#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 21:47 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Guillon J. 2004. Phylogeny of horsetails (Equisetum) based on chloroplast rps4 gene and adjacent noncoding sequences. Systematic Botany, 29: 251-259. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1275] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=20; TAXLABELS Angiopteris_evecta Danaea_elliptica Equisetum_arvense Equisetum_bogotense Equisetum_diffusum Equisetum_fluviatile Equisetum_giganteum Equisetum_hyemale Equisetum_laevigatum Equisetum_myriochaetum Equisetum_palustre Equisetum_pratense Equisetum_ramosissimum Equisetum_scirpoides Equisetum_sylvaticum Equisetum_telmateia Equisetum_variegatum Ophioglossum_reticulatum Pteris_plumula Salvinia_molesta ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=15; TAXLABELS Equisetum_arvense Equisetum_bogotense Equisetum_diffusum Equisetum_fluviatile Equisetum_giganteum Equisetum_hyemale Equisetum_laevigatum Equisetum_myriochaetum Equisetum_palustre Equisetum_pratense Equisetum_ramosissimum Equisetum_scirpoides Equisetum_sylvaticum Equisetum_telmateia Equisetum_variegatum ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=15; TAXLABELS Equisetum_arvense Equisetum_bogotense Equisetum_diffusum Equisetum_fluviatile Equisetum_giganteum Equisetum_hyemale Equisetum_laevigatum Equisetum_myriochaetum Equisetum_palustre Equisetum_pratense Equisetum_ramosissimum Equisetum_scirpoides Equisetum_sylvaticum Equisetum_telmateia Equisetum_variegatum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M688] TITLE noncoding_rps4; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=308; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Equisetum_arvense TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTCACTCTTTAATTTAAGATGAAACTAATTTGTTATCTATTATTTCGTATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGATAACTATT-ACAATAGTCAGTTTAAAGATGTTATTAATATTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAGATAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTACATGAGGATCAAAAGGCTCTTCTTGATTTTATATAGTATCTACTATATAAAATCACC-TTTATTTATAAGTGCTTCTTTTTATATAAATAGTGAATACTCAAAAG Equisetum_bogotense TCGGTTCACTCCGATAGCTGGCTTCACTGTTTAACTTATAATTAAACTAATTTGTTATCTATTAATTCATATGCTAGCATTAGTATGATGCTAAAGGAGAAGTATTTACAAGAGTTAGTTTAAAAATGTTATTGCTATTTCATTCTTTAGATAAAAGTTTTCTATAGATAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAACAATTACACGAGAATAAAAGGATTCTTTTCGATTTTAGCTAGTATCTACTATCTAAAATCACTTATTATTTGGAAGTGATATT-TTTCTAGAAATAATAACTACTTAAAAA Equisetum_diffusum TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTCACTCTTTAATTTAAGATGAAACTAATTTGTTATCTATTATTTCGTATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGATAACTATT-ACAATAGTCAGTTTAAAGATGTTATTAATGTTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAGATAATTGATTAAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTACATGAGGATCAAAAGGCTCTTCTCGATTTTATATAGTAGATACTATATAAAATCACC-TTTATTTATAAGTGCTTCTTTTTATATAAATAGTGAATACTCAAAAG Equisetum_fluviatile TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTCACTCTTTAATTTAAGATGAAACTAATTTGTTATCTATTATTTCGTATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGATAACTATT-ACAATAGTCAGTTTAAAGATGTTATTAATGTTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAGATAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTACATGAGGAGCAAAAGGCTCTTCTCGATTTTATATAGTATCTACTATATAAAATCACC-TTTATTTATTAGTGCTTCTTTTTATATAAATAGTGAATACTCAAAAG Equisetum_giganteum ???????????????AGCCGGCTTCACTCTGTAATTAAAAATGAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGATAGCATTATTATGATGATAGAGAAGAACTATT-ACAATATTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTCCATGCTTTACATAAAAGTTTTCTATAGATAATTAATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAAGATTCGTTTCTCTTTTAGATAGTATCTACTATGTAAAATCACTTGTTAGTTCTAAGTGATTTTATTTATATCACTAATAAATATTTTAAAG Equisetum_hyemale TCGGTTCACTCCGATAGCCGGCTTCACTCTGTAATTAAATATGAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGATAGCATTATTATGATGATAGAGAAGAACTATT-ACAATATTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTTCATGCTTTACATAAAAATTTTCTATAGATAATTAATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAAGATTCGTCTCTCTTTTAGATAGTATCTACTATGTAAAATCACTTGTTACTTCTAAGTGATTTTATTTATACCACTAATAAATATTTTAAAG Equisetum_laevigatum TCGGTTCACTCCGATAGCCGGCTTCACTCTGTAATTAAATATGAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGATAGCATTATTATGATGATAGAGAAGAACTATT-ACAATATTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTTCATGCTTTACATAAAAGTTTTCTATAGATAATTAATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAGGATTCGTCTCTCTTTTAGATAGTATCTGCTATGTAAAATCACTTGTTAGTTCTAAGTGATTTTATTTATATCACTAATAAATATTTTAAAG Equisetum_myriochaetum TCGGTTCACTCCGATAGCCGGCTTCACTCTGTAATTAAATATGAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGATAGCATTATTATGATGATAGAGAAGAACTATT-ACAATATTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTTCATGCTTTACATAAAAGTTTTCTATAGATAATTAATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAGGATTCGTCTCTCTTTTAGATAGTATCTGCTATGTAAAATCACTTGTTAGTTCTAAGTGATTTTATTTATATCACTAATAAATATTTTAAAG Equisetum_palustre TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTCACTCTTTAATTTAAGATAAAACTA-TTTGTTATCTATTATTTCGTATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGAGAACTATT-ACAATAGTCAGTTTAAAGATGTTATTAATGTTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAGATAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTACACAAGGATCAAAAGGCTCTTCTCGATTTTATATAGTATCTACTATATAAAATCACTGTTTATTTATAAGTGATTTTTTTTATATAAATAGTGAATACTCAAAAG Equisetum_pratense TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTCACTCTTTAATTTAAGATGAAACTAATTTGTTATCTATTATTTCATATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGAGAACTATT-ACAATAGTCAGTTTAAAGATGTTATTAATTTTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAGATAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTACACGAGGATCAAAGAGCTCTTCTCGATTTTAGATAGTATCTACTATGTAAAATTACTGATTTTTTAGAAGTGATTTTTTTTATAGAAATAGTGAATACTCAAAAG Equisetum_ramosissimum TCGGTTCACTCCGATAGCCGGCTTCACTCTGTAATTAAATATGAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGATAGCATTATTATGATGATAGAGAAGAACTATT-ACAATATTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTTCATGCTTTACATAAAAGTTTTCTATAGATAATTAATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAAGATTTGTCTCTCTTTTAGATAGTATCTACTATGTAAAATCACTTGTTAGTTCTAAGTGATTTTATTTATATCACTAATAAATATTTTAAAG Equisetum_scirpoides ????????????????GCTGGCTTCT?????TAATT??????GAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGAAGAACTATT-ACAATAGTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTTCATGCTTTACATAAAAGTTTTCTATAGATAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAAGATTCGTCTCTATTTTAGATAGTATCTACTATGTAAAATCACTTGTTATTTATAAGTGATTTTGTTTATATAAATAATAAATATTTTAAAG Equisetum_sylvaticum TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTCACTCTTTTATTTAAGATGAAACTAATCTGTTATCTATTATTTCGTATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGAGAACTATT-ACAATAATCAGTTTAAAGATGTTATTAATGTTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAAATAATTTATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTACATGAGGATCAAAGGGCTCTTCTCGATTTTAGATAGTATCTACTATATAAAATCACTGTTTTTTTATAAATGCTTTTTTTTAAATAAATAGTGAATATTCAAAAG Equisetum_telmateia TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTAACTCTTTAATTTAAGATGAAACTAATTTGTTATCTATTATTTCGTATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGAGAACTATT-ACAATAGTAAGTTTAAAGATGTTATTAATGTTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAGAAAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTAAACGAGGATCAAAGGGCTCTTCTCGATTTTAGAAAGTATCTATTCTATAAAATCACTTTTTTTTTATAAGCGATT-TTTTTATATAAATTGTGAATACTCAAAAG Equisetum_variegatum TCGG?TCACTCCGATAGCCGGCTTCACTCTGTAATTAAATATGAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGAAGAACTATT-ACAATATTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTTCATGCTTTACATAAAAGTTTTTTATAGATAATTAATTTAAAAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAAGATTCGTCTCTATTTTAGATAGTATCTACTATGTAAAATCACTTGTTAGTTCTAAGGGGTTTTGTTTATATCACTAATAAATATTTTAAAG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = noncoding_rps4) = N: 1-308; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = noncoding_rps4) = N: 1-308; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M687] TITLE rps4_Equisetum; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=624; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Angiopteris_evecta ?????????????????????CGTTTAAGACTAATTCGTCGTCTAAAAGATTTACCAGGACTTACTAATAAAACATTGAAATCGAAAAAAGCACAG????????????GATCAATCTGCCTCGAAAAAGATATCTCAATATTGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTGCGGTTTAACCATGGATTGACGGAGCGACAATTACTTAAATATGTTCGTATTGCTGGAAAAGCTAAGGGTTCAACAGGCCAGGTATTATTGCAATTACTAGAGATGCGTTTGGATAACATTCTCTTTCGACTAGGTATGTCTCCTACCATTCCCGCAGCTAGACAATTAGTTAACCATAGACATATCTTAGTCAATAATCGTCTAGTAGATATACCAAGTTATCGTTGCAAACCCAAAGATATTATTAGTGTA???????????????????????????????????????????AATCTTTGAATAAAGATCAAATACCGGAACATCTAACTTTTTCTTCATTGGAAGATAATAAACCTCAAGGATTTGTTAACAGAATAGTTACTCGTGACTCGATTGGTTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTGGAATATTATTCTCGCAAAGCTTGA Danaea_elliptica ?????????????????????CGTTTAAAGTTAATCCGTCGTCTAAAAGATTTACCAGGACTTACTACTAAAACATTGAAATCAAAGGAATCACAA??????????????????????????GAAAAAGATATCTCAATATTGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAGAGATTGCGATTTAACTATGGATTGACGGAGCGACAATTACTTAAATATGTTCGTATTGCTGGAAAAGCGAAAGGTTCGACAGGTCAAGTCTTATTGCAATTATTGGAGATGCGTCTAGATAACATTCTCTTTCGATTAGGTATGTCTCCTAGCATTCCCGCAGCTAGACAATTAGTTAACCATAGACATATCTTAGTTAACAATCGTCTAGTAGATATACCAAGTTATCGTTGCAAACCTAAAGATATTATTAATGTA???????????????????????????????????????????AATCTTTGAATAAAGATAAGATACCAGAACATCTAACTTTTTCTTTATTAGAAGATGATAAACCCCAAGGATTGGTTAATAAAATAGTTACTCGTGACTCGATTGGTTTGAATATAAATGAATTGTTAGTTGTAGAATATTATTCTCGTAAAGCTTAG Equisetum_arvense ATGTCCCGTTATCGAGGACCTCGTTTAAGGATAATACGTCGTTTGCGAAATTTACCAGGACTCACCAATAAATTAGTCGAATCAAAGAAAAATCAAGCAAGTGGGAATGATCAATCAAATCAGAAAAAAGTTTCACAGTATTGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTAGATGTGCTAAAGGATCCACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTATTTCGTCTAGGTGTTGTTCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATATACCAAGTTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATAGGAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTATTACTAAAAGAATAGAAGCTTTTGCTAAGGATCAGATACCTGATCACCTTACTTTATCGCTCTCTGAACAAAAAAAACCAAAAGGATTCGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAATGAATTGTTAGTTGTAGAATATTACTCCCGAAAAGCGTAG Equisetum_bogotense ATGTCCCGTTATCGAGGACCTCGTTTGAAAATAATACGTCGTTTGCGAAATTTACCAGGACTCACCAATAAGCTAGTCGAATCAAAGAAAAATCAAGCAAGCGGGAGTGATCAATCAATTCAGAAAAAAGTTTCTCAATATTGTATTCGTTTGGAAGCAAAACAAAGATTACGATTCAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTAGATGTGCTAAAGGATCGACTGGACAGATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTGTTTCGTCTAGGTGTTGTTCCTACTATCCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATGATCGTATTGTTGATGTACCAAGTTTTCATTGTAAACCTAAAGATATTATTACAATCGGAGCGCCTAAAATCTATCAATCCATTATTACTAAAAGAATAGAATCTTTTGCTAAGGATCAGATACCCGATCATCTTACTTTATCACTCTCCGAACCAAAAAAACCAAAAGGATTTGTTAATTACTTGATTAACCGTGAATCTATCGGTTTGAAGATAAATGAATTGTTAGTTGTAGAATATTACTCTCGAAAAGCGTAG Equisetum_diffusum ATGTCCCGTTATCGAGGACCTCGTTTAAGGATAATACGTCGTTTGCGAAATTTACCAGGACTCACCAATAAATTAGTCGAATCAAAGAAAAATCAAGCAAGTGGGAATGATCAATCAAATCAGAAAAAAGTTTCACAGTATTGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAAAGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTAGATGCGCTAAAGGATCCACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTATTTCGTCTAGGTTTTGTTCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATATACCAAGTTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATAGGAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTATTACTAAAAGAATAGAAGCTTTTGCTAAGGATCAGATACCTGATCACCTTACTTTATCGCTCTCTGAACAAAAAAAACCAAAAGGATTCGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAATGAATTGTTAGTTGTAGAATATTACTCCCGAAAAGCGTAG Equisetum_fluviatile ATGTCCCGTTATCGAGGACCTCGTTTAAGGATAATACGTCGTTTGCGAAATTTACCAGGACTCACCAATAAATTAGTCGAATCAAAGAAAAATCAAGCCAGTGGGAATGATCAATCAAATCAGAAAAAAGTTTCACAGTATTGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTAGATGCGCTAAAGGATCCACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTATTTCGTCTAGGTGTTGTTCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATATACCAAGTTTTCATTGTAAACCTAAAGATATTATTACAATAGGAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTATTACTAAAAGAATAGAAGCTTTTGCTAAGGATCAGATACCTGATCACCTTACTTTATCGCTTTCTGAACAAAAAAAACCAAAAGGATTCGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAATGAATTGTTAGTTGTAGAATATTACTCCCGAAAAGCGTAG Equisetum_giganteum ATGTCCCGTTATCGAGGTCCTCGTTTGAGGATAATACGTCGTTTGCAAAATTTACCAGGACTAACTAATAAGCTAGTCGAATCAAAAAAAAATAAAGTCAGCGGAAGTGATCAATCAATTCAGAAAAAAGTTTCCCAATATGGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTCGATGCGCTAAAGGATCCACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTGTTTCGTCTAGGTTTTGTCCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATGTACCAAGTTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATCGGAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTCTTAGTAAAAGAATAGAATCTTTTGCTAAGGATCAGATACCTGAGCATCTTACTTTATCGCTCTCTGAACCAAAAAAACCAAAAGGATTCGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAATGAATTATTAGTTGTAGAATATTATTCTCGAAAAGCGTAG Equisetum_hyemale ATGTCCCGTTATCGAGGTCCTCGTTTGAGGATAATACGTCGTTTGCAAAATTTACCAGGACTAACTAATAAGCTAGTCGAATCAAAAAAAAAGAAAGTCAGCGGAAGTGATCAATCAATTCAGAAAAAAGTTTCCCAATATGGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTCGATGCGCTAAAGGATCCACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTGTTTCGTCTAGGTTTTGTCCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATGTACCAAGTTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATCGAAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTCTTAGTAAAAGACTAGAATCTTTTGCTAAGGATCAGATACCTGAGCATCTTACTTTATCGCTCTCTGAACCAAAAAAACCAAAAGGATTCGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAATGAATTATTAGTTGTAGAATATTATTCTCGAAAAGCGTAG Equisetum_laevigatum ATGTCCCGTTATCGAGGTCCTCGTTTGAGGATAATACGTCGTTTGCAAAATTTACCAGGACTAACTAATAAGCTAGTCGAATCAAAAAAAAATAAAGTCAGTGGAAGTGATCAATCAATTCAGAAAAAAGTTTCCCAATATGGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTCGAGGCGCTAAAGGATCCACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTGTTTCGTCTAGGTTTTGTCCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATGTACCAAGTTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATCGGAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTCTTAGTAAAAGACTAGAATCTTTTGCTAAGGATCAGATACCTGAGCATCTTACTTTATCGCTCTCTGAACCAAAAAAACCAAAAGGATTCGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAACGAATTATTAGTTGTAGAATATTATTCTCGAAAAGCGTAG Equisetum_myriochaetum ATGTCCCGTTATCGAGGTCCTCGTTTGAGGATAATACGTCGTTTGCAAAATTTACCAGGACTAACTAATAAGCTAGTCGAATCAAAAAAAAATAAAGTCAGCGGAAGTGATCAATCAATTCAGAAAAAAGTTTCCCAATATGGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTCGAGGCGCTAAAGGATCCACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTGTTTCGTCTAGGTTTTGTCCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATGTACCAAGTTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATCGGAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTCTTAGTAAAAGACTAGAATCTTTTGCTAAGGATCAGATACCTGAGCATCTTACTTTATCGCTCTCTGAACCAAAAAAACCAAAAGGATTCGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAACGAATTATTAGTTGTAGAATATTATTCTCGAAAAGCGTAG Equisetum_palustre ATGTCCCGTTATCGAGGACCTCGTTTAAGGATAATACGTCGTTTGCGAAATTTACCAGGACTCACCAATAAGTTAATCGAATCAAAGAAAAATCAAGCAAGTGGGAGTGATCAATCAAATCAGAAAAAAGTTTCACAATATTGTATTCGTTTAGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTAGATGCGCTAAAGGATCAACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTGTTTCGTCTAGGTGTTGTTCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATATACCAAGTTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATAGGAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTATTACTAAAAGAATAGAATCTTTTGCTAAGGATCAGATACCTGATCATCTTACTTTATCACTCTCTGAACCAAAAAAACCAAAAGGATTCGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAATGAATTGTTAGTTGTAGAATATTACTCCCGAAAAGCGTAG Equisetum_pratense ATGTCCCGTTATCGAGGACCTCGTTTAAGGATAATACGTCGTTTGCGAAATTTACCAGGACTCACCAATAAGTTAGTGGAATCAAAGAAAAATCAAGTAAGTGGGAGTGATCAATCAAATCAGAAAAAAGTTTCACAATATTGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTAGATGCGCTAAAGGATCAACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTGTTTCGTCTAGGTGTTGTCCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATATACCAAGTTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATAGGAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTATTACTAAAAGAATAGAATCTTTTGCTAAGGATCAGATACCTGATCATCTTACTTTATCGCTCTCTGAACCAAAAAAACCAAAAGGATTCGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAATGAATTGTTAGTTGTAGAATATTACTCCCGAAAAGCATAG Equisetum_ramosissimum ATGTCCCGTTATCGAGGTCCTCGTTTGAGGATAATACGTCGTTTGCAAAATTTACCAGGACTAACTAATAAGCTAGTCGAATCAAAAAAAAAGAAAGTCAGCGGAAGTGATCAATCAATTCAGAAAAAAGTTTCCCAATATGGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTCGATGCGCTAAAGGATCCACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTGTTTCGTCTAGGTTTTGTCCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATGTACCAAGTTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATCGGAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTCTTAGTAAAAGACTAGAATCTTTTGCTAAGGATCAGATACCTGAGCATCTTACTTTATCGCTCTCTGAACCAAAAAAACCAAAAGGATTTGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAATGAATTATTAGTTGTAGAATATTATTCTCGAAAAGCGTAG Equisetum_scirpoides ATGTCCCGTTATCGAGGTCCTCGTTTGAGGATAATACGTCGTTTGCGAAATTTACCAGGACTCACCAATAAGCTAGTCGAATCAAAAAAAAATAAAGTCAGTGGGAGTGATCAATCAATTCAGAAAAAAGTTTCCCAATATTGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTAGATGTGCTAAAGGATCTACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTGTTTCGTCTAGGTGTTGTCCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATGTACCAAGTTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATCGGAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTCTTAGTAAAAGAATAGAATCTTTTGCTAAGGATCAGGTACCTGAGCATCTTACTTTATCGCTCTCTGAACCAAAAAAACCAAAAGGATTGGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGACGATAAATGAATTGTTAGTTGTAGAATATTACTCTCGAAAAGCGTAG Equisetum_sylvaticum ATGTCCCGTTATCGAGGACCTCGTTTAAGGATAATACGTCGTTTGCGAAATTTACCAGGACTCACCAATAAGTTAGTCGAATCAAAGAAAAATCAAGCAAGTGGGAGTGATCAATCAAATCAGAAAAAAGTTTCACAGTATTGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTAGATGCGCTAAAGGATCAACCGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTGTTTCGTCTAGGTGTTGTTCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATATACCAAGTTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATAGGAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTATTACTAAAAGAATAGAAGCTTTTGCTAAGGATCAGATACCTGATCATCTTACTTTATCGCTCTCTGAACCAAAAAAACCAAAAGGATTCGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAACGAATTGTTAGTTGTAGAATACTACTCCCGAAAAGCGTAG Equisetum_telmateia ATGTCCCGTTATCGAGGACCTCGTTTAAGGATAATACGTCGTTTGCGAAATTTACCAGGACTCACCAATAAGTTAGTCGAATCAAAGAAAAATCAAACAAGTGGGAGTGATCAATCAAATCAGAAAAAAGTTTCACAATATGGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTAGATGCGCTAAAGGATCAACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTGTTTCGTCTAGGTGTTGTCCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATATACCAAGCTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATAGGAGCACCTAAAACTTATCAATCCATTATTACTAAAAGAATAGAATCTTTTGCTAAGGACCAGATACCTGATCATCTTACTTTATCGCTCTCTGAACCAAAAAAACCAAAAGGACTCGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAATGAATTGTTAGTTGTAGAATATTACTCCCGAAAAGCGTAG Equisetum_variegatum ATGTCCCGTTATCGAGGTCCTCGTTTGAGGATAATACGTCGTTTGCAAAATTTACCAGGACTCACTAATAAGCTAGTCGAATCAAAAAAAAATAAAGTCAGTGGAAGTGATCAATCAATTCAGAAAAAAGTTTCCCAATATGGTATTCGTTTGGAAGCTAAACAAAGATTACGATTTAATTATGGATTAACAGAACGACAATTACTAAATTACGTACGTATTGCTAGATGCGCTAAAGGATCCACTGGACAAATATTATTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTTTGTTTCGTCTAGGTTTTGTCCCTACTATTCCTTCTGCAAGACAATTGATTAATCATAGACATATTCTAGTGAATAATCGTATTGTTGATGTACCTAGTTTTCATTGTAAACCCAAAGATATTATTACAATCGGATCACCTAAAACTTATCAATCCATTCTTACTAAAAGAATAGAATCTTTTGCTAAGGATCAGGTACCTGAGCATCTTACTTTATCGCTCTCTGAACCAAAAAAACCAAAAGGATTCGTTAATTACTTGATTAATCGTGAATCTATTGGTTTGAAGATAAATGAATTATTAGTTGTAGAATATTATTCTCGAAAAGCATAG Ophioglossum_reticulatum ???????????????????????????????TAATACGCCGTTTGGGAAACTTACCGGGACTAACGAAGAAGTCCCCGAAATCGGAAGGGA?????????????????GATCAACCCGTATCAAAGAAAATATCTCAATATTGTATTCGTCTGGAAGCTAAACAACGATTGCGTTTAAATTATGGATTGACAGAACGACAGTTACTCAAGTATGTTCGTATCGCCAGGAGGGCTAGAGGGTCGACGGGTCAGGTTTCATTGCAATTGCTCGAAATGCGTTTGGATAACATTATTTTTCGATTGGGTATGTCTCCCACCATTCCCGGAGCCAGACAATTAGTAAACCATAGACACATTCTAGTCAACGATCGTGTAGTGGATGTACCGAGCTACTGTTGCGGACCGAATGATATTATTACTGTT???????????????????????????????????????????AATCCTCCTATGAGAGTGAAATACCAAACCATTTAAGCCTATCTCTTTCAAAGTCTGATAAACTTAAAGGTTTTGTTAATCGAATAATTGATCGTGAATCCATAGGTTTGGAAGTAAATGAATTGCTAATTGTAGAATACTATTCTCGTCAAGCCTAG Pteris_plumula ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GACCAATCAGCTTCAAAGAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGAGGCCAAACAAAGATTACGTTTTAACTACGGATTGACAGAACGCCAATTACTCAAATATGTTCGTATCGCCAGAAAAACCAGGGGTTCAACAGGTCAGGTACCGCTGCAATTGCTTGAGATGCGTTTAGATAATATAATTTTTCGGTTAGGTATGGCTTCCACGATTCCCGCTGCCAGACAATTGGTTAATCATAGACATATTTTAGTGAACCATCGTATTGTGGATATACCAAGCTATCGATGTAAACCTAGAGATATTATTACTATT???????????????????????????????????????????AGTCTCCTGGAGGGGGCGGAATACCGGATCATTTGACCCTGTCTCTCTCGAAAAACGGTGAGCCGGCAGGTTTAGTAAATCATATGGCCAATCGAGAATCCG?CGACTTAGATATAAATGAAT?GGTAGTTGTTGAGTATTACTCTCGAAAGGCTTAA Salvinia_molesta ?????????????????????CGTTTGAAAGTTATACGTCGTCTTAAGAGTTTGCCGGGGCTTGCAGGTAAGATC?????????????????????????????????GATCAATCTACTCCCAAAAAGATTTCTCAGTTTTGTGTGCGGTTGGAAGCTAAACAGAGACTACGTTATAACTACGGATTGACAGAACGCCAATTGCTCCGATATGTCCGCATCGCTAGGAAGACTAAGGGTTCGACGGGGCAAGTATCATTGCAATTACTTGAGATGCGTCTAGACAATATTATTTTTCATTTAGGTATGGCCCCTACCATTCCTGCAGCTAGACAATCGGTCAATCACAGACACATCTTAGTAAACGATCGTATTGTGGATGTACCTAGTTATCGTTGCAAACCGAGAGATACTATTACTGTT???????????????????????????????????????????AGTCTTCTCGAGGTAACCTAATACCGGATCACCTAACTCTCTCTTTCTCGGAAGACAATAGACCGAGGGGATTGGTGAATCAAACAGCCACTCGAGAATCTATCGACTTGAATATAAACGAATTGTCAGTTGTCGAATACTATTCTCGCAAAGCTTAA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = rps4_Equisetum) = N: 1-624; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = rps4_Equisetum) = N: 1-624; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M686] TITLE variable_blocks; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=15; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX Equisetum_arvense CTGTTTTCTTGTTTT Equisetum_bogotense CGGTTCTGCTGTTTT Equisetum_diffusum CTGTTTTCTTGTTTT Equisetum_fluviatile CTGTTTTCTTGTTTT Equisetum_giganteum CTCTTTCTGTGTCCC Equisetum_hyemale CTCTTTCTGTGTCCC Equisetum_laevigatum CTCTTTCTGTGTCCC Equisetum_myriochaetum CTCTTTCTGTGTCCC Equisetum_palustre CTGGCTTCTTGCTTT Equisetum_pratense CTGCGTTCTTGTTTT Equisetum_ramosissimum CTCTTTCTGCGTCCC Equisetum_scirpoides CTCTTTCTGTGTCCC Equisetum_sylvaticum TTGTTTTCTTGTTTT Equisetum_telmateia GTGTTTTCTTGTTTT Equisetum_variegatum CTCTTTCTGTGTCCC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = variable_blocks) = N: 1-15; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = variable_blocks) = N: 1-15; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7138; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Equisetum_ramosissimum, 2 Equisetum_scirpoides, 3 Equisetum_giganteum, 4 Equisetum_myriochaetum, 5 Equisetum_laevigatum, 6 Equisetum_hyemale, 7 Equisetum_variegatum, 8 Equisetum_sylvaticum, 9 Equisetum_telmateia, 10 Equisetum_pratense, 11 Equisetum_palustre, 12 Equisetum_fluviatile, 13 Equisetum_diffusum, 14 Equisetum_arvense, 15 Equisetum_bogotense, 16 Angiopteris_evecta, 17 Danaea_elliptica, 18 Pteris_plumula, 19 Salvinia_molesta, 20 Ophioglossum_reticulatum; TREE Fig._4 = [&R] (20,(((19,18),(17,16)),(15,(((((14,13,12),8),11),10,9),((7,(((6,1),(5,4)),3)),2))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7139; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Equisetum_ramosissimum, 2 Equisetum_scirpoides, 3 Equisetum_giganteum, 4 Equisetum_myriochaetum, 5 Equisetum_laevigatum, 6 Equisetum_hyemale, 7 Equisetum_variegatum, 8 Equisetum_sylvaticum, 9 Equisetum_telmateia, 10 Equisetum_pratense, 11 Equisetum_palustre, 12 Equisetum_fluviatile, 13 Equisetum_diffusum, 14 Equisetum_arvense, 15 Equisetum_bogotense; TREE Fig._5 = [&R] (15,(((((14,13,12),11),9,8),10),((7,(6,(5,4),3,1)),2))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7137; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Equisetum_ramosissimum, 2 Equisetum_scirpoides, 3 Equisetum_giganteum, 4 Equisetum_myriochaetum, 5 Equisetum_laevigatum, 6 Equisetum_hyemale, 7 Equisetum_variegatum, 8 Equisetum_sylvaticum, 9 Equisetum_telmateia, 10 Equisetum_pratense, 11 Equisetum_palustre, 12 Equisetum_fluviatile, 13 Equisetum_diffusum, 14 Equisetum_arvense, 15 Equisetum_bogotense, 16 Angiopteris_evecta, 17 Danaea_elliptica, 18 Pteris_plumula, 19 Salvinia_molesta, 20 Ophioglossum_reticulatum; TREE Fig._3 = [&R] (20,(((19,18),(17,16)),(15,(((((14,13,12),8),11),10,9),((7,(((6,1),(5,4)),3)),2))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7140; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Equisetum_ramosissimum, 2 Equisetum_scirpoides, 3 Equisetum_giganteum, 4 Equisetum_bogotense, 5 Equisetum_myriochaetum, 6 Equisetum_laevigatum, 7 Equisetum_hyemale, 8 Equisetum_variegatum, 9 Equisetum_sylvaticum, 10 Equisetum_telmateia, 11 Equisetum_pratense, 12 Equisetum_palustre, 13 Equisetum_fluviatile, 14 Equisetum_diffusum, 15 Equisetum_arvense; TREE Fig_x = [&R] (15,(14,13,12,11,10,9,((8,7,6,5,3,1),2),4)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7136; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Equisetum_ramosissimum, 2 Equisetum_scirpoides, 3 Equisetum_giganteum, 4 Equisetum_myriochaetum, 5 Equisetum_laevigatum, 6 Equisetum_hyemale, 7 Equisetum_variegatum, 8 Equisetum_sylvaticum, 9 Equisetum_telmateia, 10 Equisetum_pratense, 11 Equisetum_palustre, 12 Equisetum_fluviatile, 13 Equisetum_diffusum, 14 Equisetum_arvense, 15 Equisetum_bogotense, 16 Angiopteris_evecta, 17 Danaea_elliptica, 18 Pteris_plumula, 19 Salvinia_molesta, 20 Ophioglossum_reticulatum; TREE Fig._2 = [&R] (20,(((19,18),(15,(((((14,13,12),8),11),10,9),((7,(((6,1),(5,4)),3)),2)))),(17,16))); END;