAACTTGAAATTCGAGACACTTTAAATAAATATGATTTTCCAGGTGATGATATTCCAATTATTAGTGGTTCGGCATTAGCAGCTGTTGAAGCATTAACTATAAACCCAATGATTCAAAGAAGTGAGAATGAATGGGTTGAGAAAATTTATAAATTAATGGATGTTATTGATGAGGAAATACCTCTACCACTTCGAAATACAGATAAAGATTTTCTCATGGCCATTGAAAATGTTGTTTCCATAACAGGTCGTGGAACAGTTGCGACAGGTCGAGTTGAACGAGGGCAAATAAAAGTAGGACAAACTATTGAAATTGTAGGTCTTAAAGAAACTAAAGAAACAACTGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGAGTTTTATTGCGTGGTGTTCAAAAAAATGAAATTCAACGCGGTATGGTTTTAGCAAAACCTGGTTCTATTACACCTCATACACGTTTCAAAGCTCAAGTATATGTTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCACACTTCTTTTGTTGCAGGTTATCGACCACAATTTTATGTCCGAACTACAGATGTAACTGGTAAAATTGACTCTTTTCAAGGAGA?????????????????????????????? 'Halimeda minima 4 FJ624686 (Fiji)' GGAGCTGCTCAAATGGATGGAGCAATTTTAGTAGTGTCTGGTGCGGATGGTCCTATGCCTCAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTACCTGCTATTGTTGTTTTTCTTAACAAAATTGATCAAGTAGATGATGATGATTTACTTGAACTTGTTGAACTTGAAATTCGAGATACTTTAAATAAATATGATTTTCCAGGTGATGATATTCCAATTATTAGTGGTTCGGCATTAGCTGCTGTTGAAGCATTAACTATAAACCCAATGATTCAAAGAAGTGAAAATGAATGGGTTGATAAAATTTATAAATTAATGGATGTTATTGATGAGGAAATACCTCTTCCACTTCGAAATACAGATAAAGATTTTCTCATGGCCATTGAAAACGTTGTTTCCATAACAGGTCGTGGAACAGTTGCGACAGGTCGAGTTGAACGAGGGCAAATAAAAGTAGGACAAACTATTGAAATTGTAGGTCTTAAAGAAACTAAAGAAACAACTGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGAGTTTTATTACGTGGTGTTCAAAAAAATGAAATTCAACGCGGGATGGTTTTAGCAAAACCTGGTTCTATTACACCTCATACACGTTTCAAAGCTCAGGTATATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCACACTTCTTTTGTTGCAGGTTATCGACCACAATTTTATGTCCGAACTACAGATGTAACTGGTAAAATTGACTCTTTTCAAGGAGACGATAATAGTGAAATTCGTATGGTTATGCC 'Halimeda minima 4 FJ624687 (Phi)' 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'Halimeda velasquezii (morphotype R) IRD 4935 (Mal)' GGAGCTGCTCAAATGGATGGAGCAATTTTAGTAGTGTCTGGTGCGGATGGTCCTATGCCTCAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTACCTGCTATTGTTGTTTTTCTGAACAAAATTGATCAAGTAGATGATGATGATTTACTTGAACTTGTTGAACTTGAAATTCGAGAAACTTTAAATAAATATGATTTTCCAGGTGATGATATTCCAATTATTAGTGGTTCAGCATTAGCAGCTGTTGAAGCATTAACTACAAACCCAATGATTCAAAGAGGTGAAAATGAATGGGTTGAGAAAATTTATAAATTAATGGATGTTATTGATGAAGAAATACCTCTTCCACCTCGAAACACAGATAAAGATTTTCTAATGGCCATTGAAAACGTTGTTTCCATAACAGGTCGTGGAACAGTTGCGACAGGTCGAGTTGAACGAGGGCAAATAAAAGTAGGACAAACTATTGAAATTGTAGGTCTTAAAGAAACTAAAGAAACAACTGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGAGTTTTATTGCGTGGTGTTCAAAAAAATGAAATTCAACGTGGTATGGTTTTAGCAAAACCTGGTTCTATTACACCTCATACACGTTTCAAAGCTCAAGTATATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTTGCAGGTTATCGACCACAATTTTATGTCCGAACTACAGATGTTACTGGTAAAATTGATTCTTTTCAAGGAGACGATAATAGTGAAATACGTATGGTTATGCC 'Halimeda velasquezii (morphotype R) IRD 5296 (NC)' 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gracilis FJ624727 (Phi)', 4 'Halimeda gracilis AM049965 (FP)', 5 'Halimeda gracilis FJ624731 (Flo)', 6 'Halimeda macroloba AM049960 (Tanz)', 7 'Halimeda magnidisca FJ624536 (Aust)', 8 'Halimeda melanesica AM049961 (Phi)', 9 'Halimeda minima FJ624669 (Guam)', 10 'Halimeda simulans AM049963 (Jam)', 11 'Halimeda gracilis AY826365 (FP)', 12 'Halimeda velasquezii FJ624698 (Phi)', 13 'Halimeda lacrimosa FJ624730 (Bah)', 14 'Halimeda copiosa EF667065 (Jam)', 15 'Halimeda renschii FJ624691(Tanz)', 16 'Halimeda cryptica EF667057 (Jam)', 17 'Halimeda pygmaea EF667062 (Fiji)', 18 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5314 (NC)', 19 'Halimeda lacunalis ( morphotype F) IRD 5316 (NC)', 20 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5315 (NC)', 21 'Halimeda fragilis (morphotype D ) IRD 5318 (NC)', 22 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5313 (NC)', 23 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 5312 (NC)', 24 'Halimeda velasquezii (morphotype R) IRD 5296 (NC)', 25 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5320 (NC)', 26 'Halimeda lacunalis (morphotype F) IRD 5317 (NC)', 27 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5308 (NC)', 28 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5305 (NC)', 29 'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5309 (NC)', 30 'Halimeda discoidea ( morphotype G) IRD 5306 (NC)', 31 'Halimeda sp.(morphotype D) IRD 5319 (NC)', 32 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5307 (NC) a', 33 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5303 (NC)', 34 'Halimeda micronesica (morphotype E) IRD 4862 (Mal)', 35 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 4861 (Mal)a', 36 'Halimeda sp. (morphotype D) IRD 5300 (NC)', 37 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5299 (NC)', 38 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5304 (NC)', 39 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5351 (NC)', 40 'Halimeda kanaloana (morphotype P) IRD 5323 (NC) a', 41 'Halimeda cylindracea (morphotype A) IRD 5326 (NC)', 42 'Halimeda xishaensis (morphotype Q) IRD 4867 (Mal)', 43 'Halimeda heteromorpha (morphotype O) IRD 5330 (NC)', 44 Avrainvillea_lacerata; TREE NJ1000 = [&R] (44:0.08061585,((42:0.0361988,((7:0.02375901,(19:9.2402E-4,26:0.00256516)1.00:0.03228752)0.64:0.00453652,(((11:0.00830012,35:0.03709094)0.61:0.00359715,(18:-8.226E-5,(20:-1.0054E-4,22:1.0054E-4)0.49:8.226E-5)1.00:0.01762101)0.97:0.01072788,((25:1.7942E-4,33:0.00126549)0.99:0.0027701,(32:7.9903E-4,(28:-6.317E-5,30:6.317E-5)0.94:0.00123282)0.97:0.00270496)1.00:0.02006945)0.90:0.00835163)0.92:0.01268978)0.75:0.00527299,(((13:0.02262615,(5:0.01711821,(3:0.02530538,(4:0.0086561,23:0.00787282)0.98:0.00665325)0.92:0.0049306)0.65:0.00172858)1.00:0.02247289,(14:0.02985473,(9:0.01988641,((12:3.063E-5,24:0.00132715)1.00:0.0084354,(15:0.00758713,(37:3.8386E-4,39:-3.8386E-4)1.00:0.00531663)1.00:0.00547934)0.98:0.00862352)0.90:0.00630041)0.97:0.00790362)0.65:0.00341915,((34:0.02633694,((2:0.00259811,21:0.00867744)1.00:0.02494778,(16:0.02539969,(17:0.03144647,(31:0.00601216,36:0.00695712)1.00:0.01425068)0.51:0.0010592)0.98:0.0066876)0.93:0.01122367)0.41:0.00548072,(10:0.02640293,(41:0.01126961,((8:0.00607494,(1:1.6559E-4,29:0.00118667)1.00:0.00404655)0.99:0.00440023,(43:0.00327528,(40:0.00194489,(6:4.7323E-4,(27:1.343E-5,38:-1.343E-5)0.99:2.0405E-4)0.96:0.00182273)0.52:2.3461E-4)1.00:0.00514186)0.50:8.7628E-4)1.00:0.01167884)1.00:0.01707551)0.29:0.00375086)0.53:0.00520499):0.08061585); TREE ML100 = [&R] (44:0.1324095,((34:0.042134,((2:0.001541,21:0.01097)100:0.02616,(16:0.026589,(17:0.037416,(31:0.007619,36:0.006945)100:0.018934)75:0.007638)95:0.01735)76:0.013075)53:0.011331,(((13:0.025749,(5:0.017991,(3:0.033454,(4:0.009552,23:0.009436)60:0.007379)88:0.009042)52:0.006341)100:0.035983,(14:0.036002,(9:0.024431,((12:0.0,24:0.00148)99:0.013317,(15:0.008255,(37:0.0,39:0.0)100:0.00602)75:0.004297)70:0.010832)83:0.015263)87:0.013006)33:0.003438,((10:0.024214,((8:0.006187,(1:0.0,29:0.001468)100:0.005055)96:0.005105,(41:0.012373,(43:0.003669,(40:0.002201,(6:7.31E-4,(27:0.0,38:0.0)96:0.0)95:0.002195)49:0.0)100:0.006259)57:0.002407)90:0.021342)98:0.02766,((19:0.0,26:0.003805)100:0.050998,(7:0.024325,(((25:7.42E-4,33:0.0)100:0.00279,(32:0.001469,(28:0.0,30:0.0)100:7.33E-4)98:0.003195)100:0.023448,(42:0.064751,(35:0.045436,(11:0.004625,(22:0.0,(18:0.0,20:0.0)99:0.0)100:0.021722)54:0.003411)100:0.010531)25:0.010113)31:0.014405)46:0.020633)91:0.02827)51:0.008504)31:0.01072):0.1324095); TREE MP1000 = [&R] ((((((((((((18:0.0,20:0.0)0.3300:0.0,22:0.0)1.0000:25.66666667,11:6.33333333)0.5800:6.25,35:11.33333333)0.9300:13.33333333,42:43.58333333)0.4000:13.55555556,((25:1.0,33:0.0)0.9400:3.83333333,(32:2.0,(28:0.0,30:0.0)0.7700:1.0)0.9000:4.83333333)1.0000:24.5)0.4600:15.86111111,7:22.75)0.5400:21.34920635,(19:0.66666667,26:4.66666667)1.0000:40.5515873)0.9000:31.61825397,(10:24.77777778,(((4:0.0,29:2.0)0.9900:5.5,8:3.5)0.9500:5.72222222,(41:13.83333333,(43:3.66666667,(40:3.0,(27:0.0,(6:1.0,38:0.0)0.3200:0.0)0.9200:3.0)0.2000:0.33333333)0.8200:5.5)0.6400:3.94444444)0.9400:20.66666667)0.9900:25.64761905)0.4900:14.58808675,(13:25.0083779,(5:16.03333333,(3:33.0,(23:10.16666667)0.5300:8.83333333)0.7700:12.3)0.6600:11.76737968)1.0000:29.42294372)0.0800:7.28123249,(14:37.30550887,(9:23.1627451,(15:7.29411765,((12:1.0,24:1.0)1.0000:19.31372549,(37:0.0,39:0.0)1.0000:7.31372549)0.2000:4.25490196)0.5700:11.32745098)0.7700:17.67460317)0.6200:13.80612427)0.2400:19.54069264,(((31:5.63636364,36:9.60606061)1.0000:15.30151515,17:39.01969697)0.6600:11.12727273,(16:30.59772727,(34:49.21893939,(2:2.0,21:2.0)1.0000:29.94772727)0.2600:16.83333333)0.0800:11.55984848)0.6400:22.39918937,44:201.41293184); END; BEGIN TREES; TITLE Halimeda_in_New_Caledonia; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 'Halimeda incrassata AM049958 (Bah)', 2 'Halimeda incrassata FJ624534 (Car)', 3 'Halimeda simulans AM049963 (Jam)', 4 'Halimeda sp. IRD 5311 morphotype A (NC)', 5 'Halimeda monile AM049962 (Pan)', 6 'Halimeda borneensis CP08 908 (FP)', 7 'Halimeda borneensis CP08 1157 (FP)', 8 'Halimeda borneensis CP08 886 (FP)', 9 'Halimeda borneensis AM049955 (FP)', 10 'Halimeda borneensis CP08 1081 (FP)', 11 'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5309 (NC)', 12 'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5310 (NC)', 13 'Halimeda melanesica AM049961 (Phi)', 14 'Halimeda cylindracea AM049956 (Ye)', 15 'Halimeda cylindracea (morphotype A) IRD 5326 (NC)', 16 'Halimeda cylindracea (morphotype A) IRD 5325 (NC)', 17 'Halimeda kanaloana AM049959 (H)', 18 'Halimeda kanaloana (morphotype P) IRD 5324 (NC)', 19 'Halimeda kanaloana (morphotype P) IRD 5323 (NC) ', 20 'Halimeda heteromorpha AM049957 (FP)', 21 'Halimeda heteromorpha CP08 518 (FP)', 22 'Halimeda heteromorpha FJ624535 (Phi)', 23 'Halimeda heteromorpha (morphotype O) IRD 5346 (FP)', 24 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5304 (NC)', 25 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5308 (NC)', 26 'Halimeda macroloba AM049960 (Tanz)', 27 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5322 (NC)', 28 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5321 (NC)', 29 'Halimeda heteromorpha (morphotype O) IRD 5330 (NC)', 30 'Halimeda melanesica (morphotype T) IRD 5810 (NC)', 31 'Halimeda micronesica AM049964 (Wa)'; TREE L1_NJ_1000 = [&R] ((((((((20:6.494E-5,21:-6.494E-5)0.38:3.572E-5,23:-3.572E-5)0.60:5.572E-5,22:0.00116759)0.61:4.808E-5,29:0.00116994)0.96:0.00379413,(25:0.0,(24:0.0,(27:0.0,(26:0.0,28:0.0)0.17:0.0)0.09:0.0)0.14:0.0)0.99:0.00352063)0.33:1.8924E-4,(17:0.00243654,(18:0.0,19:0.0)0.67:0.00121754)0.89:0.00111765)0.99:0.00636907,(((14:0.0,15:0.0)0.35:0.0,16:0.0)1.00:0.01263775,(4:0.01304898,(5:0.01493202,(3:0.00479403,(1:0.0,2:0.0)0.99:0.00374256)0.95:0.00456606)0.55:0.00156659)0.98:0.00928841)0.63:0.00274943)0.57:0.00304066,((13:-4.26E-6,30):0.00122229)1.00:0.0079696,((11:-3.2213E-4,12:3.2213E-4)0.87:0.00229542,((6:0.0,10:0.0)0.11:0.0,(9:0.0,(7:0.0,8:0.0)0.10:0.0)0.04:0.0)0.65:3.1536E-4)0.97:0.0058)0.73; TREE L1_MP1000 = [&R] (((((((((20:0.0,29:1.0)0.10:0.0,23:0.0)0.09:0.0,21:0.0)0.19:0.0,22:1.0)0.95:3.0,(24:0.0,(25:0.0,(26:0.0,(27:0.0,28:0.0)0.10:0.0)0.09:0.0)0.19:0.0)0.85:2.0)0.22:1.0,17:2.0)0.03:0.0,(18:0.0,19:0.0)0.75:1.0)0.82:4.25,(((15:0.0,16:0.0)0.33:0.0,14:0.0)1.00:8.75,((13:0.0,30):1.0)0.96:2.5,((11:0.0,12:0.0)0.77:2.0,(6:0.0,(7:0.0,(10:0.0,(8:0.0,9:0.0)0.09:0.0)0.07:0.0)0.10:0.0)0.29:0.0)0.85:5.5)0.64:5.75)0.11:3.0)0.16; TREE L1_ML_100 = [&R] (31:0.057034,((13:0.0,(30):0.001233)100:0.00393,(((5:0.015342,(3:0.007771999999999999,4:0.014758)95:0.002428)55:0.012915,(16:0.0,(14:0.0,15:0.0)100:0.0)100:0.010731)98:0.015106999999999999,((11:0.0,12:0.0)82:0.002465,(10:0.0,(9:0.0,(8:0.0,(6:0.0,7:0.0)93:0.0)51:0.0)44:0.0)87:0.0)94:0.006833,((24:0.0,(28:0.0,(27:0.0,(25:0.0,26:0.0)22:0.0)13:0.0)14:0.0)96:0.003701,((17:0.002475,(18:0.0,19:0.0)91:0.001237)68:0.001228,(22:0.001229,((20:0.0,29:0.001229)16:0.0,(21:0.0,23:0.0)19:0.0)44:0.0)94:0.003695)55:0.0)88:0.00605)80:0.004387)62:0.057034); END; BEGIN TREES; TITLE Halimeda_in_New_Caledonia; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 'Halimeda taenicola AY826365 (FP)', 2 'Halimeda taenicola CP08 458 (FP)', 3 'Halimeda taenicola CP08 457 (FP)', 4 'Halimeda taenicola CP08 709 (FP)', 5 'Halimeda taenicola CP08 411 (FP)', 6 'Halimeda taenicola AM049966 (FP)', 7 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 4860 (Mal)', 8 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 4861 (Mal)', 9 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5313 (Chest-NC)', 10 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5314 (Chest-NC)', 11 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5315 (Chest-NC)', 12 'Halimeda macrophysa AM049989 (NC)', 13 'Halimeda macrophysa (morphotype H) IRD 5328 (NC)', 14 'Halimeda cuneata AY826356 (Ye)', 15 'Halimeda cuneata FJ624537 (SrL)', 16 'Halimeda cuneata FJ624538 (Aust)', 17 'Halimeda cuneata AY826355 (W Aust)', 18 'Halimeda xishaensis AY826357 (Guam)', 19 'Halimeda xishaensis (morphotype Q) IRD 4932 (Mal)', 20 'Halimeda xishaensis (morphotype Q) IRD 4933 (Mal)', 21 'Halimeda xishaensis (morphotype Q) IRD 4867 (Mal)', 22 'Halimeda cuneata AY826354 (Sth Af)', 23 'Halimeda magnidisca FJ624536 (Aust)', 24 'Halimeda cuneata AY826353 (Sth Af)', 25 'Halimeda gigas AY826364 (Guam) ', 26 'Halimeda gigas FJ624539 (Tanz)', 27 'Halimeda gigas (morphotype S ) IRD 4927 (Mal)', 28 'Halimeda discoidea AY826359 (Oman)', 29 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5303 (NC)', 30 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5320 (Chest-NC)', 31 'Halimeda discoidea AY826360 (Ye)', 32 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5306 (NC)', 33 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5305 (NC)', 34 'Halimeda discoidea CP08 786 (FP)', 35 'Halimeda discoidea CP08 454 (FP)', 36 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5307 (NC)', 37 'Halimeda discoidea CP08 413 (FP)', 38 'Halimeda lacunalis (morphotype F) IRD 5316 (Chest-NC)', 39 'Halimeda lacunalis (morphotype F) IRD 5302 (NC)', 40 'Halimeda lacunalis (morphotype F) IRD 5317 (Chest-NC)', 41 'Halimeda lacunalis AY826363 (Guam)', 42 'Halimeda discoidea AY826361 (Can)', 43 'Halimeda discoidea AY826362 (Jam)', 44 'Halimeda cuneata AY826358 (Bra)', 45 'Halimeda tuna AY826366 (It)', 46 'Halimeda hummii AM049988 (Pan)', 47 'Halimeda tuna AY826367(Mex)', 48 'Halimeda scabra FJ624540 (Bah)', 49 'Halimeda lacunalis (morphotype F) IRD 5327 (NC)', 50 'Halimeda magnidisca (morphotype I ) IRD 5329 (NC)', 51 Halimeda_incrassata_AM049958, 52 'Halimeda discoidea ODC1745 XX (Phi)', 53 'Halimeda taenicola HV1813 XX (Mal)', 54 'Halimeda macrophysa HV822 XX (Phi)', 55 'Halimeda macrophysa Halimeda0024 XX (Aust)', 56 'Halimeda magnidisca Halimeda0819 XX (Queens. Aust)', 57 'Halimeda magnidisca (Halimeda0817 XX Queens. Aust)', 58 'Halimeda magnidisca Halimeda0816 XX (Queens. Aust)', 59 'Halimeda magnidisca Halimeda0814 XX (Queens. Aust)', 60 'Halimeda xishaensis Halimeda0389 XX (Col)', 61 'Halimeda xishaensis TZ0188 XX (Tanz)', 62 'Halimeda xishaensis ODC1564 XX (Ken)', 63 'Halimeda xishaensis HV33 XX (Tanz)', 64 'Halimeda xishaensis HV731 XX (Phi)', 65 'Halimeda xishaensis HV1814 XX (Mal)', 66 'Halimeda discoidea HV495 XX (Jam)', 67 'Halimeda discoidea G.686 XX (Nic)', 68 'Halimeda discoidea G.687 XX (Nic)', 69 'Halimeda discoidea G.673 XX (CR)', 70 'Halimeda discoidea G.644 XX (Thai)', 71 'Halimeda discoidea G.676 XX (CR)', 72 'Halimeda discoidea G.678 XX (CR)', 73 'Halimeda discoidea G.683 XX (Nic)', 74 'Halimeda discoidea G.679 XX (Nic)', 75 'Halimeda discoideaG.681 XX (Nic)', 76 'Halimeda discoidea G.510 XX (Ha)', 77 'Halimeda discoidea HV585 XX (Phi)', 78 'Halimeda discoidea HV58 XX (FP)', 79 'Halimeda discoidea ODC1525 XX (Ken)', 80 'Halimeda discoidea G.672 XX (CR)', 81 'Halimeda discoidea G.195 XX (Indo)', 82 'Halimeda discoidea G.677 XX (CR)', 83 'Halimeda discoidea G.684 XX (Nic)', 84 'Halimeda gigas G.752 XX (W Aust)', 85 'Halimeda gigas HV769 XX (Phi)', 86 'Halimeda gigas HV1820 XX (Mal)'; TREE L3_NJ1000 = [&R] (51:0.047922,(((41:0.013515,((38:0.0,40:0.00667)59:0.0013,(39:0.0,49:0.0)49:0.0)73:0.0)99:0.047768,((43:0.027648,(42:0.002804,66:0.007037)97:0.012868)100:0.044238,((44:0.048775,45:0.079685)40:0.009781,(46:0.01747,(47:0.005207,48:0.001325)100:0.010896)100:0.033457)35:0.004135)55:0.012417)67:0.009227,((50:6.27E-4,(56:0.0,(57:0.0,(58:0.0,(23:0.0,59:0.0)26:0.0)23:0.0)22:0.0)100:0.007864)100:0.031953,((((10:0.0,(9:0.0,11:0.0)100:0.0)100:0.025604,((7:0.0,(8:0.0,53:0.0)60:0.0)39:0.001321,(6:0.0,((4:0.0,5:0.0)11:0.0,(3:0.0,(1:0.0,2:0.0)69:0.0)45:0.0)36:0.0)69:0.0)71:0.004201)71:0.01548,((22:0.066494,(17:0.017609,(16:0.02458,(14:0.002667,15:0.005255)88:0.011451)100:0.038261)68:0.010621)6:4.34E-4,((55:0.0,(54:0.007152,(12:0.0,13:0.0)100:0.001338)86:0.002678)100:0.02267,((61:0.001428,(60:0.002859,(62:0.0,63:0.0)93:0.002859)36:0.0)68:0.001418,(64:0.001432,(65:0.0,(20:0.178096,(19:0.0,(18:0.0,21:0.0)52:0.0)90:0.0)49:0.0)30:0.0)54:0.001608)77:0.02414)19:0.007794)16:0.004932)58:0.008518,(24:0.024586,(((25:0.0,26:0.0)100:0.0,(85:0.001456,(84:0.001604,(27:0.0,86:0.0)95:0.004042)36:0.0)89:0.004037)100:0.036683,(28:0.006365,((31:0.001326,(52:0.0,(70:0.003438,(30:0.001328,(29:0.0,76:0.0)15:0.0)38:0.0)27:0.0)37:0.001328)62:0.0019,((32:0.0,33:0.0)91:0.001326,((81:0.0,(77:0.001435,79:0.0)70:0.001437)65:0.0,((35:0.0,(34:0.0,(37:0.0,78:0.0)17:0.0)17:0.0)64:0.001254,(36:0.0,((71:0.0,80:0.0)33:0.0,(69:0.0,(82:0.0,(72:0.0,(73:0.0,((67:0.0,83:0.0)28:0.0,(74:0.0,(68:0.0,75:0.0)4:0.0)1:0.0)9:0.0)11:0.0)22:0.0)65:7.16E-4)62:7.17E-4)63:0.0)63:1.13E-4)63:0.001281)46:0.0)92:0.006121)82:0.011954)77:0.011025)71:0.01163)77:0.013701)84:0.01616)93:0.020871):0.047922); TREE L3_MP1000 = [&R] (51:17.2,(((43:13.16666667,(42:1.5,66:2.5)0.87:5.91666667)0.83:8.51666667,((44:17.41666667,45:32.16666667)0.58:6.86666667,(46:9.55,(47:1.0,48:0.0)0.90:2.45)1.00:13.25)0.40:3.95)0.42:6.5,((40:4.66666667,(41:1.0,(39:0.0,(38:0.0,49:0.0)0.14:0.0)0.16:0.0)0.13:0.66666667)1.00:10.46666667,((23:0.0,(59:0.0,(56:0.0,(58:0.0,(50:0.0,57:0.0)0.07:0.0)0.05:0.0)0.07:0.0)0.14:0.0)1.00:7.5,((((17:9.5,22:19.5)0.09:2.0,(55:0.5,(54:2.5,(12:0.0,13:0.0)0.77:1.5)0.81:2.0)1.00:10.0)0.03:1.5,(((9:0.0,(10:0.0,11:0.0)0.35:0.0)1.00:8.0,(4:0.0,(3:0.0,((7:0.0,(8:0.0,53:0.0)0.22:0.0)0.60:1.0,(5:0.0,(6:0.0,(1:0.0,2:0.0)0.04:0.0)0.02:0.0)0.03:0.0)0.01:0.0)0.09:0.0)0.86:2.0)0.50:2.5,((16:10.66666667,(14:0.5,15:3.5)0.92:5.16666667)0.98:10.0,((61:0.0,(62:0.0,(60:1.0,63:0.0)0.15:0.0)0.21:0.0)0.81:1.0,(19:0.0,(18:0.0,(65:0.0,(21:0.0,(20:0.0,64:0.0)0.06:0.0)0.04:0.0)0.06:0.0)0.14:0.0)0.76:1.0)1.00:7.0)0.48:5.5)0.06:1.83333333)0.50:3.83333333,(24:6.0,(((25:0.0,26:0.0)0.59:0.0,((27:0.0,86:0.0)0.88:2.0,(84:1.0,85:0.0)0.42:0.0)0.65:1.0)1.00:12.5,(28:3.5,((76:0.0,(31:1.0,(29:0.0,(30:1.0,52:0.0)0.04:0.0)0.05:0.0)0.11:0.0)0.67:1.0,(70:1.0,(36:0.0,(79:0.0,(69:0.0,((32:0.0,33:0.0)0.63:1.0,(68:0.0,(73:0.0,(77:0.0,(74:0.0,(67:0.0,(81:0.0,(35:0.0,(34:0.0,(80:0.0,(78:0.0,(71:0.0,(72:0.0,(82:0.0,(37:0.0,(75:0.0,83:0.0)0.01:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.00:0.0)0.03:0.0)0.88:3.0)0.18:0.0)0.81:3.5)0.87:4.0)0.86:5.5)0.78:4.83333333)0.47:4.0)0.51:6.23333333)0.31:4.98333333):17.2); TREE L3_ML100 = [&R] (51:0.047922,(((41:0.013515,((38:0.0,40:0.00667)59:0.0013,(39:0.0,49:0.0)49:0.0)73:0.0)99:0.047768,((43:0.027648,(42:0.002804,66:0.007037)97:0.012868)100:0.044238,((44:0.048775,45:0.079685)40:0.009781,(46:0.01747,(47:0.005207,48:0.001325)100:0.010896)100:0.033457)35:0.004135)55:0.012417)67:0.009227,((50:6.27E-4,(56:0.0,(57:0.0,(58:0.0,(23:0.0,59:0.0)26:0.0)23:0.0)22:0.0)100:0.007864)100:0.031953,((((10:0.0,(9:0.0,11:0.0)100:0.0)100:0.025604,((7:0.0,(8:0.0,53:0.0)60:0.0)39:0.001321,(6:0.0,((4:0.0,5:0.0)11:0.0,(3:0.0,(1:0.0,2:0.0)69:0.0)45:0.0)36:0.0)69:0.0)71:0.004201)71:0.01548,((22:0.066494,(17:0.017609,(16:0.02458,(14:0.002667,15:0.005255)88:0.011451)100:0.038261)68:0.010621)6:4.34E-4,((55:0.0,(54:0.007152,(12:0.0,13:0.0)100:0.001338)86:0.002678)100:0.02267,((61:0.001428,(60:0.002859,(62:0.0,63:0.0)93:0.002859)36:0.0)68:0.001418,(64:0.001432,(65:0.0,(20:0.178096,(19:0.0,(18:0.0,21:0.0)52:0.0)90:0.0)49:0.0)30:0.0)54:0.001608)77:0.02414)19:0.007794)16:0.004932)58:0.008518,(24:0.024586,(((25:0.0,26:0.0)100:0.0,(85:0.001456,(84:0.001604,(27:0.0,86:0.0)95:0.004042)36:0.0)89:0.004037)100:0.036683,(28:0.006365,((31:0.001326,(52:0.0,(70:0.003438,(30:0.001328,(29:0.0,76:0.0)15:0.0)38:0.0)27:0.0)37:0.001328)62:0.0019,((32:0.0,33:0.0)91:0.001326,((81:0.0,(77:0.001435,79:0.0)70:0.001437)65:0.0,((35:0.0,(34:0.0,(37:0.0,78:0.0)17:0.0)17:0.0)64:0.001254,(36:0.0,((71:0.0,80:0.0)33:0.0,(69:0.0,(82:0.0,(72:0.0,(73:0.0,((67:0.0,83:0.0)28:0.0,(74:0.0,(68:0.0,75:0.0)4:0.0)1:0.0)9:0.0)11:0.0)22:0.0)65:7.16E-4)62:7.17E-4)63:0.0)63:1.13E-4)63:0.001281)46:0.0)92:0.006121)82:0.011954)77:0.011025)71:0.01163)77:0.013701)84:0.01616)93:0.020871):0.047922); END; BEGIN TREES; TITLE Halimeda_in_New_Caledonia; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 'Halimeda distorta FJ624644 (Wa)', 2 'Halimeda micronesica (morphotype E) IRD 4862 (Mal)', 3 'Halimeda fragilis (morphotype D) IRD 5318 (Chest-NC)', 4 'Halimeda cryptica EF667057 (Jam)', 5 'Halimeda sp. (morphotype D) IRD 5300 (NC)', 6 'Halimeda sp. (morphotype D) IRD 5319 (Chest-NC)', 7 'Halimeda fragilis (morphotype D) IRD 4917 (Mal)', 8 'Halimeda fragilis (morphotype D) IRD 4874 (Mal)', 9 'Halimeda fragilis (morphotype D) IRD 4916 (Mal)', 10 'Halimeda pygmaea EF667062 (Fiji).', 11 'Halimeda cryptica EF667056 (Jam)', 12 'Halimeda cryptica HV958 XX (Jam)', 13 'Halimeda micronesica H0011 XX (Aust)', 14 'Halimeda micronesica EF667060 (Aust)', 15 'Halimeda micronesica H0025 XX (Aust)', 16 'Halimeda micronesica H0083 XX (Cha)', 17 'Halimeda micronesica H0084 XX (Cha)', 18 'Halimeda micronesica EF667061 (Fiji)', 19 'Halimeda micronesica EF667059 (Wa)', 20 'Halimeda micronesica AM049964 (Wal)', 21 'Halimeda fragilis1 FJ624640 (NM)', 22 'Halimeda fragilis1 EF667058 (Guam)', 23 'Halimeda fragilis2 HV1816 XX (Mal)', 24 'Halimeda fragilis2 HV1828 XX (Mal)', 25 'Halimeda fragilis2 FJ624641 (Phi)', 26 'Halimeda fragilis2 ODC1772 XX (Phi)', 27 'Halimeda fragilis2 FJ624642 (Tanz)'; TREE L2_MP_1000 = [&R] (1,(((3,(21,22)0.72)1.00,((17,(2,16)0.24)0.53,(14,((19,20)0.58,(15,(13,18)0.05)0.05)0.04)0.34)1.00)0.75,(((10,(5,6)1.00)0.78,(11,(4,12)0.34)1.00)0.52,(25,(8,(24,(27,(26,(23,(7,9)0.06)0.03)0.02))0.03)0.10)0.68)1.00)0.51); TREE L2_NJ_1000 = [&R] (1:0.028546795,(((3:0.00188998,(21:3.592E-5,22:0.0011821)0.71:7.3516E-4)1.00:0.02805787,(2:0.00612959,(13:-1.5761E-4,(15:-2.9421E-4,((19:0.0,20:0.0)0.89:0.00181499,(14:3.7556E-4,(18:4.4601E-4,(16:0.00162699,17:-0.00162699)0.99:0.00606065)0.39:0.00101153)0.16:5.5427E-4)0.19:5.6167E-4)0.09:1.5761E-4)0.42:0.00263262)1.00:0.02917506)0.86:0.0053052,(((10:0.0442147,(5:0.01052127,6:0.00774913)1.00:0.01250376)0.79:0.00438104,(11:0.0011342,(4:-1.9E-7,12:5.5E-7)0.99:0.00508903)1.00:0.02886515)0.82:0.00416454,(25:2.7075E-4,(8:7.0409E-4,(24:0.0010605,(27:0.00122486,(23:-1.996E-5,(7:-1.996E-5,(9:-7.6181E-4,26:7.6181E-4)0.70:7.2817E-4)0.17:1.996E-5)0.24:2.285E-5)0.31:1.6094E-4)0.39:4.1942E-4)0.60:0.00160123)1.00:0.01806428):0.00866283)0.96:0.028546795); TREE L2_ML100 = [&R] (1:0.0363515,(((3:0.001298,(21:0.0,22:0.001228)90:0.001294)100:0.027627,((19:0.0,20:0.0)93:0.001322,((14:0.0,(13:0.0,15:0.0)78:0.0)43:0.0,(18:0.0,(2:0.004963,(16:0.0,17:0.0)93:0.00501)53:0.00247)38:0.001235)26:0.001154)100:0.036854)70:0.012474,(((10:0.049184,(5:0.011292,6:0.008)100:0.016763)94:0.009444,(11:0.001099,(12:0.0,4:0.0)98:0.005143)97:0.031252)100:0.009785,(25:0.0,(26:0.0,(9:0.0,(27:0.00125,(23:0.0,(7:0.0,(8:0.001251,24:0.001252)8:0.0)4:0.0)11:0.0)45:0.0)47:0.001797)68:0.002325)100:0.016193)83:0.015224)97:0.0363515); END; BEGIN TREES; TITLE Halimeda_in_New_Caledonia; LINK TAXA = Taxa6; TRANSLATE 1 'Halimeda goreauii FJ624661 (Jam)', 2 'Halimeda goreauii FJ624659 (Pan)', 3 'Halimeda copiosa EF667065 (Jam).', 4 'Halimeda copiosa FJ624647 (Jam)', 5 'Halimeda distorta (morphotype N) IRD 4915 (Mal)', 6 'Halimeda distorta (morphotype N) IRD 4926(Mal)', 7 'Halimeda distorta (morphotype N) IRD 4875 (Mal)', 8 'Halimeda distorta 2 FJ624658 (Tanz)', 9 'Halimeda distorta 2 FJ624657 (FP)', 10 'Halimeda distorta CP08 450 (FP)', 11 'Halimeda distorta CP08 910 (FP) ', 12 'Halimeda opuntia (morphotype M) CP08 909 (FP)', 13 'Halimeda opuntia CP08 414 (FP)', 14 'Halimeda opuntia AM049967 (FP)', 15 'Halimeda opuntia FJ624690 (Phi)', 16 'Halimeda distorta 1 FJ624644 (Wa)', 17 'Halimeda velasquezii FJ624711 (Guam)', 18 'Halimeda velasquezii (morphotype R) IRD 5296 (NC)', 19 'Halimeda velasquezii (morphotype R) IRD 4935 (Mal)', 20 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5299 (NC)', 21 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5301 (NC)', 22 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5298 (NC)', 23 'Halimeda minima 2 FJ624707 (Guam)', 24 'Halimeda renschii FJ624691(Tanz)', 25 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 4930 (Mal)', 26 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 4877 (Mal)', 27 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 4857 (Mal)', 28 'Halimeda minima 3 FJ624710 (Phi)', 29 'Halimeda minima FJ624708 (FP)', 30 'Halimeda minima CP08 484 (FP)', 31 'Halimeda minima CP08 415 (FP)', 32 'Halimeda minima CP08 486 (FP)', 33 'Halimeda minima (morphotype L ) IRD 5297 (NC)', 34 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5351 (NC)', 35 'Halimeda distorta (morphotype N) IRD 5350 (NC)', 36 'Halimeda opuntia (morphotype M) IRD 5352 (NC)', 37 'Halimeda micronesica AM049964 (Wa)', 38 'Halimeda distorta FJ624652 (NC)', 39 'Halimeda distorta 1 FJ624643 (FP)', 40 'Halimeda distorta 1 FJ624709 (FP)', 41 'Halimeda distorta 1 FJ624645 (Phi)', 42 'Halimeda distorta 1 LL0378 XX (Fiji)', 43 'Halimeda distorta 2 FJ624651 (FP)', 44 'Halimeda distorta 2 FJ624648 (Aust)', 45 'Halimeda distorta 2 FJ624653 (Phi)', 46 'Halimeda distorta 2 FJ624655 (FP)', 47 'Halimeda distorta 2 HV1817 XX (Mal)', 48 'Halimeda distorta 2 FJ624656 (FP)', 49 'Halimeda distorta 2 FJ624649 (Phi)', 50 'Halimeda distorta 2 FJ624654 (Phi)', 51 'Halimeda distorta 2 W0028 XX (Pal)', 52 'Halimeda distorta 2 W0069 XX (Pal)', 53 'Halimeda distorta 2 W0135 XX (Micro)', 54 'Halimeda distorta 2 W0165 XX (Micro)', 55 'Halimeda distorta 2 WLS391 02 XX (Wa)', 56 'Halimeda no ID FJ624704 (NMI)', 57 'Halimeda no ID FJ624705 (NMI)', 58 'Halimeda no ID LL0367 XX (Fiji)', 59 'Halimeda velasquezii FJ624695 (Guam)', 60 'Halimeda velasquezii FJ624696 (Tanz)', 61 'Halimeda velasquezii FJ624697 (Phi)', 62 'Halimeda velasquezii FJ624699 (Phi)', 63 'Halimeda velasquezii FJ624698 (Phi)', 64 'Halimeda velasquezii FJ624700 (Tanz)', 65 'Halimeda velasquezii FJ624701 (Tanz)', 66 'Halimeda velasquezii FJ624702 (Tanz)', 67 'Halimeda velasquezii FJ624703 (Tanz)', 68 'Halimeda velasquezii FJ624718 (Tanz)', 69 'Halimeda velasquezii FJ624715 (Tanz)', 70 'Halimeda minima 4 FJ624686 (Fiji)', 71 'Halimeda minima 4 FJ624688 (Fiji)', 72 'Halimeda minima 4 FJ624687 (Phi)', 73 'Halimeda renschii ODC1671 XX (Phi)', 74 'Halimeda renschii ODC1743 XX (Phi)', 75 'Halimeda renschii ODC1744 XX (Phi)', 76 'Halimeda renschii FJ624712 (Tanz)', 77 'Halimeda renschii FJ624693 (Tanz)', 78 'Halimeda renschii FJ624717 (Tanz)', 79 'Halimeda minima 2 G.167 XX (Indo)', 80 'Halimeda minima 2 FJ624669 (Guam)', 81 'Halimeda minima FJ624668 (Phi)', 82 'Halimeda minima 1 FJ624706 (Guam)', 83 'Halimeda minima 1 FJ624663 (Aust)', 84 'Halimeda minima 1 FJ624664 (Aust)', 85 'Halimeda minima 1 HV1812 XX (Mal)', 86 'Halimeda minima 1 EF667067 (Soc)', 87 'Halimeda minima 1 FJ624666 (Tanz)', 88 'Halimeda minima 1 FJ624665 (Tanz)', 89 'Halimeda minima 3 FJ624685 (FP)', 90 'Halimeda minima 3 FJ624674 (Aust)', 91 'Halimeda minima 3 FJ624684 (Aust)', 92 'Halimeda minima 3 FJ624683 (C. Is)', 93 'Halimeda minima 3 FJ624677 (FP)', 94 'Halimeda minima 3 FJ624681 (FP)', 95 'Halimeda minima 3 FJ624671 (FP)', 96 'Halimeda minima 3 FJ624682 (Phi)', 97 'Halimeda minima 3 FJ624676 (Phi)', 98 'Halimeda minima 3 FJ624675 (Phi)'; TREE L5_ML100 = [&R] (37:0.0468215,(((1:0.001214,2:0.0)100:0.01903,(3:0.002602,4:0.0):0.028254)100:0.019276,((19:0.00249,(17:0.0,18:0.0)100:0.007551)90:0.00488,((((21:0.0,33:0.0)61:0.001237,(34:0.0,(20:0.0,22:0.0)32:0.0)61:0.0)100:0.007352,(23:0.001378,(24:0.006212,((28:0.0,(27:0.0,(25:0.0,26:0.0)92:0.0)97:0.00124)62:0.001239,(29:0.0,(32:0.0,(30:0.0,31:0.0)55:0.0)80:0.0)65:0.001239)56:0.0)90:0.003591)70:0.00246)94:0.005114,(16:0.00252,((36:0.0,((12:0.0,13:0.0)73:0.0,(14:0.0,15:0.0)52:0.0)98:0.0)94:0.003664,((7:0.0,(5:0.0,6:0.0)96:0.0)97:0.002483,(8:0.004936,(9:0.0,(46:0.0,(10:0.0,(11:0.0,(35:0.0,38:0.0)34:0.0)9:0.0)21:0.0)63:0.0)35:0.0)59:0.002469)91:0.004983)65:0.002462)91:0.00632)70:0.003939)91:0.011368)97:0.0468215); TREE L5_NJ1000 = [&R] (37:0.062643795,(((1:0.0,2:0.0)0.9990:0.01405002,(3:0.0,4:0.0)1.0000:0.03470513)0.9660:0.02432668,(((14:0.0,36:0.0)0.1190:0.0,(12:0.0,(13:0.0,15:0.0)0.1430:0.0)0.0600:0.0)0.7560:0.00634012,(((52:0.0,(51:0.0,(45:0.0,50:0.0)0.1930:0.0)0.1380:0.0)0.8360:0.007313,((44:0.00394134,(((62:0.0,63:0.0)0.6040:0.00320897,(59:0.0,(17:0.0,18:0.0)0.2570:0.0)0.6420:0.00145215)0.7710:0.00771252,(67:-7.4E-7,(68:-1.45E-6,(61:-2.87E-6,(66:-5.66E-6,(64:-1.117E-5,(69:-2.206E-5,(60:-4.355E-5,(19:0.00474712,65:-8.6E-5)0.0470:4.355E-5)0.0080:2.206E-5)0.0030:1.117E-5)0.0030:5.66E-6)0.0120:2.87E-6)0.0140:1.45E-6)0.0250:7.4E-7)0.3240:0.00169583)0.3920:0.00309415)0.2160:0.00219365,((6:0.0,(7:0.0,47:0.0)0.0250:0.0)0.0020:0.0,(((48:0.0,(5:0.0,54:0.0)0.0260:0.0)0.0020:0.0,(9:0.0,(35:0.0,43:0.0)0.0230:0.0)0.0020:0.0)0.0000:0.0,((10:0.0,11:0.0)0.0230:0.0,((38:0.0,49:0.0)0.0220:0.0,(55:0.0,(53:0.0,(8:0.0,46:0.0)0.0210:0.0)0.0010:0.0)0.0000:0.0)0.0000:0.0)0.0000:0.0)0.0000:0.0)0.3610:0.00249934)0.0910:0.00214066)0.0200:0.00178322,(((58:0.00732687,(56:0.0,57:0.0)0.6860:0.00205213)0.6430:0.00663,((16:0.0,39:0.0)0.1240:0.0,(41:0.0,(40:0.0,42:0.0)0.1100:0.0)0.0610:0.0)0.6110:0.00286383)0.1820:0.0014647,(((70:0.0,72:0.0)0.0760:0.0,((20:0.0,21:0.0)0.0820:0.0,((22:0.0,71:0.0)0.0900:0.0,(33:0.0,34:0.0)0.0860:0.0)0.0060:0.0)0.0140:0.0)0.9400:0.00651359,((81:-9.59E-6,(80:-1.862E-5,(23:-3.617E-5,79:0.00469728)0.1980:1.862E-5)0.1550:9.59E-6)0.5670:0.00307808,(82:0.0062829,((((25:0.0,88:0.0)0.0560:0.0,(26:0.0,97:0.0)0.0500:0.0)0.0030:0.0,((84:0.0,(27:0.0,85:0.0)0.0420:0.0)0.0050:0.0,((28:0.0,96:0.0)0.0380:0.0,(83:0.0,(87:0.0,98:0.0)0.0430:0.0)0.0060:0.0)0.0000:0.0)0.0000:0.0)0.6490:0.00448703,(24:0.0,(((30:0.0,77:0.0)0.0230:0.0,(29:0.0,94:0.0)0.0020:0.0)0.0000:0.0,((92:0.0,(86:0.0,90:0.0)0.0230:0.0)0.0000:0.0,(89:0.0,((78:0.0,(31:0.0,95:0.0)0.0190:0.0)0.0000:0.0,((32:0.0,74:0.0)0.0260:0.0,((73:0.0,91:0.0)0.0150:0.0,(75:0.0,93:0.0)0.0230:0.0)0.0000:0.0)0.0000:0.0)0.0000:0.0)0.0000:0.0)0.0000:0.0)0.0030:0.0)0.4110:1.9257E-4)0.4880:0.00304519)0.4840:0.00315762)0.7860:0.00676414)0.9330:0.01979006)0.1240:0.00137153)0.4820:0.00782404)0.5480:0.00530919):0.062643795); TREE L5_MP1000 = [&R] (37,(((1,2)1.00,(3,4)1.00)0.99,((19,(17,18)1.00)0.53,((((21,33)0.66,(22,(20,34)0.20)0.33)1.00,(23,((26,(25,(27,28)0.04)0.06)0.60,(32,(31,(24,(29,30)0.08)0.06)0.10)0.31)0.86)0.72)0.88,(16,((14,(15,(13,(12,36)0.11)0.10)0.20)0.97,(10,((5,(6,7)0.22)0.63,(38,(46,(11,(35,(8,9)0.05)0.02)0.02)0.03))0.05)0.08)0.94)0.55)0.67)0.34)0.55); END; BEGIN TREES; TITLE Halimeda_in_New_Caledonia; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Halimeda_macrophysa_AM049989, 2 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 4938 (Mal)', 3 'Halimeda gracilis IRD 4931 (morphotype K) (Mal)', 4 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 4600 (Mal)', 5 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 4922 (Mal)', 6 'Halimeda gracilis FJ624724 (SrL)', 7 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 4921 (Mal)', 8 'Halimeda gracilis FJ624723 (Ha)', 9 'Halimeda gracilis FJ624722 (FP)', 10 'Halimeda gracilis AM049965 (FP)', 11 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 5312 (Chest-NC)', 12 'Halimeda gracilis FJ624731 (Flo)', 13 'Halimeda gracilis FJ624721 (Jam)', 14 'Halimeda lacrimosa EF667064 (Bah)', 15 'Halimeda lacrimosa FJ624730 (Bah).', 16 'Halimeda gracilis FJ624728 (Aust W)', 17 'Halimeda gracilis FJ624726 (Sth Af)', 18 'Halimeda gracilis FJ624729 (Tanz)', 19 'Halimeda gracilis FJ624727 (Phi)'; TREE L4_ML100 = [&R] (1:0.0952905,((12:0.017227,(13:0.003727,(14:0.00126,15:0.0)99:0.007862)88:0.020327)24:0.004714,((16:0.0,(19:0.001277,(17:0.0,18:0.0):0.0)41:0.00128)70:0.057634,((9:0.0,10:0.0)100:0.013137,(11:0.005711,(8:0.005312,((2:0.0,3:0.0)65:0.0,(7:0.0,(6:0.0,(4:0.0,5:0.0)12:0.0)10:0.0)10:0.0)100:0.00288)86:0.004887)62:0.007076)78:0.009463)100:0.001324)29:0.0952905); TREE L4_MP1000 = [&R] (1,((16,(17,(18,19))0.28)0.73,(12,((13,(14,15)0.99)0.98,((9,10)1.00,(11,(8,(7,(6,(2,(5,(3,4)0.08)0.04)0.06)0.14)0.88)0.73)0.53)0.72)0.26)0.51)1.00); TREE L4_NJ1000 = [&R] (1:0.035325225,((12:0.01321653,(13:0.00278927,(14:8.7125E-4,15:4.688E-5)1.00:0.00553547)1.00:0.01140064)0.40:0.0018162,((16:-1.562E-5,(19:8.777E-4,(17:0.0,18:0.0)0.56:4.104E-5)0.66:9.3458E-4)1.00:0.02917233,((9:0.0,10:0.0)1.00:0.00884338,(11:0.00485123,(8:0.00293691,((5:0.0,(2:0.0,4:0.0)0.12:0.0)0.04:0.0,(3:0.0,(6:0.0,7:0.0)0.13:0.0)0.06:0.0)1.00:0.00260374)0.88:0.00190912)0.70:0.00231175)0.81:0.00445971)0.31:7.1017E-4):0.035325225); END;