#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 7:59 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: De boer H., Schaefer H., Thulin M., & Renner S.S. 2012. Evolution and loss of petal fringes: a case study using a dated phylogeny of the snake gourds (Trichosanthes, Cucurbitaceae). BMC Evolutionary Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12339] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=114; TAXLABELS Austrobryonia_micrantha Bryonia_dioica Cyclanthera_pedata Ecballlium_elaterium Echinocystis_lobata Gymnopetalum_chinensis_514 Gymnopetalum_orientale Gymnopetalum_scabrum_105 Gymnopetalum_scabrum_519 Gymnopetalum_scabrum_95 Gymnopetalum_tubiflorum_100 Gymnopetalum_tubiflorum_184 Gymnopetalum_tubiflorum_253 Hodgsonia_heterocarpa Lagenaria_siceraria Linnaeosicyos_amara Luffa_acutangula Luffa_aegyptiaca Luffa_echinata Luffa_graveolens Luffa_operculata Marah_macrocarpa Momordica_charantia_114 Nothoalsomitra_suberosa Sicyos_angulatus Trichosanthes_adhaerens_146 Trichosanthes_auriculata_147 Trichosanthes_baviensis_38 Trichosanthes_beccari Trichosanthes_borneensis_39 Trichosanthes_bracteata_512 Trichosanthes_celebica_141 Trichosanthes_cucumerina_01 Trichosanthes_cucumerina_511 Trichosanthes_dentifera_133 Trichosanthes_dioica_42 Trichosanthes_edulis_129 Trichosanthes_elmeri_43 Trichosanthes_globosa_248 Trichosanthes_holtzei_104 Trichosanthes_homophylla_501 Trichosanthes_hylonoma_57 Trichosanthes_intermedia_132 Trichosanthes_inthanonensis_10 Trichosanthes_inthanonensis_72 Trichosanthes_japonica_64 Trichosanthes_japonica_65 Trichosanthes_kerrii_73 Trichosanthes_kinabaluensis_510 Trichosanthes_kirilowii_106 Trichosanthes_laceribractea_70 Trichosanthes_laceribractea_71 Trichosanthes_laceribractea_74 Trichosanthes_laeoica_138 Trichosanthes_laeoica_48 Trichosanthes_lepiniana_49 Trichosanthes_lepiniana_51 Trichosanthes_lepiniana_59 Trichosanthes_miyagii_61 Trichosanthes_montana_13 Trichosanthes_montana_509 Trichosanthes_mucronata_145 Trichosanthes_multiloba_66 Trichosanthes_multiloba_67 Trichosanthes_nervifolia_14 Trichosanthes_obscura_142 Trichosanthes_odontosperma_45 Trichosanthes_odontosperma_497 Trichosanthes_odontosperma_87 Trichosanthes_pallida_16 Trichosanthes_pallida_22 Trichosanthes_papuana_652 Trichosanthes_pedata_55 Trichosanthes_pendula_508 Trichosanthes_pentaphylla_148 Trichosanthes_pentaphylla_96 Trichosanthes_phonsenae_18 Trichosanthes_phonsenae_23 Trichosanthes_pilosa_15 Trichosanthes_pilosa_449 Trichosanthes_pilosa_496 Trichosanthes_pilosa_827 Trichosanthes_postarii_507 Trichosanthes_postarii_77 Trichosanthes_pubera_20 Trichosanthes_pubera_78 Trichosanthes_quinquangulata_04 Trichosanthes_quinquangulata_05 Trichosanthes_quinquefolia_144 Trichosanthes_reticulinervis_108 Trichosanthes_roseipulpa_151 Trichosanthes_rosthornii_58 Trichosanthes_rosthornii_92 Trichosanthes_rubriflos_506 Trichosanthes_rubriflos_80 Trichosanthes_schlechteri_505 Trichosanthes_sepilokensis_134 Trichosanthes_smilacifolia_56 Trichosanthes_subvelutina_85 Trichosanthes_subvelutina_88 Trichosanthes_subvelutina_99 Trichosanthes_tricuspidata_24 Trichosanthes_tricuspidata_81 Trichosanthes_truncata_25 Trichosanthes_truncata_82 Trichosanthes_truncata_89 Trichosanthes_villosa_02 Trichosanthes_villosa_26 Trichosanthes_villosa_452 Trichosanthes_villosa_83 Trichosanthes_villosa_90 Trichosanthes_wallichiana_54 Trichosanthes_wallichiana_93 Trichosanthes_wawrae_143 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M13561] TITLE 'plastid marker + ITS + gaps'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=5049; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Bryonia_dioica 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Luffa_operculata 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Marah_macrocarpa 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Sicyos_angulatus 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Trichosanthes_inthanonensis_10 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Trichosanthes_japonica_64 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????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN TREES; TITLE bipartition_result_from_RAxML; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Austrobryonia_micrantha, 2 Bryonia_dioica, 3 Cyclanthera_pedata, 4 Ecballlium_elaterium, 5 Echinocystis_lobata, 6 Gymnopetalum_chinensis_514, 7 Gymnopetalum_orientale, 8 Gymnopetalum_scabrum_105, 9 Gymnopetalum_scabrum_519, 10 Gymnopetalum_scabrum_95, 11 Gymnopetalum_tubiflorum_100, 12 Gymnopetalum_tubiflorum_184, 13 Gymnopetalum_tubiflorum_253, 14 Hodgsonia_heterocarpa, 15 Lagenaria_siceraria, 16 Linnaeosicyos_amara, 17 Luffa_acutangula, 18 Luffa_aegyptiaca, 19 Luffa_echinata, 20 Luffa_graveolens, 21 Luffa_operculata, 22 Marah_macrocarpa, 23 Momordica_charantia_114, 24 Nothoalsomitra_suberosa, 25 Sicyos_angulatus, 26 Trichosanthes_adhaerens_146, 27 Trichosanthes_auriculata_147, 28 Trichosanthes_baviensis_38, 29 Trichosanthes_beccari, 30 Trichosanthes_borneensis_39, 31 Trichosanthes_bracteata_512, 32 Trichosanthes_celebica_141, 33 Trichosanthes_cucumerina_01, 34 Trichosanthes_cucumerina_511, 35 Trichosanthes_dentifera_133, 36 Trichosanthes_dioica_42, 37 Trichosanthes_edulis_129, 38 Trichosanthes_elmeri_43, 39 Trichosanthes_globosa_248, 40 Trichosanthes_holtzei_104, 41 Trichosanthes_homophylla_501, 42 Trichosanthes_hylonoma_57, 43 Trichosanthes_intermedia_132, 44 Trichosanthes_inthanonensis_10, 45 Trichosanthes_inthanonensis_72, 46 Trichosanthes_japonica_64, 47 Trichosanthes_japonica_65, 48 Trichosanthes_kerrii_73, 49 Trichosanthes_kinabaluensis_510, 50 Trichosanthes_kirilowii_106, 51 Trichosanthes_laceribractea_70, 52 Trichosanthes_laceribractea_71, 53 Trichosanthes_laceribractea_74, 54 Trichosanthes_laeoica_138, 55 Trichosanthes_laeoica_48, 56 Trichosanthes_lepiniana_49, 57 Trichosanthes_lepiniana_51, 58 Trichosanthes_lepiniana_59, 59 Trichosanthes_miyagii_61, 60 Trichosanthes_montana_13, 61 Trichosanthes_montana_509, 62 Trichosanthes_mucronata_145, 63 Trichosanthes_multiloba_66, 64 Trichosanthes_multiloba_67, 65 Trichosanthes_nervifolia_14, 66 Trichosanthes_obscura_142, 67 Trichosanthes_odontosperma_45, 68 Trichosanthes_odontosperma_497, 69 Trichosanthes_odontosperma_87, 70 Trichosanthes_pallida_16, 71 Trichosanthes_pallida_22, 72 Trichosanthes_papuana_652, 73 Trichosanthes_pedata_55, 74 Trichosanthes_pendula_508, 75 Trichosanthes_pentaphylla_148, 76 Trichosanthes_pentaphylla_96, 77 Trichosanthes_phonsenae_18, 78 Trichosanthes_phonsenae_23, 79 Trichosanthes_pilosa_15, 80 Trichosanthes_pilosa_449, 81 Trichosanthes_pilosa_496, 82 Trichosanthes_pilosa_827, 83 Trichosanthes_postarii_507, 84 Trichosanthes_postarii_77, 85 Trichosanthes_pubera_20, 86 Trichosanthes_pubera_78, 87 Trichosanthes_quinquangulata_04, 88 Trichosanthes_quinquangulata_05, 89 Trichosanthes_quinquefolia_144, 90 Trichosanthes_reticulinervis_108, 91 Trichosanthes_roseipulpa_151, 92 Trichosanthes_rosthornii_58, 93 Trichosanthes_rosthornii_92, 94 Trichosanthes_rubriflos_506, 95 Trichosanthes_rubriflos_80, 96 Trichosanthes_schlechteri_505, 97 Trichosanthes_sepilokensis_134, 98 Trichosanthes_smilacifolia_56, 99 Trichosanthes_subvelutina_85, 100 Trichosanthes_subvelutina_88, 101 Trichosanthes_subvelutina_99, 102 Trichosanthes_tricuspidata_24, 103 Trichosanthes_tricuspidata_81, 104 Trichosanthes_truncata_25, 105 Trichosanthes_truncata_82, 106 Trichosanthes_truncata_89, 107 Trichosanthes_villosa_02, 108 Trichosanthes_villosa_26, 109 Trichosanthes_villosa_452, 110 Trichosanthes_villosa_83, 111 Trichosanthes_villosa_90, 112 Trichosanthes_wallichiana_54, 113 Trichosanthes_wallichiana_93, 114 Trichosanthes_wawrae_143; TREE Tree1 = [&R] ((15:0.026165243,((((14:0.032782868,((25:0.013452175,3:0.024880446)89:0.0021365231,(22:0.013352356,5:0.02034088)81:0.0018463809)100:0.015591607)26:0.0017600013,24:0.009007497)24:0.002683834,(((((98:0.01764238,((((27:0.005046221,(83:8.690312E-7,84:8.690312E-7)100:0.0039249207)100:0.008813745,((109:8.690312E-7,111:0.0012397252)97:0.0035431494,((77:9.2487E-4,78:0.0027833192)91:9.2466007E-4,((110:8.690312E-7,(107:0.0023648096,108:0.0013886421)37:6.9053104E-4)7:8.690312E-7,48:8.690312E-7)39:6.932152E-4)76:0.0011812239)77:0.0018060678)43:0.001642823,((((41:0.0048291218,(42:0.0030964697,(92:0.0011310392,93:0.0019761825)63:0.0012235111)21:8.690312E-7)45:5.973362E-4,((63:4.3675557E-4,64:4.4650858E-4)100:0.004413633,((47:8.690312E-7,50:0.0013909457)58:6.9123146E-4,46:8.690312E-7)95:0.0016967)55:4.21301E-4)28:6.9140387E-4,59:0.003647542)99:0.004254133,(105:8.690312E-7,(106:0.004545352,104:4.2078196E-4)72:8.6273666E-4)99:0.004082519)77:0.0012374661)28:5.4123957E-4,90:0.0048651826)60:0.0015493073)42:4.6033727E-4,((((13:8.690312E-7,(11:5.4999324E-4,12:7.33411E-4)84:0.00140745)100:0.014587212,((65:0.0023799613,(34:3.846565E-4,33:0.0014615802)100:0.003272189)99:0.0027963452,36:0.005990074)9:8.690312E-7)58:0.0012173199,((29:0.0018905766,(26:0.00600007,(74:0.0028936283,62:0.008085858)81:0.0015294779)50:0.0015704297)61:0.0014743368,((82:0.0027793283,28:0.0035321398)46:0.0012802427,((40:0.0014582715,(80:0.001391828,81:0.0017748537)48:0.0010475975)50:0.0011885623,(79:0.0041093603,91:0.003672189)44:6.507984E-4)67:0.0012922488)57:0.0012004831)92:0.002804811)90:0.0017424914,(101:0.0046286215,(99:0.002223749,100:0.0024011673)76:0.0019028278)100:0.00700734)92:0.0026975947)89:0.002133082,((113:0.0088675665,((96:0.005674817,((55:6.718758E-4,((69:8.801739E-4,(67:8.7630394E-4,68:4.7786758E-4)95:9.6347666E-4)100:0.0042085494,(37:8.690312E-7,54:0.004109828)14:8.690312E-7)60:5.2291434E-4)57:5.215537E-4,35:0.0011767542)76:6.002905E-4)81:0.001929787,(((8:8.690312E-7,10:0.0035530191)99:0.0015543818,9:0.001306412)100:0.0048684482,(6:0.004172202,7:0.005734494)100:0.0051985807)43:0.0020597933)85:0.0021065825)37:0.0011412238,((87:8.690312E-7,88:4.290047E-4)99:0.0028879282,(((((57:8.690312E-7,(102:8.690312E-7,56:8.690312E-7)58:0.0013007941)47:4.3328883E-4,44:0.0012894078)9:8.690312E-7,(((95:4.3043433E-4,85:8.5499143E-4)43:4.2781697E-4,45:0.0012860566)47:4.2965182E-4,(58:0.0013036832,31:0.0021452392)50:4.2709496E-4)4:8.690312E-7)59:8.2020776E-4,(103:4.2813554E-4,(86:0.0012829385,94:8.690312E-7)57:3.8549426E-4)49:4.1889132E-4)96:0.0028375343,((((32:0.0039487756,38:0.0068459124)65:0.0023009046,(39:0.007096367,((30:0.004017436,(43:0.004949945,(66:0.003441598,49:7.7376456E-4)78:7.705715E-4)38:8.690312E-7)42:8.690312E-7,(60:0.002877304,(61:0.0015442086,97:0.0038256294)42:8.690312E-7)74:0.0013154201)79:0.0011729)60:5.995479E-4)51:0.0012554005,(112:8.562384E-4,((51:7.14707E-4,52:0.0013678807)77:0.001556093,53:0.0027195585)48:8.690312E-7)88:8.690972E-4)6:8.690312E-7,((114:0.0021209067,(72:8.7738433E-4,(76:4.2732604E-4,75:0.0025917417)83:8.6095557E-4)90:0.0015090067)69:0.0015057176,((89:0.010317639,73:0.0020318762)89:0.001107581,(70:5.801083E-4,71:0.002060719)98:0.0021148636)63:4.2173927E-4)32:8.432523E-4)49:7.82512E-4)47:5.875244E-4)74:0.002836792)93:0.0024084696)52:0.0024457357,(19:0.008096036,((17:0.0022264293,21:0.006982547)45:7.3266996E-4,(18:0.0017815804,20:0.004769205)17:8.690312E-7)92:0.0028570497)100:0.01033715)68:0.0025745032,16:0.02720775)26:9.94443E-4)89:0.004816144,(1:0.026291212,(4:0.018948954,2:0.016469162):0.006189817)100:0.0074314885)100:0.0018429552)39:0.003013529,23:0.03063427); END;