#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 9:16 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Andújar C., Serrano J., & Gómez-zurita J. 2012. Winding up the molecular clock in the genus Carabus (Coleoptera: Carabidae): assessment of methodological decisions on rate and node age estimation. BMC Evolutionary Biology, 12: 40. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12410] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=34; TAXLABELS Calosoma_auropunctatum_TURQ52001 Calosoma_sycophanta_CALO25405 Carabus_abbreviatus_BABA44 Carabus_abbreviatus_TENE15007 Carabus_auronitens_ROMA93906 Carabus_cancellatus_ROMA94106 Carabus_cancellatus_TACHcc816 Carabus_clathratus_TURQ51901 Carabus_coriaceus_TURQ91306 Carabus_deyrollei_GALI1553 Carabus_dufouri_ZUHE111 Carabus_famini_EURY1625 Carabus_famini_MORR54807 Carabus_irregularis_ROMA94006 Carabus_lusitanicus_VESC5 Carabus_macrocephalus_FORO157 Carabus_melancholicus_EALM42207 Carabus_melancholicus_ROBU37 Carabus_melancholicus_TIDI39104 Carabus_monilis_SAOU1538 Carabus_morbillosus_MAZA5908 Carabus_morbillosus_TUNA1622 Carabus_morbillosus_TUNB1623 Carabus_morbillosus_TUNC1624 Carabus_nemoralis_RONC1549 Carabus_riffensis_KETA569 Carabus_rugosus_KSAR65807 Carabus_rugosus_SMAR43907 Carabus_rutilans_SENY1548 Carabus_violaceus_POPO83000 Ceroglossus_chilensis_CHIL1GA Cychrus_semigranosus_CYCH1003 Laemostenus_terricola_TEUL4309 Leistus_spinibarbis_CMOJ3909 ; 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Carabus_melancholicus_ROBU37 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Carabus_monilis_SAOU1538 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Leistus_spinibarbis_CMOJ3909 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Carabus_abbreviatus_TENE15007 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Carabus_dufouri_ZUHE111 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Carabus_riffensis_KETA569 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Carabus_dufouri_ZUHE111 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Carabus_riffensis_KETA569 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Carabus_abbreviatus_BABA44 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Carabus_dufouri_ZUHE111 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Carabus_famini_EURY1625 GCGCTGA-GCGTCGTGCTTATACTCTGCCGTCGGGACAGTAGTGATATCTTTACTACTCTACGGAGTGTAAAATATCGTCAGGTCTCGACGAGTAGGTGGGCCGCGGCGGTGAGCGCAGAAGGACTGGGCGTGGGCCCGTCTGGAGCCGCCGTCGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATACTCCAGCGAGGCCCTGGAGGACTGACGTGGAGAAGGGTTTCGTGTGAACAGCCGTTGCACACGAGTCAGTCGATCCTAAGCCCTAGGAGAAATCCGATGTTAATGCAGTTGTGTCTTTATT-AT-ATGA-TGAC-ATT-A-GTGTTGTG-AG--TTTAAAACA-G-TTGACGTTA-CATACTT--TGATACAGATATA----TTAATGATGG-------CTGT-TCTATT------A-ACACTCGCTAA--TACTTTG---AA-CGTTCATACATATATAAAGTGTAGTAAACTATTT------CTGCTGTTGTGTGTTTTACACAAGAGTTAGTTG-TAGACTCTCACTTTTTGTG--TGTTGTTCGA-------AGTC--AG--------TG--TGTTTTATATGA---TAGTTCGATAC---ACATTTTATATTATTATTATTATG---ATGTAG-AAAAGTGTC-TTCT---GTCTCGATCCACTGATA--------AAATCGT-TGTTAGAGAA--ATATCACACTCATTGGGCGAAAGGGAATCCGGTTCCTATTCCGGAACCCGGCAGCGGAACCGTTTACAAGTCGGGCCCTCGTAAGAGAGTTCGTCGGGGCAACCCAACAGGACCTGGAGACGCCGTCGGGAGATCCGGGAAGAGTTTTCTTTTCTGTATGAGCGTTCGAGTTCCCTGGAATCCTCTAGCAGGGAGATAGGGTTTGGAACGCGAAGAGCACCGCAGTTGCGGCGGTGTCTGGATCGTCCCCTCGGACCTTGAAAATCCAGGAGAGGGCCACGTGGAGGTGTCGCGCCGGTTCG-ACCCATATCCGCAGCAG--TTCCA???? Carabus_famini_MORR54807 GCGCTGAAGCGTCGTGCTTATACTCGGCCGTCGGGACAGTAGTGATATCTTTACCACTCTACGGGGTGTAAAATATCGTCAGGTCTCGACGAGTAGGTGGGCCGCGGCGGTGAGCGCAGAAGGACTGGGCGTGGGCCCGTCTGGAGCCGCCGTCGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATACTCCAGCGAGGCCCTGGAGGACTGACGTGGAGAAGGGTTTCGTGTGAACAGCCGTTGCACACGAGTCAGTCGATCCTAAGCCCTAGGAGAAATCCGATGTTAATGCAGTTGTGTCTTTATT-AT-ATGA-TGAC-ATT-A-GTGTTGTG-AG--TTTAAAACA-G-TTGACGTT--TATACTT--TGATACAGATATA----TTAATGATGG-------CTGC-TCTATC------A-ATACTCACTAT--TACTTTG---AACGGTTCATAT-------AAGTGTAGTAAACTATTT------CTGCT---GTA----TTACACAG----TAGTTG-TAGACTCTCACTT--TGTGTTTCGTAAAAAA-------GGTC--AG--------TG--TGTTTTATATGA---TAGTTCGATAC---ACATTTT------T-------ATGTATTTGTAG-AAAAGTGTC-TTCT---GTCTCGATCCACTGAT---------AAATCGT-TGTTAGAGAA--ATATCACACTCATTGGGCGAAAGGGAATCCGGTTCCTATTCCGGAACCCGGCAGCGGAACCGTTTACAAGTCGGGCCCTCGTAAGAGAGTTCGTCGGGGCAACCCAACAGGACCTGGAGACGCCGTCGGGAGATCCGGGAAGAGTTTTCTTTTCTGTATGAGCGTTCGAGTTCCCTGGAATCCTCTAGCAGGGAGATAGGGTTTGGAACGCGAAGAGCACCGCAGTTGCGGCGGTGTCTGGATCGTCCCCTCGGACCTTGAAAATCCAGGAGAGGGCCACGTGGAGGTGTCGCGCCGGTTCGTACCCATATCCGCAGCAG--TTCCAAGGA Carabus_irregularis_ROMA94006 GCGCTGAAGCGTCGTGCTTATACTCGGCCGTCGGAACAGTAGTGATATCTCTGACATCCTACGGGGTGTAGAATATCGTCAGGTCTCGACGAGTAGGTGGGCCGCGGCGGTGAGCGCAGAAGGACTGGGCGTAGGCCCGTCTGGAGCCGCCGCCGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATACTCCAGCGAGGCCCTGGAGGACTGACGTGGAGAAGGGTTTCGTGTGAACAGCCGTTGCACACGAGTCAGTCGATCCTAAGCCCTAGGAGAAATCCGATGTTAATGCAGTTGTGTCTCTATT-ATGACGAATTGC-------GAG-TGAATAG---------TA-C-TTTGTACA--TATACATAACGATGCA-ACCAA------ACTGTGGA-------CTGA-AGCATATA----GCAAACTCAATT---CACATTG---CA-----------------GAGTGCAGTATACTATTTCTATGCGCGAA---ACAC---ACTCGCAC----TAGTTG-TAGACTCTCACAC---TGG--TTT----TGG-------GTTT--CG--------TT--CGTTAGTTTGGT---TGGCG-GAAAC---ACAGGCA------T-------AGC---TTATGG-TTGTATTTA-AAGT---GTCTCT---TGCTAA----------AATTCATGTAATGAAGTT--GTATCACACTCATTGGGCGAAAGGGAATCCGGTTCCTATTCCGGAACCCGGCAGCGGAACCGTTTACAAGTCGGGCCCTCGTAAGAGAGTTCGTCGGGGCGACCCAACAGGACCTGGAGACGCCGTCGGGAGATCCGGGAAGAGTTTTCTTTTCTGTATGAGCGTTCGAGTTCCCTGGAATCCTCTAGCAGGGAGATAGGGTTTGGAACGCGAAGAGCACCGCAGTTGCGGCGGTGTCTGGATCGTCCCCTCGGACCTTGAAAATCCAGGAGAGGGCCACGTGGAGGTGTCGCGCCGGTTCGTACCCA-ATCCGCAGCAGGTCTCCAGTGA Carabus_lusitanicus_VESC5 GCGCTGAAGCGTCGTGCTTATACTCTGCCGTCGGGACAGTAGTGATATCTTTACTACTCTACGGAGTGTAAAATATCGTCAGGTCTCGACGAGTAGGTGGGCCGCGGCGGTGAGCGCAGAAGGACTGGGCGTAGGCCCGTCTGGAGCCGCCGTCGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATACTCCAGCGAGGCCCTGGAGGACTGACGTGGAGAAGGGTTTCGTGTGAACAGCCGTTGCACACGAGTCAGTCGATCCTAAGCCCTAGGAGAAATCCGATGTTAATGCAGTTGTGTCTTTATT-AT-ACGA-TGAC-ATT-A-GTG-TGAG-AG--TTTAAAACA-G-TTGACGTT--CATACTT--GGATACGGACCAA----ATGATGCTGA-------CTGA-TATATC------A-ATACTCAAA-------TTTG---AACCGTT--CAG-------AAGTAGAA----------------GCAGT---CG----------------------G-TGGACTCTTACTTACTTGG--TTC----AAT-------GTCT--GG--------TG--AGCTTTACATGA---TAGTT-GAAGCAACACATTTT------T-------TA----TTGTTG-AAAAGTGTC-TTCT---GTCTCTATCCGCTAAT---------AAATC----GTTAGAGAA--GTATCACACTCATTGGGCGAAAGGGAATCCGGTTCCTATTCCGGAACCCGGCAGCGGAACCGTTTACAAGTCGGGCCCTCGTAAGAGAGTTCGTCGGGGCAACCCAACAGGACCTGGAGACGCCGTCGGGAGATCCGGGAAGAGTTTTCTTTTCTGTATGAGCGTTCGAGTTCCCTGGAATCCTCTAGCAGGGAGATAGGGTTTGGAACGCGAAGAGCACCGCAGTTGCGGCGGTGTCTGGATCGTCCCCTCGGACCTTGAAAATCCAGGAGAGGGCCACGTGGAGGTGTCGCGCCGGTTCGTACCCA-ATCCGCAGCAGG-TCTCCAAGG Carabus_macrocephalus_FORO157 GCGCTGAAGCGTCGTGCTTATACTCTGCCGTCGGGACAGTAGTGATATCTTTACTACTCTACGGAGTGTAAAATATCGTCAGGTCTCGACGAGTAGGTGGGCCGCGGCGGTGAGCGCAGAAGGACTGGGCGTAGGCCCGTCTGGAGCCGCCGTCGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATACTCCAGCGAGGCCCTGGAGGACTGACGTGGAGAAGGGTTTCGTGTGAACAGCCGTTGCACACGAGTCAGTCGATCCTAAGCCCTAGGAGAAATCCGATGTTAATGCAGTTGTGTCTTTATT-AT-ACGA-TGAC-ATT-A-GTG-TGAG-AG--TTTAAAACA-G-TTGACGTT--TATACTT--GGATACGGACCAA----ATGATGCTGA-------CTGA-TATATC------A-ATACTCAAA-------TTTG---AACCGTT--CAG-------AAGTAGAA----------------GCAGT---C-----------------------G-TAGACTCTTACTTACTTGG--TTC----AAT-------GTCT--GG--------TG--AGCTTTACATGA---TAGTT-GAAGCAACACATTTT------T-------TTA---CTGTTG-AAAAGTGTC-TTCT---GTCTCTATCCGCTAAT---------AAATCGT-TGTTAGAGAA--GTATCACACTCATTGGGCGAAAGGGAATCCGGTTCCTATTCCGGAACCCGGCAGCGGAACCGTTTACAAGTCGGGCCCTCGTAAGAGAGTTCGTCGGGGCAACCCAACAGGACCTGGAGACGCCGTCGGGAGATCCGGGAAGAGTTTTCTTTTCTGTATGAGCGTTCGAGTTCCCTGGAATCCTCTAGCAGGGAGATAGGGTTTGGAACGCGAAGAGCACCGCAGTTGCGGCGGTGTCTGGATCGTCCCCTCGGACCTTGAAAATCCAGGAGAGGGCCACGTGGAGGTGTCGCGCCGGTTCGTACCC???????????????????????? Carabus_melancholicus_EALM42207 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Carabus_riffensis_KETA569 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TREE Ingroup_XP_Q_INSI_200_onlyCoding_NP_ULN = [&R] (((((12:0.8517990532434006,14:0.8517990532434006):2.108046647038396,13:2.959845700281992):11.033585914200003,4:13.993431614481999):4.478856208288999,((1:9.3647278453295,(7:4.835055870420254,8:4.835055870420254):4.529671974908949):5.062604380581899,((6:4.514697061151402,(10:2.1152064610429466,11:2.1152064610428543):2.399490600108555):5.840333373861595,20:10.355030435013598):4.0723017908982):4.044955596859001):5.408878717796,(((15:9.277006468927954,(((21:0.7980232898742123,22:0.7980232898742123):4.658728885140537,(23:4.868673196613084,2:4.868673196613084):0.5880789784016649):2.3625147895045515,(16:3.191816824440803,((17:1.0212589279348006,18:1.0212589279348006):0.7834408967576021,19:1.8046998246924026):1.3871169997484962):4.627450140078402):1.4577395044084511):5.25056383098865,3:14.527570299916999):3.4217482318370003,(5:11.052868469789432,9:11.052868469789432):6.896450061964567):5.931848008812999); END; BEGIN TREES; TITLE 'D67_Q_INSI_200_ULN_cons'; LINK TAXA = Taxa8; TRANSLATE 1 Carabus_melancholicus_TIDI39104, 2 Carabus_melancholicus_ROBU37, 3 Carabus_melancholicus_EALM42207, 4 Carabus_nemoralis_RONC1549, 5 Carabus_morbillosus_TUNA1622, 6 Carabus_morbillosus_MAZA5908, 7 Carabus_morbillosus_TUNC1624, 8 Carabus_morbillosus_TUNB1623, 9 Carabus_rugosus_SMAR43907, 10 Carabus_rugosus_KSAR65807, 11 Carabus_rutilans_SENY1548, 12 Carabus_auronitens_ROMA93906, 13 Carabus_monilis_SAOU1538, 14 Carabus_violaceus_POPO83000, 15 Carabus_coriaceus_TURQ91306, 16 Carabus_deyrollei_GALI1553, 17 Carabus_famini_MORR54807, 18 Carabus_famini_EURY1625, 19 Carabus_abbreviatus_TENE15007, 20 Carabus_dufouri_ZUHE111, 21 Carabus_macrocephalus_FORO157, 22 Carabus_lusitanicus_VESC5, 23 Carabus_riffensis_KETA569, 24 Carabus_irregularis_ROMA94006, 25 Carabus_clathratus_TURQ51901, 26 Carabus_cancellatus_ROMA94106, 27 Carabus_cancellatus_TACHcc816, 28 Calosoma_auropunctatum_TURQ52001, 29 Ceroglossus_chilensis_CHIL1GA, 30 Calosoma_sycophanta_CALO25405, 31 Leistus_spinibarbis_CMOJ3909; TREE D67_Q_INSI_200_ULN = [&R] ((((((1:1.4214331839968004,2:1.4214331839968004):1.9486561200332844,3:3.3700893040300954):6.975709406065711,4:10.345798710095842):7.057227592221,((((5:1.2614047968097992,(6:0.432100259728994,(7:0.1387833399497005,8:0.1387833399497005):0.2933169197792971):0.8293045370807981):5.981386139049556,(9:1.387301130507204,10:1.387301130507204):5.855489805352152):2.195694866137396,(11:2.521304831017499,12:2.521304831017499):6.917180970979349):6.630994358824349,(((13:2.080262031718796,14:2.080262031718796):7.5591445138610105,15:9.63940654557981):3.155087719772691,16:12.794494265352501):3.2749858954686992):1.3335461414955994):9.2514375484125,((((17:3.9163125352338,18:3.9163125352338035):5.67389792530275,19:9.59021046053665):5.088842200339247,((20:2.5637432036497927,(21:1.2780243765006691,22:1.2780243765006691):1.2857188271490312):7.7533821590381535,23:10.317125362688039):4.361927298187851):4.040144399945007,((24:11.095192689970602,25:11.095192689970602):4.291563183477301,(26:0.4031300104612967,27:0.4031300104612967):14.9836258629865):3.332441187373):7.935266789908496):8.086780935526498,((28:16.688621511654993,(29:13.139808682245995,30:13.139808682245999):3.5488128294089982):7.156800929071007,31:23.845422440725997):10.895822345529993); 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TREE MIT_all_NoGaps_bygene_SC_2P = [&R] ((1:39.25007174261219,2:39.25007174261211):3.4560274610690556,((((((3:5.508985906716241,(4:0.9084805977591941,5:0.9084805977591941):4.600505308956947):14.598545504615903,((6:16.05681327155345,7:16.05681327155345):2.7398399868225454,(8:3.856759211877897,9:3.856759211877897):14.9398940464982):1.3108781529560538):1.0900694911697464,((((10:5.287403001650198,11:5.287403001650198):4.936445295428456,(12:0.2171149559686043,13:0.2171149559686043):10.00673334111005):7.194392457990304,(14:10.745789990034353,((15:6.4655497600345555,16:6.4655497600345555):0.818842297287997,17:7.2843920573225525):3.4613979327116944):6.672450765034711):2.4720656514776422,((((18:4.735319040377604,19:4.735319040377604):6.231774719178448,((((20:0.4268394527781538,21:0.4268394527781538):0.4687019959702461,22:0.8955414487483999):1.6283987401898017,23:2.523940188938294):3.978732576380395,(24:3.0535545043870975,25:3.0535545043870975):3.4491182609315914):4.4644209942374555):5.113055162223999,((26:11.740711365760248,27:11.740711365760248):1.9167534264660517,28:13.6574647922262):2.42268412955395):2.660760380169549,(29:16.1023980875829,30:16.1023980875829):2.638511214366993):1.149397104597):1.3072944959549986):3.4796948803310563,(31:15.87164211836776,32:15.87164211836776):8.8056536644652):5.620308559304849,33:30.297604342137802):5.381959089656895,34:35.6795634317946):7.026535771886557); 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TREE Ingroup_cox1_pj_FFT_INSI_20_2P_SC = [&R] ((((((5:3.945642540570571,4:3.945642540570571):13.08128905261449,((17:5.64708924092235,(16:0.9369683992169993,15:0.9369683992169993):4.710120841705351):8.052189630163651,8:13.699278871086204):3.3276527220989394):0.8781483127620575,(((19:2.65967007932165,((21:0.618708396808298,22:0.618708396808298):0.7346436911002066,20:1.353352087908501):1.3063179914131489):4.351314852771244,(26:3.847806327051,25:3.847806327051):3.163178605041894):9.090168037949057,((3:2.645119753063099,27:2.645119753063099):11.28212817544745,(7:11.80427162914069,(28:9.476754670040002,18:9.476754670040002):2.327516959100585):2.1229762993699595):2.1739050415314054):1.8039269359050465):0.644340365076097,(12:16.26339070603996,(24:10.516199165978101,((9:5.9884955322990105,13:5.9884955322990105):1.4075490590019886,14:7.396044591300999):3.1201545746770005):5.747191540061662):2.2860295649834335):1.284740901359907,((10:5.939764596933001,11:5.939764596933001):3.848342907887602,(1:0.43895449430625,2:0.43895449430625):9.349153010514453):10.046053667562399):1.7464163697579984,(6:16.457058757127534,23:16.457058757127534):5.12351878501385); 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TREE Ingroup_rrnL_complete_FFT_INSI_1_SC = [&R] (((15:2.782902857318577,16:2.782902857318577):6.48261391369042,17:9.265516771009004):20.661143632488894,(((8:19.576815194860398,((6:15.938493051888903,((4:0.6903422508575012,5:0.6903422508575012):13.382767021632297,12:14.073109272489962):1.8653837793990053):2.6259668245746983,(18:11.315140084393445,28:11.315140084393445):7.249319792070153):1.0123553183967964):1.3499867419814002,(7:17.36458349374671,((3:10.409361426568898,27:10.409361426568898):4.0858647972097,((25:2.128849647129897,26:2.128849647129897):4.922674027762902,(20:1.3240693850947025,((21:0.2545349372777572,19:0.2545349372777572):0.3474409697203882,22:0.6019759069981454):0.7220934780965536):5.727454289797997):7.4437025488857):2.8693572699683045):3.5622184430948955):4.248091976340103,(23:20.642730185563952,((24:11.036496825615247,(9:7.635130540691005,(14:5.9533888316103205,13:5.9533888316103205):1.6817417090806845):3.4013662849240465):5.151484118953748,((11:3.331832378887132,10:3.331832378887132):5.898197791158701,(1:0.32009313358230784,2:0.32009313358230784):8.9099370364634):6.957950774522999):4.454749240995053):4.532163727617949):4.751766490315898); TREE Ingroup_rrnL_allgaps_FFT_INSI_1_SC = [&R] (((15:2.782902857318577,16:2.782902857318577):6.48261391369042,17:9.265516771009004):20.661143632488894,(((8:19.576815194860398,((6:15.938493051888903,((4:0.6903422508575012,5:0.6903422508575012):13.382767021632297,12:14.073109272489962):1.8653837793990053):2.6259668245746983,(18:11.315140084393445,28:11.315140084393445):7.249319792070153):1.0123553183967964):1.3499867419814002,(7:17.36458349374671,((3:10.409361426568898,27:10.409361426568898):4.0858647972097,((25:2.128849647129897,26:2.128849647129897):4.922674027762902,(20:1.3240693850947025,((21:0.2545349372777572,19:0.2545349372777572):0.3474409697203882,22:0.6019759069981454):0.7220934780965536):5.727454289797997):7.4437025488857):2.8693572699683045):3.5622184430948955):4.248091976340103,(23:20.642730185563952,((24:11.036496825615247,(9:7.635130540691005,(14:5.9533888316103205,13:5.9533888316103205):1.6817417090806845):3.4013662849240465):5.151484118953748,((11:3.331832378887132,10:3.331832378887132):5.898197791158701,(1:0.32009313358230784,2:0.32009313358230784):8.9099370364634):6.957950774522999):4.454749240995053):4.532163727617949):4.751766490315898); TREE Ingroup_MIT_NUC_all_AllGaps_x28_Bygene_2P_ULN = [&R] ((12:20.051222777529905,6:20.051222777529905):5.088946706531498,((((((7:12.087523711911096,(28:6.934431664852502,18:6.934431664852502):5.153092047058198):2.9025743507193926,((27:4.5052551774987,3:4.5052551774987):6.136573621683802,(((20:1.2160342384035001,(21:0.6902019304212992,22:0.6902019304212992):0.5258323079823004):1.4170667463673485,19:2.6331009847708486):4.3756330775791525,(25:2.8434638996304997,26:2.8434638996304997):4.1652701627195015):3.6330947368325006):4.348269263447591):2.139179653839907,(8:14.527218314271597,23:14.527218314271597):2.602059402199):2.422613136709,(((2:0.36811742294269756,1:0.36811742294269756):9.409417748845,(11:4.84303707101985,10:4.84303707101985):4.934498100767648):7.100874406797505,(24:10.538941302530748,(14:5.702543689456048,(9:4.730386766397702,13:4.730386766397702):0.9721569230583498):4.836397613074601):6.339468276054355):2.673481274593996):1.186773152456297,(17:4.663277348366603,(15:1.5637460971611024,16:1.5637460971611024):3.099531251205497):16.0753866572693):1.8794758716340034,(5:4.4073243955156975,4:4.4073243955156975):18.210815481754103):2.522029606791701); TREE Ingroup_rrnL_FFT_INSI_1_nogaps_SC = [&R] (((23:18.666868154416,(((2:0.30829080085549165,1:0.30829080085549165):8.812988765558455,(10:3.202211310538697,11:3.202211310538697):5.919068255875349):4.79019562100255,(24:10.9954433072738,((14:5.625570902655994,13:5.625570902655991):1.5305303161942518,9:7.156101218850246):3.8393420884235496):2.9160318801428):4.755392966999402):3.0448299709089994,(7:18.143821706243898,((8:16.5983213855746,(((4:0.6336097537989964,5:0.6336097537989964):11.544218547296387,12:12.177828301095383):3.0433118144376152,(18:9.924185330013,28:9.924185330013):5.296954785519999):1.3771812700416017):1.3969030855353992,(((26:2.1266204126579886,25:2.1266204126579886):4.910935626585406,((19:0.6116646511114423,(22:0.2551530810716489,21:0.25515308107163825):0.35651157003979694):0.7084692765650447,20:1.3201339276765438):5.7174221115667585):5.959455805032597,(27:10.399615461606002,3:10.399615461606002):2.597396382669997):4.998212626834):0.14859723513389866):3.5678764190811023):3.7766987546204795,(6:16.042973711299695,((15:2.089657429789998,16:2.089657429789998):5.9668885510450025,17:8.056545980835):7.986427730464694):9.445423168645785); TREE Ingroup_TREE1 = [&R] (((12:19.580325717407,(6:16.81768973498265,(17:6.395906475217998,(16:0.47746252215948815,15:0.47746252215948815):5.918443953058414):10.421783259764652):2.7626359824243494):5.106729827667802,(((5:4.5751470202730005,4:4.5751470202730005):16.7996420126137,(((1:0.14359208944505397,2:0.14359208944505397):9.847238048106096,(10:4.702688370008996,11:4.702688370008996):5.2881417675421964):9.078348860404954,((9:7.817222665726998,(14:6.262298123833846,13:6.262298123833846):1.5549245418931523):3.1053439478490006,24:10.922566613576002):8.146612384380148):2.305610034930549):2.275286035627449,((((25:2.9214212091099974,26:2.9214212091099974):3.5877541724501967,(19:2.407883180988545,(20:0.8175155397594942,(22:0.4265812893998078,21:0.4265812893998078):0.39093425035959406):1.5903676412289514):4.101292200571649):6.998052153922703,(3:7.855876658759627,27:7.855876658759627):5.651350876723271):3.1939395326790994,(7:14.220924251972086,(28:9.6162687923396,18:9.6162687923396):4.604655459632486):2.4802428161899144):6.948908000352148):1.0369804765606538):1.0745830646964976,(23:15.9222500273175,8:15.9222500273175):9.8393885824538); END; BEGIN TREES; TITLE Ingroup_Results_with_27_taxa_B; LINK TAXA = Taxa12; TRANSLATE 1 Carabus_abbreviatus_BABA44, 2 Carabus_abbreviatus_TENE15007, 3 Carabus_auronitens_ROMA93906, 4 Carabus_cancellatus_ROMA94106, 5 Carabus_cancellatus_TACHcc816, 6 Carabus_clathratus_TURQ51901, 7 Carabus_coriaceus_TURQ91306, 8 Carabus_deyrollei_GALI1553, 9 Carabus_dufouri_ZUHE111, 10 Carabus_famini_EURY1625, 11 Carabus_famini_MORR54807, 12 Carabus_irregularis_ROMA94006, 13 Carabus_lusitanicus_VESC5, 14 Carabus_macrocephalus_FORO157, 15 Carabus_melancholicus_EALM42207, 16 Carabus_melancholicus_TIDI39104, 17 Carabus_monilis_SAOU1538, 18 Carabus_morbillosus_MAZA5908, 19 Carabus_morbillosus_TUNA1622, 20 Carabus_morbillosus_TUNB1623, 21 Carabus_morbillosus_TUNC1624, 22 Carabus_nemoralis_RONC1549, 23 Carabus_riffensis_KETA569, 24 Carabus_rugosus_KSAR65807, 25 Carabus_rugosus_SMAR43907, 26 Carabus_rutilans_SENY1548, 27 Carabus_violaceus_POPO83000; TREE Ingroup_ = [&R] ; TREE Ingroup_D13_E_INSI_200_allgaps_ULN = [&R] (((10:1.9768513477515004,11:1.9768513477515004):6.8482738765435,(2:0.48334261883955065,1:0.48334261883955065):8.3417826054555):4.5451878296372,((12:6.937476203670602,23:6.937476203670551):3.7632531060648997,(((26:1.4263295068058,3:1.4263295068058):3.647660004766899,(15:0.7584941291740996,16:0.7584941291740996):4.315495382398599):3.4450173770688997,(((18:2.712865966587419,((20:0.3414987635203106,19:0.34149876352032127):0.7343867099160999,21:1.0758854734364034):1.6369804931509266):5.126436885035853,((6:4.94533258233305,((13:2.7243003836839126,(14:2.0456802068294007,9:2.045680206829399):0.678620176854503):1.6529683327477276,22:4.377268716431725):0.5680638659013209):1.0879939433376506,(24:1.9776670551335584,25:1.9776670551335567):4.055659470537062):1.805976325952578):0.48720767852437064,((8:6.15626617358355,(17:0.8242655275328978,27:0.8242655275328978):5.332000646050551):1.4119689129893498,(7:5.332699999243868,(4:1.582104472771399,5:1.582104472771399):3.7505955264724653):2.235535087328934):0.7582754435748509):0.19249635849394942):2.181722421093802):2.669583744196899); TREE Ingroup_D13_E_INSI_200_nogaps_ULN = [&R] (((17:0.9025250291587419,27:0.9025250291587419):5.6556226476925975,8:6.55814767685141):6.761520657558862,((((4:1.738210231823797,5:1.738210231823797):4.387834066077951,(11:2.069398526226811,10:2.069398526226811):4.056645771674839):3.479571706647448,((1:0.46651791282869404,2:0.46651791282869404):5.804513134181404,((16:0.7893399460905819,15:0.7893399460905819):3.6783018263868277,(26:1.4189055356700973,3:1.4189055356700795):3.0487362368073514):1.8033892745326012):3.3345849575390982):1.9112641375098676,(((((6:5.257705123236802,(((9:2.2009055511989493,14:2.2009055511989493):0.7473709702937414,13:2.9482765214927014):1.6567122608990594,22:4.604988782391821):0.6527163408449503):0.922979554107,(24:1.613889603657718,25:1.613889603657718):4.566795073686015):1.6848758484842499,(18:2.717516057633281,(21:1.1161022019540034,(20:0.35929808397370344,19:0.35929808397371765):0.7568041179803142):1.6014138556792012):5.148044468194749):0.6331339147193287,12:8.49869444054748):1.7512366125827192,(23:4.900577088874051,7:4.900577088874149):5.349353964256048):1.2669490889289676):1.8027881923510947); END; BEGIN TREES; TITLE 'nd5_FFTNS_20_2P_SC_cons'; LINK TAXA = Taxa13; TRANSLATE 1 Laemostenus_terricola_TEUL4309, 2 Ceroglossus_chilensis_CHIL1GA, 3 Carabus_cancellatus_TACHcc816, 4 Carabus_cancellatus_ROMA94106, 5 Carabus_irregularis_ROMA94006, 6 Carabus_clathratus_TURQ51901, 7 Carabus_rugosus_SMAR43907, 8 Carabus_rugosus_KSAR65807, 9 Carabus_morbillosus_MAZA5908, 10 Carabus_morbillosus_TUNC1624, 11 Carabus_morbillosus_TUNB1623, 12 Carabus_morbillosus_TUNA1622, 13 Carabus_rutilans_SENY1548, 14 Carabus_auronitens_ROMA93906, 15 Carabus_nemoralis_RONC1549, 16 Carabus_coriaceus_TURQ91306, 17 Carabus_violaceus_POPO83000, 18 Carabus_monilis_SAOU1538, 19 Carabus_deyrollei_GALI1553, 20 Carabus_abbreviatus_TENE15007, 21 Carabus_famini_MORR54807, 22 Carabus_famini_EURY1625, 23 Carabus_macrocephalus_FORO157, 24 Carabus_lusitanicus_VESC5, 25 Carabus_dufouri_ZUHE111, 26 Carabus_riffensis_KETA569, 27 Carabus_melancholicus_EALM42207, 28 Carabus_melancholicus_ROBU37, 29 Carabus_melancholicus_TIDI39104, 30 Calosoma_auropunctatum_TURQ52001c, 31 Calosoma_sycophanta_CALO25405, 32 Cychrus_semigranosus_CYCH1003; TREE nd5_FFTNS_20_2P_SC = [&R] ((1:36.3071503425656,(2:26.7173863074355,(((3:3.5190936562350927,4:3.5190936562350927):11.998622064350903,(5:12.24878488336179,6:12.248784883361797):3.2689308372242056):7.263378717072003,((((((((7:2.0537008213745978,8:2.0537008213745978):5.217584924708909,(9:2.6025431201170974,((10:0.07841895338390259,11:0.07841895338390259):0.18040125719959832,12:0.2588202105835009):2.3437229095335965):4.668742625966409):1.5641167814749934,(13:4.611793669964399,14:4.611793669964399):4.223608857594101):5.3046447741284055,15:14.140047301686899):2.3659392004978557,((16:11.967520276656405,17:11.967520276656405):1.8161820946151703,18:13.783702371271575):2.722284130913186):1.0160146836347401,19:17.522001185819494):2.255125317061001,((20:9.56211009682293,(21:3.480924045920709,22:3.480924045920709):6.0811860509022):8.388747333893097,((23:6.088895791284315,(24:5.046345247306611,25:5.046345247306611):1.042550543977697):4.256781801305792,26:10.345677592590192):7.605179838125899):1.8262690721645036):1.528290685685004,(((27:0.801626288022895,28:0.801626288022895):4.2109001473898005,29:5.012526435412703):13.491706867542455,(30:12.981829865485501,31:12.981829865485501):5.522403437469556):2.801183885610449):1.4756772490923993):3.9362918697775946):9.589764035129999):5.153228511670804,32:41.460378854236595); 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TREE D13_Q_INSI_200_AllGaps_gb_ULN = [&R] (((1:10.296549716162144,2:10.296549716162144):2.983655689212558,3:13.280205405374701):13.1466382521313,((((4:1.0129424991398928,5:1.0129424991398928):4.15950268678051,6:5.172445185920502):12.741362265661497,(((((7:1.2795780806890704,8:1.2795780806890704):7.528187521750283,(9:1.7768050589979998,10:1.7768050589979998):7.030960543441293):0.68478512725261,(11:5.568337468268151,12:5.5683374682681475):3.924213261423951):1.5523277616015179,((((13:2.0057021049989503,14:2.0057021049989503):4.053079656026152,(15:4.7380217459016185,(16:4.1973205728793985,(17:2.249777323667402,(18:1.5428952187391154,19:1.5428952187391172):0.7068821049282832):1.9475432492119964):0.5407011730221276):1.3207600151235797):1.7726554925841,(((20:0.26408257979410976,21:0.26408257979410976):0.6218052576866953,22:0.885887837480805):1.8275242653090018,23:2.713412102789807):5.1180251508193955):0.6872209545939949,((24:1.4291627452928228,25:1.4291627452928228):3.542719739690872,(26:0.7944240443266466,27:0.7944240443266466):4.177458440657045):3.5467757232196053):2.5262202830902236):2.463043805010173,(((28:3.5345004994578577,29:3.534500499457854):3.858093509484605,(30:1.8920955244645103,31:1.8920955244645103):5.500498484477842):2.440080977554449,32:9.832674986497):3.6752473098069913):4.405885155278007):5.604555785014998,33:23.518363236597):2.908480420909001); 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TREE rrnL_FFT_INSI_1_ULN_cons_complete = [&R] ((1:40.274151975666,(((2:18.680965010239287,((3:0.8514229310620749,4:0.8514229310620749):15.11069800023142,5:15.962120931293502):2.7188440789457857):7.779014987387203,((((6:9.553069215739391,7:9.553069215739391):4.550835246674616,((((8:0.27905621034883765,9:0.27905621034883055):0.37108182126905476,10:0.6501380316178924):0.8773511389966089,11:1.5274891706144942):5.6801737685036,(12:2.2414579574690165,13:2.2414579574690165):4.9662049816489855):6.8962415232960055):6.541713695263294,((14:15.258224528751098,((15:2.558018301706994,16:2.558018301706994):5.148298484323995,17:7.7063167860309925):7.551907742720209):3.8179904210267086,(((18:10.708460040677245,(19:6.874686256636714,(20:4.964023175770798,21:4.964023175770798):1.9106630808659162):3.833773784040538):3.6169303870604566,((22:3.3877621011654035,23:3.3877621011654035):5.929479304805955,(24:0.35626383146860974,25:0.35626383146860974):8.960977574502841):5.00814902176635):2.950951025821695,26:17.276341453559297):1.7998734962185097):1.5694032078993878):2.284206730294901,(27:18.940240900152702,(28:11.04664967966611,29:11.04664967966611):7.893591220486684):3.989583987819401):3.5301551096543022):8.530221099468505,(30:17.848088431915997,31:17.848088431915997):17.142112665179006):5.283950878570998):18.491245316806996,(32:39.76184060352791,(33:35.9910783972685,34:35.9910783972685):3.7707622062594055):19.00355668894509); 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TREE rrnL_FFT_INSI_1_ULN_cons_Allgaps = [&R] ((1:40.274151975666,(((2:18.680965010239287,((3:0.8514229310620749,4:0.8514229310620749):15.11069800023142,5:15.962120931293502):2.7188440789457857):7.779014987387203,((((6:9.553069215739391,7:9.553069215739391):4.550835246674616,((((8:0.27905621034883765,9:0.27905621034883055):0.37108182126905476,10:0.6501380316178924):0.8773511389966089,11:1.5274891706144942):5.6801737685036,(12:2.2414579574690165,13:2.2414579574690165):4.9662049816489855):6.8962415232960055):6.541713695263294,((14:15.258224528751098,((15:2.558018301706994,16:2.558018301706994):5.148298484323995,17:7.7063167860309925):7.551907742720209):3.8179904210267086,(((18:10.708460040677245,(19:6.874686256636714,(20:4.964023175770798,21:4.964023175770798):1.9106630808659162):3.833773784040538):3.6169303870604566,((22:3.3877621011654035,23:3.3877621011654035):5.929479304805955,(24:0.35626383146860974,25:0.35626383146860974):8.960977574502841):5.00814902176635):2.950951025821695,26:17.276341453559297):1.7998734962185097):1.5694032078993878):2.284206730294901,(27:18.940240900152702,(28:11.04664967966611,29:11.04664967966611):7.893591220486684):3.989583987819401):3.5301551096543022):8.530221099468505,(30:17.848088431915997,31:17.848088431915997):17.142112665179006):5.283950878570998):18.491245316806996,(32:39.76184060352791,(33:35.9910783972685,34:35.9910783972685):3.7707622062594055):19.00355668894509); 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