#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 9:55 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Anker A., & Baeza J. 2012. Molecular and morphological phylogeny of hooded shrimps, genera Betaeus and Betaeopsis (Decapoda, Alpheidae): testing the Center of Origin biogeographic model and evolution of life history traits. Molecular Phylogenetics and Evolution, 64: 401-415. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12658] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=16; TAXLABELS Betaeopsis_aequimanus Betaeus_australis Betaeus_cf_gracilis Betaeus_emarginatus Betaeus_ensenadensis Betaeus_granulimanus Betaeus_harfordi Betaeus_harrimani Betaeus_laevifrons Betaeus_lilianae Betaeus_longidactylus Betaeus_macginitae Betaeus_setosus Betaeus_truncatus Metabetaeus_sp. Nennalpheus_sp. ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M13583] TITLE Betaeus_16S_after_GBLOCKS; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=509; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Betaeopsis_aequimanus -----------------AGTCTGGCCTGCCCACTGAATTAAAGGGCTGCGGTAATTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATC{ACG}ATAGTCTTTTAATTGGAGGCTTGTATGAAAGGCTTGACAAGAAAATAACTGTCTATTTTATAAATTGAATTTAACCTTTGTGTGAAAAGGCATAAATAATTTAAGGGGACGATAAGACCCTATAAAACTTAATATTTATTGAAAATTAGTAGTAAATTAAAAAGAACTAATTATTTTGCTGGGGAGGTAGAGATATAATAAAATAGCTGTCTTTAAATAAAATAATTATAATTAGATGATCCATTGTTGTTGATTATAAGTTCAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTAATTTCTTTTGAGAGTTCTTATCGACAATGATAGTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAAATTACTTCTGGGAGCAGGCATCTAGAAGTGAGTCTGTTCGACTTTTAT-AATTTTACATGATTTGAGTTCAAACCGGTGTGAG Betaeus_australis 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-------------------------------------------------------TTGACCGTG---AGGTAGCATAATCAATAGTCTTTTAATTGGAGGCTGGAATGAATGGTTGGACAAAAAGGTATCTGTCTCATTTTAAATTTGAATTTGATTGTTATGTGAAAAAGCATAGATGTTTTAAAGGGACGAGAAGACCCTATAAAACTTCATATTTTTTTAGGAGAAAAATTAAATTAATTAAAAGTTAGTATTTAGTTGGGGTGATTGAGATATAATTAATTAACTGTCTGTATATTTAATAAGTATAATTAGATGACCTTAAATTTTAGGTTATAAGTTAAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTAATATTTCTTGAGAGTTCATATCGAAAGAAGTGTTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAAATTTCTTCTAGGGGTAGTGGTTTAGGAGAAGGTCTGTTCGACCTTTAA-AATTTTACATGATTTGAGTTCAAACCGGTGTGAG Nennalpheus_sp. GTCCTTAGGG-GTGTAAGGTCTGGCCTGCCCACTGATTTAAAGGGCCGCGGTATATTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATCAGTAGTCTTTTAATTGGAGGCTTGAATGAATGGTCGGACGTAAGGAAAACTGTCTTTACTAGGTGTTGAAATTGACTTTTATGTGAAAAGGCATGAATAGGTTAGGGGGACGATAAGACCCTATAAAACTTTATATTGGTTGGGTTTTAATATTAGGTTAACTGAATTTGGGTATTTTATTGGGGCGATAGAGATATAATTAAATAACTGTCTTAAAGTGGAATAATAATAGTTAGAGGATCCTGAAGTTTAGGGTTAAAGTTCAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTCTCTTGAGAGTTCATATCGACAGAGATAGTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAAATTACTTTTAGGAGCAGATATTTAATAGTGGGTCTGTTCGACCTTTAA-AATTTTACATGATTTGAGTTCAAACCGGTGTGAG ; END; BEGIN TREES; TITLE NJ_Result; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Nennalpheus_sp., 2 Metabetaeus_sp., 3 Betaeopsis_aequimanus, 4 Betaeus_australis, 5 Betaeus_lilianae, 6 Betaeus_granulimanus, 7 Betaeus_emarginatus, 8 Betaeus_truncatus, 9 Betaeus_setosus, 10 Betaeus_cf_gracilis, 11 Betaeus_harfordi, 12 Betaeus_macginitae, 13 Betaeus_ensenadensis, 14 Betaeus_laevifrons, 15 Betaeus_harrimani, 16 Betaeus_longidactylus; TREE NJ = [&R] (1:0.232292,2:0.289665,(3:0.130362,((4:0.133655,((8:0.090514,((13:0.07328,14:0.045652):0.010565,(15:0.028136,16:0.03145):0.032333):0.035822):0.02737,((9:0.0,10:0.00208):0.030329,(11:0.006671,12:0.008841):0.045564):0.036894):0.048492):0.026949,(5:0.124385,(6:0.08308,7:0.063988):0.0):0.022991):0.08242):0.115748); END;