#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 10:31 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Terry R.G., Bartel J.A., & Adams R.P. 2012. Phylogenetic relationships among the New World cypresses (Hesperocyparis; Cupressaceae): evidence from noncoding chloroplast DNA sequences. Plant Systematics and Evolution, 298: 1987-2000. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12614] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=24; TAXLABELS Callitropsis_nootkatensis Cupressus_atlantica Cupressus_dupreziana Cupressus_sempervirens Hesperocyparis_abramsiana Hesperocyparis_arizonica Hesperocyparis_bakeri Hesperocyparis_benthamii Hesperocyparis_forbesii Hesperocyparis_glabra Hesperocyparis_goveniana Hesperocyparis_guadalupensis Hesperocyparis_lusitanica Hesperocyparis_macnabiana Hesperocyparis_macrocarpa Hesperocyparis_montana Hesperocyparis_nevadensis Hesperocyparis_pigmaea Hesperocyparis_sargentii Hesperocyparis_stephensonii Juniperus_grandis Juniperus_occidentalis Juniperus_osteosperma Xanthocyparis_vietnamensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M15281] TITLE NWCypress_Matrix_DNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=14799; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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Cupressus_atlantica 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Cupressus_dupreziana 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Cupressus_sempervirens 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Hesperocyparis_abramsiana 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Hesperocyparis_arizonica 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Hesperocyparis_bakeri 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Hesperocyparis_benthamii 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Hesperocyparis_forbesii 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Hesperocyparis_glabra 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Hesperocyparis_goveniana 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Hesperocyparis_guadalupensis 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Hesperocyparis_lusitanica 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Hesperocyparis_macnabiana 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Hesperocyparis_macrocarpa 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Hesperocyparis_montana 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Hesperocyparis_nevadensis 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Hesperocyparis_pigmaea 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Hesperocyparis_sargentii 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Hesperocyparis_stephensonii 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Hesperocyparis_forbesii 00111100011?0110010101001?0001101111010001??0?101?1011101101011010110100100111111?10110011011010100011110110110001101001001???101001101001???101?0010?00111001??10?00?11111011010001?010101101?10111110010011000010???0010111010111001 Hesperocyparis_glabra 0011110001110110010101001?0001101111010001??0?101?1011101101111010110?10101111111?01111101011010000011110110110001101001001???101001101001???101?0010?00111001??10?00?11111011010001?010101101?101111100100110000001??0010111010111001 Hesperocyparis_goveniana 001111000111111001010100000001101111010001??0?101?1011101101111110110100101111111?11111111011010000011110110110001101001101???101001101001???101?0010?00111001??10?00?111110110100000010101101?101111100100110000001??1000011010101001 Hesperocyparis_guadalupensis 001111000????110010101001?0001101111010001????101?1011101101111110110100101111111?11111111011010000011110110110001101001001???101001101001???101?0010?00111001??10?00?11111011010001?010101?01?1011111001001100000001????????????????? Hesperocyparis_lusitanica 0011110001110110010101001?0001101110010001??0?101?1011101101111110110100101111111?11111111011010000011110110110001101001001???101001101001???101?0010?00111001??10?00?11111011010001?010101?11?101111100100110000001??0010111010111001 Hesperocyparis_macnabiana 0001110001110110010101001?0001101111000001??0?101?1011101101111110110100101111111?11111111011010000011110110110001101001001???101001101001???101?0010?00111001??10?00?111110110100000010100?01?101111100100110000000011010111010111001 Hesperocyparis_macrocarpa ????????????????????????????011011110100001?0?101?1011101101111110110100101111111?11111111011010000011110110110001101001001???101001101001???101?0010?00111001??10?00?11?110110100000010101?01?101111100100110000000011010111010111001 Hesperocyparis_montana 0011110001110110010101001?0001101111010001??0?101?1011101101111110110100101111111?11011111011010000011110110110001100001001???101001101001???101?0110?00111001??10?00?11111011010001?010101001?1011111001001100000001?0010111010111001 Hesperocyparis_nevadensis 001111000111011001010100000001101111010001??1000000011000101111110110100100011011?11100111011011100011110111110001101001001???101001101001???101?0010?00111001??10?00?111110110100000010101101?101111100100110000001?????????????????? Hesperocyparis_pigmaea 00011100011??110010101001?00???001110100001?0?101?1011101101111110110100101111111?111111110110100000111101101100?1101001001???1010011010001??101?0010?00111001??10?00?11?110110100000010101101?10111110010011000010??????????????????? Hesperocyparis_sargentii 001111000111011001010100010001101111010001??0?101?1011101100111110010000001111111?11111110010010100011110110110001101001011???101001101001???101?0010?00111001??10?00?111110110100000010101101?101111100100110000001??1010111010111001 Hesperocyparis_stephensonii 0011110001110110010101001?0001101111010001??0?101?1011101101111100100100101111111?1111111101101000001111011011000111?001001???101001101001???101?0010?00111001??10?00?11111011010001?010101101?10111110010011000010???0010111010111001 Juniperus_grandis ?1?1111010100101111100100100????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????00000011011000000000101011??1?00010110???1??0000111001100100?0000011001010000110?0110100000000???????????????? Juniperus_occidentalis ?1?111100010010111110010010000101001010111??0101110111100011101110110??111?1100000111111111?11?000011010010001111100110100000011011000000000101011??1?00010111???1??1000111001100100?0000011001011000110?011011?0000000011?10111010100 Juniperus_osteosperma ?1?11110100001011111001001001?101001010111??0100110111100011101110110??111?1100000111111111?11?0000110100100011?11001?0100000011011000000000001011??1?000101100000?11000011001100100?0000011001011000110?01101010000000011?10111010100 Xanthocyparis_vietnamensis 10?111000111011001110101??0001101111010100010?101?1111101111111110110100101111111?111111111?11?000101101001?110001101001001???101011101001???111?0010?00111111000010100110101100001??010101?01?101110000000110000?1???0010111010111001 ; END; BEGIN TREES; TITLE Results; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Callitropsis_nootkatensis, 2 Cupressus_atlantica, 3 Cupressus_dupreziana, 4 Cupressus_sempervirens, 5 Hesperocyparis_abramsiana, 6 Hesperocyparis_arizonica, 7 Hesperocyparis_bakeri, 8 Hesperocyparis_benthamii, 9 Hesperocyparis_forbesii, 10 Hesperocyparis_glabra, 11 Hesperocyparis_goveniana, 12 Hesperocyparis_guadalupensis, 13 Hesperocyparis_lusitanica, 14 Hesperocyparis_macnabiana, 15 Hesperocyparis_macrocarpa, 16 Hesperocyparis_montana, 17 Hesperocyparis_nevadensis, 18 Hesperocyparis_pigmaea, 19 Hesperocyparis_sargentii, 20 Hesperocyparis_stephensonii, 21 Juniperus_grandis, 22 Juniperus_occidentalis, 23 Juniperus_osteosperma, 24 Xanthocyparis_vietnamensis; TREE Fig._1 = [&R] ((((((6:0.00130608645381482,(13:1.439583693491981E-4,((20:0.0011569597404707049,(10:7.632422694843615E-4,9:5.447506901842857E-4,12:1.7035764555826502E-4):7.341295046440382E-5):7.316397998376503E-5,(8:7.628471541806618E-4,16:7.159765514060743E-4):7.829775208333998E-5):7.309803571634419E-5):1.4117470966701717E-4):0.0010315672165930035,(14:0.0011526125223438304,(((5:8.180450617884691E-4,11:0.0014285103628124164):1.039315670090112E-4,(15:6.961456765899062E-4,18:2.6574339091085114E-4):2.1308567891470902E-4):1.9493811763888932E-4,(19:7.740279689860643E-4,17:0.0014867621951314487):2.1182871100667344E-4):3.262561675979513E-4):9.161609677524064E-5):0.002402698490183924,7:0.0032982901766180255):0.0033013762762625497,1:0.001722293512763178):5.002434488664216E-4,24:0.003270840222394544):0.0039980059641001745,((22:0.002136398847706689,(23:9.1740734317035E-7,21:9.1740734317035E-7):0.0010584207240540715):0.016696483500964324,((3:8.116524257963905E-5,2:4.2540037021601885E-4):0.0019006320302489106,4:0.002348737654571821):0.014440775432039145):0.0039980059641001745); TREE Fig._2 = [&R] (22:0.002122979066941038,(((1:0.001933091925583222,(7:0.003727268056898971,(((15:6.452478216272552E-4,18:5.759022045167499E-4):3.528286756370081E-4,((5:8.458622834336365E-4,11:0.001530497538986826):1.19366967820528E-4,(17:0.002297416270642949,19:0.001218291997847742):3.842157978896751E-4):2.864802749706674E-4):3.28294624906234E-4,(((((((10:0.001011166801244102,9:0.001053456286010615):1.120428796215649E-4,12:1.948938711097333E-4):1.090836057927502E-4,20:0.001291114909676053):1.065610875879734E-4,(8:6.808504111525246E-4,16:9.658191424615662E-4):1.226487306170004E-4):1.308971083724682E-4,13:3.82890774300266E-4):1.698173695268082E-4,6:0.001460851731766833):0.001255562123812725,14:0.001317191520263862):1.654702990738577E-4):0.002821094031466609):0.004074365356109072):5.535062451907308E-4,24:0.003417591842995768):0.008822118843896769,((2:5.174099616883298E-4,3:3.073408771102564E-4):0.002271100199396507,4:0.00247041781403071):0.01566440834571354):0.01885867876660785,(21:4.039563170723355E-4,23:6.922510156242148E-4):8.558254674547811E-4); END;