#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 1:33 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Tuovila H.S., Schmidt A., Beimforde C., Dã¶rfelt H., Grabenhorst H., & Rikkinen J. 2013. Stuck in time – a new Chaenothecopsis species with proliferating ascomata from Cunninghamia resin and its fossil ancestors in European amber. Fungal Diversity, 58(1): 199-213. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12780] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Caliciopsis_sp Chaenothecopsis_consociata Chaenothecopsis_debilis Chaenothecopsis_diabolica Chaenothecopsis_dolichocephala Chaenothecopsis_fennica Chaenothecopsis_golubkovae Chaenothecopsis_hunanensis Chaenothecopsis_khayensis Chaenothecopsis_montana Chaenothecopsis_nigripunctata Chaenothecopsis_pallida Chaenothecopsis_proliferatus Chaenothecopsis_pusiola Chaenothecopsis_resinophila Chaenothecopsis_sitchensis Chaenothecopsis_sp. Chaenothecopsis_tsugae Chaenothecopsis_vainioana Chaenothecopsis_viridireagens Mycocalicium_sequoiae Mycocalicium_subtile Phaeocalicium_polyporaeum Phaeocalicium_populneum Pyrgillus_javanicus Sphinctrina_leucopoda Sphinctrina_turbinata Stenocybe_pullatula ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M16015] TITLE 'Chaenothecopsis sp ITS1, 5.8SR, ITS2 and 28S, partial'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=980; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Chaenothecopsis_consociata TCGAGTGCTGGGTTCTCCGGAGCCCTCCCTCCCATCCCGTGTGTATTCTTGGTTGCTTCGGCGGACCCGGCCTCCCC--GGAGG-GACCCGCCGGAGATCACAAAACCCTATCGAAACAGTTGTCTGAAGCCAATATTGAAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCACCCCCTGGTATTCCGGGGGGTATGCCTGTTCGAGCGTCATTATCAGCCTTCAAGCACAGCTTGCGTTGGGTCCTCGTCCCCCTCAGGCGGACGTGCCCGGAATGCCGTGACAGCTCCGCCCCGTCTCCAGCGCAGTAAGATTTATCACCGCTCACGAGCCGGGGCTGGACAGCACCCCCTTTTCTCATGAAGAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCCTCCGGGGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGTTTCGGGTTCGGCTGCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCCTGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGGGACCGCCGGCCACGCCCATGTGAAACGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCCAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTGGCCACCAGACTTGGCTCCGGGTGCTCAACCGGCGTTTTCGCCGGCGCACTCGCCCGGAGACAGGCCAGCATCGGTTCGGCGG-CGGACAAAGGCCCCCGGAATGTAGCTCCCCACGGGGAGTGTTATAGCCGGGGGTGCAATGCGGTCCGCC-GGACCGAGGATCGCGCTTCGGCTCGGATGCTGGCGTAATGGTGGTCAGCGGCCCGT Chaenothecopsis_debilis 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Chaenothecopsis_diabolica CCGAGTTTTTGGGTCCTCGGGGCCTGATCTCCACCCTCATGTGTACCCCACGTTGCTTCGGTGG----------------AGGGCTCTCCACCGGAGGTCTAAAATTCTTCCGTACCGTGCCGTCTGAAGCGAATAAAACAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTATCACCCCTCAAGCGCGGCTTGCGTTGGGCCCCCGGTCCTGCCGGG---ACCCGCCTCAAAATCGGTGACGGTCGTGTTCGATCTCAAGCGCAGTCAGATTTGTCATCGCTTTGGGGTCGGGTCCGGTCAGCAACCCCTCTAAGGTTGAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCTTTCGGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGCTTCGGGTACGGCTGCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGGGACCGTCCGCCACGCCCGTGTGAAGCGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGTCCCCGGGTGTTCAACCGGCGTTCTCGCCGGTGCACTCGCCCGGGGCCAGGCCAGCATCAGCTCGGCGGCCGGACAAAGGCCCCTGGAATGTGGCTCCCTTCGGGGAGTGTTATAGCCAGGGGTGCAATGCGGCCCGCCCGGACTGAGGAA--------------------------------------------- Chaenothecopsis_dolichocephala 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Chaenothecopsis_fennica ATGAGTGTTAGGGTCCCTGGGGCCCGACCTCCCACCCCATGTGTATTCCTCGTTGCTTCGGCGGACCCCGTTACCC-GGGGAGTCGACCCGCCGGAGGCCACAAACTTCCAGAAACAGTGTCGTCTGACGCGAATCAAACAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTATCAACCCTCAAGCGCAGCTTGTGTTGGG-CCTCGTCCTCCCCCAGGGGACGTGCCTGAAATTTCGTGACGGCCCCGTCCGATCTCCAGTGCAGGAAGATTTATCATCGCTGATGAGTCGGGGCCGGATAGCCCCCATTATTCTATGGAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCCCTT-GGGGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGTTTCGGGTTCGGCTGCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTAGGACCGCCGGCCACGCCCATGTGAAACGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCCAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCCACCAGACTTGGATCCGGGTGTTCCGCCGGCGTTTTCGCCGGCGTACTCACTCGGGAACAGGCCAGCATCGGTTCGGCGGCTGGACAAAGGCCCCCGGAACGTAGCTTCCTTCGGGGAGTGTTATAGCCGGGGGTGCCATGCAGTCAGCCCGGACCGAGGATCGCGCTGCGGCACGGATGCTGGCGTAATGGTGGTAAGCGGCCCGT Chaenothecopsis_golubkovae 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Chaenothecopsis_hunanensis ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-------------??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTGACCGGATCGGCACCTTCTGTAAAGCTCCTTCGACCAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAACTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACTG?CGAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGTACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAATCAGACTTGGCCTCGGTTGTTCAACCGGTCTTTTGACCGGCCTATTCAATCGGGGGCAGGCCAGCATCAGTTTGGCGGCCGGATAAAGGCCTTGGGAATGTGGCTCTCCTCGGGGAGTGTTATAGCCCAGGGTGTAATACGGTCAGCCGGGACTGAGGTCCGCGCTTCGGCTAGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCG?CCCGT Chaenothecopsis_khayensis CTGAGTGTCTGAGTCCCCTGGACTCAACCTCCAACCCTTTGTGTATCCCATGTTGCTTCGGCGGAGACGGCTGTGCCCGCAAGGCTGCCCGCCGGAGGTTTCAAACTCTTTAGTACAGTGTTGTCTGAAGATAATAAAATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCAAAATGCGAAAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGTATTCCGGAGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTAACACCCCTCAAGCACAGCTTGTGTTGGG-CATTGTCAACCCCCGGCGTACGTGTCTGAAAAGCAGTGACGGTCGACTTCGATCTCTAGCGCAGTATGATCTATCACCGCTTCCGGATCGGAACCGGTCATTTCCCCTTTTTCTAAGGAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCTTTCGGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGCAGTTTCGGGTTCGGCCACGGTTTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGAGACCGCCGGCTTCGCCCATGTGAAACGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCAGGCAACCAGACTTGGTCTTGGGTGTTCACCCGGTGTTTTCACCGGGGCATTCGCCCTTGTTCAGGCCAGCATCGGTTCGGCGGTTGGATAAAGGCTCCTGGAATGTGGCTCTTCTTGAGGAGTGTTATAGCCAGGAGTGTCATACAACCCGTCTGGACCGAGGAACGCGCTTCGGCACGGATGCTGGCGTAATGGTTGTCTGCGGCCCGT Chaenothecopsis_montana 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Chaenothecopsis_nigripunctata 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Chaenothecopsis_proliferatus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AATAGCTCAAATTTGAAATCTGGCGTCTTTGGGCGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGAAGTTTCGGATTTGGCTCTAATCTAAGTCCCTTGGAACAGGGTGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGTGATTAGCTGCCTTTGCCATGTGAAACTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAATTGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAATCAGACCTGCTTGCAGTTGTTCATCTAGCTTTGGGCCTAGTGCATTCTTCTGAAGTCAGGCCAGTATCGGTTTGGCGGCTGGATAAAGAATTCAGGAATGTAGCTTCTCTCGGGAAGTGTTATAGCCTGTTTTGTAATGCAGCCAGCCTAGATCGAGGACCGCGCTTCGGCTAGGATACTGGCGTAATGGTTGTAAGCGGCCCGT Chaenothecopsis_pusiola TCGAGTGTGGGGCCCTCCGGGGCCCTCTCTCCCATCCCGTGTCTATCCTTGGTTGCTTCGGCGGACCCGGCCTCTCC--GGGGG-GACCCGCCGGAGATCCTACAAACCTTGAAACAGTGTCGTCTGAAGCGAATATCAAAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCACCCCCTGGTATTCCGGGGGGTATGCCTGTTCGAGCGTCATTATCAGCCCTCAAGCGCAGCTTGCGTTGGGTCGC-GTCCCCTCCAGGCGGACGTGCCCGGAATGTCGTGACAGCTCCGCCCCGTCTCCAGCGCAGTACGATTTATCACCGCT--CGAGCCGGCGCTGGTCGCCCCCCCCAACTTCTATGAACAGCTCAAATTTGAAATCCGACTTCTTTTGTGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGTTTCGGGTCCGGCAGCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGGGACCGTCCGCCACGCCCATGTGAAACGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACGTGCTTTTCGGTGTTCAACCGGCGTTCTCGCCGGTGCACTCGCCGGAAATCAGGCCAGCATCGGTTCGGCGGCCAGACAAAGACTTCTGGAATGTAGCTCCTCTCGGGGAGTGTTATAGCCAGGGGTGCAATGGGGCCCGTCGGGACCGAGGAACGCGCTTCGGCACGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGGCCCGT Chaenothecopsis_resinophila CTGAGTGTCTGAGTCCCCCGGACTCAACCTCCAACCCCTTGTATACTCCACGTTGCTTCGGTGGAGACGGTCGTTCCTTAGGGGCCGCCCGCCGAAGGTCTAAAACTCTGCAGTACAGTGTCGTCTGAAT--AATAAAACAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCAAAATGCGAAAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGTATTCCGGAGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTAACACCCCTCAAGCACAGCTTGTGTTGGGCG-TCGTCGACCTGGGCCAGACGTGCCTGAAAAGCAGTGACGGTCGGCTTTGACCCCTAGCGCAGTATGGTCTATCATCGCTTGTGGATTGAAACCGGTCATAACACAC????????????????????????????-------------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-------?????????????????????????????????????????????--------?????TAAATACCGGCCAGAGAC?GATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCA?GCAACCAGACTTGGTCCTAGGTGTTCACCTGGCGTTTTCGCCAGGGCATTCGCCTAGGTTCAGGCCAGCATCGGTTTGGCG?TTGGATAAAGGCCTCTGGAATGTGGCTCTCCTTGGGGAGTGTTATAGCC{AT}GAGGTGCCATACAGCCTGCCTGGACCGAGGAACGCGCTTCGGCACGGATGCTGGCGTAATGGTTGTCTGCGGCCCGT Chaenothecopsis_sitchensis ATGAGCGTTAGGGTCCTCGGGGCCCGACCTCCCACCCCATGTGTACGCCTTGTTGCTTCGGCGGACCCGGCTTCC---GGGGCGCGACCCGCCGGAGACCCCAAAACTCCTGAAACAGTGTCGTCTGAAGCGAATTAAACAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTATCAACCCTCAAGCTCGGCTTGTGTTGGGTCATCGTCCCCCTCCGGAGGACGTGCCCGAAAATCGGTGACGGCCCCGTCCGATCTCCAGTGCAGTAAGATTTATCACCGCTGACGAGCCGGGGCCGGACAGCCCCCCCCTTATTATGGAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCTGTCGGGGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGTTTCGGGTTCGGCTGCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGGGACCGCCGGCCACGCCCATGTGAAACGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAACGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGGCCCCGGGTGCTCAGGCGGCGTTTTCGCCGGTGCACTCGCCCGGGAACAGGCCAGCATCGGTTCGGCGGCCGGACAAAGGCCCCCGGAACGTAGCTTCCTTCGGGGAGTGTTATAGCCGGGGGTGCAATGCGGCCCGCCCGGACCGAGGATCGCGC---------------------------------------- Chaenothecopsis_sp. CCGAGCGTTCGGGTCCCTGGGGCCCAACCTCCAACCCTTTGTGTACCCCCAGTTGCTTCGGCGGTCCCGGTCCCGTCCGCGGGACCGCCCGTCGAAGGTCCTCAACTCTTTGTTCAATTGCAGTCTGAAGTGAAATAAACAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCAAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTAACACCCCTCAAGCCTGGCTTGTCATGG--CCTCGTCGTCCCGGGACCGACGGGGCTGAAAAGCAGTGACGGTCGGGTCCGACTCCAAGTGCAGTACGATTAATCACCGCTTTCGAGTCGGGTACGGTCGCCCCTTCGTCAA-TGTTGAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCCTTCGGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGCAGTTTCGGGTACGACCCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGGGACCGGTGGGCACGCCCATGTGAAACGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCAAGCAACCAGACTCGCTGCCGGGTGTTCAGCCGGGGTTTTCCCCGGTGCATTCGCCCGGTCTCGGGCCAGCATCGGTTCGGCGGCCAGATAAAGGCCTCAGGAATGTAGCTTCCCCTGGGAAGTGTTATAGCCTGGGGTGCCATGTGGCCCGCTCGGACCGAGGGACGCGCTTCGGCACGGATGCTGGCGTAATGGTTGT-TGCGG----- Chaenothecopsis_tsugae TCGAGTGTTTGGGGCCCCGGGGTCCTACCTCCCACCCTGTGATTACCCCACGTTGCTTCGGCGGGGAAGGACGTCTCTTCGTCCTCCCCCGCCGGAGGTCTCGAACTCTTAGGTACCGTGCCGTCTGAAGCGAATAATTAAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTATCACCCCTCAAGCACGGCTTGCGTTGGGCGCCGGTCTCCTGGGGGGGGACCCGCCTCGAAATCGGTGACGGCCCCGTCCGATCTTAAGCGCAGTCAGATTTATCACCGCTTCCAGGTCGGGGTCGGTCAGAAGAATC-----CCACGAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCTGTCGGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGCTTCGGGTACGGCTGCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGGGACCGCCTGCCACGCCCGTGTGAAGCGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCCAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGCCCCCGGGGGTTCCACCGGCGTTCTCGCCGGCTCACTCCCCCGGAGTCAGGCCAGCATCGGTTTGGTGGCCGGACAAAGGCCCCTGGAATGTAGCTCTCTTCGGGGAGTGTTATAGCCAGGGGTGCCATGCGGCCCACCCGGACCGAGGGACGCG????????????????????????????????????????? Chaenothecopsis_vainioana CTGAGTTCTGGGTCCTCCGGGGCCCGATCTCCCACCCTATGTTTACCCCATGTTGCTTCGGCGGACCCGGCCTGGCCCGGGTGGCGACCCGCCGGAGACCCAAAATTCGTCGAACAAATGTTGTCTGAAGCGAATGAAACAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTTAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTATCAACCCTCAAGCCCGGCTTGCGTTGAGCTTCCGTCTGCCCCGGGTGGACCGGCTCGAAAATCGGTGACGGCCCCGGCCAGTCTCCAGCGCAGTACGATTTATCACCGCTGACGAGCTTGCGCCGGACAGCCCACCCTATTTCTATGAACAGCTCAAATTTGAAATCTGG-CTCCTTCGGGGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGTTTCGGGTTCGGCTGCAGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGGGACTGCCGGCCACGCCCATGTGAAACGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGGCCCCGGGTGCTCAGGCGGCGTTCTCGCCGTCGCACTCGCCCGGGGACAGGCCAGCATCGGTTCGGCGGCCGGACAAAGGCTCCCGGAATGTAGCTTCCTTCGGGGAGTGTTATAGCCGGGGGTGCAATGCGGCCCGCCTGGACCGAGGAACGCGCTTCGGCCCGGATGCTGGCGTAATGGTTGCAAGCGGCCCGT Chaenothecopsis_viridireagens -------------TCTCCGGAGCCCTCTCTCCCATCCCG?GC?TATTCTTGGTTGCTTCGGCGGCCCAGGTTCTCTCCGG?AGG--ACCCGTGGGAGATCATAAAATCTTCAAAACAGGGTTGTCTGAAGTGAATATTGAAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCA?C?AAATGCGATAAATAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCACCCCCTGGTATTCCGGGGGGTATGCCTGTTCGAGCGTCATTATCAACCCTCAAGCACAGCTTGCGTTGGGTCCTCGTCCCCTTCAGGCGGACGTGCCCGGAATGCC?TGACAGCTCCGCCCCGTCTCCAGCGCAGTAAGATTTATCACCG{CG}T---GAGTCGGGGCTGGACA?CCCCCCCCTTA?GATTGAAGAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCCTTCGGGGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGTTTCGGGTTCGGCTGCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCCTGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGGGACCGCCGGCCACGCCCATGTGAAACGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCCAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTGGCCACCAGACTTGGCTCCGGGTGCTCAACCGGCGTTTTCGCCGGTGCACTCGCCCGGAAACAGGCCAGCATCGGTTCGGCGGCCGGACAAAGGTCCCCGGAATGTAGCTTCCCCCGGGGAGTGTTATAGCCGGGGGCGCAATGCGGTCCGCCTGGACCGAGGATCGCGCTTCGGCTCGGATGCTGGCGTAATGGTGGTCAGCG?----- Mycocalicium_sequoiae ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCTTTCGGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGCTTCGGGTTCGGCCACGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGGGACCGCCGGCCACGCCCGTGTGAAGCGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCCACCAGACTTGCTCCCGGGTGTTCAGCCGGCGTTCTCGCCGGTGCATTCGCCCGGGGTCAGGCCAGCATCGGTTCAGCGGCCGGATAAAGGCCCCCGGAATGTGGCTCCTCTCGGGGAGTGTTATAGCCGGGGGTGCAATGCGGCCCGCCTGGACCGAGGAACGCGCTTCGGCACGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGA-CCGT Mycocalicium_subtile CTGAGTGTTTAGGGTCTTCGGGCCCGACCTCCAACCCTTTGTATACTCCATGTTGCTTCGGCGGGGTCGGCCTCCCTTCGGGGGACGCCCGCCGGGGACCCCAAACCCTTTTATAACGTGATGTCTGAAGCGAATAAATTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTAACACCCCTCAAGCGCGGCTTGCGTTGGGCG-TCGTCCCCCCCGGGCGGACGTGCCTTAAAATCAGTGACGGCCGTGGTCGGTCCCCAGCGTAGTACGATTTATCATCGCTTCGGGGCCGGGGCCGGTCAGAATCTTAATTTTTCATGAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCCTTCGGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGCTTCGGGTGCGGCAGCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGGGACTGCCCGCCAAACCCATGTGAAGCGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGCCCCCGGGTGCTCAACCGGCGTTTTCGCCGGTGCACTCGCCCGGGGTCAGGCCAGCATCGGTTCGGCGGCCGGAGAAAGACCCCTGGAATGTAGCTCCCTTCGGGGAGTGTTATAGCCAGGGGTGTAATGCGGCCTGCCTGGACCGAGGAACGCGCTTCGGCTCGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGA-CCGT Phaeocalicium_polyporaeum 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Phaeocalicium_populneum 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Sphinctrina_leucopoda CTGAGTGCCGGGTCCCTTGGGGCCCAATCTCCAACCCTTTGTGTACTCCTTGTTGCTTCGGCGGTCCCGGCCCTACCCGTAGGGCCGCCCGTCGAAGGTCATCAATCTTTAATCTAAATGTCGTCTGATGCGAATAAATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCAAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTAACACCTCTCAAGCTTAGCTTGTATTGGGCG-TCGTCCCGGTCCTCCGGACGTGCCTCAAATGCAGTGACGGTCGGGTCCGATCTCAAGCGCAGTACGATTTATCATCGCTTTCGGGTCGAA--CGGTCAAAACCTTATTTCTGAAAGAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCTTTCGGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGCTGTTTCGGGTACGGTTCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGTGACCGGTGACTACGCCCATGTGAAACGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGGAAGCAACCAGACTCGCTCCCGGGTGCTCAACCGGGGTTCTCCCCGGTGCACTCGCCCGGTATCGGGCCAGCATCGGTTCGGCGGTTAGATAAAGGCTCCGGGAATGTAGCTCTCTTTGGAGAGTGTTATAGCCCGGGGTGCAATGTGACCAGTCCGGACCGAGGAACGCGCTTTTGCACGGATGCTGGCGTAATGGTTGTTTCCGGCCCGT Sphinctrina_turbinata CCGAGTAGCGGGTCCCGTGGGGCCCAAACTCCAACCCCTTGCATACCACTTGTTGCTTCGGCGGTCCCGGCCCCATTGGAAGGGCCGCCCGCCGAAGGCCTCCAACTCTTGCCCTGAATGCTGTCTGACGCGAATCAAACAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCAAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTAACACCTCTCAAGCTCAGCTTGCGATGGGCG-TCGGCCCGGCCGGG---CCGTGCCTCAAAGGCAGTGACGGTCCGGTCCGATCTCAAGCGCAGTACGGTTTATCATCGCTTCCGAGTTGCA-CCGGTCAAAACCCCTCTTTTGACAG-----------------------CCTCCGCCGGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGCTGTTTCGGGTACGGCCCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGTGACCGGGGACCACGCCCATGTGAAACACCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGGAAGCAACCAGACTCGCTGCCGGGTGCTCAACCGGGGTTCTCCCCGGGGCATTCGCCCGGCCTCGGGCCAGCATCGGTTCGACGGCCGGACAAAGGCTCCGGGAATGTAGCTCCCTCGGGGGAGTGTTATAGCCCGGGGTGGAATGTGGCCAGCCCGGACCGAGGAACGCGCGTTCGCACGGATGCTGGCGTAATGGTTGTTCCCGGCCCGT Stenocybe_pullatula CAGAGCGTTCAGGGTCCCGGGGCCCGACCTCCAACCCCATGTGTATTCCATGTTGCTTCGGTGGCCCTGGCCCCTTTTCACAGGACACCCGCCGAGGATTTAAAACTCTTATGTATTGTGCCGTCTGAAGTGAATAAAATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTAACACACTTCAAGCCTGGCTTGCGTTGGGCG-TCGTCCTCCCGGGGAAGACGTGCCTGGAAATTGGTGACGGCCGCGTCCGGTCCCCAGCGTAGTAAGATTTATCACCGCTTCCGGGTCGGGGCCGGTCAGAAACCCCTTTATCAAGGAACAGCTCAAATTTGAAATCTGG-CTCCTTCGGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGCTTTGGGTACGGCTGCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGGGACCGTCCGCCACGCCCGTGTAAAGCGCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTATATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGCTCCCGGGTGTTCAGCCGGCGTTTTCGCCGGTGCACTCGCCCGGGGTCAGGCCAGCATCGGTTCGGCGGCCGGACAAAGGCCCCCGGAATGTAGCTCCTGTCGGGGAGTGTTATAGCCGGGGGTGCAATGCGGCCCGCTCGGACCGAGGTACGCGCTTCGGCACGGATGCTGGCGTAATGGTCGTAAGCGACCCGT ; END; BEGIN TREES; TITLE Chaenothecopsis_sp_Kaikki_9_mrb; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Pyrgillus_javanicus, 2 Caliciopsis_sp, 3 Chaenothecopsis_khayensis, 4 Chaenothecopsis_sitchensis, 5 Chaenothecopsis_nigripunctata, 6 Chaenothecopsis_tsugae, 7 Phaeocalicium_polyporaeum, 8 Sphinctrina_turbinata, 9 Chaenothecopsis_consociata, 10 Phaeocalicium_populneum, 11 Stenocybe_pullatula, 12 Sphinctrina_leucopoda, 13 Mycocalicium_subtile, 14 Mycocalicium_sequoiae, 15 Chaenothecopsis_golubkovae, 16 Chaenothecopsis_fennica, 17 Chaenothecopsis_dolichocephala, 18 Chaenothecopsis_debilis, 19 Chaenothecopsis_montana, 20 Chaenothecopsis_pusiola, 21 Chaenothecopsis_vainioana, 22 Chaenothecopsis_viridireagens, 23 Chaenothecopsis_diabolica, 24 Chaenothecopsis_resinophila, 25 Chaenothecopsis_proliferatus, 26 Chaenothecopsis_hunanensis, 27 Chaenothecopsis_pallida, 28 Chaenothecopsis_sp.; TREE con_50_majrule = [&R] (1:0.419658,2:0.185026,((((3:0.052239,24:0.061231)1.00:0.026963,27:0.069042)1.00:0.062284,((8:0.077904,12:0.046543)1.00:0.05917,28:0.10056)1.00:0.045244)1.00:0.051921,(((((4:0.003551,17:0.00591)1.00:0.016775,16:0.076776)0.99:0.019764,(((9:0.022145,22:0.039783)1.00:0.035626,20:0.090983)0.84:0.04149,21:0.082765,(25:0.417195,26:0.320745)1.00:0.239684)0.59:0.012508)0.68:0.012068,15:0.058506)0.80:0.039418,(5:0.122103,(14:0.019846,19:0.047684)0.69:0.023615)0.99:0.026723)0.77:0.01784,(6:0.100393,23:0.070748)0.70:0.021378,(7:0.074378,18:0.045658)0.98:0.050351,((10:0.075458,11:0.038063)1.00:0.030245,13:0.075831)0.81:0.014625)1.00:0.088211); TREE con_50_majrule = [&R] 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