#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 22:23 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ryall K., Whitton J., Schofield W., Ellis S., & Shaw A. 2004. Molecular Phylogenetic Study of Infraspecific Variation in the Moss Isothecium myosuroides (Brachytheciaceae). Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1261] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=40; TAXLABELS Hypnum_sp._1ena Hypnum_sp._33m Isothecium_alopecuroides Isothecium_myosuroides_10ena Isothecium_myosuroides_27m Isothecium_myosuroides_28m Isothecium_myosuroides_29m Isothecium_myosuroides_2ena Isothecium_myosuroides_3ena Isothecium_myosuroides_5ena Isothecium_myosuroides_6ena Isothecium_myosuroides_7ena Isothecium_myosuroides_8ena Isothecium_myosuroides_9ena Isothecium_stoloniferum_11j Isothecium_stoloniferum_12j Isothecium_stoloniferum_13j Isothecium_stoloniferum_14o Isothecium_stoloniferum_15o Isothecium_stoloniferum_16o Isothecium_stoloniferum_17o Isothecium_stoloniferum_18o Isothecium_stoloniferum_19o Isothecium_stoloniferum_20j Isothecium_stoloniferum_21c Isothecium_stoloniferum_23c Isothecium_stoloniferum_24p Isothecium_stoloniferum_36p Isothecium_stoloniferum_37p Isothecium_stoloniferum_38p Isothecium_stoloniferum_39p Isothecium_stoloniferum_A2 Isothecium_stoloniferum_C2 Isothecium_stoloniferum_C3 Isothecium_stoloniferum_C4 Isothecium_stoloniferum_J2 Isothecium_stoloniferum_P2 Isothecium_stoloniferum_SS7 Isothecium_stoloniferum_ordpg Isothecium_stoloniferum_pinrf ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1302] TITLE 'Appendix 1 trnL-trnF and trnG'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=957; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Isothecium_stoloniferum_C3 CGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTTTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGGATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATCATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATAGCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTTTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTCTATTCTTG{CT}CATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTAAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACAAA Isothecium_stoloniferum_C4 CGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTTTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGGATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATCATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATAGCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTTTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTCTATTCTTGTCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTAAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACAAA Isothecium_stoloniferum_J2 CGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTCTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGGATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATTATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATACCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTGTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAAGTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTCTATTCTTGTCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTGAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACCAA Isothecium_stoloniferum_P2 CGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTTTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGGATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATCATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATAGCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTTTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTCTATTCTTGTCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTAAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACAAA Isothecium_stoloniferum_SS7 CGTTAGTA?AAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTCTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGAATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATTATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATACCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTGTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTCTATTCTTGTCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTGAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTACCCAA Isothecium_stoloniferum_ordpg CGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTCTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGAATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATTATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATACCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTGTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTCTATTCTTGTCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTGAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACCAA Isothecium_stoloniferum_pinrf CAATACAC?AAAAACTTACTAAATGCTAGCTTT?AGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTTTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGGATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATCATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATAGCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTTTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTG{AC}TTTTCTATTCTTG{CT}CATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTAAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACAAA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Appendix 1 trnL-trnF and trnG') = N: 1-957; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Appendix 1 trnL-trnF and trnG') = N: 1-957; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7103; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Hypnum_sp._1ena, 2 Hypnum_sp._33m, 3 Isothecium_alopecuroides, 4 Isothecium_myosuroides_10ena, 5 Isothecium_myosuroides_27m, 6 Isothecium_myosuroides_28m, 7 Isothecium_myosuroides_29m, 8 Isothecium_myosuroides_2ena, 9 Isothecium_myosuroides_3ena, 10 Isothecium_myosuroides_5ena, 11 Isothecium_myosuroides_6ena, 12 Isothecium_myosuroides_7ena, 13 Isothecium_myosuroides_8ena, 14 Isothecium_myosuroides_9ena, 15 Isothecium_stoloniferum_11j, 16 Isothecium_stoloniferum_12j, 17 Isothecium_stoloniferum_13j, 18 Isothecium_stoloniferum_14o, 19 Isothecium_stoloniferum_15o, 20 Isothecium_stoloniferum_16o, 21 Isothecium_stoloniferum_17o, 22 Isothecium_stoloniferum_18o, 23 Isothecium_stoloniferum_19o, 24 Isothecium_stoloniferum_20j, 25 Isothecium_stoloniferum_21c, 26 Isothecium_stoloniferum_23c, 27 Isothecium_stoloniferum_24p, 28 Isothecium_stoloniferum_36p, 29 Isothecium_stoloniferum_37p, 30 Isothecium_stoloniferum_38p, 31 Isothecium_stoloniferum_39p, 32 Isothecium_stoloniferum_A2, 33 Isothecium_stoloniferum_C2, 34 Isothecium_stoloniferum_C3, 35 Isothecium_stoloniferum_C4, 36 Isothecium_stoloniferum_J2, 37 Isothecium_stoloniferum_ordpg, 38 Isothecium_stoloniferum_P2, 39 Isothecium_stoloniferum_pinrf, 40 Isothecium_stoloniferum_SS7; TREE MP_con = [&R] (((((4,5,(6,10,11,13),7,8,9,12,14),25,26,27,28,29,30,31,33,34,35,38,39),((15,18,20,21,23,32,40,37),(16,17,24,36))),19,22,3),(1,2)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7102; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Hypnum_sp._1ena, 2 Hypnum_sp._33m, 3 Isothecium_alopecuroides, 4 Isothecium_myosuroides_10ena, 5 Isothecium_myosuroides_27m, 6 Isothecium_myosuroides_28m, 7 Isothecium_myosuroides_29m, 8 Isothecium_myosuroides_2ena, 9 Isothecium_myosuroides_3ena, 10 Isothecium_myosuroides_5ena, 11 Isothecium_myosuroides_6ena, 12 Isothecium_myosuroides_7ena, 13 Isothecium_myosuroides_8ena, 14 Isothecium_myosuroides_9ena, 15 Isothecium_stoloniferum_11j, 16 Isothecium_stoloniferum_12j, 17 Isothecium_stoloniferum_13j, 18 Isothecium_stoloniferum_14o, 19 Isothecium_stoloniferum_15o, 20 Isothecium_stoloniferum_16o, 21 Isothecium_stoloniferum_17o, 22 Isothecium_stoloniferum_18o, 23 Isothecium_stoloniferum_19o, 24 Isothecium_stoloniferum_20j, 25 Isothecium_stoloniferum_21c, 26 Isothecium_stoloniferum_23c, 27 Isothecium_stoloniferum_24p, 28 Isothecium_stoloniferum_36p, 29 Isothecium_stoloniferum_37p, 30 Isothecium_stoloniferum_38p, 31 Isothecium_stoloniferum_39p, 32 Isothecium_stoloniferum_A2, 33 Isothecium_stoloniferum_C2, 34 Isothecium_stoloniferum_C3, 35 Isothecium_stoloniferum_C4, 36 Isothecium_stoloniferum_J2, 37 Isothecium_stoloniferum_ordpg, 38 Isothecium_stoloniferum_P2, 39 Isothecium_stoloniferum_pinrf, 40 Isothecium_stoloniferum_SS7; TREE Fig._1 = [&R] (((((((((((((4,(14,(5,9))),(12,(10,(13,(6,11))))),8),7)Isothecium_myosuroides,34),(38,(27,(35,(30,(39,(29,31))))))),25),26),28),33),((15,(40,(20,(23,(37,(21,(18,32))))))),((16,24),(17,36)))),(3,(19,22))),(1,2)); END;